1.처분개요

가.청구인은 1999.6.29. ㈜A(이하 “쟁점법인”이라 한다)에 신규 출자하여 액면가 0,000원 주식 7,000주를 취득하였다.

나. 이후 청구인은 2000.1.18. 쟁점법인의 주식 3,683주를 무상증자로 취득하고, 2000.3.26. 10,683주를 추가로 무상증자로 취득하였으며, 2002.2.19. 주식이 액면분할됨으로써 액면가 500원권 주식 213,660주를 보유하게 되었다.

다. 청구인은 2022.8.29. 보유하고 있는 쟁점법인의 주식 중 110,000주(이하 “쟁점주식”이라 한다)를 쟁점법인의 자사주 취득 과정에서 0,000,000,000만원에 양도하고 2022.10.3. 양도소득세 000,000,000원을 신고·납부하였다.

라.청구인은 2026.3.31. 쟁점주식이 ｢조세특례제한법｣ 제14조제1항제4호의 ‘벤처기업에 출자함으로써 취득한 대통령령으로 정하는 주식’에 해당하여 양도소득세 과세특례가 적용된다는 이유로 기납부한 양도소득세 전액의 환급을 구하는 경정청구를 제기하였다.

마. 처분청은 양도일 현재 쟁점법인이 벤처기업에 해당하지 않으므로 쟁점주식은 과세특례 적용 대상이 아니라는 이유로 2026.5.26. 경정청구를 거부하였다.

바.청구인은 이에 불복하여 2026.6.5. 이 건 심사청구를 제기하였다.

2.청구인 주장

가.쟁점주식은 ｢조세특례제한법｣ 제14조제1항제4호에서 말하는 벤처기업에 출자함으로써 취득한 대통령령으로 정하는 주식에 해당한다.

  1)｢조세특례제한법｣ 제14조제1항제4호 및 동법 시행령 제13조제1항은 벤처기업에 출자함으로써 취득한 주식의 양도 시 양도소득세 비과세를 적용받기 위한 요건으로 ① 주주로 참여하는 시점에 당해 기업이 창업 후 5년 이내인 벤처기업(｢벤처기업육성에 관한 특별법｣ 제2조제1항에 따른 벤처기업으로서 출자일까지 같은 법 제25조에 따라 벤처기업 확인을 받은 벤처기업을 말한다) 또는 벤처기업으로 전환한 지 3년 이내인 벤처기업일 것 ② 타인 소유의 주식을 매입에 의하여 취득하는 것이 아닌 기업에 직접 출자하는 것일 것 ③ 양도일이 출자일로부터 3년이 경과할 것 ④ 출자하는 주주가 법인과 특수관계가 없을 것을 규정하고 있다.

  2)위 요건에 따라 쟁점주식을 검토해보면 ① 쟁점법인은 1997.5.22. 설립하여 1998.6.20.부터 1999.12.31.을 기간으로 하는 벤처기업확인(확인유형: 연구개발기업)을 받았으므로 주식 취득일인 1999.6.29. 당시 쟁점법인은 창업 후 5년 이내인 벤처기업에 해당하며 ② 청구인이 취득한 주식은 타인 소유의 주식을 매입한 것이 아닌 법인에 직접 출자한 것이고 ③ 주식의 양도일이 2022.8.29.로 출자일로부터 3년이 경과하였으며 ④ 청구인은 법인과 아무런 특수관계가 없는 일반투자자에 해당한다.

  3)위와 같이 청구인의 주식 취득 및 양도행위는 ｢조세특례제한법｣ 제14조제1항제4호 및 동법 시행령 제13조제1항에서 규정하는 요건을 모두 충족하므로 양도소득세 과세특례가 적용되어야 한다.

나.과세특례의 적용 요건으로 양도일 현재 당해 법인이 벤처기업일 것을 요구하는 것은 법조문 및 예규, 판례에 부합하지 않는다.

  1)청구인은 처분청과의 질의응답 과정에서 국세청 해석례(서면-2024-자본거래-2703, 2024.11.8.)에 따르면 양도일 현재 벤처기업에 해당하지 않는 법인의 주식을 양도한 경우 ｢조세특례제한법｣ 제14조제1항제4호에 따른 과세특례를 적용할 수 없는 것으로 판단된다는 의견을 전달받은 바 있다.

  2)해당 예규는 유사 사례로서 ① 프리보드(現 K-OTC)에서 벤처기업의 주식을 취득하였으나 이후 벤처기업이 대기업에 인수되어 벤처기업에서 제외된 후, 해당 주식을 K-OTC시장에서 양도하는 경우에는 ｢조세특례제한법｣ 제14조의 양도소득세 과세특례를 적용하지 아니한다는 기획재정부 해석례(기획재정부 금융세제과-240, 2020.9.25.)와 ② ｢증권거래세법｣ 제3조제1항나목에서 정하는 방법으로 거래되는 벤처기업의 주식의 양도에 대하여는 양도소득세 과세특례를 적용하는 것이나, 양도일 현재 벤처기업주식에 해당하지 않는 주식의 양도에 대하여는 과세특례를 적용할 수 없다는 국세청 해석례(서면-법령해석재산-0906)를 제시하고 있다.

  3)그러나, 위 유사 사례는 ｢조세특례제한법｣ 제14조제1항제7호¹⁾와 관련된 사항으로, ｢증권거래세법｣ 제3조제1호나목의 장외거래시장에서 취득한 벤처기업의 비상장주식의 경우에는 매도 시점에 법인이 벤처기업에 해당하지 않으면 양도소득세를 과세한다는 내용이며, 이는 청구인에게 적용되는 ｢조세특례제한법｣ 제14조제1항제4호와 다른 내용이다.

  4)구체적으로 두 조문의 차이를 살펴보면 ｢조세특례제한법｣ 제14조제1항제7호는 제4호와 달리 투자자가 주식 취득 시 타인 소유의 벤처기업 주식을 취득하는 경우에도 문제가 없고 양도시기에도 제한을 두고 있지 않은 반면,

 ｢조세특례제한법｣ 제14조제1항제4호는 벤처기업인 법인으로부터 직접 주식을 취득하여야 하고, 타인 소유의 주식을 매입에 의하여 취득할 수 없으며, 법인이 창업 후 5년 이내 또는 벤처기업으로 전환한 지 3년 이내에 취득하여야 하는 등의 취득과 관련된 제한 및 출자일 이후 3년이 경과해야 한다는 양도시점에 대한 제한을 두고 있다.

  5)이와 같이 적용 요건이 확연히 다른 ｢조세특례제한법｣ 제14조제1항제7호에 관련된 해석례를 근거로 ｢조세특례제한법｣ 제14조제1항제4호의 경우에도 주식 양도 시점에 당해 기업이 벤처기업일 것이 요구된다고 판단하는 것은 잘못된 것으로 생각된다.

  6)또한 ｢조세특례제한법｣ 제14조제1항제4호가 성공률이 낮은 모험자본에 투자를 유치하고 벤처기업이 꾸준하게 성장할 수 있도록 지원하기 위한 규정임을 고려할 때, 기업이 어느 정도 성장하여 주가가 오르고 난 후 양도 시점에 벤처기업이 아니라는 이유로 양도소득세를 과세하는 것은 최초의 법 제정 취지에 부합하지 않는다.

3.처분청 의견

가.쟁점주식이 ｢조세특례제한법｣ 제14조제1항제4호의 벤처기업에 출자함으로써 취득한 대통령령으로 정하는 주식에 해당하기 위해서는 양도일 현재에도 당해 법인이 벤처기업이어야 한다.

 ｢조세특례제한법｣ 제14조제1항제4호에서 규정하는 과세특례는 벤처사업 등이 성공하게 되어 ‘벤처기업으로’ 해당 출자금을 회수하는 경우, 개인이 출자주식을 매도함에 따라 발생하는 주식양도차익(Capital Gain)에 대하여 양도소득세를 비과세하는 것이다.

  해당 조항의 입법 취지는 개인이 벤처투자조합 등을 통하거나 직접 벤처기업, 창업기획자 등에게 출자하는 것을 활성화하여 초기 창업자의 자본충실 및 성장동력 확보에 기여하고, 그 과정에서 발생하는 고위험에 대한 보상책으로 양도소득세 면제 등의 세제혜택을 부여하는 것이다.

  따라서 양도일 현재에도 당해 법인이 벤처기업인 경우에 한하여 과세특례가 적용된다고 해석하는 것이 그 입법 취지에 부합한다.

나.과세특례의 적용 요건으로 양도일 현재 당해 법인이 벤처기업일 것을 요구하는 기존 예규와 판례의 해석이 조세특례제한법의 입법취지를 고려한 합목적적인 해석이다.

  1) 기획재정부 및 국세청 예규는 ｢조세특례제한법｣ 제14조에 대하여 법문언상 명백하지 않지만 양도일 현재에도 벤처기업의 주식 또는 출자지분에 해당하여야 양도소득세 과세특례를 적용할 수 있다고 일관되게 답변하고 있다.

  해당 예규²⁾는 ｢조세특례제한법｣ 제14조제1항제7호에 대한 해석으로 쟁점주식의 과세특례와 관련되는 제4호에 대한 해석은 아니지만, 법문언이나 제도의 취지상 제4호의 경우에도 마찬가지로 양도 당시 벤처기업의 지위를 유지해야 한다고 해석하는 것이 타당하다.

  2)또한 대법원에서는 ｢조세특례제한법｣ 제13조의 해석과 관련하여 “이 사건 규정은 궁극적으로 벤처기업이 창업자금 및 신기술사업화 자금 등을 원활하게 공급받을 수 있도록 벤처기업에 투자하는 모험자본에 대한 과세특례를 부여하고자 함에 있는바(대법원 2014. 2. 13. 선고 2012두20540 판결 등 참조), 이를 위하여 투자자인 신기술사업금융업자에 대한 지원을 하고자 양도 단계에서의 세제상 혜택을 부여하는 것이므로, 그러한 세제혜택을 받기 위해서는 벤처기업 주식을 양도할 당시에도 신기술사업금융업자의 지위에 있을 것이 요구된다. 만일 이와 달리 양도 단계에서 신기술사업금융업자의 지위가 필요 없다고 해석할 경우, 법인이 주식양도차익만을 얻고자 신기술사업금융업자로 등록하여 벤처기업 주식을 취득한 뒤 그 등록이 말소되어 더 이상 신기술사업금융업을 영위하지 않는 상태에서 해당 주식을 양도하더라도 주식양도차익에 대하여 비과세 혜택을 받게 되는데, 이는 결과적으로 모험자본 회사의 건실한 육성을 통해 모험자본의 조성을 지원함으로써 벤처기업 등에 자금을 원활하게 공급하고자 하는 이 사건 규정의 입법 취지를 잠탈할 우려가 있다.”고 판시하였다[서울고등법원 2022.10.20. 선고 2022누33219 판결 참조(대법원 2022두63751, 2023.3.8., 심리불속행)].

  위 판례는 벤처기업의 성장을 지원하는 것을 목적으로 중소기업창업투자회사등의 주식양도차익 비과세를 규정하고 있는 ｢조세특례제한법｣ 제13조의 경우, 법문언상 명백하지 않음에도 불구하고 해당 조항의 양도소득세 과세특례를 적용받기 위해서는 양도일에 취득일 당시의 요건을 유지하여야 한다고 해석하고 있다.

  따라서 개인의 벤처기업 투자를 활성화하기 위하여 주식양도차익 비과세를 규정하는 ｢조세특례제한법｣ 제14조의 경우에도 법문언상 명확하지는 않지만, 취득 당시 요건을 양도일 현재에도 유지하여야 한다고 보는 것이 입법취지를 고려한 합목적적인 해석에 적합하다고 생각된다.

4.심리 및 판단

가.쟁점

  쟁점주식은 벤처기업에 출자함으로써 취득한 주식에 해당하므로 양도소득세 과세특례가 적용되어야 한다는 청구주장의 당부

나.관련법령

가)   1)조세특례제한법 제14조【창업기업 등에의 출자에 대한 과세특례】(2022.12.31. 법률 제19199호로 일부개정되기 이전 것)

   ①다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 주식 또는 출자지분(제1호ㆍ제2호ㆍ제2호의2ㆍ제2호의3및제3호부터제6호까지의 규정에 따른 주식 또는 출자지분은 제13조제2항 각 호의 어느 하나에 해당하는 방법으로 취득하는 경우만 해당한다)의 양도에 대해서는 ｢소득세법｣ 제94조제1항제3호를 적용하지 아니한다. 다만, 제1호ㆍ제2호ㆍ제2호의2ㆍ제2호의3ㆍ제3호부터 제6호까지 및 제8호의 경우에는 타인 소유의 주식 또는 출자지분을 매입에 의하여 취득하는 경우는 제외한다.

     1.벤처투자회사 또는 ｢여신전문금융업법｣에 따른 신기술사업금융전문회사에 출자함으로써 취득한 주식 또는 출자지분

     4.벤처기업에 출자함으로써 취득(개인투자조합을 통하여 벤처기업에 출자함으로써 취득하는 경우를 포함한다)한 대통령령으로 정하는 주식 또는 출자지분

     7. 「증권거래세법」제3조제1호나목에서 정하는 방법으로 거래되는 벤처기업의 주식(「소득세법」제104조제1항제11호가목의 대주주가 아닌 자가 양도하는 것으로 한정한다)

  1-1)소득세법 제94조【양도소득의 범위】(2024.12.31. 법률 제20615호로 일부개정되기 이전 것)

   ①양도소득은 해당 과세기간에 발생한 다음 각 호의 소득으로 한다.

     3.다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 주식등의 양도로 발생하는 소득

       나.주권비상장법인의 주식등. 다만, 소유주식의 비율ㆍ시가총액 등을 고려하여 대통령령으로 정하는 주권비상장법인의 대주주에 해당하지 아니하는 자가 ｢자본시장과 금융투자업에 관한 법률｣ 제283조에 따라 설립된 한국금융투자협회가 행하는 같은 법 제286조제1항제5호에 따른 장외매매거래에 의하여 양도하는 대통령령으로 정하는 중소기업(이하 이 장에서 "중소기업"이라 한다) 및 대통령령으로 정하는 중견기업의 주식등은 제외한다.

  1-2)조세특례제한법 시행령 제13조【창업자 등에의 출자에 대한 과세특례】(2025.2.28. 대통령령 제35347호로 일부개정되기 이전 것)

   ①법 제14조제1항제4호에서 "대통령령으로 정하는 주식 또는 출자지분"이란 제1호 및 제2호의 규정에 적합한 출자에 의하여 취득한 주식 또는 출자지분으로서 그 출자일부터 3년이 경과된 것을 말한다.

     1.창업 후 5년 이내인 벤처기업(｢벤처기업육성에 관한 특별법｣ 제2조제1항에 따른 벤처기업으로서 출자일까지 같은 법 제25조에 따라 벤처기업 확인을 받은 벤처기업을 말한다. 이하 이 조에서 같다) 또는 벤처기업으로 전환한 지 3년 이내이내 최초로 출자한 날부터 3년 이내에 추가로 출자하고 최초 출자금액과 추가 출자금액의 합계액이 10억원 이하인 경우에는 창업 후 5년 이내인 벤처기업에 출자한 것으로 본다.

     2.다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 벤처기업에 대한 출자일 것. 다만, 제1호 단서를 적용할 때 ｢법인세법 시행령｣ 제2조제8항제2호는 적용하지 아니한다.

       가.｢소득세법 시행령｣ 제98조제1항 또는 ｢법인세법 시행령｣ 제2조제8항에 따른 특수관계(이하 이 항에서 "특수관계"라 한다)가 없는 벤처기업에 대한 출자

1-3)증권거래세법 제3조【납세의무자】(2016.3.22. 법률 제14096호로 개정되기 이전 것)

   증권거래세의 납세의무자는 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 자로 한다.

     1.다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 주권을 계좌 간 대체로 매매결제하는 경우에는 ｢주식･사채 등의 전자등록에 관한 법률｣ 제2조제6호에 따른 전자등록기관(이하 “전자등록기관”이라 한다) 또는 ｢자본시장과 금융투자업에 관한 법률｣ 제294조에 따라 설립된 한국예탁결제원

       나.증권시장 밖에서 대통령령으로 정하는 방법에 따라 양도되는 주권

  1-4)증권거래세법 시행령 제1조의2【납세의무자】(2013.8.27. 대통령령 제24697호로 개정된 것)

   ①법 제3조제1호 나목에서 “대통령령”으로 정하는 방법이란 ｢자본시장과 금융투자업에 관한 법률 시행령｣ 제78조 또는 제178조제1항에 따른 기준에 따라 주권을 매매하는 것을 말한다.

1-5)자본시장과 금융투자업에 관한 법률 시행령 제178조【협회 등을 통한 장외거래】(2025.9.23. 대통령령 제35779호로 일부개정되기 이전 것)

   ①협회 또는 종합금융투자사업자는 장외매매거래에 관한 업무를 수행하는 경우 다음 각 호의 구분에 따른 기준을 준수해야 한다.

나)   2)조세특례제한법 제13조【벤처투자회사 등의 주식양도차익 등에 대한 비과세】(2022.12.31. 법률 제19199호로 일부개정되기 이전 것)

   ②제1항제1호부터 제4호까지의 적용할 때 출자는 벤처투자회사, 창업기획자, 벤처기업출자유한회사ㆍ신기술사업금융업자 또는 기금운용법인등은 직접 또는 벤처투자조합등을 통하여, 민간재간접벤처투자조합의 업무집행조합원은 민간재간접벤처투자조합을 통하여 각각 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 방법으로 창업기업, 신기술사업자, 벤처기업 또는 신기술창업전문회사의 주식 또는 출자지분을 취득하는 것으로 한다. 다만, 제1호부터 제4호까지의 규정의 경우에는 타인 소유의 주식 또는 출자지분을 매입에 의하여 취득하는 경우는 제외한다.

     2.해당 기업이 설립된 후 7년 이내에 유상증자(有償增資)하는 경우로서 증자대금을 납입하는 방법

다.사실관계

  1)쟁점법인의 기본사항은 다음과 같다.

   가)국세청 대내포털시스템(NTIS)에서 확인되는 쟁점법인에 대한 기본사항은 다음과 같다.

< 쟁점법인 기본사항 >

   나)쟁점법인은 총 9차례 ｢벤처기업육성에 관한 특별법｣ 제25조에 따른 벤처기업 확인을 받았으며, 벤처기업 확인 내역은 다음과 같다. 2017.5.18. 이후로 쟁점법인은 벤처기업 확인을 받지 않았다.

(이 면 이하 여백)

<쟁점법인 벤처기업 확인 내역>

  2)청구인의 쟁점주식 취득 및 양도 내역

   가)청구인은 1999.6.29. 쟁점법인의 주식 7,000주(액면가 0,000원)를 직접 출자하여 취득하였다는 사실에 대한 증빙으로 주식및출자지분변동상황명세표를 제출하였다.

<쟁점법인의 1998년 주식및출자지분변동상황명세표>

(표 생략)

<쟁점법인의 1999년 주식및출자지분변동상황명세표>

(표 생략)

   나)청구인은 쟁점법인의 발행주식을 최초로 취득한 이후, 2000.1.18. 및 2000.3.26. 무상증자로 각각 3,683주, 10,683주를 추가로 취득하였으며, 2002.2.19. 주식이 액면분할됨으로써 총 213,660주를 보유하게 되었다.

<청구인의 쟁점법인 발행주식 취득 내역>

   다)청구인은 2022.8.29. 쟁점주식을 양도한 후, 양도가액을 0,000,000,000원, 취득가액을 00,000,000원으로 하여 양도소득세 000,000,000원을 신고･납부하였다.

  3)조세특례제한법 제14조의 개정연혁 및 취지

   구 조세특례제한법이 1998.12.28. 법률 제5584호로 전부개정되면서, 구 조세감면규제법 제13조 제1호부터 제3호까지를 구 조세특례제한법 제14조 제1호부터 제3호까지로 하고, 제4호 ‘벤처기업에 출자함으로써 최초로 취득한 대통령령이 정하는 주식 또는 출자지분’이 신설되었다. 개정 이유는 다음과 같다.

<조세특례제한법 개정이유 중>

라.판단

  1)관련 법리

   가)｢조세특례제한법｣ 제14조제1항은 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 주식 또는 출자지분의 양도에 대해서는 ｢소득세법｣ 제94조제1항제3호를 적용하지 아니한다고 하여 창업기업 등에의 출자에 대한 과세특례를 규정하면서, 그 하나로 제4호에서 벤처기업에 출자함으로써 취득한 대통령령으로 정하는 주식 또는 출자지분을 규정하고 있다. ｢조세특례제한법 시행령｣ 제13조제1항에 따르면 법 제14조제1항제4호에서 ‘대통령령으로 정하는 주식 또는 출자지분’이란 창업 후 5년 이내인 벤처기업(｢벤처기업육성에 관한 특별법｣ 제2조제1항에 따른 벤처기업으로서 출자일까지 같은 법 제25조에 따라 벤처기업 확인을 받은 벤처기업을 말한다.)에 출자하고 특수관계가 없는 벤처기업에 대하여 한 출자로서 그 출자일부터 3년이 경과된 것을 말한다.

다)    나)｢조세특례제한법｣ 제14조제1항제4호의 적용과 관련하여 국세청 해석례(서면-2024-자본거래-2703, 2024.11.8.)에 따르면 양도일 현재 벤처기업의 주식 또는 출자지분에 해당하지 않는 주식의 양도에 대하여는 ｢조세특례제한법｣ 제14조제1항제4호의 과세특례를 적용할 수 없다.

라)    위 국세청 해석례(서면-2024-자본거래-2703, 2024.11.8.)가 기해석사례로 제시한 기획재정부 해석례(기획재정부 금융세제과-240, 2020.9.25.)에 따르면 프리보드(現 K-OTC) 시장에서 취득한 벤처기업 주식을 벤처기업이 대기업에 인수되어 벤처기업에서 제외된 후, K-OTC 시장에서 양도하는 경우, ｢조세특례제한법｣ 제14조제1항제7호에 따른 과세특례를 적용하지 아니한다.

마)    또한 ｢조세특례제한법｣ 제14조제1항제1호에 관한 기획재정부 해석례(재재산 46014-104, 2003.04.17.)에 따르면 중소기업창업투자회사 등에의 출자에 의하여 취득한 주식 또는 출자지분에 대한 양도소득세의 과세특례를 적용함에 있어 주식 또는 출자지분 양도일 현재 당해 중소기업창업투자회사가 중소기업창업지원법의 규정에 의하여 등록이 말소된 경우에는 동법에 의한 양도소득세의 과세특례를 적용받을 수 없다고 해석하고 있다.

바)   2)쟁점주식은 ｢조세특례제한법｣ 제14조제1항제4호의 벤처기업에 출자함으로써 취득한 주식에 해당하므로 양도소득세 과세특례가 적용되어야 하는지에 대한 판단

사)    가)위 법리와 앞서 살펴본 사실관계 및 다음 내용으로 볼 때 청구인이 양도한 쟁점법인의 주식에 대하여 양도소득세 과세특례가 적용된다고 보기 어렵다.

     (1)국세청 해석례(서면-2024-자본거래-2703, 2024.11.8.)에 따르면 ｢조세특례제한법｣ 제14조제1항제4호와 관련하여 양도일 현재 벤처기업의 주식 또는 출자지분에 해당하지 않는 경우에는 양도소득세 과세특례를 적용할 수 없다.

     (2)청구인은 해당 국세청 해석례(서면-2024-자본거래-2703, 2024.11.8.)가 ｢조세특례제한법｣ 제14조제1항제7호에 대한 기획재정부 해석례(기획재정부 금융세제과-240, 2020.9.25.)를 기해석사례로 제시하고 있는바, 제4호는 제7호와 달리 벤처기업의 주식을 취득할 때 타인 소유의 주식을 매입해서는 안되고 양도 시점까지 3년이 경과하여야 하는 등 취득･양도에 관한 요건을 두고 있음을 고려하면 제7호에 관한 해석을 제4호에 그대로 적용하는 것은 타당하지 않다고 주장한다. 그러나, ｢조세특례제한법｣ 제14조가 양도소득세 비과세 혜택을 부여함으로써 벤처기업에 대한 투자를 촉진하기 위하여 그 대상 주식의 취득방법을 제1호부터 제8호까지 열거하고 있는 점을 고려하면, 제4호의 경우에도 제7호와 마찬가지로 양도일 현재 벤처기업에 해당하여야 과세특례를 적용받을 수 있다고 보는 것이 자연스럽다.

     (3)또한 ｢조세특례제한법｣ 제14조제1항제1호에 관한 기획재정부 예규(재재산46104-104) 역시 중소기업창업투자회사의 주식을 취득한 후 양도 시점에 주식발행법인이 중소기업창업투자회사가 아니게 된 경우에는 양도소득세 과세특례를 적용하지 않는다고 해석하고 있는바, 제1호와 제4호가 동일한 법문 구조를 가지고 있으므로 제4호의 경우에도 벤처기업의 주식을 취득한 후 양도일 현재 해당 기업이 벤처기업이 아니라면 양도소득세 과세특례가 적용되지 않는다고 해석하는 것이 타당하다.

     (4)｢조세특례제한법｣ 제14조제1항이 개인의 벤처기업에 대한 투자를 촉진하려는 취지를 가진 점, 기획재정부와 국세청에서 ｢조세특례제한법｣ 제14조제1항 각호에 대하여 취득 당시 주식발행법인의 지위가 양도 시점에도 유지되어야 과세특례를 적용할 수 있다고 통일적으로 해석하고 있는 점, 해당 조항이 양도소득세를 면제해주는 특혜규정인 점 등에 비추어볼 때 ｢조세특례제한법｣ 제14조제1항제4호의 벤처기업에 출자함으로써 취득한 주식에 해당하기 위하여는 양도일 현재 주식발행법인이 벤처기업일 것이 요구된다.

   나)따라서, 처분청이 양도일 현재 쟁점법인이 벤처기업에 해당하지 않으므로 쟁점주식은 ｢조세특례제한법｣ 제14조제1항제4호의 과세특례를 적용받을 수 없다고 하여 청구인의 경정청구를 거부한 것은 달리 잘못이 없는 것으로 판단된다.

5. 결론

이 건 심사청구는 청구주장을 받아들일 수 없으므로 ｢국세기본법｣ 제65조제1항제2호의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.

1)조세특례제한법 제14조 제1항

  4. 벤처기업에 출자함으로써 취득(개인투자조합을 통하여 벤처기업에 출자함으로써 취득하는 경우를 포함한다)한 대통령령으로 정하는 주식 또는 출자지분

  7. ｢증권거래세법｣ 제3조제1호나목에서 정하는 방법으로 거래되는 벤처기업의 주식(｢소득세법 제104조제1항제11호가목의 대주주가 아닌 자가 양도하는 것으로 한정한다.)

2)｢증권거래세법｣ 제3조제1항나목에서 정하는 방법으로 거래되는 벤처기업의 주식의 양도에 대하여는 양도소득세 과세특례를 적용하는 것이나, 양도일 현재 벤처기업주식에 해당하지 않는 주식의 양도에 대하여는 과세특례를 적용할 수 없다(서면-법령해석재산-0906)