[주 문]

심판청구를 기각한다.

[이 유]

1.처분개요

가.청구법인은 「한국농어촌공사 및 농지관리기금법」(이하 “농어촌공사법”이라 한다)에 따라 2000.1.1. 설립되어 「농어촌정비법」에 따른 농어촌정비사업 등의 사업을 하는 법인으로, 「조세특례제한법」(이하 “조특법”이라 한다) 제106조 제1항 제6호 및 같은 법 시행령 제106조 제7항 제4호에 따른 ‘정부업무를 대행하는 단체’에 해당한다.

나.청구법인은 노후‧파손되거나 기능이 저하된 수리시설의 보수‧보강 등을 추진하는 ‘A’ 사업(B 소관 국고보조사업으로, 국고보조율이 100%이다)을 시행하고 있는바, 해당 사업의 내역은 ① 수원공(저수지 및 양‧배수장 등) 개보수, ② 용‧배수로 개보수, ③ 저수지 준설(저수지 바닥에 쌓인 토사 등을 제거하는 것으로, 이하 “쟁점사업”이라 한다), ④ 안전진단, ⑤ 재해예방계측 등으로 구분된다.

다.청구법인은 A 사업을 위하여 공급한 용역 중 쟁점사업에 관한 부분에 대해서만 2020년 제2기∼2025년 제2기 부가가치세를 신고‧납부하였고, 쟁점사업을 제외한 부분에 대해서는 그 부가가치세를 신고‧납부하지 아니하였다.

라.청구법인은 쟁점사업이 조특법 제106조 제1항 및 같은 법 시행령 제106조 제8항에 따른 부가가치세 면제 대상에 해당한다고 주장하며, <별지1> 기재와 같이 2025.12.23. 등 처분청들에 2020년 제2기∼2025년 제2기 부가가치세 합계 OOO원을 환급하여 달라는 경정청구를 제기하였다.

마.처분청들은 조특법 시행규칙 [별표 10] 제3호(이하 “쟁점규정”이라 한다)가 청구법인의 면세사업에서 ‘저수지와 그 주변 준설사업’을 제외하도록 규정하고 있으므로 쟁점사업이 쟁점규정에 따른 면세사업에 해당하지 아니하는 것으로 보아, <별지1> 기재와 같이 2026.1.8. 등 청구법인의 경정청구를 거부하였다.

바.청구법인은 이에 불복하여 <별지1> 기재와 같이 2026.4.7. 등 심판청구를 제기하였다.

2.청구법인 주장 및 처분청들 의견

가.청구법인 주장

 (1) 쟁점사업은 정부 수행 국가고유사업으로 청구법인이 B로부터 이를 위탁‧대행하여 수행한 것이므로 원칙적으로 부가가치세 면제 대상에 해당한다.

  (가) 청구법인은 B의 위탁을 받아 A 사업을 시행하고 있는데, 시‧도가 「농어촌정비법」에 따라 기본계획을 수립하여 B에 제출하면 B가 시‧도의 기본계획 및 청구법인의 정밀안전진단 실시결과 등을 고려하여 사업대상지를 선정하고, 청구법인은 B로부터 시행지구 선정 및 예산 확정통지를 받아 세부설계 결과를 토대로 사업시행계획을 수립하여 시·도에 승인을 신청하며, 시·도로부터 사업시행계획 승인을 얻은 경우 「국가를 당사자로 하는 계약에 관한 법률」 등 관련 법령에 따라 사업을 발주하고 착공한다.

  (나) 쟁점사업은 「농어촌정비법」에 따른 농어촌정비사업 중 농업생산기반 정비사업에 해당하는데, 농업생산기반 정비사업은 국가, 지방자치단체, 청구법인 또는 토지 소유자가 시행 가능하고, B에서 매년 공시하는 기금운용계획에 따르면 A 사업의 시행주체는 청구법인으로서, A 사업에 포함된 쟁점사업은 B의 위탁을 받아 청구법인만 수행이 가능한 것이다.

  (다) 대법원은 ‘조세법률주의상 조세법규는 엄격하게 해석하여야 하나, 관련 법규 상호 간의 해석을 통하여 비로소 그 의미가 명확해지는 경우에는 법적 안정성과 예측가능성을 해치지 않는 범위 내에서 입법 취지와 목적을 고려한 합목적적 해석이 허용된다’고 판시하였고(대법원 2008.2.15. 선고 2007두4438 판결 참조), 최근 조세심판원 선결정례를 보더라도 규정이 명확하지 아니하여 해석의 여지가 있는 경우 그 규정의 개정취지를 고려하여 판단하여야 하는 것인바(조심 2017부4113, 2020.01.30. 외 참조), 조세법의 해석은 문언에 충실하여야 함이 원칙이지만 관련 규정의 체계와 입법 목적을 고려하지 않은 채 문언만을 기계적으로 해석하여서는 아니 되며, 법문언이 허용하는 범위 내에서는 해당 제도의 취지와 목적을 반영한 해석이 가능하다.

  (라) 청구법인은 국가업무 위탁집행형 준정부기관으로서 면세사업자이고, 예외적으로 민간과 경쟁관계에 있는 일부 사업에 대해서만 과세사업자인 민간사업자와의 형평을 감안하여 부가가치세를 납부할 의무가 있다.

  (마) 쟁점규정의 ‘저수지 및 주변 준설사업’에 대한 정의는 조특법 어디에도 없고, 이는 청구법인의 특정 사업을 구체적으로 지칭하는 것으로 보기 어려운 불확정개념이므로, 재정경제부가 밝힌 쟁점규정의 개정취지에 따라 합목적적인 해석을 하여야 한다.

  (바) 재정경제부가 발간한 ‘2010 간추린 개정세법’에는, 조특법 시행령 제106조와 관련하여 면세사업 범위를 조정하면서 ‘민간과 경쟁하거나 이미 과세사업으로 전환되어 면세사업이 없는 등 면세를 유지할 실익이 없는 일부 기관 등을 정비한다’고 그 개정취지를 밝히고 있고, 이에 관한 쟁점규정의 제‧개정이유에는 청구법인의 저수지 및 주변 준설사업 등 ① 정부로부터 위탁받은 사업이 아니거나 ② 민간과 경쟁하는 분야에 대해서는 이를 면세대상에서 제외한다는 설명이 이루어져 있다.

  (사) 당시 청구법인의 경우 부가가치세 면제 대상 사업에서 저수지와 그 주변 준설사업과 「폐기물관리법」 제30조 제1항에 따른 폐기물처리시설 검사업무가 제외되었는데, 이는 정부로부터 위탁받은 사업이 아니거나 민간과 경쟁하는 분야를 면세 대상에서 제외하려는 데에 그 목적이 있었는바, 개정 조문의 취지는 본래 면세기관이더라도 민간과 경쟁관계에 있는 분야의 경우 민간과의 과세형평을 고려하여 과세하고자 함에 있으므로, 면세 대상에서의 제외는 위와 같은 경우에 한하여 적용하는 것으로 해석함이 타당하다.

  (아) 쟁점사업은 「농어촌정비법」상 농업생산기반 정비사업으로, B에서 매년 공시하는 기금운용계획에 따른 정부예산사업이고, 그 사업시행자는 청구법인으로 명시되어 있는바, 쟁점사업은 국가로부터 독점적으로 위탁받은 사업이므로 개정세법의 취지를 고려할 때 예외적 과세 대상 사업에 해당하지 아니한다.

 (2) 쟁점사업은 민간과 경쟁관계에 있지 아니하고, 「농어촌정비법」 및 ‘농림축산식품사업 시행지침’에 따라 청구법인만 쟁점사업을 수행하도록 되어 있어, 쟁점사업은 부가가치세 면제 대상이다.

  (가) 쟁점사업의 근거 법령은 농어촌공사법 제10조 제1항 제1호, 「농어촌정비법」 제2조 제4호, 제5호 및 같은 법 제10조 등이 있는바, 이에 따르면 청구법인만이 쟁점사업을 수행할 수 있도록 지정되어 있으므로 청구법인과 경쟁관계에 있는 민간 부문이 실재할 수 없다.

  (나) 청구법인이 쟁점사업의 민간 경쟁 가부에 대하여 그 발주처인 B에 질의한 결과, B는 쟁점사업이 국가가 추진해야 할 업무를 「농어촌정비법」 및 ‘농림축산식품사업 시행지침’에 따라 청구법인에게만 위탁할 수 있으므로 민간경쟁이 불가능한 사업이라고 회신하였는바(B는 「정부조직법」상 정부조직을 이루는 행정각부에 해당하는바, 정부의 업무를 담당하고 있는 B의 의견은 단순한 의견표명이 아니라 정부의 명확한 견해에 해당하므로, B의 위 회신은 쟁점사업의 부가가치세 면제 대상 여부를 판단하기 위한 주요한 지표이다), 이는 청구법인만이 수행할 수 있는 고유사업으로서 민간 경쟁이 불가능한 구조인 것이다.

  (다) 쟁점규정이 예외적 과세 대상으로 규정한 사업은 민간 경쟁이 가능한 일반적인 준설사업을 가리키는 것으로 이는 쟁점사업과 목적과 성격이 상이한데, 일례로 골재채취 등의 준설사업은 민간경합을 통해 사업자가 정해지고 골재채취‧판매를 통해 민간에 실질적으로 이익이 발생하므로 과세형평성 측면에서 부가가치세 과세 대상이 되는 것이 타당한 반면, 쟁점사업은 가뭄이나 홍수 방지 등을 위해 저수지에 쌓인 퇴적물을 제거하는 데 목적이 있어 이로 인한 부수적 수익이 없으므로 민간 경합이 의미가 없다.

  (라) 처분청들은 경상남도 사천시 등의 지방자치단체에 민간 사업자가 저수지 준설 용역을 공급하고 있음을 지적하며 청구법인이 쟁점사업에 관하여 민간과 경쟁 관계에 있다는 의견을 제시하나 이는 받아들일 수 없다.

   1) 청구법인은 위와 같은 지방자치단체와 동일한 지위(발주자의 지위에서 경쟁입찰을 통해 민간업체를 선정한다)에서 쟁점사업을 수행하는 것인바, 처분청들은 농업생산기반 정비사업 시행자의 지위와 시공업체 등 준설행위 용역제공자의 지위를 혼동한 것이다(시공업체 등 민간사업자는 개별 공사용역을 수행할 수 있을 뿐 A사업 자체를 시행할 수는 없다).

   2) 또한 부가가치세는 각 거래단계별로 독립적으로 과세 여부를 판단하는 것이 원칙이므로, 청구법인이 쟁점사업의 일부를 재위탁하여 수행하는 경우가 있다 하더라도, 이는 개별 하위 거래에 관한 문제에 불과할 뿐, 청구법인이 수행하는 쟁점사업 자체의 공공적·비경쟁적 성격이 변경되는 것은 아니다.

   3) 그럼에도 불구하고 처분청들은 이러한 법리 및 사실관계를 충분히 고려하지 아니한 채, 청구법인의 위탁사업을 민간의 재위탁 용역과 동일하게 보아 경쟁 가능성이 존재하는 것으로 판단한 것으로서, 이는 거래 구조 및 사업 시행 주체의 법적 지위에 대한 해석상 오인에서 비롯된 것으로 보인다.

 (3) 쟁점사업은 정부업무위탁‧대행사업으로 그 특성상 청구법인만 수행할 수 있으므로 부가가치세 면제 대상으로 본다 하더라도 특별히 민간이 불리해지지 아니한다.

  (가) 「부가가치세법」 제26조 제1항 제19호는 국가 등이 공급하는 재화 또는 용역을 부가가치세 면제 대상으로 규정하고 있고, 조특법 제106조 제1항 제6호는 정부업무대행단체가 공급하는 재화 또는 용역을 부가가치세 면제 대상으로 규정하고 있는바, 쟁점사업은 원칙적으로 국가고유사업으로서 부가가치세 면제 대상에 해당한다.

  (나) 다만, 이러한 경우라도 쟁점사업이 민간 공급 부가가치세 과세 대상 재화 또는 용역과 경쟁 관계에 있다면 민간이 공급하는 재화 또는 용역이 불리해지지 않도록 쟁점사업에 대해서도 예외적으로 부가가치세를 과세하여야 한다고 보아야 할 것이나, 쟁점사업은 관련 법령이나 B 질의회신에 따르면 청구법인이 이를 독점적으로 수행하는 것이므로 이를 부가가치세 면제 대상으로 보더라도 특별히 민간이 불리해진다고 보기 어렵다.

  (다) 쟁점사업은 청구법인이 수행하도록 설계‧지정된 공공사업으로서 청구법인만이 수행할 수 있는 사업에 해당한다.

   1) A 사업은 B의 농업생산기반정비 프로그램의 일환으로 시행되는 사업으로, 그 2024년 시행지침서에는 사업 시행 주체가 「농어촌정비법」상 농업생산기반 정비사업 시행자로 규정되어 있고, 이를 한국농어촌공사에 위탁하도록 명시되어 있는바, 기타 민간사업자는 그 사업시행자로 규정되어 있지 아니하다.

   2) 「농어촌정비법」 제10조는 국가, 지방자치단체, 청구법인 및 토지 소유자가 사업을 시행할 수 있다고 규정하고 있는바, 이에 따르면 국가의 사업인 쟁점사업을 청구법인이 시행하는 것으로서, 이는 민간업체가 시행자로서의 자격이 없다는 것을 의미한다.

  (라) B는 단순히 사업의 계속성 및 효율성 등을 고려하여 청구법인을 시행기관으로 지정한 것이 아니라, 공적 기능을 수행하는 공공기관인 청구법인의 공공성과 전문성을 고려하여 제도적으로 청구법인을 시행기관으로 선택한 것이다.

   1) A사업은 노후·파손 또는 기능 저하로 재해위험이 있는 수원공 및 용·배수로 등 농업생산기반시설의 보수·보강과 저수지 준설을 내용으로 하는 사업으로, 이는 농업용수의 안정적 공급과 재해 예방을 목적으로 하는 국가의 공적 기능에 해당한다.

   2) 청구법인은 이러한 공적 기능을 수행하도록 설립된 공공기관으로서 사실상 국가 또는 지방자치단체의 행정적 기능을 대행하고 있으므로, B가 청구법인을 시행기관으로 지정한 것은 단순한 효율성의 문제가 아니라 해당 사업의 공공성과 전문성을 고려한 제도적 선택으로 보아야 한다.

  (마) 주무부처인 B는 쟁점사업이 민간과 경쟁관계에 있지 않다고 확인하였음에도 처분청들이 달리 판단하는 것은 주무부처의 권한과 전문적 판단을 침해하고 나아가 국가의 공식적인 확인을 정면으로 부인하는 것으로서 그 타당성을 인정하기 어렵다.

 (4) 조세심판원은 청구법인과 동일하게 정부업무대행단체에 해당하는 C이 수행하는 업무가 원칙적으로 조특법 제106조 제1항 제6호에 따른 부가가치세 면제 대상에 해당함을 전제로, C이 수행하는 사업의 경우 C만이 독자적으로 수행하는 것이므로 이를 부가가치세 면제 대상으로 보더라도 특별히 민간이 불리해진다고 보기 어렵다고 설시한 바 있다(조심 2020인8221, 2021.8.30. 참조).

  (가) 위 선결정례에서 조세심판원은, 조특법 시행규칙 [별표 10] 제47호가 시험‧분석‧검사‧진단사업을 예외적 과세 대상으로 규정하고 있음에도 불구하고 C이 정부가 수행하여야 할 국가고유사업을 대행하여 수행하고 있는 점 및 주관부처인 환경부가 이를 민간경쟁이 불가한 사업임을 명확히 한 점 등을 토대로 해당 사업을 부가가치세 면제 대상으로 보았다.

  (나) 이 건의 경우 청구법인이 국가고유사업에 해당하는 쟁점사업을 대행하고 있고, 쟁점사업은 청구법인의 독점사업으로서 민간 경합성이 없으며, 주관부처인 B 또한 이를 명확히 하였으므로, 위 선결정례와 달리 볼 이유가 없다.

  (다) 위 C 사례에서 부가가치세 면세 대상 여부가 다툼이 된 사업은 유증기회수설비 형식인증‧검사, 저녹스버너 검사 및 오염우려지역 토양지하수 환경조사 등으로, 조세심판원은 사업 명칭에 ‘검사’가 포함되어 있음에도 위의 사업이 조특법 시행규칙 [별표 10] 제47호가 부가가치세 면제 대상에서 제외한 ‘시험‧분석‧검사‧진단사업’에 해당하지 아니한다고 본 것이다.

  (라) 처분청들은 위 C 사례는 문제가 된 사업이 부가가치세 과세 대상인 ‘시험·분석·검사·진단사업’에 해당하는지 불분명하여 다툼이 생긴 것으로서 이는 쟁점사업과 사안이 동일하지 않다는 의견이나, 이 건의 경우에서도 쟁점사업이 쟁점규정에 따라 부가가치세 과세 대상이 되는 ‘자체 저수지와 그 주변 준설사업’에 해당하는지 다투어지는 것으로서, C 사례와 동일한 기준으로 판단할 수 있다.

  (마) 특히 위 C 사례에서 조세심판원은 주무부처의 회신문을 부가가치세 면제 대상 여부에 대한 주요 판단근거로 삼았는바, 이 건에서 주무부처인 농림식품축산부가 쟁점사업이 국가위탁 사업으로서 민간과의 경쟁이 없음을 분명히 확인하였으므로 이는 부가가치세 면제 대상으로 봄이 타당하다.

 (5) 조세심판원이 민간과 경쟁하는 저수지 준설사업의 경우 위탁수행사업이라는 점만으로는 이를 부가가치세 면제 대상으로 보기 어렵다고 설시한 바 있으나(조심 2018광135, 2018.2.26. 참조), 쟁점사업의 경우 민간 경합성이 없으므로 위 선결정례에서와 달리 부가가치세 면제 대상으로 보아야 한다.

 (6) 쟁점규정은 청구법인의 저수지 및 주변 준설사업 중 민간과 경쟁하는 분야인 자체준설사업만을 부가가치세 면제 대상에서 제외하고자 한 것이다.

  (가) 청구법인의 저수지 및 주변 준설사업은 B로부터 위탁받아 수행하는 쟁점사업과, 청구법인이 자체적으로 수행하는 자체준설사업으로 구분된다.

   1) 쟁점사업은 청구법인이 관리하는 노후·파손되거나 기능이 저하된 수리시설의 보수·보강하기 위한 사업으로 사업 수행 과정에서 부산물 등의 수익이 발생하지 않아 청구법인이나 민간기업이 단독으로 수행할 경우 손실이 불가피한 공익적 사업이고, 재해 예방 및 농업기반시설의 기능 유지라는 공익적 목적을 위해 국가 차원에서 추진되는 사업으로서, B의 예산 지원 없이는 수행될 수 없다.

   2) 쟁점사업은 사업비 전액이 정부 예산으로 충당되는데 이는 해당 사업이 자체적인 수익 창출을 목적으로 수행된 것이 아니라 공익적 목적의 정책사업으로서 수익성이 없는 사업임을 보여준다.

   3) 반면, 자체준설사업은 청구법인이 자체적으로 수행하는 사업으로, 저수지 준설을 통해 발생하는 준설토 등의 활용으로 수익 창출이 가능한바, 이는 청구법인뿐만 아니라 민간 사업자도 경제성을 바탕으로 수행할 수 있는 영리적 사업에 해당한다.

  (나) 「농어촌정비법」이 2007.8.3. 법률 제8588호로 일부개정되면서 청구법인의 자체준설사업에 대한 법적 근거가 마련되었고, 해당 개정으로 국가 또는 지방자치단체의 예산 지원 없이 시행되는 청구법인의 자체준설사업은 사업시행 인가 대상에서 제외되었으며, 청구법인은 이와 관련하여 준설 과정에서 발생한 자갈·모래 등의 부산물도 별도의 처분 제한 없이 활용할 수 있게 되었다.

   1) 위 규정의 개정 주요내용에 “D의 자체예산을 투입한 시설 개보수나 준설의 활성화”가 명시된 점에 비추어 보면, 이는 자체준설사업을 일반 농업기반정비사업과 구별되는 독립적인 수익사업 영역으로 인정하고, 준설 부산물의 자유로운 처분 및 경제적 활용을 제도적으로 보장하기 위한 것이었음이 분명하다.

   2) 이후 2010년경 쟁점규정이 개정되면서 청구법인의 저수지 및 그 주변 준설사업은 부가가치세 면제 대상에서 제외되었는데, 이는 앞서 「농어촌정비법」 개정을 통해 자체준설사업에 대한 규제가 완화되고 부산물의 자유로운 처분이 허용된 점, 나아가 자체준설사업이 일정한 수익성을 가지고 민간 사업자와 경쟁 가능한 사업으로 인식된 점 등을 반영하여 면세범위를 축소한 것으로 이해된다.

   3) 따라서 2010년 개정된 쟁점규정은 「농어촌정비법」상 별도로 제도화된 청구법인의 자체준설사업을 전제로 도입된 것으로 보아야 하고, 그 적용대상 역시 청구법인의 자체준설사업에 한정하여 해석하여야 한다.

   4) 이러한 해석은 실제 사업 운영 형태에서도 확인되는데, 청구법인은 쟁점규정 개정 이전에는 자체준설사업과 관련하여 계산서를 발급하였으나, 2010년 쟁점규정 개정 이후에는 동일한 자체준설사업 수입에 대하여 세금계산서를 발급하여 왔다.

  (다) 한편, 위의 「농어촌정비법」 개정을 기초로 한 청구법인의 ‘직영사업 및 자체준설사업 운영지침 개정(안) 대비표’에 의하더라도, 그 지침명에 ‘자체준설사업’이 포함되도록 한 목적은 해당 사업을 국고 및 지방비에 의해 시행되는 일반적인 저수지 준설사업과 명확하게 구분하는 데 있었음을 알 수 있다.

  (라) 이처럼 쟁점사업과 자체준설사업은 사업의 목적, 수행 주체, 재원 조달 방식 및 수익 구조가 본질적으로 상이하므로, 쟁점규정이 면세사업에서 제외한 저수지 및 그 주변 준설사업은 청구법인의 자체 준설사업을 의미하는 것으로 봄이 타당하다.

 (7) 기타 처분청들의 의견에 대한 항변은 다음과 같다.

  (가) 처분청들은 B가 편성한 예산에 부가가치세가 이미 포함되어 있다는 의견이나, 쟁점사업이 포함된 A 사업은 국가가 위탁한 사업으로서 면세사업이므로 부가가치세가 제외된 금액으로 예산이 편성되는바, 청구법인은 과거 추징사례로 인하여 A 사업에 포함된 쟁점사업에 대하여 예산 중 일부를 부가가치세로 납부하고 있으므로 오히려 민간과 비교하여 손해를 보고 있다.

  (나) 처분청들은 청구법인이 쟁점사업 관련 매입세액을 공제받지 못하는 매입세액으로 보지 않고 있음을 이유로 청구법인이 논리적으로 상반된 주장을 하고 있다는 의견이나, 청구법인은 과거 조세심판원 결정에 따라 당초 쟁점사업을 부가가치세 과세 대상으로 신고하면서 관련 매입세액을 공제한 것일 뿐이고, 이후 해당 부가가치세를 환급하여 달라는 경정청구를 한 것이다.

  (다) 청구법인은 이후 쟁점사업에 관한 매입세액을 면세사업에 관한 매입세액으로 보아 경정청구를 제기하였는바, 쟁점사업 관련 매입세액을 공제하여 논리적 모순이 있다는 처분청들의 의견은 타당하지 않다.

나. 처분청들 의견

 (1) 청구법인의 저수지 및 그 주변 준설사업은 부가가치세 면제 대상에서 제외된다.

  (가) 대법원은 ‘조세법률주의의 원칙상 과세요건이나 비과세요건 또는 조세감면요건을 막론하고 조세법규의 해석은 특별한 사정이 없는 한 법문대로 해석할 것이고 합리적 이유 없이 확장해석하거나 유추해석하는 것은 허용되지 아니한다. 특히 감면요건 규정 가운데에 명백히 특혜규정이라고 볼 수 있는 것은 엄격하게 해석하는 것이 조세공평의 원칙에도 부합한다’고 판시하고 있는바(대법원 2012.2.9. 선고 2011두26053 판결 등 참조), ‘정책적 목적’, ‘국가 부담’, ‘민간경쟁 부재’ 등의 사정을 들어 법령이 정한 면세 범위를 넘어 이를 확대하는 해석은 허용되기 어렵다.

  (나) 2010.4.20. 조특법 시행규칙이 개정되어 청구법인의 저수지 및 그 주변 준설사업은 부가가치세 면제 대상에서 제외되었고, 쟁점사업은 정확히 위 규정에서의 ‘저수지 및 그 주변 준설사업’에 해당하는 것이므로, 법문과 다르게 쟁점사업을 부가가치세 면제 대상으로 해석할 이유가 전혀 없다.

  (다) 청구법인은 쟁점규정의 개정취지를 고려할 때 쟁점사업이 부가가치세 면제 대상에 해당한다고 주장하나, 쟁점규정 개정 당시 재정경제부가 밝힌 개정이유는 ‘현재 정부업무대행단체로서 면세되는 사업 중 농업협동조합의 상품권 발행사업, 한국농어촌공사의 저수지 및 주변 준설사업 등 정부로부터 위탁받은 사업이 아니거나 민간과 경쟁하는 분야에 대해서는 면세대상에서 제외함’으로서, 이에 따르면 청구법인의 저수지 및 주변 준설사업은 민간과 경쟁하는 분야에 해당하는 것이고 해당 사업 전체가 부가가치세 면제 대상에서 제외되는 것이다.

  (라) 청구주장은 저수지 준설사업이 부가가치세 면제 대상에서 제외된다 하더라도 쟁점사업과 같이 민간과 경쟁하지 않는 거래가 있다면 해당 거래만 분리하여 면세사업으로 보아야 한다는 것인데, 이는 청구법인의 저수지 및 그 주변 준설사업 전체를 부가가치세 면제 대상에서 제외한 입법자의 의도를 무시하고 규정을 청구법인에게만 유리하게 적용하기 위한 잘못된 해석에 불과하다.

  (마) 만약 입법자가 저수지 및 그 주변 준설사업 중 민간과 경쟁하는 분야에 한정하여 면세사업에서 제외하고자 하였다면 쟁점규정에 명확히 ‘민간과 경쟁하는 부분에 한하여 적용한다’는 표현이나 이와 유사한 표현을 추가하였을 것이다.

  (바) 청구법인이 쟁점사업에 관한 용역을 지방자치단체에 독점적으로 수행하고 있을지 모르겠으나, 현재 민간 사업자도 지방자치단체에 저수지 및 그 주변 준설 용역을 제공하고 있다

   1) B의 2025년 예산 및 기금운용계획 사업설명자료에 따르면 전국의 저수지는 OOO개소가 있고 그 중 청구법인이 관리하는 저수지는 OOO개소이며 나머지 OOO개소는 시･군에서 관리하고 있는 것으로 확인된다.

   2) 실제 조달청 나라장터(www.g2b.go.kr)에는 경상남도 사천시, 전남광주통합특별시 해남군 등에서 저수지 준설공사를 위해 민간 사업자를 대상으로 입찰공고를 한 바 있다.

  (사) 아울러, 청구법인이 제출한 B 회신은 사업 추진체계나 시행기관의 운영과 관련된 행정상 의견으로서 참고대상이 될 수는 있으나, 주무부처의 회신은 조세법령이 위임한 면세범위의 적용 자체를 배제하거나 그 적용범위를 제한하는 근거가 되기 어렵다.

 (2) 쟁점사업은 청구법인만이 시행할 수 있는 사업이 아니다.

  (가) 「농어촌정비법」 제10조는 ‘농업생산기반 정비사업은 국가, 지방자치단체, 농어촌공사법에 따른 청구법인 또는 토지 소유자가 시행한다’고 규정하고 있고, B의 ‘A사업 시행지침’에는 청구법인이 시‧도로부터 사업시행계획 승인을 얻은 경우 「국가를 당사자로 하는 계약에 관한 법률」 등 관련 법령에 따라 사업발주 및 착공하도록 명시되어 있는바, 저수지 준설을 포함한 농업생산기반 정비사업은 국가, 지방자치단체, 청구법인 또는 토지 소유자가 시행하는 것이고, 쟁점사업은 국가 및 지방자치단체가 시행하는 농업생산기반 정비사업의 하나로서 반드시 이를 청구법인이 대행하여야 한다고 볼 만한 강행규정은 없다.

  (나) B가 청구법인을 쟁점사업의 시행기관으로 지정하였다 하더라도 이는 사업의 계속성, 효율성 등을 감안하여 결정한 사항일 뿐이고, 이를 이유로 쟁점사업이 청구법인만 수행할 수 있는 것처럼 해석하는 것은 논리적 비약이다.

 (3) 쟁점사업은 민간과 경쟁하는 분야로서, 청구법인과 민간 사업자를 차별할 수 없다.

  (가) 청구법인이 수행하는 쟁점사업은 저수지 바닥에 쌓인 토사, 슬러지, 폐기물 등 침전물을 제거하는 것으로 청구법인만이 유일하게 수행할 수 있는 사업이 아니고, 이러한 용역은 민간 사업자도 국가 또는 지방자치단체에 제공할 수 있는 것이며, 앞서 기술한 바와 같이 실제 민간 사업자가 여러 지방자치단체에 저수지 준설 용역을 공급하고 있다.

  (나) 청구법인이 제공하는 저수지 준설 용역에 대해서만 부가가치세를 면제하고 민간 사업자가 제공하는 저수지 준설 용역에 대해서는 과세할 경우 동일한 용역을 공급자가 누구인지에 따라 차별적으로 대우하게 되어 과세형평이 훼손되고, 청구법인에 비해 민간 사업자의 가격경쟁력이 낮아져 민간 사업자가 불리한 상황에 놓이게 된다.

  (다) 한편, 쟁점사업에 대한 부가가치세를 실질적으로 부담하는 주체는 청구법인이 아니라 B인데, 쟁점사업과 관련하여 B가 편성한 예산에는 부가가치세가 이미 포함되어 있는 것으로 보인다.

  (라) 또한 청구법인은 쟁점사업을 부가가치세 면제 대상으로 보아 관련 매출세액을 차감하여 줄 것을 요청하면서도 쟁점사업과 관련된 매입세액은 공제받지 못하는 매입세액으로 보고 있지 않아, 논리적으로 상반된 주장을 하고 있는 것으로 보인다.

 (4) 조세심판원이 부가가치세 면제 대상으로 결정한 C의 사례(조심 2020인8221, 2021.8.30.)는 이 건과 달라 원용하기 어렵고, 오히려 조세심판원은 과거 청구법인이 수행한 쟁점사업이 부가가치세 면제 대상에 해당하지 아니한다고 결정[조심 2018광132∼144(병합), 2018.2.28.] 한 바 있다.

  (가) 위 C 사례는, C의 유증기회수설비형식 인증‧검사, 오염우려지역 토양지하수환경조사, 사업장대기오염물질 시료채취 및 분석 등 사업이 조특법 시행규칙 [별표 10] 제47호가 부가가치세 면제 대상에서 제외한 ‘시험‧분석‧검사‧진단사업’에 해당하는지 문제가 된 사안으로, 그 해당 여부가 다소 불분명하였던 것으로 보이는 반면, 이 건의 경우 쟁점사업은 쟁점규정이 이를 부가가치세 면제 대상에서 제외한다고 명확하게 규정하고 있다.

  (나) 위 C의 검사‧조사‧분석사업은 주무부처인 환경부와 대행‧위탁계약 체결 시 부가가치세가 포함되어 있지 아니하였을 뿐만 아니라 실제 거래징수도 이루어지지 아니하였으나, 이 건의 경우 쟁점사업에 관한 B 예산에는 이미 부가가치세가 포함되어 있고, 청구법인은 관련 부가가치세를 거래징수하여 관할세무서장에게 이를 신고‧납부하였다.

  (다) 오히려 조세심판원은, 청구법인이 이 건과 동일하게 ‘쟁점사업의 경우 민간과 경쟁하는 분야가 아니므로 부가가치세 면제 대상에 해당한다’고 주장하며 제기한 심판청구에 대하여, ① 쟁점규정에 청구법인의 면세사업 중 저수지와 그 주변 준설사업은 제외한다고 명확하게 규정되어 있는 점, ② 이는 민간과 경쟁하는 청구법인의 저수지와 그 주변 준설사업을 면세사업에서 제외하기 위하여 구체적으로 명문화한 것으로 보이는 점, ③ 쟁점사업이 정부로부터 위탁받아 수행한 업무이므로 부가가치세 면제 대상이라는 주장은 법문언을 지나치게 유추 또는 확장해석한 것이라 보이는 점 등에 비추어, 쟁점사업이 부가가치세 면제 대상에 해당하지 아니한다고 결정[조심 2018광132∼144(병합), 2018.2.28.]하였다.

3.심리 및 판단

가.쟁점

 청구법인의 저수지 준설에 관한 쟁점사업이 조특법 시행규칙 제48조 제2항 및 [별표 10] 제3호에 따른 정부업무대행단체의 면세사업에 해당하는지 여부

나.관련 법령 등 : <별지2> 기재

다.사실관계 및 판단

 (1)쟁점사업에 관한 사실관계는 다음과 같다.

  (가) B 예산 및 기금운용계획에 의하면, 쟁점사업은 「농어촌정비법」 제18조 및 제108조 등을 근거로 추진되는 B 소관 ‘A’ 사업의 일부이다.

  (나) 위 A 사업은 국고보조율이 100%인 ‘민간자본보조(320-07)’ 비목의 사업으로, B 예산 및 기금운용계획 사업설명자료에 그 사업시행주체가 청구법인으로 기재되어 있다.

  (다) 기획예산처가 발간한 ‘예산 및 기금운용계획 집행지침’ 등에 의하면, 세출과목 중 민간자본보조(320-07)는 「보조금 관리에 관한 법률」(이하 “보조금법”이라 한다)에 의한 보조금 중 민간의 자본형성 또는 경제개발을 위하여 지급하는 보조금 또는 「복권 및 복권기금법」에 의한 법정배분금 중 민간에 대한 자본형성적 지원을 가리키는 것으로 나타난다.

  (라) B 2024년도 예산 및 기금운용계획 사업설명자료에 나타난 쟁점사업의 예산 산출 근거는 아래 <표1> 기재와 같다.

<표1> 쟁점사업 예산 산출 근거(2024년도)

OOO

 (2) 쟁점규정 등의 연혁 및 개정취지는 다음과 같다.

  (가) 「농어촌정비법」(2007.8.3. 법률 제8588호로 일부개정된 것) 제‧개정이유에는, 제12조 제1항 단서 및 제15조 제5항 신설의 취지가, 국가 또는 지방자치단체의 예산 지원 없이 D가 관리하는 농업생산기반시설을 개수‧보수하거나 준설 사업을 시행하는 경우에는 행정관청의 인가를 받지 아니하도록 하고, 그 준설사업으로 조성한 자갈, 모래 등의 부산물에 대하여는 이 법에 따른 처분규정을 적용받지 아니하도록 하는 데에 있으며, 이를 통하여 D의 자체예산을 투입한 시설개보수나 준설의 활성화가 기대된다는 내용이 기재되어 있다.

  (나) 쟁점규정은 조특법 시행규칙이 2010.4.20. 기획재정부령 제151호로 일부개정됨에 따라 현행과 같이 ‘저수지와 그 주변 준설사업’을 청구법인의 면세사업에서 제외한다고 규정하게 되었는바, 위의 개정에 대한 제‧개정이유 기재사항에 의하면, 그 개정취지는 ‘현재 정부업무대행단체로서 면세되는 사업 중 농업협동조합의 상품권 발행사업, 한국농어촌공사의 저수지 및 주변 준설사업 등 정부로부터 위탁받은 사업이 아니거나 민간과 경쟁하는 분야에 대해서는 면세대상에서 제외’하는 데에 있었던 것으로 나타난다.

 (3) 청구법인이 제출한 자료는 다음과 같다.

  (가) 청구법인은 공적인 목적 달성을 위하여 쟁점사업의 단독 사업시행기관으로 지정된 것으로서 쟁점사업에 민간사업자가 참여할 여지가 없다고 주장하며, A 사업의 사업시행자로 청구법인이 기재되어 있는 B 2024년도 예산 및 기금운용계획 자료와 B 2024년 농업생산기반 정비사업 시행지침서 등을 제출하였다.

  (나) 청구법인은 쟁점사업이 민간과 경쟁하는 분야에 해당하지 않는다고 주장하며, 아래 <표2> 기재와 같은 B 질의회신 내용(농업시설안전과-6044, 2025.12.5.)을 제출하였다.

<표2> 청구법인이 제출한 질의회신 내용

OOO

  (다) 청구법인은 쟁점규정이 면세사업에서 제외하도록 규정한 것은 쟁점사업이 아닌 자체준설사업으로서 자체준설사업에 대하여 2010년 이전에 계산서를 발급하여 오다가 그 이후에는 세금계산서를 발급하였다고 주장하며, 작성일자가 2009.12.31.인 공급가액 OOO원의 계산서 1매(품목은 준설토 수익금으로 기재되어 있다)와, 작성일자가 2013.8.1.인 공급가액 OOO원의 전자세금계산서 1매[품목은 준설대수익금(7공구)로 기재되어 있다]를 각 제출하였다.

  (라) 청구법인은 쟁점사업과 자체준설사업이 명확하게 구분되는 것이고 쟁점규정이 면세사업에서 제외한 ‘저수지 및 그 주변 준설사업’은 자체준설사업만을 지칭하는 것이라고 주장하며, 청구법인이 ‘국고 및 지방비에 의해 시행하는 일반적인 저수지 준설사업과 구분 명확화’를 사유로 당초의 ‘직영사업 및 준설사업 운영지침’을 ‘직영사업 및 자체준설사업 운영지침’으로 개정한 내용을 제출하였다.

 (4) 처분청들이 제출한 자료는 다음과 같다.

  (가) 처분청들은 전국의 저수지 중 청구법인이 관리하는 것은 일부에 불과하다는 의견으로, 아래 <표3> 기재의 ‘농업생산기반시설 현황’ 자료(B 2025년 예산 및 기금운용계획 사업설명자료 중 A 사업 설명자료에 포함된 것이다)를 제출하였다.

<표3> 처분청들이 제출한 농업생산기반시설 현황 자료

OOO

  (나) 처분청들은 쟁점사업과 같은 저수지 준설공사에 청구법인 외의 민간사업자도 참여하고 있어 쟁점사업을 민간 경쟁과 무관한 분야로 보기 어렵다는 의견으로, 아래 <표4> 기재와 같은 조달청 나라장터 입찰공고 내용을 제출하였다.

<표4> 처분청들이 제출한 입찰공고 내용 중 일부

OOO

 (5) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 이 건에 대하여 살피건대, 청구법인은 쟁점사업이 민간과 경쟁관계에 있지 아니하고 그 발주처인 B 또한 이를 확인하였으며, 청구법인이 수행하는 저수지 및 주변 준설사업 중 쟁점사업을 제외한 자체준설사업만 쟁점규정에 따라 부가가치세 면제 대상에서 제외되는 것이므로, 쟁점사업의 경우 쟁점규정에 따른 정부업무대행단체의 면세사업에 해당하는 것이라고 주장하나,

  조세법률주의의 원칙상 과세요건이나 비과세요건 또는 조세감면요건을 막론하고 조세법규의 해석은 특별한 사정이 없는 한 법문대로 해석할 것이고 합리적 이유 없이 확장해석하거나 유추해석하는 것은 허용되지 아니하며, 특히 감면요건 규정 가운데에 명백히 특혜규정이라고 볼 수 있는 것은 엄격하게 해석하는 것이 조세공평의 원칙에도 부합하는바(대법원 2012.2.9. 선고 2011두26053 판결, 같은 뜻임),

  쟁점규정은 청구법인의 ‘저수지와 그 주변 준설사업’을 면세사업에서 제외한다고 명확하게 규정하고 있으므로, 청구법인의 저수지와 그 주변 준설사업에 해당하는 쟁점사업은 쟁점규정에 따라 면세사업에서 제외되는 것으로 보아야 하는 점,

  입법자는 정부로부터 위탁받은 사업이 아니거나 민간과 경쟁하는 분야에 대해서는 면세대상에서 제외하고자 청구법인의 저수지와 그 주변 준설사업을 면세사업에서 제외하도록 쟁점규정을 개정하였는데, 이는 청구법인의 저수지와 그 주변 준설사업이 정부 예산 지원 유무나 사업시행 구조의 특수성 등과 무관하게 그 자체로서 ‘정부로부터 위탁받은 사업이 아니거나 민간과 경쟁하는 분야’에 해당함을 전제로 이를 면세사업에서 제외하기 위한 명문의 규정을 두기 위함이었던 것으로 보이는 점,

  청구법인은 과거 2015년 제2기∼2016년 제1기 부가가치세 과세기간의 쟁점사업에 대하여 이 건 심판청구와 동일한 취지로 ‘민간과 경쟁하는 분야가 아니므로 부가가치세 면제 대상에 해당한다’고 주장하며 심판청구를 제기하였는데, 우리 원은 이에 대하여, 쟁점규정에 청구법인의 면세사업 중 저수지와 그 주변 준설사업은 제외한다고 명확하게 규정되어 있고, 이는 민간과 경쟁하는 청구법인의 저수지와 그 주변 준설사업을 면세사업에서 제외하기 위하여 구체적으로 명문화한 것으로 보이며, 쟁점사업이 정부로부터 위탁받아 수행한 업무이므로 부가가치세 면제 대상이라는 주장은 법문언을 지나치게 유추 또는 확장해석한 것이라 보인다는 등의 이유로 청구법인의 위 심판청구를 기각하는 결정[조심 2018광132∼144(병합), 2018.2.26.]을 하였고, 이후 B의 질의회신이 있었다 하더라도 이는 세법에 대한 해석이 아니라 단지 쟁점사업의 성격 등에 대한 답변에 불과하여, 위의 우리 원 결정례와 이 건 심판청구의 사안을 달리 볼 만한 특별한 사정은 달리 없는 것으로 보이는 점 등에 비추어, 위 청구주장을 받아들이기 어려우므로, 처분청들이 청구법인의 경정청구를 거부한 이 건 처분은 잘못이 없는 것으로 판단된다.

4.결론

 이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 없으므로「국세기본법」제80조의2 및 제65조 제1항 제2호에 의하여 주문과 같이 결정한다.

<별지1> 심판청구 내역

OOO

<별지2> 관련 법령 등

 (1)조세특례제한법

제106조(부가가치세의 면제 등) ① 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 재화 또는 용역의 공급에 대해서는 부가가치세를 면제한다. (후단 생략)

6. 대통령령으로 정하는 정부업무를 대행하는 단체가 공급하는 재화 또는 용역으로서 대통령령으로 정하는 것

 (2)조세특례제한법 시행령(2025.12.30. 대통령령 제35947호로 타법개정되기 전의 것)

제106조(부가가치세 면제 등) ⑦ 법 제106조 제1항 제6호에서 “대통령령으로 정하는 정부업무를 대행하는 단체”란 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 자를 말한다.

4. 「한국농어촌공사 및 농지관리기금법」에 따른 한국농어촌공사

⑧ 법 제106조 제1항 제6호에서 "대통령령으로 정하는 것"이란 제7항 각호의 1에 해당하는 자가 그 고유의 목적사업으로서 기획재정부령이 정하는 사업을 위하여 공급하는 재화 또는 용역을 말한다. 다만, 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 사업을 제외하며, 제7호의 규정은 「부가가치세법 시행령」 제45조 제1호에도 불구하고 적용한다.

1. 소매업·음식점업·숙박업·욕탕업 및 예식장업

2. 「부가가치세법 시행령」 제3조 제2항에 규정된 사업

3. 부동산임대업

4. 골프장·스키장 및 기타 운동시설 운영업

5. 수상오락서비스업

6. 유원지·테마파크운영업

7. 주차장운영업 및 자동차견인업

 (3) 조세특례제한법 시행규칙

  (가) 2010.4.20. 기획재정부령 제151호로 일부개정되기 전의 것

제48조(부가가치세의 면제등) ① 영 제106조 제8항 본문에서 “기획재정부령이 정하는 사업”이라 함은 별표 10의 정부업무대행단체의 면세사업을 말한다.

[별표 10] 정부업무대행단체의 면세사업(제48조 제1항 관련)

  (나) 2010.4.20. 기획재정부령 제151호로 일부개정된 것

[별표 10] 정부업무대행단체의 면세사업(제48조 제1항 관련)

  (다) 2010.12.31. 기획재정부령 제182호로 일부개정된 것

제48조(부가가치세의 면제등) ② 영 제106조 제8항 각 호 외의 부분 본문에서 "기획재정부령이 정하는 사업"이라 함은 별표 10의 정부업무대행단체의 면세사업을 말한다.

[별표 10] 정부업무대행단체의 면세사업(제48조 제2항 관련)

 (4) 부가가치세법

제26조(재화 또는 용역의 공급에 대한 면세) ① 다음 각 호의 재화 또는 용역의 공급에 대하여는 부가가치세를 면제한다.

19. 국가, 지방자치단체 또는 지방자치단체조합이 공급하는 재화 또는 용역으로서 대통령령으로 정하는 것

 (5) 한국농어촌공사 및 농지관리기금법

제1조(목적) 이 법은 한국농어촌공사를 설립하고 농지관리기금을 설치하여 농어촌정비사업과 농지은행사업을 시행하고 농업기반시설을 종합관리하며 농업인의 영농규모적정화를 촉진함으로써 농업생산성의 증대 및 농어촌의 경제ㆍ사회적 발전에 이바지함을 목적으로 한다.

제2조(정의) 이 법에서 사용하는 용어의 뜻은 다음과 같다.

1. “농업기반시설”이란 「농어촌정비법」 제2조 제6호에 따른 농업생산기반시설을 말한다.

제3조(설립) 제1조의 목적을 달성하기 위하여 한국농어촌공사(이하 “공사”라 한다)를 설립한다.

제4조(법인격) 공사는 법인으로 한다.

제10조(사업) ① 공사는 다음 각 호의 사업을 한다.

1. 「농어촌정비법」에 따른 농어촌정비사업(농업생산기반정비사업 지구에서의 하천 정비사업을 포함한다)

 (6) 농어촌정비법

  (가) 2007.8.3. 법률 제8588호로 일부개정되기 전의 것

제12조(사업 시행 인가나 시행계획의 변경) ① 농업기반정비사업 시행자는 제10조 제2항에 따른 이의신청이 없거나 농림부장관 또는 시ㆍ도지사가 이의신청에 대하여 재정을 한 때에는 대통령령으로 정하는 서류를 첨부하여 다음 각 호의 구분에 따라 사업 시행 인가를 신청하여야 한다.

1. 농업기반정비사업 시행자가 국가ㆍ지방자치단체 및 D인 경우 : 농림부장관

2. 농업기반정비사업 시행자가 토지 소유자인 경우 : 시ㆍ도지사

제15조(농업기반정비사업 시행으로 조성된 재산의 관리와 처분) ① 농업기반정비사업 시행으로 조성된 재산 중 농업생산기반시설(이하 “농업기반시설”이라 한다)에 제공되지 아니하는 매립지ㆍ간척지ㆍ개간지ㆍ취토장(取土場 : 쓸 흙을 파내는 곳) 등 토지와 그 밖의 물건 등은 대통령령으로 정하는 바에 따라 농업기반정비사업 시행자가 관리ㆍ처분한다.

② 농업기반정비사업 시행자가 제1항에 따라 재산을 관리ㆍ처분하려는 때에는 농림부장관의 승인을 받아야 한다.

③ 제2항에 따라 재산을 처분한 경우에 그 매각 대금은 다음 각 호의 순서에 따라 사용하여야 한다.

1. 대통령령으로 정하는 채무상환, 기금의 상환 및 농업기반시설의 유지관리사업 등을 위한 재원 조성

2. 농업기반정비사업의 시행

3. 다른 법령, 정관 또는 규약으로 정하는 용도

4. 그 밖에 농림부령으로 정하는 용도

④ 국가가 시행한 농업기반정비사업(「D 및 농지관리기금법」 제34조에 따른 농지관리기금이 투입된 사업을 포함한다)으로 조성된 재산을 처분한 경우에는 제3항에도 불구하고 그 매각 대금을 「D 및 농지관리기금법」 제31조에 따른 농지관리기금에 납부하여야 한다.

  (나) 2007.8.3. 법률 제8588호로 일부개정된 것

제12조(사업 시행 인가나 시행계획의 변경) ① 농업기반정비사업 시행자는 제10조제2항에 따른 이의신청이 없거나 농림부장관 또는 시ㆍ도지사가 이의신청에 대하여 재정을 한 때에는 대통령령으로 정하는 서류를 첨부하여 다음 각 호의 자에게 사업 시행 인가를 신청하여야 한다. 다만, 국가 또는 지방자치단체의 예산 지원 없이 D가 관리하는 농업생산기반시설을 개수ㆍ보수하거나 준설 사업을 시행하는 경우에는 그러하지 아니하다.

1. 농업기반정비사업 시행자가 국가ㆍ지방자치단체 및 D인 경우 : 농림부장관

2. 농업기반정비사업 시행자가 토지 소유자인 경우 : 시ㆍ도지사

제15조(농업기반정비사업 시행으로 조성된 재산의 관리와 처분) ⑤ D가 국가 또는 지방자치단체의 예산 지원 없이 D가 관리하는 농업기반시설의 준설 사업으로 조성한 자갈, 모래 등의 부산물에 대하여는 제1항부터 제3항까지의 규정을 적용하지 아니한다. <신설 2007.8.3.>

  (다) 2020.2.11. 법률 제16972호로 일부개정된 것

제2조(정의) 이 법에서 사용하는 용어의 뜻은 다음과 같다.

4. “농어촌정비사업”이란 다음 각 목의 사업을 말한다.

 가. 농업생산기반을 조성ㆍ확충하기 위한 농업생산기반 정비사업

 나. 생활환경을 개선하기 위한 농어촌 생활환경 정비사업

 다. 농어촌산업 육성사업

 라. 농어촌 관광휴양자원 개발사업

 마. 한계농지등의 정비사업

5. “농업생산기반 정비사업”이란 다음 각 목의 사업을 말한다.

 가. 농어촌용수 개발사업

 나. 경지 정리, 배수(排水) 개선, 농업생산기반시설의 개수ㆍ보수와 준설(浚渫) 등 농업생산기반 개량사업

 다. 농수산업을 주목적으로 간척, 매립, 개간 등을 하는 농지확대 개발사업

 라. 농업 주 생산단지의 조성과 영농시설 확충사업

 마. 저수지[농어촌용수를 확보할 목적으로 하천, 하천구역 또는 연안구역 등에 물을 가두어 두거나 관리하기 위한 시설과 홍수위(洪水位: 하천의 최고 수위) 이하의 수면 및 토지를 말한다. 이하 같다], 담수호 등 호수와 늪의 수질오염 방지사업과 수질개선 사업

 바. 농지의 토양개선사업

 사. 그 밖에 농지를 개발하거나 이용하는 데에 필요한 사업

6. “농업생산기반시설”이란 농업생산기반 정비사업으로 설치되거나 그 밖에 농지 보전이나 농업 생산에 이용되는 저수지, 양수장(揚水場), 관정(管井: 우물) 등 지하수 이용시설, 배수장, 취입보(取入洑: 하천에서 관개용수를 수로에 끌어 들이기 위하여 만든 저수시설), 용수로, 배수로, 유지(溜池: 웅덩이), 도로(「농어촌도로 정비법」 제4조에 따른 농도(農道) 등 농로를 포함한다. 이하 같다), 방조제, 제방(堤防: 둑) 등의 시설물 및 그 부대시설과 농수산물의 생산ㆍ가공ㆍ저장ㆍ유통시설 등 영농시설을 말한다.

7. “안전점검”이란 경험과 기술을 갖춘 자가 육안이나 점검기구 등으로 농업생산기반시설의 결함 등을 조사하는 행위를 말한다.

8. “정밀안전진단”이란 안전점검을 한 결과 농업생산기반시설의 물리적ㆍ기능적 결함을 발견하고, 그에 대한 조치를 신속하고 적절하게 하기 위하여 시설의 구조적 안정성 및 결함의 원인 등을 조사, 측정 및 평가하여 보수, 보강 등의 방안을 제시하는 것을 말한다.

9. “안전관리”란 농업생산기반시설의 안전을 위한 안전점검, 정밀안전진단, 유지ㆍ개수ㆍ보수, 사용 제한, 철거 등 모든 행위를 말한다.

제8조(농업생산기반 정비사업 기본계획의 수립) ① B장관은 제7조제2항에 따른 예정지 조사 결과 농업생산기반 정비사업 중 타당성이 있다고 인정되는 사업은 그 지역에 대한 기본조사를 하고 농업생산기반 정비사업 기본계획을 세워야 한다. 다만, 제2조 제5호나목의 경지 정리, 농업생산기반시설의 개수·보수 및 준설 사업은 다음 각 호의 자가 기본조사를 하고 농업생산기반 정비사업 기본계획을 세워야 한다.

1. 사업지역이 1개 광역시·특별자치시·도 또는 특별자치도(이하 "시·도"라 한다)인 경우 : 관할 광역시장·특별자치시장·도지사 또는 특별자치도지사(이하 "시·도지사"라 한다)

2. 사업지역이 2개 이상의 시·도에 걸쳐 있는 경우: B장관이 관할 시·도지사와 협의하여 지정하는 시·도지사

② 제1항에도 불구하고 제7조 제2항에 따른 예정지 조사 결과 타당성이 있다고 인정된 농업생산기반 정비사업 중 일정 규모 미만의 사업 등 대통령령으로 정하는 사업은 기본조사를 생략할 수 있다.

제9조(농업생산기반 정비사업 시행계획의 수립 등) ① B장관 또는 시ㆍ도지사는 제8조에 따른 농업생산기반 정비사업 기본계획 중 타당성이 있는 농업생산기반 정비사업에 대하여는 농업생산기반 정비사업 시행자를 지정하여야 한다.

② 농업생산기반 정비사업 시행자는 농업생산기반 정비사업 기본계획에 따라 사업을 하려면 해당 지역에 대한 세부 설계를 하고, 농업생산기반 정비사업 시행계획을 세워야 한다.

③ 농업생산기반 정비사업 시행자는 농업생산기반 정비사업(저수지의 개수ㆍ보수 등 B령으로 정하는 농업생산기반 개량사업은 제외한다) 시행계획을 공고하고, 제11조에 따른 토지에 대한 권리를 가지고 있는 자에게 열람하도록 한 후 3분의 2 이상의 동의를 받아야 한다.

④ 농업생산기반 정비사업 시행자는 B령으로 정하는 특수한 사유로 인하여 제3항에 따른 동의를 받을 수 없는 경우에는 그 지역 수혜면적의 3분의 2 이상에 해당하는 토지 소유자의 동의를 받아야 한다.

⑤ 토지 등에 대한 권리를 가지고 있는 자는 제3항에 따라 공고된 농업생산기반 정비사업 시행계획에 이의가 있으면 공고일부터 30일 이내에 농업생산기반 정비사업 시행자에게 이의신청을 할 수 있다. 이 경우 농업생산기반 정비사업 시행자는 이의신청일부터 30일 이내에 이의신청에 대한 검토의견을 이의신청인에게 알려야 하고, 이의신청 내용이 타당하면 농업생산기반 정비사업 시행계획에 그 내용을 반영하여야 한다.

⑥ 농업생산기반 정비사업 시행자가 농업생산기반 정비사업 시행계획을 수립하면 B령으로 정하는 서류를 첨부하여 B장관에게 승인을 신청하여야 한다. 다만, 제8조 제1항 각 호 외의 부분 단서에 따른 사업의 경우에는 시ㆍ도지사에게 승인을 신청하여야 한다.

⑦ B장관 또는 시ㆍ도지사는 농업생산기반 정비사업 시행계획을 승인한 경우에는 그 내용을 고시하여야 한다.

⑧ 농업생산기반 정비사업 시행자는 승인받은 농업생산기반 정비사업 시행계획을 변경하려는 경우에는 B장관 또는 시ㆍ도지사의 승인을 받아야 한다.

⑨ B장관 또는 시ㆍ도지사는 제8항에 따라 농업생산기반 정비사업 시행계획 변경을 승인한 경우에는 그 내용을 고시하여야 한다. 다만, 대통령령으로 정하는 경미한 사항은 그러하지 아니하다.

제10조(농업생산기반 정비사업 시행자) 농업생산기반 정비사업은 국가, 지방자치단체, 「한국농어촌공사 및 농지관리기금법」에 따른 한국농어촌공사(이하 “한국농어촌공사”라 한다) 또는 토지 소유자가 시행한다. 다만, 제2조 제5호 라목의 농업 주 생산단지의 조성과 영농시설 확충사업은 「농업협동조합법」 제2조에 따른 조합도 시행할 수 있다.

제14조(농업생산기반 정비사업 시행으로 조성된 재산의 관리와 처분) ① 농업생산기반 정비사업 시행으로 조성된 재산 중 농업생산기반시설에 제공되지 아니하는 매립지ㆍ간척지ㆍ개간지ㆍ취토장(取土場: 쓸 흙을 파내는 곳) 등 토지와 그 밖의 물건 등(이하 “매립지등”이라 한다)은 대통령령으로 정하는 바에 따라 농업생산기반 정비사업 시행자가 각 호의 어느 하나에 해당하는 방법으로 관리ㆍ처분한다.

1. 임대

2. 매각

3. 직접 사용

4. 일시 사용

② 농업생산기반 정비사업 시행자가 제1항에 따라 매립지등을 관리ㆍ처분하려면 B장관[제8조 제1항 각 호 외의 부분 단서에 따른 사업(「한국농어촌공사 및 농지관리기금법」 제31조에 따른 농지관리기금이 투입된 사업은 제외한다) 시행으로 조성된 재산의 경우에는 시ㆍ도지사를 말한다]의 승인을 받아야 하며, 이에 필요한 다음 각 호의 사항은 대통령령으로 정한다.

1. 임대기간, 임대료 산정 기준, 임대 절차 및 방법, 임대료 감면 대상

2. 매각 대상 자격자, 매각 절차, 매각방법

3. 임대ㆍ매각 특례, 직접사용 및 일시사용 자격 등 그 밖에 필요한 사항

③ 제1항에 따라 매립지등을 처분한 경우에 그 매각 대금은 다음 각 호의 용도로 사용하여야 한다.

1. 대통령령으로 정하는 채무 상환 및 농업생산기반시설의 유지관리사업 등을 위한 재원 조성

2. 농어촌정비사업의 시행

3. 다른 법령, 정관 또는 규약으로 정하는 용도

4. 그 밖에 B령으로 정하는 용도

④ 국가가 시행한 농업생산기반 정비사업(「한국농어촌공사 및 농지관리기금법」 제34조에 따른 농지관리기금이 투입된 사업을 포함한다. 이하 이 조에서 같다)으로 조성된 매립지등을 처분한 경우에는 제3항에도 불구하고 그 매각 대금을 「한국농어촌공사 및 농지관리기금법」 제31조에 따른 농지관리기금에 내야 한다.

⑤ 한국농어촌공사가 국가나 지방자치단체의 예산 지원 없이 관리하는 농업생산기반시설의 준설사업으로 조성한 자갈, 모래 등의 부산물에 대하여는 제1항부터 제3항까지의 규정을 적용하지 아니한다.

제18조(농업생산기반시설의 관리) ① 농업생산기반시설관리자는 농업생산기반시설에 대하여 항상 선량한 관리를 하여야 하며, 대통령령으로 정하는 바에 따라 농업생산기반시설의 안전관리계획을 수립하여야 한다.

② 농업생산기반시설관리자는 농업생산기반시설의 정비, 시설물의 개수·보수 등의 조치를 하여야 하고, 제1항의 안전관리계획에 따라 안전점검과 정밀안전진단을 하여야 한다.

제108조(자금지원) ① 관계 중앙행정기관의 장과 지방자치단체의 장은 농어촌정비사업을 효율적으로 추진할 수 있도록 하기 위하여 필요한 사업비를 예산에 계상(計上)하여야 한다.

② 정부는 이 법에 따른 농어촌정비사업에 필요한 자금의 전부 또는 일부를 보조하거나 융자할 수 있다.

③ 농어촌정비사업의 시행자는 사업 시행을 위탁한 경우 필요하다고 인정하면 제2항에 따라 지원받은 자금의 전부 또는 일부를 사업을 끝내기 전이라도 위탁 사업자에게 내줄 수 있다.

④ 국가와 지방자치단체는 제56조 제1항 제2호 및 제3호의 사업시행자가 제2조 제10호 가목 및 나목에 따른 새로운 농어촌마을 건설사업 또는 기존 농어촌마을의 재개발사업을 시행하는 데 필요한 자금의 전부 또는 일부를 보조할 경우, 사업 시행기간 내에 보조 대상 사업을 완료하지 못할 특별한 사유가 있거나 사업 목적 달성을 위하여 필요한 경우에는, 사업시행자와 계약을 체결하여 보조 대상 사업을 사업시행자 부담으로 시행하고, 그 비용을 사후에 상환할 수 있다.

⑤ 제4항에 따른 보조 대상 사업 비용의 상환방법과 절차 등에 필요한 사항은 대통령령으로 정한다.

 (7) 농어촌정비법 시행령

제8조(농업생산기반 정비사업 기본계획의 수립) ① 법 제8조 제1항에 따른 농업생산기반 정비사업 기본계획에 포함되어야 할 사항은 다음 각 호와 같다.

1. 농업생산기반 정비사업 기본계획의 개요

2. 사업별 기본설계도서

3. 사업별 추정사업비 수입ㆍ지출 예산서

4. 사업별 추정사업비 명세

5. 사업효율 분석 결과

6. 사업 대상 지역의 위치도

7. 그 밖에 제9조의 농업생산기반 정비사업 시행계획을 세우는 데 필요한 사항

② B장관 또는 시ㆍ도지사는 제1항에 따라 농업생산기반 정비사업 기본계획을 세울 때에는 대상 지역을 관할하는 시ㆍ도지사나 시장ㆍ군수ㆍ구청장(광역시 자치구의 구청장을 말한다. 이하 같다)의 의견을 들어야 한다.

③ 법 제8조 제2항에서 “일정 규모 미만의 사업 등 대통령령으로 정하는 사업”이란 법 제2조 제5호 가목부터 다목까지의 사업 중 수혜면적이 50만제곱미터 미만인 사업[같은 호 나목의 사업 중 농업생산기반시설의 기능유지를 위한 개수ㆍ보수와 준설(浚渫)의 경우에는 면적의 규모에 관계없이 이에 포함된다]과 같은 호 라목 및 사목의 사업을 말한다.

 (8) 보조금 관리에 관한 법률

제2조(정의) 이 법에서 사용하는 용어의 뜻은 다음과 같다.

1. “보조금”이란 국가 외의 자가 수행하는 사무 또는 사업에 대하여 국가(「국가재정법」 별표 2에 규정된 법률에 따라 설치된 기금을 관리ㆍ운용하는 자를 포함한다)가 이를 조성하거나 재정상의 원조를 하기 위하여 교부하는 보조금(지방자치단체에 교부하는 것과 그 밖에 법인ㆍ단체 또는 개인의 시설자금이나 운영자금으로 교부하는 것만 해당한다), 부담금(국제조약에 따른 부담금은 제외한다), 그 밖에 상당한 반대급부를 받지 아니하고 교부하는 급부금으로서 대통령령으로 정하는 것을 말한다.

2. “보조사업”이란 보조금의 교부 대상이 되는 사무 또는 사업을 말한다.

3. “보조사업자”란 보조사업을 수행하는 자를 말한다.