문서번호 | |||
결정유형 | 기각 | 세목 | 부가가치세 |
생산일자 | 2026.09.02 | 귀속연도 | 2025 |
제목 | 쟁점비용(기부채납한 공원조정관련 공사비, 분양대행수수료, 법무세무수수료, 사무실 운영경비등)을 공통비용에 해당한다고 보아 과면세 공급가액 비율로 안분한 처분의 당부 | ||
요지 | 쟁점공원은 쟁점분양사업 전체의 인허가 조건으로 기부채납되는 것이고, 공원조성 공사비, 법무세무수수료, 사무실 경비등은 이건 개발사업 전체를 성립시키고 분양 가치를 높이기 위하여 투입된 공통경비로 보이므로, 공통매입세액으로 보아 안분계산함이 타당함. | ||
결정내용 | 결정 내용은 붙임과 같습니다. | ||
관련법령 | 부가가치세법 40 | ||
상세내용 | |||
[주 문] |
기각 |
[이 유] |
1. 처분개요 가. 청구법인은 2020.1.1. 설립되어 아파트 공급 및 부동산 개발업을 영위하고, 광주광역시 OOO공원 특례사업 시행사로 선정된 법인으로, 2024.4.5. 광주광역시 OOO일원에 위치한 OOO지구에 아파트 3개 블록 총 2,772세대(임대 408세대 포함하여 이하 “쟁점분양사업”이라 한다)를 분양 공급하는 내용으로 공고하여 입주자를 모집하였고, 2027년 8월 입주예정이며, 2025.7.25. 2025년 제1기 부가가치세를 확정신고하면서 부가가치세 OOO원을 환급받을 세액으로 신고하였다. 나. 처분청은 청구법인의 부가가치세 신고내용 중 공통매입세액에 대한 안분계산이 부적정하다고 보아 현장 확인을 실시하였고, 그 결과 청구법인이 A 주식회사 외 27개 거래처로부터 수취한 공원조성 공사비 등 매입세금계산서 55매 공급가액 OOO원, B 주식회사 외 30개 업체로부터 수취한 법무·세무수수료, 사무실 경비 등 매입세금계산서 160매 공급가액 OOO원, 주식회사 C로부터 수취한 분양대행수수료 매입세금계산서 2매 공급가액 OOO원 총 합계 공급가액 OOO원, 매입세액은 OOO원(이하 “쟁점매입세액”이라 한다)은 쟁점분양사업과 관련된 공통매입으로서 공급가액(면세비율 63.97%) 비율로 안분계산하여야 함에도 건축면적(면세비율 16.70%)으로 안분하는 등 부가가치세 OOO원을 과다 환급 신고하였다고 보아 가산세 OOO원을 포함한 부가가치세 2025년 제1기분 OOO원을 제외하고 나머지 금액만을 2025.8.29. 청구법인에게 환급통보하였다. 다. 청구법인은 이에 불복하여 2025.11.27. 심판청구를 제기하였다. 2. 청구법인 주장 및 처분청 의견 가. 청구법인 주장 (1) 청구법인은 이 건 주택건설사업(쟁점분양사업)을 시행하기 위하여 이 건 공원(이하 “쟁점공원”이라 한다)을 공원관리청에 기부채납하는 것으로 하여 주택건설사업의 인허가를 받을 수 있었다. (가) 청구법인이 시행하는 주택건설사업은 「조세특례제한법」제106조 제1항 제4호에 따라 부가가치세가 면제되는 국민주택규모 이하인 국민주택과 부가가치세가 과세되는 국민주택규모 초과 주택이 혼재된 공동주택을 건설하여 공급하는 사업자(부가가치세 과·면세 겸영사업자)로, 쟁점공원 관련 매입세액 중 토지 관련 매입세액에 해당하지 않는 매입세액은 모두 주택건설사업의 매입세액으로 공제받을 수 있으나, 청구법인은 과·면세 겸영사업자에 해당하므로 쟁점공원 관련 매입세액 중 토지 관련 매입세액에 해당하지 않는 매입세액은 공통매입세액 안분계산의 대상이 된다. (나) 「부가가치세법」제40조, 같은 법 시행령 제81조 등에서 과·면세사업을 겸영하는 경우, 매입세액의 계산은 과세사업과 면세사업 중 실지귀속에 따르고, 실지귀속이 불분명한 매입세액은 공통매입세액으로서 총매입가액에 대한 면세사업 관련 매입가액 비율, 총예정공급가액에 대한 면세사업관련 예정공급가액의 비율, 총예정사용면적에 대한 면세사업 관련 예정사용면적의 비율의 순서에 따라 공통매입세액을 안분하도록 규정하고 있으며, 같은 항 단서에 따라 건물 또는 구축물을 신축하거나 취득하여 과세사업과 면세사업에 제공할 예정면적을 구분할 수 있는 경우에는 총예정사용면적에 대한 면세사업 관련 예정사용면적의 비율을 우선 적용하여 공통매입세액을 안분하여야 할 것이다. (다) 통상적으로 건물을 신축하는 경우 건물의 신축을 위하여 투입된 비용은 건물의 면적당 얼마의 비용이 투입되는지 산정이 가능하고, 건물을 과·면세사업에 사용할 목적으로 신축하는 경우, 그 매입세액은 과·면세사업의 사용면적에 의하여 안분계산하는 것이 실지귀속에 따른 매입세액 계산에 가장 부합한다 할 것이다. (라) 「부가가치세법 시행령」제81조 제5항에서 예정사용면적으로 공통매입세액을 안분하였을 경우에는 그 후 과세사업과 면세사업 등의 공급가액이 모두 있게 되어 면세공급가액의 비율로 공통매입세액을 계산할 수 있는 경우에도 과·면세사업의 사용면적이 확정되기 전에는 면세사업 예정사용면적비율로 공통매입세액을 안분하고, 과·면세사업의 사용면적이 확정되는 과세기간에 정산하도록 하였는바, 이는 신축하는 건물에 대하여 과·면세사업 사용면적이 확정되었다는 것은 건물을 신축하기 위하여 투입된 비용의 면적당 단가가 특정되었고, 확정된 면적에 따라 과·면세사업에 공하는 건물 부분에 대하여 각 매입세액 계산이 가능함을 의미한다. (마) 결국, 「부가가치세법 시행령」제81조 제4항과 제5항에서 건물을 과·면세사업에 사용할 목적으로 신축하는 경우 공통매입세액을 예정사용면적으로 먼저 안분하고, 이후 과·면세사업의 사용면적이 확정된 때 정산하도록 한 것은 확정된 사용면적 비율만큼 매입세액이 실지귀속 되는 것으로 간주하는 것과 같다. (2) 국민주택규모 이하 공동주택과 국민주택규모 초과 공동주택을 신축하여 분양하는 경우 매입세액 안분기준은 다음과 같다. (가)「조세특례제한법」제106조 제1항 제4호에 따라 국민주택을 공급하는 경우 부가가치세가 면제되고 이에 국민주택과 국민주택이 아닌 주택이 병존하는 공동주택을 공급할 목적으로, 공동주택을 신축하여 취득하기 위하여 투입한 비용은 국민주택과 국민주택이 아닌 주택 어디에 투입되었는지가 불분명하므로, 국민주택과 국민주택이 아닌 주택에 대한 공통매입세액이 된다. (나) 그러나, 공동주택을 신축하여 취득하기 위하여 투입된 비용은 건물(공동주택)의 총 면적에 의하여 안분할 수 있고, 그 안분된 금액과 과·면세사업에 사용되는 확정된 면적에 의하여 과·면세사업에 투입된 비용을 각 산정할 수 있는바, 즉, 과·면세사업에 사용하는 면적이 확정된 후에는 공동주택 취득을 위하여 투입한 비용의 실지귀속을 구분할 수 있게 된다. (다) 기획재정부는 "국민주택규모 이하의 주택과 국민주택규모 초과의 주택을 신축·판매하는 사업자가 주택을 신축하면서 발생한 매입세액에 대해서는 공사원가비율 신축 예정면적비율 및 예정공급가액비율 등에 따라 과세·면세사업에 사용되는지 여부를 구분하여 그 실지귀속에 따라 매입세액을 공제하는 것"이라고 하였는바(부가가치세제과-OOO, 2011.3.30.), 주택신축판매업자가 주택을 신축하면서 발생한 매입세액은 신축예정면적비율에 따라 과세사업과 면세사업에 사용되는지 여부가 구분이 가능하다는 취지로 해석하고 있다. (3) 쟁점매입세액에 대한 안분기준은 「부가가치세법 시행령」 제81조 제5항에 따라 공급면적에 따라야 한다. (가) 청구법인은 최초 주택건설사업계획승인을 받은 때부터 건물을 신축하여 과세사업과 면세사업 등에 제공할 예정면적을 구분할 수 있는 경우에 해당함에 따라, 쟁점매입세액에 대하여는 「부가가치세법 시행령」제81조 제4항 제3호에 따라 총예정사용면적에 대한 면세사업 등에 관련된 예정사용면적의 비율의 순서에 따라 공통매입세액을 안분하여 왔다. (나) 청구법인과 같이 「부가가치세법 시행령」제81조 제4항 제3호에 따라 총예정사용면적에 대한 면세사업 등에 관련된 예정사용면적의 비율의 순서에 따라 공통매입세액을 안분한 경우에 대하여, 「부가가치세법 시행령」제81조 제5항은 과세사업과 면세사업 등의 사용면적이 확정되기 전의 과세기간까지는 제4항 제3호를 적용하고, 과세사업과 면세사업 등의 사용면적이 확정되는 과세기간에 제82조 제2호에 따라 공통매입세액을 정산한다고 정하고 있다. (다) 따라서, 청구인의 쟁점매입세액 중 불공제매입세액은 「부가가치세법 시행령」제81조 제5항에 따라 면세사업 사용면적 비율로 안분하여 산정하여야 하고, 설령 이 건 주택건설사업과 관련하여 과세사업과 면세사업의 사용면적이 이미 확정되었다 하더라도, 쟁점매입세액은 공급면적에 의하여 그 실지귀속이 정해지므로, 공급면적에 따라 안분하는 것이 타당하다. (4) 쟁점매입세액은 주택의 가치 증대에 기여한 비용에 관한 매입세액으로서 토지 관련 매입세액에 해당하지 않는다. (가) 토지에 관한 매입세액은 토지의 취득 및 형질변경, 공장부지 및 택지의 조성 등에 관련된 매입세액, 건축물이 있는 토지를 취득하여 그 건축물을 철거하고 토지만 사용하는 경우에 건축물의 취득 및 철거 비용과 관련된 매입세액, 토지의 가치를 현실적으로 증가시켜 토지의 취득원가를 구성하는 비용에 관련된 매입세액을 의미하고, 즉, 사업자가 자기의 사업을 위하여 사용하였거나 사용할 목적으로 공급받은 재화 또는 용역에 대한 부가가치세액이 면세사업에 관련된 것이거나 토지에 관한 경우에는 매출세액에서 공제되지 않는다. (나) 판례는, 과세대상인 주택과 면세대상인 토지를 함께 공급하는 사업을 하는 경우에, 주택과 관련하여 지출한 비용에 대한 매입세액은 과세사업에 관련된 매입세액으로서 구「부가가치세법」제17조 제1항 제1호에 따라 매출세액에서 공제될 수 있는 반면, 재고자산인 토지와 관련하여 지출한 비용에 대한 매입세액은 면세사업에 관련된 매입세액으로서 구「부가가치세법」제17조 제2항 제4호 전단에 따라 매출세액에서 공제될 수 없다고 하면서, 매출세액에서 공제되지 아니하는 토지에 관한 매입세액은 토지의 취득원가를 구성하여 해당 토지를 양도할 때에 그 취득원가에 산입하는 방법으로 회수되고, 매출세액에서 공제되는 매입세액의 경우에는 매입세액 공제의 방법으로 회수되므로, ㈜D을 시행하는 사업자가 재고자산인 토지와 그 지상의 종전 건축물을 취득하여 종전 건축물을 철거한 후 주택 등의 건축물을 신축하기 위하여 지출한 비용이 토지의 취득원가를 구성하는 것이 아니라면, 이를 토지와 관련하여 지출한 매입세액에 해당한다고 쉽게 단정할 것은 아니라고 하며, 그 비용의 토지와 관련하여 지출한 면세사업 비용에 대한 매입세액인지 아니면 토지와 무관하게 주택과 관련하여 지출한 과세사업 비용에 대한 매입세액인지 여부는 사업의 내용, 지출의 목적과 경위 등에 비추어 각 비용마다 개별적으로 판단하여야 한다고 판시하였다(대법원 2016.2.18. 선고 OOO판결). 나아가 판례는, 기반시설(도로, 주차장 등 구축물이나 건물 등)의 설치를 위하여 지출한 토공사비에 관한 매입세액이 토지 관련 매입세액에 해당하는지 문제된 사안에서, 구축물이나 건물의 설치가 가능하도록하기 위하여 필수적으로 수반되는 기반을 조성하는 기초공사의 일환으로 지출한 토공사비는 토지에 대한 자본적 지출이 아닌 구축물의 취득원가에 포함되는 것이므로, 관련 매입세액은 토지 관련 매입세액이 아니라고 판단하였으며(대법원 2004.3.25. 선고 OOO판결), 사업의 원활한 진행을 위하여 지출한 법무비용 등은 토지와 관련하여 지출한 비용이라거나 토지의 취득원가라고 할 수 없으므로, 위 비용 관련 매입세액은 토지 관련 매입세액이 아니라는 취지로 판단하고 있다(대법원 2016.2.18. 선고 OOO판결) (5) 토지관련 매입세액은 안분대상 공통매입세액에 해당하지 않는다. 판례는, 과세사업과 면세사업에 공통으로 사용되어 실지귀속을 구분할 수 없는 금액은 토지 관련 매입가액이 제외된 금액이므로, 토지관련 매입세액은 공제되지 아니하는 매입세액에 해당할 뿐 안분대상이 되는 공통매입세액에 해당하지 않는다는 취지로 판단하고 있는바(대법원 2015.11.12. 선고 OOO판결, 같은 뜻임), 과세사업과 면세사업에 공통으로 사용되어 실지귀속을 구분할 수 없는 금액은 토지관련 매입가액이 제외된 금액이므로, 토지 관련 매입세액은 공제되지 아니하는 매입세액에 해당할 뿐 안분대상이 되는 공통매입세액에 해당하지 않는다. 따라서, 사업자가 행하는 사업에 관하여 공통매입세액은 토지 관련 매입세액이 제외된 매입세액 중 실지 귀속이 분명하지 아니한 매입세액을 의미한다 할 것이다. (6) 쟁점매입세액은 토지 관련 매입세액에 해당하지 않는다. (가) 쟁점매입세액은 토지와 무관하게 이 건 주택건설사업과 관련하여 지출한 비용에 대한 매입세액이고, 기부채납 시설에 대한 매입세액(공원시설에 대한 설계 및 감리비에 대한 매입세액, 학교시설 및 도로시설 공사에 관한 매입세액), 업무대행 수수료에 대한 매입세액, 세무/회계/법무 수수료에 관한 매입세액으로 구성되어 있다. (나) 쟁점매입세액 중 기부채납 시설에 대한 매입세액(공원시설에 대한 설계 및 감리비에 대한 매입세액, 학교시설 및 도로시설 공사에 관한 매입세액)은 청구인이 공원부지로 지정된 토지의 일부에 이 건 주택건설사업을 시행하면서 공동주택을 건설하는 대가로 나머지 공원 부지에 기반시설을 설치하여 기부채납하는 것을 핵심 내용으로 한다. (다) 즉, 쟁점매입세액 중 기부채납 시설에 대한 매입세액(공원시설에 대한 설계 및 감리비에 대한 매입세액 학교시설 및 도로시설 공사에 관한 매입세액)은 청구법인이 수행하는 이 건 주택건설사업 계획 승인의 법적 전제조건(기반시설 설치 및 기부채납)을 이행하는 과정에서 발생한 매입세액일 뿐 토지 관련 매입세액에 해당하지 않는다. (라) 나머지 쟁점매입세액도 청구법인이 이 건 주택건설사업을 시행하면서 원활하게 공동주택을 건설하기 위하여 지출한 비용에 해당하고, 사업의 원활한 진행을 위하여 지출한 비용 등은 토지와 관련하여 지출한 비용이라거나 토지의 취득원가라고 할 수 없으므로, 위 비용 관련 매입세액은 토지 관련 매입세액이 아니므로(대법원 2016.2.18. 선고 OOO판결), 나머지 쟁점매입세액도 토지관련 매입세액의 아니라 청구법인의 신축하는 공동주택 관련 매입세액이 해당한다. (7) 쟁점매입세액은 총 사용면적을 기준으로 안분하여야 한다. (가) 처분청은 총예정사용면적 기준 내지 총사용면적 기준을 적용할 수 있는 것은 공동주택 신축에 직접 소요된 비용에 대한 매입세액에 한정되므로, 쟁점매입세액은 공동주택 신축에 직접 소요된 비용에 대한 매입세액이 아니므로 총예정사용면적 기준 내지 총사용면적 기준을 적용할 수 없다는 의견이나, 쟁점매입세액은 청구법인이 공동주택을 신축하기 위하여는 반드시 이행하면서 지출하여야 했던 비용에 대한 매입세액으로서 공동주택을 신축하기 위하여 필수적으로 지출되있어야 하는 비용에 대한 매입세액이다. (나) 이러한 사정에도 불구하고, 쟁점매입세액이 공동주택 신축에 직접 소요된 비용이 아니므로 총예정사용면적 기준 내지 총사용면적 기준을 적용할 수 없다고 하는 것은 공동주택 신축 관련 비용의 범위를 부당하게 축소 해석한 것이고, 쟁점매입세액이 이 건 주택건설사업을 위해 필수적으로 지출하여야 했던 비용에 대한 매입세액이며, 이 건 주택건설사업의 핵심이 공동주택의 신축 및 분양이므로, 쟁점매입세액은 공동주택 신축과 관련된 공통매입세액으로 보아 총예정사용면적 기준 내지 총사용면적 기준을 적용하여 안분계산하여야 할 것이다. (다) 나아가 처분청은 쟁점매입세액이 토지의 가치도 증가시키므로 총 공급가액 기준으로 안분하여야 한다는 의견이나, 이는 법령의 명문 규정을 자의적으로 무시하는 것이고, 「부가가치세법 시행령」 제81조 제4항 단서는 건물 신축의 특수성을 고려하여 다른 모든 기준에 우선하여 총예정사용면적 기준을 적용하도록 하여, 공통매입세액 안분기준의 적용 순서를 명확히 정하고 있다. (8) 청구인은 2024년 4월 입주자모집공고를 실시하고 분양자를 모집함에 따라, 2024년 제1기 부가가치세 확정신고기간(2024.4.1.〜2024.6.30.)부터 비로소 주택 공급가액이 발생하였으므로, 2020년 제1기 부가가치세 예정신고기간부터 2024년 제1기 부가가치세 예정신고기간(2024.1.1.〜2024.3.31.)까지의 각 과세기간에는 과세사업 및 면세사업 모두 공급가액이 존재하지 아니하거나 그 어느 한 사업의 공급가액이 없는 상태였으므로, 「부가가치세법 시행령」 제81조 제4항 본문 및 단서에 따라 예정사용면적 기준으로 공통매입세액을 안분하여야 하는 상황이었다(「부가가치세법 시행령」 제81조 제4항). 청구인은 쟁점분양사업의 사업계획서, 건축설계도면 등을 토대로 과세사업(국민주택 규모 초과 주택 및 상가 등)과 면세사업(국민주택 규모 이하 주택)에 제공할 예정사용면적을 구분하여, <표1>과 같이 2020년 제1기 부가가치세 예정신고기간부터 2024년 제1기 부가가치세 예정신고기간까지의 각 과세기간에 발생한 공통매입세액을 모두 「부가가치세법 시행령」 제81조 제4항 제3호에 따른 예정사용면적 기준으로 안분하여 부가가치세를 신고하였다(「부가가치세법 시행령」 제81조 제4항 제3호). <표1> 2020년 제1기부터 2024년 제2기까지 면세 비율 OOO 청구인은 2024년 제1기 부가가치세 확정신고기간부터 공급가액이 발생하였으나, 쟁점분양사업의 공동주택에 대한 과세사업과 면세사업의 사용면적이 아직 확정되지 아니하였으므로, 「부가가치세법 시행령」 제81조 제5항에 따라 사용 면적이 확정되기 전의 과세기간까지는 계속하여 예정사용면적 기준(제4항 제3호)에 따라 공통매입세액을 안분하여야 할 것이고(「부가가치세법 시행령」 제81조 제5항), 이에 청구인은 2024년 제1기 부가가치세 확정신고기간 이후인 2025년 제2기 부가가치세 확정신고기간까지도 계속하여 예정사용면적 기준으로 공통매입세액을 안분하여 부가가치세를 신고하였는바, 이 건 과세처분은 부당하다. 나. 처분청 의견 (1) 청구법인은 쟁점분양사업에서 발생한 지출을 단순한 아파트 건축공사비로 취급하려 하나, 실질 시공은 주주사인 E 주식회사가 전담하고 있고, 청구법인은 단순 시공사가 아니라 대지 매입, 기부채납 인허가, 분양, 금융을 총괄하는 부동산개발 시행사업자인바, 시공사인 E 주식회사로부터 수취한 순수 아파트 신축 공사비(OOO원)관련 세금계산서 매입세액에 대해서는 처분청은 블록별 건축면적 비율(OOO)에 따른 면적 안분 처리를 적정한 것으로 인정하였다. 그러나 시공비 외에 청구법인이 시행사로서 지출한 공원조성비, 법무·세무 수수료, 사무실운영경비 등에 관한 지출비용은 건물의 물리적 구조에 따른 신축비가 아니라, 시행사업 전체의 존립과 가치 상승을 위한 공통 경비이므로 안분 기준을 달리하여야 할 것이다. 청구법인은 2024.4.5. 광주광역시 OOO일원의 OOO지구에 아파트 3개 블록, 지하 3층〜지상 28층, 총 39개동, 전체 2,772세대(임대 408세대 포함)를 분양·공급하는 내용으로 입주자를 모집하여 분양을 개시하였고, 이 중 임대는 408세대는 모두 84㎡미만으로 면세에 해당하며, 임대세대를 제외한 나머지 2,364세대 중 206세대도 84㎡미만으로 면세에 해당하고 나머지 2,158세대는 84㎡를 초과하는 세대로 과세에 해당한다. 특히 이 중 면세가 적용되는 84㎡ 이하 아파트는 87.38%의 높은 분양률을 기록하였으나 부가가치세가 과세되는 84㎡ 초과 대형아파트의 분양률은 31.79%(2,158세대 중 1,472세대 미분양)에 그침으로써, 전체 분양률은 36.63%로 집계되었고, 이로 인해 청구법인의 2025년 1기분 과세기간에 발생한 총매출액은 OOO원이나, 과세공급가액은 OOO원이고 면세공급가액은 OOO원으로 총매출액에서 면세공급가액의 비율은 63.97%를 차지하고 있다. 청구법인은 대형 평수(과세)의 미분양으로 인해 면세 매출 비중이 크게 높아지자, 불공제 세액을 줄이기 위하여 실제 매출(면세비율 63.97%)을 대신 분양면적 비율(면세비율 16.70%)을 적용하여 환급 신청하게 된 것으로 보이나, 만일 분양이 제대로 되었다면 과세매출 비중이 훨씬 크게 되었을 것이고 그러했다면 청구법인은 처분청과 같이 원칙에 의하여 쟁점매입세액을 계산하였을 것이다. (2) 청구법인의 사업은 건물만 분양하는 사업이 아닌 토지와 건물을 모두 공급(복합 공급)하는 사업이다. (가) 청구법인은 주택건설 및 분양업자로서의 지위만을 강조하며 모든 지출을 건물 신축비로 의제하려 하나, 청구법인의 실질적인 주된 사업 형태는 ‘토지(대지권)’와 ‘건물(아파트)’을 결합하여 공급하는 부동산 개발 및 분양사업을 영위하고 있고, 쟁점매입세액은 단순히 건물의 물리적 구조체를 형성하기 위한 비용이 아니라, 이 건 대규모 개발사업 전체를 성립시키고 분양 가치를 높이기 위해 투입된 공통 경비이므로, 그 안분 기준은 토지와 건물의 가치가 모두 반영된 총공급가액을 기준으로 하여야 할 것이다. (나) 청구법인이 쟁점분양사업의 인허가를 받기 위해 ‘토지의 이용 가치’를 높인 행위의 일환으로 볼 수 있고, 공원 조성 등은 아파트 건축물 자체의 물리적 구조를 형성하는 비용이 아니라, 건축물이 들어설 ‘부지(토지)’의 환경을 쾌적하게 조성하여 분양 가치를 높이는 ‘토지 결합적 행위’이므로, 이러한 쟁점매입세액에 대한 비용은 아파트의 면적비율대로 가치가 투영되는 것이 아니고 그 실질의 귀속이 불분명한 경우에 해당하므로, 원칙으로 돌아가 공급가액의 비율대로 안분하게 되는 것이다. (3) 쟁점매입세액(공원 조성비 등)의 본질은 토지와 건물 전체의 가치를 증대시키는 자본적 지출이다. (가) 쟁점매입세액은 본래 ‘토지 관련 자본적 지출’로 보아야 할 것이고, 「부가가치세법」제39조 제1항 제7호 및 같은 법 시행령 제80조에 따르면, 토지의 조성 등을 위한 자본적 지출에 관련된 매입세액은 매출세액에서 공제하지 않도록 규정하고 있는바, 청구법인은 공원시설 조성과 관련하여 설계·감리비, 학교 및 도로시설 공사비 등을 지출하였는데, 이는 해당 공동주택(아파트 단지)이 들어설 토지의 인프라를 확충하여 토지의 지목 변경, 형질 변경과 다름없는 가치 상승을 유발한 비용으로써, 원칙적으로는 토지의 자본적 지출로 봄이 타당하다. (나) 그럼에도 처분청이 쟁점매입세액을 안분대상으로 인정한 이유는 쟁점분양사업의 조건으로서 기부채납(공원 등) 비용으로 지출되었고 이는 토지 외 건물 부분의 가치상승에도 부합하는 것으로 청구법인의 자기 사업과 관련되는 비용으로 볼 여지가 있기 때문이며, 그 비용이 그 실질적인 귀속을 명확히 구분지을 수 있는 대상이 아닌 전체 사업의 가치향상을 위한 것으로 「부가가치세법」제81조 제1항에 따라 면적이 아닌 공급가액을 기준으로 안분하였다. (4) 청구법인이 광주광역시에 제출하고 공시한 공식 자료인 OOO공원조성사업 총사업비 산출내역서 및 분양가 내역은 아래 <표2>과 같고, 청구법인이 주장하는 면적 안분기준(시행령 제81조 제4항 단서)은 적용하기 어렵다. <표2> 원가 구성 분석을 통해 나타나는 토지 가치 상승 OOO 청구법인의 총 대지비 매출(OOO원)에 대응하는 개발 원가는 순수 토지보상비(OOO원)에 공원조성비 및 기반시설 공사비(OOO원)가 결합되어 형성된 것인 반면에 건물분 분양가격(OOO원)은 시공사인 E 주식회사 등에 지출한 아파트 직접공사비(OOO원)와 대응된다고 봄이 타당하므로, 원가 구성의 실질상 공원조성비 등은 사실상 토지의 가치를 증대시킨 원가에 해당하므로 전액 불공제함이 타당할 수 있으나, 공통매입세액으로 보아 대지비가 포함된 '총공급가액 기준'으로 안분한 것이다. 청구법인은 「부가가치세법 시행령」제81조 제4항 단서를 근거로 건물 신축 시 사용면적의 기준을 우선 적용하여야 한다고 주장하나, 이는 해당 매입세액이 오롯이 건물신축에만 귀속될 때에 해당되는 사항으로써, ‘건물을 신축 또는 취득하여 과세사업과 면세사업에 제공할 예정면적을 구분할 수 있는 경우’에 한정되는 것이다. 건물 면적별 안분이 정당성을 가지려면, 해당 지출이 건물의 면적 크기에 비례하여 물리적 원가가 증감하는 성질을 가져야 할 것이나 ① 공원조성 공사비(공급가액 OOO원), ② 도로·학교 공사비(공급가액 OOO원), ③ 법무·세무수수료(공급가액 OOO원) ④ 사무실 경비(공급가액 OOO원) 등은 아파트 건물의 면적 단위로 계산되는 비용이 아니다. (5) 총사업비 산출내역과 분양가 구성을 통한 토지 가치 기여도 분석은 다음과 같다. (가) 청구법인이 광주광역시에 제출한 공시자료와 세대별 분양가 자료를 대조하면 쟁점매입세액이 토지 가치에 결부되어 있음이 다음과 같이 수치로 증명된다(OOO공원조성사업 총사업비 산출내역서 참조). <공시자료와 세대별 분양가 자료 대조> OOO (나) 쟁점분양사업은 단순한 아파트 건물 신축이 아니라, OOO공원 특례사업이라는 특수한 구조를 가진 복합개발사업으로, 청구법인은 공원부지 일부를 주거지역으로 변경하여 공동주택을 건설하는 대신, 나머지 부지에 도시공원을 조성하여 광주광역시에 기부채납하기로 하였는데 이는 인허가와 사업승인의 전제조건이었으므로, 공원·학교·도로 공사비는 건물 자체의 시공비라기 보다 쟁점분양사업 전체의 존립을 가능하게 하는 기반비용으로 볼 수 있다. (다) 법무수수료는 호실별로 자문이 이루어지는 성격이 아니라 쟁점분양사업과 관련하여 발생하는 각종 소송 및 분쟁에 관한 것으로 공통비용에 해당하고, 세무수수료 및 사무실 운영경비도 각 호실별로 구분되어 지급되는 것이 아니라 사업 전체를 통합하여 수수료 책정이 이루어지는 것으로서 공통비용에 해당한다. (라) 일례로 이 건 총사업비 산출내역(217면)을 보면 이 건 총사업비에 포함되어 있는 세무, 법무수수료는 기간과 단가에 따라 계산되어 있음이 확인되는바, 즉 수수료 등의 산정을 면적비율이 아닌 지출가액을 기준으로 하여 산정하였다는 것은 단순한 건물신축 비용이 아니라 쟁점분양사업 전체를 기준으로 산정된 것으로써, 건축면적 비율을 염두에 두지 않았음을 의미한다. 3. 심리 및 판단 가. 쟁점 기부채납(공원) 관련 공사비, 분양대행수수료, 법무·세무수수료, 사무실 운영경비 등은 공통비용에 해당한다고 보아 과·면세 공급가액 비율로 안분한 처분의 당부 나. 관련 법령 (1) 부가가치세법 제40조(공통매입세액의 안분) 사업자가 과세사업과 면세사업 등을 겸영(兼營)하는 경우에 과세사업과 면세사업 등에 관련된 매입세액의 계산은 실지귀속(實地歸屬)에 따라 하되, 실지귀속을 구분할 수 없는 매입세액(이하 “공통매입세액”이라 한다)은 총공급가액에 대한 면세공급가액의 비율 등 대통령령으로 정하는 기준(이하 “공통매입세액 안분기준”이라 한다)을 적용하여 대통령령으로 정하는 바에 따라 안분(按分)하여 계산한다. (2) 부가가치세법 시행령 제81조(공통매입세액 안분 계산) ① 법 제40조에 따라 과세사업과 면세사업 등을 겸영(兼營)하는 경우로서 실지귀속(實地歸屬)을 구분할 수 없는 매입세액(이하 “공통매입세액”이라 한다)이 있는 경우 면세사업 등에 관련된 매입세액은 인원 수 등에 따르는 등 기획재정부령으로 정하는 경우를 제외하고 다음 계산식에 따라 안분하여 계산한다. 다만, 예정신고를 할 때에는 예정신고기간에 있어서 총공급가액에 대한 면세공급가액(면세사업 등에 대한 공급가액과 사업자가 해당 면세사업 등과 관련하여 받았으나 법 제29조의 과세표준에 포함되지 아니하는 국고보조금과 공공보조금 및 이와 유사한 금액의 합계액을 말한다. 이하 이 조부터 제83조까지의 규정에서 같다)의 비율에 따라 안분하여 계산하고, 확정신고를 할 때에 정산한다. ④ 제1항을 적용할 때 해당 과세기간 중 과세사업과 면세사업 등의 공급가액이 없거나 그 어느 한 사업의 공급가액이 없는 경우에 해당 과세기간에 대한 안분 계산은 다음 각 호의 순서에 따른다. 다만, 건물 또는 구축물을 신축하거나 취득하여 과세사업과 면세사업 등에 제공할 예정면적을 구분할 수 있는 경우에는 제3호를 제1호 및 제2호에 우선하여 적용한다. 1. 총매입가액(공통매입가액은 제외한다)에 대한 면세사업 등에 관련된 매입가액의 비율 2. 총예정공급가액에 대한 면세사업 등에 관련된 예정공급가액의 비율 3. 총예정사용면적에 대한 면세사업 등에 관련된 예정사용면적의 비율 ⑤ 제4항 단서에 따라 토지를 제외한 건물 또는 구축물에 대하여 같은 항 제3호를 적용하여 공통매입세액 안분 계산을 하였을 때에는 그 후 과세사업과 면세사업 등의 공급가액이 모두 있게 되어 제1항의 계산식에 따라 공통매입세액을 계산할 수 있는 경우에도 과세사업과 면세사업 등의 사용면적이 확정되기 전의 과세기간까지는 제4항 제3호를 적용하고, 과세사업과 면세사업 등의 사용면적이 확정되는 과세기간에 제82조 제2호에 따라 공통매입세액을 정산한다. ⑥ 제1항부터 제5항까지에서 규정한 사항 외에 공통매입세액의 안분 계산에 필요한 사항은 기획재정부령으로 정한다. 제82조(공통매입세액의 정산) 사업자가 제81조 제4항에 따라 매입세액을 안분하여 계산한 경우에는 해당 재화의 취득으로 과세사업과 면세사업 등의 공급가액, 과세사업과 면세사업 등의 사용면적이 확정되는 과세기간에 대한 납부세액을 확정신고할 때에 다음 각 호의 계산식에 따라 정산한다. 다만, 예정신고를 할 때에는 예정신고기간에 있어서 총공급가액에 대한 면세공급가액의 비율, 총사용면적에 대한 면세 또는 비과세 사용면적의 비율에 따라 안분하여 계산하고, 확정신고를 할 때에 정산한다. 1. 제81조 제4항 제1호 및 제2호에 따라 매입세액을 안분하여 계산한 경우 2. 제81조 제4항 제3호에 따라 매입세액을 안분하여 계산한 경우 다. 사실관계 및 판단 (1) 청구법인은 2024.4.5. 이 건 아파트를 분양 공고하였고, 아래 <표3>와 같이 84㎡ 초과(과세) 아파트 2,158세대 및 84㎡ 이하(면세) 206세대는 분양으로, 84㎡ 이하(면세) 408세대는 임대로 공급하였으며, 아래 <표4>과 같이 청구법인의 2025년 제1기 부가가치세 신고 매출은 과세공급가액 OOO원, 면세매출가액 OOO원으로 총공급가액 중 면세공급가액이 차지하는 비율은 63.97%이다. <표3> 면적별 세대수 등 OOO <표4> 2025년 제1기 부가가치세 매출 내역 OOO (2) 청구법인의 주요 매입은 시공사 E 주식회사로부터 수취한 아파트 건축 관련 매입 OOO원, 공원조성 관련 공사비 OOO원, 광고비 OOO원, 분양대행수수료 OOO원 등이고, 아파트 건축 관련 공사비는 시공사인 E㈜로부터 수취한 매입세금계산서로서, 청구법인이 분양공급하는 아파트·상가의 총 건축 면적 중 국민주택규모 이하 아파트 면적이 차지하는 비율에 따라 안분된 금액으로 세금계산서와 계산서를 각각 구분하여 수취하였다. (3) 청구법인은 2025년 제1기 부가가치세 신고시, 아파트 분양 조건으로 광주광역시에 기부채납하는 공원·학교·도로 시설 등에 대한 공사비 및 쟁점분양사업을 추진하면서 발생한 각종 법무·세무 수수료, 사무실 운영 경비 등에 대한 매입세액(쟁점매입세액)은 아래 <표5>와 같이 건축면적 비율에 따라 안분계산하여 불공제 매입세액 신고하였고, 처분청은 <표6> 및 <표7>과 같이 과·면세 공급가액으로 경정하였다. <표5> 공통매입세액 정산 신고 내용 OOO <표6> 공통매입세액 재계산 및 경정 내용 OOO <표7> 공통매입세액 재계산 및 경정 내용(세부) OOO (4) 청구법인은 광주광역시 OOO공원 특례사업을 위하여 광주광역시와 협약을 체결하고, 공원부지(OOO지구) 중 일부를 주거지역으로 변경하여 아파트를 건설･분양하는 조건으로 나머지 부지에 도시공원을 조성하여 광주광역시에 기부채납하기로 한 것이 주택건설사업계획승인 조건에서 나타난다. (5) 청구법인이 2024년 3월에 OOO공원조성사업 총사업비 산출내역을 광주광역시에 제출하였고, 이 자료에 토지비는 비공원부지(아파트 부지) 뿐만 아니라 공원부지를 포함한 전체 토지의 보상비, 지장물 보상비, 취득부대비용 등으로서 총 OOO억원으로 산정되어 있고, 아파트 공사 관련 직접공사비는 OOO원으로, 공원 사업비 OOO원, 인허가 조건부 공사비 OOO원 등이 공원시설 조성과 관련된 공사비로 산정되어 있다. <총사업비 산출내역 중 토지비> OOO <직접공사비 및 공원조성 사업비> OOO (6) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 살피건대, 쟁점공원은 쟁점분양사업의 인‧허가를 조건으로 기부채납되는 것이고, 쟁점공원 조성 공사비 및 법무·세무수수료·사무실 경비 등은 이 건 개발사업 전체를 성립시키고 분양 가치를 높이기 위하여 투입된 공통 경비로 보이므로, 쟁점매입세액은 공통매입세액으로 보아 안분 계산하여야 할 것인 점, 「부가가치세법」제40조 및 같은 법 시행령 제81조 제1항에서 공통매입세액은 공급가액 기준으로 안분계산하여야 하고, 제4항에서 해당 과세기간 중 과세사업과 면세사업 등의 공급가액이 없거나 어느 한 사업의 공급가액이 없는 경우에 해당 과세기간에 대한 안분 계산은 총예정면적으로 한다고 규정하고 있는바, 이 건 2025년 제1기 부가가치세 과세기간에 과세 및 면세매출이 발생한 이상 공급가액을 기준으로 안분계산 함이 타당한 것으로 보이는 점 등에 비추어, 처분청이 한 이 건 과세처분(일부 환급거부처분)은 달리 잘못이 없는 것으로 판단된다. 4. 결론 이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 없으므로「국세기본법」제80조의2 및 제65조 제1항 제2호에 의하여 주문과 같이 결정한다. |