1. 원고의 항소를 기각한다.

2. 항소비용은 원고가 부담한다.

 제1심판결을 취소한다. 피고가 2021. 11. 5. 원고에게 한 2016 사업연도 법인세 5,404,739,070원의 부과처분 중 3,208,795,110원을 초과하는 부분, 2022. 4. 5. 원고에게 한 2017 사업연도 법인세 6,623,947,801원, 2018 사업연도 법인세 1,358,008,444원, 2019 사업연도 법인세 2,381,590,226원에 대한 각 경정거부처분을 모두 취소한다.

이 유

1. 제1심판결의 인용

 원고의 항소이유는 제1심에서의 주장과 크게 다르지 않고, 제1심에 제출된 증거에다가 이 법원에 추가로 제출된 증거를 보태어 보더라도, 제1심의 사실인정과 판단은 정당하다. 이에 이 법원이 이 사건에 관해 적을 이유는 제1심판결 일부를 아래와 같이 고치고, 원고가 강조하는 주장에 관하여 2항과 같은 판단을 추가하는 외에는 제1심판결 이유와 같으므로, 행정소송법 제8조 제2항, 민사소송법 제420조 본문에 따라 이를 그대로 인용한다.

 ○ 제8면 아래에서 제4행부터 제5면 제5행까지를 삭제한다.

 ○ 제10면 제5행부터 제7행까지를 삭제한다.

 ○ 제10면 제8행의「536명 전원 및」을「전원인 534명가량을 원고로 전입시키고」로 고친다.

 ○ 제10면 제11행, 제12면 제17행의 각「지적재산권」을「지식재산권」으로 고친다.

 ○ 제12면 제5행부터 제9행까지를 삭제한다.

2. 추가 판단

 가. 원고의 주장 요지

   이 사건 자산양수는 구 조세특례제한법 시행령(2020. 2. 11. 대통령령 제30393호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제9조 제6항 소정의 사업양도에 해당하지 않는다.

 나. 관련 규정의 내용 등

   1) 구 조세특례제한법(2016. 12. 20. 법률 제14390호로 개정되기 전의 것 내지 2017. 12. 19. 법률 제15227호로 개정되기 전의 것, 이하 달리 구별할 필요가 없는 한 ‘구 조세특례제한법’이라고만 한다) 제10조 제1항 제3호는 일반연구·인력개발비에 대한 세액공제를 규정하고 있다. 구체적으로 본문에서 해당 과세연도에 발생한 일반연구·인력개발비가 직전 과세연도에 발생한 일반연구·인력개발비를 초과하는 경우 그 초과액에 높은 공제율을 곱하여 산정한 금액(가목, 이른바 증가분 방식)과 해당 과세연도에 발생한 일반연구·인력개발비에 낮은 공제율을 곱하여 산정한 금액(나목, 이른바 발생분 방식) 중 납세의무자가 선택하는 금액을 해당 과세연도의 법인세에서 공제하도록 규정하면서, 단서에서 ‘해당 과세연도의 개시일부터 소급하여 4년간 일반연구·인력개발비가 발생하지 아니하거나 직전 과세연도에 발생한 일반연구·인력개발비가 해당 과세연도의 개시일부터 소급하여 4년간 발생한 일반연구·인력개발비의 연평균 발생액보다 적은 경우’에는 발생분 방식에 따른 금액을 해당 과세연도 법인세에서 공제하도록 규정하고 있다.

     그리고 구 조세특례제한법 제10조 제2항의 위임에 따른 구 조세특례제한법 시행령 제9조 제6항은 ‘해당 과세연도 개시일부터 소급하여 4년간 발생한 일반연구·인력개발비의 합계액을 계산할 때 합병법인, 분할신설법인, 분할합병의 상대방법인, 사업양수법인 또는 기획재정부령으로 정하는 현물출자를 받은 법인(이하 이 항에서 “합병법인등”이라 한다)의 경우에는 합병, 분할, 분할합병, 사업양도 또는 기획재정부령으로 정하는 현물출자(이하 이 항에서 “합병등”이라 한다)를 하기 전에 피합병법인, 분할법인, 사업양도인 또는 현물출자자(이하 이 항에서 “피합병법인등”이라 한다)로부터 발생한 일반연구·인력개발비는 합병법인등에서 발생한 것으로 본다. 다만, 피합병법인등이 운영하던 사업의 일부를 승계한 경우로서 합병등을 하기 전에 피합병법인등의 해당 승계사업에서 발생한 일반연구·인력개발비를 구분하기 어려운 경우에는 피합병법인등에서 합병등을 하기 전에 발생한 일반연구·인력개발비에 각 사업연도의 승계사업의 매출액이 총매출액에서 차지하는 비율과 각 사업연도말 승계사업의 자산가액이 총자산가액에서 차지하는 비율 중 큰 것을 곱한 금액을 피합병법인등에서 발생한 일반연구·인력개발비로 본다’고 규정하고 있다.

   2) 조세특례제한법상 연구·인력개발비 세액공제 제도는 기업의 연구개발전담부서에서 소요되는 일정 범위의 인건비 등이 있는 경우에는 기업의 기술인력개발을 장려하려는 목적에서 일정 범위의 금액을 해당 과세연도의 소득세 또는 법인세에서 공제하도록 하는데 취지가 있고(대법원 2014. 3. 13. 선고 2013두22147 판결 등 참조), 그중 앞서 본 증가분 방식은 발생분 방식보다 높은 공제율을 적용함으로써 연구·인력개발비의 지속적 증가를 장려하는데 취지가 있다. 그리고 구 조세특례제한법 제10조 제1항 제3호 단서가 ‘직전 과세연도에 발생한 일반연구·인력개발비가 해당 과세연도의 개시일부터 소급하여 4년간 발생한 일반연구·인력개발비의 연평균 발생액보다 적은 경우’에 증가분 방식의 적용을 배제하는 것은 일반연구·인력개발비의 지출 시점 조절 등을 통해 실질적으로 연구·인력개발비를 증가시키지 않은 채 높은 공제율의 증가분 방식의 적용을 받아 조세를 회피하는 것을 방지하기 위함이다. 또한 구 조세특례제한법 시행령 제9조 제6항은 합병등으로 일반연구·인력개발비 실적이 단절되어 증가분 방식의 적용이 배제되는 것을 방지하고, 합병등을 통해 공제액을 조작하는 것을 방지하는데 취지가 있다.

   3) 한편 부가가치세법상 재화의 공급으로 보지 아니하는 ‘사업의 양도’는 원칙적으로 사업장별로 사업에 관한 모든 권리와 의무를 포괄적으로 승계시키는 것으로서(부가가치세법 제10조 제9항 제2호, 같은 법 시행령 제23조) 사업용 재산을 비롯한 인적·물적 시설 및 권리의무 등을 포괄적으로 양도하여 사업의 동일성을 유지하면서 경영주체만을 교체하는 것을 의미하고(대법원 2003. 1. 10. 선고 2002두8800 판결 등 참조), 구 조세특례제한법 시행령 제9조 제6항의 ‘사업양도’의 해석에 있어서도 이를 참조할 수 있다. 다만 구 조세특례제한법 시행령 제9조 제6항은 부가가치세법령과 달리 사업양도를 ‘사업장별로 그 사업에 관한 모든 권리와 의무를 포괄적으로 승계시키는 것’으로 제한하고 있지 않고, 부가가치세법에서 사업의 양도를 비과세대상으로 하는 취지는 사업의 양도는 특정 재화의 개별적 공급을 과세요건으로 하는 부가가치세의 성격에 맞지 않고 또한 그 거래금액과 부가가치세액이 커서 그 양수자는 거의 예외없이 매입세액을 공제받을 것이 예상되어 이러한 거래에 매출세액을 징수한다는 것은 사업양수자에게 불필요한 자금압박을 주게 되어 피하여야 한다는 조세 내지 경제정책상의 배려에 연유하는 것으로서(대법원 1983. 6. 28. 선고 82누86 판결 등 참조), 구 조세특례제한법 시행령 제9조 제6항이 사업양도 시 합병법인등이 피합병법인등의 일반연구·인력개발비 실적을 승계하도록 정하고 있는 것과 그 취지가 다르므로, 구 조세특례제한법 시행령 제9조 제6항 소정의 사업양도는 부가가치세법령상 사업의 양도와 같이 ‘사업장별로 그 사업에 관한 모든 권리와 의무를 포괄적으로 승계시키는 것’으로 제한되지 않는다.

     나아가 구 조세특례제한법 시행령 제9조 제6항은 일반연구·인력개발비 실적 승계를 인정하는 합병등에 분할이나 분할합병도 포함하고 있는데, 상법상 분할이나 분할합병의 대상은 이전부터 독립적으로 운영되던 사업 부문일 것까지 요구되지는 않으므로 이는 구 조세특례제한법 시행령 제9조 제6항의 분할이나 분할합병의 경우에도 마찬가지라고 보아야 하고, 분할이나 분할합병과의 균형상 구 조세특례제한법 시행령 제9조 제6항의 사업양도의 대상도 양도 전부터 독립적으로 운영될 필요까지는 없으며, 독립적으로 운영할 수 있을 정도로 인적·물적 시설이 유기적으로 결합되어 있으면 충분하다.

 다. 판단

   갑 제3, 4, 7, 10, 17 내지 20, 25호증(가지번호 있는 것은 각 가지번호 포함)의 각 기재 및 변론 전체의 취지에 따라 인정할 수 있는 다음의 각 사정을 관련 규정의 내용 등에 비추어 보면, 이 사건 자산양수는 원고 및 램프 3사의 단순한 내부조직에 불과한 연구소를 통합한 것이 아니고, 일정한 영업 목적에 의하여 조직화된 업체, 즉 인적·물적 조직 및 권리의무를 그 동일성을 유지하면서 포괄적으로 이전하여 사실상 경영주체만을 램프 3사에서 원고로 변경한 것으로서 구 조세특례제한법 시행령 제9조 제6항이 정하고 있는 ‘사업양도’에 해당한다고 봄이 타당하다. 이와 다른 전제에 있는 원고의 주장은 이유 없다.

   ① 원고는 이 사건 자산양수에 따라 램프 3사의 연구소 소속 직원 전원을 원고로 전입시키고, 연구소 소속 직원들이 사용하던 컴퓨터를 비롯하여 시험기기, 측정장비, 설계장비 등 연구용 자산을 양수하였다.

     원고와 램프 3사는 공통적으로 램프를 생산 및 판매하였지만 각각 전담하는 고객과 차종에 차이가 있었는데, 원고는 원고가 전담하던 고객과 차종과 관련한 제품의 연구만을 위해 램프 3사 소속 직원들을 원고로 전입시킨 것이 아니다. 원고는 기존 램프 3사가 전담하는 고객과 차종과 관련한 제품의 연구도 계속하여 수행하기 위해 램프 3사 소속 직원들을 원고로 전입시킨 것이므로, 이 사건 자산양수 이후 일부 조직 개편이 있었다고 하더라도 램프 3사 소속 직원들은 대체로 연구소 통합 이후에도 이전과 동일한 연구를 수행하였을 것으로 보이고, 원고가 행한 조직 개편이 램프 3사 소속 직원들이 수행하던 기존 연구의 연속성이 단절된 정도의 조직 개편이라고 보이지는 않는다. 또한 램프 3사의 연구소 소속 직원 전원이 원고로 전입함에 따라 램프 3사가 가지고 있던 사업상의 비밀이나 노하우 등도 그대로 원고에게 이전되었을 것으로 보인다(원고가 양수한 자산에 램프 3사가 보유하고 있던 지식재산권 등 연구개발 결과물이 포함되지는 않았다. 그러나 램프에 대한 원천기술은 원고가 보유하고 있었고, 다른 기관들로부터 위탁을 받아 연구개발업을 영위하는 업체의 경우에도 그 연구개발 결과물이 항상 연구개발업체에 귀속되는 것이 아닌 것과 마찬가지로 램프 3사 연구소에서 개발한 연구개발 결과물이 항상 램프 3사의 제조 부문이 아니라 연구소에 귀속되어야 한다고 보기는 어려우며, 구 조세특례제한법 제9조 제6항의 사업양도에 해당하기 위해서 모든 자산을 낱낱이 이전해야 하는 것은 아니고, 해당 연구개발 결과물이 원고에게 이전되지 않아 원고가 램프 3사에서 수행하던 연구를 수행하는 데 장애가 있었다고 볼 만한 사정도 없으므로, 이를 들어 램프 3사 연구소가 원고에게 동일성 없이 이전되었다고 보기는 어렵다).

   ② 완성차 업체들은 신차 기획 단계에서 원고 내지 램프 3사와 같은 램프 제조·판매사에 신차의 콘셉트와 램프가 들어갈 공간만 제시하고, 램프 제조·판매사가 그 공간에 들어갈 램프의 외형과 기능을 설계하였다. 이러한 구조 아래 완성차 업체들이 원고 내지 램프 3사에게 지급하는 램프 구매의 대가에는 그러한 설계에 대한 대가도 포함되어 있다고 보아야 하므로, 램프 3사 연구소가 이 사건 자산양수 전 수익창출 능력을 갖추지 못하였다고 볼 수는 없다. 만일 램프 3사 연구소와 제조 부문이 별개의 법인격을 가진 회사로 운영되었다면 계약의 내용에 따라 완성차 업체나 제조 부문 회사에서 램프 3사 연구소 회사에 로열티 등 연구개발의 대가를 당연히 지급했을 것으로 보인다.

     실제로 원고는 이 사건 자산양수와 동시에 램프 3사에 자동차 부품 제조, 판매 관련 라이선스, 기술정보 및 노하우를 제공하고 일정한 로열티를 지급받기로 하는 내용의 이 사건 기술사용계약을 체결하였다. 즉 램프 3사 연구소는 그 자체로 지식재산권 관련 수입을 독립적으로 창출해낼 수 있을 정도로 인적, 물적 시설이 유기적으로 결합되어 있는 하나의 사업 부문에 해당하였다.

   ③ 더욱이 원고와 램프 3사의 해외 계열사들은 연구개발 지원이 필요하면, 원고에게 지원을 요청하였고 원고가 지원 업무를 램프 3사에게 배정하여 램프 3사 연구소가 그 업무를 수행한 경우, 원고는 해외 계열사로부터 그 대가를 지급받은 후 램프 3사에게 이를 배분하였으며 이에 2016년 ○○은 약 365,137,000원을, ○○은 약 118,047,000원을, ○○은 약 68,061,000원을 각 원고로부터 지급받았다(2026. 2. 23. 자 항소이유서 21면). 즉 램프 3사 연구소는 수익창출 능력을 갖추고 있는 것을 넘어 이 사건 자산양수 전 이미 제조 부문과 별개로 실제 독자적으로 수익을 창출하고 있었다.

   ④ 원고는 이 사건 자산양수의 동기는 경영 합리화를 위한 조치로서 2015. 12.경 개정된 국제조세조정에 관한 법률에 따라 관계사 간 거래(특히 무형자산)에 적용되는 이전가격에 대한 과세가 강화되자 이에 대응하기 위하여 원고가 관계사들로부터 연구개발을 위탁받아 수행하는 방식으로 재편하여 무형자산 거래를 간소하게 하고 해당 무형자산 거래에 대해서는 정당한 보상체계를 수립하기로 하면서 램프 3사의 개별연구소의 연구기능을 원고 연구소로 이전하기로 결정한 것이고, 원고가 연구개발비를 통한 세액공제를 받기 위하여 이 사건 자산양수를 한 것이 아니며, 단순한 경영 개선을 위한 개별적인 자산의 이전에 불과하다고 주장하나, 이 사건 자산양수의 실질이 구 조세특례제한법 시행령 제9조 제6항 소정의 ‘사업양도’에 해당하는 이상 이 사건 자산양수를 한 원고의 목적이 무엇이었는지 관계없이 구 조세특례제한법 시행령 제9조 제6항의 적용이 배제되지는 않는다.

3. 결론

 원고의 청구는 이유 없어 기각하여야 한다. 제1심판결은 이와 결론을 같이하여 정당하므로, 원고의 항소는 이유 없어 기각하기로 하여 주문과 같이 판결한다.