이유
1. 처분개요

가. 청구인은 2019.3.25. 경기도 군포시 OOO 대지 444.1m² 및 그 지상 건축물 2,337.27㎡(이하 “쟁점부동산”이라 한다)를 취득한 후, 같은 날 「지방세특례제한법」(2017.12.26., 법률 제15295호로 일부개정된 것, 이하 같다) 제20조 제1호에 따라 무료 노인복지시설을 설치·운영하기 위하여 취득하는 부동산으로 감면을 신청하여 취득세를 면제받았다.

나. 처분청은 청구인이 2020.11.5. 노인복지시설(이하 “이 건 노인복지시설”이라 한다)을 설치신고한 사실을 확인하여 청구인이 쟁점부동산을 그 취득일부터 1년이 경과할 때까지 정당한 사유 없이 해당 용도로 직접 사용하지 아니한 것으로 보아, 2023.5.19. 청구인에게 기 면제받은 취득세 OOO원, 지방교육세 OOO원, 농어촌특별세 OOO원 합계 OOO원(가산세 포함)을 부과·고지하였다.

다. 청구인은 이에 불복하여 2023.8.11. 이의신청을 거쳐, 2024.1.12. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구인 주장 및 처분청 의견

가. 청구인 주장

청구인은 쟁점부동산을 취득(2019.3.25.)하기 전인 2019.1.5.부터 용도변경 및 대수선에 대한 설계용역계약을 체결하여 이 건 노인복지시설의 설치를 위한 준비과정에 착수하였고, 청구인은 쟁점부동산에 대한 용도변경 설계가 완료된 후 2019년 7월 부설주차장을 자주식주차장으로 설치하는 방안이 포함된 설계안을 처분청에 제출하여 용도변경을 신청하였으나, 처분청이 노후화를 이유로 하여 이미 철거된 2단 기계식 주차장치 4면 중 2면을 재설치하는 방향으로 설계안을 변경할 것을 요구하여 설계안을 변경하는 과정에서 용도변경 공사에 대한 허가가 지연되는 상황이었다.

청구인은 이런 상황에서도 나머지 부분의 설계를 지속적으로 추진하여 유예기간 내인 2019.12.12. 쟁점부동산의 용도변경 및 대수선 공사에 착공하였고, 쟁점부동산에 대한 종전 임차인들 중 26명은 2019년 11월까지 조기 퇴거시켰으며, 연락이 닿지 않던 종전 임차인 1명도 약 두 달간의 노력으로 2020.1.31. 모두 조기 퇴거시키는 등 이 건 노인복지시설을 설치하기 위한 진지한 노력을 다하였고, 종전 임차인들과의 퇴거 협의과정 중에도 부설주차장 설치 방식에 대한 감리계약, 도급계약, 소방시설 등에 대한 계약을 맺는 등 공사를 중단 없이 진행하여 이 건 노인복지시설을 설치하기 위한 노력을 하였으며, 처분청에서도 이러한 점을 고려하여 2020.6.2. 한 차례 유예기간을 연장하는 등 청구인의 진지한 노력을 인정하였다고 볼 수 있으므로 정당한 사유가 인정되어야 할 것(조심 2019지2183, 2020.4.17., 같은 뜻임)이다.

처분청은 자주식 주차장과 기계식 주차장을 혼합하여 설계를 변경하길 요구하였으나 쟁점부동산의 특성상 기계식 주차장은 안전사고의 위험 증가를 여러 차례 주장하였으나 받아들여지지 않아 결국 처분청의 요구대로 설계안을 변경하여 2019.10.22. 용도변경 허가를 득하였고, 공사 진행 중에도 지속적으로 기계식 주차장 설치의 부당함을 호소하여 결국 청구인의 요구대로 설계안이 변경되어 2020.10.30.에 이르러서야 설계 변경 허가 및 쟁점부동산의 사용승인을 득할 수 있었으므로 쟁점부동산을 유예기간 내에 직접 사용하지 못한 정당한 사유가 인정되어야 한다.

나. 처분청 의견

「지방세특례제한법」 제2조 제1항 제8호에서 “직접 사용”이란 부동산 등의 소유자가 해당 부동산 등을 사업 또는 업무의 목적이나 용도에 맞게 사용하는 것을 말한다고 규정하고 있고, 그 사업에 직접 사용하는 부동산이라 함은 현실적으로 그 사업에 직접 사용되고 있는 것만을 지칭하는 것으로, 단지 사업에 직접 사용하기 위한 준비를 하고 있는 것까지 포함한다고 볼 수 없다고 할 것(대법원 2002.10.11. 선고 2002두6491 판결, 같은 뜻임)인바, 청구인은 쟁점부동산의 취득일부터 1년 이내에 노인복지시설을 설치하지 아니한 것이 확인되는 이상 쟁점부동산을 노인복지시설로 직접 사용하였다고 볼 수 없다고 봄이 상당하다(조심 2022지1083, 2023.9.7., 같은 뜻임)할 것이다.

아울러, ‘정당한 사유’라 함은 법령에 의한 금지·제한 등 그 법인이 마음대로 할 수 없는 외부적인 사유는 물론 고유 업무에 사용하기 위한 정상적인 노력을 다하였음에도 시간적인 여유가 없어 유예기간을 넘긴 내부적인 사유도 포함하고, 정당한 사유의 유무를 판단함에 있어서는 지방세 감면의 입법 취지를 충분히 고려하면서 부동산의 취득 목적에 비추어 고유 목적에 사용하는데 걸리는 준비기간의 장단, 고유 목적에 사용할 수 없는 법령상·사실상의 장애사유 및 장애정도, 당해 법인이 부동산을 고유 업무에 사용하기 위한 진지한 노력을 다하였는지의 여부, 행정관청의 귀책사유가 가미되었는지 여부 등을 아울러 참작하여 구체적인 사안에 따라 개별적으로 판단하여야 할 것(대법원 2002.9.4. 선고 2001두229 판결, 같은 취지)이나, 쟁점부동산 취득 시에 이미 유예기간 내에 고유업무에 사용할 수 없는 법령상, 사실상의 장애사유를 알고 있었고, 취득 전에 존재한 외부적 사유가 충분히 해소 가능한 것이고 실제 그 해소를 위하여 노력하여 이를 해소하였는데도 예측치 못한 전혀 다른 사유로 고유업무에 사용치 못하였다는 등의 특별한 사정이 없는 한 그 외부적 사유는 쟁점부동산을 고유업무에 사용치 못한 정당한 사유가 될 수 없다(대법원 2012.12.13. 선고 2011두1948 판결, 같은 취지)할 것이다.

쟁점부동산에 대한 종전 임차인들의 임대차기간이 감면 유예기간(1년)에 임박하여 종료되거나 초과하는 경우가 다수 확인되므로, 쟁점부동산의 취득 당시 임대차계약 해지 및 명도가 제대로 이루어지지 않을 경우 감면 유예기간(1년) 내에 해당 용도로 직접 사용할 수 없는 장애사유가 될 수 있음을 사전에 예상할 수 있었던 것으로 보이는 점, 처분청과 청구인이 진행한 부설주차장 관련 협의 결과 내역에 따르면, 청구인은 인ㆍ허가 절차에 필요한 이행계획서 제출이나 미흡한 부분에 대한 보완 등을 해결하기 위해서는 상당한 시일이 소요된다는 사실을 충분히 예측할 수 있었던 것으로 보이고, 처분청이 청구인에게 요청한 보완요구 등을 법령을 위반한 과도한 행정처분으로도 볼 수 없고, 행정 절차상 지연 사유가 행정관청의 귀책사유이거나 예측하지 못한 특별한 사정에 해당된다고 보기 어려운 점, 처분청과 주차장 설치방식에 이견이 있었다는 것은 청구법인의 주장에 불과하고, 자주식 주차장 설치 방식으로 설계안을 변경하기 위해 2020년에도 처분청과 여러 차례 협의하였다고 주장하나, 2020년 10월 사용승인시 관리대장 카드 작성, 주차장 관련 법령에 따른 유지관리 요청 등에 대한 내용 외 협의내역은 존재하지 않는 점, 더욱이 감면 유예기간(1년)이 경과한 2020.10.30.에서야 쟁점부동산에 대한 대수선 및 용도변경 사용승인을 받았고, 2020.11.5. 이 건 노인복지시설의 설치신고가 수리된 것으로 확인되는 점 등을 종합하여 볼 때 청구인이 쟁점부동산을 정당한 사유 없이 그 취득일부터 1년이 경과할 때까지 해당 용도로 직접 사용하지 아니한 경우로 보아 기 면제한 취득세 등을 부과한 처분은 달리 잘못이 없다고 할 것이다.

3. 심리 및 판단

가. 쟁점

청구법인이 쟁점부동산을 유예기간 내에 노인복지시설로 직접 사용하지 아니한 데에 정당한 사유가 있다는 청구주장의 당부

나. 관련 법령 : ＜별지＞ 기재

다. 사실관계 및 판단

(1) 청구인과 처분청이 제출한 증빙자료에 의하면, 다음과 같은 사실이 나타난다.

(가) 쟁점부동산에 관하여 청구법인의 신고 및 처분청의 허가내역은 아래 ＜표1＞에 기재된 바와 같다.

＜표1＞ 쟁점부동산 관련 신고 및 허가 진행일정 - 처분청 제출

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(나) 청구인은 2019.1.5. OOO건축사사무소와 경기도 군포시 OOO 대지 297.5m² 지상에 노인요양원용 건축물(연면적 2,351.73m², 이하 “이 건 건축물”이라 한다)의 용도변경 및 대수선 설계표준계약을 체결하였다.

(다)　쟁점부동산의 등기사항전부증명서를 살펴보면, 청구인은 2019.2.20. 매매를 원인으로 하여 2019.3.25. 청구인의 명의로 소유권이전등기를 경료한 것으로 나타난다.

(라) 청구인은 2019.7.24. 이 건 건축물의 장애인승강기 설치에 따른 내력벽 철거 등을 위하여 건축·대수선·용도변경 허가신청을 하였고, 2019.10.22. 처분청으로부터 대수선·용도변경 허가서를 교부(2019-건축과-대수선허가-1)받았다.

1) 건축·대수선·용도변경(변경)허가 신청서에 따르면, 청구인은 2019.7.24. 쟁점부동산의 노유자시설(노인복지시설) 건축물 대수선을 신청하였고, 처분청이 제출한 부설주차장 관련 부서 협의 결과 내역은 아래 ＜표2＞에서와 같다.

＜표2＞ 부설주차장 관련 협의 내역 중 일부 - 처분청 제출

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2) 청구인은 2020.5.25. 쟁점부동산에 대한 감면 유예기간의 연장을 요청하는 진정민원을 처분청에 접수하였고, 처분청은 2020.6.2. 쟁점부동산을 감면 유예기간 내에 직접 사용하지 못한 정당한 사유가 있다고 인정하여 쟁점부동산에 대한 감면 유예기간을 2020.7.31.까지로 연장하는 내용으로 회신하였다.

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(마) 착공신고서 및 일반건축물대장(을) 등에 따르면, 청구인은 2019.12.12. 착공신고를 하였고, 처분청은 2020.10.30. 설계변경허가 및 건축물 사용승인서(대수선 및 용도변경)를 교부(건축과-43061)한 것으로 나타난다.

1) 청구인은 2020.10.19. 처분청에 쟁점부동산의 건축물 사용승인(대수선 및 용도변경)을 신청하였고, 처분청이 2020.10.30. 이 건 건축물 사용승인 처리 통지(건축과-43061호)시 부설주차장 관련 부서 협의 결과 내역은 아래 ＜표3＞에서와 같다.

＜표3＞ 부설주차장 관련 협의 내역 일부 - 처분청 제출

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2) 이 건 건축물에 대한 일반건축물대장(을)을 살펴보면, 이 건 건축물은 2020.10.30. 대수선 및 용도변경을 통해 지상1층부터 지상7층까지 노인요양원용 건축물로 변경(아래 ＜표4＞기재)된 것으로 확인되고, 주차장은 자주식 10대[옥내 7대(84.74m2), 옥외 3대(35.2m2)], 기계식 0대로 나타난다.

＜표4＞ 이 건 건축물에 대한 일반건축물대장(을) 변동사항 중 일부

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(바) 청구인은 2020.11.5. 처분청으로부터 이 건 노인복지시설에 대한 설치신고확인증(경기군포-노인-20201106-001호)을 교부받았다.

(2) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 이 건에 대하여 살펴본다.

(가) 「지방세특례제한법」 제20조에서 「노인복지법」제31조에 따른 노인복지시설을 설치·운영하기 위하여 취득하는 부동산에 대해서는 다음 각 호에서 정하는 바에 따라 지방세를 감면한다고 규정하면서 그 제1호에서 무료 노인복지시설에 사용하기 위하여 취득하는 부동산에 대해서는 취득세를 면제한다고 규정하고 있고, 같은 법 제178조에서 부동산에 대한 감면을 적용할 때 이 법에서 특별히 규정한 경우를 제외하고는 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우 그 해당 부분에 대해서는 감면된 취득세를 추징한다고 규정하면서 그 제1호에서 정당한 사유 없이 그 취득일부터 1년이 경과할 때까지 해당 용도로 직접 사용하지 아니하는 경우를 규정하고 있다.

위 규정에서 “정당한 사유”라 함은 법령에 의한 금지·제한 등 그 납세자가 마음대로 할 수 없는 외부적인 사유는 물론 고유업무에 사용하기 위한 정상적인 노력을 다하였음에도 시간적인 여유가 없어 유예기간을 넘긴 내부적인 사유도 포함하고, 정당한 사유의 유무를 판단함에 있어서는 입법취지, 부동산의 취득목적에 비추어 고유목적에 사용하는 데 걸리는 준비기간의 장단, 고유목적에 사용할 수 없는 법령·사실상의 장애사유 및 장애정도, 당해 납세자가 부동산을 고유업무에 사용하기 위한 진지한 노력을 다하였는지의 여부, 행정관청의 귀책사유가 가미되었는지 여부 등을 아울러 참작하여 구체적인 사안에 따라 개별적으로 판단하여야 할 것(대법원 2002.9.4. 선고 2001두229 판결 등 다수, 같은 뜻임)이다.

(나) 청구인은 쟁점부동산을 취득(2019.3.25.)하기 전인 2019.1.5. 이 건 건축물의 용도변경 및 대수선 설계계약을 체결하였고, 2019.7.24. 이 건 건축물에 대한 건축·대수선·용도변경 허가를 신청한 후 처분청과의 협의를 거쳐 설계안을 수정한 후 2019.10.22. 처분청으로부터 대수선·용도변경 허가서를 교부받아 이 건 건축물에 대한 감면유예기간(1년)이 경과하기 전인 2019.12.12. 이 건 건축물에 대한 착공신고를 하였고, 이후 건축공사를 진행하여 2020.10.30. 이 건 건축물의 대수선 및 용도변경을 완료하여 2020.11.5. 노인복지시설 설치인가를 받아 쟁점부동산 소재지를 노인복지시설 설치신고필증상 사업장 소재지로 하여 현재까지도 해당 사업을 영위하고 있는 것으로 나타나 감면유예기한 내 이 건 노인복지시설을 설치하기 위하여 지속적으로 노력한 것으로 보이는 점, 처분청은 2020.6.2. 청구인에게 쟁점부동산을 감면 유예기간 내에 직접 사용하지 못한 정당한 사유가 있다고 인정하는 내용으로 민원 회신한 점 등에 비추어, 청구인이 쟁점부동산의 취득일부터 1년이 경과할 때까지 해당 용도로 직접 사용하기 위하여 정상적인 노력을 다하였음에도 시간이 부족하여 유예기간이 경과한 것으로서 그 정당한 사유가 인정된다 할 것이므로 처분청이 이 건 취득세 등을 청구인에게 부과한 처분은 잘못이 있다고 판단된다.

4. 결 론

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 있으므로 「지방세기본법」제96조 제7항, 「국세기본법」제80조의2 및 제65조 제1항 제3호에 의하여 주문과 같이 결정한다.

＜별지＞ 관련 법령

(1) 지방세특례제한법(2018.12.24. 법률 제16057호로 개정된 것)

제2조(정의) ① 이 법에서 사용하는 용어의 뜻은 다음과 같다.

8. “직접 사용”이란 부동산ㆍ차량ㆍ건설기계ㆍ선박ㆍ항공기 등의 소유자가 해당 부동산ㆍ차량ㆍ건설기계ㆍ선박ㆍ항공기 등을 사업 또는 업무의 목적이나 용도에 맞게 사용하는 것을 말한다.

제20조(노인복지시설에 대한 감면) 「노인복지법」 제31조에 따른 노인복지시설을 설치ㆍ운영하기 위하여 취득하는 부동산에 대해서는 다음 각 호에서 정하는 바에 따라 지방세를 2020년 12월 31일까지 감면한다.

1. 대통령령으로 정하는 무료 노인복지시설에 사용하기 위하여 취득하는 부동산에 대해서는 취득세를 면제하고, 과세기준일 현재 노인복지시설에 직접 사용(종교단체의 경우 해당 부동산의 소유자가 아닌 그 대표자 또는 종교법인이 해당 부동산을 노인복지시설로 사용하는 경우를 포함한다. 이하 이 조에서 같다)하는 부동산에 대해서는 재산세의 100분의 50을 경감한다. 다만, 노인의 여가선용을 위하여 과세기준일 현재 경로당으로 사용하는 부동산(부대시설을 포함한다)에 대해서는 재산세(「지방세법」 제112조에 따른 부과액을 포함한다) 및 같은 법 제146조제2항에 따른 지역자원시설세를 각각 면제한다.

2. 제1호 외의 노인복지시설에 사용하기 위하여 취득하는 부동산에 대해서는 취득세의 100분의 25를 경감하고, 과세기준일 현재 제1호 외의 노인복지시설에 직접 사용하는 부동산에 대해서는 재산세의 100분의 25를 경감한다.

제178조(감면된 취득세의 추징) 부동산에 대한 감면을 적용할 때 이 법에서 특별히 규정한 경우를 제외하고는 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우 그 해당 부분에 대해서는 감면된 취득세를 추징한다.

1. 정당한 사유 없이 그 취득일부터 1년이 경과할 때까지 해당 용도로 직접 사용하지 아니하는 경우

2. 해당 용도로 직접 사용한 기간이 2년 미만인 상태에서 매각ㆍ증여하거나 다른 용도로 사용하는 경우

(2) 지방세특례제한법 시행령

제8조의4(무료 노인복지시설의 범위) 법 제20조 제1호에서 “대통령령으로 정하는 무료 노인복지시설”이란 「노인복지법」 제31조에 따른 노인여가복지시설ㆍ노인보호전문기관ㆍ노인일자리지원기관ㆍ노인주거복지시설ㆍ노인의료복지시설 또는 재가노인복지시설로서 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 시설을 말한다.

1. 입소자의 입소비용(이용비용을 포함한다)을 국가 또는 지방자치단체가 전액 부담하는 시설

2. 노인복지시설 이용자 중 「노인장기요양보험법」에 따른 재가급여 또는 시설급여를 지급받는 사람과 「국민기초생활 보장법」 제7조제1항제1호부터 제3호까지의 규정에 따른 급여를 지급받는 사람이 연평균 입소 인원의 100분의 80 이상인 시설로서 행정안전부령으로 정하는 기준에 적합한 시설

(3) 노인복지법

제31조(노인복지시설의 종류) 노인복지시설의 종류는 다음 각호와 같다.

1. 노인주거복지시설

2. 노인의료복지시설

3. 노인여가복지시설

4. 재가노인복지시설

5. 노인보호전문기관

6. 제23조의2 제1항 제2호의 노인일자리지원기관

7. 제39조의19에 따른 학대피해노인 전용쉼터

제35조(노인의료복지시설의 설치) ① 국가 또는 지방자치단체는 노인의료복지시설을 설치할 수 있다.

② 국가 또는 지방자치단체외의 자가 노인의료복지시설을 설치하고자 하는 경우에는 시장ㆍ군수ㆍ구청장에게 신고하여야 한다.

③ 시장ㆍ군수ㆍ구청장은 제2항에 따른 신고를 받은 경우 그 내용을 검토하여 이 법에 적합하면 신고를 수리하여야 한다.

④ 노인의료복지시설의 시설, 인력 및 운영에 관한 기준과 설치신고 및 설치허가 등에 관하여 필요한 사항은 보건복지부령으로 정한다.