이유
1. 처분개요 가. 청구인들은 아래 ＜표1＞과 같이 OOO(이하 “쟁점법인”이라 한다)의 주식 3,361주(이하 “쟁점주식”이라 한다)를 OOO 및 OOO에게 양도한 후 2013.12.30. 비상장주식 양도세율 20%를 적용하여 2013년 귀속 양도소득세 합계 OOO 및 지방소득세 합계 OOO을 신고·납부하였다. ＜표1＞ 청구인들의 쟁점주식 양도내역 (단위 : 주, 원) 나. 청구인들은 2014.11.7. 쟁점법인이 「소득세법」제104조 제1항 제11호 나목 및 같은 법 시행령 제167조의8에서 규정하는 중소기업에 해당한다고 보아 쟁점주식 양도에 대하여 양도세율 10%를 적용하여 과다납부된 양도소득세 OOO 및 지방소득세 OOO의 환급을 구하는 경정청구를 제기하자, OOO세무서장 및 처분청은 2015년 4월 경정청구 사유가 적정하다고 보아 해당 세액을 환급하였다. 다. OOO세무서장은 2019.4.29. 쟁점법인을 중소기업으로 볼 수 없다고 보아 쟁점주식 양도에 대하여 양도세율 20%를 적용하여 청구인들에게 2013년 귀속 양도소득세 합계 OOO을 경정·고지하였고, 이에 따라 처분청은 2019.5.8. 아래 ＜표2＞와 같이 청구인들에게 2013년 귀속 소득세분 지방소득세 합계 OOO을 부과·고지하였다. ＜표2＞ 청구인들에 대한 소득세분 지방소득세 부과내역 (단위 : %, 원) 라. 청구인들은 이에 불복하여 2019.7.4. 심판청구를 제기하였다. 2. 청구인들 주장 및 처분청 의견 가. 청구인들 주장 (1) 쟁점주식은 주식 양도일 현재 중소기업의 주식이므로 10%의 세율이 적용되어야 한다. (가) 처분청은 「중소기업기본법 시행령」제3조 제1항 제2호 나목에 근거하여 쟁점법인을 중소기업이 아니라고 보았으나, 해당 의견은 다음과 같은 이유로 부당하다. 「중소기업기본법 시행령」제3조의3 은 중소기업 여부의 판단 시점에 대하여 그 기업의 직전 사업연도의 상시근로자수등을 기준으로 하되 중소기업 여부의 적용기간은 직전 사업연도 말일에서 3개월이 경과한 날부터 1년간으로 하고(제1항), 중소기업 여부의 판단에 관한 세부 사항은 중소기업청장 고시인 “중소기업 범위 관련 운영요령”(이하 “쟁점고시”라 한다)에서 따로 정하도록 규정하고 있다(제2항). 시행령의 위임을 받은 쟁점고시 제3조 제1항 제1호는 직전 사업연도의 사업기간이 12개월 이상인 기업의 경우 직전 사업연도의 상시근로자수등이 영 제3조의 기준을 모두 갖춘 경우에는 직전 사업연도 말일에서 3개월이 경과한 날부터 1년간을 중소기업 적용기간으로 규정하고 있다. 그러나 쟁점고시 제3조 제2항 제2호는 “제1항에도 불구하고 상호출자제한기업집단에 속하는 경우 또는 자산총액이 OOO 이상인 기업이 100분의 30 이상을 직·간접적으로 소유한 최다출자자인 경우 해당 기업은 ‘해당 사유가 발생한 날부터’ 중소기업에 해당하지 아니한다.”라고 규정하여 직전 사업연도 기준이 아니라 해당 사유가 발생한 날을 기준으로 중소기업 여부를 판단하도록 하여 사유발생일 즉시 중소기업의 혜택에서 배제하도록 규정하고 있다. 그런데 이와는 반대의 경우로 어떤 기업이 당해 사업연도에 해당 사유가 해소되는 경우 해당 사유발생일에 이를 중소기업으로 볼 수 있는지와 관련하여, 독립성 기준을 만족하지 못하게 된 중소기업들의 혜택을 배제하고자 하는 쟁점고시의 취지를 고려하면 반대로 새롭게 독립성 기준을 충족하게 된 기업들에 대해서는 해당 사유가 발생한 날부터 중소기업에 해당한다고 해석하는 것이 타당하다. 예컨대 일방 기업이 직전 사업연도 기준으로는 독립성 기준을 충족하지 못하여 중소기업에 해당하지 않았지만 다음 연도에 (i) 상호출자제한기업집단에서 탈퇴하거나 (ii) 최다출자자가 자산총액 OOO 미만의 자 또는 30% 미만의 주식을 소유한 자로 변경되는 경우로서 출자관계를 해소하게 되는 경우에는 대기업집단이나 대기업에 준하는 집단이 자신이 사실상 지배하는 해당 기업을 통해 이익을 얻을 가능성이 사라지므로, 다시 독립성 요건을 충족한 위 기업에게 중소기업의 혜택을 부여하지 않을 이유가 없기 때문이다. 이러한 논리는 중소기업청이 발간한 「중소기업 범위해설」에서도 명시적으로 여러 차례 확인되는바, 위 해설은 상호출자제한기업집단에 지정되었던 기업이 사업연도 도중에 지정해제되는 경우로서 다른 업종별 기준이나 독립성 기준을 충족하는 경우에는 상호출자제한기업집단에서 지정해제가 된 날부터 중소기업에 편입된다고 밝히고 있다. 따라서 쟁점고시 제3조 제2항 제2호가 가목과 나목을 함께 규정하고 있는 점에서 상호출자제한기업집단에서 지정해제된 경우뿐만 아니라 최다출자자 요건을 해소하게 되는 경우에도 마찬가지로 해석되어야 한다. (나) 위 (가)의 해석례를 토대로 이 건을 살펴보면, 직전 사업연도 기준 자산총액이 OOO 이상이자 쟁점법인의 44.44%의 지분을 보유했던 최다출자자는 OOO이었는데, OOO의 100% 자회사인 OOO이 보유주식 8,000주 중 6,000주를 양도함으로써 2013.9.27. 쟁점법인의 최다출자자가 OOO(OOO는 상호출자제한기업집단에 속하지 않고, 자산총액 5천억원 미만 기업임)로 변경되었다. 따라서 쟁점법인의 경우 직전 사업연도 기준으로는 OOO가 최다출자자이므로 독립성 기준을 만족하지 못하나, OOO의 자회사 OOO이 주식을 양도함으로써 최다출자자가 OOO로 변경된 2013.9.27.부터는 독립성 기준을 충족하여 중소기업에 해당하였음이 명백하다. 결국 청구인들은 쟁점법인이 중소기업이 된 이후인 2013.9.30. 및 2013.12.3. 쟁점주식을 양도하였고, 이는 “주식 양도일 현재” 기준으로 중소기업의 주식을 양도한 것임이 명백함에도 처분청에서 쟁점주식 양도에 대하여 양도세율 20%를 적용하여 청구인들에게 양도소득세 및 소득세분 지방소득세를 부과한 것은 위법하다. (2) 설령 쟁점주식이 중소기업 주식에 해당하지 않는다 하더라도 청구인들에게는 가산세를 면제받을 수 있는 정당한 사유가 존재한다. (가) 「국세기본법」제48조 제1항은 세법상 의무불이행의 귀책사유가 납세자에게 없는 경우에는 가산세를 부과할 수 없도록 규정하고 있고, 대법원도 단순한 법률의 부지나 오해의 범위를 넘어 ① 세법해석상 의의(疑意)로 인한 견해의 대립이 있는 등으로 인해 납세의무자가 그 의무를 알지 못하는 것이 무리가 아니었다고 할 수 있어서 그를 정당시할 수 있는 사정이 있을 때 또는 ② 그 의무의 이행을 그 당사자에게 기대하는 것이 무리라고 하는 사정이 있을 때 등 그 의무를 게을리 한 점을 탓할 수 없는 정당한 사유가 있는 경우에는 이를 과할 수 없다”고 판시하고 있다(대법원 2002.8.23. 선고 2002두66 판결 등 참조). 또한 조세심판원도 ① 납세의무자가 일부 용역을 면세대상으로 보아 경정청구에 대해 처분청이 이를 인정하고 달리 과세처분을 아니하였다가 그 이후 5년이 경과한 시점에 이르러서야 다시 부가가치세 부과처분을 한 사안에서 가산세 면제의 정당한 사유가 있다고 보아 가산세 부과처분을 취소한 바 있고(조심 2014서937, 2014.5.19.), ② 납세의무자가 임시투자세액공제 사유를 근거로 경정청구를 하고 처분청이 이를 인용한 뒤 다시 법인세 부과처분을 한 사안에서, 청구법인에게 미납행위에 대한 귀책사유를 인정하기 어렵다고 판단하여 가산세 부과처분을 취소한 사례가 존재한다(조심 2011서2460, 2012.4.20.). (나) 이 건의 경우를 살펴보면, 청구인들은 성실하게 양도소득세 및 소득세분 지방소득세를 신고·납부하였으므로 어떠한 세법상 의무불이행이 있었다고 볼 수 없고 쟁점주식의 양도소득세액과 관련하여 경정청구 절차 및 처분청의 공적인 견해표명을 신뢰하고 관련 세액을 환급받았던 것인바, 청구인들에게 세금 미납행위에 대한 귀책사유가 있다고 보기 어렵다. 또한 처분청은 청구인들의 경정청구를 인용한 뒤 아무런 언급이 없다가 세액 환급시점으로부터 약 5년 가까이 지난 지금에 와서야(국세부과제척기간이 임박한 것으로 추측된다) 청구인들에게 납부불성실가산세를 부과한 것은 과세관청의 잘못을 납세자에게 떠넘기는 것으로서 법리적으로나 상식적으로 매우 납득하기 힘들다. 만약 이 건과 같은 사안에서 청구인들이 가산세를 부담해야 하는 것으로 해석된다면 납세자들은 자신의 경정청구가 제대로 된 것인지 과세관청이 경정청구를 인용하더라도 추후 가산세를 부과받을 가능성은 정말 없는 것인지 등에 대하여 끊임없이 살펴보아야 하는바, 위와 같은 해석이 부당한 것임은 많은 설명을 필요로 하지 않는다. 또한 위와 같은 해석은 납세자에게 세무공무원 이상의 세법적 판단을 강요함으로써 납세자들의 경정청구 시도 자체를 억제하는 결과를 초래한다는 점에서도 역시 부당하다. 결국 청구인들에게는 세법상 의무불이행을 탓할 수 없는 정당한 사유가 존재하므로 이 건 처분 중 납부불성실가산세 부과처분은 취소되어야 한다. 나. 처분청 의견 구 「지방세기본법」제34조 제1항 제7호(시행 2014.1.1. 법률 제12152호로 개정되기 이전의 것)에서 지방소득세의 납세의무 성립시기는 과세표준이 되는 소득에 대하여 소득세ㆍ법인세의 납세의무가 성립하는 때라고 규정하고 있고, 구 「지방세법」제94조 제1항(시행 2014.1.1. 법률 제12153호로 개정되기 이전의 것)에서 소득분은「소득세법」과「법인세법」에 따라 신고하거나 결정·경정된 소득세 및 법인세(원천징수된 소득세 및 법인세를 포함한다)로서 납세의무자가 납부하여야 할 세액의 총액에 제89조 제1항의 세율을 적용하여 계산한다고 하며, 같은 법 제94조 제2항에서는「소득세법」과「법인세법」에 따라 신고한 소득세와 법인세의 결정·경정 또는 「소득세법」제85조의2 와 「법인세법」제72조 에 따른 환급으로 인하여 세액이 달라진 경우에는 그 결정·경정 또는 환급세액에 따라 소득분의 세액을 환급하거나 추징한다고 규정하고 있다. 위 사실관계 및 관계법령에 비추어 볼 때, 소득세의 부과처분에 따라 소득세분 지방소득세가 과세된 경우 그 과세표준이 되는 소득세 부과처분이 권한 있는 기관에 의하여 취소 또는 경정 결정이 있기 전까지는 지방소득세 과세처분도 유효한 것(조심 2015지183, 2015.9.25. 참조)으로 보며 또한 현재 관련 양도소득세에 대한 심판청구가 심사중에 있으므로 이 건 심판청구일 현재까지 이 사건 처분과 관련된 청구인의 소득세 부과처분이 적법하게 유지되고 있는 이상 이를 과세표준으로 하는 이 사건 처분 역시 적법하다고 판단된다. 3. 심리 및 판단 가. 쟁점 양도소득세 경정결정에 따른 소득세분 지방소득세 부과처분이 적법한지 여부 나. 관련 법률 (1) 지방세기본법 제34조(납세의무의 성립시기) ① 지방세를 납부할 의무는 다음 각 호의 구분에 따른 시기에 성립한다. 7. 지방소득세 가. 소득분 : 그 과세표준이 되는 소득세ㆍ법인세의 납세의무가 성립하는 때 제89조(청구대상) ① 이 법 또는 지방세관계법에 따른 처분으로서 위법ㆍ부당한 처분을 받았거나 필요한 처분을 받지 못하여 권리 또는 이익을 침해당한 자는 이 장에 따른 이의신청, 심사청구 또는 심판청구를 할 수 있다. (2) 지방세법 제85조(정의) ① 지방소득세에서 사용하는 용어의 뜻은 다음과 같다. 1. "개인지방소득"이란 「소득세법」제3조 및 제4조에 따른 거주자 또는 비거주자의 소득을 말한다. 제86조(납세의무자 등) ①「소득세법」에 따른 소득세 또는「법인세법」에 따른 법인세의 납세의무가 있는 자는 지방소득세를 납부할 의무가 있다. 제97조(결정과 경정) ① 납세지 관할 지방자치단체의 장은 거주자가 제95조에 따른 신고를 하지 아니하거나 신고 내용에 오류 또는 누락이 있는 경우에는 해당 과세기간의 과세표준과 세액을 결정 또는 경정한다. ② 납세지 관할 지방자치단체의 장은 개인지방소득세의 과세표준과 세액을 결정 또는 경정한 후 그 결정 또는 경정에 오류나 누락이 있는 것을 발견한 경우에는 즉시 이를 다시 경정한다. ③ 납세지 관할 지방자치단체의 장은 제1항과 제2항에 따라 개인지방소득세의 과세표준과 세액을 결정 또는 경정하는 경우에는 소득세법에 따라 납세지 관할 세무서장 또는 관할 지방국세청장이 결정 또는 경정한 자료, 장부나 그 밖의 증명서류를 근거로 하여야 한다.(단서 생략) 제103조(과세표준) ① 거주자의 양도소득에 대한 개인지방소득세 과세표준은 종합소득 및 퇴직소득에 대한 개인지방소득세 과세표준과 구분하여 계산한다. ② 양도소득에 대한 개인지방소득세 과세표준은 「소득세법」제92조 에 따라 계산한 소득세의 과세표준(「조세특례제한법」및 다른 법률에 따라 과세표준 산정과 관련된 조세감면 또는 중과세 등의 조세특례가 적용되는 경우에는 이에 따라 계산한 소득세의 과세표준)과 동일한 금액으로 한다 제103조의9(수정신고ㆍ결정ㆍ경정ㆍ수시부과ㆍ징수ㆍ환급ㆍ환산취득가액 등) ① 양도소득에 대한 개인지방소득세의 수정신고ㆍ결정ㆍ경정ㆍ수시부과ㆍ징수 및 환급에 관하여는 제96조부터 제98조까지 및 제100조의 규정을 준용한다. 다. 사실관계 및 판단 (1) 청구인들은 2019.7.4. 양도소득세 부과처분에 대한 심판청구에서 주위적 청구로 쟁점법인의 최다출자자가 2013.9.27. OOO로 변경된 시점부터는 중소기업기본법령상 독립성 요건을 충족하여 쟁점법인을 중소기업으로 보아야 하므로 쟁점주식 양도에 대하여는 중소기업 주식 양도세율(10%)이 적용되어야 한다고 주장하였고, 예비적 청구로 청구인들에게는 납부불성실가산세를 면제받을 수 있는 정당한 사유가 존재한다고 주장하였다. (2) 우리 원은 2020.4.13. 청구인들의 예비적 청구를 받아들여 OOO세무서장이 청구인들에게 부과한 2013년 귀속 양도소득세 중 납부불성실가산세를 부과하지 않는 것으로 하여 그 세액을 경정하고 나머지 심판청구는 기각하는 일부인용결정을 하였다OOO. (3) 이상의 사실관계 및 관련 법률 등을 종합하여 살펴본다. (가) 「지방세법」제86조 제1항에서「소득세법」에 따른 소득세 등의 납세의무가 있는 자는 지방소득세를 납부할 의무가 있고, 제103조 제2항에서 양도소득에 대한 개인지방소득세 과세표준은 「소득세법」제92조 에 따라 계산한 소득세의 과세표준과 동일한 금액으로 하고 있으며, 제103조의9 제1항에서 준용하는 제97조 제1항은 납세지 관할 지방자치단체의 장은 거주자가 신고 내용에 오류 또는 누락이 있는 경우에는 해당 과세기간의 과세표준과 세액을 결정 또는 경정하고, 같은 조 제3항에서 납세지 관할 지방자치단체의 장이 개인지방소득세의 과세표준과 세액을 결정 또는 경정하는 경우에는「소득세법」에 따라 납세지 관할 세무서장 또는 관할 지방국세청장이 결정 또는 경정한 자료, 장부나 그 밖의 증명서류를 근거로 하여야 한다고 규정하고 있다. (나) 위 (가) 법령에 비추어 소득세분 지방소득세는「소득세법」에 의한 소득세를 과세표준으로 하는 것으로 지방소득세 산정의 기준이 되는 소득세가 권한 있는 기관에 의하여 취소 또는 경정결정이 있기 전까지는 적법하게 부과된 것으로 추정된다고 할 것이나 그 이후에 권한 있는 기관에 의하여 해당 소득세가 취소 또는 경정결정된 경우에는 그에 따라 소득세분 지방소득세 또한 취소 또는 감액되어야 할 것인바, 이 건의 경우 청구인들의 양도소득세 부과처분에 대한 심판청구에서 우리 원이 납부불성실가산세를 부과하지 않는 것으로 일부인용하는 경정결정을 한 이상 이를 기준으로 소득세분 지방소득세도 경정하는 것이 타당한 것으로 판단된다OOO. 4. 결 론 이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 일부 이유 있으므로 「지방세기본법」 제96조 제6항과 「국세기본법」 제81조 및 제65조 제1항 제2호 및 제3호에 의하여 주문과 같이 결정한다.