상고를 기각한다.

상고비용은 피고가 부담한다.

상고이유를 판단한다.

1. 사안의 개요

원심판결 이유와 원심이 적법하게 조사하여 채택한 증거 등에 의하면, 다음과 같은 사실을 알 수 있다.

가. 원고는 200X. X. X. OO시 OO면 OO리 00 전 000㎡, 같은 리 00 전 000㎡에 관하여, 199X. X. X. 같은 리 산 00 임야 000㎡, 같은 리 산00 임야000㎡(이하 통틀어 ‘이 사건 각 토지’라 한다)에 관하여 각 소유권이전등기를 마쳤다.

나. 국방시설본부장은 202X. X. X. 국방ㆍ군사시설부지 매입사업(이하 ‘이 사건 사업’이라 한다)의 사업시행자로서 이 사건 사업에 편입된 이 사건 각 토지 등에 대하여 ｢공익사업을 위한 토지 등의 취득 및 보상에 관한 법률｣(이하 ‘토지보상법’이라 한다) 제15조에 따른 보상계획을 공고하였다.

다. 원고는 202X. X. X. 대한민국과 사이에 이 사건 각 토지에 관하여 토지보상법 제17조에 따른 매매대금 및 보상금 합계 000원의 손실보상협의계약을 체결하였다. 원고는 같은 달 4. 이 사건 각 토지에 관하여 공공용지의 협의취득을 원인으로 하는 소유권이전등기를 대한민국 앞으로 마쳐 주었다(이하 ‘이 사건 양도’라 한다).

라. 원고는 202X. X.경 이 사건 각 토지를 비사업용 토지로 보아 이 사건 양도에 대하여 10%의 추가 세율을 적용하는 한편 공익사업용 토지 등에 대한 양도소득세 감면규정인 구 조세특례제한법(2023. 12. 31. 법률 제19936호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제77조 제1항을 적용하여 2022년 귀속 양도소득세 000원을 신고ㆍ납부하였다.

마. 원고는 202X. X. X. 피고에게 이 사건 각 토지가 사업용 토지이므로 이 사건 양도에 대하여 10%의 추가 세율이 적용되지 않아야 한다며 일부 세액의 환급을 구하는 경정청구를 하였다.

바. 피고는 202X. X. X. 원고에게 이 사건 각 토지가 사업용 토지에는 해당하나, 이 사건 각 토지에 대한 사업인정고시가 없어 공익사업용 토지 등에 대한 양도소득세 감면규정인 구 조세특례제한법 제77조 제1항을 적용할 수 없다는 이유로 경정청구한 양도소득세 세액 중 000원만 환급하는 결정을 하였다(이하 원고의 경정청구에 대하여 환급되지 않고 남은 부분에 관한 피고의 거부처분을 ‘이 사건 처분’이라 한다).

2. 원심의 판단

원심은 판시와 같은 이유로, 이 사건 양도와 같이 공익사업용 토지에 관한 협의취득의 경우에는 별도의 사업인정고시가 없더라도 구 조세특례제한법 제77조 제1항 제1호가 적용될 수 있다고 전제한 다음, 원고가 이 사건 각 토지를 늦어도 200X. X. X.부터 소유하고 있었던 이상 이 사건 양도가 이루어진 날부터 소급하여 2년 이전에 취득한 것으로 인정된다고 보아, 피고가 단지 사업인정고시가 없었음을 근거로 구 조세특례제한법 제77조 제1항 제1호의 적용을 부정하여 이 사건 처분을 한 것은 위법하다고 판단하였다.

3. 대법원의 판단

가. 관련 규정 및 법리

구 조세특례제한법 제77조 제1항은 “다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 소득으로서 해당 토지 등이 속한 사업지역에 대한 사업인정고시일(사업인정고시일 전에 양도하는 경우에는 양도일)부터 소급하여 2년 이전에 취득한 토지 등을 202X년 X월 X일 이전 에 양도함으로써 발생하는 소득에 대해서는 양도소득세의 100분의 10에 상당하는 세액을 감면한다.”라고 규정하고 있고, 그 각 호에서는 ‘토지보상법이 적용되는 공익사업

에 필요한 토지 등을 그 공익사업의 시행자에게 양도함으로써 발생하는 소득’(제1호), ‘토지보상법이나 그 밖의 법률에 따른 토지 등의 수용으로 인하여 발생하는 소득’(제3호)을 들고 있다.

공익사업용 토지에 대한 사업인정 전 협의취득과 관련하여 구 조세특례제한법 제77조 제1항 제1호의 소득은, 협의취득 후 별도의 사업인정고시가 없더라도 양도일부터 소급하여 2년 이전에 취득한 토지 등을 202X년 X월 X일 이전에 양도함으로써 발생하면, 세액감면의 요건을 충족한다고 보아야 한다. 그 이유는 다음과 같다.

1) 토지보상법은 공익사업에 필요한 토지 등을 협의 또는 수용에 의하여 취득하거나 사용함에 따른 손실의 보상에 관한 사항을 규정함으로써 공익사업의 효율적인 수행을 통하여 공공복리의 증진과 재산권의 적정한 보호를 도모하는 것을 목적으로 한다. 구 조세특례제한법 제77조 제1항 역시 위와 같은 토지보상법의 입법 목적에 부합하게, 양도소득세 등의 감면을 통하여 공익사업의 시행자가 공익사업에 필요한 토지 등을 확보하는 과정에서의 어려움을 경감시켜 공익사업이 원활하게 이루어지도록 하는 데 주된 취지가 있다.

그런데 토지보상법에서는 토지 등의 확보 방법으로서 협의취득과 수용을 상정하고 있다. 이 중 협의취득은 비록 사법상 매매계약의 형태를 취하고 있으나 협의취득될 수 있는 재산권은 토지보상법에 의하여 수용될 수 있고, 협의취득과 수용에 있어 손실보상은 동일한 이론적 근거에 기초하고 있다. 나아가 협의취득의 과정에도 여러 가지 공법적 규제가 있고, 토지소유자로서는 협의에 불응하면 바로 수용을 당하게 된다는 심리적 강박감으로 인하여 그 의사에 반하여 협의에 응하는 경우도 있다는 점에서, 협의 취득은 실질적으로 수용과 비슷한 공법적 기능을 수행한다고 봄이 타당하다(대법원2000. 8. 22. 선고 98다60422 판결, 대법원 2021. 4. 29. 선고 2020다280890 판결 등 참조).

그렇다면 같은 견지에서 토지 등의 양도가 협의취득과 수용 중 어느 절차에 의하여 이루어졌는지의 차이는, 양도소득세 등의 감면을 통해 공익사업의 원활한 진행을 도모한다는 구 조세특례제한법 제77조 제1항의 목적 달성에 중요한 고려요소가 된다고 보기 어렵다.

2) 실제로 구 조세특례제한법 제77조 제1항 제3호는 수용이 이루어지는 경우를 명시적으로 상정하고 있는 반면, 같은 항 제1호는 협의취득이 이루어지는 경우를 포괄하기 위해 ‘양도’라는 용어를 별도로 구분하여 사용하고 있다. 이와 같이 구 조세특례제한법 제77조 제1항 제1호를 수용이 아닌 방법에 의해 토지 등이 확보되는 경우까지 염두에 두고 도입된 규정이라고 보는 이상, 수용절차가 개시되는 경우에나 필수적인 사업인정 고시의 존재가 위 제1호의 적용요건이 된다고 보기는 어렵다.

아울러 구 조세특례제한법 제77조 제1항 각 호 외의 부분 중 괄호 부분은 ‘사업인정고시일 전에 양도하는 경우에는 양도일’이라 규정하고 있기는 하나, 이는 단지 사업인정고시가 있기 이전에 협의취득이 이루어진 경우, 수용이 이루어질 때와 달리 사업인정고시일이 아닌 양도일을 기준으로 그때부터 소급하여 2년 이전에 취득한 토지 등을 대상으로만 세액감면의 혜택이 부여된다는 시간적 한계를 설정하였을 뿐이라고 봄이 타당하다. 이와 달리 위 괄호 부분을, 협의취득 시점이나 양도일 전후를 불문하고 사업 인정고시가 반드시 있어야만 감면혜택을 부여하겠다는 의미로 해석할 경우, 이는 법문 언에 반하는 확장ㆍ축소해석 또는 유추해석에 해당한다.

3) 만일 사업인정고시가 있어야만 구 조세특례제한법 제77조 제1항 제1호가 적용될 수 있다고 보게 되면, 공익사업에 적극적으로 협조하는 태도를 취하여 사업인정고시가 이루어지지 않은 상태에서 협의취득에 응한 자가, 협의에 불응하여 사업인정고시가 이루어진 뒤에 비로소 토지가 수용된 자의 경우와 달리 감면을 받지 못하는 불균형이 초래될 수 있다. 이로 인해 토지 등 소유자로 하여금 세액감면을 받기 위해 사업인정고시가 이루어지기 전까지 협의취득에 불응하게 만드는 부작용이 야기될 우려가 있다.

이는 구 조세특례제한법 제77조 제1항이 도입된 근본 취지에 부합하지 아니함은 물론, 오히려 이에 역행한다고 볼 수 있다.

나. 구체적 판단

원심판결 이유를 앞서 본 관련 규정과 법리에 비추어 살펴보면, 원심의 판단에 상고이유 주장과 같이 조세법률주의, 협의취득과 수용, 사업인정 등에 관한 법리를 오해한 잘못이 없다.

4. 결론

상고를 기각하고, 상고비용은 패소자가 부담하기로 하여, 관여 대법관의 일치된 의견으로 주문과 같이 판결한다.