이유
1. 처분개요

가. 청구법인은 2017.6.13. AAA일반산업단지에 소재하는 서울특별시 강서구 OOO 소재 토지 14,511㎡(이하 “이 건 토지”라 한다)를 OOO원에 취득한 후, 2018.9.11. 이 건 토지를「지방세특례제한법」(2016.12.27. 법률 제14477호로 개정된 것, 이하 같다) 제78조 제4항에서 규정하고 있는 산업단지 내에서 산업용 건축물 등을 신축하기 위하여 취득하는 부동산으로 신고하여 취득세의 100분의 75를 감면받고, 그 나머지에 해당하는 취득세 OOO원, 지방교육세 OOO원, 농어촌특별세 OOO원 합계 OOO원(가산세 OOO원 포함)을 신고.납부하였다.

나. 청구법인은 2020.4.13. 이 건 토지의 지상에 건축물 71,004㎡(이하 “이 건 건축물”이라 하고, 그 부속토지를 포함하여 이하 “이 건 부동산”이라 한다)를 신축(취득)한 후, 2020.6.10. 처분청에 이 건 건축물(취득가격 OOO원) 중 중 본점용 건축물 19,157㎡(26.98%, 이하 “이 건 본점용 건축물”이라 하고, 그 부속토지를 포함하여 이하 “이 건 본점용 부동산”이라 한다)에 대해서는「지방세법」제13조 제1항에서 규정하고 있는 중과세율(1천분의 68)을 적용하여 산출한 취득세 등 OOO원을, 기업부설연구소용 건축물 51,847㎡(73.02%, 이하 “이 건 연구소”라 한다)에 대하여는 산업단지 내에서 신축한 산업용 건축물 등으로 보아, 산출세액의 100분의 75를 감면하여 산출한 취득세 등 OOO원을 아래 ＜표1＞과 같이 각각 신고.납부하였다.

다. 또한, 청구법인은 이 건 토지 중 3,915.06㎡를 본점용 건축물의 부속토지로서 중과세율(1천분의 80) 적용 대상이고, 산업용 건축물에 따른 취득세 감면 대상이 아니라고 보아, 2020.6.10. 처분청에 그 과세표준 OOO원에「지방세법」(2016.12.27. 법률 제14476호로 개정된 것, 이하 같다) 제13조 제1항에서 규정하고 있는 중과세율을 적용하여 산출한 세액에서 청구법인이 납부한 세액을 차감하여 산출한 취득세 등 OOO원(감면철회분 OOO원, 중과분 OOO원, 농어촌특별세는 감면분 농어촌특별세와 상계)을 아래 ＜표1＞과 같이 수정신고.납부하였다.

＜표1＞ 이 건 건축물(토지 중과 포함)에 대한 취득세 등 신고.납부 내역

(단위 : ㎡, 원)

○○○

라. 처분청은 이 건 건축물의 취득가격과 실제 사용현황을 조사하여, 청구법인이 이 건 건축물의 취득세 과세표준에서 OOO원(건설자금이자)을 누락하였고, 이 건 건축물 중 본점용 건축물의 면적 비율을 실제(29.35%)보다 적게 신고(26.98%)하여 취득세 등을 과소 납부하였으며, 연구소용 건축물은 실제(63.55%) 보다 많이 신고(73.02%)하여 취득세를 과다하게 감면받았고, 산업용 건축물 등이 아닌 후생복지시설 5,041.3㎡(7.1%)를 취득세 감면 대상으로 신고하였다고 보아, 2022.2.10. 청구법인에게 이 건 토지와 이 건 건축물의 정당세액에서 청구법인이 납부한 세액을 차감한 취득세 등 OOO원을 아래 ＜표2＞와 같이 부과.고지하였다.

＜표2＞ 이 건 부동산 대한 취득세 등 부과 내역

(단위 : 원)

○○○

마. 청구법인은 이 건 토지의 면적 정산에 따라 추가로 OOO원을 지급한 후 이를 용도별로 안분하여, 2022.3.24. 아래 ＜표3＞과 같이 산출한 취득세 등 OOO원(청구법인이 2020.6.10. 신고.납부한 OOO원을 포함한 OOO원을 이하 “이 건 취득세 등”이라 한다)을 신고(수정).납부하였다.

＜표3＞ 이 건 토지에 대한 취득세 등 수정 신고.납부 내역

(단위 : %, 원)

○○○

바. 청구법인은 2023.10.25. 이 건 본점용 부동산과 후생복지시설에 대하여도「지방세특례제한법」제78조 제4항에서 규정하고 있는 산업단지 내 산업용 건축물 등으로 보아 취득세의 100분의 75를 감면하거나, 같은 법 제79조 제1항에서 규정하고 있는 본점의 지방 이전에 따른 부동산으로 보아 종전 본점용 부동산의 가액을 한도로 하여 취득세 등을 감면하여야 한다는 취지로 이 건 취득세 등(부과분 제외)의 일부 환급을 구하는 경정청구를 하였으나 처분청은 2023.12.21. 이를 거부하였다.

사. 청구법인은 이에 불복하여 2024.2.15. 서울특별시장에게 이의신청을 제기하였다.

아. 서울특별시장은 2024.5.28. 이 건 건축물(부속토지 포함) 중 후생복지시설 5,041.3㎡(7.1%)은 본점과 연구소에 공용되는 부분이므로 그 면적별로 안분하여 산업용 건축물인 연구소용에 공여되는 3,443.7㎡(전체 면적의 4.85%)에 대해서는 산업단지 내에서 산업용 건축물을 신축한 것으로 보아 취득세의 100분의 75를 감면하는 것으로 하여 그 취득세 등을 경정하고, 나머지 청구는 기각하였다.

자. 청구법인은 이에 불복하여 2024.8.29. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구법인 주장 및 처분청 의견

가. 청구법인 주장

(1)「지방세특례제한법」제78조 제4항, 같은 법 시행령 제29조 제1항 제2호, 제3호 및 제38조를 종합하면, 산업단지에서 산업용 건축물 등인 연구개발시설 및 시험생산시설용 건축물과 지식산업 등을 영위하기 위한 건축물을 신축하는 경우 해당 부동산에 대하여 취득세 등을 감면한다고 규정하고 있는데, 처분청은 이 건 부동산에 대하여「지방세특례제한법 시행령」제29조 제1항 제2호를 적용하여 연구시설인 연구소에 대하여만 취득세 등을 감면하고, 이 건 본점용 부동산과 후생복지시설의 일부에 대해서는 취득세 감면을 거부하였는바, 이는 아래와 같은 사유로 부당하다.

(가)「지방세특례제한법」제78조 제4항 및 같은 법 시행령 제29조 제1항 제1호에서, 산업단지에서 지식산업 등을 영위하기 위한 산업용 건축물 등을 신축하기 위하여 취득하는 부동산에 대하여는 취득세를 감면한다고 규정하고 있다.

(나) AAA일반산업단지는 지식산업과 같은 첨단 업종을 유치하기 위해 서울주택도시공사가 조성한 산업단지로서, 서울주택도시공사는 청구법인의 주된 업종인 치과용 임플란트 개발업이 지식산업인 생명공학에 해당한다는 사실을 인정하고, 당초 수분양자인 대우조선해양 주식회사가 청구법인에게 이 건 토지를 매각하는 것을 승인하였으며, 청구법인은 이 건 부동산을 연구소 등으로 사용하고 있고 이에 대해 서울주택도시공사가 아무런 문제를 제기하지 않고 있음을 볼 때, 청구법인이 지식산업을 영위하고 있다는 사실은 명백하다.

(다)「지방세특례제한법 시행령」제29조 제1항 제3호 및「산업입지 및 개발에 관한 법률」제2조 제2호에서 규정하고 “지식산업”이란 연구개발업 등 전문 분야의 지식을 기반으로 하여 창의적 정신활동에 의하여 고부가가치의 지식서비스를 창출하는 데에 이바지할 수 있는 산업을 말하는 것인데, 청구법인이 영위하는 치과용 임플란트 개발업은 인체 공학적 전문지식과 고도의 정밀처리 가공기술이 결합되는 창의적 활동이고, 이러한 활동의 결과로써 산출되는 제품과 서비스는 고부가가치의 치과 의료 서비스를 창출하는데 매우 중요하고 필수적인 요소이므로, 이와 같은 산업은 지식산업의 정의에 부합한다고 할 것이다.

(라) 특히, 조세심판원은 서울특별시장이 AAA구역 도시개발사업 실시계획변경인가 고시를 통해 전기통신업을 AAA 일반산업단지 입주업종으로 지정하였고, ‘전기통신업’은 전문 분야의 지식을 기반으로 하여 창의적 정신활동에 의하여 고부가가치의 지식서비스를 창출하는 데에 이바지할 수 있는 지식산업에 해당하며,「산업집적활성화 및 공장설립에 관한 법률」에서 전기통신업을 첨단기술과 산업의 범위에, 「산업발전법」에서는 ‘전기통신업’을 지식서비스산업의 범위에 포함하고 있다고 보아 전기통신업을 영위하기 위해 산업단지에 신축한 부동산을 산업용 건축물 등의 하나인 지식산업용 건축물로 보아 취득세를 감면하여야 한다고 결정하였다(조심 2021지3340, 2023.6.27.).

(마) 따라서, 청구법인이 영위하는 사업은「지방세특례제한법 시행령」제29조 제1항 제3호 및「산업입지 및 개발에 관한 법률」제2조 제2호에서 규정하고 있는 “지식산업”에 해당하고, 서울특별시장도 이 건 취득세 등의 이의신청 과정에서 청구법인의 임플란트 개발업을 지식산업임을 인정하였다.

(바) 이 건 부동산에 소재하는 청구법인의 여러 사업부는 청구법인의 주된 사업인 치과용 임플란트 개발 및 제조 등을 영위하기 위한 관련 업무(지원, 기획, 관리, 영업 등)를 수행하고 있고, 이들 업무는 지식산업인 치과용 임플란트 개발업을 영위하기 위한 필수적인 업무라 할 것이므로 이와 같은 업무 활동을 지식산업의 범위에서 배제해서는 않되므로 이 건 본점용 건축물(부속토지 포함)은 산업용 건축물 등의 하나인 지식산업용 건축물에 해당한다.

(사) 또한,「지방세특례제한법」제78조 제4항과 같은 법 시행령 제29조 제1항 제3호에서 산업용 건축물 등을 공장, 지식산업용 건축물, 문화산업, 정보통신산업, 자원비축시설용 건축물 등으로 규정하고 있을 뿐 관련 법령 어디에도 본점, 후생복지시설용 부동산을 지식산업용 건축물에서 배제한다거나 지식산업 중 개발ㆍ생산 활동에 국한하여 감면한다는 내용을 찾아볼 수 없으므로 조세법규의 엄격해석 원칙 상 해당 건축물이 산업용 건축물 등에만 해당하면 그 부동산(부속토지 포함) 전부를「지방세특례제한법」제78조 제4항에서 규정한 산업용 건축물 등으로 보아 취득세를 감면하여야 하므로 이 건 본점용 부동산(후생복지시설 일부 포함, 이하 같다)에 대한 취득세의 100분의 75를 감면하여야 한다.

(2) 설령, 이 건 본점용 부동산과 후생복지시설이「지방세특례제한법」 제78조 제4항에서 규정하고 있는 산업용 건축물 등에 해당하지 않는다 하더라도 이 건 본점용 부동산(후생복지시설 포함, 이하 같다)은 청구법인이 대도시 내에 있는 종전 본점(서울특별시 금천구 OOO)을 대도시 외의 지역으로 이전하기 위해 취득한 부동산이므로「지방세특례제한법」(2020.1.15. 법률 제16865호로 개정된 것) 제79조 제1항 및 같은 법 시행규칙 제7조 제1항에 따라 취득세를 면제하여야 한다.

(가) 청구법인은 2020.4.1. 이 건 건축물을 신축한 후, 그 날부터 6개월 내에 대도시 내에 소재하는 종전 본점을 폐쇄하고, AAA일반산업단지에 소재하는 이 건 부동산으로 본점을 이전하였으므로 이 건 본점용 부동산은「지방세특례제한법」(2020.1.15. 법률 제16865호로 개정된 것) 제79조 제1항에서 취득세 면제 대상으로 규정하고 있는 본점의 지방 이전에 따라 취득한 부동산에 해당한다.

(나)「지방세특례제한법 시행규칙」제7조 제1항 각 호에서 본점의 지방이전에 따른 취득세 면제 요건을 대도시 외의 지역으로 이전하기 위하여 취득한 본점 또는 주사무소용 부동산으로서 사업을 시작하기 이전에 취득한 것일 것(제1호), 과밀억제권역 내의 본점을 대도시 외의 지역으로 이전하기 위하여 사업을 중단한 날까지 6개월 이상 사업을 한 실적이 있을 것(제2호), 대도시 외의 지역에서 그 사업을 시작한 날부터 6개월 이내에 과밀억제권역 내에 있는 종전의 본점을 폐쇄할 것(제3호), 대도시 외의 지역에서 본점용 부동산을 취득한 날부터 6개월 이내에 건축공사를 시작할 것(제4호)으로 규정하면서 제4호의 경우 그 단서에서 토지의 취득일부터 6개월이 경과한 후 건축물의 건축공사를 착공한 경우라도 정당한 사유가 있는 경우 해당 조건을 충족한 것으로 본다고 규정하고 있다.

(다) 청구법인은 2017.6.13. 이 건 토지를 취득한 후 같은 날 이 건 건축물의 설계용역을 체결하였고, 2개월 후인 2017.8.28. 처분청에 이 건 건축물의 신축을 위한 건축위원회의 심의를 신청하여 20여건을 개선하는 조건으로 건축심의(조건부 동의)를 받았고, 청구법인은 처분청(건축위원회)의 개선 권고 등을 반영하여 설계도서 등을 재작성한 후, 이를 토대로 처분청과 계속적인 사전 협의를 거쳐 2017.12.8. 처분청에 이 건 건축물의 건축허가를 신청하였으며, 처분청은 2018.1.16. 이를 허가하였다.

(마) 청구법인은 이 건 건축물의 건축허가를 받은 후에도 처분청으로부터 빛 공해 방지를 위한 심의, 녹색건축물 승인 및 굴토 심의 승인을 받아 2018.6.22. 이 건 건축물의 신축공사를 착공하였다.

(바) 위와 같이 청구법인은 이 건 토지의 취득일부터 6개월 이내에 이 건 건축물의 건축공사를 시작하기 위해 정상적인 노력을 다하였으나 그 시간이 절대적으로 부족하여 유예기간(6개월)을 넘긴 것으로 이는「지방세특례제한법 시행규칙」제7조 제1항 제4호 단서에서 규정하고 있는 정당한 사유에 해당하고, 이에 따라 이 건 본점용 부동산 중 토지도 본점의 지방이전에 따라 취득한 부동산으로 보아야 하므로 이 건 본점용 부동산(후생복지시설 포함)에 대해서는 종전 본점의 부동산 가액을 한도로 그 취득세 등을 감면하여야 한다.

나. 처분청 의견

(1) 이 건 본점용 부동산은「지방세특례제한법」제78조 제4항과 같은 법 시행령 제29조 제1항 제3호에서 규정하고 있는 지식산업용 건축물에 해당하지 아니하므로 처분청이 이 건 본점용 부동산에 대한 취득세 경정청구를 거부한 처분은 정당하다.

(가) 산업단지 내 산업용 건축물 등을 신축하고자 하는 자가 취득하는 부동산에 대하여 취득세 등을 면제하는 입법취지는 산업단지 내 기업 입주를 촉진하고 산업단지의 경쟁력을 높이기 위한 것이므로, 산업용 건축물이 취득세 등의 감면 대상에 해당하는지 여부는 부동산의 취득 당시를 기준으로 그 현황과 용도, 취득 목적 등을 종합적으로 고려하여 판단하여야 한다(대법원 2014.5.29. 선고 2014두3389 판결).

(나) 산업단지 내 건축물 중 일부가 법인의 전체 경영활동을 총괄하면서 총무, 재무, 회계 등 법인의 주된 업무를 지휘·통제하는 활동이 이루어지는 주된 사무소로 사용되는 경우라면 연구시설 운영을 위한 부대시설로 볼 수 없으므로 산업용 건축물에 대한 취득세 등의 감면대상에 해당하지 않는다고 보는 것이 타당하다(행정안전부 지방세특례제도과-1913, 2019.5.17.).

(다) 청구법인이 전자공시시스템에 공시한 사업보고서(2021년)에 의하면 전체 매출액 중 치과 의료용 기기 제조업과 관련한 제품에 대한 매출 비중이 78.4%로 청구법인의 주된 사업은 의료용 기기 제조업으로 볼 수 있으나 치과용 기자재 수입 및 관련 용역 등에 대한 매출 또한 20%를 상회하고, 청구법인은 총 35개(해외 28개 포함)에 이르는 종속회사들에 대한 중추적인 의사결정 및 경영지원 업무도 이 건 부동산에서 수행하고 있음을 볼 때, 청구법인이 이 건 부동산에서 지식산업만을 영위하고 있다고 볼 수 없다.

(라) 따라서, 청구법인이 의료용기기 제조업을 영위하고 있다고 하더라도 이 건 본점용 부동산을「지방세특례제한법」제78조 제4항에서 규정하고 있는 취득세 면제 대상이라고 할 수는 없으므로 이 건 본점용 부동산에 대해 취득세 감면을 거부한 처분은 정당하다.

(2)「지방세특례제한법」(2020.1.15. 법률 제16865호로 개정된 것) 제79조 제1항에서 본점의 지방이전에 따라 취득하는 부동산에 대하여 같은 법 시행규칙 제7조 제1항에서 취득세 등의 면제 요건을 별도로 규정하고 있는데, 청구법인은 이 건 토지를 취득한 후 6개월이 경과한 후 이 건 건축물의 건축공사를 시작하였고, 여기에 법령의 금지나 제한과 같은 정당한 사유는 없다고 할 것이므로 처분청이 이 건 본점용 부동산에 대한 취득세 면제를 거부한 처분도 정당하다.

(가) 청구법인은 2005.1.3.부터 과밀억제권역 내에 있는 종전 본점에서 사업을 영위하다가 2020.4.13. 처분청으로부터 이 건 건축물의 사용승인을 받은 후 그 날부터 6개월 이내인 2020.7.30. 종전 본점에서 이 건 부동산 소재지로 본점을 이전하고, 종전 본점을 폐쇄한 사실을 종합하여 보면, 청구법인은「지방세특례제한법 시행규칙」제7조 제1항 제1호에서 제3호까지의 면제 요건을 충족한 것으로 보인다.

(나) 청구법인은 이 건 건축물을 신축하는데 많은 규제와 준수사항이 있다는 것을 충분히 예측할 수 있었음에도 이 건 건축물을 신축하기 위한 별다른 노력을 하지 않은 채 이 건 토지의 취득일부터 6개월이 경과한 2018.6.22. 이 건 건축물의 건축공사를 시작한 것으로 보이는바, 청구법인이 이 건 건축물의 건축공사를 시작하기 위하여 정상적인 노력을 다하였으나 시간이 부족하여 그 유예기간을 경과한 것으로 볼 수는 없다 하겠으므로 이 건 건축물의 신축공사를 늦게 착공한 데에 정당한 사유가 있다는 청구법인의 주장은 받아들이기 어렵다.

3. 심리 및 판단

가. 쟁점

① 이 건 본점용 부동산을「지방세특례제한법」제78조 제4항에서 규정하고 있는 산업용 건축물 등으로 보아 취득세 등을 감면하여야 한다는 청구주장의 당부

② 이 건 본점용 부동산을 본점의 지방이전에 따라 취득한 부동산으로 보아 취득세를 면제하여야 한다는 청구주장의 당부

나. 관련 법령 : ＜별지＞ 기재

다. 사실관계 및 판단

(1) 청구법인과 처분청이 제출한 심리자료에 의하면 다음과 같은 사실이 나타난다.

(가) 서울특별시장은 2008.12.30. 아래와 같이 AAA일반산업단지 조성사업의 실시계획을 승인하였다(서울특별시 고시 OOO).

○○○

(나) 서울특별시장은 2011.12.29. AAA구역 도시개발사업 1지구, 2지구 실시계획변경인가를 고시(고시 OOO)하였는데, 여기에서 확인되는 AAA일반산업단지의 유치업종 및 그 배치계획은 아래와 같다.

○○○

(다) 청구법인은 1997.1.8. 본점소재지를 서울특별시 강남구 OOO로 하고, 목적사업을 의료용구, 의료용 재료 제조 및 판매업, 무역업 및 무역대행업, 정보기술 소프트웨어 개발·판매업 등으로 하여 설립된 후, 2005.1.3. 본점소재지를 서울특별시 금천구 OOO으로 이전하였다.

(라) 청구법인은 2017.6.13. 이 건 토지(서울특별시 강서구 OOO, 14,511㎡)를 OOO원에 취득한 후 2018.9.11. 이 건 토지를 산업단지 내에서 산업용 건축물을 신축하기 위해 취득하는 부동산으로 하여 취득세의 100분의 75를 감면받아 취득세 등 OOO원(가산세 OOO원 포함)을 신고.납부하였다.

(마) 청구법인 이 건 토지를 취득하기 전인 2017.3.10. 이 건 건축물의 설계를 공모하여 2017.5.15. 이 건 건축물의 설계 공모 당선작을 공고하고, 2017.6.13.(토지 취득일) 주식회사 BBB와 이 건 건축물의 설계계약을 체결하였다.

(바) 청구법인은 2017.8.28. 처분청에 이 건 건축물의 신축을 위한 건축위원회의 심의를 신청하였고, 처분청(건축위원회)은 2017.9.1. 차수성이 강한 흙막이 공법으로 변경하여 굴토안전전문위원회 심의를 받도록 하는 등 약 20건에 대해 그 개선을 권고하는 조건으로 이 건 건축물의 신축을 동의하였다.

(사) 청구법인은 처분청(건축위원회)의 개선 권고 등을 반영하여 설계도서 등을 재작성한 후 2017.12.8. 처분청에 이 건 건축물의 건축허가를 신청하였고, 처분청은 2018.1.16. 이를 허가하였다.

(아) 청구법인은 이 건 건축물의 건축허가를 받은 후에도 처분청으로부터 이 건 건축물의 신축에 따른 빛 공해 방지 심의와 굴토 심의를 받아, 이 건 토지의 취득일(2017.6.13.)부터 1년이 경과한 2018.6.22. 이 건 건축물의 건축공사를 시작하였다.

(자) 청구법인은 2020.4.13. 이 건 건축물을 취득(신축)한 후, 이 건 토지와 건축물을 그 용도별로 안분하여, 토지에 대해서는 취득세 등OOO원(중과분 및 감면 철회분)을 수정신고.납부하고, 건축물에 대해서는 취득세 등 OOO원을 신고.납부하였다.

(차) 처분청은 이 건 부동산의 사용 현황을 조사하여, 본점용을 전체의 29.35%로, 연구소용을 63.55%로, 후생복지시설용을 7.1%로 확정하고, 청구법인이 이 건 부동산에 대한 취득세 등을 신고하면서 그 취득가격을 누락하거나 세율을 착오 적용하여 정당세액 보다 과소 납부하였다고 보아 2022.2.10. 청구법인에게 취득세 등 OOO원을 부과.고지하였다.

(카) 청구법인은 이 건 토지의 면적 정산에 따라 추가로 서울주택도시공사에 OOO원을 추가로 지급한 후, 그 취득가격을 용도 별로 구분하여 산출한 취득세 등 OOO원을 신고.납부하였다

(타) 청구법인은 2023.10.25. 이 건 본점용.후생복지시설용 건축물(부속토지 포함)을「지방세특례제한법 시행령」제29조 제1항 제3호에서 규정하고 있는 산업용 건축물 등으로 보아 취득세 등을 감면하여야 하고(주위적 청구), 설령 그 건축물이 산업용 건축물 등에 해당하지 않는다 하더라도 이 건 본점용.후생복지용 건축물은 대도시 내에 있는 종전 본점을 대도시 외의 지역으로 이전하기 위해 취득한 것이므로「지방세특례제한법」(2020.1.15. 법률 제16865호로 개정된 것) 제79조 제1항에 따라 취득세 등을 면제(예비적 청구)해야 한다는 취지로 취득세 등 OOO원(신고.납부분)에 대해 경정청구를 하였으나, 처분청은 2023.12.21. 이를 거부하였다.

(파) 처분청은 이 건 건축물(71,004㎡) 중 청구법인의 경영기획본부, 인사본부, 재경본부, 총무본부, 법무실, 마케팅총괄본부, 국내영업총괄본부, 해외영업총괄본부 등 5개실 11개 본부가 사용하는 20,840㎡(29.35%)를 본점으로, 임플란트연구소, 뼈과학연구소 등 11개 연구소가 사용하는 45,123㎡(63.55%)를 산업용 건축물로, 나머지 5,041㎡(7.1%)를 후생복리시설로 구분하였고, 여기에 대해서는 다툼이 없다.

(하) 청구법인은 2020.4.13. 이 건 건축물을 신축한 후, 2020.7.30. 대도시 내에 있는 종전 본점인 서울특별시 금천구 OOO(토지 361.67㎡, 건축물 2,288.98㎡)을 OOO원에 매각(종전 본점 폐쇄)하고, 같은 날 이 건 부동산으로 본점을 이전하였다.

(2) 먼저, 쟁점①에 대해 본다.

(가)「지방세특례제한법」제78조 제4항, 제8항, 같은 법 시행령 제29조 제1항 및 제38조를 종합하면, 산업단지에서 연구개발시설 및 시험생산시설용 건축물(제2호), 공장, 지식산업ㆍ문화산업ㆍ정보통신산업ㆍ자원비축시설용 건축물과 이와 직접 관련된 교육ㆍ연구ㆍ정보처리ㆍ유통시설용 건축물(제3호) 등을 신축하기 위해 취득하는 부동산에 대해서는 취득세의 100분의 75를 감면한다고 규정하고 있다.

또한,「산업입지 및 개발에 관한 법률」제2조 제2호에서 “지식산업”이란 컴퓨터소프트웨어개발업ㆍ연구개발업ㆍ엔지니어링서비스업 등 전문 분야의 지식을 기반으로 하여 창의적 정신활동에 의하여 고부가가치의 지식서비스를 창출하는 데에 이바지할 수 있는 산업을 말한다고 규정하고 있으며,「산업집적활성화 및 공장설립에 관한 법률」제2조 제18호 및 같은 법 시행령 제6조 제2항에서 “지식산업”이란 창의적 정신활동에 의하여 고부가가치의 지식서비스를 창출하는 산업으로서 다음 각 호의 산업을 말한다고 규정하고 있다.

(나) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여, 이 건에 대해 살피건대,「지방세특례제한법 시행령」제29조 제1항 제2호에서 연구개발시설용 건축물의 경우 그 주된 업종이 무엇이든 산업용 건축물 등에 해당하는 것으로 규정하고 있는 이상 연구개발을 주로 한다고 하여 해당 산업이 같은 항 제3호에서 규정하고 있는 지식산업 등에 해당한다고 볼 수는 없는 점,

처분청은「지방세특례제한법 시행령」제29조 제1항 제2호에 따라 이 건 부동산 중 연구소용 부동산에 대하여 그 취득세 등을 감면한 것인바, 이 건 연구소용 부동산이 산업용 건축물 등에 해당한다고 하여 청구법인의 주업이 창의적 정신활동에 의하여 고부가가치의 지식서비스를 창출하는 지식산업에 해당한다고 볼 수는 없는 점,

「산업집적활성화 및 공장설립에 관한 법률 시행령」제6조 제2항 각 호에서 규정하고 있는 지식산업의 종류에 청구법인의 주업인 의료용품 제조업은 열거되어 있지 않은 점 등에 비추어

이 건 본점용 부동산을「지방세특례제한법 시행령」제29조 제1항 제3호에서 규정하고 있는 지식산업용 건축물(부속토지 포함)로 보아 그 취득세 등을 감면하여야 한다는 청구법인의 주장은 받아들이기 어렵다고 판단된다.

(3) 다음으로, 쟁점②에 대해 본다.

(가)「지방세특례제한법」(2020.1.15. 법률 제16865호로 개정된 것) 제79조 제1항 및 같은 법 시행규칙 제7조 제2항에서 과밀억제권역에 본점을 설치하여 사업을 직접 하는 법인이 해당 본점을 매각하거나 임차를 종료하고 대통령령으로 정하는 대도시 외의 지역으로 본점을 이전하는 경우에 해당 사업을 직접 하기 위하여 취득하는 부동산에 대해서는 종전 본점용 부동산의 가액 등을 한도로 취득세를 면제한다고 규정하고 있다.

또한,「지방세특례제한법 시행규칙」제7조 제1항에 대도시 외의 지역으로 본점을 이전하여 해당 사업을 직접 하기 위하여 취득하는 부동산의 범위는 법인의 본점으로 사용하는 부동산과 그 부대시설용 부동산으로서, 대도시 외의 지역으로 이전하기 위하여 취득한 본점용 부동산으로 사업을 시작하기 이전에 취득한 것일 것(제1호), 과밀억제권역 내의 본점 또는 주사무소를 대도시 외의 지역으로 이전하기 위하여 사업을 중단한 날까지 6개월 이상 사업을 한 실적이 있을 것(제2호), 대도시 외의 지역에서 그 사업을 시작한 날부터 6개월 이내에 과밀억제권역 내에 있는 종전의 본점 또는 주사무소를 폐쇄할 것(제3호), 대도시 외의 지역에서 본점 또는 주사무소용 부동산을 취득한 날부터 6개월 이내에 건축공사를 시작하거나 직접 그 용도에 사용할 것(제4호)으로 규정하면서, 제4호의 경우에는 정당한 사유가 있는 경우에는 6개월 이내에 건축공사를 시작하지 아니하거나 직접 그 용도에 사용하지 아니할 수 있다고 규정하고 있다.

(나) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여, 이 건에 대해 살피건대, 청구법인의 종전 본점(서울특별시 금천구 OOO)은 과밀억제권역에 있고, 이 건 본점용 건축물(후생복지시설 포함, 이하 같다)은 산업단지로서, 대도시 외의 지역에 소재하므로 청구법인이 이 건 본점용 부동산으로 본점을 이전한 것은「지방세특례제한법」제79조 제1항에서 규정하고 있는 법인의 지방이전에 해당한다고 할 것이다.

또한, 청구법인은 종전 본점에서 6개월 이상 사업을 영위하였고, 이 건 본점용 건축물에서 사업을 시작하기 전에 이 건 건축물을 취득(신축)하였으며, 이 건 본점용 건축물을 신축한 후 6개월 이내에 본점을 이전하고, 종전 본점을 폐쇄하였으므로 이 건 본점용 건축물은「지방세특례제한법 시행규칙」제7조 제1항 각 호에서 규정하고 있는 법인의 지방 이전에 따른 취득세 감면 조건을 모두 충족한 것으로 보인다.

(다) 한편, 청구법인이 이 건 토지를 취득한 후 6개월이 경과할 때까지 건축공사를 시작하지 못한 데에 정당한 사유가 있는지에 대하여 보면, 청구법인은 이 건 토지를 취득하기 전에 이 건 건축물의 설계를 공모하여, 이 건 토지의 취득일인 2017.6.13. 이 건 토지의 설계계약을 체결한 것으로 나타나는 점,

청구법인은 처분청(건축위원회)의 권고에 따라 설계 및 굴토 방법 등을 변경하였고, 처분청과 협의를 거쳐 건축허가를 신청하였으며, 건축허가를 받은 후에도 빛 공해 방지 심의, 녹색건축물 인증 및 굴토 심의를 받았는데 이와 같은 심의 등은 이 건 건축물의 신축공사 착공을 위한 필수 절차에 해당하는 점,

이 건 건축물은 연면적 71,004㎡의 대형건축물로서, 이를 신축하는데에 상당한 준비 시간이 필요하다고 할 것인데, 그에 비해 6개월의 유예기간은 너무 짧다고 보이는 점 등에 비추어,

청구법인은 이 건 건축물을 건축하기 위해 정상적인 노력을 다하였으나 그 시간이 부족하여 유예기간(6개월)을 경과한 것으로 보이는바, 이 건 본점용 건축물의 부속토지도「지방세특례제한법 시행규칙」제7조 제1항 제4호에서 규정하고 있는 법인의 지방 이전에 따른 취득세 등의 면제 요건을 충족한다고 보는 것이 타당하다.

(마) 다만, 이 건 본점용 부동산이「지방세특례제한법」제79조 제1항에서 규정하고 있는 취득세 면제 요건을 충족한다고 하더라도 청구법인이 종전 본점의 부동산 가액을 확인할 수 있는 관련 자료(법인장부 등)를 제출하지 아니하여, 그 가액을 알 수 없으므로 처분청이 종전 본점의 부동산 가액을 재조사하여, 종전 본점의 부동산 가액을 한도로 이 건 본점용 부동산의 취득세 등을 감면(100분의 85, 최소납부세제 적용)하는 것이 타당하다고 판단된다.

4. 결 론

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 일부 이유 있으므로「지방세기본법」제96조 제7항,「국세기본법」제80조의2, 제65조 제1항 제2호 및 제3호에 의하여 주문과 같이 결정한다.

＜별지＞ 관련 법령

가. 쟁점① 관련

(1) 지방세특례제한법(2016.12.27. 법률 제14477호로 개정된 것)

제78조[산업단지 등에 대한 감면] ④ 제1항에 따른 사업시행자 외의 자가 제1호 각 목의 지역(이하 “산업단지등”이라 한다)에서 취득하는 부동산에 대해서는 제2호 각 목에서 정하는 바에 따라 지방세를 경감한다.

1. 대상 지역

가.「산업입지 및 개발에 관한 법률」에 따라 지정된 산업단지

2. 경감 내용

가. 산업용 건축물등을 신축하기 위하여 취득하는 토지와 신축 또는 증축하여 취득하는 산업용 건축물등에 대해서는 취득세의 100분의 50을 2022년 12월 31일까지 경감한다. (단서 생략)

⑧ 제4항에 따라 취득세를 경감하는 경우 지방자치단체의 장은 해당 지역의 재정여건 등을 고려하여 100분의 25(같은 항 제2호 나목에 따라 취득세를 경감하는 경우에는 100분의 15)의 범위에서 조례로 정하는 율을 추가로 경감할 수 있다.

(2) 지방세특례제한법 시행령

제29조[산업용 건축물 등의 범위] ① 법 제58조 제3항 각 호 외의 부분 본문에서 “대통령령으로 정하는 건축물”이란 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 건축물을 말한다.

2.「산업기술단지 지원에 관한 특례법」에 따른 연구개발시설 및 시험생산시설용 건축물

3.「산업입지 및 개발에 관한 법률」제2조에 따른 공장ㆍ지식산업ㆍ문화산업ㆍ정보통신산업ㆍ자원비축시설용 건축물과 이와 직접 관련된 교육ㆍ연구ㆍ정보처리ㆍ유통시설용 건축물

제38조[산업용 건축물 등의 범위] 법 제78조 제2항 각 호 외의 부분에서 “대통령령으로 정하는 산업용 건축물등”이란 제29조 제1항 각 호의 어느 하나에 해당하는 건축물을 말한다. 다만, 제29조 제1항 제3호에 해당하는 공장용 건축물은 행정안전부령으로 정하는 업종 및 면

(3) 산업입지 및 개발에 관한 법률

제2조[정의] 이 법에서 사용하는 용어의 뜻은 다음과 같다.

2. “지식산업”이란 컴퓨터소프트웨어개발업ㆍ연구개발업ㆍ엔지니어링서비스업 등 전문 분야의 지식을 기반으로 하여 창의적 정신활동에 의하여 고부가가치의 지식서비스를 창출하는 데에 이바지할 수 있는 산업을 말한다.

(4) 산업집적활성화 및 공장설립에 관한 법률

제2조[정의] 이 법에서 사용하는 용어의 뜻은 다음과 같다.

18. “입주기업체”란 산업단지에 입주하여 제조업, 지식산업, 정보통신산업, 자원비축시설, 그 밖에 대통령령으로 정하는 산업을 운영하려는 자 중 대통령령으로 정하는 자격을 가진 자로서 제38조제1항 또는 제3항에 따라 입주계약을 체결한 기업체를 말한다.

(5) 산업집적활성화 및 공장설립에 관한 법률 시행령

제6조[산업단지의 입주자격] ② 법 제2조 제18호에서 “지식산업”이란 창의적 정신활동에 의하여 고부가가치의 지식서비스를 창출하는 산업으로서 다음 각 호의 산업을 말한다.

1. 한국표준산업분류에 따른 연구개발업

2.「고등교육법」제25조에 따른 연구소의 연구개발업

3.「기초연구진흥 및 기술개발지원에 관한 법률」제14조 제1항 각 호에 따른 기관 또는 단체(같은 법 제6조 제1항 제3호에 따른 대학은 다음 각 목의 요건을 모두 갖춘 대학이나「대학설립ㆍ운영 규정」제2조의7에 따라 산업단지 안에서 운영하는 대학만 해당한다)의 연구개발업

가. 법 제2조제8호의2에 따른 산학융합지구에 입주할 것

나. 건축연면적 2만제곱미터 이하일 것

다. 기업과의 공동연구를 위한 연구실, 연구개발을 위한 장비 지원시설 및 기업부설연구소를 위한 시설의 면적이 건축연면적의 100분의 50 이상을 차지할 것

4. 건축기술, 엔지니어링 및 그 밖의 과학기술서비스업

5. 광고물 작성업

6. 영화, 비디오물 및 방송프로그램 제작업

7. 출판업

8. 전문 디자인업

9. 포장 및 충전업

10. 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 교육서비스업

가.「국민 평생 직업능력 개발법」제2조제3호에 따른 직업능력개발 훈련시설에서 운영하는 경우

나. 제3호 각 목의 요건을 모두 갖춘 대학의 경우

다.「대학설립ㆍ운영 규정」제2조의7에 따라 산업단지 안에서 운영하는 대학의 경우

11. 경영컨설팅업(재정ㆍ인력ㆍ생산ㆍ시장 관리나 전략기획에 관한 자문업무 및 지원을 하는 기업체만 해당한다)

12. 번역 및 통역 서비스업

13. 전시 및 행사 대행업

14. 환경 정화 및 복원업

15. 영화, 비디오물 및 방송프로그램 제작 관련 서비스업

16. 음악 및 기타 오디오물 출판업

17. 시장조사 및 여론조사업

18. 사업 및 무형 재산권 중개업

19. 물품감정, 계량 및 견본 추출업

20. 무형재산권 임대업

21. 광고 대행업

22. 옥외 및 전시 광고업

23. 사업시설 유지관리 서비스업

24. 보안시스템 서비스업

25. 콜센터 및 텔레마케팅 서비스업

26.「이러닝(전자학습)산업 발전 및 이러닝 활용 촉진에 관한 법률」 제2조 제3호 가목에 따른 업(이 항 제7호, 제10호 또는 제3항 각 호에 따른 산업을 경영하는 입주기업체가 운영하는 경우로 한정한다)

27. 한국표준산업분류에 따른 그 외 기타 전문, 과학 및 기술 서비스업으로서 관리기관이 인정하는 산업. 이 경우 관리기관의 인터넷 홈페이지에 해당 산업을 게시해야 한다.

나. 쟁점② 관련

(1) 지방세특례제한법(2020.1.15. 법률 제16865호로 개정된 것)

제79조[법인의 지방 이전에 대한 감면] ① 과밀억제권역에 본점 또는 주사무소를 설치하여 사업을 직접 하는 법인이 해당 본점 또는 주사무소를 매각하거나 임차를 종료하고 대통령령으로 정하는 대도시(이하 이 절에서 “대도시”라 한다) 외의 지역으로 본점 또는 주사무소를 이전하는 경우에 해당 사업을 직접 하기 위하여 취득하는 부동산에 대해서는 취득세를 2021년 12월 31일까지 면제하고, 재산세의 경우 그 부동산에 대한 재산세의 납세의무가 최초로 성립하는 날부터 5년간 면제하며 그 다음 3년간 재산세의 100분의 50을 경감한다.(이하 생략)

③ 제1항 및 제2항에 따른 대도시 외의 지역으로 이전하는 본점 또는 주사무소의 범위와 감면 등의 적용기준은 행정안전부령으로 정한다.

(2) 지방세특례제한법 시행령

제39조[대도시의 범위] 법 제79조 제1항 본문에서 “대통령령으로 정하는 대도시”란 과밀억제권역(「산업집적활성화 및 공장설립에 관한 법률」을 적용받는 산업단지는 제외한다)을 말한다.

(3) 지방세특례제한법 시행규칙

제7조[대도시 외의 지역으로 이전하는 본점 또는 주사무소에 대한 감면 등의 적용기준] ① 법 제79조 제1항 본문에 따라 대도시(영 제39조에 따른 대도시를 말한다. 이하 같다) 외의 지역으로 본점 또는 주사무소를 이전(移轉)하여 해당 사업을 직접 하기 위하여 취득하는 부동산의 범위는 법인의 본점 또는 주사무소로 사용하는 부동산과 그 부대시설용 부동산으로서 다음 각 호의 요건을 모두 갖춘 것으로 한다.

1. 대도시 외의 지역으로 이전하기 위하여 취득한 본점 또는 주사무소용 부동산으로서 사업을 시작하기 이전에 취득한 것일 것

2. 과밀억제권역 내의 본점 또는 주사무소를 대도시 외의 지역으로 이전하기 위하여 사업을 중단한 날까지 6개월(임차한 경우에는 2년을 말한다) 이상 사업을 한 실적이 있을 것

3. 대도시 외의 지역에서 그 사업을 시작한 날부터 6개월 이내에 과밀억제권역 내에 있는 종전의 본점 또는 주사무소를 폐쇄할 것

4. 대도시 외의 지역에서 본점 또는 주사무소용 부동산을 취득한 날부터 6개월 이내에 건축공사를 시작하거나 직접 그 용도에 사용할 것. 다만, 정당한 사유가 있는 경우에는 6개월 이내에 건축공사를 시작하지 아니하거나 직접 그 용도에 사용하지 아니할 수 있다.

② 제1항에 따른 감면대상이 되는 본점 또는 주사무소용 부동산 가액의 합계액이 이전하기 전의 본점 또는 주사무소용 부동산 가액의 합계액을 초과하는 경우 그 초과액에 대해서는 취득세를 과세한다. 이 경우 그 초과액의 산정방법과 적용기준은 다음 각 호와 같다.

1. 이전한 본점 또는 주사무소용 부동산의 가액과 이전하기 전의 본점 또는 주사무소용 부동산의 가액이 각각「지방세법」제10조제5항에 따른 사실상의 취득가격 및 연부금액으로 증명되는 경우에는 그 차액

2. 제1호 외의 경우에는 이전한 본점 또는 주사무소용 부동산의 시가표준액(「지방세법」제4조에 따른 시가표준액을 말한다. 이하 같다)과 이전하기 전의 본점 또는 주사무소용 부동산의 시가표준액의 차액

(4) 산업집적활성화 및 공장설립에 관한 법률 시행규칙

제2조[부대시설의 범위]「산업집적활성화 및 공장설립에 관한 법률 시행령」(이하 “영”이라 한다) 제2조 제2항 제2호에 따른 부대시설은 다음 각 호와 같다.

1. 사무실ㆍ창고ㆍ경비실ㆍ전망대ㆍ주차장ㆍ화장실 및 자전거보관시설

6의2. 보육시설 및 기숙사(둘 이상의 입주기업체가 공동으로 이용하는 보육시설 및 기숙사를 포함한다)

7. 식당(「식품위생법」제2조 제12호에 따른 집단급식소로서 시장ㆍ군수ㆍ구청장 또는 관리기관이 필요하다고 인정하는 경우에는 둘 이상의 사업장에서 공동으로 설치ㆍ운영하는 것을 포함한다)ㆍ휴게실ㆍ목욕실ㆍ세탁장ㆍ의료실 및 옥외체육시설 등 종업원의 복지후생증진에 필요한 시설

9. 그 밖에 해당 제조시설의 관리ㆍ지원, 종업원의 복지후생을 위하여 필요하다고 산업통상자원부장관이 인정하는 시설