이유
1. 처분개요

가. 청구법인은 2007.9.21. 조합설립인가를 받은 후, 부산광역시 동래구 명륜동 OOO 일대 토지 31,433㎡에 기존 건축물을 철거하고 일반아파트 7개동 총 671세대(조합원분 156세대), 임대아파트 1개동 34세대 및 근린생활시설 3개동을 재개발하는 정비사업을 수행하였는데, 부산광역시 동래구청장으로부터 2008.11.18. 주택재개발사업에 대한 사업시행인가, 2014.9.19. 관리처분계획인가, 2019.2.25. 사용승인을 각각 받았다.

나. 청구법인은 정비사업과 관련하여 조합원으로부터 현물출자로 취득한 토지 및 건물(이하 “쟁점부동산”이라 한다)의 취득가액을 사업시행인가고시일을 기준으로 산정한 감정가액의 평균액인 OOO원(이하 “당초감정가액”이라 한다)으로 하여 2016∼2019사업연도 법인세를 신고.납부하였다가, 2020.9.22. 관리처분계획인가일을 기준으로 2020년 7월경 소급하여 산정한 감정가액의 평균액인 OOO원(이하 “쟁점감정가액”이라 한다)을 쟁점부동산의 취득가액으로 하여 2016∼2019사업연도 법인세 합계 OOO원의 환급을 구하는 경정청구를 하였으나, 처분청은 쟁점감정가액이 소급감정가액이라는 등의 사유로 2021.1.8. 이를 거부하였다.

다. 청구법인은 이에 불복하여 2021.4.5. 심판청구를 제기하였고, 이에 대해 우리 원은 쟁점부동산의 취득가액을 관리처분계획인가일 기준으로 재조사하라는 결정을 하였으며(조심 2021부2861, 2021.9.8., 일부 결정내용 후술 ＜별지＞ 기재), 부산지방국세청장은 당초감정가액이 쟁점부동산의 취득가액으로서 적정한 것으로 보아 2021.11.11. 심판청구(재조사) 결정에 따른 처리결과를 통지하였다.

라. 청구법인은 이에 불복하여 2022.1.13. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구법인 주장 및 처분청 의견

가. 청구법인 주장

(1) 재조사 결정의 취지에 따라 재조사를 실시한 후 그 내용을 보완하는 후속 처분만을 할 수 있음에도, 구체적인 근거 없이 당초 처분을 그대로 유지하는 것은 재조사 결정의 기속력에 저촉된다.

(가) 조세심판원의 재조사 결정은 쟁점감정가액이 관리처분계획인가일을 평가기준일로 하여 객관적ㆍ합리적 방법으로 평가되었는지 직접 조사ㆍ검토하는 방안, 다른 감정평가법인에 감정평가를 의뢰하여 다시 평가하는 방안, 쟁점감정가액이 관리처분계획인가일을 기준시점으로 객관적ㆍ합리적으로 평가되었는지 다른 감정평가법인에 검토를 의뢰하는 방안 등 어느 하나를 선택하여 재조사하여 쟁점감정가액이 객관적ㆍ합리적으로 산정되었는지 여부를 확인하라는 결정이라 할 수 있다.

(나) 재조사 결과통지서에는 위에서 제시한 어느 하나의 방법이나 기타 다른 방법으로 재조사를 실시하였다는 언급이 없고, 당초의 처분을 유지하는 것에 대한 구체적인 근거도 제시하지 않고 있는바, 쟁점감정가액은 개별공시지가의 상승률, 매매사례가액, 물가상승률 등을 종합적으로 고려하여 객관적이고 합리적인 방법으로 산정된 가액임에도, 이에 동의할 수 없다는 것은 쟁점감정가액에 대한 별도의 검토 후 그 검토내용을 근거로 제기하여야 한다는 것이 재조사 결정의 기본 취지라고 판단된다.

(다) 심판청구 등에 대한 결정의 한 유형으로 재조사 결정은 재결청의 결정에서 지적된 사항에 관하여 재조사 결과를 기다려 그에 따른 후속 처분의 내용을 심판청구 등에 대한 결정의 일부분으로 삼겠다는 의사가 내포된 변형결정에 해당하는바(대법원 2010.6.25. 선고 2007두12514 전원합의체 판결 참조), 재조사 의무를 부여하였음에도 재조사 결정에 반하여 구체적인 재조사 없이 당초 처분을 그대로 유지하는 것은 재조사 결정의 기속력에 저촉된다고 할 것이다(조심 2021전2093, 2021.8.18.).

(라) 감정평가 없이 조세심판원이 명한 재조사를 실시할 다른 방법을 상정하기 어려울 뿐더러, 재조사 결정 이후 감정평가를 대체할만한 적정한 재조사를 실시하였다고 볼 만한 자료가 없는 점, 예산 및 납세협력비용 등의 문제가 있다고 하여 적법하게 되는 것은 아닌 점 등의 사정에 비추어 본다면, 재조사 불실시가 정당화될 수는 없다 할 것이다.

(2) 쟁점부동산의 취득가액은 시가가 불분명한 경우에 해당하므로 「부동산가격공시 및 감정평가에 관한 법률」에 의한 감정평가법인이 감정한 쟁점감정가액을 적용하여야 한다(조심 2015부4909, 2018.3.14.).

(가) 사업시행인가일을 기준으로 한 부동산의 감정가액은 조합원 사이의 상대적 출자비율을 정하기 위한 목적으로 이루어진 것으로(대법원 2015.11.26. 선고 2014두15528 판결), 일반적인 시가를 확인하기 위한 감정이 아니라 「도시 및 주거환경정비법」상 관리처분계획을 수립하기 위한 특수목적 감정에 해당하므로 「법인세법」상 시가를 확인하기 위한 감정가액에 해당한다고 볼 수 없는 반면, 쟁점감정가액은 「도시 및 주거환경정비법」에 따라 시공사, 조합원 및 현금청산대상자의 이해관계가 합리적ㆍ객관적으로 반영되어 산출된 가액으로서 시장가치를 기준으로 이루어진 것이므로 「법인세법」상 시가를 확인하기에 적정한 평가방법이라 할 수 있다.

(나) 조세심판원의 재조사 결정에 따라 관리처분계획인가일 현재의 시가를 감정평가토록 하는 등의 방법으로 그 적정한 시가를 재조사하여 과세표준 및 세액을 경정하였어야 마땅할 것이나, 이를 하지 아니한 채 오히려 청구법인에게 관리처분계획인가일 기준 전ㆍ후 6개월 이내의 감정평가액 제출을 요구하는가 하면, 사업시행계획인가일이 아닌 관리처분계획인가일을 기준으로 감정평가하는 것이 타당한 이유를 소명하도록 요구하였는바, 이는 청구법인에게 존재하지 않는 자료의 제출을 요구하거나 심판결정에서 이미 판단된 쟁점에 대해 다시 소명할 것을 요구한 것으로 비열한 책임전가이자 적반하장에 지나지 않는다 할 것이다.

(다) 한편, 대법원은 감정가액이 객관적이고 합리적인 방법으로 산정되었다면 소급감정에 의한 감정가액도 시가로 볼 수 있다고 판단하고 있는바(대법원 2002.6.28. 선고 2000두6244 판결, 대법원 2005.9.30. 선고 2004두2356 판결 등), 소급 감정가액도 객관적이고 합리적인 평가가액으로 인정되어야 한다.

나. 처분청 의견

(1) 조세심판원의 결정에 따라 A구역의 토지 공시지가, 건물 기준시가, 인근 지역의 매매사례, 소비자 물가상승률, 소급된 쟁점감정가액과의 비교 조사 등 성실히 조사하였으나, 감정평가에 따른 불필요한 예산 및 납세협력 비용이 발생, 전문성.객관성.신뢰성.합리성.법적 안정성 등의 여러 요인을 고려하여 새로운 감정가액을 도출하기에 불분명하다고 보았고, 보충적 평가방법을 통해 순차적으로 「상속세 및 증여세법」(이하 “상증세법”이라 한다)상 평가방법을 적용하였으나, 납세자에게 오히려 불리하게 적용되어 부득이 당초감정가액을 쟁점부동산의 취득가액으로 인정한바, 이는 법적 절차 및 안정성을 고려한 세법의 집행과정으로, 기속력 위반에 해당하지 않는다.

(2) 조세심판원은 소급감정가액이 평가기준일 전ㆍ후 6개월 이내에 평가한 가액이 해당하지 않으므로 합리적으로 평가된 것으로 보기 어려운 것으로 판단하였고(조심 2020부209, 2020.7.7.), 심사례에서도 종전부동산 평가액을 적용해 달라는 청구주장은 법률상 근거가 없는 것으로 보았으며(심사법인 2009-52, 2010.3.9.), 법원 또한 감정이 적정하게 이루어져 객관적이고 합리적인 방법으로 평가되었다는 점이 인정되어야 한다고 판시하였는바(대법원 2002.6.28. 선고 2000두6244 판결), 관리처분계획인가일로부터 5년 8개월이 지난 시점에서 소급하여 평가한 쟁점감정가액은 객관적이고 합리적이지 못한 것으로 결정하여 쟁점감정가액을 그대로 인정할 수 없고, 청구법인은 관리처분계획인가일 기준 전ㆍ후 6개월 이내의 감정평가액을 제출하지 못한 상황이므로 쟁점감정가액을 쟁점부동산의 취득가액으로 하여 달라는 청구주장은 과도한 것이다.

3. 심리 및 판단

가. 쟁점

① 이 건 재조사 결과 통지가 재조사 심판결정의 기속력에 저촉된다는 청구주장의 당부

② 관리처분계획인가일 기준으로 소급 감정평가한 쟁점감정가액을 쟁점부동산의 취득가액으로 인정하여야 한다는 청구주장의 당부

나. 관련 법령

(1) 국세기본법

제65조(결정) ① 심사청구에 대한 결정은 다음 각 호의 규정에 따라 하여야 한다.

3. 심사청구가 이유 있다고 인정될 때에는 그 청구의 대상이 된 처분의 취소ㆍ경정 결정을 하거나 필요한 처분의 결정을 한다. 다만, 취소ㆍ경정 또는 필요한 처분을 하기 위하여 사실관계 확인 등 추가적으로 조사가 필요한 경우에는 처분청으로 하여금 이를 재조사하여 그 결과에 따라 취소ㆍ경정하거나 필요한 처분을 하도록 하는 재조사 결정을 할 수 있다.

⑤ 제1항 제3호 단서에 따른 재조사 결정이 있는 경우 처분청은 재조사 결정일로부터 60일 이내에 결정서 주문에 기재된 범위에 한정하여 조사하고, 그 결과에 따라 취소ㆍ경정하거나 필요한 처분을 하여야 한다. (단서 생략)

제79조(불고불리, 불이익변경금지) ① 조세심판관회의 또는 조세심판관합동회의는 제81조에서 준용하는 제65조에 따른 결정을 할 때 심판청구를 한 처분 외의 처분에 대해서는 그 처분의 전부 또는 일부를 취소 또는 변경하거나 새로운 처분의 결정을 하지 못한다.

② 조세심판관회의 또는 조세심판관합동회의는 제81조에서 준용하는 제65조에 따른 결정을 할 때 심판청구를 한 처분보다 청구인에게 불리한 결정을 하지 못한다.

제80조(결정의 효력) ① 제81조에서 준용하는 제65조에 따른 결정은 관계 행정청을 기속(羈束)한다.

② 심판청구에 대한 결정이 있으면 해당 행정청은 결정의 취지에 따라 즉시 필요한 처분을 하여야 한다.

제81조(심사청구에 관한 규정의 준용) 심판청구에 관하여는 제61조 제3항·제4항, 제63조, 제65조(제1항 제1호 가목 중 심사청구와 심판청구를 같은 날 제기한 경우는 제외한다) 및 제65조의2를 준용한다. 이 경우 제63조제1항 중 "20일 이내의 기간"은 "상당한 기간"으로 본다.

(2) 법인세법

제40조(손익의 귀속사업연도) ① 내국법인의 각 사업연도의 익금과 손금의 귀속사업연도는 그 익금과 손금이 확정된 날이 속하는 사업연도로 한다.

② 제1항에 따른 익금과 손금의 귀속사업연도의 범위 등에 관하여 필요한 사항은 대통령령으로 정한다.

제41조(자산의 취득가액) ① 내국법인이 매입ㆍ제작ㆍ교환 및 증여 등에 의하여 취득한 자산의 취득가액은 다음 각 호의 금액으로 한다.

1. 타인으로부터 매입한 자산(대통령령으로 정하는 금융자산은 제외한다)은 매입가액에 부대비용을 더한 금액

2. 자기가 제조ㆍ생산 또는 건설하거나 그 밖에 이에 준하는 방법으로 취득한 자산은 제작원가(製作原價)에 부대비용을 더한 금액

3. 제1호와 제2호 외의 자산은 취득 당시의 대통령령으로 정하는 금액

② 제1항에 따른 매입가액 및 부대비용의 범위 등 자산의 취득가액의 계산에 필요한 사항은 대통령령으로 정한다.

제52조(부당행위계산의 부인) ① 납세지 관할 세무서장 또는 관할지방국세청장은 내국법인의 행위 또는 소득금액의 계산이 특수관계인과의 거래로 인하여 그 법인의 소득에 대한 조세의 부담을 부당하게 감소시킨 것으로 인정되는 경우에는 그 법인의 행위 또는 소득금액의 계산(이하 "부당행위계산"이라 한다)과 관계없이 그 법인의 각 사업연도의 소득금액을 계산한다.

② 제1항을 적용할 때에는 건전한 사회 통념 및 상거래 관행과 특수관계인이 아닌 자 간의 정상적인 거래에서 적용되거나 적용될 것으로 판단되는 가격(요율ㆍ이자율ㆍ임대료 및 교환 비율과 그 밖에 이에 준하는 것을 포함하며, 이하 "시가"라 한다)을 기준으로 한다.

(3) 법인세법 시행령

제68조(자산의 판매손익 등의 귀속사업연도) ① 법 제40조 제1항 및 제2항의 규정을 적용함에 있어서 자산의 양도 등으로 인한 익금 및 손금의 귀속사업연도는 다음 각 호의 날이 속하는 사업연도로 한다.

3. 상품 등 외의 자산의 양도 : 그 대금을 청산한 날[「한국은행법」에 따른 한국은행이 취득하여 보유 중인 외화증권 등 외화표시자산을 양도하고 외화로 받은 대금(이하 이 호에서 “외화대금”이라 한다)으로서 원화로 전환하지 아니한 그 취득원금에 상당하는 금액의 환율변동분은 한국은행이 정하는 방식에 따라 해당 외화대금을 매각하여 원화로 전환한 날]. 다만, 대금을 청산하기 전에 소유권 등의 이전등기(등록을 포함한다)를 하거나 당해 자산을 인도하거나 상대방이 당해 자산을 사용수익하는 경우에는 그 이전등기일(등록일을 포함한다)ㆍ인도일 또는 사용수익일중 빠른 날로 한다.

제72조(자산의 취득가액 등) ② 법 제41조 제1항 및 제2항에 따른 자산의 취득가액은 다음 각 호의 금액으로 한다.

3. 합병ㆍ분할 또는 현물출자에 따라 취득한 자산의 경우 다음 각 목의 구분에 따른 금액

가. 적격합병 또는 적격분할의 경우 : 제80조의4 제1항 또는 제82조의4 제1항에 따른 장부가액

나. 그 밖의 경우 : 해당 자산의 시가

제89조(시가의 범위 등) ① 법 제52조 제2항을 적용할 때 해당 거래와 유사한 상황에서 해당 법인이 특수관계인 외의 불특정다수인과 계속적으로 거래한 가격 또는 특수관계인이 아닌 제3자간에 일반적으로 거래된 가격이 있는 경우에는 그 가격(주권상장법인이 발행한 주식을 한국거래소에서 거래한 경우 해당 주식의 시가는 그 거래일의 한국거래소 최종시세가액)에 따른다.

② 법 제52조 제2항을 적용할 때 시가가 불분명한 경우에는 다음 각 호를 차례로 적용하여 계산한 금액에 따른다.

1. 「부동산가격공시 및 감정평가에 관한 법률」에 의한 감정평가법인이 감정한 가액이 있는 경우 그 가액(감정한 가액이 2 이상인 경우에는 그 감정한 가액의 평균액). 다만, 주식등을 제외한다.

2. 「상속세 및 증여세법」 제38조ㆍ제39조ㆍ제39조의2ㆍ제39조의3, 제61조부터 제66조까지의 규정 및 「조세특례제한법」 제101조를 준용하여 평가한 가액. 이 경우 「상속세 및 증여세법」 제63조 제1항 제1호 다목 및 같은 법 시행령 제54조에 따라 비상장주식을 평가함에 있어 해당 비상장주식을 발행한 법인이 보유한 주식(주권상장법인이 발행한 주식으로 한정한다)의 평가금액은 평가기준일의 한국거래소 최종시세가액으로 하며, 「상속세 및 증여세법」 제63조 제2항 제1호ㆍ제2호 및 같은 법 시행령 제57조 제1항ㆍ제2항을 준용할 때 “직전 6개월(증여세가 부과되는 주식등의 경우에는 3개월로 한다)”은 각각 “직전 6개월”로 본다.

(4) 상속세 및 증여세법

제60조(평가의 원칙 등) ① 이 법에 따라 상속세나 증여세가 부과되는 재산의 가액은 상속개시일 또는 증여일(이하 “평가기준일”이라 한다) 현재의 시가(時價)에 따른다. 이 경우 제63조 제1항 제1호 가목 및 나목에 규정된 평가방법으로 평가한 가액(제63조 제2항에 해당하는 경우는 제외한다)을 시가로 본다.

② 제1항에 따른 시가는 불특정 다수인 사이에 자유롭게 거래가 이루어지는 경우에 통상적으로 성립된다고 인정되는 가액으로 하고 수용가격ㆍ공매가격 및 감정가격 등 대통령령으로 정하는 바에 따라 시가로 인정되는 것을 포함한다.

③ 제1항을 적용할 때 시가를 산정하기 어려운 경우에는 해당 재산의 종류, 규모, 거래 상황 등을 고려하여 제61조부터 제65조까지에 규정된 방법으로 평가한 가액을 시가로 본다.

(5) 상속세 및 증여세법 시행령

제49조(평가의 원칙등) ① 법 제60조 제2항에서 “수용가격ㆍ공매가격 및 감정가격 등 대통령령으로 정하는 바에 따라 시가로 인정되는 것”이란 평가기준일 전후 6개월(증여재산의 경우에는 3개월로 한다. 이하 이 항에서 “평가기간”이라 한다)이내의 기간 중 매매ㆍ감정ㆍ수용ㆍ경매(「민사집행법」에 따른 경매를 말한다. 이하 이 항에서 같다) 또는 공매(이하 이 조에서 “매매등”이라 한다)가 있는 경우에 다음 각 호의 어느 하나에 따라 확인되는 가액을 말한다. 다만, 평가기간에 해당하지 아니하는 기간으로서 평가기준일 전 2년 이내의 기간 중에 매매등이 있는 경우에도 평가기준일부터 제2항 각 호의 어느 하나에 해당하는 날까지의 기간 중에 주식발행회사의 경영상태, 시간의 경과 및 주위환경의 변화 등을 고려하여 가격변동의 특별한 사정이 없다고 보아 상속세 또는 증여세 납부의무가 있는 자(이하 이 조 및 제54조에서 “납세자”라 한다), 지방국세청장 또는 관할세무서장이 신청하는 때에는 제49조의2 제1항에 따른 평가심의위원회의 심의를 거쳐 해당 매매등의 가액을 다음 각 호의 어느 하나에 따라 확인되는 가액에 포함시킬 수 있다.

2. 해당 재산(법 제63조 제1항 제1호에 규정된 재산을 제외한다)에 대하여 2이상의 기획재정부령이 정하는 공신력 있는 감정기관(이하 “감정기관”이라 한다)이 평가한 감정가액이 있는 경우에는 그 감정가액의 평균액. 다만, 다음 각목의 1에 해당하는 것을 제외하며, 당해 감정가액이 법 제61조ㆍ법 제62조ㆍ법 제64조 및 법 제65조의 규정에 의하여 평가한 가액과 제5항에 따른 시가의 100분의 90에 해당하는 가액 중 적은 금액(이하 이 호에서 “기준금액”이라 한다)에 미달하는 경우(기준금액 이상인 경우에도 제49조의2제1항에 따른 평가심의위원회의 심의를 거쳐 감정평가목적 등을 감안하여 동 가액이 부적정하다고 인정되는 경우를 포함한다)에는 세무서장(관할지방국세청장을 포함하며, 이하 “세무서장등”이라 한다)이 다른 감정기관에 의뢰하여 감정한 가액에 의하되, 그 가액이 납세자가 제시한 감정가액보다 낮은 경우에는 그러하지 아니하다.

가. 일정한 조건이 충족될 것을 전제로 당해 재산을 평가하는 등 상속세 및 증여세의 납부목적에 적합하지 아니한 감정가액

나. 평가기준일 현재 당해재산의 원형대로 감정하지 아니한 경우의 당해 감정가액

다. 사실관계 및 판단

(1) 쟁점감정가액의 산정내용은 아래 ＜표1＞과 같다.

＜표1＞ 쟁점감정가액의 산정내용

(단위 : 원)

감정평가법인 기준시점 평가서작성일 감정가액 ㈜B감정평가법인 2014.9.19. 2020.7.9. OOO ㈜C감정평가법인 2020.7.7. OOO 평균액 OOO

(2) 심판청구 재조사 결정에 따른 경정청구 재검토 보고서의 일부내용은 아래 ＜표2＞와 같다.

＜표2＞ 심판청구 재조사 결정에 따른 경정청구 재검토 보고서의 일부내용

Ⅲ. 재검토 내용

□ 검토 내용

가. 쟁점감정가액의 감정평가 방법 등 비교

○ 청구법인의 쟁점감정가액의 평가방법 등을 당초 감정평가와 비교하면 아래와 같음

구 분

당초 감정평가

쟁점 감정평가

평가목적

A구역 주택재개발정비사업에 따른 관리처분 계획수립을 위한 자산평가

A구역 주택재개발정비사업에 대한 쟁점부동산에 대한 감정평가

평가법인

㈜B감정평가법인(OOO억)

㈜B감정평가법인(OOO억)

가격시점

(취득)

2008.11.26.

(사업시행인가고시일)

2014.9.19.

(관리처분계획인가일)

평가시기

(평가서

작성일)

2012.7.6.∼2012.9.20.

(76일 소요)

(2013.7.18.)

2020.6.15.∼2020.7.7

(22일소요)

(2020.7.7)

취득시기와

평가일차이

4년 6개월

5년 8개월

평가기준

및 방법

(토지)부동산가격공시 및 감정평가에 관한 법률에 의거 당해 토지와 유사한 이용가치를 지닌 표준지 공시지가를 기준으로 공시기준일부터 가격시점까지의 지가변동률, 생산자물가상승률 및 당해 토지의 위치, 형상, 환경, 이용상황, 기타 가격형성상의 제요인 및 인근지역내 유사 토지의 보상선례 등을 종합적으로 평가

좌동

비교표준지

선정

OOO, OOO,

OOO

OOO,OOO,

OOO,OOO

가격결정

(기타요인차이)

비교표준지×시점수정×지역요인×개별요인×기타요인*1

비교표준지×시점수정×지역요인×개별요인×기타요인*2

인근거래사례

OOO, OOO

OOO, OOO

*1 최저 1.40∼최고 2.10의 기타요인을(인근지가수준 반영) 가중하여 산출

*2 최저 1.98∼최고 2.20의 기타요인을(인근지가수준 반영) 가중하여 산출

- (감정평가 시기) 청구법인의 쟁점감정가액은 관리처분계획인가일(2014.9.19.) 기준으로 동일 감정평가법인을 통해 감정한 것이나, 이는 평가기간을 경과한(5년8개월) 소급 감정평가가액으로 조세심판원 결정문에서도 시가로 인정하기 어렵다 결정함

- (평가방법 비교) 현물출자 자산 토지의 감정평가 방법을 비교해 보면, 비교 표준지(OOO외 3필지), 평가기준, 방법(지가변동률, 환경, 보상선례 반영 등) 동일한 조건으로 평가한 것으로 확인됨

- (개발이익 반영) 두 감정평가서 모두 부동산가격공시 및 감정평가에 관한 법률에 따라 재건축 사업의 부지를 당해 토지와 유사한 이용가치를 지닌다고 인정되는 표준지 공시지가를 기준으로 공시기준일부터 가격시점까지의 지가변동률과 위치, 규모, 형태, 이용상황, 주변환경 및 기타 제반사항을 종합적으로 참작하여 동일한 기준으로 평가한 것으로 나타나 재건축사업으로 예상되는 개발이익이 반영된 것으로 볼 수 있음

- (감정가액 차이) 두 감정평가서 감정가액 차이의 주요 원인을 살펴보면, 기타요인으로 확인되고 기타요인은 취득시점의 인근 토지 매매사례가액과 매매되는 지가수준을 반영하기 위하여 공시지가에 가중치(보정치)를 부여하는 것으로 어떤 토지의 거래사례를 반영하느냐에 따라 차이를 보임

[ 기타요인 비교자료 ]

OOO

* 매매가격을 토지면적으로 나눈 ㎡당 가격

○ 쟁점 감정평가 시 상업지역 거래사례가액 대상 토지로 명륜동 OOO필지를 선택하였는데, 평가기준 시점 6개월 이내인 2014.5.25.에 상업지역인 OOO번지의 거래내역(거래가액 OOO원, 토지단가 OOO원)이 있음에도 불구하고 쟁점 소급 감정평가 시 OOO번지의 거래가액을 사용함

- OOO번지 등기부등본 조회결과, 대표적인 대형 프랜차이즈 입시전문학원인 서전학원이 있었던 곳으로 확인 되며, 이는 감정가액을 높이기 위하여 높은 거래가액을 차용한 것으로 판단됨

[ 거래사례 비교자료 ]

(단위 : ㎡, 원)

OOO

* 일반상업지역 상가(모텔) 양도분을 제외한 총 8필지의 대지㎡당 양도가액 평균은 OOO원임

나. 쟁점감정가액의 시가 인정 여부

○ 청구법인이 제시한 쟁점감정가액은 청구법인이 주장하는 취득시점인 관리처분계획인가일(’14.9.19.)이 아닌 ’20.7월경 평가된 것으로 재조사 과정에서 청구법인에 평가기준일 전ㆍ후 6개월 이내의 기간 중 평가한 가액이 있는지 요청하였으나 회신 사항은 없음

- 이에, 청구법인이 제시한 쟁점감정가액은 취득시기로부터 5년 8개월이 경과한 이후에 소급하여 감정평가한 것으로 그 가액은 상증세법 제60조 제2항 및 같은 법 시행령 제49조 제1항에 규정에 맞지 않음

○ 청구법인은 재개발 아파트 분양가액과 조합원의 분담금을 산정할 때 사업시행인가일(2008.11.26.)의 당초감정가액(OOO원)을 쟁점부동산의 취득가액으로 하였으나,

- 2020. 9월경 법인세 환급 청구를 하기 위해 취득가액을 소급 감정가액(OOO원)으로 변경해 줄 것을 요청하는 것은 동일자산에 대해 취득가액이 동일해야 함에도 불구하고 법인세 환급을 받기 위해 5년 8개월이 지난 시점에서 감정평가하여 취득가액을 재산정해 줄 것을 요청하는 것으로 납세자의 신의성실 원칙에 위배되고 신빙성 있는 감정평가로 보기 어려움

○ 소급 감정가액이 합리적인 방법으로 평가된 적정한 교환가치를 반영한 시가로 보기에는 불합리한 점이 있으므로 청구법인의 쟁점부동산의 취득시점을 관리처분인가일(2014.9.19.)로 소급하여 감정한 평가가액은 시가로 인정하기 어려워 청구법인의 취득가액은 불분명하다고 판단됨

○ 「법인세법」상 시가 적용원칙에 따르면, 거래당시의 시가가 불분명한 경우로서 감정가액이 없는 경우(관리처분인가일 전ㆍ후 6개월 이내 감정가액)에는 상증세법상 평가방법을 적용하여야 함에도 청구법인의 주장에 따라 「법인세법」 규정을 무시하고 상증세법상 평가방법이 아닌 소급감정으로 모든 자산을 평가할 경우 당초 감정평가가액이 없어 상증세법상 평가방법을 적용하여 자산을 평가한 자와의 불공평을 초래함

○ 납세자가 매매사례가액이 없어 상증세법상 평가방법으로 신고한 경우에도 과세당국이 사후에 소급감정가액으로 과세 집행한다면 과세당국의 소급감정가액이라는 변수로 인하여 조세채권채무 관계에 있어 부과제척기간 도과 시까지 항상 불안정한 상태에 놓이게 되어 법적 안정성을 저해할 우려가 있음

○ 또한, 소급 감정가액을 시가로 인정하게 되면 납세자 또는 과세관청은 시가를 파악하기 위해서 개별적으로 소급감정의 방법에 의존할 수밖에 없어 감정수수료가 소요되는 감정평가를 위해 불필요한 예산과 납세협력 비용이 발생할 수 있으므로

- 법적 안정성을 높이고 조세 집행상의 혼란을 방지하기 위하여 「법인세법」상 시가 산정시 납세자에 의한 소급감정가액 뿐만 아니라 과세당국에 의한 소급감정가액도 시가로 인정하지 않음이 타당함

Ⅳ. 검토 의견

○ 상기와 같이, 청구법인이 조합원으로부터 현물출자 받은 쟁점부동산의 취득가액을 관리처분계획인가일(2014.9.19.) 기준으로 재조사 한바, 소급감정한 쟁점감정가액의 결정원인인 기타요인(보정치)이 토지 매매사례가액과 재개발 구역 인근 지가수준 반영이 과다한 것으로 확인됨

○ 관리처분계획인가일 전ㆍ후 6개월 이내의 감정평가가액이 존재하지 않는 등 신빙성 있는 객관적이고 합리적인 감정평가 가액이 불분명하며, 감정평가 가액이 불분명한 경우 「법인세법」상 시가적용 원칙(매매사례가액→ 감정평가액→ 상증법상 평가방법)에 따라, 순차적으로 상증세법상 평가방법을 적용하면 오히려 당초 감정가액보다 낮은 취득가액으로 평가(토지: 공시지가, 건물: 기준시가)해야 타당하나,

- 「국세기본법」 제79조【불고불리, 불이익변경금지】, 제80조【결정의 효력】에 따라, 쟁점부동산의 취득가액은 사업시행인가일(2008.11.18.) 기준의 당초감정가액이 적정하다고 판단됨

(3) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 먼저 쟁점①에 대하여 살피건대, 쟁점부동산의 취득가액을 관리처분계획인가일 기준으로 재조사하라는 당초 재조사결정서의 주문내용으로 볼 때, 적정시가를 확인.조사하는 방법으로 반드시 감정평가방법에 한정한 것은 아니라고 보이는 한편, 쟁점감정가액을 정당한 시가로 인정하기 어려운 것으로 보아 상증세법상 보충적 평가방법을 적용하여 쟁점부동산의 취득가액을 산출하였으나, 이를 적용할 경우 청구법인에게 불리한 결과가 초래되어 부득이 당초감정가액을 쟁점부동산의 취득가액으로 인정한 것으로 나타나는 점 등에 비추어 이 건 재조사 결과 통지가 재조사 심판결정의 기속력에 저촉된다는 청구주장을 받아들이기는 어려운 것으로 판단된다.

다음으로 쟁점②에 대해 살피건대, 처분청은 쟁점감정가액은 취득시기로부터 5년 8개월이 경과한 이후에 소급하여 감정평가한 것으로 객관적이고 합리적인 쟁점부동산의 시가로 인정하기 어렵다는 의견이나, 청구법인은 쟁점부동산의 취득시기가 당초 사업시행인가일에서 관리처분계획인가일로 변경 해석.적용됨에 따라 쟁점부동산의 취득가액을 정상적으로 반영하기 위하여 그 기간 동안의 지가변동 등을 감안하여 쟁점감정가액으로 감정평가한 것으로 보이는 점, 「감정평가 및 감정평가사에 관한 법률」에 따른 감정기관들이 평가한 쟁점감정가액에 달리 객관성 및 합리성이 부족하다거나 충분한 검토가 없었다고 볼 만한 사정은 나타나지 아니하는 점, 쟁점감정가액은 당초감정가액과 비교하여 기타요인을 제외하면 거의 동일한 조건으로 평가된 것이고, 감정평가 시 참고된 매매사례(OOO원/㎡~OOO원/㎡)에 비추어 쟁점감정가액이 과다하게 소급평가된 것이라 단정하기는 어려워 보이는 점, 청구법인이 쟁점감정가액을 제시한 반면, 처분청은 쟁점감정가액보다 객관적이고 합리적으로 보이는 관리처분계획인가일 현재의 시가를 제시하지 못하고 있는 점 등에 비추어 쟁점부동산의 취득가액을 산정함에 있어 쟁점감정가액을 관리처분계획인가일 현재의 시가에서 배제하여 청구법인의 경정청구를 거부한 이 건 처분은 잘못이 있는 것으로 판단된다(조심 2023서10322, 2024.7.10. 같은 뜻임).

4.결론

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 있으므로 「국세기본법」제80조의2 및 제65조 제1항 제3호에 의하여 주문과 같이 결정한다.

＜별지＞ 조심 2021부2861(2021.9.8.) 결정문 일부내용

[주문] 동래세무서장이 2021.1.8. 청구법인에게 한 경정청구 거부처분은 청구법인이 조합원으로부터 현물출자받은 토지 및 건물의 취득가액을 관리처분계획인가일(2014.9.19.) 기준으로 재조사하여 그 결과에 따라 과세표준과 세액을 경정한다.

[쟁점] 청구법인이 조합원으로부터 현물출자받은 토지 및 건물의 취득가액을 관리처분계획인가일 기준으로 평가한 쟁점감정가액으로 하여야 한다는 청구주장의 당부

[판단] (가) 먼저 조합원이 현물출자한 부동산의 취득시기가 언제인지 보면, 「법인세법 시행령」제68조 제1항 제3호는 상품 등 외의 자산의 취득시기를 대금청산일, 소유권이전등기일, 사용수익일 중 빠른 날로 규정하고 있으므로 신탁등기를 하지 아니한 이 건의 경우 사용수익일인 관리처분계획인가일을 취득시기로 봄이 타당하다 할 것이다(조심 2019부3460, 2020.5.15. 등 같은 뜻임). (나) 다음으로 종전감정가액과 쟁점감정가액 중 어느 것이 취득가액(시가)에 부합하는지를 보면, 처분청은 종전감정가액이 시가로서 적정하다는 의견이나, 재개발 사업에 출자된 부동산의 시가는 사업이 시행된다는 것을 전제로 한 개발이익이 포함된 가격으로 평가하여야 할 것인데(대법원 2009.3.26. 선고 2008다21549 판결, 같은 뜻임), 종전감정가액은 관리처분계획인가일 현재의 개발이익이 포함되어 있다고 볼 수는 없으므로 시가로 보기 어렵고, 청구법인은 쟁점감정가액이 시가에 부합한다고 주장하나, 청구법인이 제출한 감정평가표(2020년 7월 작성)만으로는 쟁점감정가액을 객관적이고 합리적으로 평가된 시가로 인정하기에 불충분한 측면이 있다 하겠다. 따라서 처분청이 관리처분계획인가일을 기준으로 취득가액(시가)을 재조사하여 그 결과에 따라 과세표준과 세액을 경정하는 것이 타당하다고 판단된다.