이유
1. 처분개요
가. 청구법인은 1999.2.11. 인천광역시 남동구 OOO을 사업장으로 하여 설립된 전자공업약품 및 금속표면 처리약품의 제조 및 판매업 등을 영위하고 있는 법인이다.
나. 청구법인은 2022.7.25. 인천광역시 연수구 OOO㎡(이하 “쟁점토지”라 한다)를 취득한 후, 「지방세법」 제11조 제1항 제7호에 따라 취득세 OOO원을 신고ㆍ납부하였다.
다. 청구법인은 2024.6.28. 쟁점토지가 「지방세특례제한법」제46조 제1항 및 제4항에 따라 ‘중소기업이 기업부설연구소에 직접 사용하기 위하여 취득하는 부동산’에 해당한다고 보아 아래 ＜표＞와 같이 당초 납부한 취득세 등의 환급을 구하는 경정청구를 제기하였고, 처분청은 2024.8.27. 이를 거부하였다.
＜표＞ 청구법인의 경정청구 내역
(단위 : 원)
○○○
라. 청구법인은 이에 불복하여 2024.11.20. 심판청구를 제기하였다.
2. 청구법인 주장 및 처분청 의견
가. 청구법인 주장
(1) 청구법인은 2022.7.25. 쟁점토지 취득일 현재 「기초연구진흥 및 기술개발지원에 관한 법률」 제14조의2에 따른 기업부설연구소를 본점 사업장인 인천광역시 남동구 OOO에서 “A 기술연구소(최초인정일 : 2004.6.16.)와 경기도 안산시 단원구 OOO에 “A ㈜제2기술연구소(최초인정일 : 2020.10.28.)” 등 총 2곳을 보유중이었고, 향후 쟁점토지에 신축할 건물에 신규로 기업부설연구소 인정을 다시 받을 필요가 없었다. 처분청이 제기한 결정례들은 신규로 기업부설연구소를 인정받아야 하는 경우들에 해당하여 이 건과는 다르다.
(2) 청구법인은 쟁점토지에 건물을 신축하여 종전의 기업부설연구소의 인적·물적 설비를 이전할 계획으로, 2023년 6월 ‘R＆D센터’ 건축물 신축을 위하여 착공신고 후 즉시 건물공사에 착수하여 청구일 현재까지도 중단없이 동일한 목적으로 건물을 건축하는 중으로서 쟁점토지의 전체면적 모두가 기업부설연구소의 부수토지에 해당한다.
(3) 청구법인은 2022.7.15. 쟁점토지 취득 당시 중소기업으로, 쟁점토지를 기존 기업부설연구소의 인적·물적 시설을 그대로 이전하여 신축건물을 건립할 목적으로 취득하였기에 감면대상임이 명확하고, 현재까지도 계속 기존에 존재하는 인적·물적설비를 이전하여 고유업무에 직접 사용하기 위해 쟁점토지에서 건물을 건축중에 있으므로 당초 감면한 취득세를 추징하지 않아야 한다.
나. 처분청 의견
(1) 관련 법령과 판례 등의 내용은 다음과 같다.
(가) 「지방세특례제한법」 제46조 제1항에서 기업이 대통령령으로 정하는 기업부설연구소에 직접 사용하기 위하여 취득하는 부동산(부속토지는 건축물 바닥면적의 7배 이내인 것으로 한정)에 대해서 취득세를 경감하되, 같은 조 제5항 제1호에서 토지 또는 건축물을 취득한 후 1년(「건축법」에 따른 신축ㆍ증축 또는 대수선을 하는 경우에는 2년) 이내에 「기초연구진흥 및 기술개발지원에 관한 법률」 제14조의2에 따른 기업부설연구소로 인정받지 못한 경우 경감된 취득세를 추징한다고 규정하고 있다.
(나) 행정안전부에서는 이 감면규정의 추징요건에 대하여 ‘취득일로부터 1년 이내에 기업부설연구소로 인정받지 못한 경우 경감된 취득세를 추징하는 것을 원칙으로 하면서 건축물을 신축·증축 또는 대수선하는 경우 그 공사소요기간 등을 감안하여 그 추징 유예기간을 2년으로 연장한 것’이라고 해석하고 있고(지방세특례제도과-1899, 2022.8.24. 참조), 조세심판원 또한 ‘건축물 신축의 경우에는 각 부동산의 취득일부터 2년 이내에 기업부설연구소로 인정받은 경우에 한하여 감면이 적용되는 것으로 해석하는 것이 타당하며, 그 부동산이 토지라 하여 연구소 인정까지 소요되는 기간을 달리 해석하기도 어렵다’라고 결정하였다(조심 2021지5733, 2022.7.14. 참조).
(다) 대법원은 조세법규의 해석과 관련하여 ‘조세법률주의의 원칙상 과세요건이나 비과세요건 또는 조세감면요건을 막론하고 조세법규의 해석은 특별한 사정이 없는 한 법문대로 해석할 것이고, 합리적 이유 없이 확장해석하거나 유추해석하는 것은 허용되지 아니하며, 특히 감면요건 규정 가운데에 명백히 특혜규정이라고 볼 수 있는 것은 엄격하게 해석하는 것이 조세 공평의 원칙에도 부합한다’라고 판시하였다(대법원 2009.8.20. 선고 2008두11372 판결 등 참조). 「지방세특례제한법」상 기업부설연구소 감면규정은 과학기술 연구를 장려하고 고도의 기술혁신을 실현하기 위하여 법령상 일정한 시설기준 등을 충족하는 기업부설연구소에 대해서만 특별히 부여한 특혜규정으로서, 조세형평 등을 감안하여 그 감면대상을 제한하고 있는바, 감면요건은 법문대로 엄격히 해석하여야 한다.
(2) 청구법인의 주장은 다음과 같은 점에서 이유없다.
(가) 청구법인은 기업부설연구소로 인정받은 기존 연구소의 인적·물적 설비를 그대로 이전하기 위하여 쟁점토지를 취득하고 건축물을 건축 중에 있으므로, 쟁점토지는 기업부설연구소의 부속토지로서 이 건 감면규정의 적용대상에 해당한다고 주장하나, 청구법인 주장에 따르면, 기존에 인정받은 기업부설연구소를 보유한 납세자는 이를 이전할 목적으로 토지를 취득한 후 건축물을 건축 중이기만 하면, 취득 후 2년 이내 기업부설연구소로 인정받아야 한다는 기간의 제한 없이 토지에 대한 취득세를 감면받을 수 있게 되고, 반면 기존에 인정받은 기업부설연구소를 보유하지 않은 납세자의 경우 토지 취득 후 2년 이내 건축물을 건축하여 기업부설연구소로 인정받는 경우에만 그 취득세를 감면받게 되는바, 이는 납세자 간 조세불형평을 발생시키고 기업부설연구소 취득세 감면 혜택을 부당히 확대하는 결과를 초래하므로 청구법인의 주장은 명백한 특혜규정인 감면규정에 대해 합리적 이유 없이 확장 및 유추해석한 것으로 타당하지 않다.
(나) 또한 청구법인은 기존에 인정받은 기업부설연구소를 이전하는 것이므로, 신축될 건물에 다시 기업부설연구소 인정을 받을 필요가 없다고 주장하나, 「기초연구진흥 및 기술개발지원에 관한 법률」에서는 기업부설연구소의 신고 사항 중 소재지 등 연구공간의 변경사항이 발생한 경우 이에 대하여 변경신고 절차를 거치도록 하고 있고, 이러한 기업부설연구소 변경신고 절차를 거치지 아니한 이상 이는 인정된 기업부설연구소에 해당한다고 볼 수 없으며, 행정안전부 또한 부동산 승계취득 후 증축 시 기업부설연구소 인정기간에 대해 ‘증축분 건축물의 부속토지(감면대상 안분면적이 증가 될 경우)에 대한 취득세를 감면받기 위해서는 부동산 취득일(당초 토지 승계취득일)로부터 2년 이내에 증축분 건축물도 기업부설연구소로 인정을 받아야 할 것’이라고 해석하고 있다(지방세특례제도과-1899, 2022.8.24. 참조).
(다) 청구법인이 쟁점토지 지상에 건축 중인 건축물의 설계 도면에 따르면 대표이사실, 기획실장실, 경영본부장실 등 기업부설연구소 외의 용도로 사용될 것으로 보이는 면적이 확인되는바, 쟁점토지의 면적 전체가 기업부설연구소의 부속토지로서 감면 대상에 해당한다는 청구법인의 주장 또한 이유 없다.
3. 심리 및 판단
가. 쟁점
쟁점토지는 중소기업이 기업부설연구소에 직접 사용하기 위하여 취득하는 부동산이므로 취득세 감면대상에 해당한다는 청구주장의 당부
나. 관련 법령 : ＜별지＞ 기재
다. 사실관계 및 판단
(1) 청구법인과 처분청이 제출한 심리자료에 따르면, 다음과 같은 사실이 나타난다.
(가) 청구법인은 1999.2.11. ‘인천광역시 남동구 OOO’에 본점을 두고 설립되었고, ‘전자 공업약품 제조업, 금속 표면처리 약품 제조업, 기타 화학약품 제조업 등’을 목적사업으로 하고 있다.
(나) 청구법인은 인천광역시 남동구 소재 연구소(2004.6.16. 최초 인정) 및 경기도 안산시 소재 연구소(2020.10.28. 최초 인정) 등 「기초연구진흥 및 기술개발지원에 관한 법률」제14조의2에 따라 인정받은 기업부설연구소 총 2개소를 보유하고 있고, 쟁점토지 취득일 현재 「중소기업기본법」제2조에 따른 중소기업으로 확인된다.
(다) 청구법인은 2021.12.21. 인천광역시와 쟁점토지에 대한 매매계약을 체결하였고, 2022.6.20. 이를 취득한 후 2022.6.30. 취득가액을 OOO원으로 하여 「지방세법」 제11조 제1항 제7호 나목의 세율(4.0%)을 적용하여 산출한 취득세 OOO원을 신고·납부하였다.
(라) 청구법인은 2023.6.19. 쟁점토지 지상에 지하 1층, 지상 6층, 연면적 25,874.79㎡ 규모의 교육연구시설(연구소, 공장)을 신축할 목적으로 착공신고 후 현재까지 건축물을 건축 중이고, 2024.6.28. 쟁점토지가 ‘중소기업이 기업부설연구소에 직접 사용하기 위해 취득하는 부동산’에 해당한다고 보아 감면규정(취득세의 60% 경감)을 적용하여 당초 납부한 취득세 등의 환급을 구하는 경정청구를 제기하였다.
(마) 청구법인은 쟁점토지에 기존 연구소의 이전 건립이 예정되어 있었다고 주장하며, 2021.6.25. 인천경제자유구역청이 “OOO 산업·연구시설용지 내 유수 기업 연구소 유치 공모” 내용과 토지 취득 조건 등을 규정한 “OOO 산업·연구시설 용지 내 유수 기업 연구소 유치를 위한 공개모집 공고” 등을 증빙자료로 제출하였다.
(2) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 이 건에 대하여 살피건대, 청구법인은 이미 다른 장소에서 기업부설연구소 인정을 받았고, 쟁점토지 상의 건축물을 신축하여 기업부설연구소를 이전할 계획이므로 쟁점토지는 기업부설연구소에 직접 사용하기 위하여 취득하는 부동산으로서, 취득세 등을 추징한 이 건 처분이 부당하다고 주장하나, 조세법규의 해석은 특별한 사정이 없는 한 법문대로 해석할 것이고, 합리적 이유 없이 확장해석하거나 유추해석하는 것은 허용되지 아니하며, 특히 감면요건 규정 가운데에 명백히 특혜규정이라고 볼 수 있는 것은 엄격하게 해석하는 것이 조세 공평의 원칙에 부합한다고 할 것인바, 「지방세특례제한법」 제46조 제5항 제1호에서 “토지 또는 건축물을 취득한 후 1년(「건축법」에 따른 신축ㆍ증축 또는 대수선을 하는 경우에는 2년) 이내에 「기초연구진흥 및 기술개발지원에 관한 법률」 제14조의2에 따른 기업부설연구소로 인정받지 못한 경우”에 경감된 취득세 등을 추징한다고 규정되어 있고, 청구법인은 쟁점토지에 대하여 별도로 기업부설연구소로 인정받지 않은 것으로 나타나며, 「기초연구진흥 및 기술개발지원에 관한 법률」에서는 기업부설연구소의 신고 사항 중 소재지 등 연구공간의 변경사항이 발생한 경우 이에 대하여 변경신고절차를 거치도록 하고 있으므로 이러한 변경 절차를 거치지 아니한 이상 기업부설연구소에 해당한다고 볼 수 없으므로, 기존에 인정받은 기업부설연구소를 이전하는 경우에 다시 기업부설연구소로 인정을 받을 필요가 없다는 청구주장을 받아들이기 어려운 점 등에 비추어, 처분청이 쟁점토지가 「지방세특례제한법」제46조 등에 따른 감면요건을 충족하지 못하였다고 보아 청구법인에게 취득세 등을 부과한 처분은 잘못이 없다고 판단된다.
4. 결론
이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 없으므로 「지방세기본법」 제96조 제7항, 「국세기본법」 제80조의2 및 제65조 제1항 제2호에 의하여 주문과 같이 결정한다.
＜별지＞ 관련 법령 등
(1) 지방세특례제한법(2023.3.14. 법률 제19232호로 개정되기 전의 것)
제46조(연구개발 지원을 위한 감면) ① 기업이 대통령령으로 정하는 기업부설연구소(이하 이 조에서 "기업부설연구소"라 한다)에 직접 사용하기 위하여 취득하는 부동산(부속토지는 건축물 바닥면적의 7배 이내인 것으로 한정한다. 이하 이 조에서 같다)에 대해서는 취득세의 100분의 35[대통령령으로 정하는 신성장동력 또는 원천기술 분야를 연구하기 위한 기업부설연구소(이하 이 조에서 "신성장동력ㆍ원천기술 관련 기업부설연구소"라 한다)의 경우에는 100분의 45]를, 과세기준일 현재 기업부설연구소에 직접 사용하는 부동산에 대해서는 재산세의 100분의 35(신성장동력ㆍ원천기술 관련 기업부설연구소의 경우에는 100분의 45)를 각각 2022년 12월 31일까지 경감한다.
④ 제1항에도 불구하고 「중소기업기본법」 제2조 제1항에 따른 중소기업(이하 이 장에서 "중소기업"이라 한다)이 기업부설연구소에 직접 사용하기 위하여 취득하는 부동산에 대해서는 취득세의 100분의 60(신성장동력ㆍ원천기술 관련 기업부설연구소의 경우에는 100분의 70)을, 과세기준일 현재 기업부설연구소에 직접 사용하는 부동산에 대해서는 재산세의 100분의 50(신성장동력ㆍ원천기술 관련 기업부설연구소의 경우에는 100분의 60)을 각각 2022년 12월 31일까지 경감한다.
⑤ 제1항부터 제4항까지의 규정을 적용할 때 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우 그 해당 부분에 대해서는 경감된 취득세 및 재산세를 추징한다.
1. 토지 또는 건축물을 취득한 후 1년(「건축법」에 따른 신축ㆍ증축 또는 대수선을 하는 경우에는 2년) 이내에 「기초연구진흥 및 기술개발지원에 관한 법률」 제14조의2에 따른 기업부설연구소로 인정받지 못한 경우
2. 기업부설연구소로 인정받은 날부터 3년 이내에 「조세특례제한법 시행령」 제9조 제11항에 따른 신성장동력ㆍ원천기술심의위원회로부터 해당 기업이 지출한 신성장동력ㆍ원천기술연구개발비의 연구개발 대상 기술이 같은 영 별표 7에 해당된다는 심의 결과를 받지 못한 경우(신성장동력ㆍ원천기술 분야 기업부설연구소로 추가 감면된 부분에 한정한다)
3. 기업부설연구소 설치 후 4년 이내에 정당한 사유 없이 연구소를 폐쇄하거나 다른 용도로 사용하는 경우
(2) 지방세특례제한법 시행령
제23조(기업부설연구소) ① 법 제46조 제1항에서 “대통령령으로 정하는 기업부설연구소”란 「기초연구진흥 및 기술개발지원에 관한 법률」 제14조의2 제1항에 따라 인정받은 기업부설연구소를 말한다. 다만, 「독점규제 및 공정거래에 관한 법률」 제14조 제1항에 따른 상호출자제한기업집단등이 「수도권정비계획법」 제6조 제1항 제1호에 따른 과밀억제권역 내에 설치하는 기업부설연구소는 제외한다.
(3) 기초연구진흥 및 기술개발지원에 관한 법률
제14조의2(기업부설연구소 또는 연구개발전담부서의 인정 등) ① 과학기술정보통신부장관은 기업의 연구개발활동을 효율적으로 지원하고 관리하기 위하여 연구 인력 및 시설 등 대통령령으로 정하는 기준을 충족하는 기업부설 연구기관 또는 기업의 연구개발부서를 기업부설연구소 또는 연구개발전담부서로 인정할 수 있다.
③ 제1항에 따라 인정받은 기업부설연구소 또는 연구개발전담부서(이하 “기업부설연구소등”이라 한다)가 소속된 기업은 과학기술정보통신부령으로 정하는 사항을 변경하는 경우에는 과학기술정보통신부장관에게 신고하여야 한다.
(4) 기초연구진흥 및 기술개발지원에 관한 법률 시행령(2022.8.2. 대통령령 제32833호로 개정되기 전의 것)
제16조의2(기업부설연구소 또는 연구개발전담부서의 인정기준) ① 법 제14조의2 제1항에서 "연구인력 및 시설 등 대통령령으로 정하는 기준을 충족하는 기업부설 연구기관"이란 다음 각 호의 구분에 따라 해당 연구기관에서 근무하는 연구전담요원을 상시 확보하고, 과학기술정보통신부령으로 정하는 기준에 적합한 연구시설을 갖춘 기관을 말한다. 이 경우 과학기술정보통신부장관은 연구과제의 특수성 또는 기업의 규모를 고려하여 필요하다고 인정하는 경우에는 연구전담요원의 수를 조정할 수 있다.
1. 「중소기업기본법」 제2조에 따른 중소기업자가 설립한 기업부설 연구기관 : 5명 이상. 다만, 「중소기업기본법 시행령」 제8조 제1항에 따른 소기업자가 설립한 기업부설 연구기관은 3명 이상으로 하되, 해당 기업의 창업일부터 3년까지는 2명 이상으로 한다.
(5) 기초연구진흥 및 기술개발지원에 관한 법률 시행규칙(2022.8.4. 과학기술정보통신부령 제93호로 개정되기 전의 것)
제3조(기업부설연구소의 신청 등) ① 법 제14조의2제1항에 따라 기업부설연구소로 인정을 받으려는 기업은 별지 제1호서식의 기업부설연구소 신청서에 다음 각 호의 서류를 첨부하여 영 제27조 제1항에 따른 한국산업기술진흥협회(이하 "협회"라 한다)에 제출(정보통신망에 의한 제출을 포함한다)하여야 한다.
② 협회는 제1항에 따른 신청을 받고 기업부설연구소로 인정하였으면 별지 제5호서식의 기업부설연구소 인정서를 발급하여야 한다.
제5조(변경신고) ① 법 제14조의2 제3항에서 "과학기술정보통신부령으로 정하는 사항"이란 별표의 변경신고 사항을 말한다.
② 기업부설연구소 또는 연구개발전담부서(이하 "기업부설연구소등"이라 한다)가 소속된 기업이 제1항에 따른 사항을 변경하는 경우에는 해당 사항이 변경된 날부터 30일 이내에 별지 제8호 서식의 변경신고서에 변경 내용을 적고 관련 서류를 첨부하여 협회에 제출(정보통신망에 의한 제출을 포함한다)하여야 한다.