이유
1. 처분개요

가. 청구법인은 2016.11.28. 한국수자원공사와 경기도 시흥시 OOO(이하 “이 건 토지”라 한다)를 취득하기 위하여 연부계약을 체결 및 계약금을 지급한 후, 2016.12.21. 이 건 토지 취득을 위한 계약금(OOO원)을 과세표준으로 하고, 「지방세법」제11조 제1항 제7호 나목의 세율을 적용하여 산출한 취득세 OOO원(이하 “이 건 제①취득세 등”이라 한다)을 처분청에 신고·납부하였다.

나. 청구법인은 2020.7.9. 이 건 토지를 취득하기 위하여 잔금을 한국수자원공사에게 지급한 후, 2020.8.26. 이 건 토지의 취득이「농어촌특별세법」제4조 제9호 및 같은 법 시행령 제4조 제4항(이하 “쟁점규정”이라 한다)에 따른 국가, 지방자치단체 또는 한국토지주택공사로부터 국민주택규모이하의 주택을 건설하기 위하여 공급받은 토지에 해당하는 것으로 하여 처분청으로부터 농어촌특별세를 비과세 받고, 나머지 취득세 등 합계 OOO원(이하 “이 건 제②취득세 등”이라 하고, 이 건 제①취득세 등과 합하여 이하 “이 건 취득세 등”이라 한다)을 처분청에 신고·납부하였다.

다. 청구법인은 2020.7.9. 기 신고·납부한 이 건 제①취득세 등에서 농어촌특별세(OOO원)가 쟁점규정 적용대상에 해당하는 것으로 하여 환급을 구하는 경정청구를 하였고, 처분청은 2020.9.11. 이를 수용하였다.

라. 처분청은 2024.10.18. 쟁점규정에서 비과세 적용대상을 국가, 지방자치단체 또는 한국토지주택공사로부터 공급받는 경우로 한정하고 있어, 한국수자원공사로부터 이 건 토지를 공급받은 청구법인의 경우는 쟁점규정의 적용대상에 해당하지 않는다고 보아 이 건 취득세 등 신고·납부 당시 등에 처분청으로부터 기 비과세 받은 농어촌특별세 OOO원[납부지연가산세 OOO원(이 건 제①취득세 등 신고·납부 관련 농어촌특별세에 대한 납부지연가산세를 감면대상으로 보고 산정한 세액, 이하 “쟁점가산세”라 한다)을 포함하고, 이하 “이 건 농어촌특별세”라 한다]을 청구법인에게 부과·고지하였다.

마. 청구법인은 이에 불복하여 2025.1.16. 심판청구를 제기하였다.

2.청구법인 주장 및 처분청 의견

가.청구법인 주장

청구법인은 서민주택을 원활히 공급하려는 쟁점규정의 취지에 따라 국민주택규모 이하의 서민주택공급을 위해 한국수자원공사로부터 분양받은 이 건 토지도 농어촌특별세 비과세 대상이라고 판단하여 이 건 제①취득세 등을 신고·납부할 당시 포함한 농어촌특별세에 대하여 환급을 구하는 경정청구를 하였고, 처분청이 이를 수용하여, 청구법인은 같은 날 이 건 제②취득세 등을 신고·납부하면서 농어촌특별세를 비과세로 신고한 것으로 이 건 취득세 등을 신고·납부하면서 농어촌특별세를 신고·납부하지 않은 것은 청구법인에게 그 책임이 있다고 볼 수가 없으므로 처분청이 이 건 농어촌특별세를 부과하면서 쟁점가산세를 포함한 처분은 부당하다.

나. 처분청 의견

먼저, 쟁점규정을 보면 농어촌특별세가 비과세되는 서민주택의 경우 주거용 건물에 부수되는 토지는 국가, 지방자치단체 또는 한국토지주택공사로부터 공급받는 경우에 한하여만 그 적용이 가능하여, 청구법인과 같이 한국수자원공사로부터 토지를 취득한 경우에는 농어촌특별세 비과세대상에 해당되지 않는다.

다음으로, 이 건 농어촌특별세가 감면되어야 한다는 청구법인의 보면, 취득세는 원칙적으로 납세의무자가 스스로 법에서 정한 납세의무 성립요건의 충족 여부를 조사, 확인하고 자신의 책임하에 과세표준과 세액을 정하여 신고·납부하면 그 내용대로 확정되는 신고납부방식의 조세로서 그 신고·납부에 대한 책임은 근본적으로 납세의무자에게 있고(조심 2019지2121, 2019.12.2. 참조), 세법상 가산세는 과세권의 행사 및 조세채권의 실현을 용이하게 하기 위하여 납세자가 정당한 이유 없이 법에 규정된 신고·납부의무 등을 위반한 경우에 법이 정하는 바에 의하여 부과하는 행정상의 제재로서 납세자의 고의·과실은 고려되지 않는 것이며, 법령의 부지 또는 오인은 그 정당한 사유에 해당한다고 볼 수 없다(대법원 2004.9.24. 선고 2003두10350 판결 참조).

청구법인의 경우, 이 건 토지의 취득을 위한 연부계약에 따른 계약금 및 잔금을 납부함으로써 각각 취득세 납세의무가 성립하였고, 이에 대해 각각 이 건 제①취득세 등 신고·납부 및 이 건 제②취득세 등 신고·납부의무를 이행하였으며, 이는 별개의 신고 및 납세의무에 해당되어 각각 그 의무를 독립적으로 보아 이 건 제①취득세 등 및 이 건 제②취득세 등 신고의 적법여부를 판단하는 것이 바람직하다고 볼 수 있는바,

이 건 제②취득세 등 신고가 이 건 제①취득세 등에서 농어촌특별세의 환급을 구하는 경정청구와 같은 날 이루어졌으며, 그 경정청구에 대한 처분청의 환급결정은 이 건 제②취득세 등 신고·납부 이후에 이루어진 것에서 볼 때 이 건 제①취득세 등 신고에 대한 환급결정이 이 건 제②취득세 등 신고에 영향을 미쳤다고 보기가 어렵고, 처분청의 취득세 납부서 교부 및 신고 안내 행위는 일종의 행정조력일 뿐 청구법인의 이 건 제②취득세 등 신고에 대해 처분청은 농어촌특별세가 비과세라는 어떠한 공적인 견해표명을 한 것이라고 볼 수 없고, 납세의무자가 세무공무원의 잘못된 설명을 믿고 그 신고·납부의무를 이행하지 아니하였다 하더라도 그것이 관계 법령에 어긋나는 것임이 명백한 때에는 그러한 사유만으로는 가산세를 면제할 만한 정당한 사유가 있는 경우에 해당한다고 할 수 없으므로(대법원 2002.4.12. 선고 2000두5944 판결 참조) 처분청이 청구법인에게 이 건 농어촌특별세를 부과하면서 쟁점가산세를 포함한 처분은 적법하다.

3. 심리 및 판단

가. 쟁 점

처분청이 이 건 농어촌특별세를 부과하면서 쟁점가산세를 포함한 처분의 당부

나. 관련 법령 : ＜별지＞ 기재

다. 사실관계 및 판단

(1) 청구법인과 처분청이 제출한 심리자료에 의하면 다음과 같은 사실이 나타난다.

(가) 청구법인은 2016.11.28. 한국수자원공사와 아래와 같이 분양계약을 체결한 것으로 확인된다.

○○○

(나) 청구법인은 2016.11.28. 한국수자원공사와 이 건 토지 취득을 위한 위 (가)의 계약을 체결 및 계약금을 지급한 후, 2016.12.21. 이 건 토지 취득을 위한 계약금(OOO원)을 과세표준으로 하고, 「지방세법」제11조 제1항 제7호 나목의 세율을 적용하여 산출한 취득세 OOO원(이 건 제①취득세 등)을 처분청에 신고·납부하였다.

(다) 처분청이 우리 원에 제출한 답변서를 보면 청구법인은 2020.7.9. 이 건 토지를 취득하고 이 건 제②취득세 등을 신고하면서 쟁점규정에 따라 농어촌특별세를 비과세로 하여 신고하였고, 동시에 기 신고·납부한 이 건 제①취득세 등에서 농어촌특별세(OOO원)에 대한 환급을 구하는 경청청구를 하였고, 처분청은 이를 수용하여 2020.9.14. 그 농어촌특별세를 환급하였다고 기재되어 있다.

(라) 처분청은 2024.10.18. 「농어촌특별세법」 제4조 제9호 및 같은 법 시행령 제4조 제4항에서 「주택법」제2조 제6호에 따른 국민주택 규모 이하의 주거용 건물과 이에 부수되는 토지(국가, 지방자치단체 또는 「한국토지주택공사법」에 따라 설립된 한국토지주택공사가 해당 주택을 건설하기 위하여 취득하거나 개발·공급하는 토지를 포함하는 토지)에 해당하지 않는다고 보아 이 건 취득세 등 신고·납부 당시 등에 처분청으로부터 기 비과세 받은 농어촌특별세 OOO원[납부지연가산세 OOO원(이 건 제①취득세 등 신고·납부 관련 농어촌특별세에 대한 납부지연가산세는 감면대상으로 보고 산정한 쟁점가산세)을 포함]을 청구법인에게 부과·고지하였다.

(2) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 이 건에 대하여살펴본다.

(가)「지방세기본법」제57조 제1항에서 지방자치단체의 장은 이 법 또는 지방세관계법에 따라 가산세를 부과하는 경우 그 부과의 원인이 되는 사유가 제26조 제1항에 따른 기한연장 사유에 해당하거나 납세자가 해당 의무를 이행하지 아니한 정당한 사유가 있을 때에는 가산세를 부과하지 아니한다고 규정하고 있다.

(나) 청구법인은 이 건 농어촌특별세를 부과하면서 쟁점가산세를 포함한 처분이 부당하다고 주장하나, 「농어촌특별세법」제4조 제9호 및 같은 법 시행령 제4조 제4항에서 「주택법」제2조 제6호에 따른 국민주택 규모 이하의 주거용 건물과 이에 부수되는 토지(국가, 지방자치단체 또는 「한국토지주택공사법」에 따라 설립된 한국토지주택공사가 해당 주택을 건설하기 위하여 취득하거나 개발·공급하는 토지를 포함하는 토지)를 취득하는 경우 농어촌특별세를 비과세한다고 규정하고 있어, 청구법인의 이 건 토지 취득은 쟁점규정에 따른 농어촌특별세 비과세 대상에 해당하지 않는 것이 명확한 점, 청구인이 이 건 부동산을 취득 할 당시(2020.11.13. 및 2021.4.21.)에는 이미 우리 원 다수의 결정례(조심 2019지1574, 2019.10.11. 결정 등) 및 대법원 다수의 판례(대법원 2018.10.12. 선고 2018두48908 판결 등)에서 출자전환이 매각에 해당한다고 보고 있어 청구인이 A에게 이 건 부동산을 현물출자 하면 기 감면받은 취득세가 추징된다는 것을 청구인이 아는 것이 무리라고 보기가 어려운 점, 청구인이 이 건 부동산을 취득하고, 해당 용도로 직접 사용한 기간이 2년 미만인 상태에서 A에 현물출자하고, 기 감면받은 취득세 등을 그 신고·납부기한(60일) 이내에 신고·납부하지 않은 점 등에 비추어, 처분청이 이 건 농어촌특별세를 부과하면서 쟁점가산세를 제외할 정당한 사유가 있다고 볼 수 없으므로 처분청이 청구법인에게 이 건 농어촌특별세를 부과하면서 쟁점가산세를 포함한 처분은 달리 잘못이 없다고 판단된다.

4. 결 론

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 없으므로「지방세기본법」제96조 제7항과「국세기본법」제80조의2 및 제65조 제1항 제2호에 의하여 주문과 같이 결정한다.

＜별지＞ 관련 법령

(1) 농어촌특별세법

제4조(비과세) 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우에는 농어촌특별세를 부과하지 아니한다.

9. 대통령령으로 정하는 서민주택에 대한 취득세 또는 등록에 대한 등록면허세의 감면

제8조(부과ㆍ징수) ② 제7조에 따라 농어촌특별세의 신고ㆍ납부 및 원천징수 등을 하여야 할 자가 신고를 하지 아니하거나 신고내용에 오류 또는 누락이 있는 경우와 납부하여야 할 세액을 납부하지 아니하거나 미달하게 납부한 경우에는 다음 각 호에 따른다.

3. 제3조 제1호의 납세의무자 중 취득세 또는 등록에 대한 등록면허세의 감면을 받는 자와 제3조 제5호에 따른 납세의무자에 대하여는 시장ㆍ군수 및 자치구의 구청장(이하 “시장ㆍ군수”라 한다)이 해당 본세의 부과ㆍ징수의 예에 따라 부과ㆍ징수한다.

(2) 농어촌특별세법 시행령

제4조(비과세) ④법 제4조 제9호 및 제11호에서 “대통령령으로 정하는 서민주택”이란 「주택법」 제2조 제6호에 따른 국민주택 규모(「건축법 시행령」 별표 1 제1호 다목에 따른 다가구주택의 경우에는 가구당 전용면적을 기준으로 한다) 이하의 주거용 건물과 이에 부수되는 토지(국가, 지방자치단체 또는 「한국토지주택공사법」에 따라 설립된 한국토지주택공사가 해당 주택을 건설하기 위하여 취득하거나 개발ㆍ공급하는 토지를 포함한다)로서 주택바닥면적(아파트ㆍ연립주택 등 공동주택의 경우에는 1세대가 독립하여 구분ㆍ사용할 수 있도록 구획된 부분의 바닥면적을 말한다)에 다음 표의 용도지역별 적용배율을 곱하여 산정한 면적 이내의 토지를 말한다.

(3) 지방세법

제20조(신고 및 납부) ① 취득세 과세물건을 취득한 자는 그 취득한 날(「부동산 거래신고 등에 관한 법률」 제10조 제1항에 따른 토지거래계약에 관한 허가구역에 있는 토지를 취득하는 경우로서 같은 법 제11조에 따른 토지거래계약에 관한 허가를 받기 전에 거래대금을 완납한 경우에는 그 허가일이나 허가구역의 지정 해제일 또는 축소일을 말한다)부터 60일[상속으로 인한 경우는 상속개시일이 속하는 달의 말일부터, 실종으로 인한 경우는 실종선고일이 속하는 달의 말일부터 각각 6개월(외국에 주소를 둔 상속인이 있는 경우에는 각각 9개월)] 이내에 그 과세표준에 제11조부터 제15조까지의 세율을 적용하여 산출한 세액을 대통령령으로 정하는 바에 따라 신고하고 납부하여야 한다.

제21조(부족세액의 추징 및 가산세) ① 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우에는 제10조부터 제15조까지의 규정에 따라 산출한 세액(이하 이 장에서 “산출세액”이라 한다) 또는 그 부족세액에 「지방세기본법」 제53조부터 제55조까지의 규정에 따라 산출한 가산세를 합한 금액을 세액으로 하여 보통징수의 방법으로 징수한다.

1. 취득세 납세의무자가 제20조에 따른 신고 또는 납부의무를 다하지 아니한 경우

(4) 지방세기본법

제55조(납부불성실ㆍ환급불성실가산세) ① 납세의무자가 지방세관계법에 따른 납부기한까지 지방세를 납부하지 아니하거나 납부하여야 할 세액보다 적게 납부(이하 “과소납부”라 한다)한 경우 또는 환급받아야 할 세액보다 많이 환급(이하 “초과환급”이라 한다)받은 경우에는 다음 각 호의 계산식에 따라 산출한 금액을 합한 금액을 가산세로 부과한다. 이 경우 가산세는 납부하지 아니한 세액, 과소납부분(납부하여야 할 금액에 미달하는 금액을 말한다. 이하 같다) 세액 또는 초과환급분(환급받아야 할 세액을 초과하는 금액을 말한다. 이하 같다) 세액의 100분의 75에 해당하는 금액을 한도로 한다.

1. 납부하지 아니한 세액 또는 과소납부분 세액(지방세관계법에 따라 가산하여 납부하여야 할 이자 상당 가산액이 있는 경우 그 금액을 더한다) × 납부기한의 다음 날부터 자진납부일 또는 부과결정일까지의 기간 × 금융회사 등이 연체대출금에 대하여 적용하는 이자율 등을 고려하여 대통령령으로 정하는 이자율