이유
1. 처분개요

가. A(청구인의 배우자로 2022.8.28. 사망하였으며, 이하 “피상속인”이라 한다)은 2017.6.16. 충청북도 OOO 토지(이하 “쟁점토지①”이라 한다)를 OOO원에 양도한 후 2017.8.30. 2017년 귀속 양도소득세 OOO원을 예정신고ㆍ납부하였고, 2017.11.29. 충청북도 OOO 토지(이하 “쟁점토지②”라 한다)를 OOO원에 양도하고 양도소득세를 무신고하였다.

나. 처분청은 피상속인이 쟁점토지②의 양도소득을 쟁점토지①의 양도소득과 합산하여 2017년 귀속 양도소득세 확정신고를 하지 않은 사실을 확인한 후, 2025.4.17. 청구인에게 과세예고통지서를 송달하고, 2025.4.24. 청구인에게 2017년 귀속 양도소득세 OOO원에 대한 납부고지서를 송달하였다.

다. 청구인은 이에 불복하여 2025.5.12. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구인 주장 및 처분청 의견

가. 청구인 주장

(1) 처분청은 청구인의 과세전적부심사청구권을 침해ㆍ박탈하였는바, 이는 절차상 중대한 하자에 해당하므로 무효이다.

(가) 처분청은 2017년 귀속 양도소득세 확정신고기한(2018.5.31.)부터 과세예고통지일(2025.4.17.)까지 약 6년 10개월 간 양도소득세 과세자료를 정당한 사유없이 무단 방치하다가 부과제척기간 만료일이 임박한 2025.4.17. 과세예고통지서를 송달하고, 2025.4.24. 납부고지서를 송달하였다.

(나) 피상속인은 쟁점토지①의 양도일부터 사망일(2022.8.28.)까지 대부분의 기간을 처분청의 관할 주소지 내에서 거주하였고, 청구인도 쟁점토지①의 양도일부터 납부고지서 송달일(2025.4.24.)까지 대부분의 기간을 처분청 관할 주소지 내에서 거주하였는바, 처분청은 납세지 관할 변경에 따른 과세자료 인수ㆍ인계 등 과세권 행사가 지연될 수밖에 없는 사유가 없음에도 불구하고 과세자료를 방치하였다.

(다) 소유권이전등기신청서가 관할등기소에 접수되어 정상적으로 등기된 후 해당 전산파일이 국세청으로 통보되어 이를 국세청 전산실에서 수보한 후, 양도세 신고안내문이 납세자에게 송달될 때까지의 소요기간이 6개월 이내임을 고려할 때, 쟁점토지①ㆍ②의 양도일은 각 2017.6.16.과 2017.11.29.이므로, 처분청이 과세자료를 확보하여 과세권을 행사할 수 있는 시기는 아무리 늦어도 2018.6.30. 이전임에도 불구하고, 처분청은 과세예고통지일(2025.4.17.)까지 과세자료 처리를 방치하다가 청구인의 과세전적부심사청구권을 침해ㆍ박탈한 채 2025.4.24. 납부고지서를 송달하였다.

(라) 법원과 조세심판원도 아래 ＜표1＞과 같이 “처분청이 장기간 과세권을 행사하지 아니하다가 부과제척기간 만료일에 임박해서야 과세예고통지를 한 경우 납세자의 사전적인 권리구제절차를 침해 또는 박탈하였다고 봄이 타당하므로 처분청의 처분을 취소하는 판결 또는 결정을 한 바 있다.

＜표1＞ 법원 판결 및 조세심판원 결정례

구 분

판결(결정) 주요내용

대법원

2025.2.13. 선고 2023두41659 판결

과세전적부심사의 기회를 부여하지 아니한 채 이루어진 이 사건 처분은 그 절차상 하자가 중대하여 위법하므로 이를 취소한 원심의 판단은 정당함

대법원

2025.2.13. 선고

2023두51700 판결

과세예고통지를 생략한 채 이루어진 법인세 부과처분은 원고의 절차적 권리를 침해한 것으로서 그 절차상 하자가 중대하여 위법하므로 이를 취소한 것은 정당함

서울행정법원

2025.3.13. 선고 2024구합54270 판결

과세전적부심사의 기회를 부여하지 않은 것은 납세자인 원고의 절차적 권리를 침해하는 것으로서 그 하자가 중대하고도 명백하여 무효임

조심 2022서1817,

2022.9.29.

장기간 과세권을 행사하지 아니함으로써 납세자로 하여금 사전적인 권리구제인 과세전적부심사청구권을 행사할 수 있는 권리를 침해한 것으로 보여 이 건 처분은 절차상 중대한 하자가 있다고 봄이 타당하므로 처분청이 청구인에게 한 이 건 증여세 부과처분은 잘못임

조심 2022서7132, 2023.4.10.

처분청이 정당한 이유 없이 장기간 과세권을 행사하지 아니함으로써 납세자로 하여금 사전적인 권리구제인 과세전적부심사청구권을 행사할 수 있는 권리를 침해한 처분은 절차상 중대한 하자가 있다고 봄이 상당하므로 처분청이 청구인에게 한 이 건 양도소득세 부과처분은 잘못임

조심 2023서7901,

2023.10.20.

처분청은 합리적인 과세지연 사유를 제시하지 못하고 있는바, 이는 처분청이 정당한 이유 없이 장기간 과세권을 행사하지 아니함으로써 납세자로 하여금 사전적인 권리구제인 과세전적부심사청구권을 행사할 수 있는 절차상 중대한 권리를 침해한 것으로 봄이 상당하므로 처분청이 청구인에게 한 이 건 양도소득세 부과처분은 잘못이 있는 것으로 판단됨

조심 2023서9074,

2024.2.29.

장기간 과세권을 행사하지 아니하다가 부과제척기간 만료일에 임박해서야 과세예고통지를 함으로써 청구인에게 사전적인 권리구제절차를 침해 또는 박탈한 것은 잘못임

조심 2023인9563, 2023.11.16.

조심 2023인9719, 2024.1.11.

처분청이 정당한 이유 없이 장기간 과세권을 행사하지 아니함으로써 납세자로 하여금 사전적인 권리구제인 과세전적부심사청구권을 행사할 수 있는 권리를 침해한 것으로 보여 이 건 처분은 절차상 중대한 하자가 있다고 봄이 상당하므로 처분청의 부과처분은 잘못임

조심 2023중0398, 2023.10.6.

과세자료 생성이 장기간(약 6년) 지연된 사유에 대하여 합리적인 설명을 하지 못하고 있으며, 처분청은 위 과세자료를 수보한 후 2022.5.2. 청구인에게 과세예고통지를 한 후 처분청은 특별한 사유 없이 청구인이 과세전적부심사를 청구할 수 있는 기회를 실질적으로 침해하였다고 봄이 상당하므로 이 건 처분은 취소함이 타당하다고 판단됨

조심 2023중8084, 2023.11.29.

처분청이 과세처분을 할 수 있는 시간적인 여유가 충분함에도 불구하고, 장기간 과세권을 행사하지 아니함으로써 청구인으로 하여금 과세처분 이전의 권리구제 절차인 과세전적부심사를 청구할 수 있는 기회를 제한한 것으로, 청구인의 권리를 침해한 중대한 절차적 하자가 있어 위법하다고 보는 것이 타당하다고 판단됨

조심 2023중9600, 2024.1.15.

정당한 이유 없이 장기간 과세권을 행사하지 아니함으로써 납세자로 하여금 사전적인 권리구제인 과세전적부심사청구권을 행사할 수 있는 권리를 침해하였기에 절차상 중대한 하자가 있다고 봄이 상당하므로 처분청이 청구인에게 한 이 건 종합소득세 부과처분은 잘못이 있는 것으로 판단됨

조심 2024서5752, 2025.4.10.

처분청이 2021.10.14. 기흥세무서장으로부터 쟁점토지의 양도와 관련된 과세자료를 통보받았음에도 이에 대한 과세권을 장기간 지연한 것에 대한 특별한 사정을 입증하지 못한 이상, 이 건 처분은 납세자로 하여금 사전적인 권리구제수단인 과세전적부심사청구권을 행사할 수 있는 권리를 침해한 절차상 중대한 하자가 존재한 잘못이 있는 것으로 판단됨

조심 2024서5766, 2025.2.6.

처분청이 정당한 이유 없이 장기간 과세권을 행사하지 아니함으로써 납세자로 하여금 사전적인 권리구제인 과세전적부심사청구권을 행사할 수 있는 절차상 중대한 권리를 침해한 것으로 봄이 상당하므로 처분청이 청구인에게 한 이 건 양도소득세 부과처분은 취소하는 것이 타당하다고 판단됨

조심 2024중4669, 2025.3.18.

정당한 이유 없이 장기간 과세권을 행사하지 아니함으로써 납세자로 하여금 사전적인 권리구제수단인 과세전적부심사를 청구할 권리를 침해한 것인바, 이는 절차상 중대한 하자가 있다고 봄이 상당하므로 처분청이 청구인에게 한 이 건 양도소득세 부과처분은 잘못이 있는 것으로 판단됨

조심 2024중4906, 2025.2.6.

청구인의 과세전적부심사 청구권을 침해한 경우로 보이는 점 등에 비추어 이 건 처분은 처분청이 정당한 이유 없이 장기간 과세권을 행사하지 아니함으로써 납세자의 과세전적부심사 청구권을 침해한 중대한 하자가 있다고 봄이 타당하므로 처분청이 청구인에게 양도소득세를 부과한 이 건 처분은 잘못이 있다고 판단됨

(마) 따라서, 납세자로 하여금 「국세기본법」에 보장된 사전적인 권리구제 수단인 과세전적부심사청구 기회를 침해ㆍ박탈한 이 건 처분은 절차상 중대한 하자가 있으므로 무효이다.

(2) 쟁점토지①의 양도소득은 피상속인이 예정신고ㆍ납부하였으므로, 쟁점토지②의 양도소득은 무신고가 아닌 과소신고에 해당하는바, 부과제척기간 5년을 적용하여야 한다.

(가) 피상속인은 쟁점토지①의 양도소득에 대하여 법정기한 내에 예정신고하고 양도소득세를 납부하였으나, 쟁점토지①과 동일한 과세기간(2017년) 중에 양도한 쟁점토지②의 양도소득에 대해서는 피상속인의 지병에 따른 어쩔 수 없는 부득이한 사유로 양도소득을 합산하여 확정신고를 하지 못하였다.

(나) 이는 청구인이 단순히 2017년 귀속 양도소득세 과세대상 자산을 2회 양도한 양도소득금액을 합산 신고하지 않은 것에 불과할 뿐으로, 1차 양도분(쟁점토지①)의 양도소득세 과세표준을 법정신고기한일까지 적법하게 예정신고ㆍ납부하였으므로, 쟁점토지①ㆍ②가 모두 무신고라고 단정지을 수 없다.

(다) 법원 판례 및 기획재정부 유권해석을 보더라도, 이는 무신고가 아니라 과소신고에 해당하므로, 5년의 부과제척기간이 적용되어야 한다.

1) 법원 판례(대법원 2021.11.11. 선고 2017두42811 판결)는 납세자가 동일한 연도에 2개의 부동산을 양도하고 부동산①에 대해서는 예정신고를 하였으나, 부동산②에 대해서는 예정신고를 하지 않은 채 확정신고까지 하지 아니한 경우, 부과제척기간을 당해 소득이라는 법령의 규정을 기준으로 해석하여야 한다고 판단한 것으로 보인다. 즉, 납세자가 부동산①의 양도에 따른 양도소득세를 예정신고하였으므로, 이에 대한 부과제척기간은 5년이 되어야 하고, 부동산②의 양도에 따른 양도소득세는 예정신고조차 하지 아니하였으므로 이에 대한 부과제척기간은 7년이 되어야 한다고 판단하고 있다.

2) 기획재정부 유권해석(조세정책과-839, 2011.7.22.)은 “동일한 해당 과세기간 동안에 양도소득세 누진세율 적용대상 자산인 토지와 아파트분양권을 각각 양도하고 그 중 토지의 양도소득과세표준에 대하여만 확정신고와 납부를 한 경우 과소신고에 해당하므로, 아파트분양권 양도소득 과소신고에 따른 양도소득세를 부과하는 경우 5년의 부과제척기간을 적용한다”고 해석하였다(조세정책과-839, 2011.7.22.).

3) 따라서, 이 건의 경우 쟁점토지①은 예정신고ㆍ납부하였으므로 5년의 부과제척기간이 적용되어야 하고, 쟁점토지②는 쟁점토지① 양도분과 합산하여 확정신고를 하지 아니한 과소신고에 지나지 아니하므로 5년의 부과제척기간이 적용되어야 한다.

설령, 쟁점토지②에 대하여 무신고로 보아 7년의 부과제척기간을 적용한다 하더라도, 쟁점토지①은 5년의 부과제척기간이 적용되므로, 쟁점토지①과 쟁점토지②의 양도소득금액을 합산하여 결정한 처분은 부당하다.

즉, 예정신고ㆍ납부한 쟁점토지①은 과세예고통지일 현재 부과제척기간(5년) 도과로 처분청의 부과권이 이미 소멸되어 과세표준 또는 세액을 변경하는 어떤 결정ㆍ경정도 할 수 없으므로, 쟁점토지②와 합산하여 결정ㆍ경정할 수 없다. 따라서, 쟁점토지②의 양도소득금액만으로 무신고에 따른 결정을 하는 것이 타당하다.

나. 처분청 의견

(1) 관련 법령, 법원 판례, 조세심판원 결정례 등을 고려할 때, 과세예고 통지 후 과세전적부심사를 거치지 않고 이 건 처분을 한 것은 절차적 하자가 없는 적법한 처분이다.

(가) 「국세기본법」은 명시적으로 과세전적부심사절차 배제 규정을 두고 있고, 이는 재량이 아닌 기속행위로 규정하고 있다.

1) 「국세기본법」 제81조의15 제1항은 과세 전 미리 과세예고 통지를 하여야 한다고 규정하고 있고, 제2항은 과세예고 통지를 받은 자는 통지를 받을 날부터 30일 이내에 과세전적부심사를 청구할 수 있다고 규정하면서, 제3항에서 과세예고통지를 하는 날부터 국세부과제척기간 만료일까지의 기간이 3개월 이하인 경우에는 제2항을 적용하지 아니한다고 명시하고 있다.

2) 「국세기본법」 제81조의15 제3항은 재량행위로 규정하지 않고, ‘제2항을 적용하지 아니한다’고 기속행위로 규정하고 있는데, 이는 부과제척기간이 얼마 남지 않은 상태에서 과세전적부심사 절차를 거치도록 하는 경우 부과제척기간의 도과로 정당한 세금을 징수하지 못하게 될 위험을 막기 위한 입법자의 결단이라 보는 것이 타당하다. 만약, 입법자가 과세전적부심사절차 배제 사유를 제한적으로 해석하고자 했다면, 기속행위가 아닌 재량행위로 규정하여, 배제사유가 있어도 경우에 따라서는 과세전적부심사절차를 거칠 수 있도록 규정하였을 것이다.

3) 법원도 위 규정의 목적이 국가의 과세권을 유효하게 확보하기 위한 것이라 판시한 바 있다(수원고등법원 2021.6.11. 선고 2020누12472 판결).

4) 따라서, 이 건의 경우 과세예고통지일(2025.4.17.)부터 국세부과제척기간의 만료일(2025.5.31.)까지의 기간이 3개월 이하인 경우에 해당하므로, 「국세기본법」 제81조의15 제3항 제3호에 따라 과세전적부심사를 거치지 않고 곧바로 과세처분 할 수 있는 예외사유에 해당한다.

(나) 대법원도 별도의 요건 없이 과세전적부심사절차 배제 사유에 해당한다면 과세전적부심사절차를 배제할 수 있다고 판시하였다.

1) 대법원은 과세전적부심사절차를 원칙적으로 부여해야 한다고 판단하면서, 「국세기본법」 및 같은 법 시행령이 과세전적부심사를 거치지 않고 곧바로 과세처분을 할 수 있는 예외사유로 정하고 있는 등의 특별한 사정이 있다면 과세전적부심사절차를 배제할 수 있다고 판시한 바 있다(대법원 2016.5.18. 선고 2015두52326 판결).

2) 법원은 국세부과 제척기간의 만료일까지의 기간이 3개월 이하인 경우에 과세전적부심사청구를 배제하는 규정의 위헌법률심판신청에 대하여 ① 정당한 세금 징수, ② 납세의무자의 과세전적부심사청구규정 남용 가능성, ③ 납세의무자로서는 과세전적부심사 절차를 거치지 않더라도 이의신청, 심사청구, 심판청구, 행정소송 등을 통하여 과세처분에 대하여 충분히 다툴 수 있는 절차적 기회가 보장되어 있는 점을 고려하여 위 규정이 적법절차 원칙을 준수하였다고 판단한 바 있다(수원고등법원 2021.6.11. 선고 2020누12472 판결).

3) 또한, 법원은 과세관청이 국세행정을 장기간 해태한 경우에는 「국세기본법」제81조의15 제3항을 적용할 수 없다는 취지의 원고 주장에 대하여 동 규정의 문언내용 및 부과제척기간과의 조화를 고려하여 과세관청으로서는 부과제척기간을 도과하지 않는 한 제척기간 내이기만 하면 언제든지 부과권을 행사할 수 있는 점 등을 이유로 원고 주장을 배척한 바 있다(수원지방법원 2022.12.16. 선고 2022구단6790 판결), 위 규정을 적용함에 있어 예외사유에 이른 책임이 오로지 납세자에게 있거나 적어도 과세관청에 그 책임을 묻기 어려운 객관적이고 긴급한 사유가 있는 경우에만 그 규정을 적용할 수 있다는 취지의 원고 주장에 대하여 법규의 문언 내용 등에 비추어 위와 같이 해석하기는 어렵다며 원고 주장을 배척하기도 하였다(서울행정법원 2021.4.23. 선고 2020구단14017 판결).

4) 최근 대법원은 「국세기본법」 제81조의15 제3항을 해석하는데 있어서, 규정에 명시되어 있지 않은 과세관청의 고의 또는 과실 여부 등을 추가하여 과세전적부심사의 예외에 해당하는지 판단해서는 아니된다는 취지로 판시한 바 있다(서울고등법원 2024.12.6. 선고 2024누11279 판결).

5) 조세심판원도 부과제척기간이 임박한 경우 「국세기본법」 제81조의15 제3항에 따라 과세전적부심사절차를 배제한 처분이 절차적 위반이 없다고 보아, 기각 결정한 바 있다(조심 2022중7216, 2023.2.13. 등 다수).

(다) 위 법원 판례 및 조세심판원 결정례와 달리 과세전적부심사절차를 배제하기 위해서는 추가적인 요건이 필요하다고 해석할 경우 국세부과제척기간을 형해화하고 정당한 세금을 징수하지 못하게 될 우려가 있다.

「국세기본법」 제26조의2는 국세부과제척기간을 명시적으로 규정하고 있는데, 만약 국세부과제척기간이 3개월 이하로 남은 경우에도 과세전적부심사를 거치도록 한다면 과세전적부심사로 인해 국세부과제척기간이 도과하는 경우가 발생할 것이고, 그렇다면 「국세기본법」에서 명시적으로 보장하는 국세부과제척기간보다 사실상 짧은 부과제척기간을 적용받게 되므로, 이는 국세부과제척기간 규정을 형해화하는 것에 해당한다.

(라) 청구인에게는 과세전적부심사 제도 외에 과세처분을 다툴 수 있는 절차적 기회가 보장되어 있다.

비록 과세전적부심사 절차를 거치지 않았다 하더라도 청구인에게는 이의신청, 심사청구, 심판청구 및 행정소송 등을 통하여 과세처분에 대하여 다툴 수 있는 절차적 기회가 보장되어 있다. 이 건 심판청구 역시 그러한 절차적 기회 중 하나로, 과세전적부심사에서 다툴 내용을 심판청구 과정에서 충분히 다툴 수 있다.

(마) 처분청은 과세전적부심사절차를 배제할 고의가 있었다고 볼만한 사정이 없는 점도 고려되어야 한다.

이 건 처분은 장기미결 과세자료를 검토하던 중 양도소득세 부과제척기간이 5년으로 등록되어 있던 쟁점토지①ㆍ②의 부과제척기간이 7년(2025.5.31.)임을 인지하게 된 계기로 이루어진 것이므로, 과세전적부심사 절차 배제의 가능성을 인식한 바도 없고, 더욱이 이를 적극적으로 의욕하거나 용인하려는 의사 역시 없었다.

(2) 관련 법령 및 법원 판례에 따라 쟁점토지①ㆍ②의 양도소득 전부에 대하여 무신고로 보아 부과제척기간 7년을 적용한 이 건 처분은 적법하다.

(가) 「소득세법」제105조 제1항은 토지 등의 자산을 양도한 경우에는 그 양도일이 속하는 달의 말일부터 2개월 내에 예정신고를 하여야 한다고 규정하고 있고, 같은 법 제110조 제1항은 해당 과세기간의 양도소득 금액이 있는 거주자는 그 과세기간의 다음 연도 5월 1일부터 5월 31일까지 확정신고를 하여야 한다고 규정하고 있다.

또한, 같은 법 제110조 제4항은 “예정신고를 한 자는 해당 소득에 대한 양도소득 확정신고를 하지 아니할 수 있다”고 하면서, 같은 항 단서에서 “다만, 해당 과세기간에 누진세율 적용대상 자산에 대한 양도소득 예정신고를 2회 이상 하는 경우 등으로서 대통령령으로 정하는 경우에는 그러하지 아니하다”고 규정하고 있고, 같은 법 시행령 제5항 제1호에서 “당해연도에 누진세율의 적용대상 자산에 대한 예정신고를 2회 이상 한 자가 이미 신고한 양도소득금액과 합산하여 신고하지 아니한 경우”를 규정하고 있다.

(나) 법원은 당해 소득이 둘 이상인 경우 동일한 과세연도에 귀속되는 양도소득일지라도 개별적으로 예정신고 및 확정신고 여부를 판단하고 있다.

1) 법원 판례(대법원 2021.11.11. 선고 2017두42811 판결, 대법원 2021.11.25. 선고 2020두51518 판결)에 따르면, 「국세기본법」 제110조 제1항 및 제4항은 예정신고를 한 자는 ‘당해 소득’에 대한 확정신고를 하지 아니할 수 있다고 규정하고 있는바, 동일한 과세연도에 귀속되는 양도소득일지라도 개별적으로 예정신고 및 확정신고 여부를 판단하고 있다.

2) 또한, 법원 판례(대법원 2021.11.11. 선고 2017두42811 판결)는 동일한 과세연도에 귀속되는 양도소득 중 하나의 소득에 예정신고가 되어 있다고 하여도 다른 소득에 대해서는 여전히 확정신고의무가 있다고 판시하였다.

3) 따라서, ① 동일한 과세연도에 귀속되는 양도소득일지라도 개별적으로 예정신고 및 확정신고 여부를 따지고 ② 예정신고가 있는 경우 「소득세법」 제110조 4항 및 같은 법 시행령 제173조 제5항에 따라 확정신고 의무가 면제되는 경우인지 판단이 필요하다.

(다) 쟁점토지①은 아래의 사유로 부과제척기간 7년이 적용되어야 한다.

1) 피상속인은 2017.8.30. 쟁점토지①의 양도소득 예정신고를 하였고, 양도가액 OOO원, 양도소득금액 OOO원, 과세표준 OOO원으로 하여 누진세율 25%를 적용하여 산출세액 OOO원을 예정신고하였다.

2) 피상속인이 쟁점토지들을 확정신고할 경우, 쟁점토지①과 쟁점토지②를 합산하여 양도소득금액은 OOO원이 되므로, 누진세율 45%로 변경 적용되어 산출세액은 OOO원이 되는바, 「소득세법 시행령」 제5항 제1호에 따라 확정신고 의무가 면제되는 경우에 해당되지 않는다.

3) 따라서, 피상속인은 확정신고 의무를 이행하지 않았으므로, 부과제척기간 7년이 적용되어야 한다.

(라) 쟁점토지②는 2017.11.29. 양도되었으나, 예정신고 및 확정신고를 하지 않았으므로, 부과제척기간 7년이 적용되어야 한다.

3. 심리 및 판단

가. 쟁점

① (주위적 청구) 이 건 처분이 과세전적부심사청구권을 박탈한 절차상 하자가 있는 처분에 해당하는지 여부

② (예비적 청구) 청구인이 양도소득을 과소신고한 것이 아니라 무신고한 것으로 보아 부과제척기간 7년을 적용한 처분의 당부

나. 관련 법령 : ＜별지＞ 기재

다. 사실관계 및 판단

(1) 청구인과 처분청이 제출한 심리자료에 따르면, 다음과 같은 사실들이 확인된다.

(가) 처분청의 2017년 귀속 양도소득세 결정내용은 아래 ＜표2＞와 같다.

＜표2＞ 양도소득세 결정내용

○○○

(나) 피상속인과 청구인의 주민등록상 주소 변동내역은 아래 ＜표3＞과 같다.

＜표3＞ 피상속인과 청구인의 주민등록상 주소 변동내역

○○○

(다) 처분청은 이 건 처분은 과세자료의 국세부과제척기간을 뒤늦게 7년으로 인지하고 부과제척기간 만료일이 임박하였더라도 부과제척기간 이내에 과세권을 행사하고자 과세예고통지 후 양도소득세 고지 처분을 하였다고 주장하면서, 증빙자료로 아래 ＜표4＞의 과세자료 요약서를 제출하였다.

＜표4＞ 과세자료 요약서

○○○

(2) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 이 건에 대하여 살펴본다.

(가) 먼저 쟁점①에 대하여 살피건대, 「국세기본법」 제81조의15 제3항 제3호에서 과세예고통지 등을 하는 날부터 국세부과제척기간의 만료일까지의 기간이 3개월 이하인 경우 과세전적부심사 적용대상에서 제외하도록 한 규정은 정상적인 세무조사 종료 이후 관련 법령 등에서 정한 기한 내에 과세예고통지 등을 하게 되면 납세자의 과세전적부심사 청구가 있을 경우 부과제척기간 내에 부과처분을 이행할 수 없는 문제점 등을 해소하기 위하여 불가피하게 그 절차를 생략할 수 있도록 한 것으로 보이고 과세관청이 과세자료 수보 등으로 과세할 수 있는 사정이 있었음에도 장기간 과세권을 행사하지 아니하다가 부과제척기간 만료일에 임박한 경우까지 해당 규정을 적용하려는 것은 아닌 것으로 보이며 이러한 경우에도 「국세기본법」 제81조의15 제3항 제3호를 적용하는 것은 과세예고통지를 의무화한 입법취지에도 부합하지 아니하다 할 것이다(조심 2019중3428, 2020.4.27. 같은 뜻임).

처분청이 제출한 과세자료 요약서 등에 따르면, 늦어도 2024.2.7.에는 과세자료가 생성된 것으로 보이고, 처분청은 그로부터 장기간 처리하지 아니하다가 국세부과제척기간 만료일이 임박한 2025.4.17. 과세예고통지를 한 후 2025.4.24. 납부고지서를 송달한 것으로 나타나는바, 이는 처분청이 정당한 이유 없이 장기간 과세권을 행사하지 아니함으로써 납세자로 하여금 사전적인 권리구제인 과세전적부심사청구권을 행사할 수 있는 권리를 침해한 것으로 보여 이 건 처분은 절차상 중대한 하자가 있다고 봄이 타당하므로, 처분청이 청구인에게 한 이 건 처분은 잘못이 있는 것으로 판단된다.

(나) 쟁점①이 인용되었으므로, 쟁점②는 별도의 실익이 없어 이에 대한 심리는 생략하도록 한다.

4. 결론

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 있으므로 「국세기본법」제80조의2 및 제65조 제1항 제3호에 의하여 주문과 같이 결정한다.

＜별지＞ 관련 법령

(1) 국세기본법

제26조의2(국세의 부과제척기간) ① 국세를 부과할 수 있는 기간(이하 “부과제척기간”이라 한다)은 국세를 부과할 수 있는 날부터 5년으로 한다. 다만, 역외거래[「국제조세조정에 관한 법률」 제2조 제1항제1호에 따른 국제거래(이하 “국제거래”라 한다) 및 거래 당사자 양쪽이 거주자(내국법인과 외국법인의 국내사업장을 포함한다)인 거래로서 국외에 있는 자산의 매매ㆍ임대차, 국외에서 제공하는 용역과 관련된 거래를 말한다. 이하 같다]의 경우에는 국세를 부과할 수 있는 날부터 7년으로 한다.

② 제1항에도 불구하고 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우에는 다음 각 호의 구분에 따른 기간을 부과제척기간으로 한다.

1. 납세자가 법정신고기한까지 과세표준신고서를 제출하지 아니한 경우 : 해당 국세를 부과할 수 있는 날부터 7년(역외거래의 경우 10년)

제81조의15(과세전적부심사) ① 세무서장 또는 지방국세청장은 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우에는 미리 납세자에게 그 내용을 서면으로 통지(이하 이 조에서 “과세예고통지”라 한다)하여야 한다.

1. 세무서 또는 지방국세청에 대한 지방국세청장 또는 국세청장의 업무감사 결과(현지에서 시정조치하는 경우를 포함한다)에 따라 세무서장 또는 지방국세청장이 과세하는 경우

2. 세무조사에서 확인된 것으로 조사대상자 외의 자에 대한 과세자료 및 현지 확인조사에 따라 세무서장 또는 지방국세청장이 과세하는 경우

3. 납부고지하려는 세액이 100만원 이상인 경우. 다만, 다음 각 목의 경우는 제외한다.

② 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 통지를 받은 자는 통지를 받은 날부터 30일 이내에 통지를 한 세무서장이나 지방국세청장에게 통지 내용의 적법성에 관한 심사[이하 이 조에서 “과세전적부심사”(課稅前適否審査)라 한다]를 청구할 수 있다. 다만, 법령과 관련하여 국세청장의 유권해석을 변경하여야 하거나 새로운 해석이 필요한 경우 등 대통령령으로 정하는 사항에 대해서는 국세청장에게 청구할 수 있다.

1. 제81조의12에 따른 세무조사 결과에 대한 서면통지

2. 제1항 각 호에 따른 과세예고통지

③ 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우에는 제2항을 적용하지 아니한다.

3. 세무조사 결과 통지 및 과세예고통지를 하는 날부터 국세부과 제척기간의 만료일까지의 기간이 3개월 이하인 경우

(2) 소득세법

제105조(양도소득과세표준 예정신고) ① 제94조 제1항 각 호(같은 조 같은 항 제5호는 제외한다)에서 규정하는 자산을 양도한 거주자는 제92조 제2항에 따라 계산한 양도소득과세표준을 다음 각 호의 구분에 따른 기간에 대통령령으로 정하는 바에 따라 납세지 관할 세무서장에게 신고하여야 한다.

1. 제94조 제1항 제1호·제2호 및 제4호에 따른 자산을 양도한 경우에는 그 양도일이 속하는 달의 말일부터 2개월. 다만, 「부동산 거래신고 등에 관한 법률」 제10조 제1항에 따른 토지거래계약에 관한 허가구역에 있는 토지를 양도할 때 토지거래계약허가를 받기 전에 대금을 청산한 경우에는 그 허가일이 속하는 달의 말일부터 2개월로 한다.

제110조(양도소득과세표준 확정신고) ① 해당 과세기간의 양도소득금액이 있는 거주자는 그 양도소득 과세표준을 그 과세기간의 다음 연도 5월 1일부터 5월 31일까지[제105조 제1항 제1호 단서에 해당하는 경우에는 토지거래계약에 관한 허가일(토지거래계약허가를 받기 전에 허가구역의 지정이 해제된 경우에는 그 해제일을 말한다)이 속하는 과세기간의 다음 연도 5월 1일부터 5월 31일까지] 대통령령으로 정하는 바에 따라 납세지 관할 세무서장에게 신고하여야 한다.

② 제1항은 해당 과세기간의 과세표준이 없거나 결손금액이 있는 경우에도 적용한다.

③ 제1항에 따른 양도소득 과세표준의 신고를 확정신고라 한다.

④ 예정신고를 한 자는 제1항에도 불구하고 해당 소득에 대한 확정신고를 하지 아니할 수 있다. 다만, 해당 과세기간에 누진세율 적용대상 자산에 대한 예정신고를 2회 이상 하는 경우 등으로서 대통령령으로 정하는 경우에는 그러하지 아니하다.

(3) 소득세법 시행령

제173조(양도소득과세표준 확정신고) ④ 법 제110조제4항 단서에서“대통령령으로 정하는 경우”란 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우를 말한다.

1. 당해연도에 누진세율의 적용대상 자산에 대한 예정신고를 2회 이상 한 자가 법 제107조 제2항의 규정에 따라 이미 신고한 양도소득금액과 합산하여 신고하지 아니한 경우

2. 법 제94조 제1항 제1호ㆍ제2호 및 제4호의 규정에 의한 토지, 건물, 부동산에 관한 권리 및 기타자산을 2회 이상 양도한 경우로서 법 제103조 제2항의 규정을 적용할 경우 당초 신고한 양도소득산출세액이 달라지는 경우

3. 법 제94조 제1항 제3호의 규정에 의한 주식등을 2회 이상 양도한 경우로서 법 제103조 제2항의 규정을 적용할 경우 당초 신고한 양도소득산출세액이 달라지는 경우