부가가치세액등의 귀속이 불분명하다는 사실에 대한 입증책임은 처분청에 있는 점, 처분청은 조사청이 쟁점세금계산서의 수수와 관련한 쟁점거래처의 매출과세표준 및 매출세액을 각각 감액경정한 후, 부가가치세액등이 청구법인에게 다시 반환되었다거나 당시 대표자에게 귀속되었음을 입증할 만한 다른 자료를 제시하지 못하는 점 등에 비추어 처분청이 한 이 건 소득금액변동통지 처분 중 실제 귀속자가 확인되는 부가가치세액등을 청구법인의 대표자에 대한 상여로 소득처분하여 소득금액변동통지를 한 부분은 잘못이 있는 것으로 판단됨

이유

1. 처분개요 가. 청구법인은 1985.4.10. 설립된 이래 상하수도 설비공사 등 건설업을 영위하고 있고, 2015년 제2기부터 2016년 제2기까지의 부가가치세 과세기간 동안 제일건기(이하 “쟁점거래처”라 한다)로부터 공급가액 합계액 OOO원의 매입세금계산서 74매(이하 “쟁점세금계산서”라 한다)를 수취한 후, 이를 포함하여 각 과세기간에 대한 부가가치세 및 법인세를 신고.납부하였다. 나. 쟁점거래처를 관할하는 천안세무서장(이하 “조사청”이라 한다)은 2021.8.5.부터 2021.11.5.까지 쟁점거래처의 2015년 제2기~2016년 제2기 과세기간에 대한 부가가치세 조사(범칙조사 전환)를 실시한 결과, 쟁점거래처가 위 과세기간 동안 청구법인에게 쟁점세금계산서를 발급하고, 공급대가 합계액 OOO원(2015년 귀속분 OOO 원, 2016년 귀속분 OOO원, 이하 “쟁점금액”이라 한다)을 자신의 사업용 계좌로 수취한 후, 그 입금 당일에 쟁점금액을 청구법인의 사내이사 a(지분 30.0% 보유, 이하 “a”이라 한다)의 계좌로 송금하였다가 다시 a의 계좌에서 부가가치세액 및 수수료(이하 “부가가치세액등”이라 한다)를 입금받은 것으로 확인되어 쟁점세금계산서를 실물거래 없이 가공으로 수수(이하 “쟁점거래”라 한다)한 것으로 보아, 관련 자료를 처분청에 통보하였다. 다. 처분청은 이에 따라「국세기본법」제47조의3 제1항 제1호 등을 적용하여 2023.8.1. 청구법인에게 2015년 제2기~2016년 제2기 부가가치세 합계 OOO원(2015년 제2기분 OOO원, 2016년 제1기분 OOO원, 2016년 제2기분 OOO원) 및 2015~2016사업연도 법인세 합계 OOO원(2015사업연도분 OOO원, 2016사업연도분 OOO원)을 각각 경정ㆍ고지하고, 2023.8.10. 쟁점거래에 따른 쟁점금액이 사외유출되었으나 그 귀속이 불분명한 것으로 보아, 해당 사업연도 당시 대표자 c에 대한 상여로 소득처분하여 소득금액변동통지를 하였다. 라. 청구법인은 이에 불복하여 2023.8.25. 이의신청을 거쳐 2023.10. 20. 심판청구를 제기하였다. 2. 청구법인 주장 및 처분청 의견 가. 청구법인 주장 (1) 청구법인은 쟁점세금계산서를 정상적으로 수취한 후 거래대금 또한 적법하게 지급하였고, 해당 거래대금에 대한 이체내역 등이 존재하므로 쟁점거래는 가공거래에 해당하지 않아 이 건 처분은 부당하다. (2) 청구법인은 법정신고기한 내에 쟁점거래를 포함한 부가가치세 및 법인세를 정상 신고하였으므로 5년의 부과제척기간을 적용받아야 하는데, 그 제척기간을 경과하여 부가가치세 및 법인세를 부과한 이 건 처분은 부당하다. (3) 청구법인은 2017년경 처분청으로부터 2015사업연도에 대한 법인세 조사를 받았으므로, 2015년 제2기 부가가치세 OOO원, 2015사업연도 법인세 OOO원 및 2015년 귀속분 소득금액변동통지금액 OOO원은 중복조사에 따른 것으로「국세기본법」제81조의4 제2항의 세무조사권 남용 금지의 원칙에 반한다. (4) 부정행위로 인한 과소신고가산세 적용 시 ‘사기 그 밖의 부정한 행위’란 조세의 부과와 징수를 불가능하게 하거나 현저히 곤란하게 하는 위계 기타 부정한 적극적인 행위를 말하는데, 청구법인은 쟁점세금계산서를 수취한 후 그 대금을 지급하는 등 ‘사기 그 밖의 부정한 행위’ 등을 하지 않았으므로, 이 건 처분에 있어 부당과소신고가산세가 아닌 일반과소신고가산세를 적용하여야 한다. (5) 청구법인은 a이 쟁점거래처로부터 반환받은 쟁점금액 상당액을 법인의 사업용 계좌로 회수하여 법인 업무에 직접 사용하는 등 사외로 유출된 일이 없는바, 동 금액의 귀속이 불분명하다는 이유로 대표자에 대한 상여로 소득처분하여 소득금액변동통지한 이 건 처분은 부당하다. 나. 처분청 의견 (1) 청구법인은 쟁점세금계산서를 수취하고 그 공급대가인 쟁점금액을 쟁점거래처에게 송금한 후, a의 계좌로 이를 반환받았다가 쟁점거래처에 부가가치세액등을 다시 송금하게 된 경위 등에 대하여 객관적이고 구체적으로 소명하지 못하고 있고, 조사청의 쟁점거래처(대표자 b 포함)에 대한「조세범 처벌법」위반혐의 고발사건이 법원에 정식 기소된 점 등을 감안할 때, 쟁점거래를 가공거래로 보아 청구법인에게 부가가치세 및 법인세를 부과한 이 건 처분은 정당하다. ＜청구법인과 쟁점거래처 간 쟁점금액에 대한 수수내역(일부 발췌)＞

○ 2015.11.16. 거래분 - 청구법인 -＞ 쟁점거래처 : OOO원 송금 - 쟁점거래처 -＞ a : OOO원 반환 - a -＞ 쟁점거래처 : OOO원(부가가치세) 및 OOO원(2.73%) 재송금 ○ 2015.12.15. 거래분 - 청구법인 -＞ 쟁점거래처 : OOO원 송금 - 쟁점거래처 -＞ a : OOO원 반환 - a -＞ 쟁점거래처 : OOO원(부가가치세) 및 OOO원(2.73%) 재송금

(2) 청구법인은 본 건 처분이 쟁점거래가 이루어진 후 국세부과의 제척기간(5년)이 경과한 뒤에 있었으므로 위법한 처분이라고 주장하나, 청구법인이 가공의 쟁점세금계산서를 수취한 후 부가가치세 매입세액을 부당하게 공제받고 가공의 필요경비를 계상하여 법인세를 포탈한 것은 처분청의 부과권 행사를 곤란하게 하는 적극적인 행위로 ‘사기 그 밖의 부정한 행위’에 해당하므로,「국세기본법」제47조의3 제1항 제1호의 국세의 부과제척기간(10년)을 적용하여 부가가치세 및 법인세를 부과한 이 건 처분은 정당하다. (4) 청구법인은 쟁점거래처와 공모하여 의도적으로 실물거래 없이 가공의 쟁점세금계산서를 수취한 후 쟁점거래에 대한 형식적인 증빙을 갖추기 위하여 쟁점거래처에게 쟁점금액을 결제하고 다시 되돌려 받는 등의 행위를 하였는바, 이는 조세의 부과와 징수를 불가능하게 하거나 현저히 곤란하게 하는 적극적인 행위로 ‘사기 그 밖에 부정한 행위’에 해당하므로 부당과소신고가산세(40%)를 적용하여 부가가치세 및 법인세를 부과한 이 건 처분은 정당하다. (5) 청구법인은 쟁점금액을 대표자에 대한 상여로 소득처분하여 소득금액변동통지를 한 이 건 처분이 부당하다고 주장하나, 해당 법인이 가공의 비용을 장부에 계상한 경우 특별한 사정이 없는 한 그 가공비용 전액 상당의 법인 수익이 사외로 유출된 것으로 보아야 하고, 이 경우 가공비용이 사외로 유출된 것이 아니라고 볼 만한 특별한 사정 등을 해당 법인이 입증하여야 하고(대법원 2002.12.6. 선고 2001두2560 판결 등 참조), 사외로 유출되지 않았음을 입증할 수 있는 객관적이고 구체적인 증빙을 제시하지 못하는 경우 그 금액의 지출 자체가 사외유출에 해당하는 것으로 보고 그 귀속이 불분명한 경우 대표자에게 귀속된 것으로 보아야 하며(조심 2019중3043, 2020.3.12. 등 참조), 가공비용 상당액을 가수금으로 계상한 경우 해당 가수금이 명목상으로만 계상한 가공부채라는 등의 특별한 사정이 없는 이상에는 그 상대계정인 현금이 일단 법인에 들어온 것으로 회계처리를 하였다고 하더라도 동 가수금은 법인이 대표이사에게 변제하여야 할 별도 채무가 되는 것이므로, 가공비용 상당액을 법인의 업무에 사용되었는지 여부에 불구하고 가공비용 상당액을 가수금으로 계상하는 그 시점에서 동 금액을 대표자에 대한 상여로 소득처분하는 것(대법원 2002.1. 11. 선고 2000두3726 판결 참조)이다. 또한「법인세법 시행령」제106조 제4항은 “내국법인이「국세기본법」제45조의 수정신고 기한 내에 매출누락, 가공경비 등 부당하게 사외유출된 금액을 회수하고 세무조정으로 익금에 산입하여 신고하는 경우의 소득처분은 사내유보로 한다. 다만, 다음 각 호의 어느 하나에 해당되는 경우로서 경정이 있을 것을 미리 알고 사외유출된 금액을 익금산입하는 경우에는 그러하지 아니하다”고 규정하고 있는바, 청구법인은 공동 대표자인 a으로부터 쟁점금액 상당액을 회수하여 장부상 가수금으로 회계처리하였으나, 해당 가수금이 명목상 계상한 가공부채라는 등 특별한 사정을 입증하지 못하고 있고, 수정신고 등을 하지 않았으므로, 그 귀속이 불분명한 것으로 보아 대표자에 대한 상여로 소득처분하여 소득금액변동통지한 이 건 처분은 정당하다. 3. 심리 및 판단 가. 쟁점 ① 쟁점거래가 가공거래에 해당하는지 여부 ②쟁점거래는 국세부과의 제척기간(5년)이 경과하였다는 청구주장의 당부 ③ 이 건 처분(2015년 제1기)이 세무조사권 남용 금지의 원칙에 반하는지 여부 ④ 이 건 처분 시 부당과소신고가산세 적용은 부당하다는 청구주장의 당부 ⑤ 쟁점금액이 사외유출되지 않았고, 당시 대표자에게 실제 귀속되지 않았다는 청구주장의 당부 나. 관련 법령 (1) 국세기본법(2019.12.31. 법률 제16841호로 개정되기 전의 것) 제26조의2(국세 부과의 제척기간) ① 국세는 다음 각 호에 규정된 기간이 끝난 날 후에는 부과할 수 없다. 다만, 조세의 이중과세를 방지하기 위하여 체결한 조약(이하 "조세조약"이라 한다)에 따라 상호합의 절차가 진행 중인 경우에는「국제조세조정에 관한 법률」제25조에서 정하는 바에 따른다. 1. 납세자가 대통령령으로 정하는 사기나 그 밖의 부정한 행위(이하 "부정행위"라 한다)로 국세를 포탈(逋脫)하거나 환급·공제받은 경우에는 그 국세를 부과할 수 있는 날부터 10년간[역외거래{「국제조세조정에 관한 법률」제2조 제1항 제1호에 따른 국제거래(이하 "국제거래"라 한다) 및 거래 당사자 양쪽이 거주자(내국법인과 외국법인의 국내사업장을 포함한다)인 거래로서 국외에 있는 자산의 매매·임대차, 국외에서 제공하는 용역과 관련된 거래를 말한다. 이하 같다}에서 발생한 부정행위로 국세를 포탈하거나 환급·공제받은 경우에는 15년간]. 이 경우 부정행위로 포탈하거나 환급·공제받은 국세가 법인세이면 이와 관련하여「법인세법」제67조에 따라 처분된 금액에 대한 소득세 또는 법인세에 대해서도 그 소득세 또는 법인세를 부과할 수 있는 날부터 10년간(역외거래에서 발생한 부정행위로 법인세를 포탈하거나 환급·공제받아「법인세법」제67조에 따라 처분된 금액에 대한 소득세 또는 법인세의 경우에는 15년간)으로 한다. 제47조의3(과소신고ㆍ초과환급신고가산세) ① 납세의무자가 법정신고기한까지 세법에 따른 국세의 과세표준 신고를 한 경우로서 납부할 세액을 신고하여야 할 세액보다 적게 신고(이하 이 조 및 제48조에서 “과소신고”라 한다)하거나 환급받을 세액을 신고하여야 할 금액보다 많이 신고(이하 이 조 및 제48조에서 “초과신고”라 한다)한 경우에는 과소신고한 납부세액과 초과신고한 환급세액을 합한 금액(이 법 및 세법에 따른 가산세와 세법에 따라 가산하여 납부하여야 할 이자 상당 가산액이 있는 경우 그 금액은 제외하며, 이하 “과소신고 납부세액등”이라 한다)에 다음 각 호의 구분에 따른 산출방법을 적용한 금액을 가산세로 한다. 1. 부정행위로 과소신고하거나 초과신고한 경우 : 다음 각 목의 금액을 합한 금액 가. 부정행위로 인한 과소신고 납부세액등의 100분의 40(역외거래에서 발생한 부정행위로 인한 경우에는 100분의 60)에 상당하는 금액 나. 과소신고 납부세액등에서 부정행위로 인한 과소신고납부세액등을 뺀 금액의 100분의 10에 상당하는 금액 2. 제1호 외의 경우 : 과소신고 납부세액등의 100분의 10에 상당하는 금액 제81조의4(세무조사권 남용 금지) ① 세무공무원은 적정하고 공평한 과세를 실현하기 위하여 필요한 최소한의 범위에서 세무조사(「조세범 처벌절차법」에 따른 조세범칙조사를 포함한다. 이하 이 조에서 같다)를 하여야 하며, 다른 목적 등을 위하여 조사권을 남용해서는 아니 된다. ② 세무공무원은 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우가 아니면 같은 세목 및 같은 과세기간에 대하여 재조사를 할 수 없다. 1. 조세탈루의 혐의를 인정할 만한 명백한 자료가 있는 경우 2. 거래상대방에 대한 조사가 필요한 경우 3. 2개 이상의 과세기간과 관련하여 잘못이 있는 경우 4. 제65조 제1항 제3호 단서(제66조 제6항과 제81조에서 준용하는 경우를 포함한다) 또는 제81조의15 제5항 제2호 단서에 따른 재조사 결정에 따라 조사를 하는 경우(결정서 주문에 기재된 범위의 조사에 한정한다) 5. 납세자가 세무공무원에게 직무와 관련하여 금품을 제공하거나 금품제공을 알선한 경우 6. 제81조의11 제3항에 따른 부분조사를 실시한 후 해당 조사에 포함되지 아니한 부분에 대하여 조사하는 경우 7. 그 밖에 제1호부터 제6호까지와 유사한 경우로서 대통령령으로 정하는 경우 (2) 국세기본법 시행령 제12조의2(부정행위의 유형 등) ① 법 제26조의2 제2항 제2호 전단에서 “대통령령으로 정하는 사기나 그 밖의 부정한 행위”란「조세범 처벌법」제3조 제6항에 해당하는 행위를 말한다. (3) 조세범 처벌법 제3조(조세 포탈 등) ⑥ 제1항에서 “사기나 그 밖의 부정한 행위”란 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 행위로서 조세의 부과와 징수를 불가능하게 하거나 현저히 곤란하게 하는 적극적 행위를 말한다. 1. 이중장부의 작성 등 장부의 거짓 기장 2. 거짓 증빙 또는 거짓 문서의 작성 및 수취 3. 장부와 기록의 파기 4. 재산의 은닉, 소득·수익·행위·거래의 조작 또는 은폐 5. 고의적으로 장부를 작성하지 아니하거나 비치하지 아니하는 행위 또는 계산서, 세금계산서 또는 계산서합계표, 세금계산서합계표의 조작 6.「조세특례제한법」제5조의2 제1호에 따른 전사적 기업자원 관리 설비의 조작 또는 전자세금계산서의 조작 7. 그 밖에 위계(僞計)에 의한 행위 또는 부정한 행위 (4) 부가가치세법 제39조(공제하지 아니하는 매입세액) ① 다음 각 호의 매입세액은 매출세액에서 공제하지 아니한다. 1. 매입처별 세금계산서합계표를 제출하지 아니한 경우의 매입세액 또는 제출한 매입처별 세금계산서합계표의 기재사항 중 거래처별 등록번호 또는 공급가액의 전부 또는 일부가 적히지 아니하였거나 사실과 다르게 적힌 경우 그 기재사항이 적히지 아니한 부분 또는 사실과 다르게 적힌 부분의 매입세액 (5) 법인세법 제67조(소득처분) 다음 각 호의 법인세 과세표준의 신고ㆍ결정 또는 경정이 있는 때 익금에 산입하거나 손금에 산입하지 아니한 금액은 그 귀속자 등에게 상여(賞與)ㆍ배당ㆍ기타사외유출(其他社外流出)ㆍ사내유보(社內留保) 등 대통령령으로 정하는 바에 따라 처분한다. (6) 법인세법 시행령 제106조(소득처분) ① 법 제67조에 따라 익금에 산입한 금액은 다음 각 호의 구분에 따라 처분한다. 비영리내국법인과 비영리외국법인에 대해서도 또한 같다. 1. 익금에 산입한 금액이 사외에 유출된 것이 분명한 경우에는 그 귀속자에 따라 다음 각 목에 따라 배당, 이익처분에 의한 상여, 기타소득, 기타사외유출로 할 것. 다만, 귀속이 불분명한 경우에는 대표자에게 귀속된 것으로 본다. ④ 내국법인이「국세기본법」제45조의 수정신고기한 내에 매출누락, 가공경비 등 부당하게 사외유출된 금액을 회수하고 세무조정으로 익금에 산입하여 신고하는 경우의 소득처분은 사내유보로 한다. 다만, 다음 각 호의 어느 하나에 해당되는 경우로서 경정이 있을 것을 미리 알고 사외유출된 금액을 익금산입하는 경우에는 그러하지 아니하다. 1. 세무조사의 통지를 받은 경우 2. 세무조사가 착수된 것을 알게 된 경우 3. 세무공무원이 과세자료의 수집 또는 민원 등을 처리하기 위하여 현지출장이나 확인업무에 착수한 경우 4. 납세지 관할세무서장으로부터 과세자료 해명 통지를 받은 경우 5. 수사기관의 수사 또는 재판 과정에서 사외유출 사실이 확인된 경우 6. 그 밖에 제1호부터 제5호까지의 규정에 따른 사항과 유사한 경우로서 경정이 있을 것을 미리 안 것으로 인정되는 경우 다. 사실관계 및 판단 (1) 청구법인 및 처분청이 제시한 심리자료에 따르면, 다음과 같은 사실들이 확인된다. (가) 청구법인의 2015년 제2기부터 2016년 제2기까지의 부가가치세 과세기간 동안 세금계산서 수수내역은 아래 ＜표1＞과 같다. ＜표1＞ 청구법인의 세금계산서 수수내역 (단위 : 원)

과세기간	구분	공급가액	쟁점거래처 공급가액
2015년 제2기	매출	OOO
	매입	OOO	OOO
2016년 제1기	매출	OOO
	매입	OOO	OOO
2016년 제2기	매출	OOO
	매입	OOO	OOO
합계	매출	OOO
	매입	OOO	OOO

(나) 청구법인의 대표이사 변경이력은 아래 ＜표2＞와 같다. ＜표2＞ 청구법인의 대표이사 변경이력

변경일	변경 전	변경 후	비고
∼2017.1.8.	c
2017.1.9.∼2021.12.13.	c	d
2021.12.14.∼2023.10.19.	d	d, a	공동대표
2023.10.20.	d, a	a

(다) a은 2014.1.1. 청구법인의 사내이사(지분 16.5% 취득)로 취임한 후 2021.12.14. 공동대표로 취임하였다가 2023.10.20. 단독 대표이사로 재직 중에 있고, 주식변동상황명세서(아래 ＜표3＞ 참조)상 2015사업연도에 변동 상황이 없다가 2016사업연도에 지분 13.5%를 취득한 것으로 나타난다. ＜표3＞ 청구법인의 2016사업연도 말 주식변동상황명세서 (단위 : 주, %)

주주	기초		증가		감소	기말
	주식수	지분율	유상증자	양수	양도	주식수	지분율
c	81,000	45.0	9,000		12,000	78,000	39.0
d	32,400	18.0	3,600	26,000		62,000	31.0
a	29,700	16.5	6,300	24,000		60,000	30.0
e	32,400	18.0	600	0	33,000	0
f	4,500	2.5	500	0	5,000	0
합계	180,000	100.0	20,000	50,000	50,000	200,000	100.0

(라) 조사청의 쟁점거래처에 대한 세무조사 종결보고서상 주요내용(청구법인과 쟁점거래처 간 금융거래내역 포함, 아래 ＜표4＞ 참조)은 다음과 같고, 조사청은 쟁점거래를 가공자료로 확정하고「조세범처벌절차법」제17조에 따라 쟁점거래처를 사법기관에 고발하였으며, 이 건 관련 자료를 처분청에 통보한 것으로 나타난다. ＜조사청의 쟁점거래처에 대한 조사종결보고서상 주요내용＞

○ 청구법인에서는 쟁점거래처와 2015년 제2기∼2016년 제2기 굴삭기 임대 및 현장 발생 잔토 운반 등 용역을 거래하였다고 소명하며 쟁점세금계산서와 금융거래내역을 제출하였고 정상거래임을 주장함. ○ 조사업체(쟁점거래처)의 금융거래내역을 보면, 청구법인에서 거래대금이 조사업체의 계좌(농협 OOO)로 입금된 후 a(KB국민은행 OOO)에게 전액 출금되고 같은 날 조사업체의 계좌(기업은행 OOO)로 부가가치세 및 수수료 명목으로 부가가치세액등이 a으로부터 입금되는 것이 확인되는 것으로 보아 쟁점세금계산서를 실물거래 없이 금융거래내역만 갖추기 위하여 입출금한 것으로 판단되므로 전액 가공확정함.

＜표4＞ 청구법인과 쟁점거래처 간 금융거래내역 ○ 2015년 제2기분(부가가치세등 : OOO원 포함) (단위 : 원) OOO ○ 2016년 제1기분(부가가치세등 : OOO원 포함) (단위 : 원) OOO ○ 2016년 제2기분(부가가치세등 : OOO원 포함) (단위 : 원) OOO (마) 처분청은 위 통보에 따라 청구법인에게 쟁점세금계산서 수수 와 관련한 부가가치세 해명자료 제출 안내를 하였고, 청구법인은 쟁점거래는 정상거래이고 법정신고기한 내에 부가가치세 및 법인세를 정상 신고하였으므로 5년의 부과제척기간이 경과되었다는 등의 내용으로 소명한 것으로 나타난다. (바) 위 청구법인의 소명자료에 대한 처분청의 과세자료처리보고서상 주요내용은 다음과 같다. ＜처분청의 과세자료처리보고서상 주요내용＞

가공비용 계상으로 사외유출된 쟁점금액에 대하여 자기시정의 기회를 부여하고자 하는 취지인 법인세법 시행령 제106조 제4항에 따라 쟁점금액을 회수하고 세무조정으로 익금산입하여 수정신고한 경우에 해당하지 않음(조심 2009서2852, 2009.10.20. 참조). 청구법인의 사업용계좌에 입금되어 계상된 가수금이 명목상 계상한 가공부채임이 객관적이고 구체적인 증빙에 의하여 입증되지 않고, a 계좌에 의하여 쟁점거래처 관련 입출금 외에도 고액의 입출금 등이 계속적으로 있는 것(가수금 반제 등 가수금 잔액 변동)으로 보아 가공비용 상당액인 쟁점금액은 사외유출에 해당하며, 그 실질 귀속이 확인되지 않는바 당시 대표자인 c에게 상여로 소득처분함이 타당함.

(2) 청구법인은 다음과 같이 추가 자료 등을 제시하면서 이 건 처분이 부당하다고 항변한다. (가) 청구법인은 2014∼2022사업연도 매출액의 규모가 수백억원에서 천억원대에 달하는데, 2015년 제2기∼2016년 제2기 부가가치세 과세기간 동안에 쟁점세금계산서를 가공으로 수수할 이유가 없다고 항변한다. (나) 청구법인은 a의 금융거래내역(국민은행 OOO) 3매, 가수금 전표 4매 및 a의 확인서(2023.4.21. 작성) 등을 제시하면서, 청구법인은 a이 쟁점거래처로부터 반환받은 쟁점금액을 법인의 사업용 계좌로 회수한 후, 동 금액을 ‘가수금’으로 회계처리하였고, a이 동 금액을 청구법인으로부터 반환받지 않을 것이라는 등의 내용으로 확인하고 있으므로, 쟁점금액을 대표자에 대한 상여로 소득처분하여 소득금액변동통지한 이 건 처분은 부당하다고 항변한다. ＜a의 확인서상 주요내용(일부 발췌)＞

상기 본인은 조사청의 부가가치세 해명자료 제출과 관련하여 당시 이사로 재직하였고, 쟁점거래 시 위장가공 등올 쟁점세금계산서를 발급한 일이 전혀 없고, 쟁점금액을 청구법인에 입금하였던바, 쟁점금액은 청구법인의 자금으로 앞으로도 받지 아니할 금액임.

(3) 심리자료 등에 의하면, 처분청은 2017년경 청구법인의 2015사업연도에 대한 법인세 (정기)조사를 실시하였으나, 쟁점세금계산서의 수수에 대한 가공 등 혐의를 발견하지 못하였던 것으로 나타난다. (4) 처분청이 제시한 ‘법인세 집행기준’은 다음과 같다.

○ 법인세 집행기준 67-106-11(매출누락액 등의 상여처분) ① 각 사업연도의 소득금액 계산상 익금에 산입하는 매출누락액 등의 금액은 다음 각 호에 게기하는 경우를 제외하고는 그 총액(부가가치세 등 간접세를 포함한다)을 영 제106조에 따라 처분한다. 1. 외상매출금 계상누락 2. 매출누락액의 사실상 귀속자가 별도로 부담한 동 매출누락액에 대응하는 원가상당액으로서 부외처리되어 법인의 손금으로 계상하지 아니하였음이 입증되는 금액

(5) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 살펴본다. (가) 먼저 쟁점①에 대하여 살피건대, 청구법인은 쟁점거래가 정상거래에 해당한다고 주장하나, 조사청이 쟁점세금계산서를 가공으로 수수한 것으로 보아 가공자료로 확정한 후「조세범 처벌절차법」제17조에 따라 쟁점거래처를 사법기관에 고발한 점, 청구법인이 쟁점거래처에게 지급한 쟁점금액을 청구법인의 이사 a 명의의 계좌로 전액 되돌려 받은 것으로 나타나는 점, 청구법인은 쟁점세금계산서 수수와 관련하여 재화 또는 용역의 실물거래가 있었음을 뒷받침하는 자료를 제시하지 못하는 점 등에 비추어, 청구주장을 받아들이기는 어렵다고 판단된다. (나) 다음으로 쟁점②에 대하여 살피건대, 청구법인은 쟁점거래에 대하여 5년의 국세의 부과제척기간을 적용하여야 한다고 주장하나, 「국세기본법」제26조의2 제2항은 대통령령으로 정하는 사기나 그 밖의 부정한 행위로 국세를 포탈한 경우 국세부과의 제척기간을 그 국세를 부과할 수 있는 날부터 10년으로 규정하고 있는 점, 청구법인은 가공의 쟁점세금계산서를 수취하여 부가가치세 신고 시 매입세액을 부당하게 공제받고 가공의 필요경비를 계상하여 법인세를 탈루하는 등 이는 과세관청의 부과권 행사를 곤란하게 하는 것에 해당하는 점 등에 비추어, 청구주장을 받아들이기는 어렵다고 판단된다. (다) 다음으로 쟁점③에 대하여 살피건대, 청구법인은 2017년경 처분청으로부터 2015사업연도에 대한 법인세 조사를 받았으므로 이 건의 2015년 제2기분에 해당하는 부가가치세 등에 대한 조사는 중복조사에 해당한다고 주장하나, 조사청이 쟁점세금계산서 수수에 대하여 가공자료로 확정하여 처분청에 관련 자료를 통보하였는바 이는「국세기본법」제81조의4 제2항 제1호의 ‘조세탈루의 혐의를 인정할 만한 명백한 자료가 있는 경우’에 해당하므로 ‘재조사가 금지되는 세무조사’의 범위에 포함되지 않는 점, 처분청이 조사청으로부터 관련 자료를 수보한 후 청구법인에게 한 과세자료 해명안내는 단순 안내절차로서 세무조사로 볼 수 없는 점 등에 비추어, 청구주장을 받아들이기는 어렵다고 판단된다. (라) 다음으로 쟁점④에 대하여 살피건대, 청구법인은 이 건 처분 시 부당과소신고가산세를 적용하는 것은 부당하다고 주장하나,「국세기본법」제47조의3 제1항의 ‘부정행위’로 과소신고한 경우 100분의 40에 상당하는 금액을 가산세로 가산한다고 규정되어 있는 점, 청구법인이 가공의 쟁점세금계산서를 수취한 후 부가가치세 및 법인세를 과소신고한 행위는 위 가산세가 적용되는 부정행위에 해당하는 것으로 보이는 점 등에 비추어, 청구주장을 받아들이기는 어렵다고 판단된다. (마) 다음으로 쟁점⑤에 대하여 살피건대, 청구법인은 a으로부터 쟁점금액 상당액을 법인의 사업용 계좌로 회수하여 법인 업무에 직접 사용하는 등 사외로 유출된 일이 없다고 주장하나, 청구법인이 제시한 가수금 전표만으로는 a이 청구법인에 입금된 금액(가수금)과 청구법인이 a 계좌에 입금한 금액(가수금 반제 등)에 대한 변동내역이 불분명하고, 쟁점금액에 대한 가수금 계상이 명목상 가공부채라고 단정하기 어려운 점, 청구법인이 쟁점금액을 가수금으로 계상한 이상, a의 청구법인에 대한 채권의 보유로 기장한 것으로 이를 언제라도 인출할 수 있는 것이어서 이미 사외로 유출되었다고 보는 것이 타당해 보이는 점(조심 2013중4698, 2014.4.1., 조심 2008서3727, 2009.3.9. 참조),「법인세법 시행령」제106조 제4항은 수정신고기한 내에 가공경비 등 부당하게 사외유출된 금액을 회수하고 세무조정으로 익금에 산입하여 신고하는 경우에 한하여 소득처분을 사내유보로 한다고 규정하고 있는 점 등에 비추어, 청구주장을 받아들이기는 어렵다고 판단된다. 다만 처분청은 쟁점금액이 모두 사외유출되었고 그 귀속자가 불분명하므로 이를 대표자에게 상여로 소득처분하여 소득금액변동통지한 이 건 처분이 정당하다는 의견이나, 청구법인, 쟁점거래처 및 a 간 금융거래내역에 의하면, a이 쟁점금액에 포함되어 있던 부가가치세액등 합계 OOO원(2015년 제2기분 OOO원, 2016년 제1기분 OOO원, 2016년 제2기분 OOO원)을 자신의 계좌에서 쟁점거래처 대표자 b의 계좌로 입금한 후 청구법인(대표자)에게 반환되지 아니한 것으로 나타나는 점, b의 계좌로 입금된 부가가치세액등의 귀속이 불분명하다는 사실에 대한 입증책임은 처분청에 있는 점, 처분청은 조사청이 쟁점세금계산서의 수수와 관련한 쟁점거래처의 매출과세표준 및 매출세액을 각각 감액경정한 후, 부가가치세액등이 청구법인에게 다시 반환되었다거나 당시 대표자에게 귀속되었음을 입증할 만한 다른 자료를 제시하지 못하는 점 등에 비추어, 처분청이 한 이 건 소득금액변동통지처분 중 실제 귀속자가 확인되는 부가가치세등을 청구법인의 대표자에 대한 상여로 소득처분하여 소득금액변동통지한 부분은 잘못이 있는 것으로 판단된다. 4. 결론 이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 일부 이유 있으므로「국세기본법」제80조의2, 같은 법 제65조 제1항 제2호 및 제3호에 의하여 주문과 같이 결정한다.