이유
1. 처분개요

가. 청구인은 2016.12.14. 주권 비상장법인으로서 중소기업에 해당하는 주식회사 A(이하 “A”라 한다)의 발행주식 365,000주를 1주당 OOO원(총 OOO원)에 취득하였고, 이후 A의 무상증자(주식발행초과금의 자본전입)에 따라 2018.7.31. 174,279주를, 2020.11.30. 269,639주를 각각 추가로 취득(총 808,918주)하였으며, 위 주식 중 2022.3.25.~2022.5.25. 기간 동안 총 754,763주를 양도(총 양도가액 OOO원, 1주당 평균 OOO원)하였다.

나. 청구인은 위 주식 양도에 대해 2022년 귀속 양도소득세를 신고하면서 취득가액 산정에는 선입선출법이 적용된다고 보아 유상취득가액 전액인 OOO원을 취득가액으로 하여 양도차익을 OOO원으로 계산하였다.

다. 서울지방국세청장(성실납세지원국)은 청구인의 양도소득세 신고내용을 검토한 결과, 청구인이 무상증자로 취득한 주식의 취득일은 종전 유상취득한 주식의 취득일과 같아 유상취득분과 무상증자분 주식이 동일한 비율로 양도되었다고 보아 취득가액을 OOO원(신고금액보다 OOO원 감액됨)으로 경정하여야 한다는 내용의 결의서를 통보하였으며, 이에 따라 처분청은 2024.8.8. 청구인에게 2022년 귀속 양도소득세 OOO원을 경정.고지하였다.

라. 청구인은 이에 불복하여 2024.10.30. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구인 주장 및 처분청 의견

가. 청구인 주장

무상주의 취득일을 기존 주식의 취득일로 본다는 명문의 규정은 없고, 「소득세법 시행령」제162조 제5항에서 양도한 자산의 취득시기가 분명하지 아니한 경우에는 먼저 취득한 자산을 먼저 양도한 것으로 본다고 명확하게 규정하고 있는바, 이 건의 경우 선입선출법에 따라 유상취득분 주식이 먼저 양도된 것으로 보는 것이 타당하므로, 이 건 처분은 위법하다.

처분청 의견에 따른다면, ① 무상증자에 따른 무상주가 입고되기 전에 종전 주식이 전부 양도되는 경우에도 취득가액을 비율대로 안분할 수 있는지, ② 유상취득→1차 무상주 취득→2차 무상주 취득→유상취득→일부 양도→매매취득→일부 양도의 거래가 연속적으로 이루어지는 경우 취득가액을 안분하여 관리할 수 있는지 등에 대하여 명확한 답을 낼 수 있는지 의문이고, 처분청의 취득가액 산정방법이 합리적이라고 보기 어렵다.

주식의 보유기간에 따라 적용되는 세율에 차이가 발생한 사례(재정경제부 재산세제과-1591, 2006.12.29.)에서 무상증자 주식의 취득일을 기존 주식의 취득일로 본다고 해석한 바 있는데, 그러한 해석은 세율 적용을 위한 보유기간의 판정에 한하여 적용되는 것이 합리적이다.

나. 처분청 의견

무상증자를 원인으로 교부받은 주식의 취득시기에 관하여 「소득세법」에서 명문으로 규정하고 있지 아니하나, 과세관청 예규에서 기존 주식의 취득일로 해석하고 있는바, 유상취득분과 무상증자분으로 같은 비율로 되었다고 보아 취득가액을 경정한 이 건 처분은 적법하다.

(1) 무상증자를 원인으로 교부받은 주식의 취득일은 「소득세법」제104조 제2항 및 같은 법 시행령 제162조에서 별도로 규정되어 있지 아니하나, 다수의 국세청 해석사례(법규과-437, 2014.4.29., 서면-2017-법령해석재산-1967, 2017.8.21. 등)에서 무상증자에 따라 취득한 주식의 취득일은 기존 주식의 취득일로 보도록 해석하고 있다.

한편, 국세청 해석사례(기준-2015-법령해석재산-77, 2015.5.18.)를 보면 「조세특례제한법」제14조에 따른 벤처기업 출자에 대한 과세특례 적용 시 무상증자로 취득한 무상주의 취득일을 기존 주식의 취득일로 보아 과세특례를 적용한다고 해석하였는바, 단순히 주식 양도소득세 세율의 적용에 한정하여 무상주 취득일을 기존 주식의 취득일로 보도록 해석하고 있지는 아니하다.

(2) 취득시기가 다른 주식이 있는 경우 청구주장대로 선입선출법을 적용하여 취득가액을 계산하여야 하나, 양도일 현재 청구인의 보유주식 808,918주의 취득일은 모두 2016.12.14.로서 동일하여 선입선출법을 적용할 수 없으므로, 기존 해석사례와 같이 취득시기가 동일한 전체 주식 대비 취득가액이 다른 각각 주식의 비율대로 양도된 것으로 보아 취득가액을 산정하는 것이 타당하다.

3. 심리 및 판단

가. 쟁점

양도소득세 산정 시 유상으로 취득한 주식에 기하여 무상주를 교부받아 함께 보유하다가 그중 일부를 양도한 경우 양도주식의 취득가액 산정방법

나. 관련 법령

(1) 소득세법

제94조【양도소득의 범위】① 양도소득은 해당 과세기간에 발생한 다음 각 호의 소득으로 한다.

3. 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 주식등의 양도로 발생하는 소득

가. 주권상장법인의 주식등으로서 다음의 어느 하나에 해당하는 주식등

나. 주권비상장법인의 주식등. 다만, 소유주식의 비율ㆍ시가총액 등을 고려하여 대통령령으로 정하는 주권비상장법인의 대주주에 해당하지 아니하는 자가 「자본시장과 금융투자업에 관한 법률」 제283조에 따라 설립된 한국금융투자협회가 행하는 같은 법 제286조 제1항 제5호에 따른 장외매매거래에 의하여 양도하는 대통령령으로 정하는 중소기업(이하 이 장에서 “중소기업”이라 한다) 및 대통령령으로 정하는 중견기업의 주식등은 제외한다.

제98조【양도 또는 취득의 시기】자산의 양도차익을 계산할 때 그 취득시기 및 양도시기는 대금을 청산한 날이 분명하지 아니한 경우 등 대통령령으로 정하는 경우를 제외하고는 해당 자산의 대금을 청산한 날로 한다. 이 경우 자산의 대금에는 해당 자산의 양도에 대한 양도소득세 및 양도소득세의 부가세액을 양수자가 부담하기로 약정한 경우에는 해당 양도소득세 및 양도소득세의 부가세액은 제외한다.

제104조【양도소득세의 세율】① 거주자의 양도소득세는 해당 과세기간의 양도소득과세표준에 다음 각 호의 세율을 적용하여 계산한 금액(이하 “양도소득 산출세액”이라 한다)을 그 세액으로 한다.

11. 제94조 제1항 제3호 가목 및 나목에 따른 자산

가. 소유주식의 비율ㆍ시가총액 등을 고려하여 대통령령으로 정하는 대주주(이하 이 장에서 “대주주”라 한다)가 양도하는 주식등

1) 1년 미만 보유한 주식등으로서 중소기업 외의 법인의 주식등 : 양도소득 과세표준의 100분의 30

2) 1)에 해당하지 아니하는 주식등

② 제1항 제2호ㆍ제3호 및 제11호 가목의 보유기간은 해당 자산의 취득일부터 양도일까지로 한다. 다만 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우에는 각각 그 정한 날을 그 자산의 취득일로 본다.

1. 상속받은 자산은 피상속인이 그 자산을 취득한 날

2. 제97조의2 제1항에 해당하는 자산은 증여자가 그 자산을 취득한 날

3. 법인의 합병ㆍ분할로 인하여 합병법인, 분할신설법인 또는 분할ㆍ합병의 상대방 법인으로부터 새로 주식등을 취득한 경우에는 피합병법인, 분할법인 또는 소멸한 분할ㆍ합병의 상대방 법인의 주식등을 취득한 날

(2) 소득세법 시행령

제162조【양도 또는 취득의 시기】① 법 제98조 전단에서 "대금을 청산한 날이 분명하지 아니한 경우 등 대통령령으로 정하는 경우"란 다음 각 호의 경우를 말한다.

1. 대금을 청산한 날이 분명하지 아니한 경우에는 등기부ㆍ등록부 또는 명부 등에 기재된 등기ㆍ등록접수일 또는 명의개서일

2. 대금을 청산하기 전에 소유권이전등기(등록 및 명의의 개서를 포함한다)를 한 경우에는 등기부ㆍ등록부 또는 명부등에 기재된 등기접수일

3. 기획재정부령이 정하는 장기할부조건의 경우에는 소유권이전등기(등록 및 명의개서를 포함한다) 접수일ㆍ인도일 또는 사용수익일중 빠른 날

4. 자기가 건설한 건축물에 있어서는 「건축법」 제22조 제2항에 따른 사용승인서 교부일. 다만, 사용승인서 교부일 전에 사실상 사용하거나 같은 조 제3항 제2호에 따른 임시사용승인을 받은 경우에는 그 사실상의 사용일 또는 임시사용승인을 받은 날 중 빠른 날로 하고 건축허가를 받지 아니하고 건축하는 건축물에 있어서는 그 사실상의 사용일로 한다.

5. 상속 또는 증여에 의하여 취득한 자산에 대하여는 그 상속이 개시된 날 또는 증여를 받은 날

6. 「민법」 제245조 제1항의 규정에 의하여 부동산의 소유권을 취득하는 경우에는 당해 부동산의 점유를 개시한 날

7. 「공익사업을 위한 토지 등의 취득 및 보상에 관한 법률」이나 그 밖의 법률에 따라 공익사업을 위하여 수용되는 경우에는 대금을 청산한 날, 수용의 개시일 또는 소유권이전등기접수일 중 빠른 날. 다만, 소유권에 관한 소송으로 보상금이 공탁된 경우에는 소유권 관련 소송 판결 확정일로 한다.

8. 완성 또는 확정되지 아니한 자산을 양도 또는 취득한 경우로서 해당 자산의 대금을 청산한 날까지 그 목적물이 완성 또는 확정되지 아니한 경우에는 그 목적물이 완성 또는 확정된 날. 이 경우 건설 중인 건물의 완성된 날에 관하여는 제4호를 준용한다.

9. 「도시개발법」 또는 그 밖의 법률에 따른 환지처분으로 인하여 취득한 토지의 취득시기는 환지 전의 토지의 취득일. 다만, 교부받은 토지의 면적이 환지처분에 의한 권리면적보다 증가 또는 감소된 경우에는 그 증가 또는 감소된 면적의 토지에 대한 취득시기 또는 양도시기는 환지처분의 공고가 있은 날의 다음날로 한다.

10. 제158조 제2항의 경우 자산의 양도시기는 주주 1인과 기타주주가 주식등을 양도함으로써 해당 법인의 주식등의 합계액의 100분의 50 이상이 양도되는 날. 이 경우 양도가액은 그들이 사실상 주식등을 양도한 날의 양도가액에 의한다.

⑤ 법 제98조 및 이 조 제1항을 적용할 때 양도한 자산의 취득시기가 분명하지 아니한 경우에는 먼저 취득한 자산을 먼저 양도한 것으로 본다.

(3) 상법

제461조(준비금의 자본금 전입) ① 회사는 이사회의 결의에 의하여 준비금의 전부 또는 일부를 자본금에 전입할 수 있다. 그러나 정관으로 주주총회에서 결정하기로 정한 경우에는 그러하지 아니하다.

② 제1항의 경우에는 주주에 대하여 그가 가진 주식의 수에 따라 주식을 발행하여야 한다. 이 경우 1주에 미달하는 단수에 대하여는 제443조 제1항의 규정을 준용한다.

③ 제1항의 이사회의 결의가 있은 때에는 회사는 일정한 날을 정하여 그 날에 주주명부에 기재된 주주가 제2항의 신주의 주주가 된다는 뜻을 그 날의 2주간전에 공고하여야 한다. 그러나 그 날이 제354조 제1항의 기간 중인 때에는 그 기간의 초일의 2주간전에 이를 공고하여야 한다.

④ 제1항 단서의 경우에 주주는 주주총회의 결의가 있은 때로부터 제2항의 신주의 주주가 된다.

다. 사실관계 및 판단

(1) 심리자료의 내용은 아래와 같다.

(가) 청구인의 주식 취득 및 양도 현황은 아래 ＜표＞와 같다.

＜표＞ 청구인의 주식거래 현황

ㅇㅇㅇ

(나) 양도소득세 신고 및 처분청 경정 내용에 따르면, 청구인은 2016.12.14.자 유상 취득가액 총액인 OOO원을 취득가액으로 신고하였고, 처분청은 유상취득분과 무상증자분 주식이 같은 비율로 양도되었다고 보아 취득가액을 OOO원(신고금액보다 OOO원 감액됨)으로 경정한 것으로 나타난다.

(다) 양도소득세 신고서 등에 따르면, 청구인은 주식의 양도 당시에 「소득세법」상 중소기업인 A의 대주주(지분율 4% 또는 소유주식의 시가총액 OOO원 이상)에 해당하였고, OOO의 증권예탁계좌에서 A의 주식을 입.출고하는 방식으로 관리하였으며, 양도된 주식이 보유주식 중 어느 것인지는 개별적으로 특정되지는 않는 것으로 나타난다.

(라) 「소득세법」에는 무상증자로 교부받는 주식의 취득시기나 취득가액의 산정에 대한 명문의 규정을 두고 있지 아니하나, 같은 법 시행령 제162조 제5항에서 ‘법 제98조 및 이 조 제1항을 적용할 때 양도한 자산의 취득시기가 분명하지 아니한 경우에는 먼저 취득한 자산을 먼저 양도한 것으로 본다’라고 규정하고 있다.

(마) 국세청은 여러 유권해석(서면-2017-법령해석재산-1967, 2017.8.21., 서면-2022-자본거래-3177, 2022.9.8. 등)에서 ‘주식발행초과금의 자본전입에 의한 무상증자로 교부받은 주식의 취득일은 그 무상주의 취득이 「소득세법」 제17조 제2항에 의해 의제배당으로 과세되지 않는 경우 당해 무상주 취득의 원인이 되는 기존 주식의 취득일임’이라는 내용으로 회신한 것으로 나타난다.

(2) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 이 건에 대하여 살펴본다.

청구인은 무상증자를 원인으로 취득한 주식의 취득가액이 OOO원이므로, 양도한 주식의 취득가액은 유상 취득가액 전액으로 산정하여야 한다고 주장한다.

살피건대, 「소득세법」제97조 제1항 제1호 나목에서 양도차익을 계산함에 있어 당해 자산의 취득에 소요된 실지거래가액을 양도가액에서 필요경비로 공제하도록 규정하고 있고, 양도자산이 주식인 경우 당해 주식취득에 소요된 금액이라 함은 당해 주식을 취득하기 위하여 ‘실제로 지출된 금액’을 의미한다고 보아야 할 것(대법원 1992.3.13. 선고 91누9886 판결, 같은 뜻임)이나, 무상주의 경우 종전의 주주에게 그가 가진 주식수에 따라 무상으로 배정되는 것이어서, 회사의 자본은 증가되지만 실질적인 재산에는 아무런 변동이 없고, 주주의 입장에서도 그가 가진 주식의 수만 늘어날 뿐 그가 가진 총 주식의 자본금에 대한 비율이나 재산가치에는 아무런 차이가 없는 것이므로, 이처럼 유상주 이외에 무상주를 함께 보유하다가 그 중 일부를 양도한 경우에는 그 취득가액은 유상취득가액을 유상주와 무상주를 합계한 주식수로 나눈 단가에 의하여 산정하는 것이 타당하다 할 것이다(서울고등법원 2006.11.17. 선고 2006누4211 판결, 같은 뜻임).

따라서 위에서 설시한 방법과 같은 취지로 처분청이 취득가액을 경정하여 과세한 이 건 처분은 잘못이 없다고 판단된다.

4. 결론

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 없으므로 「국세기본법」 제80조의2 및 제65조 제1항 제2호에 의하여 주문과 같이 결정한다.