이유
1. 처분개요

가. 청구법인은 2015.5.11. 경기도 시흥시 OOO을 본점으로 하고, 의료기기 제조업 및 도소매업 등을 목적사업으로 하여 설립되었고, 2021.8.17. 경기도 시흥시 OOO 토지 960㎡(이하 “쟁점토지”라 한다)를 취득(매매)한 후, 같은 날 그 취득가액 OOO원을 과세표준으로 하고,「지방세법」(2021.12.28. 법률 제18655호로 일부개정된 것, 이하 같다) 제11조 제1항 제7호 나목의 세율(1천분의 40, 이하 “표준세율”이라 한다)을 적용하여 산출한 취득세 등 합계 OOO원을 신고.납부하였으며, 2022.10.27. 쟁점토지에 건축물 1,440.98㎡(이하 “쟁점건축물”이라 한다)를 취득(신축)한 후, 2022.11.3. 쟁점건축물에 대하여 본점을 신축하는 것으로 보아,「지방세법」제13조 제6항의 세율(1천분의 84)을 적용하여 산출한 취득세 등 합계 OOO원을 신고.납부하였고, 2022.10.28. 쟁점건축물로 법인등기부상 본점을 이전하였다.

나. 처분청은 청구법인이 과밀억제권역에 있는 쟁점토지를 취득하고 쟁점토지에 본점을 신축하여 취득세 중과세 대상에 해당하고, 쟁점건축물 취득세 신고시 도급공사비 등 합계 OOO원(도급공사비 OOO원, 설계비 OOO원, 사용전검사비 OOO원, 이하 “쟁점공사비”라 한다)을 누락하여 신고한 것으로 보아, 2023.11.1. 청구법인에게 쟁점토지와 쟁점공사비에 대하여「지방세법」제13조 6항 및 제2항의 세율(이하 “중과세율”이라 한다)을 적용하여 산출한 세액에서 기납부 세액을 차감한 취득세 등 합계 OOO원(이하 “이 건 취득세 등”이라 한다)을 부과.고지하였다.

○○○

다. 청구법인은 이에 불복하여 2024.1.29. 심판청구를 제기하였다.

2.청구법인 주장 및 처분청 의견

가.청구법인 주장

법인의 본점에 해당하는지 여부에 대하여 대법원에서는 “본점이라 함은 대표이사 등 임직원이 상주하면서 기획ㆍ재무ㆍ총무 등 법인의 전반적인 사업을 수행하고 있는 곳인 영리법인의 주된 사무소를 의미하며, 주된 사무소는 본점 등기가 아니라 법인의 중추적인 의사결정 등 주된 기능을 수행하는 장소를 의미한다”고 판시(대법원 92누473, 1993. 1.15. 판결 참조)하고 있고, 행정안전부에서도 본점이라 함은 법인의 중추적인 의사결정 등 주된 기능을 수행하는 장소를 말하고, 취득세 중과대상 본점 사업용 부동산인지 여부의 판단은 본점등기를 기준으로 판단하는 것이 아니다(행정안전부 지방세운영과-167, 2016.1.15.)고 유권해석하고 있으며, 조세심판원 결정(조심 2022지 0148, 2022.12.23. 결정) 또한 같은 맥락으로 결정하였다.

쟁점건축물과 OOO의 실제 사용현황을 보면, 청구법인은 쟁점건축물을 본점 및 물류창고 등으로 사용하려고 하였으나, 청구법인의 경우 도소매업을 주업으로 하는 유통산업 성격상 영업관련 부서가 중요하므로 쟁점건축물에는 영업 관련 부서 직원만 근무하고 대표이사 등은 OOO에서 근무하고 있다.

쟁점건축물의 구체적인 사용현황은 1층과 2층은 웨어하우스이고, 3층은 청구법인의 영업관련 부서에서 사용하고 있으며, 대표이사와 주요 부서 임직원 등은 청구법인의 OOO 임차 사무실에서 근무하고 있다.

청구법인의 대표이사를 비롯한 임직원이 어디에서 근무하는지는 청구법인의 조직도를 보아도 알 수 있고, 청구법인이 제출한 조직도를 보면 쟁점건축물(OOO)에는 영업 관련 부서 임직원만 근무하고 있고 대표이사를 비롯한 인사, 총무, 재무 관련 부서 임직원은 모두 OOO 건물에서 근무하고 있다.

청구법인의 경우 임직원의 출근 여부 등 현황을 기록하는 출근기록부를 작성하고 있고, 이에 대하여 매월 결제를 득하고 있는바, 청구법인의 출근기록부를 보아도 쟁점건축물에 근무하고 있는 직원과 부서 현황을 알 수 있으며, OOO에서 근무하고 있는 부서 임직원에 대한 현황을 확인할 수 있다.

청구법인은 의료용품 도.소매를 주로 하고 있고 의약외품인 의료용알콜솜을 일부 제조하여 판매하고 있으며, 이를 제조하는 시설은 청구법인이 임차하여 사무실 및 공장으로 사용하고 있는 경기도 시흥시 OOO 건축물 3층에 있다.

청구법인이 직접 제조한 의료용알콜솜 또한 도.소매를 통하여 판매하고 있으므로 청구법인의 경우 도.소매업인 유통산업을 100% 영위하고 있는바, 이는 청구법인의 표준손익계산서 매출 현황에서도 확인되고 있다.

따라서, 청구법인은 쟁점건축물을「지방세법 시행령」제26조 제1항 제6호에서 규정하는 유통산업(공산품의 도.소매)에 사용하고 있으므로 이에 부속되는 쟁점토지에 대하여 일반세율을 적용하여야 한다.

나. 처분청(경기도지사) 의견

청구법인의 경우, 쟁점건축물 취득세 신고 당시 사용 목적을 본점 사용으로 작성하여 사용계획서를 제출하였고, 법인 등기사항증명서에서도 2022.10.27. 본점을 쟁점건축물로 이전한 것이 확인되며, 통상적으로 법인 등기사항증명서의 본점 소재지에서 법인의 사업 활동이 이루어진다고 보는 것이 경험칙에 부합하다.

이전 본점이 사실상 본점이라는 사실은 청구법인이 입증하여야 할 것인데, 대표이사와 경영본부, 회계, 인사, 총무 등 청구법인의 중추적인 의사결정을 하는 모든 부서가 이전 본점에 있다는 주장만 있을 뿐 이를 인정할 만한 내부 결재문서 또는 외부 발송문서 등의 객관적이고 구체적인 증빙의 제시는 없다.

청구법인이 영위하는 사업 중 도.소매업에 해당하는 부분은 대도시 중과 제외 업종에 해당하므로 청구주장은 이유 있다 할 것이나, 쟁점건축물의 1층의 용도가 제조업소와 소매점으로 명확하게 구분되어 있고, 청구법인도 제조업을 일부 영위하고 있음을 인정하고 있다.

따라서, 청구법인이 쟁점토지 및 쟁점건축물의 취득일(2021.8.7., 2022.10.27.)부터 2년 이상 해당 업종에 직접 사용하지 아니하고 다른 업종에 겸용하였으므로, 쟁점건축물 중 소매점 등(980.92㎡)에 대하여 제조업으로 사용하는 면적의 비율만큼은 중과세율을 적용하고, 도소매업으로 사용하는 면적의 비율만큼은 대도시 중과를 제외함이 타당하다.

3. 심리 및 판단

가. 쟁점

쟁점건축물은 유통산업에 제공되는 부동산이므로 중과대상에서 제외하여야 한다는 청구주장의 당부

나. 관련 법령 : ＜별지＞기재

다. 사실관계 및 판단

(1) 청구법인과 처분청이 제출한 심리자료에 의하면, 다음과 같은 사실이 나타난다.

(가) 청구법인은 2015.5.11. 경기도 시흥시 OOO을 본점(임차 사무실)으로 하고, 의료기기 제조업 및 도소매업 등을 목적사업으로 하여 설립되었다.

(나) 청구법인은 2021.8.17. 쟁점토지를 취득(매매)한 후, 같은 날 그 취득가액 OOO원을 과세표준으로 하고 표준세율을 적용하여 산출하여 취득세 등을 신고.납부하였다.

(다) 청구법인은 2022.10.27. 쟁점토지에 쟁점건축물 1,440.98㎡(사무소 460.06㎡, 소매점 등 980.92㎡)를 취득(신축)한 후, 2022.11.3. 쟁점건축물에 대하여 본점을 신축하는 것으로 하여 취득세 등을 신고.납부하였고, 2022.10.28. 쟁점건축물로 법인등기부상 본점을 이전하였다.

(라) 처분청은 청구법인이 과밀억제권역에 있는 쟁점토지를 취득하고 쟁점토지에 본점을 신축하여 취득세 중과세 대상에 해당하고, 쟁점건축물 취득세 신고시 도급공사비 등을 누락하여 신고한 것으로 보아, 2023.11.1. 쟁점토지와 쟁점공사비에 대하여 중과세율을 적용하여 이 건 취득세 등을 부과하였다.

(마) 청구법인은 쟁점건축물 중 사무소(460.06㎡)에 본점이 아닌 지점을 전입하였고, 쟁점건축물 중 소매점 등(980.92㎡)을 유통산업(공산품의 도.소매)에 사용하고 있다고 주장하면서 아래와 같은 자료를 제출하였다.

1) 청구법인은 쟁점건축물을 본점 및 물류창고 등으로 사용하려고 하였으나, 청구법인의 경우 도소매업을 주업으로 하는 유통산업 성격상 영업관련 부서가 중요하므로 쟁점건축물에는 영업 관련 부서 직원만 근무하고 대표이사 등은 OOO에서 근무하고 있다.

2) 쟁점건축물의 1층과 2층은 물류창고이고, 3층은 청구법인의 영업관련 부서에서 사용하고 있다.

3) 청구법인의 조직도에 의하면, 쟁점건축물(OOO)에는 영업 관련 부서 임직원만 근무하고 있고, 대표이사와 주요 부서(인사, 총무, 재무 등) 임직원 등은 청구법인의 OOO 임차 사무실에서 근무하고 있다.

○○○

＜사실상 본점(OOO) 임대차계약서＞

○○○

4) 청구법인은 임직원의 출근 여부 등 현황을 기록하는 출근기록부를 작성하고 있고, 이에 대하여 매월 결재를 득하고 있는바, 청구법인의 출근기록부를 보아도 쟁점건축물에 근무하고 있는 직원과 부서 현황을 알 수 있으며, OOO에서 근무하고 있는 부서 임직원에 대한 현황을 확인할 수 있다.

(마) 처분청은 청구법인의 본점이 쟁점건축물에 있다는 의견을 제시하면서, 청구법인이 쟁점건축물 취득세 신고 당시 사용 목적을 본점 사용으로 작성한 사용계획서와 법인등기사항증명서 등을 제출하였다.

(바) 청구법인의 표준손익계산서에 의하면, 2022사업연도 총 매출액 OOO원 중 상품매출액은 OOO원(98.3%)이고, 제품매출액은 OOO원(1.7%)이며, 2023사업연도 총 매출액 OOO원 중 상품매출액은 OOO원(98.8%)이고, 제품매출액은 OOO원(1.2%)으로 나타난다.

(2) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 이 건에 대하여 살피건대, 처분청은 쟁점건축물을 본점 사업용 부동산으로 보아야 한다는 의견이나,「지방세법」상 본점의 정의는 없으나 본점의 사무소란 경영, 인사, 재무, 총무, 기획 등 관리행위 외에도 법인이 영위하는 사업에 관한 주요한 의사결정 및 업무수행이 이루어지는 장소로 볼 수 있고, 반면 본점의 사무소와 함께 설치되었더라도 본점에서 이루어지는 주요한 의사결정, 업무수행, 관리행위 등과 구분되는 단순하고 부수적인 행위나 사실적 행위 또는 대외적으로 제품 및 서비스를 제공하거나 영업활동 등이 이루어지는 장소는 본점의 사무소에 해당한다고 보기 어렵다 할 것이다(조심 2023지1631, 2024.7.25., 같은 뜻임).

청구법인이 2022.10.27. 등기부등본상 본점을 쟁점건축물로 이전하였으나, 실제 청구법인의 본점은 청구법인의 조직도, 임대차계약서, 출퇴근명부 등에 의하면 OOO에 있는 임차사무실에서 본점 역할을 수행하고 있는 것으로 보이는 점, 반면, 쟁점건축물(OOO)의 사용현황을 보면, 1층과 2층은 물류창고로 사용하고 있고, 3층은 영업 관련 부서에서 사용하고 있어 이는 본점이라기 보다는「유통산업발전법」상 상품의 판매와 이를 지원하는 용역 제공을 직접 수행하는 장소로 쟁점건축물을 유통산업용 부동산으로 보는 것이 타당한 점, 청구법인의 등기부등본상 목적사업에 의료기기 도소매업 등이 기재되어 있고, 청구법인의 표준손익계산서에 의하면, 2022사업연도와 2023사업연도 총 매출액 중 상품매출액이 대다수로 나타나 주로 유통산업을 영위하고 있는 것으로 나타나고, 경기도지사도 청구법인이 유통산업을 영위하고 있다고 인정하고 있는 점 등에 비추어, 쟁점건축물은 본점 사업용이 아닌「유통산업발전법」에 따른 유통산업에 제공되는 부동산으로 보는 것이 타당하므로 처분청이 쟁점토지와 쟁점공사비에 대하여 중과세율을 적용하여 청구법인에게 이 건 취득세 등을 부과한 처분은 잘못이 있다고 판단된다.

4. 결론

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 있으므로「지방세기본법」제96조 제7항과「국세기본법」제80조의2 및 제65조 제1항 제3호에 의하여 주문과 같이 결정한다.

＜별지＞ 관련 법령

(1) 지방세법

제6조(정의) 취득세에서 사용하는 용어의 뜻은 다음 각 호와 같다.

19. “중과기준세율”이란 제11조 및 제12조에 따른 세율에 가감하거나 제15조 제2항에 따른 세율의 특례 적용기준이 되는 세율로서 1천분의 20을 말한다.

제11조(부동산 취득의 세율) ① 부동산에 대한 취득세는 제10조의 과세표준에 다음 각 호에 해당하는 표준세율을 적용하여 계산한 금액을 그 세액으로 한다.

3. 원시취득: 1천분의 28

7. 그 밖의 원인으로 인한 취득

가. 농지: 1천분의 30

나. 농지 외의 것: 1천분의 40

제13조(과밀억제권역 안 취득 등 중과) ① 「수도권정비계획법」 제6조에 따른 과밀억제권역에서 대통령령으로 정하는 본점이나 주사무소의 사업용으로 신축하거나 증축하는 건축물(「신탁법」에 따른 수탁자가 취득한 신탁재산 중 위탁자가 신탁기간 중 또는 신탁종료 후 위탁자의 본점이나 주사무소의 사업용으로 사용하기 위하여 신축하거나 증축하는 건축물을 포함한다)과 그 부속토지를 취득하는 경우와 같은 조에 따른 과밀억제권역(「산업집적활성화 및 공장설립에 관한 법률」을 적용받는 산업단지ㆍ유치지역 및 「국토의 계획 및 이용에 관한 법률」을 적용받는 공업지역은 제외한다)에서 공장을 신설하거나 증설하기 위하여 사업용 과세물건을 취득하는 경우의 취득세율은 제11조 및 제12조의 세율에 중과기준세율의 100분의 200을 합한 세율을 적용한다.

② 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 부동산(「신탁법」에 따른 수탁자가 취득한 신탁재산을 포함한다)을 취득하는 경우의 취득세는 제11조제1항의 표준세율의 100분의 300에서 중과기준세율의 100분의 200을 뺀 세율(제11조 제1항 제8호에 해당하는 주택을 취득하는 경우에는 제13조의2 제1항 제1호에 해당하는 세율)을 적용한다. 다만, 「수도권정비계획법」 제6조에 따른 과밀억제권역(「산업집적활성화 및 공장설립에 관한 법률」을 적용받는 산업단지는 제외한다. 이하 이 조 및 제28조에서 “대도시”라 한다)에 설치가 불가피하다고 인정되는 업종으로서 대통령령으로 정하는 업종(이하 이 조에서 “대도시 중과 제외 업종”이라 한다)에 직접 사용할 목적으로 부동산을 취득하는 경우의 취득세는 제11조에 따른 해당 세율을 적용한다.

1. 대도시에서 법인을 설립[대통령령으로 정하는 휴면(休眠)법인(이하 “휴면법인”이라 한다)을 인수하는 경우를 포함한다. 이하 이 호에서 같다]하거나 지점 또는 분사무소를 설치하는 경우 및 법인의 본점ㆍ주사무소ㆍ지점 또는 분사무소를 대도시 밖에서 대도시로 전입(「수도권정비계획법」 제2조에 따른 수도권의 경우에는 서울특별시 외의 지역에서 서울특별시로의 전입도 대도시로의 전입으로 본다. 이하 이 항 및 제28조제2항에서 같다)함에 따라 대도시의 부동산을 취득(그 설립ㆍ설치ㆍ전입 이후의 부동산 취득을 포함한다)하는 경우

③ 제2항 각 호 외의 부분 단서에도 불구하고 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우 그 해당 부분에 대하여는 제2항 본문을 적용한다.

1. 제2항 각 호 외의 부분 단서에 따라 취득한 부동산이 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 경우. 다만, 대도시 중과 제외 업종 중 대통령령으로 정하는 업종에 대하여는 직접 사용하여야 하는 기한 또는 다른 업종이나 다른 용도에 사용ㆍ겸용이 금지되는 기간을 3년 이내의 범위에서 대통령령으로 달리 정할 수 있다.

가. 정당한 사유 없이 부동산 취득일부터 1년이 경과할 때까지 대도시 중과 제외 업종에 직접 사용하지 아니하는 경우

나. 부동산 취득일부터 1년 이내에 다른 업종이나 다른 용도에 사용ㆍ겸용하는 경우

2. 제2항 각 호 외의 부분 단서에 따라 취득한 부동산이 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 경우

가. 부동산 취득일부터 2년 이상 해당 업종 또는 용도에 직접 사용하지 아니하고 매각하는 경우

나. 부동산 취득일부터 2년 이상 해당 업종 또는 용도에 직접 사용하지 아니하고 다른 업종이나 다른 용도에 사용ㆍ겸용하는 경우

④ 제3항을 적용할 때 대통령령으로 정하는 임대가 불가피하다고 인정되는 업종에 대하여는 직접 사용하는 것으로 본다.

⑥ 제1항과 제2항이 동시에 적용되는 과세물건에 대한 취득세율은 제16조 제5항에도 불구하고 제11조 제1항에 따른 표준세율의 100분의 300으로 한다.

⑧ 제2항에 따른 중과세의 범위와 적용기준, 그 밖에 필요한 사항은 대통령령으로 정하고, 제1항과 제2항에 따른 공장의 범위와 적용기준은 행정안전부령으로 정한다.

(2) 지방세법 시행령

제13조(취득 당시의 현황에 따른 부과) 부동산, 차량, 기계장비 또는 항공기는 이 영에서 특별한 규정이 있는 경우를 제외하고는 해당 물건을 취득하였을 때의 사실상의 현황에 따라 부과한다. 다만, 취득하였을 때의 사실상 현황이 분명하지 아니한 경우에는 공부(公簿)상의 등재 현황에 따라 부과한다.

제25조(본점 또는 주사무소의 사업용 부동산) 법 제13조 제1항에서 “대통령령으로 정하는 본점이나 주사무소의 사업용 부동산”이란 법인의 본점 또는 주사무소의 사무소로 사용하는 부동산과 그 부대시설용 부동산(기숙사, 합숙소, 사택, 연수시설, 체육시설 등 복지후생시설과 예비군 병기고 및 탄약고는 제외한다)을 말한다.

제26조(대도시 법인 중과세의 예외) ① 법 제13조 제2항 각 호 외의 부분 단서에서 “대통령령으로 정하는 업종”이란 다음 각 호에 해당하는 업종을 말한다.

6.「유통산업발전법」에 따른 유통산업, 「농수산물유통 및 가격안정에 관한 법률」에 따른 농수산물도매시장ㆍ농수산물공판장ㆍ농수산물종합유통센터ㆍ유통자회사 및 「축산법」에 따른 가축시장

(3) 유통산업발전법

제2조(정의) 이 법에서 사용하는 용어의 뜻은 다음과 같다.

1. “유통산업”이란 농산물ㆍ임산물ㆍ축산물ㆍ수산물(가공물 및 조리물을 포함한다) 및 공산품의 도매ㆍ소매 및 이를 경영하기 위한 보관ㆍ배송ㆍ포장과 이와 관련된 정보ㆍ용역의 제공 등을 목적으로 하는 산업을 말한다.