주 문

1. 제1심판결 중 아래에서 취소하는 부분에 해당하는 원고 패소 부분을 취소한다.

피고가 2023. 2. 20. 원고에게 한 2019년도 법인세 126,092,830원의 부과처분 중

115,319,040원을 초과하는 부분을 취소한다.

2. 원고의 나머지 항소를 기각한다.

3. 소송총비용 중 90%는 원고가, 나머지는 피고가 각 부담한다.

청구취지 및 항소취지

1. 청구취지

피고가 2023. 2. 20. 원고에 대하여 한 별지1 목록 ‘부과세액’란 기재 각 법인세 부과처분을 모두 취소한다.

2. 항소취지

제1심판결 중 아래에서 취소하는 부분에 해당하는 원고 패소 부분을 취소한다. 피고가 2023. 2. 20. 원고에 대하여 한 별지1 목록 ‘경정세액’란 기재 각 법인세 부과처분을 모두 취소한다(제1심법원은 이 사건 소 중 2016 사업연도 법인세 62,565,130원의 부과처분 중 47,933,647원을 초과하는 부분, 2017 사업연도 법인세 114,635,105원의 부과처분 중 114,335,787원을 초과하는 부분에 대한 각 취소청구 부분을 각하하고, 원고의 나머지 청구를 기각하는 판결을 선고하였는데, 원고는 위 각하 부분에 대하여는 항소하지 않았다).

이 유

1. 처분의 경위

이 법원이 이 부분에 관하여 적을 이유는 다음과 같이 수정하는 외에는 제1심판결 이유 중 해당 부분(제1항) 기재와 같으므로, 행정소송법 제8조 제2항, 민사소송법 제420조 본문에 의하여 이를 인용한다.

○ 제3면 제1행 “2021. 2. 5.”을 “2021. 2. 25.”로 수정한다.

○ 제6면 제1행 “을 제11 내지 14호증”을 “을 제2, 3, 11 내지 14호증”으로 수정한다.

2. 이 사건 처분의 적법 여부

가. 관계 법령

별지2 기재와 같다.

나. 원고 주장 요지

이 법원이 이 부분에 관하여 적을 이유는 제8면 제11행 아래에 다음 내용을 추가하는 외에는 제1심판결 이유 중 해당 부분(제7면 제7행부터 제8면 제11행까지) 기재와 같으므로, 행정소송법 제8조 제2항, 민사소송법 제420조 본문에 의하여 이를 인용한다.

『3) 불이익변경금지 원칙 위반

제1차 처분에 따르면, 2019 사업연도 법인세는 115,319,040원으로 경정할 것이 고지되었으나, 이후 재조사 결정에 따라 피고가 2023. 2. 20. 한 제2차 처분에 따르면 2019사업연도 법인세 경정 고지액은 126,092,830원으로, 제1차 처분보다 10,773,790원 증액된 부분은 불이익변경금지원칙에 위반되어 위법하다.』

다. 손금불산입 대상 여부에 관한 판단

이 법원이 이 부분에 관하여 적을 이유는 다음과 같이 수정하거나 추가하는 외에는 제1심판결 이유 중 제8면 제13행부터 제15면 아래에서 제4행까지 기재와 같으므로, 행정소송법 제8조 제2항, 민사소송법 제420조 본문에 의하여 이를 인용한다.

○ 제11면 아래에서 4행의 “39.26% 내지 48.36%”를 “38.93% 내지 46.88%”로 수정한다.

○ 제12면 표를 아래와 같이 수정한다.

○ 제14면 아래에서 5행 “공동대표인” 다음에 “경우”를 추가한다.

라. 불이익변경금지 원칙 위반 여부에 관한 판단

1) 관련 법리

심판청구 등에 대한 결정의 한 유형으로 실무상 행해지고 있는 재조사결정은 재결청의 해당 결정에서 지적된 사항에 관하여 처분청의 재조사결과를 기다려 그에 따른 후속 처분의 내용을 심판청구 등에 대한 결정의 일부분으로 삼겠다는 의사가 내포된 변형결정에 해당하므로, 처분청의 후속 처분에 따라 그 내용이 보완됨으로써 심판청구 등에 대한 결정으로서의 효력이 발생한다(대법원 2010. 6. 25. 선고 2007두12514 전원합의체 판결 등 참조). 따라서 재조사결정의 취지에 따른 후속 처분이 심판청구를 한 당초 처분보다 청구인에게 불리하면 국세기본법 제79조 제2항의 불이익변경금지원칙에 위배되어 후속 처분 중 당초 처분의 세액을 초과하는 부분은 위법하게 된다(대법원 2004. 12. 9. 선고 2003두278 판결, 대법원 2016. 9. 28. 선고 2016두39382 판결 등 참조).

2) 구체적 판단

앞서 인정한 사실에 변론 전체의 취지를 종합하여 인정할 수 있는 다음과 같은 사정을 위 법리에 비추어 보면, 이 사건 처분은 원고가 심판청구를 한 제1차 처분보다 2019 사업연도 법인세에 관하여는 원고에게 불이익하므로, 제1차 처분의 2019 사업연도 부분의 법인세 115,319,040원을 초과하는 부분에 한해서는 국세기본법 제79조 제2항의 불이익변경금지원칙에 위배되어 위법하여 취소되어야 한다.

① 조세심판원은 2022. 12. 20. 제1차 처분에 대한 원고의 심판청구에 관하여 ‘원고와 동종의 업종을 영위하는 전국의 업체 중 청구법인과 매출액 규모가 유사한 업체의 대표자의 보수가 그 법인의 영업이익에서 차지하는 비중 등을 재조사하여 적정 보수를 산정하고 그 결과에 따라 그 과세표준과 세액을 경정하라’는 취지의 재조사 결정을 하였다. 피고는 위 결정의 취지에 따라 비교업체를 선정하고, 이 사건 기준금액을 산정하는 등 재조사를 거쳐 2023. 2. 20. 제2차 처분을 한 것으로서, 제2차 처분 및 이 사건처분은 재조사 결정의 취지에 따른 후속처분에 해당하므로 국세기본법 제79조 제2항의 불이익변경금지원칙이 적용된다.

② 피고는 심사결정의 이유에서 밝혀진 내용에 근거하여 탈루 또는 오류가 있는 과세표준이나 세액을 경정결정하는 경우에는 불이익변경금지원칙이 적용되지 않는다고 주장하나, 제1차 처분과 비교하여 제2차 처분에서 2019 사업연도 법인세가 증액된 것은 새로운 탈루·오류 사실의 발견에 따른 것이 아니라, 조세심판원의 재조사 결정에 따라 비교업체 선정 방법 등을 변경하여 적정보수 기준금액을 재산정한 결과 손금불산입액이 달라진 것이므로 불이익변경금지원칙이 적용된다고 봄이 타당하다.

③ 조세심판원의 재조사결정에 따른 후속처분의 불이익변경금지원칙 위배 여부를 판단할 때, 기간과세로서 사업연도가 달라지면 과세단위도 달라지는 법인세의 경우 국세기본법상 불이익변경금지원칙 위배 여부는 수개의 사업연도에 대한 법인세 전체세액을 기준으로 따질 것이 아니라 각 사업연도의 부과처분액을 기준으로 판단하여야 한다(대법원 2004. 12. 9. 선고 2003두278 판결 참조). 따라서 제2차 처분에서 부과된 2015년도부터 2019년도까지 법인세 합계가 같은 기간 제1차 처분으로 부과된 법인세 합계액보다 적다고 하더라도, 각 사업연도별로 개별적으로 제1차 처분과 제2차 처분의 법인세 부과처분액을 비교하여 판단함이 타당하다.

4. 결론

그렇다면 원고의 청구는 위 인정 범위 내에서 이유 있어 인용하고, 나머지 청구는 이유 없어 기각하여야 한다. 제1심판결은 이와 결론을 일부 달리하여 부당하므로, 원고의 항소를 일부 받아들여 제1심판결 중 이 법원에서 취소하는 부분에 해당하는 원고 패소부분을 취소하고, 원고의 나머지 항소는 이유 없으므로 기각하기로 하여 주문과 같이 판결한다.

관계 법령

■ 구 법인세법(2019. 12. 31. 법률 제16833호로 개정되기 전의 것)

제19조(손금의 범위)

① 손금은 자본 또는 출자의 환급, 잉여금의 처분 및 이 법에서 규정하는 것은 제외하고 해당

법인의 순자산을 감소시키는 거래로 인하여 발생하는 손실 또는 비용[이하 "손비"(損費)라 한다]의 금액으로 한다.

② 손비는 이 법 및 다른 법률에서 달리 정하고 있는 것을 제외하고는 그 법인의 사업과 관련하여 발생하거나 지출된 손실 또는 비용으로서 일반적으로 인정되는 통상적인 것이거나 수익과 직접 관련된 것으로 한다.

④ 손비의 범위 및 구분 등에 관하여 필요한 사항은 대통령령으로 정한다.

제20조(자본거래 등으로 인한 손비의 손금불산입)

다음 각 호의 손비는 내국법인의 각 사업연도의 소득금액을 계산할 때 손금에 산입하지 아니한다.

1. 결산을 확정할 때 잉여금의 처분을 손비로 계상한 금액

제26조(과다경비 등의 손금불산입)

다음 각 호의 손비 중 대통령령으로 정하는 바에 따라 과다하거나 부당하다고 인정하는 금액

은 내국법인의 각 사업연도의 소득금액을 계산할 때 손금에 산입하지 아니한다.

1. 인건비

■ 구 법인세법 시행령(2020. 2. 11. 대통령령 제30396호로 개정되기 전의 것)

제19조(손비의 범위)

법 제19조 제1항에 따른 손실 또는 비용[이하 “손비”라 한다]은 법 및 이 영에서 달리 정하는 것을 제외하고는 다음 각 호에 규정하는 것으로 한다.

3. 인건비

제43조(상여금 등의 손금불산입)

① 법인이 그 임원 또는 직원에게 이익처분에 의하여 지급하는 상여금은 이를 손금에 산입하지 아니한다. 이 경우 합명회사 또는 합자회사의 노무출자사원에게 지급하는 보수는 이익처분에 의한 상여로 본다.

② 법인이 임원에게 지급하는 상여금중 정관ㆍ주주총회ㆍ사원총회 또는 이사회의 결의에 의하여 결정된 급여지급기준에 의하여 지급하는 금액을 초과하여 지급한 경우 그 초과금액은 이를 손금에 산입하지 아니한다.

③ 법인이 지배주주등(특수관계에 있는 자를 포함한다. 이하 이 항에서 같다)인 임원 또는 직원에게 정당한 사유없이 동일직위에 있는 지배주주등 외의 임원 또는 직원에게 지급하는 금액을 초과하여 보수를 지급한 경우 그 초과금액은 이를 손금에 산입하지 아니한다.

④ 상근이 아닌 법인의 임원에게 지급하는 보수는 법 제52조에 해당하는 경우를 제외하고 이를 손금에 산입한다.

⑤ 법인의 해산에 의하여 퇴직하는 임원 또는 직원에게 지급하는 해산수당 또는 퇴직위로금 등은 최종사업연도의 손금으로 한다.

⑦ 제3항에서 "지배주주등"이란 법인의 발행주식총수 또는 출자총액의 100분의 1 이상의 주식

또는 출자지분을 소유한 주주등으로서 그와 특수관계에 있는 자와의 소유 주식 또는 출자지분의 합계가 해당 법인의 주주등 중 가장 많은 경우의 해당 주주등(이하 "지배주주등"이라 한다)을 말한다.

⑧ 제3항 및 제7항에서 "특수관계에 있는 자"란 해당 주주등과 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 관계에 있는 자를 말한다.

1. 해당 주주등이 개인인 경우에는 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 관계에 있는 자

가. 친족(「국세기본법 시행령」 제1조의2제1항에 해당하는 자를 말한다. 이하 같다)

나. 제2조제5항제1호의 관계에 있는 법인

다. 해당 주주등과 가목 및 나목에 해당하는 자가 발행주식총수 또는 출자총액의 100분의

30 이상을 출자하고 있는 법인

라. 해당 주주등과 그 친족이 이사의 과반수를 차지하거나 출연금(설립을 위한 출연금에 한한다)의 100분의 30 이상을 출연하고 그 중 1명이 설립자로 되어 있는 비영리법인

마. 다목 및 라목에 해당하는 법인이 발행주식총수 또는 출자총액의 100분의 30 이상을 출자하고 있는 법인

2. 해당 주주등이 법인인 경우에는 제2조제5항 각 호(제3호는 제외한다)의 어느 하나에 해당하는 관계에 있는 자

■ 국세기본법

제65조(결정)

① 심사청구에 대한 결정은 다음 각 호의 규정에 따라 하여야 한다.

1. 심사청구가 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 경우에는 그 청구를 각하하는 결정을 한다.

가. 심판청구를 제기한 후 심사청구를 제기(같은 날 제기한 경우도 포함한다)한 경우

나. 제61조에서 규정한 청구기간이 지난 후에 청구된 경우

다. 심사청구 후 제63조제1항에 규정된 보정기간에 필요한 보정을 하지 아니한 경우

라. 심사청구가 적법하지 아니한 경우

마. 가목부터 라목까지의 규정에 따른 경우와 유사한 경우로서 대통령령으로 정하는 경우

2. 심사청구가 이유 없다고 인정될 때에는 그 청구를 기각하는 결정을 한다.

3. 심사청구가 이유 있다고 인정될 때에는 그 청구의 대상이 된 처분의 취소ㆍ경정 결정을 하거나 필요한 처분의 결정을 한다. 다만, 취소ㆍ경정 또는 필요한 처분을 하기 위하여 사실관계 확인 등 추가적으로 조사가 필요한 경우에는 처분청으로 하여금 이를 재조사하여 그 결과에 따라 취소ㆍ경정하거나 필요한 처분을 하도록 하는 재조사 결정을 할 수 있다.

② 제1항의 결정은 심사청구를 받은 날부터 90일 이내에 하여야 한다.

③ 제1항의 결정을 하였을 때에는 제2항의 결정기간 내에 그 이유를 기재한 결정서로 심사청구인에게 통지하여야 한다.

④ 제63조제1항에 규정된 보정기간은 제2항의 결정기간에 산입하지 아니한다.

⑤ 제1항제3호 단서에 따른 재조사 결정이 있는 경우 처분청은 재조사 결정일로부터 60일 이내에 결정서 주문에 기재된 범위에 한정하여 조사하고, 그 결과에 따라 취소ㆍ경정하거나 필요한 처분을 하여야 한다. 이 경우 처분청은 제81조의7 및 제81조의8에 따라 조사를 연기하거나 조사기간을 연장하거나 조사를 중지할 수 있다.

⑥ 처분청은 제1항제3호 단서 및 제5항 전단에도 불구하고 재조사 결과 심사청구인의 주장과 재조사 과정에서 확인한 사실관계가 다른 경우 등 대통령령으로 정하는 경우에는 해당 심사청구의 대상이 된 당초의 처분을 취소ㆍ경정하지 아니할 수 있다.

⑦ 제1항제3호 단서, 제5항 및 제6항에서 규정한 사항 외에 재조사 결정에 필요한 사항은 대통령령으로 정한다.

제79조(불고불리, 불이익변경금지)

① 조세심판관회의 또는 조세심판관합동회의는 제80조의2에서 준용하는 제65조에 따른 결정을 할 때 심판청구를 한 처분 외의 처분에 대해서는 그 처분의 전부 또는 일부를 취소 또는 변경하거나 새로운 처분의 결정을 하지 못한다.

② 조세심판관회의 또는 조세심판관합동회의는 제80조의2에서 준용하는 제65조에 따른 결정을 할 때 심판청구를 한 처분보다 청구인에게 불리한 결정을 하지 못한다.

제80조의2(심사청구에 관한 규정의 준용)

심판청구에 관하여는 제61조제3항ㆍ제4항, 제63조, 제65조(제1항제1호가목 중 심사청구와 심판청구를 같은 날 제기한 경우는 제외한다) 및 제65조의2를 준용한다. 이 경우 제63조제1항 중 "20일 이내의 기간"은 "상당한 기간"으로 본다. 끝.