이 유

1.사실관계 및 처분내용

가.청구인은 2018.9.28. 울산 북구 A 소재 651-1 전 179㎡, 651-4 전 1,018㎡, 651-10 임야 882㎡(이하 토지들을 합하여 “쟁점토지”라 한다)를 2018.9.28. 협의 분할에 의한 상속으로 취득하여 보유하다가, 2024.11.29. 제3자인 B에게 양도가액 1,030,000,000원에 양도하고, 2025.1.24. 쟁점토지 양도소득세 신고시 ｢조세특례제한법｣ 제69조 자경농지에 대한 양도소득세 감면을 적용하여 양도소득세 61,336,170원으로 신고하였다.

나.처분청은 2025.5.14.부터 2025.6.30.까지 양도소득세 조사를 한 결과 쟁점토지 양도일 2024.11.29.은 쟁점토지가 주거지역에 편입된 날인 2005.3.24.로부터 3년이 지났다고 보아 감면 적용을 배제하고, 2025.9.8. 2024년 과세연도 양도소득세 114,070,000원을 결정·고지하였다.

다.청구인은 이에 불복하여 2025.9.25. 이 건 심사청구를 제기하였다.

2.청구인 주장

가.쟁점토지의 취득시기는 피상속인의 취득일로 보아야 한다.

 1)쟁점토지는 청구인의 부(父) C(이하 “피상속인”이라 한다)가 1974.7.20. 취득하여 경작하던 농지로 2005.3.24 울산광역시 고시 제2005-106호에 의거 1종 지구단위계획결정으로 1종 주거지역에 편입하게 되었다.

    원칙상 8년 이상 자경농지에 대한 양도소득세 감면을 받기 위해서는 주거지역편입일로부터 3년 이내에 매도하여야 하나 쟁점토지는 ｢조세특례 제한법｣ 제77조 및 ｢조세특례제한법 시행령｣ 제66조에 해당되어 도로편입 수용에 대한 기대로 피상속인은 쟁점토지의 매도를 연기해왔다.

    한편 피상속인이 보유하고 있던 2014.11월 쟁점토지의 하단 일부는 도로부지로 편입되고 울산광역시청에 토지 보상 수용되었는데, 쟁점토지를 가로 지르는 도로편입예정지는 피상속인이 사망할 때까지 보류되었던 상황이라 상속인은 부친의 유언에 따라 해당토지를 도로편입시점까지 보유하고 경작하였다.

    그러나 시행사업 주체인 울산광역시(혹은 북구청)가 지구단위계획내 토지 활성화를 위해 산업단지조성, 국립대유치, 행복주택건설 등 유치를 위해 노력했으나 여의치 않아 2023.11.30. 울산광역시 고시 제2023-261호로 도시계획 시설결정이 폐지가 되었고, 청구인은 더 이상 보유할 의미가 없다고 생각하여 쟁점토지를 매도하게 된 것으로 이와 같이 쟁점토지는 실질상 공익사업 시행에 따른 수용 기대에 따라 매도가 지연되었고 2005년 고시된 도시관리계획상 도로 편입예정부지로 택지개발촉진법에 의하여 100,000㎡를 초과하는 대규모 개발 계획이므로 쟁점토지는 ｢조세특례제한법 시행령｣ 제66조 제4항에 의거 대규모 개발계획 지연 또는 폐지로 인한 자경농지 감면대상에 해당한다.

 2)｢조세특례제한법｣ 제77조제9항에 의거 제1항 및 제2항을 적용하는 경우 상속받거나 ｢소득세법｣ 제97조의2제1항이 적용되는 증여받은 토지 등은 피상속인 또는 증여자가 해당 토지 등을 취득한 날을 해당 토지 등의 취득일로 본다고 규정되어 있는 바, ｢조세특례제한법 시행령｣ 제66조제7항에서 규정하는 주거지역 등 지정 받은 경우 감면소득금액을 구할 때, 취득당시 기준시가는 상속의 경우 피상속인의 취득 당시 기준시가를 적용하여야 하며 특히 행정기관이 일방적으로 도로편입계획을 취소한 경우, ｢국세기본법｣ 제14조 실질과세 원칙에 의거 ｢조세특례제한법｣ 제77조를 적용 쟁점토지는 피상속인의 취득일을 취득시기로 판정하여야 한다.

   ｢조세특례제한법｣ 제77조9항에 상속시 자산의 취득일을 피상속인의 취득일 로 보는 이유는 ①공익사업 감면 요건 충족을 위한 실질 보유기간 인정, ②재산 승계의 연속성 인정, ③조세 형평성과 실질과세 원칙실현을 위함이고 ③과 관련하여 동일한 자산이 단지 상속을 통해 이전되었다는 이유로 감면혜택을 박탈하는 것은 형평성에 어긋나며, 경제적 실질을 기준으로 과세하기 위하여 실질 보유자인 피상속인의 기간을 인정하는 것이 타당한데 공익사업용 해당 토지로 선정만 되지 않았다면, 굳이 주거지역으로 편입된 농지를 보유할 이유가 없기 때문이다.

    또한 ｢조세특례제한법｣ 제77조의 법적 취지가 공익사업으로 인해 토지를 양도하거나 수용당하는 납세자에게 양도소득세 부담을 완화함으로써 공익사업의 원활한 추진과 납세자의 재산권 보호 사이의 균형을 도모하는 것이라고 판단하건데, 피상속인이 보유하고 있던 연결된 토지 가운데 일부분은 공익사업용 토지로 수용이 되고 일부 토지는 수용이 되지 않을 정도로 해당 관청의 계획이 무분별하고 도로개설계획 수립의 원인이 생활유해시설 도입에 의한 주민 불만의 해소의 목적이고 그목적이 달성되었다는 이유로 도로개설계획을 취소한다면 납세자는 ｢조세특례제한법｣ 제77조의 요건을 충족하였고 국가가 그 소임을 다하지 못한 책임과 그에 따른 손해배상을 해야할 것이다.

  납세자 통제밖의 사유로 인하여 20여년간 공익사업용 토지 수용 계획 지연에도 불구하고 국가에 대한 완벽한 믿음으로 기다린 납세자의 공익사업용 토지 수용에 대한 기대권을 인정하여야 할 것이다.

나.과소신고가산세 부과 대상이 아니다.

 1)과세관청이 납세자가 착오를 일으킬만한 사유가 있거나 과세관청의 공무원이 양도세 감면신청에 관련해서 법 내용을 잘 모른 채 안내하여 신뢰성이 떨어지거나 자질에 의심이 간다면 과소신고가산세는 부과하지 아니하여야 하는 것으로, 청구인은 2024.12.9. 양도소득세 자경 관련 감면신청서를 제출하였고 그 이후 수 차례 감면신청서 수용 여부 확인 전화 및 직접 방문하였는데 이에 관하여 세무서 직원은 양도소득세 감면신청서는 양도세 신고할 때 내는 것이라는 소리만 계속하였고 이에 양도세 감면신청을 미리 하면 안된다는 법 근거를 제시하라고 하니 못할 뿐이었고 양도소득세 자경 감면 관련 담당자를 가르쳐 달라고 하니 다들 모른다고 하였다.

 2)청구인은 2025.1.25. 양도소득세 신고서(감면적용분/ 미적용분) 2부를 각각 따로 작성하여 처분청을 방문하였는데, 양도소득세 담당자가 “양도세 감면 신청한 대로 신고하라”고 하기에 청구인은 신고서 제출하였고 담당자가 납부서를 직접 출력해 준대로 금액을 납부하였는데 2025.2월말경 처분청에서 양도소득세 신고서가 2부가 신고되었다고 전화가 왔다.

    이에 청구인은 신고서는 한 개고 그전에 제출한 것은 양도소득세 감면 신청서로, 양도소득세 신고서 상단에 보면 예정신고에 체크되어 있는 것은 신고서이고 소명자료 제출서에 체크가 되어있는 것은 양도소득세 감면신청서 소명자료 제출용이며 신고서가 아니라는 내용을 3번 넘게 상세하게 설명하였고 담당자는 소명자료 제출서와 신고서도 구분을 못 하였고 ｢조세특례제한법｣ 제66조와 제77조에 대해 납세자 보다 몰랐는데 이처럼 소명자료 제출서와 신고서도 구분 못 하는 담당 직원의 안내가 제대로 되었을 리 만무하며 따라서 양도소득세 자경관련 감면신청은 관할 세무서가 아닌 본청에 직접 신고하도록 바꿔야 한다.

 3)2008두17418 대법원 판례에 따르면 “납세자가 과세관청의 유권해석이나 안내에 따라 신고하였고, 그 해석이 추후 변경되었거나 잘못된 경우, 납세자에게 정당한 사유가 있다고 보아야 한다.”라고 나와있으며, 아무리 세금신고는 납세자 고유권한이기는 하나, 법이나 형식에 얽매이지 않고 실제 내용에 대해 과세한다는 실질과세원칙을 실천하기 위한 납세자가 올바른 판단을 하도록 해당 과세관청은 도움을 주어야 하는 것으로, 오히려 납세자의 판단을 흐리게 하는 마중물이 되어서는 안 되는 것인데 처분청은 마치 감면신청이 받아들여진 것으로 오해할만한 발언과 태도를 보였고 이에 반하여 청구인은 양도세 감면 여부를 확인하여 인정이 안 될 경우를 대비하여 언제든지 신고서 수정을 하려고 준비하는 등 성실하게 신고하려는 의지는 분명한 것이라 할 것이다.

  따라서 이러한 판례와 ｢국세기본법｣ 제48조를 근거로 하여 납세자가 정당한 사유가 있는 경우이고 양도소득세 과소신고가 고의나 중대한 과실에 의한 것이 아니라 법령의 부지 또는 착오가 무리가 아니었다고 판단되는 경우에 해당되며, 국세기본법 제48조에 따른 정당한 사유로 가산세 부과는 부당하다.

다.그 외 주장

 1)실질적 자경 농지임에도 공익사업용 토지로 지정된 이후 주거지역 편입 및 20년 후 공익사업계획 폐지로 인한 자경감면 불가는 헌법과 민법에 위배되는 것이다.

    쟁점토지는 도로 예정지로 지정되었으나, 계획이 취소되어 공익사업으로도 진행되지 않았는데 도로개설 예정지라는 이유로 주거지역 편입에 의한 실제 거래가액 상승이 없었으며, 투기적 가치 상승도 없었으므로, ｢조세특례제한법｣ 제69조 취지에 100% 부합하는 토지이다.

  단순히 도시계획상 주거지역으로 편입되었다는 이유만으로 감면을 배제하는 것은 형식이나 외관이 아닌 경제적 실질에 따라 과세해야 하는 실질과세 원칙에 반하며, 이는 조세 정의와 형평성을 저해하는 행위인 것으로, 상속인 및 피상속인 본인은 주거지역 편입 이후에도 실질적으로 농업에 이용되었고, 도시개발 한다고 관련 행정기관에서 떠들었으나, 아무런 개발행위는 이루어지지 않았고 상속인과 피상속인은 주거지역 편입 이후 해당 토지에 어떠한 개발행위나 건축행위를 한 적이 없으며 쟁점토지를 포함하여 인근 토지 여러 곳에서 계속 농사를 짓고 있다.

    도시계획의 변경이나 공익사업의 취소는 납세자의 통제 밖의 사유로, 감면 배제는 형평에 어긋나고 이러한 통제 밖의 사유가 울산북구청의 무분별한 계획수립에 있다면, 감면배제는 실질과세원칙을 정면으로 반박하는 것이라고 할 것이다.

 2)과세전적부심사 위원회에 구성인원 가운데 세무조사를 담당했던 담당자 (재산세 법인세과)도 위원의 자격으로 참석했고 위원회의 위원들과 동등한 자리에 있었는데 이는 절차상 하자이며 처분통지 취소의 중대한 사유에 해당한다.

  국세심사사무처리규정 제34조 제1항에 의하면 세무서 국세심사위원회의 구성시 내부 위원은 지방국세청장이 해당 세무서 소속 과장중에서 임명하는 납세자보호 담당관과 3명 이내의 공무원으로 한다고 규정되어 있는데 과세전적부심사 위원회에 구성인원 가운데 세무조사를 담당했던 담당자(재산세법인세과)도 위원의 자격으로 참석했고 위원회의 위원들과 동등한 자리에 있었다.

    만일 관할 세무서의 주장이 관할이 “세무조사 담당자는 위원이 아니었다.”라고 주장한다면, 담당자의 자리가 위원회 위원들과 나란하게 앉아 있어서는 안 되며, 굳이 세무조사 담당자가 참석해야 한다면 납세자와 나란하게 앉아서 위원회 위원들의 의사결정에 영향력을 행사해서는 안 된다.

    공무원 고충처리규정 제3조 및 제3조의2에도 공정성을 확보하기 위해 구성원에 대한 자격요건과 회피사유를 규정하고 있는데, 심사대상 사안에 직접 관여한 자는 위원회 구성에서 배제되어야 한다고 나와있고 이는 공정한 심사와 이해충돌 방지를 위한 조치이다.

    그래서 과세전적부심사위원회를 개최할 때는 세무조사 담당자가 참석하게 되면 이는 공정한 심사가 아니라 할 것이고 그렇다면 동울산세무서의 과세전 적부심사는 절차상 하자가 있는 것이고 조세심판례 조심2024-서-0143(2024.3.18.)을 적용 절차상 중대한 하자로 판단되므로, 양도소득세 감면 불가에 따른 부과처분 및 납부통지는 당연히 취소되어야 한다.

라.결론

  단순히 도시계획상 주거지역으로 편입되었다는 이유만으로 감면을 배제하는 것은 도로개설예정지가 수용되지 않는 등의 납세자 통제 밖의 사유로 납세자에게 귀책을 지우는 것으로 타당하지 않고, 앞서 본 것과 같이 과세전적부심사 위원회에 구성인원 가운데 세무조사를 담당했던 담당자(재산세법인세과)가 위원의 자격으로 참석하여 위원회의 위원들과 동등한 자리에 앉은 절차상 하자가 존재할 뿐만 아니라 청구인이 의견진술을 신청하며 추가로 주장한 내용 역시 반영되지 않았으므로 이 사건 처분은 부당하다.

3.처분청 주장

가.쟁점토지는 공익사업의 시행자가 아닌 제3자에게 양도된 것으로 도시 관리계획에 따라 주거지역에 편입된 농지이므로 공익사업용 토지 등에 대한 양도소득세 감면대상이 아니다.

 1) ｢조세특례제한법｣ 제77조에 따라 공익사업용 토지 등에 대한 양도소득세 감면은 공익사업 관련 법령에 따른 공익사업의 시행자에게 양도함으로써 발생하는 소득에 대해 감면대상 소득으로 규정하고 있는데 쟁점토지는 수용이 아닌 매매를 원인으로 양도되었으며, 매수인은 공익사업의 시행자 또는 정비구역의 사업시행자가 아니므로, 공익사업용 토지 등에 대한 양도소득세 감면대상에 해당되지 않는다.

  쟁점토지는 도시관리계획에 따라 주거지역에 편입된 농지이며, 도시관리계획 고시 외 개발사업시행 고시내용 없는 등 자경농지에 대한 양도소득세 감면대상이 아니다.

2)청구인은 쟁점토지를 주거지역 편입일부터 3년 내에 양도하지 못한 데에 불가피한 사유가 있으므로 자경농지에 대한 감면배제대상이 아니라고 주장하나, ｢조세특례제한법 시행령｣ 제66조제4항제1호 각 목은 대규모 개발사업의 시행에 따라 주거지역에 편입된 토지로서 개발사업시행자의 책임으로 인해 보상이나 사업시행이 지연된 경우에만 주거지역 편입일부터 3년이 경과하여 양도하여도 감면배제 대상으로 보지 않겠다고 규정하고 있다.

  청구인이 개발사업으로 주장하는 ‘울산광역시 고시(제2005-106호)는 쟁점 토지를 포함한 지역의 개발제한구역 해제 및 그에 따른 도시관리계획을 고시한 내용으로, 구체적인 개발사업의 시행기간, 시행자 및 시행방식, 수용방법 등을 규정한 고시내역은 없고 있는데 이처럼 개발사업의 시행이 아닌 도시관리계획에 따라 주거지역에 편입된 농지로, ｢조세특례제한법 시행령｣ 제66조제4항제1호가목 및 나목에서 말하는 개발사업의 시행으로 주거지역에 편입된 농지가 아니며, 도시관리계획에 따라 주거지역으로 편입된 후 3년이내 대규모개발사업이 시행된 사실 및 개발사업시행자 또한 없어 ｢조세특례제한법 시행령｣ 제66조제4항제1호 다목에 해당하지 않으며, 또한 쟁점토지를 주거지역 편입일부터 3년이 경과하여 매매를 원인으로 개발사업시행자가 아닌 제3자에게 양도하였다.

 3)자경 및 공익사업 토지 감면대상에 대해 법률상 명확히 규정하고 있으며, 조세 감면요건은 엄격하게 해석하는 것이 조세공평의 원칙에 부합한다.

    조세법규의 해석은 특별한 사정이 없는 한 법문대로 해석하여야 할 것이고 합리적 이유 없이 확장해석하거나 유추해석하는 것은 허용되지 않으며, 특히 감면요건 규정 가운데 명백히 특혜 규정이라고 볼 수 있는 것은 엄격하게 해석하는 것이 조세공평의 원칙에 부합하는 것으로(대법원 2010도1191 등), 조세감면의 우대조치는 조세평등주의에 반하고 국가나 지방자치단체의 재원의 포기이기도 하여 가급적 억제되어야 하고 그 범위를 확대하는 것은 결코 바람직하지 못하므로 특히 정책목표 달성이 필요한 경우에 그 면제혜택을 받는 자의 요건을 엄격히 하여 극히 한정된 범위 내에서 예외적으로 허용되어야 하며(헌법재판소 93헌바2) 도시계획법에 의한 주거지역·상업지역 및 공업지역안에 있는 농지로서 이들 지역에 편입된 날부터 3년이 지난 농지를 일률적으로 면제대상에서 제외하고 있는데, 이는 주거지역 등에 편입되어 3년이 경과한 농지는 농지로서의 효용가치를 상실하였다고 본 행정부의 정책적 판단에 기인한 것인바, 그러한 판단이 객관적으로 자의적인 것이라고 단언할 수는 없는 것이다(헌법재판소 2002헌바2).

  쟁점토지가 주거지역으로 편입한 2005년 이전부터 자경감면에 대해 규정하고 있는 ｢조세특례제한법 시행령｣ 제66조에서는 주거지역 등 편입된 날로부터 3년이 지난 토지에 대해 감면배제 대상으로 명확히 규정하고 있으며, 예외적으로 개발사업의 시행에 따라 주거지역에 편입된 토지로서 개발사업 시행자의 책임으로 인해 보상이나 사업시행이 지연된 경우에만 감면배제 대상으로 보지 않겠다고 명시하고 있으며 공익사업용 토지 등에 대한 양도소득세 감면 규정하고 있는 ｢조세특례제한법 시행령｣ 제77조 또한 공익사업의 시행자 에게 양도함으로써 발생하는 소득에 대해 감면대상 소득으로 명시하고 있다.

쟁점토지는 도시관리계획에 따라 주거지역에 편입된 농지로, 도시관리계획 고시 외 개발사업의 시행 고시 내용 없는 등 ｢조세특례제한법 시행령｣ 제66조 자경농지에 대한 양도소득세 감면배제 대상으로 보지 않는 예외 규정에 해당하지 않아 자경농지 감면대상이 아니며, 공익사업 토지감면을 받기 위해서는 공익사업의 시행자에게 양도 및 수용되어야 하나, 쟁점토지에 어떠한 개발사업의 시행 고시가 확인되지 않으며, 공익사업의 시행자가 아닌 제3자인 개인에게 양도한 것으로 공익사업용토지 감면 및 자경감면대상이 아닌 것이 법률상 명확하다.

  서울고등법원 역시 ‘조세특례제한법 시행령 제66조제4항제1호 단서에서 개발사업의 시행으로 인하여...주거지역에 편입된 농지라 함은 구체적인 개발 사업의 시행으로 인하여 주거지역에 편입된 농지를 말하는 것이지, 그에 이르지 못한 채 단순히 도시계획결정에 따라 지구단위계획구역 내 도시계획시설용지로 계획되었다는 것만으로는 위 규정의 적용대상에 해당한다고 볼 수 없다’고 판시하고 있으므로 따라서 쟁점토지의 양도는 주거지역 편입일부터 3년이 경과하여 매매한 것으로 조사팀의 자경농지에 대한 감면부인 결정은 정당하다.

나. 쟁점토지의 취득시기는 상속개시일이며, 자경농지에 대한 감면대상이 된다 하더라도 감면대상 소득금액은 없다.

 1) 쟁점토지의 양도는 공익사업의 시행자에게 양도 및 수용이 아니라 제3자인 개인에게 매매를 원인으로 양도한 것으로 ｢조세특례제한법｣ 제77조 규정 (공익사업 토지감면)이 적용되지 않으며, 소득세법에서는 상속에 의하여 취득한 자산의 취득시기는 상속개시일로 규정하고 있다(｢소득세법 시행령｣ 제162조 제1항제5호).

 2) 또한, 쟁점토지가 자경농지에 대한 감면대상이 된다 하더라도 청구인은 쟁점토지를 주거지역 편입일인 2005.03.24. 이후 취득(2018.09.28. 상속으로 취득) 하였고, ｢조세특례제한법 시행령｣ 제66조제7항에 따라 취득 당시 기준시가가 주거지역에 편입된 날의 기준시가보다 크므로 감면대상 소득금액은 없다.

    이에 관하여 대법원은 ‘조세특례법 제69조제1항 단서에서 본문에 의한 양도소득세 면제범위를 제한한 것은, 농지가 주거지역 등에 편입되거나 환지예정지 지정을 받은 후에는 개발이익이 발생하기 시작하여 경제적 가치 면에서 사실상 농지 외의 토지와 다를 바 없게 되므로 그 부분까지 농지로서의 양도소득세 감면혜택을 부여할 필요가 없기 때문이다. 구 조특법 제69조 제1항 단서의 문언상 주거지역 등 편입과 환지예정지 지정 중 어느 하나의 요건만 충족되면 양도소득세 면제범위가 제한된다고 볼 수 있을 뿐만 아니라, 농지가 국토계획법에 따른 주거지역 등에 편입된 후 순차로 도시개발법 등에 따른 환지예정지 지정을 받은 경우 주거지역 등에 편입된 때부터 이미 사실상 농지 외의 토지로 취급되어 거래가 이루어지므로, 이 경우에는 환지예정지 지정이 아니라 그에 앞서 이루어진 주거지역 등 편입 전까지 발생한 양도소득에 대하여만 양도소득세 면제대상이 된다고 봄이 타당하다’고 판시하였다.

다. 양도소득세는 납세자의 신고에 의하여 납세의무가 확정되는 신고납부 세목이며, 세무공무원의 상담안내는 단순한 행정서비스로 공적인 견해표명으로 볼 수 없고 가산세를 감면할 정당한 사유에 해당하지 않는다.

    세법상 가산세는 과세권 행사 및 조세채권의 실현을 용이하게 하기 위하여 납세자가 정당한 이유 없이 법에 규정된 신고, 납세 등 각종 의무를 위반한 경우에 법이 정하는 바에 따라 부과하는 행정상 제재로서 납세자의 고의·과실은 고려되지 않으며, 법령의 부지·착오 등은 의무위반을 탓할 수 없는 정당한 사유에 해당하지 않는 것이고, 양도소득세는 납세의무자가 스스로 과세표준과 세액을 신고하여 조세채무를 확정 짓는 신고납세방식을 채택하고 있는데 신고납세방식에서 신고 하는 과세표준과 세액 등의 적정 여부에 대한 최종 책임은 납세자에게 있으며, 세무공무원의 신고 과정의 안내는 일반적인 상담행위에 불과한 것으로 공적인 견해표명으로 볼 수 없고, 납세자의 해당 세금의 과세표준과 세액의 신고를 보조하는데 그치므로 거기에 따랐다는 사정은 납세자의 신고에 따른 책임을 면할 정당한 사유에 해당한다고 볼 수 없다.

마. 담당 세무공무원(조사팀장)은 과세전적부심사에서 처분에 대한 의견을 진술하기 위해 참석한 것이다.

     2025.9.4. 과세전적부심사 당시 위원회 구성은 위원장(세무서장) 1명, 내부위원 2명과 외부(민간)위원 4명으로 구성되었으며, 내부위원은 2명은 처분에 관계 없는 인원으로 구성되었고, 담당 세무공무원(조사팀장)은 내부위원이 아닌 과세처분에 대한 의견을 진술하기 위해 의견 진술인으로 참석하였으며, 청구인 또한 청구주장에 대해 의견 진술하기 위해 위원회에 참석한 것일 뿐이므로 청구인의 주장은 사실과 다르므로 이유 없다.

라.결론

  청구인의 쟁점토지는 자경농지에 대한 양도소득세는 감면되어야 한다고 주장하나, 자경 감면을 부인한 당초 처분은 정당하다.

4.심리 및 판단

가.쟁점

 ➀쟁점토지가 주거지역에 편입된 날부터 3년이 지났다고 보아 8년 이상 자경농지에 대한 양도소득세 감면규정의 적용을 배제하여 과세한 처분의 당부

➁쟁점토지의 취득시기를 피상속인의 취득일로 보아야 한다는 청구주장의 여부

 ➂과소신고가산세를 부과하지 아니할 정당한 사유가 있다는 청구주장의 당부

나.관련 법령

가)  1)조세특례제한법 제69조【자경농지에 대한 양도소득세의 감면】

①농지 소재지에 거주하는 대통령령으로 정하는 거주자가 8년 이상 [대통령령으로 정하는 경영이양 직접지불보조금의 지급대상이 되는 농지를 「한국농어촌공사 및 농지관리기금법」에 따른 한국농어촌공사 또는 농업을 주업으로 하는 법인으로서 대통령령으로 정하는 법인(이하 이 조에서 "농업법인"이라 한다)에 2026년 12월 31일까지 양도하는 경우에는 3년 이상] 대통령령으로 정하는 방법으로 직접 경작한 토지 중 대통령령으로 정하는 토지의 양도로 인하여 발생하는 소득에 대해서는 양도소득세의 100분의 100에 상당하는 세액을 감면한다. 다만, 해당 토지가 주거지역등에 편입되거나 「도시개발법」 또는 그 밖의 법률에 따라 환지처분 전에 농지 외의 토지로 환지예정지 지정을 받은 경우에는 주거지역등에 편입되거나, 환지예정지 지정을 받은 날까지 발생한 소득으로서 대통령령으로 정하는 소득에 대해서만 양도소득세의 100분의 100에 상당하는 세액을 감면한다.

나)  1-1)조세특례제한법 시행령 제66조【자경농지에 대한 양도소득세의 감면】

  ④ 법 제69조제1항 본문에서 "대통령령으로 정하는 토지"란 취득한 때부터 양도할 때까지의 사이에 8년(제3항의 규정에 따른 농지이양은퇴보조금의 지급대상이 되는 농지를 한국농어촌공사 또는 제2항의 규정에 의한 법인에게 양도하는 경우에는 3년) 이상 자기가 경작한 사실이 있는 농지로서 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 것을 제외한 것을 말한다.

   1.양도일 현재 특별시ㆍ광역시(광역시에 있는 군을 제외한다) 또는 시{「지방자치법」제3조제4항에 따라 설치된 도농(都農) 복합형태의 시의 읍ㆍ면 지역 및 「제주특별자치도 설치 및 국제자유도시 조성을 위한 특별법」제10조제2항에 따라 설치된 행정시의 읍ㆍ면 지역은 제외한다}에 있는 농지중 「국토의 계획 및 이용에 관한 법률」에 의한 주거지역·상업지역 및 공업지역안에 있는 농지로서 이들 지역에 편입된 날부터 3년이 지난 농지. 다만, 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 경우는 제외한다.

   가. 사업시행지역 안의 토지소유자가 1천명 이상이거나 사업시행면적이 기획재정부령으로 정하는 규모 이상인 개발사업(이하 이 호에서 "대규모개발사업"이라 한다)지역(사업인정고시일이 같은 하나의 사업시행지역을 말한다) 안에서 대규모개발사업의 시행으로 인하여 「국토의 계획 및 이용에 관한 법률」에 따른 주거지역ㆍ상업지역 또는 공업지역에 편입된 농지로서 사업시행자의 단계적 사업시행 또는 보상지연으로 이들 지역에 편입된 날부터 3년이 지난 경우

   나. 사업시행자가 국가, 지방자치단체, 그 밖에 기획재정부령으로 정하는 공공 기관인 개발사업지역 안에서 개발사업의 시행으로 인하여 ｢국토의 계획 및 이용에 관한 법률｣에 따른 주거지역ㆍ상업지역 또는 공업지역에 편입된 농지로서 기획재정부령으로 정하는 부득이한 사유에 해당하는 경우

   다. ｢국토의 계획 및 이용에 관한 법률｣에 따른 주거지역ㆍ상업지역 및 공업지역에 편입된 농지로서 편입된 후 3년 이내에 대규모개발사업이 시행되고, 대규모개발사업 시행자의 단계적 사업시행 또는 보상지연으로 이들 지역에 편입된 날부터 3년이 지난 경우(대규모개발사업지역 안에 있는 경우로 한정한다)

  ⑦ 법 제69조제1항 단서에서 "대통령령으로 정하는 소득"이란 ｢소득세법｣ 제95조제1항에 따른 양도소득금액(이하 이 항에서 "양도소득금액"이라 한다)중 다음 계산식에 의하여 계산한 금액을 말한다. 이 경우 「공익사업을 위한 토지 등의 취득 및 보상에 관한 법률」 및 그 밖의 법률에 따라 협의매수되거나 수용되는 경우에는 보상가액 산정의 기초가 되는 기준시가를 양도 당시의 기준시가로 보며, 새로운 기준시가가 고시되기 전에 취득하거나 양도한 경우 또는 주거지역등에 편입되거나 환지예정지 지정을 받은 날이 도래하는 경우에는 직전의 기준시가를 적용한다.

다)  1-2)조세특례제한법 시행규칙 제27조 【농지의 범위등】

  ③ 영 제66조제4항제1호가목 및 제67조제8항제1호가목에서 "기획재정부령으로 정하는 규모"란 100만제곱미터로 한다. 다만, ｢택지개발촉진법｣에 따른 택지 개발사업 또는 ｢주택법｣에 따른 대지조성사업의 경우에는 10만제곱미터로 한다.

 ④ 영 제66조제4항제1호나목 및 제67조제8항제1호나목에서 "기획재정부령으로 정하는 공공기관"이란 ｢공공기관의 운영에 관한 법률｣에 따라 지정된 공공기관과 ｢지방공기업법｣에 따라 설립된 지방직영기업·지방공사·지방공단을 말한다.

  ⑤ 영 제66조제4항제1호나목 및 제67조제8항제1호나목에서 "기획재정부령으로 정하는 부득이한 사유"란 사업 또는 보상을 지연시키는 사유로서 그 책임이 사업시행자에게 있다고 인정되는 사유를 말한다.

라)  2)조세특례제한법 제77조【공익사업용 토지 등에 대한 양도소득세의 감면】

  ① 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 소득으로서 해당 토지등이 속한 사업지역에 대한 사업인정고시일(사업인정고시일 전에 양도하는 경우에는 양도일)부터 소급하여 2년 이전에 취득한 토지등을 2026년 12월 31일 이전에 양도함으로써 발생하는 소득에 대해서는 양도소득세의 100분의 15[토지등의 양도대금을 대통령령으로 정하는 채권으로 받는 부분에 대해서는 100분의 20으로 하되, ｢공공주택 특별법｣ 등 대통령령으로 정하는 법률에 따라 협의매수 또는 수용됨으로써 발생하는 소득으로서 대통령령으로 정하는 방법으로 해당 채권을 3년 이상의 만기까지 보유하기로 특약을 체결하는 경우에는 100분의 35(만기가 5년 이상인 경우에는 100분의 45)]에 상당하는 세액을 감면한다.

   1.｢공익사업을 위한 토지 등의 취득 및 보상에 관한 법률｣이 적용되는 공익사업에 필요한 토지등을 그 공익사업의 시행자에게 양도함으로써 발생하는 소득

2. ｢도시 및 주거환경정비법｣에 따른 정비구역(정비기반시설을 수반하지 아니하는 정비구역은 제외한다)의 토지등을 같은 법에 따른 사업시행자에게 양도함으로써 발생하는 소득

 3. ｢공익사업을 위한 토지 등의 취득 및 보상에 관한 법률｣이나 그 밖의 법률에 따른 토지등의 수용으로 인하여 발생하는 소득

  ② 개발제한구역에서 해제된 해당 토지등을 ｢공익사업을 위한 토지 등의 취득 및 보상에 관한 법률｣ 및 그 밖의 법률에 따른 협의매수 또는 수용을 통하여 2025년 12월 31일까지 양도함으로써 발생하는 소득에 대해서는 다음 각 호에 따른 세액을 감면한다. 다만, 개발제한구역 해제일부터 1년(개발제한구역 해제 이전에 ｢경제자유구역의 지정 및 운영에 관한 법률｣에 따른 경제자유구역의 지정 등 대통령령으로 정하는 지역으로 지정이 된 경우에는 5년) 이내에 ｢공익사업을 위한 토지 등의 취득 및 보상에 관한 법률｣ 및 그 밖의 법률에 따라 사업인정고시가 된 경우에 한정한다.

  1.개발제한구역 지정일 이전에 해당 토지등을 취득하여 취득일부터 사업인정고시일까지 해당 토지등의 소재지에서 거주하는 대통령령으로 정하는 거주자가 소유한 토지등: 양도소득세의 100분의 40에 상당하는 세액

   2.사업인정고시일부터 20년 이전에 취득하여 취득일부터 사업인정 고시일까지 해당 토지등의 소재지에서 거주하는 대통령령으로 정하는 거주자가 소유한 토지등: 양도소득세의 100분의 25에 상당하는 세액

③ 제1항 및 제2항을 적용하는 경우 상속받은 토지등은 피상속인이 해당 토지 등을 취득한 날을 해당 토지등의 취득일로 본다.

④ 제1항 및 제2항을 적용할 때 감면신청, 거주기간의 계산, 그 밖에 필요한 사항은 대통령령으로 정한다.

마)  3)소득세법시행령 제162조 【양도 또는 취득의 시기】

① 법 제98조 전단에서 "대금을 청산한 날이 분명하지 아니한 경우 등 대통령령으로 정하는 경우"란 다음 각 호의 경우를 말한다.

   5. 상속 또는 증여에 의하여 취득한 자산에 대하여는 그 상속이 개시된 날 또는 증여를 받은 날

바)  4)국세기본법 제47조의3 【과소신고·초과환급신고가산세】

  ① 납세의무자가 법정신고기한까지 세법에 따른 국세의 과세표준 신고 (예정신고 및 중간신고를 포함하며, ｢교육세법｣ 제9조에 따른 신고 중 금융·보험업자가 아닌 자의 신고와 ｢농어촌특별세법｣에 따른 신고는 제외한다)를 한 경우로서 납부할 세액을 신고하여야 할 세액보다 적게 신고(이하 이 조 및 제48조에서 "과소신고"라 한다)하거나 환급받을 세액을 신고하여야 할 금액보다 많이 신고(이하 이 조 및 제48조에서 "초과신고"라 한다)한 경우에는 과소신고한 납부세액과 초과신고한 환급세액을 합한 금액(이 법 및 세법에 따른 가산세와 세법에 따라 가산하여 납부하여야 할 이자 상당 가산액이 있는 경우 그 금액은 제외하며, 이하 "과소신고납부세액등"이라 한다)에 다음 각 호의 구분에 따른 산출방법을 적용한 금액을 가산세로 한다.

   2. 제1호 외의 경우: 과소신고납부세액등의 100분의 10에 상당하는 금액

사)  5)국세기본법 제48조 【가산세 감면 등】

① 정부는 이 법 또는 세법에 따라 가산세를 부과하는 경우 그 부과의 원인이 되는 사유가 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우에는 해당 가산세를 부과하지 아니한다.

   1. 제6조에 따른 기한 연장 사유에 해당하는 경우

   2. 납세자가 의무를 이행하지 아니한 데에 정당한 사유가 있는 경우

   3. 그 밖에 제1호 및 제2호와 유사한 경우로서 대통령령으로 정하는 경우

다. 사실관계

2.  1)다툼 없는 사실

  청구인이 재촌요건을 갖추었다는 사실과 자경하였다는 사실에 관한 다툼은 없고, 쟁점토지가 2005.3.24. 주거지역으로 편입이 되었다는 사실에 대하여도 다툼이 없다.

3.  2)쟁점토지 관련 내용

4.   가)등기사항전부증명서 기재에 따르면 쟁점토지는 청구인이 C로부터 2018.9.28. 상속받은 것으로 기재되어 있고, 2024.10.7. D에게 대금 1,030,000,000원에 매매한 것으로 확인된다.

❙쟁점토지 소유권 변동 내역❙

5.   나)처분청의 청구인에 대한 양도소득세 조사종결보고서에 따르면 쟁점토지는 양도일 현재 주거지역으로 편입된 날인 2005.3.24.로부터 3년이 경과하였고, 주거지역편입일의 기준시가보다 청구인의 취득 당시인 2018.9.28.의 기준시가가 높아 감면소득금액이 없어 8년자경 감면 요건을 충족하지 않아 감면적용이 배제된 것으로 나타난다.

❙청구인 양도소득세 조사종결 보고서 일부 발췌❙

6.  3)자경농지 감면 관련 대규모개발사업의 개념

7.   가)쟁점토지가 2005.3.24. 주거지역으로 편입이 된 상태로 3년이 경과하였다는 사실에 대하여 당사자간 다툼은 없으나 자경농지 감면배제대상의 예외 대상인지 여부에 다툼이 있다.

      즉 조사청은 ｢조세특례제한법｣ 제69조 및 ｢조세특례제한법 시행령｣ 제66조 제4항제1호가목의 대규모개발사업 시행 또는 보상의 지연으로 볼만한 예외 사유가 존재하지 않는다는 주장이고, 청구인은 공익사업계획(울산광역시 고시 제2005- 106호, 이하 “쟁점고시”라 한다)의 폐지로 인하여 쟁점토지가 주거지역 편입일 로부터 3년 내에 양도되지 못한 데에 불가피한 사유가 있으므로 예외 사유에 해당하여 자경농지에 대한 감면배제대상이 아니라는 주장인데, 대규모개발사업 등 법률에 규정된 개념 등을 정리하면 다음과 같다.

8.  나)｢조세특례제한법 시행령｣ 제66조제4항제1호는 주거지역에 편입된 지 3년이 지난 농지는 자경농지 양도소득세 감면이 아니라고 규정하면서도 단서 및 각 목에서 예외적으로 감면으로 보는 경우를 규정하고 있는데 가목은 ‘대규모 개발사업’ 즉 사업시행지역 안의 토지소유자가 1천명 이상이거나 사업시행면적이 기획재정부령으로 정하는 규모 이상인 개발사업 지역 안에서 개발사업을 시행하여 주거지역에 편입된 농지로 사업시행자의 사업시행 또는 보상의 지연으로 3년이 지나게 된 경우를 규정하고 있다.

   이에 관하여 ｢조세특례제한법 시행규칙｣ 제27조제3항은 ‘영 제66조제4항 제1호가목 및 제67조제8항제1호가목에서 "기획재정부령으로 정하는 규모"란 100만제곱미터로 한다. 다만, ｢택지개발촉진법｣에 따른 택지개발사업 또는 ｢주택법｣에 따른 대지조성사업의 경우에는 10만제곱미터로 한다.’고 규정하고 있다.

9.  다)‘조세특례제한법 집행기준’에 따르면, ➀8년 이상 자경한 농지를 주거지역 등에 편입된 날부터 3년을 경과하여 양도하면 감면을 배제하는 취지는 대도시 근교 주거지역의 대지 위에서 채소 등을 경작하는 경우에도 농지로 취급되어 감면되는 불합리한 점을 개선하고, 대지와 경제적 가치가 큰 차이가 없는 도시지역 내의 농지를 감면 배제하여 농지에 대한 투기수요를 억제할 수 있도록 하기 위한 것이라고 기재되어 있고 ➁주거지역에 편입된 날은 ‘국토의 계획 및 이용에 관한 법률’에 따라 도시관리계획의 결정내용을 구토 해양부장관이 관보에 고시한 날(시도지사가 하는 경우에는 해당 시도의 공보에 고시한 날을 말한다)고 기재되어 있다.

10.  4)쟁점토지에 관한 고시 내용

11.  가)2005.3.24. 쟁점고시인 ‘개발제한구역 우선해제 집단취락 도시관리계획 결정(변경) 및 지형도면 고시’에 따르면, ‘개발제한구역 우선해제 집단취락에 대하여 도시관리계획(용도지역, 용도지구, 개발제한구역, 제1종지구단위계획구역, 제1종지구단위계획, 도시계획시설) 결정(변경)을 하였기에 도시관리계획 결정(변경) 및 지형도면을 고시한다’고 기재 되어있고, 울산광역시 북구 A 일원 55,780㎡(구역명: 상안지구) 중 52,270㎡가 자연녹지지역에서 제1종 일반주거 지역으로 용도지역이 변경된 것으로 나타나며, 그 사유는 ‘개발 제한구역에서 해제된 집단취락의 생활환경개선을 위해 용도지역 변경’ 이라고 기재되어 있다.

12.   나)2005.3.24. 쟁점고시에 따라 쟁점토지가 도로로 결정된 내역은 다음과 같다.

❙쟁점토지의 도로결정 내역❙

(단위 : m)

13.   다)2023.11.30. 울산 고시 제2023-261호 ‘도시계획시설(도로,광장, 지구단위계획 변경포함) 결정 실효(폐지) 및 지형고시’(이해 “변경고시”라 한다)에 따르면, ‘울산광역시 북구 E, A, F, G 일원 도시 계획시설(도로,광장)사업 실시계획 사항이 ｢국토의 계획 및 이용에 관한 법률｣ 제91조에 따라 도로계획시설사업 실시계획이 폐지됨에 따라 같은 법 제88조 제9항에 따라 도시계획시설(도로,광장) 결정 효력 상실 및 실효(폐지)되었기에 같은법 시행령 제97조 및 ｢토지이용규제 기본법｣ 제8조에 따라 실효지형 도면 고시합니다’라고 기재되어 있고, 실효(폐지)된 내용은 다음과 같다.

14.  5)쟁점고시 확인 요청에 대한 울산광역시의 회신 내용

  조사청은 2025.5.27. 울산광역시청 도시계획과에 ‘울산광역시 고시 제2005-106호 개발제한구역 우선해제 집단취락 도시관리계획 결정(변경) 및 지형도면 고시’와 관련하여 이 사업이 대규모개발사업(국가통합교통체계효율화법 시행령 제32조)에 해당하는지 여부에 대한 확인을 요청한 것으로 확인되고, 조사청이 제출한 공문에 따르면 울산광역시장은 2025.5.28. “해당 고시문은 ｢개발제한구역의 지정 및 관리에 관한 특별조치법｣ 제8조, 같은 법 시행령 제7조 및 ｢국토의 계획 및 이용에 관한 법률｣ 제32조, 같은 법 시행령 제25조에 따라 각 해당 법령에 따른 도시관리계획의 결정(변경)사항에 대하여 고시한 사항입니다”, “｢국가통합교통체계효율화법 시행령｣ 제32조에 따른 대규모개발사업에 해당하지 아니합니다”라고 회신한 것으로 확인된다.

    이에 관련하여 청구인은 ‘피상속인과 상속인은 20년간 지속적으로 해당 관청에 도로수용에 대한 문의를 지속하였으나, 올바른 답변을 얻을 수 없었습니다. 2023년 11월 도로편입계획이 폐지되기 시작하면서 해당관청은 도로수용계획은 없고 단지 생활여건 개선을 위한 것이었다는 말도 안 되는 답변만 들을 수 있었습니다’라고 진술하였다.

15.  6)쟁점토지 현황

    2025.8.18. 현재 토지이용계획열람결과 쟁점토지 651-4는 제1종 일반주거지역에 속해 있고, 651-10은 소로3류에 접해있는 것으로 나타난다.

16.

17.  7)쟁점토지 기준시가 변동 내역

    쟁점토지의 기준시가 변동 내용을 살펴보면, 청구인의 쟁점토지 취득시기의 기준시가가 주거지역편입일의 기준시가 보다 높다.

라.판단

1)쟁점토지가 주거지역에 편입된 날부터 3년이 지났다고 보아 8년 이상 자경농지에 대한 양도소득세 감면규정의 적용을 배제하여 과세한 처분이 부당하다는 청구주장의 당부

가)관련 법리

   ｢조세특례제한법｣ 제69조 제1항은 본문에서 농지소재지에 거주하는 자가 8년 이상 직접 경작한 토지의 양도로 발생하는 소득에 대하여는 양도소득세 전부를 면제한다고 규정하면서도, 그 단서에서 양도소득세 면제범위를 제한하고 있으며 위 법률의 위임에 따라 ｢조세특례제한법 시행령｣ 제66조제4항제1호 단서에서 ｢국토의 계획 및 이용에 관한 법률｣에 의한 주거지역·상업지역 및 공업지역 안에 있는 농지로서 이들 지역에 편입된 날로부터 3년이 지난 농지에 대한 양도소득세는 감면받을 수 없다고 규정하고 다만 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 경우에 감면을 받을 수 있다고 규정하면서 가목으로 사업시행지역 안의 토지소유자가 1천명 이상이거나 사업시행면적이 기획재정부령으로 정하는 규모 이상인 개발사업(이하 이 호에서 "대규모개발사업"이라 한다)지역(사업인정고시일이 같은 하나의 사업시행지역을 말한다) 안에서 대규모개발사업의 시행으로 인하여 ｢국토의 계획 및 이용에 관한 법률에 따른 주거지역·상업지역 또는 공업지역에 편입된 농지로서 사업시행자의 단계적 사업시행 또는 보상지연으로 이들 지역에 편입된 날부터 3년이 지난 경우, 나목으로 사업시행자가 국가, 지방자치단체, 그 밖에 기획재정부령으로 정하는 공공기관인 개발사업지역 안에서 개발사업의 시행으로 인하여 ｢국토의 계획 및 이용에 관한 법률｣에 따른 주거지역·상업지역 또는 공업지역에 편입된 농지로서 기획재정부령으로 정하는 부득이한 사유에 해당하는 경우, 다목으로 ｢국토의 계획 및 이용에 관한 법률｣에 따른 주거지역· 상업지역 및 공업지역에 편입된 농지로서 편입된 후 3년 이내에 대규모개발사업이 시행되고, 대규모개발사업 시행자의 단계적 사업시행 또는 보상지연으로 이들 지역에 편입된 날부터 3년이 지난 경우(대규모개발사업지역 안에 있는 경우로 한정한다)를 규정하고 있는 한편, ｢소득세법시행령｣ 제162조 제1항제5호는 상속에 의하여 취득한 자산의 취득시기는 그 상속이 개시된 날이라고 규정하고 있다.

      법원은 조세법규의 해석에 관하여는 그 부과요건이나 감면요건을 막론하고 특별한 사정이 없는 한 법문대로 해석할 것이고 합리적 이유 없이 확장해석하거나 유추해석하는 것은 허용되지 아니하고 특히 감면요건 규정 가운데에 명백히 특혜규정이라고 볼 수 있는 것은 엄격하게 해석하는 것이 공평원칙에 부합하다고 판시하였다(대법원 2007.10.26. 선고 2007두9884 판결 참조).

나)쟁점토지가 자경농지에 대한 양도소득세 감면규정의 적용 대상인지 여부

 (1)쟁점토지는 울산광역시고시 제2005-106호 ‘개발제한구역 우선해제 집단취락 도시관리계획결정(변경) 및 지형도면 고시’에 의하여 2005.3.24. 제1종 일반주거지역 으로 지정고시되었고, 이는 추상적인 도시관리계획 결정으로 개발사업의 시행기간, 시행자 및 시행방식 등을 규정한 사업인정 고시 또는 개발계획 수립고시가 없었으며 울산시장 역시 울산광역시 고시 제2005-106호가 개발제한구역의 지정 및 관리에 관한 특별조치법 제8조, 같은법 시행령 제25조에 따라 각 해당 법령에 따른 도시관리계획의 결정(변경)에 대한 고시일 뿐 대규모개발사업에 해당하지 않는다고 회신한 사실이 확인된다.

      조세심판원 역시 제1종 주거지역 편입과 동시에 지구단위 계획구역으로 지정된 토지에 대하여 주거지역 편입 3년 지난 경우, 8년 감면적용 부인한 처분이 정당하다고 결정하면서, ‘조특법 시행령 제66조 제4항 제1호 나목은 공공기관인 사업시행자가 개발사업지역 안에서 개발사업 시행으로 인하여 주거지역에 편입된 농지로서 기획재정부령으로 정하는 부득이한 사유에 해당하는 경우 주거지역에 편입된 날부터 3년이 지나 양도되더라도 양도소득세 감면 대상인 8년 이상 자경농지에 해당한다고 규정하고 있는바, 조세법규의 해석에 관하여는 그 부과요건이거나 감면요건을 막론하고 특별한 사정이 없는 한 법문대로 해석할 것이고 합리적 이유 없이 확장해석하거나 유추해석하는 것은 허용되지 아니하고 특히 감면요건 규정 가운데에 명백히 특혜규정이라고 볼 수 있는 것은 엄격하게 해석하는 것이 공평원칙에 부합하므로(대법원 2007.10.26. 선고 2007두9884 판결 참조) 위 시행령 제66조 제4항 제1호 나목의 규정도 엄격하게 해석하여야 하는 점, 쟁점토지의 경우 사업의 포괄적인 도시관리계획 결정이 있었을 뿐 구체적인 개발사업의 시행기간, 시행자 및 시행방식 등을 규정한 사업인정고시 또는 개발계획 수립고시가 없었던 점, 쟁점토지의 주거지역 편입 사유는 개발제한구역 해제에 의한 난개발을 방지‧완충하는데 있고 지방자치단체 및 공공기관의 사업시행과는 관련이 없어 개발사업의 시행으로 인한 주거지역 편입과는 구별되는 점, 쟁점토지는 항공사진상으로 농지가 아니라 야적장 형태로 확인되는 점, 청구인은 재촌‧ 자경하였다고 주장하는 기간동안 부동산임대업을 영위하면서 쟁점토지 양도일이 속하는 과세기간까지 관련 부가가치세를 신고한 것으로 나타나는 점 등에 비추어 청구주장을 받아들이기 어렵다고 결정하였다(조심 2019중1297,2019.5.30.).

      앞서 본 것과 같이 쟁점토지는 대규모 개발사업지역 안에서 개발사업으로 인하여 주거지역에 편입된 농지에 해당한다고 볼 수 없다 할 것이고 청구인이 쟁점토지를 2024.11.29. 양도하여 주거지역으로 편입된 날부터 3년이 경과된 후에 양도한 사실에 다툼이 없으므로 쟁점토지는 ｢조세특례제한법｣ 제69조 제1항에 의한 양도소득세 감면대상으로 보기 어렵다고 판단된다.

 (2)청구인은 쟁점토지를 실질적으로 자경하고 있음에도 자경 감면을 하지 않는 것은 헌법과 민법에 반하는 것이라고도 주장하나, 조세법규를 어떠한 내용으로 규정할 것인가는 입법자가 국가재정, 사회경제, 국민소득, 국민생활 등의 실태에 관하여 정확한 자료를 기초로 하여 정책적, 기술적인 판단에 의하여 정하여야 하는 문제이므로, 이는 입법자의 입법형성적 재량에 기초한 정책적, 기술적 판단에 맡겨져 있다고 할 수 있는바, 그 입법목적의 정당성과 수단 내지 방법의 적절성이 인정된다면 일응 입법자의 판단을 존중하여 소유권의 과도한 침해를 야기하는 사유가 없는 한 위헌이라고 볼 수는 없다는 것이 헌법재판소의 결정이고(헌법재판소 2015. 7.30. 선고 2013헌바207 전원재판부 결정), 나아가 대한민국헌법 제107조 제1항, 헌법재판소법 제41조 제1항에 의하면 법률이 헌법에 위반되는 여부가 재판의 전제가 된 때에는 당해 사건을 담당하는 법원은 직권 또는 당사자의 신청에 의한 결정으로 헌법재판소에 위헌 여부의 심판을 제청하도록 되어있을 뿐이고, 과세관청이 직접 법률의 위헌성 여부를 심판할 권능을 갖고 있다고 볼 수 없으므로 청구인의 이 부분 주장은 이유 없다.

  (3) 청구인은 담당 세무공무원이 과세전적부심사청구에서 심사위원으로 참석하였으므로 이 사건 처분이 부당하다고도 주장하나, 이러한 주장을 뒷받침할 증빙이 없어 이와 같은 사실을 인정하기 어렵다.

2)쟁점토지의 취득시기를 피상속인의 취득일로 보아야 한다는 청구주장의 여부

    청구인은 ｢조세특례제한법｣ 제77조제9항 및 ｢소득세법｣ 제97조의2 제1항 등을 적용하여 피상속인이 취득한 날을 취득시기로 보아야 한다고 주장하고 있는데, ｢조세특례제한법｣ 제77조제9항은 같은 조 제1항 및 2항이 적용되는 경우에 적용되는 규정으로 공익사업 시행자에게 양도하거나 정비구역 사업시행자에게 양도하는 경우 또는 공익사업이나 그 밖 법률에 따른 토지 등의 수용으로 인한 경우에 적용된다 할 것이고, 쟁점토지는 공익사업 등에 수용되거나 사업시행자에게 양도된 토지가 아니므로 ｢조세특례제한법｣ 제77조제9항의 요건에 해당하지 않는다 할 것이고, 따라서 쟁점토지의 취득시기는 상속에 의하여 취득한 자산의 취득시기인 상속이 개시된 날로 보아야 할 것이므로 한 청구인의 주장은 이유 없다.

3)과소신고가산세를 부과하지 아니할 정당한 사유가 있다는 청구주장의 당부

가)관련 법리

   ｢국세기본법｣ 제48조제1항은 이 법 또는 세법에 따라 가산세를 부과하는 경우 그 부과의 원인이 되는 사유가 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우에는 해당 가산세를 부과하지 아니한다고 하면서 2호에서 납세자가 의무를 이행하지 아니한 데에 정당한 사유가 있는 경우를 규정하고 있는바, 이에 관하여 대법원은 세법상 가산세는 과세권의 행사 및 조세채권의 실현을 용이하게 하기 위하여 납세자가 정당한 이유 없이 법에 규정된 신고·납세의무 등을 위반한 경우에 법이 정하는 바에 의하여 부과하는 행정상의 제재로서 납세자의 고의·과실은 고려되지 아니하고, 법령의 부지 또는 오인은 그 정당한 사유에 해당한다고 볼 수 없으며, 또한 납세의무자가 세무공무원의 잘못된 설명을 믿고 그 신고·납부의무를 이행하지 아니하였다 하더라도 그것이 관계 법령에 어긋나는 것임이 명백한 때에는 그러한 사유만으로는 정당한 사유가 있는 경우에 해당한다고 할 수 없다(대법원 2004. 9. 24. 선고 2003두10350 판결 등 참조)고 판시하였다.

나)과소신고가산세를 부과하지 아니할 정당한 사유가 있는지 여부

      청구인 주장에 따르면 처분청이 청구인의 감면신청이 받아들여진 것으로 오해할만한 발언과 태도를 보였고 청구인이 법령을 착오하는 것이 무리가 아니었다는 것인데, 판례에 따르면 법령의 부지 또는 오인은 정당한 사유에 해당한다고 볼 수 없는 것이고 이와 달리 과소신고가산세를 부과하지 않을 정당한 사유에 대한 사정이 확인되지 않으므로 청구 주장은 이유 없다.

5. 결론

이 건 심사청구는 청구주장이 이유 없으므로 ｢국세기본법｣ 제65조제1항제2호의 규정에 따라 주문과 같이 결정한다.