이 유

1.사실관계 및 처분내용

가.청구법인은 경기 양주시 A에 2021.9.28. 설립하여 금 도소매업을 영위하다 경기 광주 초월읍으로 이전한 법인으로, 2025.3.24. 폐업하였다.

    청구법인은 2022년 제1기 과세기간에 ㈜D에 매출세금계산서 569,361,000원(4매, 공급가액)을 발행하고 매입세금계산서 227,679,000원(1매, 공급가액)을 수취하였고, W로부터 매입세금계산서 436,165,000원(5매, 공급가액)을, ㈜E씨로부터 매입세금계산서 676,850,000원(4매, 공급가액)을 각 수취하였다(이하 “쟁점세금계산서”라 한다).

나.의정부세무서 법인세과는 2022년 제1기 부가가치세 확정신고 일반환급 검토 중 청구법인이 거짓세금계산서 발행 및 수취하였다고 판단하여 처분청에 조사의뢰를 하였고, 처분청은 청구법인의 거래처들이 자료상으로 확정된 업체와 가공 매출· 매입거래를 하여 재화나 용역을 공급하거나 공급받은 사실 없이 거짓 세금계산서를 발급·수취한 것으로 보았다.

다.처분청은 2025.11.3. 부가가치세 83,902,451원(가산세 57,301,650원 포함) 및 법인세 220,294,480원(가산세 83,324,386원 포함)을 각 고지(이하 “이 사건 처분”이라 한다) 하였다.

라.청구법인은 이에 불복하여 2025.11.4. 이의신청을 제기하였으나 처분이 송달되기 전이었으므로 2025.11.10. 각하되었고, 이에 2025.11.11. 이 건 심사청구를 제기하였다.

2.청구인 주장

가.청구법인은 실제 거래를 하고 세금계산서를 발급하였다.

  1) 청구법인은 2022년 금 거래 관련 세금계산서(전자세금계산서)를 발급하였고, 해당 거래는 실물거래였으며, 매매내역서(신한은행, 금 거래 계좌), 금 인수 및 인도 내역, 매입 및 매도 전자세금계산서, 거래처인 W(F)의 실물거래를 인정한 법원의 판결문, 거래처 주식회사 D의 G(실질적 대표)이 재판에서 무죄를 선고받은 법원의 판결문을 통하여 이는 확인된다.

  2) 실물거래를 입증하는 자료를 충분히 고려하여 '거짓세금계산서 발급 혐의'가 성립되지 않음을 인정하여 부가가치세 및 법인세 부과 처분을 취소하여야 한다.

     청구법인은 2022년 7월에 부가가치세 정기 신고에서 환급을 신청 하였으나, 당시 의정부세무서 법인세과에서 당사의 거래처인 W가 세무조사를 받아 가산세를 부과받아 당사 환급에 대하여서도 보류 결정과 함께 세무조사로 이어진 것이라 설명하였다

     W는 행정소송 항소심(판결문 첨부)에서 2025년 8월 22일에 모든 거래가 실물거래임을 인정받아 '부가가치세 부과 처분을 취소한다'라는 판결을 받았 으므로 처분청은 즉시 청구법인에 2022년 제1기 부가가치세 환급하여야 할 것이다.

  3) 청구법인의 거래는 실질적인 금 인수, 인도가 이루어진 정상 거래이고 실물거래를 뒷받침하는 증빙이 존재하며, 회계 처리상 착오나 시점 차이 등으로 인해 일부 오해가 발생한 것으로 판단된다.

나. 처분청 의견에 대한 항변

  1)이 사건 처분은 사실관계 오인, 법리 오해 그리고 이미 대법원 판결로 확정된 판단을 전혀 반영하지 않은 위법·부당한 처분에 해당한다.

   이 사건 과세처분의 핵심 전제는 거래처 F과의 청구법인의 거래가 허위거래라는 점이었는데, 2025.12.4. 대법원 확정 판결을 통해 해당 거래는 실물거래로 최종 인정되었고, 이에 따라 F에 대한 가산세 부과 처분은 전부 취소되었으며 위 대법원 판결에 따라 2026년 1월 중 약 1억 원 상당의 부가가치세를 실제로 환급받을 예정이라는 사실을 담당 변호사를 통해 통지받았다.

   이는 문제된 거래가 단순히 사법적으로만 실물거래로 인정된 데 그치지 않고, 과세관청 스스로 해당 거래가 정상 거래였음을 전제로 세액을 환급하는 단계에 이르렀음을 의미하는데, 그럼에도 불구하고 처분청이 동일한 거래 구조의 상대방인 청구법인에 대해서만 여전히 허위거래를 전제로 한 가산세 처분을 유지하는 것은 아래와 같이 조세평등 원칙, 신뢰보호 원칙 및 비례원칙에 명백히 반하는 자기모순적인 처분이라 할 것이다.

  2)본 건과 실질적으로 동일한 거래 구조 및 과세 쟁점에 대하여, 대법원은 이미 청구인의 주장을 받아들여 확정판결을 선고하였는데 대법원 판결은 단순한 참고자료가 아니라, 과세관청을 포함한 모든 국가기관을 기속하는 최종적 법 판단이며 따라서 동일한 사실관계에 대해 이를 부인하거나 무시한 과세는 허용될 수 없다.

     청구법인은 2026년 1월 중 약 1억 원 상당의 부가가치세를 환급받을 예정에 있으며, 이는 과세관청 스스로도 대법원 판결의 효력을 인정한 결과라 할 것인데 그럼에도 불구하고 2022년 제1기에 대해서만 동일 쟁점을 이유로 과세를 유지하는 것은 명백한 법적 모순이다.

  3)이 사건 처분은 동일 사실관계에 대한 이중적·모순적 과세로, 청구법인의 거래 구조 및 세무 처리 방식은 2022년 제1기 이전·이후 기간과 본질적으로 동일함에도 불구하고, 일부 기간은 대법원 판결에 따라 환급 예정이고 일부 기간(2022년 1기)만 과세 유지라는 결과는 조세법상 허용될 수 없는 자의적 과세에 해당한다.

     조세는 법률에 따라 공평하게 부과되어야 하며, 동일한 사실관계에 대해 기간만을 이유로 상반된 처분을 하는 것은 헌법상 평등원칙 및 조세형평의 원칙에 정면으로 위배된다.

  3)이 사건 처분은 형식적 거래 외관만을 기준으로 판단한 것으로, 거래의 실질, 경제적 귀속, 실제 이익 발생 여부를 전혀 고려하지 않았다.

     대법원 역시 확정판결을 통해 본 거래의 실질이 과세대상이 아님을 명확히 판단하였으며, 이는 2022년 제1기에도 그대로 적용되어야 한다.

     청구인은 장기간에 걸쳐 동일한 거래 구조를 유지하였고, 과세관청은 이에 대해 이미 법원의 판단을 통해 환급 절차를 진행 중인데, 이러한 상황에서 동일한 구조의 거래에 대해 특정 기간만을 문제 삼아 과세를 유지하는 것은 납세자의 정당한 신뢰를 중대하게 침해하는 것으로, ｢국세기본법｣ 제15조(신의성실의 원칙)에 명백히 위반된다.

다.결론

  청구법인은 실제 거래를 하고 세금계산서를 발급한 것이므로, 이 사건 처분은 취소되어야 한다.

3.처분청 주장

가.청구법인은 실물거래 없이 거짓세금계산서를 발급·수취 하였다.

  1)의정부세무서 법인세과에서 2022년 제1기 부가가치세 확정신고 일반환급 검토 중 청구법인의 거짓세금계산서 발행 및 수취 혐의를 확인하였는데, 청구법인 관할이 변경되어 처분청에 조사의뢰하였고, 2025년 7월에 경기광주세무서 조사팀에서 부가가치세 세목별 조사 착수 후, 해당 과세기간에 대한 거래내역을 검토한바, 가공 매출·매입거래 혐의를 확인하였다.

  청구법인이 실물 거래 없이 거짓세금계산서를 수수한 금액은 2022년 제1기 과세기간 동안 매출 569백만원, 매입 1,340백만원으로 확인되어, 조세범처벌법 제3조에서 규정한 ‘사기나 그 밖의 부정한 행위’로써 조세를 포탈한 행위로 보아 중부지방국세청에서 범칙조사 선정 승인되어, 2025.8.28. 범칙조사 전환 되었으며, 또한 법인세 경정을 위해 2022년 1기 법인세 부분조사로 범위확대 승인결정 및 조사기간 연장 승인되었다.

  2)한편 청구법인은 대표자 H이 2021.9.28 경기 양주 옥정동에서 개업한 지금 도매 업체로 2022.10.24. 경기 광주 초월읍으로 이전, 2025.3.24. 자진폐업한 업체로 청구법인은 대표 H의 동생인 I 제안으로 설립하였으며, 대표 H은 지금거래에 대한 지식이 전혀 없는 상태에서 동생의 제안으로 설립 하였다고 심문조서에서 진술하였다.

     또한 경기 광주 소재하는 청구법인의 영업장은 5평 정도의 컨테이너로 조사대상법인 관련 인적·물적 시설은 전무하였고 ㈜J의 사업자 등록 소재지로 확인되며, 최초 사업장(경기 양주)은 K(대표 H의 전(前) 부인) 소유의 상가 건물로, K은 청구법인에 업무공간을 내어준적이 없고 H이 인감 등을 부당하게 수령하여 계약서를 허위작성한 것이라고 진술한 사실이 서울청 조사에서 확인된다.

     H 역시 심문조서에서 실제 사업장은 서울 종로구 L 건물 3층에서 했다고 진술했으며, 같은 공간에서 D, 주식회사 N, O씨(H 제(第) P 대표) 등 거짓세금계산서 수수 혐의 있는 거래처들의 세금계산서 발급 및 수취 등이 이루어진 것으로 확인된다.

  3)한편 청구법인의 계좌 입출금내역 조회한바, 매출처이자 매입처인 ㈜D와의 지금(地金) 매입거래 시에 매입 직전 수차례 현금 입금되고 직후 지금 매입대금을 지급하는 형태를 보이고, ㈜D와의 지금(地金) 매출거래 시에 ㈜D에서 매출대금 입금 즉시 현금으로 출금되거나, H 계좌로 이체 후 현금출금의 금융거래형태를 보이며, 또한 ㈜D의 매출대금 일부는 H 계좌를 거쳐 최종 김O에게 이체된다.

   이에 관하여 2025.8.12. H 심문조사시 조사대상법인과 ㈜D와 매출·매입거래에 대해 질문하였으나, H은 ㈜D와의 거래는 금융 거래를 포함하여 동생 P 주도적으로 하여 본인은 알지 못한다고 답변하였다.

   청구법인과 ㈜D의 세금계산서 ip를 확인해본바, 청구법인 매출세금 계산서는 사업장이나 대표자 주소지가 아닌 서울시 종로구와 서울시 송파구에서 발급된 것으로 확인되고 이 중 종로구는 H 심문조서 당시 ㈜D의 실질 대표자 G이 임차하여 ㈜D, O씨, ㈜N 등 업체들이 공동으로 사용한 사업장이라고 진술했던 피카디리 건물이 위치한 곳이다.

     이와 관련하여 H은 2025.8.12. H 심문조사시 ㈜D와의 거래 증빙이라며 물품매도확약서와 물품인도증명서를 2장 제출하였으나(조사팀에서 ㈜D에 거래사실증명을 위한 거래사실확인서 발송했으나 미회신) 물품매도 확약서의 작성시점과 대금결제 및 현물인수 한 후 작성하는 물품인도 증명서의 작성시점이 동일한 형태로 실물 거래를 입증할 만한 증빙이 확인되지 않았다.

  4) 청구법인의 계좌 입출금내역 조회한바, W와의 지금(地金) 매입거래 시, 1) 매입직전 N(H은 N은 동생 I 회사로 P 입금한 것이라고 주장),신원불명의 상대방으로부터 고액의 현금이 H 계좌로 입금된 후 바로 W의 계좌로 매입대금이 이체되거나, 2) 매입직전 고액의 현금이 입금 직후, 매입대금을 지급하는 형태를 보인다.

   2025.8.12. H 심문조사시 조사대상법인과 W와의 매입 관련 금융거래 내역에 질문하였는데 동생 P H 본인에게 갚을 돈이 있어서 이체한 것이라고 주장하였으며, 김O 외 다른 자들도 I 지인으로, H 본인이 김O에게 빌려줬던 돈을 김O 대신 갚은 것이라고 주장하였으며, 개인적인 거래라서 차용증은 없다고 진술하였다.

     또한 고액의 현금 입금 후 매입대금 지급건에 대해서 질문한바, 전처 K과 같이 금고에 비상금으로 현금을 항상 보관하였고, 지금 매입이 필요할 때마다 보관하던 현금을 입금하여 W의 매입대금으로 지급한 것이라고 하며 관련 증빙은 없다고 진술하는 등 고가의 금거래 관련하여 자금출처에 대한 증빙을 전혀 제출하지 못하였다.

   조사팀에서 청구법인의 매입처인 W로 2025.7.31. 거래사실조회를 발송 후, W에서 회신한 물품매도확약서, 물품수령증(매수자보관용)을 검토해 본바, 물품매도확약서의 작성시점과 대금결제 및 물품수령증의 작성시점이 동일하고, W는 매도자임에도 매수자 보관용 물품수령증을 증빙으로 제출하였고, 2022.3.23.과 2022.3.24.거래는 물품매도확약서상 결제금액과 금융거래 내역상 이체한 금액이 불일치(매도확약서상 결제금액은 82백만원, 금융거래 이체 금액은 79백만원)하는 등 실물거래를 입증할 증빙이 확인되지 않았다.

 청구법인과 W 거래 관련 세금계산서 ip를 확인해본바, 청구법인 매입세금계산서는 W의 사업장이나 대표자 주소지가 아닌 서울시 종로구^*와 서울시 마포구에서 발급된 것으로 확인된다.

  *종로구는 H 심문조서 당시 ㈜D의 실질 대표자 G이 임차하여 ㈜D, O씨, ㈜N 등 업체들이 공동으로 사용한 사업장이라고 진술했던 피카디리 건물이 위치한 곳임

  5)청구법인의 계좌 입출금내역 조회한바, ㈜Q와의 지금(地金) 매입거래 시, 매입 직전 고액의 현금이 여러 번에 거쳐 N 금거래통장에 입금되고 바로 직후, ㈜Q에 매입대금을 지급하는 형태를 보인다.

     청구법인의 매입처에 거래사실조회를 발송하였으나 “이사”를 사유로 우편물이 반송되었고, 2025.8.12. H 심문조서시 ㈜Q와의 거래 증빙이라며 제출한 OFFER SHEET, 물품인수증을 검토해 본 바, OFFER SHEET의 작성시점과 대금결제 및 물품수령증의 작성시점이 동일하며 실제 거래를 입증할만한 증빙이 확인되지 않았다.

  6)청구법인이 제출한 서울고등법원 2024누51556 부가가치세부과처분취소 판결의 경우 2021년 제1기 부가가치세 관련 소송으로, 소송의 당사자인 W는 유일한 거래처인 O씨로부터 지금을 매입 후 지금 일부를 조O, 김OO에게 매출하였으나 부가가치세 세무조사 결과 자금원 불분명 등의 이유로 실물거래 없는 세금계산서 수수로 보아 경정 고지된 건으로 원고 W(F)는 이 사건 처분에 불복하여 이의신청을 거쳐 대법원까지 소송을 제기하였고 2025.12.4. 대법원에서 원고가 승소한 원심 판결이 확정되어, 이에 따라 과세관청이 최종 패소하였다.

     서울고등법원 2024누51556 판결문에 따르면 2021년 제1기 관련 거래가 실물 없는 거짓세금계산서 수수인지가 쟁점으로, 이에 관하여 청구법인은 W가 2022년에 청구법인에 지금 12kg을 매도한 사실이 인정되는 것이고 세금계산서 등을 제출하였다고 하나 과세관청이 조사한 내용이 아닌 W의 일방적인 주장이므로 이를 근거로 청구법인이 실제 지금 거래가 있다고 단정할 수는 없는 것이다.

     당초 심사청구 의견서에 기재하였듯이, 청구법인은 물적·인적 시설이 전무하며, 고액의 지금 거래 관련한 매입대금에 대한 질문에 김O 등이 H 본인한테 갚아야 할 돈을 입금한 것이라고 진술하거나, 이혼한 전처 K의 금고에 있던 현금으로 매입대금을 마련한 것이라는 등 고가의 금 거래 관련하여 자금출처에 대한 증빙을 전혀 제출하지 못하였고 제출한 물품매도확약서상 결제금액과 금융거래내역상 이체한 금액이 불일치하는 등 실물거래를 입증할 만한 증빙이 확인되지 않는다.

     따라서 청구법인은 지금거래가 실제 있었던 것으로 위장하기 위해 조작한 것이며, 실체 없는 도관회사로 판단하고 있다.

나. 결론

    이와같이 청구법인은 지금거래 관련하여 업무관련 물적·인적 시설이 전무한 점, 실물 거래를 입증할 만한 증빙이 확인되지 않는 점, 세금계산서 발급 아이피 주소가 사업장과 다른 점, 소명 불가한 현금 입·출금 형태로 대금 수수가 이루어지는 점 등을 보아, 지금 거래가 실제 거래가 있었던 것처럼 위장하기 위해 조작한 것이며, 실체가 없는 도관회사로 ㈜N를 설립하여 실제 재화거래 없이 세금계산서만 수수한 것이라 할 것이다.

4.심리 및 판단

가.쟁점

 청구법인이 수취·발급한 세금계산서는 사실과 다른 세금계산서가 아니라는 청구주장의 당부

나.관련 법령

가)  1)부가가치세법 제32조【세금계산서 등】(2021.1.1. 법률 제17653호로 개정된 것)

   ① 사업자가 재화 또는 용역을 공급(부가가치세가 면제되는 재화 또는 용역의 공급은 제외한다)하는 경우에는 다음 각 호의 사항을 적은 계산서(이하 “세금계산서”라 한다)를 그 공급을 받는 자에게 발급하여야 한다.

    1. 공급하는 사업자의 등록번호와 성명 또는 명칭

    2. 공급받는 자의 등록번호. 다만, 공급받는 자가 사업자가 아니거나 등록한 사업자가 아닌 경우에는 대통령령으로 정하는 고유번호 또는 공급받는 자의 주민등록번호

    3. 공급가액과 부가가치세액

    4. 작성 연월일

    5. 그 밖에 대통령령으로 정하는 사항

나)   2)부가가치세법 제39조【공제하지 아니하는 매입세액】

   ① 제38조에도 불구하고 다음 각 호의 매입세액은 매출세액에서 공제하지 아니한다.

    1. 제54조제1항 및 제3항에 따라 매입처별 세금계산서합계표를 제출하지 아니한 경우의 매입세액 또는 제출한 매입처별 세금계산서합계표의 기재사항 중 거래처별 등록번호 또는 공급가액의 전부 또는 일부가 적히지 아니하였거나 사실과 다르게 적힌 경우 그 기재사항이 적히지 아니한 부분 또는 사실과 다르게 적힌 부분의 매입세액. 다만, 대통령령으로 정하는 경우의 매입세액은 제외한다.

    2. 세금계산서 또는 수입세금계산서를 발급받지 아니한 경우 또는 발급받은 세금계산서 또는 수입세금계산서에 제32조제1항제1호부터 제4호까지의 규정에 따른 기재사항(이하 “필요적 기재사항”이라 한다)의 전부 또는 일부가 적히지 아니하였거나 사실과 다르게 적힌 경우의 매입세액(공급가액이 사실과 다르게 적힌 경우에는 실제 공급가액과 사실과 다르게 적힌 금액의 차액에 해당하는 세액을 말한다). 다만, 대통령령으로 정하는 경우의 매입세액은 제외한다.

다. 사실관계

2.  1)청구법인 기본사항

3.   가)청구법인은 2021.9.28. 개업하여 경기 양주시 A에서 금 도소매업을 영위하다 경기 광주시 S.10.24. 사업장을 이전하였고 2025.3.24. 폐업하였다.

     처분청이 제출한 ‘부가가치세 조사종결 보고서’ 기재 내용에 따르면 청구법인 사업장은 5평 정도 컨테이너로 인적‧물적 시설이 없다고 기재되어 있다.

❙부가가치세 조사종결 보고서 일부 발췌❙

4.   나)국세청 전산시스템상 2022 사업연도 청구법인 주주현황에 따르면 청구법인의 대표자인 H이 30% 주식을 소유한 것으로 나타나고 H의 전 배우자인 K이 40%를 소유한 것으로 나타난다.

5.   다)청구법인은 2022년 제1기 부가가치세 –5,331,901원을 신고하였고, 처분청이 2025.7.24.부터 2025.10.12.까지 청구법인의 2022년 제1기 부가가치세 세목별 조사를 실시한 결과, 2025.11.11. 부가가치세 83,902,451원(가산세 57,301,650원 포함) 및 법인세 220,294,480원(가산세 83,324,386원 포함)을 각 고지하였다.

6.   라)청구법인은 2022년 제1기 과세기간에 ㈜D에 매출세금계산서 569,361,000원(4매, 공급가액)을 발행하고 매입세금계산서 227,679,000원(1매, 공급가액)을 수취하였고, W로부터 매입세금계산서 436,165,000원(5매, 공급가액)을, ㈜E씨로부터 매입세금계산서 676,850,000원(4매, 공급가액)을 각 수취하였다.

     한편 국세청 잔산자료에 따르면 청구법인의 2022년 제1기 및 제2기 매출 세금계산서 발행내역은 다음과 같고 2023년 매출 세금계산서 발행내역은 없다.

7.  2-1)청구법인의 거래처 관련 사항-㈜D

8.   가)조사종결보고서 기재에 따르면, 서울청 조사4국 조사 결과 실물업체인 ㈜D는 무자료로 거래한 내역을 맞추기 위해 자료상업체를 이용하여 거짓세금계산서를 발행·수취하고 있고, 실물업체가 매출대금을 입금하면 자료상 업체는 현금으로 인출하여 실물업체에게 다시 되돌려주어 자금력이 부족한 자료상업체들은 서로간에 자금을 돌려받는 형태로 구매자금을 금거래통장에 현금입금하고 매입대금을 지급하는 방법을 사용하고 있는 것으로 확인된다고 기재되어 있다.

    조사종결보고서 기재에 따르면, 처분청은 실제거래를 입증할 만한 증빙 확인되지 않는 점, 거래처가 가공수수혐의로 기고발된 점, 매입거래 직전 계좌에 입금됨 현금의 출처가 확인되지 않아 전형적인 자료상의 금융거래 형태를 보이는 점으로 보아 전액 가공(위장)거래로 확정하였다.

❙부가가치세 조사종결 보고서 일부 발췌❙

 나)처분청이 제출한 부가가치세 조사종결보고서에 따르면, 청구법인과 ㈜D의 세금계산서 발급 ip는 사업장이나 대표자 주소지가 아닌 서울시 종로구와 서울시 송파구에서 발급된 것으로 확인되고 H 심문조서 기재에 따르면 종로구는㈜D의 실질 대표자 G이 임차하여 ㈜D, O씨, ㈜N 등 업체들이 공동으로 사용한 사업장이라고 진술했던 건물이 위치한 곳이라고 기재되어 있다.

❙부가가치세 조사종결 보고서 일부 발췌❙

 다)계좌내역을 살펴보면 청구법인과 ㈜D가 거래하기 전 일정 금액이 현금으로 입금되고 거래 후 H 계좌로 이체되거나 현금으로 출금되는 양상을 보인다.

*계좌주와 동일 계좌로 내용에 기재된 것은 현금 입금된 경우라고 처분청이 밝힘

 라)청구법인은 실제 D와 거래를 하였다는 취지로 물품인도 증명서와 물품매도확약서를 제출하였고 이에 대하여 처분청은 물품매도 확약서의 작성 시점과 대금결제 및 현물인수 한 후 작성하는 물품인도증명서의 작성시점이 동일한 형태로 실물 거래를 입증할 만한 증빙이 확인되지 않는다고 주장한다.

 마)한편 2023.1월 종결한 ㈜D의 서울지방국세청 조사4국 2021 사업연도 제1기부터 2022 사업연도 제1기까지 조사 건은 ‘조심기각, 행정법원 재판 진행중(2024-구합-54720)’이라고 기재되어 있는데, 아직 1심 진행 중으로 추후 변론기일 지정 예정으로 확인된다.

9.  2-2)청구법인의 거래처 관련 사항-W

 가)부가가치세 조사종결보고서 기재에 따르면, W는 유일한 매입처 ㈜O씨로부터 2021년에 지금(地金) 관련 매입세금계산서 978백만원 (14매, 공급가액)을 수취 후, 현재까지 지금(地金) 매입이 전무한 업체로, 서초세무서에서 2022년에 진행한 ㈜O씨 자료상 조사결과, ㈜O씨와 W를 포함한 매입·매출거래가 전액 가공거래로 확정되었다고 기재되어 있다.

 나)처분청이 조사대상법인의 계좌 입출금내역 조회하고 제출한 자료에 따르면, W와의 지금(地金) 매입거래 시, 고액의 현금이 H 계좌로 입금되고 이후 W의 계좌로 매입대금이 이체되거나, 매입직전 고액의 현금이 입금 직후, 매입대금을 지급하는 형태를 보인다고 기재되어 있다.

 다)부가가치세 조사종결보고서에 따르면, 조사대상법인과 W 거래관련 세금계산서 ip를 확인해본바, 조사대상법인매입세금계산서는 W의 사업장이나 대표자 주소지가 아닌 서울시 종로구와 서울시 마포구에서 발급된 것으로 확인된다고 기재되어 있다.

 라)청구법인은 실제 W와 거래를 하였다는 취지로 물품매도 확약서 및 물품수령증을 제출하였고, 이에 대하여 처분청은 물품매도확약서의 작성시점과 대금결제 및 물품수령증의 작성시점이 동일하고, W는 매도자임에도 매수자 보관용 물품수령증을 증빙으로 제출하였으며, 2022.3.23. 및 2022.3.24.거래는 물품매도확약서상 결제금액과 금융거내역상 이체한 금액이 불일치(매도확약서상 결제금액은 82백만원, 금융거래 이체금액은 79백만원)하는 등 실물거래를 입증할만 증빙이 확인되지 않는다고 주장한다.

10.  2-3)청구법인의 거래처 관련 사항-Q

11.   가)부가가치세 조사종결보고서상, 처분청이 조사대상법인의 매입처인 ㈜케이**** 거래사실조회를 발송하였으나 이사를 사유로 우편물이 반송되었고 이 실제거래를 입증할 만한 증빙 확인되지 않는 점, 매입거래 직전 계좌에 입금됨 현금의 출처가 확인되지 않아 전형적인 자료상의 금융거래 형태를 보이는 점으로 보아 전액 가공(위장)거래로 확정한 것으로 기재되어 있다.

❙부가가치세 조사종결 보고서 일부 발췌❙

12.   나)청구법인은 실제 E씨와 거래를 하였다는 취지로 물품인수증 및 OFFER SHEET을 제출하였고 처분청은 이에 대하여 OFFER SHEET의 작성시점과 대금결제 및 물품수령증의 작성시점이 동일하며 실제거래를 입증할만한 증빙이 확인되지 않는다고 주장한다.

13.  3)청구법인 제출 W 청구 행정소송 판결문

14.   가)청구법인은 서울고등법원 2024누51556 판결문을 제출하였고, 이에 따르면 청구법인의 거래처 중 하나인 W의 대표 F은 실제 거래에 따른 세금계산서를 발급한 것이라는 취지로 2021년 1기 부가가치세 부과처분 취소를 구하는 행정소송(의정부지방법원 2023구합14690)을 진행하였고 1심은 국승으로 원고가 패소하였으나 2심(서울고등법원 2024누51556, 이하 “관련 행정소송”이라 한다)에서 청구주장이 받아들여졌고 대법원 확정(대법원 2025.12.4. 선고 2025두 34930, 심리불속행 기각)이 되었다.

     청구법인은 관련 행정소송 인정사실 중 매입처인 W가 2022 사업연도 제1기에 청구법인에 금을 공급한 사실이 인정되고 그에 따른 세금 계산서를 발급하였으므로 사실과 다른 세금계산서가 아니라고 주장한다.

15.   나)관련 행정소송 판결문에 따르면, W는 2021 사업연도 제1기 공급가액 978,257,005원 상당의 금 15kg을 매입하였음을 이유로 총 14건 매입세금 계산서(이하 “이 사건 세금계산서”라 한다)를 ㈜O씨^*로부터 수취하고, 조O, 김OO에게 공급가액 130,227,274원의 지금 2kg을 지급하였음을 이유로 현금영수증을 발급하였는데 동고양세무서장은 매입거래 및 매출거래의 자금원이 불분명하여 사실과 다르게 세금계산서를 수취하거나 현금영수증을 발급한 것으로 보아 부가가치세를 부과하였고, W는 자금원에 관하여 다투는 한편 2022년에 지금을 청구법인에 공급한 사실도 주장하였고 재판부는 이 사건 세금계산서나 현금영수증이 허위가 아니라고 판단하였다.

  *국세청 전산자료에 따르면 ㈜O씨의 대표자로 기재된 김O은 청구법인 대표 H의 동생으로 확인된다.

❙관련 행정소송 판결문 일부 발췌❙

16.   다)관련 행정소송 판결문 중 ‘다. 이 사건 각 세금계산서나 현금영수증이 허위인지 여부’의 내용을 종합하면, ➀ 매입처들이 모두 금 거래를 하는 업체로 거래대금이 수수되었고, ➁ 거래사실확인서, 물품매도확약서, 물품수령증이 존재하고, ➂ 관련 형사사건에서 ‘D 대표인 G 등이 ’O씨 대표인 Z 공모하여 세금계산서를 실물거래 없이 허위로 작성하였다는 혐의로 기소되었으나 1심에서 합리적 의심 없는 충분한 증명이 되지 않아 무죄 선고 되었고, ➃ 2022 사업연도 매도 관련 금의 사진과 세금계산서가 존재하는데 이에 대해 동고양세무서장은 사진 및 세금계산서의 허위 여부를 문제삼고 있지 않고 있으며, ➄ 자금 출처나 자금흐름이 일반적이지 않고 불분명하나 어색한 점이 엿보이기는 하나 매입거래 대금이 지급된 것이 명백한 이상 매입거래가 자금순환만을 목적으로 한 허위 거래라고 단정할 수 없어 관련 행정소송에서 다투어지는 세금계산서나 현금영수증이 실물 거래 없이 허위로 작성되었음이 증명되었다고 인정하기 어렵고, 상당한 정도로 증명되었다고 보기 어렵다고 판단하였다.

   한편 관련 행정소송 관련 국세청 전산자료를 확인한 결과, 원고 W가 제출한 2022 사업연도 세금계산서에 대하여 동고양세무서장은 ‘관련 행정소송은 2021 사업연도에 관한 것이므로 2022 사업연도의 금 매도 세금계산서는 이에 대한 증빙이 될 수 없다’는 취지로 주장하였을 뿐이고, 이에 따라 관련 행정소송 판결문상 2022 사업연도 세금계산서의 허위 여부에 관한 판단은 없는 것으로 확인된다.

17.  4)㈜D 관련 형사재판 판결문 검토

18.   가)2023.1월 종결한 ㈜D의 서울지방국세청 조사4국 2021 사업연도 제1기부터 2022 사업연도 제1기까지 조사 건은 조심기각, 행정법원 재판 진행중(2024 -구합-54720)‘이라는 부가가치세 조사종결보고서 내용에 관하여 확인한 결과 서울행정법원 2024구합54720 사건은 아직 1심 진행 중으로 변론기일은 추후 지정 예정인데 ㈜D 대표인 G에 대한 형사재판 결과(서울북부지방법원 2022고합416 무죄, 현재 2심 진행 중)를 보고 진행하기 위하여 추정된 것이라 확인되었다.

19.   나)이에 ㈜D 대표 G에 대한 형사재판 1심 판결문 (서울북부지방법원 2022고합416, 이하 “관련 형사사건”이라 한다)을 확보하여 확인한 사실은 다음과 같다.

   관련 형사사건의 피고인은 G과 I로, 이 중 G은 ㈜D를 실질적으로 운영하는 사람이고 검사는 Z 피고인들이 공모하여 다른 B 업체들과 금지금 거래를 실제 한 것처럼 허위 계좌거래내역을 생성하고 그에 따른 거짓세금계산서 수수를 공모하여 수취한 것이라는 취지로 기소하였다.

   재판부는 세금계산서가 재화나 용역의 공급이 없는 거짓세금계산서라는 의심은 드나, 검사가 제출한 증거만으로 거짓세금계산서라고 단정하기 어려워 합리적 의심의 여지가 없을 정도로 충분히 증명되지 않았다고 판시하면서 ➀ 금거래계좌를 통해 세금계산서 기재 금액을 모두 수수하였고, 거래마다 매도 확약서, 물품인도확인서 등을 작성하였고 이 서류들이 허위로 작성되었다고 볼 특별한 사정은 찾아보기 어렵고, ➁ 세금계산서 허위 발급으로 얻을 이익이 불분명하여 피고인의 범행 동기를 설명할 수 없으며, ➂ 피고인들의 변소에 따르면 피고인들은 부가세금을 사서 뒷금으로 팔아 시세차익을 얻는 거래를 하려한 것으로 이 경우 매수업체의 계좌로 현금 입금된 후 매수업체 계좌에서 매도업체 계좌로 거래대금이 송금되고 바로 매도업체의 계좌에서 현금이 인출되는 형태의 현금흐름이 이루어지게 되고 세금계산서 수취분과 발급분 차이보다 적은 양의 금지금 재고를 보유하고 있는 이유가 납득할 수 있다는 것을 그 근거로 판시하였다.

라.판단

1)관련법리

 납세의무자가 신고한 특정 재화 또는 용역의 공급거래에 관한 세금계산서가 재화 또는 용역의 수수 없이 허위로 작성되었다는 점이 과세관청에 의해 상당한 정도로 증명되어 그것이 가공거래인지 여부가 다투어지고, 납세의무자가 주장하는 특정 거래가 실제로 재화의 인도 또는 용역의 제공 등이 없는 가공거래라는 사실이 상당한 정도로 증명된 경우에는 용역의 공급 등이 실제로 있었다는 점에 관하여 장부와 증빙 등의 자료를 제시하기가 용이한 납세의무자가 이를 증명할 필요가 있다(대법원 2024.6.13. 선고 2024두34115 판결 참조).

2)청구법인이 수취·발급한 세금계산서가 사실과 다른 세금계산서인지에 대한 판단

가)위 법리와 앞서 살펴본 사실관계 및 다음 내용으로 볼 때, 청구법인이 수취·발급한 세금계산서가 사실과 다른 세금계산서가 아니라는 청구주장은 받아들이기 어렵다.

 (1)청구법인에 관한 조사내용 및 금융거래 내역을 살펴보면 청구법인의 업무 관련 물적·인적시설은 전무하고 쟁점세금계산서의 발급 ip주소가 사업장과 다르며, 금융 흐름을 살펴보면 매출처이자 매입처인 ㈜D와의 지금(地金) 매입거래 시에 매입 직전 수차례 현금 입금되고 직후 지금 매입대금을 지급하는 형태를 보이고, ㈜D와의 지금(地金) 매출거래 시에 ㈜D에서 매출대금 입금 즉시 현금으로 출금되거나, H 계좌로 이체 후 현금출금의 금융거래형태를 보이며, 또한 ㈜D의 매출대금 일부는 H 계좌를 거쳐 최종 김O에게 이체되는 등 정상 거래라 보기 어려운 방식이라 할 것이다.

      청구법인이 제출한 확약서, 수령증은 작성 시기 등을 고려할 때 신빙성이 있다 보기 어렵고, 이와 달리 실제 거래를 입증할만한 증빙은 제출되지 않았다.

 (2)청구법인은 관련 행정소송이 W와 청구법인의 2022 사업연도 거래를 실물거래로 최종 인정한 것이라고 주장하나, 관련 행정소송은 W의 2021 사업연도 세금계산서에 관한 판결로, 판결문상 ‘원고(W)는 이 사건 각 매입거래로 매수한 지금 15kg 중 12kg을 2022년에 매도하였다면서 관련 세금계산서 등을 증거로 제출하였고, 나머지 1kg은 보유하고 있다면서 그 사진도 제출하였는데, 위와 같은 2022년의 거래나 보유중인 금 사진이 허위라고 볼 만한 증거가 없다(피고도 원고의 위 2022년의 거래로 허위세금계산서 발행이라고 문제 삼지는 않고 있는 것으로 보인다). 그렇다면 원고가 이 사건 각 매입거래 외에 추가로 지금을 구매하였다고 볼 만한 자료가 없는 이 사안에서, 위와 같이 2022년에 매도되거나 원고가 현재 보유하고 있는 지금은 원고의 주장처럼 2021년에 이 사건 각 매입거래를 통해 실제 구매한 것이라고 보지 않을 수 없다.’고 기재되어 있을 뿐 직접적으로 2022 사업연도 W의 청구법인에 대한 매출에 대한 판단을 한 것은 아닌 것으로 확인된다.

나)따라서 청구법인이 수취·발급한 세금계산서를 사실과 다른 세금계산서라고 보아 과세한 이 건 처분은 정당하다.

5. 결론

이 건 심사청구는 청구주장이 이유 없으므로 ｢국세기본법｣ 제65조제1항제2호의 규정에 따라 주문과 같이 결정한다.