1. 사실관계

■ AAA(이하 ‘질의법인’이라 함)은 주무관청인 해양수산부 소관 공익법인으로, ‘11년 기존 두 재단^*이 통합하여 해양 분야 전반의 공익사업을 종합적으로 수행하는 법인으로 발전시키고자 설립됨

* (재)00문화재단의 교육·문화사업과 (재)해상000기념사업회의 역사·인물 재조명사업을 함께 계승하여 통합함

○ 질의법인의 최근 주요 사업 중 하나로 정관상 해양수산 관련 산업의 진흥·육성을 위한 협력·지원사업의 일환으로, 출연받은 기금을 활용하여 북극항로 시범운항 선사에 사업비를 지원하고 있음

○ (기금 조성)00협회는 ’25년 임시총회에서 톤세 적용 선사의 절감세액 중 5%를 출연하기로 결의하고, 그 중 50억원을 ‘북극항로기금’ 명목으로 재단법인 ★★에 배정하기로 결정함

- 재단법인 ★★은 북극항로기금의 효율적인 사용을 위해 시범운항 지원금 및 화물운송 장려금 상당액을 질의법인에 출연할 예정이며, 질의법인은 해당 출연가액을 선정된 운항선사 P에게 개별적·직접적으로 지급하는 방안을 검토하고 있음

2. 질의요지

■ 질의법인은 사실관계에 따른 ‘북극항로 지원금’을 운항선사에게 개별적·직접 지급하는 것에 관해 아래와 같이 질의함

- 질의1) 상증세법 제48조 제2항 제1호 및 동법 시행령 제38조 제2항에서 규정하는 ‘직접 공익목적사업에 사용’한 것에 해당하는지 여부

- 질의2) 상증세법 제48조 제2항 제8호 및 동법 시행령 제38조 제8항 제2호에서 규정하는 ‘특정계층에 대한 공익사업 혜택 제공’에 해당하지 아니하는지 여부

3. 관련법령

■ 상속세 및 증여세법 48조【공익법인등이 출연받은 재산에 대한 과세가액 불산입등】

② 세무서장등은 제1항 및 제16조제1항에 따라 재산을 출연받은 공익법인등이다음 제1호부터제4호까지, 제6호및제8호의 어느 하나에 해당하는 경우에는 그 사유가 발생한 날에 대통령령으로정하는 가액을 공익법인등이 증여받은 것으로 보아 즉시 증여세를 부과하고, 제5호및제7호에 해당하는 경우에는 제78조제9항에 따른 가산세를 부과한다. 다만, 불특정 다수인으로부터 출연받은 재산 중 출연자별로 출연받은 재산가액을 산정하기 어려운 재산으로서 대통령령으로 정하는 재산은 제외한다.

1. 출연받은 재산[해당 재산을 원본으로 취득한 재산, 해당 재산을 수익용 또는 수익사업용으로 운용하여 발생한 소득으로 취득한 재산 및 해당 재산을 매각하고 그 매각대금(대통령령으로 정하는 공과금 등에 지출한 금액은 제외한다. 이하 이 조에서 같다)으로 취득한 재산을 포함한다. 이하 이 조에서 같다]을 직접 공익목적사업 등(직접 공익목적사업에 충당하기 위하여 수익용 또는 수익사업용으로 운용하는 경우를 포함한다. 이하 이 호에서 같다)의 용도 외에 사용하거나 출연받은 날부터 3년 이내에 직접 공익목적사업 등에 사용하지 아니하거나 3년 이후 직접 공익목적사업 등에 계속하여 사용하지 아니하는 경우. 다만, 직접 공익목적사업 등에 사용하는 데에 장기간이 걸리는 등 대통령령으로 정하는 부득이한 사유가 있는 경우로서 제5항에 따른 보고서를 제출할 때 납세지 관할세무서장에게 그 사실을 보고하고, 그 사유가 없어진 날부터 1년 이내에 해당 재산을 직접 공익목적사업 등에 사용하는 경우는 제외한다.

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8. 그 밖에 출연받은 재산 및 직접 공익목적사업을 대통령령으로 정하는 바에 따라 운용하지 아니하는 경우

■ 상속세 및 증여세법 시행령 제38조【공익법인등이 출연받은 재산의 사후관리】

② 법 제48조제2항제1호ㆍ제7호 및 같은 조 제11항제1호에서 직접 공익목적사업에 사용하는 것은 공익법인등의 정관상 고유목적사업에 사용(다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우는 제외한다)하는 것으로 한다. 다만, 법 제48조제2항제1호에 따른 출연받은 재산을 해당 직접 공익목적사업에 효율적으로 사용하기 위하여 주무관청의 허가를 받아 다른 공익법인등에게 출연하는 것을 포함한다.

1.「법인세법 시행령」제56조제11항에 따라 고유목적에 지출한 것으로 보지 아니하는 금액

2. 해당 공익법인등의 정관상 고유목적사업에 직접 사용하는 시설에 소요되는 수선비, 전기료 및 전화사용료 등의 관리비를 제외한 관리비

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⑧ 법 제48조제2항제8호에서 "대통령령으로 정하는 바에 따라 운용하지 아니하는 경우"란 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우를 말한다.

1. 공익법인등이 사업을 종료한 때의 잔여재산을 국가ㆍ지방자치단체 또는 해당 공익법인등과 동일하거나 주무부장관이 유사한 것으로 인정하는 공익법인등에 귀속시키지 아니한 때

2. 직접 공익목적사업에 사용하는 것이 사회적 지위ㆍ직업ㆍ근무처 및 출생지 등에 의하여 일부에게만 혜택을 제공하는 것인 때. 다만, 주무부장관이 재정경제부장관과 협의(「행정권한의 위임 및 위탁에 관한 규정」제3조제1항에 따라 공익법인 등의 설립허가등에 관한 권한이 위임된 경우에는 해당 권한을 위임받은 기관과 해당 공익법인등의 관할세무서장의 협의를 말한다)하여 따로 수혜자의 범위를 정하여 이를 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 조건으로 한 경우를 제외한다.

가. 해당 공익법인등의 설립허가의 조건으로 붙인 경우

나. 정관상의 목적사업을 효율적으로 수행하기 위하여 또는 정관상의 목적사업에 새로운 사업을 추가하기 위하여 재산을 추가출연함에 따라 정관의 변경허가를 받는 경우로서 그 변경허가조건으로 붙인 경우

4. 관련 예규

■ 직접 공익목적사업에 사용한 것으로 보는지 여부 [재산세과-455, 2010.06.28]

[요지] 직접 공익목적사업에 사용하는 것이라 함은 당해 공익법인 등의 정관상 고유목적사업에 사용하는 것을 말하는 것으로, 영리법인과의 거래여부에 불문하고 정관상 고유목적사업 수행을 위한 지급의 경우에는 이에 해당함

[회신] 공익법인 등이 출연받은 재산을 직접 공익목적사업 외에 사용하거나 출연받은 날로부터 3년 이내에 직접 공익목적사업에 사용하지 아니하는 경우에는「상속세 및 증여세법」제48조 제2항의 규정에 따라 그 출연받은 재산에 대하여 증여세를 부과하는 것입니다. 이때 직접 공익목적사업에 사용하는 것이라 함은 당해 공익법인 등의 정관상 고유목적사업에 사용하는 것을 말하는 것으로, 귀 질의의 경우 영리법인과의 거래여부에 불문하고 정관상 고유목적사업 수행을 위한 지급에 해당하는 경우에는 직접공익목적사업에 사용한 것으로 보는 것입니다.

■ 공익법인의 출연재산을 일부에게만 혜택 제공시 과세 여부 [재산상속46014-284, 2001.03.16.]

[요지] 공익법인의 출연재산을 일부에게만 혜택제공시에는 증여세를 과세하나 단서 규정에 의해 판단되는 사항에 해당되는 경우에는 그 내용등을 사실조사하여 판단할 사항임

[회신] 공익법인이 출연받은 재산을 사회적 지위ㆍ직업ㆍ근무처 및 출생지 등에 의하여 일부에게만 혜택을 제공하는 경우에는 증여세가 과세되는 것이나, 귀 질의의 경우 따로 수혜자의 범위를 정하여 출연받은 재산을 제공한 것 등이 시행시기별로 관련 상속세및증여세법시행령의 단서규정에 해당되는 경우에는 증여세를 부과하지 아니하는 것으로 이에 해당되는지는 공익법인 설립허가 및 변경허가내용, 정관내용, 장학사업 운영내용 등을 사실조사하여 판단할 사항임