이유
1. 처분개요

가. 청구법인 주식회사 A(이하 “A”라 한다), 청구법인 주식회사 B(이하 “B”라 한다), 청구법인 주식회사 C(이하 “C”라 한다), 청구법인 주식회사 D(이하 “D”라 하며, 위 4개 법인들을 합하여 이하 “청구법인들”이라 한다)는 방송프로그램 공급업 등을 영위하는 법인이다.

＜표1＞ 청구법인들 내역 및 주요 임원

○○○

나. 강서세무서장(이하 “1차조사청”이라 한다)은 2020.8.13.부터 2020.9.22.까지 A에 대한 2018～2019사업연도 법인세 조사를 실시하던 중, a과 b를 조사대상자로 추가하고 a 및 b가 2018년 8월 취득한 서울특별시 강서구 소재 OOO 취득자금의 출처 등을 확인하기 위하여 2020.8.21.부터 2020.9.9.까지 a에 대한 2018∼2019년 귀속 종합소득세 및 b에 대한 2019년 귀속 증여세 세무조사(이들 세무조사와 위 A에 대한 세무조사를 합하여, 이하 “1차세무조사”라 한다)를 실시하였고, 그 결과 OOO 취득, 채무변제 및 단기대여금 등과 관련하여서는 과세적출하지 아니하고, 그 외 인건비 부인 및 연구인력개발비 세액공제 부분 등에 대하여 과세하였다.

다. 이후 청구법인들의 대표이사 또는 사내이사인 a 및 b에 대한 형사소송에서 「특정경제범죄 가중처벌 등에 관한 법률」 위반(횡령) 등으로 형이 선고(서울고등법원 2022.4.21. 선고 OOO 판결, 이하 “쟁점형사판결”이라 하며, 해당 판결서를 “쟁점형사판결서”라 한다)되었고, 서울지방국세청장(이하 “2차조사청”이라 하며, 1차조사청과 합하여, 이하 “처분청들”이라 한다)은 2023.9.5. 청구법인들에 대한 2018∼2021사업연도 법인세 세무조사(이하 “2차세무조사”라 한다)에 착수하면서 2018∼2020사업연도 관련 쟁점형사판결의 범죄일람표 상에 나타나는 횡령 및 배임 내역을 확인하기 위하여 청구법인들에게 대여약정서, 대여 및 상환 세부내역에 관한 자료제출을 요구하자, A, B 및 C은 2023.11.16. 2018사업연도에 대한 법인세 조사는 중복조사에 해당한다며 2차조사청에 권리보호 심의요청(이하 “1차권리보호심의요청”이라 한다)을 하였고, 이에 대하여 2차조사청이 2023.12.1. 쟁점형사판결서는 조세탈루 혐의를 인정할 만한 명백한 자료에 해당한다고 보아 시정불가 결정을 하자, 2023.12.11. 국세청장에게 권리보호 심의요청(이하 “2차권리보호심의요청”이라 한다)을 하였고, 이에 국세청장은 2024.1.3. “쟁점형사판결서만으로 조세탈루 혐의를 인정할 만한 명백한 자료가 있는 경우로서 중복조사가 허용된다고 단정하기 어렵고, a의 횡령 및 법인카드 사적사용 사실은 쟁점형사판결로 이미 확정되었으므로 이에 대한 세무조사의 필요성이 있다고 보기 어렵다”며 시정결정을 하였다.

라. 2차조사청은 쟁점형사판결서 상 a과 b의 청구법인들에 대한 횡령 및 배임 관련 과세자료 등을 1차조사청에 통보하였고, 이에 1차조사청은 2024.2.27. 등에 청구법인들에게 ＜별지1＞과 같이 2018～2021사업연도 법인세 합계 OOO원 및 2020년 제2기～2021년 제2기 부가가치세 합계 OOO원을 경정·고지하였고, 또한 처분청들은 2024.3.4. 등에 ＜별지2＞와 같이 2018년～2022년 귀속 합계 OOO원을 소득금액변동통지(위 법인세·부가가치세 경정고지와 소득금액변동통지를 합하여, 이하 “이 건 처분”이라 한다)를 하였다.

마. 청구법인들은 이에 불복하여 2024.5.17. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구법인들 주장 및 처분청들 의견

가. 청구법인들 주장

(1) (쟁점①) 2차세무조사는 중복조사에 해당한다.

(가) 국세청장이 2차세무조사가 위법한 중복세무조사에 해당한다고 보아 시정결정을 하였음에도 불구하고, 처분청들은 위법한 2차세무조사에 터잡아 이 건 처분을 하였으므로, 이 건 처분은 위법·부당하다.

1) 국세청장의 2차권리보호심의요청에 대한 2024.1.3. 시정결정한내용을 보면, ① 1차조사청은 1차세무조사 과정에서 a의 법인자금 횡령에 대한 내용을 인지하여 a에 대한 대여금 및 법인 명의 신용카드 내역 등을 제출받아 검토하였으므로, 재차 2차조사청이 a에 대한 대여금 등에 관한 조사를 실시한 2차세무조사는 위법한 중복세무조사에 해당하고, ② 쟁점형사판결에서 혐의가 인정된 법인자금 횡령에 관한 내용은 1차세무조사 당시에도 인지하여 조사되었으므로, 쟁점형사판결만으로는 중복세무조사의 예외적 허용 사유인 ‘조세탈루 혐의를 인정할 만한 명백한 자료가 인정되는 경우’라고 볼 수 없다고 명시적으로 판단한 사실을 알 수 있다.

2) 2차조사청은 위와 같은 국세청장의 결정 내용에 따라 필요한 조치를 하여야 함에도 불구하고, 심의 결과를 전면 부정하고 이 건 처분을 하였으므로 이 건 처분은 위법·부당하다.

(나) 쟁점형사판결은 새로운 혐의를 인정할 만한 명백한 자료에 해당하지 아니한다.

1) A의 직원이었던 자가 2019년 12월경 ‘a과 b가 청구법인들로부터 대여받은 금액을 사적으로 유용하였다’는 내용을 국세청과 검찰청에 제보하였고, 이에 a은 2020년 5월경부터 서울남부지방검찰청으로부터 횡령 및 배임 혐의로 조사를 받고 기소되어, 쟁점형사판결에서 업무상 횡령죄 등이 확정되었다.

2) 한편 1차조사청은 2020.8.13.부터 2020.9.22.까지 A에 대한 법인세 정기 통합조사(1차세무조사)를 실시하는 과정 중에 위 제보를 근거로 a 및 b를 비정기 부분조사 대상자로 추가하여 ‘a이 지배하고 있는 청구법인들로부터 차입금 명목 등으로 입금된 부분(대상기간 : 2018∼2019사업연도)’ 등을 조사하였으나, 조사결과 단기대여금으로 정상처리되고 인정이자 등을 계상하였다는 점과 수시 반제원천이 적정하였다는 사실이 인정되어 별도의 과세항목을 적출하지 않았다.

3) 쟁점형사판결은 1차조사청이 1차세무조사에서 확인한 단기대여금과 관련된 사실관계 즉, “a과 청구법인들 사이의 차입금 명목 등으로 처리를 하였다는 사실”에 대하여 판단을 달리한 것이 아니라, 횡령의 죄책을 피할 수 있을 정도로 법령이 요구하는 절차를 갖추지 않았다는 점에서 유죄로 확정된 것으로, 쟁점형사판결로 인하여 과세요건과 관련된 사실관계가 변경된 것이 아니다.

4) 국세청장도 쟁점형사판결로 인하여 새로운 사실관계가 밝혀진 것이 아니라는 사실을 인정하여 중복세무조사가 허용될 수 없다고 판단하였음에도, 처분청들은 쟁점형사판결을 이유로 1차세무조사에 따른 스스로의 판단을 뒤집고 중복세무조사 및 그에 기초한 이 건 처분을 하였으므로 이 건 처분은 위법.부당하다.

(다) 2차조사청은 2018사업연도에 대하여 국세청장의 중복세무조사 시정결정이 있었음에도 불구하고 부분조사로 전환하는 절차 없이 통합조사로 종결한 뒤, 중대한 절차적 위법을 회피하기 위하여 1차조사청에게 단순 과세자료를 통보하여, 1차조사청으로 하여금 이 건 처분을 하게 한 것은 위법·부당하다.

1) 어떠한 형태로든 권리보호요청심의 절차를 통하여 국세청장이 중복세무조사로 인정하였다면 이미 중복조사에 착수한 부분에 대하여는 이를 근거로 과세를 하여서는 아니된다. 그럼에도 불구하고 과세가 이루어진다면 권리보호요청 존재의 의미와 국세청장의 시정결정을 정면으로 배척하는 것과 같다.

2) 2차조사청은 국세청장으로부터 시정결정을 받은 이후 처음부터 위법한 중복세무조사가 없었던 것처럼 1차조사청을 통하여 “실지조사에 따른 파생자료, 단순 과세자료”의 형태로 2024.2.7. 과세예고통지하고 2024년 2월경 과세를 하였는데, 이는 중복세무조사라는 중대한 절차적 위법을 회피하기 위한 꼼수에 불과하다.

3) 만약 이와 같은 과세를 허용하게 되면, 실질적으로 세무조사가 상당부분 실행된 상황에서 납세자가 권리보호요청심의를 통하여 시정결정이 이루어진 경우에도 과세가 가능하게 되는 반면, 권리보호요청 제도를 이용하지 아니하고 과세처분을 받은 납세자의 경우 오히려 과세처분 자체에 대한 불복을 통하여 중복세무조사로 판단을 받아 과세가 불가능해지는 모순이 발생하게 되므로, 권리보호요청 제도의 존재 의의와 상위 결정기관의 존재 의의가 모두 몰각되는 결과가 발생한다.

4) 2차조사청은 2차세무조사 시 B와 C에 대하여 법인세 통합조사로 통보하였는데, 중복세무조사로 시정결정 된 이상 애당초 B와 C에 대한 2차세무조사는 통합조사로 실시될 수 없었던 것으로, 부분조사로 전환하는 절차가 있었어야 한다. 그럼에도 불구하고 2차조사청은 2024.1.29. 2차세무조사 결과 통지서에 여전히 “법인세 통합조사”라고 기재하면서 “(2018사업연도 법인자금 횡령 및 배임 제외)”라고 변칙적으로 기재하였을 뿐이다.

(라) 이 건 처분은 위법한 중복세무조사를 실시한 이후에 이루어진 과세여서 쟁점형사판결만을 근거로 과세되었다고 단정할 수 없고, 설령 위법한 중복세무조사로 수취한 과세자료를 배제하고 쟁점형사판결만을 근거로 과세하였다고 하더라도 확립된 대법원 판례에 비추어 이 건 처분은 위법하다.

1) 중복세무조사금지 원칙 위반은 과세처분의 효력을 부정하는 방법으로 통제할 수밖에 없는 중대한 절차적 하자이고, 금지되는 중복세무조사가 실시되었다면 그 자체로 과세처분은 위법하다. 대법원은 설령 중복세무조사를 통하여 얻은 과세자료를 배제하고 동일한 과세처분이 가능한 경우라도 하더라도 과세처분으로 나아간다면 이는 위법한 처분이라고 명시적으로 판시하였다(대법원 2017.12.13. 선고 2016두55421 판결, 같은 뜻임).

2) 2차조사청이 위법한 중복세무조사에 착수하여 이에 대한 질문검사권을 행사하여 자료를 수집한 이상 이 건 처분이 중복세무조사로 얻은 과세자료를 배제하고 과세하였다고 볼 수 없고, 특히 2차조사청이 2차세무조사에 착수하면서 쟁점형사판결에 기초한 단기대여금 부분에 관한 자료 일체를 요청하여 해당 자료를 수령한 사실과 종국적인 과세를 하기 위해서는 쟁점형사판결에서 인정된 범죄사실 외에 과세요건을 충족하기 위하여 추가 조사된 내용이 반영되어야만 한다는 사실을 고려할 때, 이 건 처분이 단순히 기존 1차세무조사에서 확보한 자료만을 근거로 이루어졌다고 볼 수 없다.

3) 처분청들이 위법한 중복세무조사인 2차세무조사에도 불구하고 쟁점형사판결을 단순 과세자료로 삼아 이 건 처분을 하였다고 하더라도, 대법원의 확립된 판결에 따르면 이 건 처분은 위법·부당하여 취소되어야 마땅하다.

4) 또한 대법원은 제1차 세무조사가 법인세 부분조사로, 제2차 세무조사가 법인세 통합조사로 이루어진 후 제1차 세무조사 항목을 제외하여 과세한 사안에서, 같은 세목의 같은 과세기간에 대하여 중복된 세무조사를 실시한 이상 당초 세무조사한 특정항목을 제외한 다른 항목에 대해서만 세무조사를 하여 그 내용이 중첩되지 않더라도 과세처분은 위법하다고 판시하였다(대법원 2015.2.2.6 선고 2014두12062 판결, 같은 뜻임)

5) 결국 2차조사청이 법인세 통합조사로 실시한 2차세무조사 결과통지에 아무리 “2018사업연도, 법인자금 횡령 및 배임 제외”라고 명시하였다고 하더라도, 위법한 중복세무조사의 결과인 이 건 처분은 위법·부당하여 취소되어야 한다.

(2) (쟁점②) a 및 b가 청구법인들에게 반제한 금액은 상여처분 대상에서 제외되어야 한다.

(가) 쟁점형사판결의 범죄일람표 기재 내용만을 근거로 곧바로 사외유출로 보아 상여처분을 할 수는 없으며, 설령 상여처분의 대상에 해당한다고 하더라도 a 및 b가 반제한 부분은 상여처분의 범위에서 제외되어야 한다.

1) 형사상 횡령·배임죄 처벌대상 및 취지와 세법상 사외유출 행위에 대한 상여처분의 취지가 일치하지 아니하므로, 법원이 횡령죄가 성립한다고 판단한 것이 반드시 논리적으로 상여처분 성립으로 연결된다고 볼 수는 없고, 세법상 상여처분하기 위해서는 실제 사외유출 여부 등이 고려되어야 한다.

2) 쟁점형사판결에서도 “피고인 a이 청구법인들에게 일부 변제하였다고 하더라도 업무상횡령죄 성립에는 아무런 영향이 없다”고 판시한 것과 같이, 형사적으로는 횡령죄 성립 이후 정산행위 등이 이루어짐에 따라 경제적 실질에 따라 종국적으로 재산권의 이전이 없었다고 볼만한 경우에도 양형의 문제일 뿐 횡령죄 성립에는 영향을 미치지 아니한다.

3) 형사적으로는 실질적인 재산권 침해 없이 침해의 위험성만으로도 처벌이 가능하고 사후적인 정산이나 변제는 양형에서 고려하는 것과 달리, 세무적으로는 경제적 실질에 따라 반제 등의 사정을 사외유출 판단에 고려하고 있고, 실제 조세심판원은 “가공매입금액과 가공매출금액이 서로 상계되어 실질적인 자산의 유출이 없는 것으로 보는 경우”에는 사외유출에 따른 상여처분을 할 수 없다고 일관되게 결정하고 있다(조심 2009서3781, 2010.12.29., 국심 2003중1641, 2004.2.3. 등 다수 같은 뜻임).

4) a과 b는 청구법인들을 운영하면서 사업과 관련하여 여러 가지 명목으로 청구법인들로부터 단기대여금 또는 가지급금 형태로 인출하고 수시로 청구법인들에게 반제하였고, 1차세무조사 과정에서도 이러한 사실들이 인정되었으므로, 실질적인 자산의 유출이 있었다고 보기 어려워서 쟁점형사판결만으로 상여처분을 할 이유는 없다.

5) 또한 「법인세법 시행령」제106조 제4항 제5호에 따르면, “수사기관의 수사 또는 재판 과정에서 사외유출 사실이 확인된 경우”에는 경정이 있을 것을 미리 알고 사외유출한 금액을 익금산입한 경우에는 사내유보 소득처분을 인정하지 아니하는데, 청구법인들에 대한 대부분의 반제는 검찰수사 및 세무조사가 개시되기 전인 2020년 5월 이전에 이미 이루어진 것으로, a 및 b가 자발적인 의사로 반환하여 과세의 근거가 상실되었다 할 것이므로 반제한 부분에 대하여는 상여처분의 범위에서 제외되어야 한다.

나. 처분청들 의견

(1) (쟁점①) 2차세무조사는 중복조사에 해당하지 않는다.

(가) 쟁점형사판결서는 조세의 탈루 사실에 대한 개연성을 상당한 정도로 인정할 수 있는 객관성과 합리성이 있는 혐의자료에 해당하므로, 2차세무조사는 재조사가 가능한 예외적인 경우에 해당한다.

1) 「국세기본법」 제81조의4 제2항 제1호는 조세탈루의 혐의를 인정할 만한 명백한 자료가 있는 경우 예외적으로 같은 세목 및 같은 과세기간에 대하여 재조사를 할 수 있다고 규정하고 있다. 또한 법원은 동일한 사실관계에 관하여 이미 확정된 형사판결이 유죄로 인정한 사실은 유력한 증거 자료가 되므로 다른 관련 재판에서 제출된 다른 증거들에 비추어 형사재판의 사실 판단을 채용하기 어렵다고 인정되는 특별한 사정이 없는 한 이와 반대되는 사실은 인정할 수 없다(대법원 1997.9.30. 선고 97다24276 판결)고 판시하였다.

2) 2차세무조사는 1차세무조사 당시 없었던 쟁점형사판결서를 획득하여 조사에 활용한 것이다.

가) 쟁점형사판결서는 1차세무조사 종결(2020.9.22.) 후 2차 세무조사 개시(2023.9.5.)전에 새로 밝혀진 자료이다. 서울남부지방법원은 2021.8.23. a 및 b에 대한 횡령 및 배임 유죄판결을 선고(2021.8.23. 선고 OOO 판결)하였고, 서울고등법원에서 2022.4.21. 피고인 a의 항소를 기각하는 판결(2022.4.21. 선고 OOO 판결)을 선고함으로써 확정되었다.

나) A에 대한 1차세무조사 당시 A는 a이 인출한 금원을 단기대여금으로 소명하였으며 자금 대여를 안건으로 하는 이사회 의사록과 대여금에 대한 이자 계산내역(가지급금 인정이자) 등을 제출하였다. 그러나 검찰 수사 중 a에게 자금을 대여하기로 약정하는 이사회는 개최된 적이 없으며 이사회의사록이 소급하여 작성되었다는 증인들의 진술이 있었으며, 재판부에서는 여러 정황 및 증인들의 진술을 토대로 횡령죄 등을 최종 확정하였다. a이 불법영득의 의사로 청구법인들의 자금을 인출하여 개인채무 변제 등 개인적 용도로 사용한 것이 쟁점형사판결서로 확인되었으며 2차세무조사는 이러한 사실에 근거하여 이루어졌다.

다) 한편 국세청은 검찰청, 법원 등의 사법기관과 상호 간 판결문을 공유하고 있지 않기에 자체적인 형사판결 여부를 인지하는 것은 불가능한 상황이다.

(나) 재조사가 금지되는 세무조사는 조사의 목적과 실시경위, 질문조사의 대상과 방법 및 내용, 조사를 통하여 획득한 자료, 조사행위의 규모와 기간 등을 종합적으로 고려해 판단해야 한다.

1) 쟁점형사판결서에 기반한 2차세무조사는 1차세무조사와 그 범위 및 내용이나 성격이 상이하고, 1차세무조사에서 받은 소명자료와 상당부분 일치하지 않는다.

가) 1차세무조사는 2018년에 a이 구입한 ‘서울특별시 강서구 소재 OOO’의 자금출처를 확인하기 위한 목적에서 이뤄졌으며 청구법인들로부터 a에게 입금된 금액 중 일부만이 확인대상이었다. 횡령으로 확정된 금액 중 일부에 불과하였으며 a 계좌에 입금된 금액이 법인 장부에 계상되어 있다면 당초 목적한 자금출처에 대한 소명이 이뤄진 것으로 보아 소명자료를 시인하였다.

나) 또한 청구법인들의 대여금 자료는 a을 통해 제출된 원장을 검토하는 방식으로만 이뤄졌으므로 이는 단순 확인행위에 불과하였다. 따라서 a 개인에 대한 세무조사에서 청구법인들과의 대여금 관련 자료를 검토하였다 하여 청구법인들에 대한 조사가 있었다고 볼 수 없다.

2) 중복세무조사는 동일한 납세의무자에 대해 재조사를 금지하는 것으로 규정하고 있다.

「국세기본법」 제81조의4 제2항에서 금지하는 중복세무조사는 동일한 조사대상자(납세의무자)에 대하여 같은 세목 및 같은 과세기간에 대해 재조사를 금지하는 것으로 규정하고 있는 바, 1차세무조사 시 a에 대한 종합소득세 조사를 청구법인들에 대한 2차세무조사와 중복된다고 보기 어렵다. 즉 각 세무조사의 조사대상자가 상이하다.

(다) 2차조사청은 국세청장의 시정결정에 따라 과세자료를 파생한 것이다.

2차권리보호심의요청에 대한 시정 결정의 요지는 쟁점형사판결로 법인자금 횡령 및 법인카드 사적사용 혐의가 확정되었으므로 세무조사 없이 형사판결 그 자체로 과세가 가능하다는 것이다. 이는 2차조사청에서 국세청의 권리보호 의결부서에 수차례 문의하여 확인한 것으로 해당 결정의 취지는 ‘확정된 자료’로서 과세하여야 한다는 뜻으로 해석된다. 2차조사청에서는 시정 결정에 따라 1차조사청에 과세자료를 파생하였고 이는 권리보호 의결 결과에 따른 처분을 충실히 이행한 것이다.

(라) 2차조사청은 조사의 절차를 위반한 사실이 없다.

1) 시정 결정 이후 2차조사청이 대여금 관련 자료를 요청한 것은 전체 대여금 중 해당 대여금에 대한 인정이자 등 계산을 위한 것이며 청구법인들의 편의를 도모하기 위한 것이었다.

가) 청구법인들은 2차권리보호심의요청에 따른 시정 결정 이후에도 2차조사청이 단기대여금 관련 자료를 제출받고 검토하였다고 주장하나 시정 결정 이후 대여금 관련 자료를 요청한 것은 당초 청구법인들이 계상한 대여금에 대한 인정이자 및 지급이자에 대한 세무조정과 관련하여 쟁점형사판결서 상 범죄일람표에 기재된 대여금이 원인무효가 됨에 따라 전체 대여금 중 해당 대여금에 대한 인정이자 및 지급이자 취소대상금액을 정확히 산정하는 절차가 반드시 필요하였기 때문이다.

나) 또한 당초 2018사업연도에 대한 기초데이터를 가지고 있던 2차조사청의 입장에서 횡령·배임 확정 금액 이외에 기 계상한 대여금 인정이자 및 지급이자 세무조정에 대한 법인세 취소대상금액은 자료파생처의 입장에서 마땅히 이행하여야 하는 것이며, 이중 소명에 따른 번거로움을 덜어주고자 청구법인들에게 편의를 제공한 것이다.

2) 2차조사청은 세무조사 결과 통지 시 ‘2018사업연도 횡령 및 배임 제외’ 문구를 기재하여 조사 범위의 논란을 해소하고자 하였다.

가) 2차조사청은 B, C의 모든 사업연도에 대해 통합조사로 진행하던 것을 국세청장의 시정 결정에 따라 2018사업연도에 대해 과세자료로 통보하며 세무조사 결과통지서에 ‘2018사업연도 횡령 및 배임 제외’라는 문구를 부기하였다.

나) B와 C에 대한 조사를 부분조사로 전환하지 않은 것이 「국세기본법」 제81조의4 제2항 제6호에 근거하여 세무조사 절차를 위반한 것이라고 청구주장하나, 부분조사란 특정한 세목 혹은 거래의 일부만을 조사하는 것을 의미한다 할 것인데, 횡령혐의를 제외한 모든 범위에 대한 부분조사란 있을 수 없으므로 통합조사를 원칙으로 하되 시정 결정이 난 부분을 제외하고 조사가 이뤄진 것이다.

다) B와 C은 업무무관비용, 공동경비, 부당행위계산부인, 세액감면 등 통합조사에 따라 이루어진 다양한 적출항목이 존재하였고, 시정결정된 부분에 대하여 더 이상 조사하지 않았으며, 해당 부분을 제외하고 결정하였다는 의사를 세무조사 결과 통지서에 기재하였으므로 절차적 하자는 발생하지 않았다.

(마) 설령 청구법인들의 주장처럼 이 건 처분이 국세청장의 시정 결정을 따르지 않은 것이라 할지라도 납세자보호사무처리규정은 대외적인 구속력이 있는 법규명령으로 보기 어려우므로 처분청들이 납세자 보호위원회의 의결을 위반하였다고 하더라도 그러한 사유만으로 위법하다고 볼 수 없다.

납세자 보호위원회를 통한 권리보호요청에 대한 절차 및 결과처리 방법 등에 대하여는 납세자보호사무처리규정에서 정하고 있다. 그러나 납세자보호사무처리규정은 국세청 훈령으로서 행정기관 내부의 사무처리준칙에 불과할 뿐 대외적인 구속력이 있는 법규명령으로 보기 어려우므로 조사청이 권리보호심의 요청결과를 따르지 않았다고 하여 그러한 사유만으로 이 사건 처분을 위법하다고 볼 수 없다(서울고등법원 2008.12.19. 선고 2007누34707 판결, 심사법인2009-0009, 2009.7.9. 참조)

(2) (쟁점②) 반제한 금액은 상여처분 대상에서 제외되어야 한다는 청구주장의 당부

(가) 단기대여금은 애당초 회수를 전제로 대여한 것이 아니므로 귀속자에게 사외유출된 것으로 보아야 한다.

1) 법원은 법인의 실질적 경영자인 대표이사 등이 법인의 자금을 유용하는 행위는 특별한 사정이 없는 한 애당초 회수를 전제로 하여 이루어진 것이 아니어서 그 금액에 대한 지출 자체로서 이미 사외유출에 해당하는 것이며(대법원 2008.11.13. 선고 2007두23323 판결, 같은 뜻임), 여기서 특별한 사정에 관하여는 횡령의 주체인 대표이사 등의 법인 내에서의 실질적인 지위 및 법인에 대한 지배 정도, 횡령 행위에 이르게 된 경위 및 횡령 이후의 법인의 조치 등을 통하여 그 대표이사 등의 의사를 법인의 의사와 동일시하거나 대표이사 등과 법인의 경제적 이해관계가 사실상 일치하는 것으로 보기 어려운 경우 등 제반 사항을 종합하여 개별적·구체적으로 판단하여야 하며, 이러한 특별한 사정은 이를 주장하는 법인이 입증하여야 한다고 판시(대법원 2020.1.28. 선고 2007두20959 판결)하고 있다.

2) a 및 b는 청구법인들의 실질적 경영자로서 법인 자금을 유용 및 횡령하였음이 쟁점형사판결에 의해 확인되었다. a 및 b는 청구법인들에 대한 지배력을 이용하여 필요시 수시로 자금을 유용한 사실이 있고, 그에 대한 반제도 형사고소 사실을 인지한 후에 이루어진 것이다.

3) 청구법인들은 횡령·배임 금액이 형사상 횡령금과 세법상 가지급금의 성질을 모두 가지므로 형사판결에서 횡령이 인정되었다는 사실만으로 이를 사외유출로 단정할 수 없다고 주장하나, 청구법인들이 이를 대여금 또는 가지급금 계정에 계상하였는지 등의 사정은 횡령을 정상적인 거래로 가장하기 위한 수단에 불과하다. 대여금이 쟁점형사판결에 의해 횡령·배임액으로 확정된 이상 a 및 b에게 사외유출되었다가 사후에 동액 상당의 돈이 지급된 것으로 처리한 것으로 보아야 하며, 이는 당초부터 단기대여금 또는 가지급금으로 지출된 것과는 그 성질이 완전히 다른 것이다. 따라서 a 및 b의 대여 행위는 그 유용 당시부터 회수를 전제로 한 것으로 볼 수 없고, 위 대여금 또는 가지급금 채권은 가공자산에 불과하다.

4) 법원도 이와 유사한 경우에 대하여 유용 당시부터 회수를 전제한 것으로 볼 수 있는 특별한 사정이 있다고 보기 어렵고, 횡령이 확정된 이상 단기대여금 또는 가지급금으로 계상하였다는 등의 사정은 횡령을 정상적인 거래로 가장하기 위한 것에 불과하다고 판단하였다(대법원 2021.2.4.자 2020두50423 판결). 2차조사청은 해당 판례에 따라 청구법인들을 실질적으로 지배하고 있는 a 및 b에 대한 대여금 또는 가지급금 계상액을 가공자산으로 보아 손금산입 처분 및 인정이자·지급이자 계상금액을 손금산입 처분하고, 대여금 인출 당시에 이미 횡령한 것으로 보아 귀속자에게 사외유출 처분한 것이다.

(나) 반제한 금액은 사외유출 처분 대상에서 차감되어야 할 대상이 아니다.

1) 청구법인들은 대여금 반제행위가 검찰수사가 개시된 2020년 5월 경 이전에 이미 이루어졌고 이는 자발적인 의사로 정당한 권리자에게 반환하여 경제적 이익을 현실적으로 상실한 금액으로 이에 대하여는 상여처분의 범위에서 제외되어야 한다고 주장하나, 쟁점형사판결에 따르면 횡령·배임 행위는 2014년부터 이루어진 것으로 그 횡령·배임금액은 2014년 OOO원, 2015년 OOO원, 2016년 OOO원, 2017년 OOO원으로 2017년까지 발생한 횡령·배임금액은 OOO원에 달하였다. 또한 a 및 b는 대여금 관련하여 청구법인들과 약정을 하지 아니하여 반제한 금원의 귀속을 정확하게 따질 수 없으므로 사회통념에 따라 시간순으로 반제하였다고 보는 것이 합리적이며, 검찰 수사 개시시점인 2020년 5월 이전에 반제하였다고 주장하는 금원 OOO원은 먼저 발생한 횡령금에 대한 것이라고 보아야 한다.

2) 설령 그 반제 행위를 인정한다고 하더라도 청구법인들의 자금을 횡령한 행위 등은 특별한 사정이 없는 한 애당초 회수를 전제로 하여 이루어진 것이 아니므로 가공자산에 불과한바 반제를 고려하지 않고 대여금액 전체를 사외유출 처분한 것은 정당하다.

3. 심리 및 판단

가. 쟁점

① 2차세무조사가 중복조사에 해당한다는 청구주장의 당부

② 쟁점형사판결의 횡령.배임액에서 a 및 b가 청구법인들에게 반제한 금액은 상여처분 대상에서 제외되어야 한다는 청구주장의 당부

나. 관련 법령 : ＜별지3＞ 기재

다. 사실관계 및 판단

(1) 이 건 처분과 관련된 주요 사실관계를 시간순으로 정리하면 아래 ＜표2＞와 같다.

＜표2＞ 주요 사실관계(시간순)

○○○

(2) 1차세무조사 및 2차세무조사의 주요내용은 아래 ＜표3＞과 같다.

＜표3＞ 1차세무조사 및 2차세무조사의 주요내용

○○○

1차세무조사와 관련하여 청구법인들은 A 외에도 B, C, D에 대하여 자료제출을 요구하는 등 질문검사권을 행사하였으므로 사실상 세무조사가 이루어진 것이며, 따라서 2차세무조사는 청구법인들 전부에 대한 중복세무조사에 해당한다는 취지의 주장을 한다.

(3) 청구법인들은 1차조사청의 1차세무조사와 관련하여 다음과 같은 자료를 제출하였다.

(가) 1차조사청이 1차세무조사 당시 A에 대하여 단기대여금 및 단기차입금 상세내역의 준비를 아래 ＜표4＞와 같이 요구하였으며, 2020.8.21. 아래 ＜표5＞와 같이 단기차입금 관련 장부·서류 등의 제출을 요구하였다.

(표 삽입을 위한 여백)

＜표4＞ A에 대한 2020.8.5.자 세무조사 준비사항 안내문

○○○

＜표5＞ 1차조사청의 2020.8.21.자 A에 대한 자료제출요구 명세

○○○

(나) 1차조사청은 a과 b에게 아래 ＜표6＞ 및 ＜표7＞과 같이 세무조사 통지를 하면서, ＜표8＞ 및 ＜표9＞와 같이 장부·서류 등 자료 제출 요구를 하였다.

＜표6＞ a에 대한 세무조사 통지

○○○

＜표7＞ b에 대한 세무조사 통지

○○○

＜표8＞ a에 대한 장부·서류 등 자료 제출 요구

○○○

＜표9＞ b에 대한 장부·서류 등 자료 제출 요구

○○○

(다) 1차조사청이 A와 a 및 b에 대하여 1차세무조사를 실시한 결과는 아래 ＜표10＞과 같으며, 단기대여금과 관련하여서는 별도로 적출하지 아니하였다.

＜표10＞ 1차세무조사 결과

○○○

(4) 쟁점형사판결과 관련하여 다음과 같은 내용이 확인된다.

(가) 쟁점형사판결의 경과는 아래 ＜표11＞과 같으며, 쟁점형사판결은 2022.4.29.자로 확정되었다.

＜표11＞ 쟁점형사판결 경과

○○○

(나) 쟁점형사판결은 제1심 판결에 대한 항소 부분 중 b의 범죄일람표 9 순번 1 내지 4 기재 금액은 횡령의 고의 또는 불법영득의사가 없다는 주장을 받아들여 b의 형량을 감형하였다. 쟁점형사판결의 원심(제1심)의 주요내용은 아래 ＜표12＞와 같다.

＜표12＞ 쟁점형사판결의 원심판결의 주요내용(일부 발췌 및 수정)

○○○

(5) 2차조사청은 2023.9.4.자 세무조사통지서를 통하여 청구법인들에게 2차세무조사를 통지하였고, A의 경우 세무조사통지 당시 2018사업연도 법인세 부분조사가 기재되어 있었으나, 세무조사결과통지에는 2018사업연도는 기재되어 있지 아니하다. 청구법인들은 2차세무조사 당시 2차조사청이 청구법인들에게 한 소명요구자료를 아래 ＜표13＞과 같이 제출하였다. 소명요구자료에서 2018사업연도와 관련하여 대여약정서, 대여 및 상환 세부내역 등을 제출하라는 내용이 확인된다.

(표 삽입을 위한 여백)

＜표13＞ 2차조사청의 청구법인들에 대한 소명요구자료

○○○

(6) 1차권리보호심의요청 및 2차권리보호심의요청과 관련하여 다음과 같은 내용이 확인된다.

(가) A, B 및 C은 2023.11.16. 2차조사청에 대하여 ‘2018사업연도 법인세 조사는 1차조사청이 실시한 1차세무조사와 중복조사에 해당하므로 취소되어야 한다’는 취지로 2차조사청에 1차권리보호심의요청을 하였으나, 2차조사청은 쟁점형사판결서는 조세탈루 혐의를 인정할 만한 명백한 자료에 해당한다며 2023.12.1. ‘시정불가’ 결정을 하였다.

(나) A, B, C은 2023.12.11. 국세청장에게 2차권리보호심의요청을 하였고, 국세청장은 2024.1.3. 아래 ＜표14＞와 같이 “1차조사청은 1차세무조사 당시 a의 법인자금 횡령에 관한 내용을 인지하고, 조사과정에서 대여금 및 법인명의 신용카드 내역 등을 제출받아 검토하였음. 따라서 쟁점형사판결서만으로 조세탈루 혐의를 인정할 만한 명백한 자료가 있는 경우로서 중복조사가 허용된다고 단정하기 어렵고, a의 횡령 및 법인카드 사적사용 사실은 쟁점형사판결로 이미 확정되었으므로 이에 대한 세무조사의 필요성이 있다고 보기 어려움”이란 사유로 ‘시정 결정’을 하였다.

(표 삽입을 위한 여백)

＜표14＞ 2차권리보호심의요청에 대한 국세청장의 시정 결정

○○○

(7) 청구법인들은 2차조사청이 2024.1.3. 국세청장의 시정 결정이 있은 이후에도 2018사업연도를 포함하여 대여금 관련 자료의 제출을 요구하였고, 이에 청구법인들은 아래 ＜표15＞와 같이 전자우편으로 요청자료를 제출하였다고 한다.

＜표15＞ 2차세무조사 당시 2018사업연도 관련 요청자료 송부내역

○○○

(8) 2차조사청이 2차세무조사를 실시한 결과는 아래 ＜표16＞과 같다.

＜표16＞ 2차세무조사 결과

○○○

2차조사청의 2024.1.29.자 2차세무조사 결과 통지서에 따르면, A의 경우 2018사업연도는 조사대상에 기재되어 있지 아니하며, 2019사업연도는 “법인사업자 부분조사(2019사업연도 법인자금 횡령 및 배임 한정)”로 기재되어 있고, B 및 C의 경우 “법인사업자통합조사(2018사업연도, 법인자금 횡령 및 배임 제외)”라고 기재되어 있다. D의 경우 2018～2021사업연도 법인사업자통합조사로 기재되어 있으며, 쟁점형사판결 상 업무상횡령시기가 2019사업연도에 한하기에 ‘2018사업연도 횡령 및 배임 제외’ 문구가 기재되지 아니하였다.

(9) 1차조사청은 2024.2.7.자 “과세예고 통지” 공문을 통하여, A에게 “2018사업연도 횡령 및 배임 형사판결문에 의한 확정판결 관련하여 귀속자 상여처분, 기계상한 대여금에 대한 인정이자 및 지급이자 세무조정 취소결정”을 과세예고하였고, 과세예고의 종류를 “실지조사에 따른 파생자료, 단순과세자료”로 기재하였다.

(표 삽입을 위한 여백)

＜표17＞ 1차조사청의 A에 대한 2018사업연도 법인세 과세예고통지

○○○

(10) 청구법인들은 a 및 b의 반제내역을 아래 ＜표18＞과 같이 제시하였다.

＜표18＞ A에 대한 단기대여금 및 반제금액

(단위 : 원)

○○○

(11) 청구법인들의 대리인은 2025.1.9. 본 건 심판관회의 당시 다음과 같은 자료를 제출하였다.

(가) 쟁점①과 관련하여, A 및 B가 2차세무조사 착수일 2차조사청으로부터 교부받은 2023.9.5.자 일시보관증을 중복조사의 증거로 제출하였다. 청구법인들은 2차세무조사 개시와 동시에 일시보관조사까지 이루어졌으므로, 2차세무조사시 2018년 관련 자료를 요구한 것은 단순히 효율적인 업무처리를 위한 것이라는 처분청들의 의견은 받아들이기 어렵다고 주장하였다.

(나) 쟁점②와 관련하여, 청구법인들은 본 건 심판관회의 당일 의견진술자료(＜표19＞ 참조)를 제출하면서, 2014～2017년 기간 동안 A의 경우 쟁점형사판결서상 횡령액이 OOO원, 반제한 금액이 OOO원이며, B의 경우 쟁점형사판결서상 횡령액이 OOO원, 반제한 금액이 OOO원으로, 2017년까지의 기간 동안 청구법인들로부터 대여한 금액보다 변제한 금액이 더 많다고 주장하였다.

＜표19＞ 2018년 전 횡령액 및 반제금액

(단위 : 원)

○○○

(12) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여, 이 건에 대하여 살펴본다.

(가) 먼저 쟁점①에 대하여 살피건대, 1차세무조사시 1차조사청은 A 등에게 2018사업연도 단기대여금 및 단기차입금, OOO 관련 자금 내역 등을 요구하였고(위 ＜표4＞·＜표5＞ 참조), a과 b에게도 OOO 취득 및 A에 대한 차입금 반제 등과 관련된 자료를 요구한바(위 ＜표6＞∼＜표9＞ 참조), a 및 b의 A, B, C에 대한 2018사업연도 횡령·배임과 관련된 자료는 이미 제출된 것이 확인되므로, 2차조사청이 2차세무조사시 A, B, C에게 2018사업연도와 관련하여 대여약정서, 대여 및 상환 세부내역 등을 요구하여 제출받은 것(위 ＜표13＞ 참조)은 중복조사에 해당한다고 볼 수 있는 점, 2차권리보호심의요청에 대하여 국세청장은 2024.1.3.자 ‘권리보호 심의요청 처리결과 통지’를 통하여 A, B, C의 2018사업연도에 대한 2차세무조사는 중복조사에 해당한다는 취지로 ‘시정 결정’을 한 점, 1차조사청이 1차세무조사에서 확인한 단기대여금 등과 관련된 사실관계에 대하여 쟁점형사판결이 달리 판단하였다고 보기는 어려운 점 등에 비추어, A, B, C의 2018사업연도에 대한 2차세무조사는 1차세무조사와 중복조사에 해당하므로, 이 건 처분 중 1차조사청이 2024.2.27. 등에 A, B, C에 부과한 2018사업연도 법인세 및 2018년 귀속 소득금액변동통지는 이를 취소하는 것이 타당하다고 판단된다.

(나) 다음으로 쟁점②에 대하여 살피건대, 「법인세법」 제67조는 “제60조에 따라 각 사업연도의 소득에 대한 법인세의 과세표준을 신고하거나 제66조 또는 제69조에 따라 법인세의 과세표준을 결정 또는 경정할 때 익금에 산입한 금액은 그 귀속자 등에게 상여(賞與)·배당·기타사외유출(其他社外流出)·사내유보(社內留保) 등 대통령령으로 정하는 바에 따라 처분한다.”고 규정하고 있으며, 같은 법 시행령 제106조 제4항은 “내국법인이 「국세기본법」 제45조의 수정신고기한내에 매출누락, 가공경비 등 부당하게 사외유출된 금액을 회수하고 세무조정으로 익금에 산입하여 신고하는 경우의 소득처분은 사내유보로 한다. 다만, 다음 각 호의 어느 하나에 해당되는 경우로서 경정이 있을 것을 미리 알고 사외유출된 금액을 익금산입하는 경우에는 그러하지 아니하다.”고 규정하고 있는바, 사업연도 중에 횡령금액이 회수되었다면 특별한 사정이 없는 한 상여로 소득처분할 수 없다고 보는 것이 타당하다(조심 2021전5586, 2024.4.11., 같은 뜻임).

이 건의 경우, 쟁점형사판결의 원심에 따르면 a은 합계 OOO원 상당을 B 및 A에 변제하였고, b도 횡령금액을 B에 변제하여 피해가 회복되었다는 내용이 확인되는 점, 1차세무조사 과정에서도 a과 b가 청구법인들로부터 단기대여금 또는 가지급금 형태로 인출한 금액에 대하여 반제한 부분이 인정되어 관련된 처분이 이루어지지 않은 것으로 보이는 점 등에 비추어, a 및 b가 청구법인들로부터 대여한 금원 등을 같은 사업연도 중에 반제하였을 가능성이 있으며, 그렇다면 해당 반제금액은 소득처분(상여) 대상에서 제외되는 것이 타당하다.

다만, 청구법인들은 a 및 b가 검찰수사가 개시되기 전인 2020년 5월 이전에 대여금의 대부분을 반제하였다고 주장하는 반면, 처분청들은 이 건 처분과 관련된 반제내역은 사실상 거의 없는 것으로 보아야 한다는 취지의 의견을 제시하는 등 반제금액과 반제시기를 두고 다툼이 있어 관련 사실관계가 명확하게 확인되지 아니하므로, 처분청들은 a 및 b가 청구법인들에 반제한 자료 내역 등을 토대로 하여 변제내역을 재조사하고, 대여금 등이 발생하여 같은 사업연도 중에 반제된 부분은 소득처분(상여) 대상에서 제외하는 것으로 하여 그 과세표준과 세액을 경정하는 것이 타당하다고 판단된다.

4. 결론

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 일부 이유 있으므로 「국세기본법」 제80조의2 및 제65조 제1항 제2호 및 제3호에 의하여 주문과 같이 결정한다.

＜별지1＞ 1차조사청의 법인세 및 부가가치세 고지내역

(단위 : 원)

○○○

＜별지2＞ 처분청들의 소득금액변동통지 내역

(단위 : 원)

○○○

＜별지3＞ 관련 법령

(1) 국세기본법(2023.12.31. 법률 제19926호로 개정되기 전의 것)

제2조(정의) 이 법에서 사용하는 용어의 뜻은 다음과 같다.

21. “세무조사”란 국세의 과세표준과 세액을 결정 또는 경정하기 위하여 질문을 하거나 해당 장부ㆍ서류 또는 그 밖의 물건(이하 “장부등”이라 한다)을 검사ㆍ조사하거나 그 제출을 명하는 활동을 말한다.

제81조의4(세무조사권 남용 금지) ① 세무공무원은 적정하고 공평한 과세를 실현하기 위하여 필요한 최소한의 범위에서 세무조사(「조세범 처벌절차법」에 따른 조세범칙조사를 포함한다. 이하 이 조에서 같다)를 하여야 하며, 다른 목적 등을 위하여 조사권을 남용해서는 아니 된다.

② 세무공무원은 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우가 아니면 같은 세목 및 같은 과세기간에 대하여 재조사를 할 수 없다.

1. 조세탈루의 혐의를 인정할 만한 명백한 자료가 있는 경우

2. 거래상대방에 대한 조사가 필요한 경우

3. 2개 이상의 과세기간과 관련하여 잘못이 있는 경우

4. 제65조 제1항 제3호 단서(제66조 제6항과 제80조의2에서 준용하는 경우를 포함한다) 또는 제81조의15 제5항 제2호 단서에 따른 재조사 결정에 따라 조사를 하는 경우(결정서 주문에 기재된 범위의 조사에 한정한다)

5. 납세자가 세무공무원에게 직무와 관련하여 금품을 제공하거나 금품제공을 알선한 경우

6. 제81조의11 제3항에 따른 부분조사를 실시한 후 해당 조사에 포함되지 아니한 부분에 대하여 조사하는 경우

7. 그 밖에 제1호부터 제6호까지와 유사한 경우로서 대통령령으로 정하는 경우

③ 세무공무원은 세무조사를 하기 위하여 필요한 최소한의 범위에서 장부등의 제출을 요구하여야 하며, 조사대상 세목 및 과세기간의 과세표준과 세액의 계산과 관련 없는 장부등의 제출을 요구해서는 아니 된다.

제81조의6(세무조사 관할 및 대상자 선정) ① 세무조사는 납세지 관할 세무서장 또는 지방국세청장이 수행한다. 다만, 납세자의 주된 사업장 등이 납세지와 관할을 달리하거나 납세지 관할 세무서장 또는 지방국세청장이 세무조사를 수행하는 것이 부적절한 경우 등 대통령령으로 정하는 사유에 해당하는 경우에는 국세청장(같은 지방국세청 소관 세무서 관할 조정의 경우에는 지방국세청장)이 그 관할을 조정할 수 있다.

제81조의9(세무조사 범위 확대의 제한) ① 세무공무원은 구체적인 세금탈루 혐의가 여러 과세기간 또는 다른 세목까지 관련되는 것으로 확인되는 경우 등 대통령령으로 정하는 경우를 제외하고는 조사진행 중 세무조사의 범위를 확대할 수 없다.

② 세무공무원은 제1항에 따라 세무조사의 범위를 확대하는 경우에는 그 사유와 범위를 납세자에게 문서로 통지하여야 한다.

제81조의11(통합조사의 원칙) ① 세무조사는 납세자의 사업과 관련하여 세법에 따라 신고·납부의무가 있는 세목을 통합하여 실시하는 것을 원칙으로 한다.

② 제1항에도 불구하고 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우에는 특정한 세목만을 조사할 수 있다.

1. 세목의 특성, 납세자의 신고유형, 사업규모 또는 세금탈루 혐의 등을 고려하여 특정 세목만을 조사할 필요가 있는 경우

2. 조세채권의 확보 등을 위하여 특정 세목만을 긴급히 조사할 필요가 있는 경우

3. 그 밖에 세무조사의 효율성 및 납세자의 편의 등을 고려하여 특정 세목만을 조사할 필요가 있는 경우로서 대통령령으로 정하는 경우

③ 제1항 및 제2항에도 불구하고 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우에는 해당 호의 사항에 대한 확인을 위하여 필요한 부분에 한정한 조사(이하 "부분조사"라 한다)를 실시할 수 있다.

1. 제45조의2 제3항, 「소득세법」 제156조의2 제5항 및 제156조의6제5항, 「법인세법」 제98조의4 제5항 및 제98조의6 제5항에 따른 경정 등의 청구에 대한 처리 또는 제51조 제1항에 따른 국세환급금의 결정을 위하여 확인이 필요한 경우

2. 제65조 제1항 제3호 단서(제66조 제6항 및 제80조의2에서 준용하는 경우를 포함한다) 또는 제81조의15 제5항 제2호 단서에 따른 재조사 결정에 따라 사실관계의 확인 등이 필요한 경우

3. 거래상대방에 대한 세무조사 중에 거래 일부의 확인이 필요한 경우

4. 납세자에 대한 구체적인 탈세 제보가 있는 경우로서 해당 탈세 혐의에 대한 확인이 필요한 경우

5. 명의위장, 차명계좌의 이용을 통하여 세금을 탈루한 혐의에 대한 확인이 필요한 경우

6. 그 밖에 세무조사의 효율성 및 납세자의 편의 등을 고려하여 특정 사업장, 특정 항목 또는 특정 거래에 대한 확인이 필요한 경우로서 대통령령으로 정하는 경우

④ 제3항 제3호부터 제6호까지에 해당하는 사유로 인한 부분조사는 같은 세목 및 같은 과세기간에 대하여 2회를 초과하여 실시할 수 없다.

(2) 국세기본법 시행령(2024.2.29. 대통령령 제34261호로 개정되기 전의 것)

제63조의2(세무조사를 다시 할 수 있는 경우) 법 제81조의4 제2항 제7호에서 “대통령령으로 정하는 경우”란 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우를 말한다.

1. 부동산투기, 매점매석, 무자료거래 등 경제질서 교란 등을 통한 세금탈루 혐의가 있는 자에 대하여 일제조사를 하는 경우

2. 과세관청 외의 기관이 직무상 목적을 위해 작성하거나 취득해 과세관청에 제공한 자료의 처리를 위해 조사하는 경우

3. 국세환급금의 결정을 위한 확인조사를 하는 경우

4. 「조세범 처벌절차법」 제2조 제1호에 따른 조세범칙행위의 혐의를 인정할 만한 명백한 자료가 있는 경우. 다만, 해당 자료에 대하여 「조세범 처벌절차법」 제5조 제1항 제1호에 따라 조세범칙조사심의위원회가 조세범칙조사의 실시에 관한 심의를 한 결과 조세범칙행위의 혐의가 없다고 의결한 경우에는 조세범칙행위의 혐의를 인정할 만한 명백한 자료로 인정하지 아니한다.

제63조의10(세무조사 범위의 확대) 법 제81조의9 제1항에서 "구체적인 세금탈루 혐의가 여러 과세기간 또는 다른 세목까지 관련되는 것으로 확인되는 경우 등 대통령령으로 정하는 경우"란 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우를 말한다.

1. 다른 과세기간·세목 또는 항목에 대한 구체적인 세금탈루 증거자료가 확인되어 다른 과세기간·세목 또는 항목에 대한 조사가 필요한 경우

2. 명백한 세금탈루 혐의 또는 세법 적용의 착오 등이 있는 조사대상 과세기간의 특정 항목이 다른 과세기간에도 있어 동일하거나 유사한 세금탈루 혐의 또는 세법 적용 착오 등이 있을 것으로 의심되어 다른 과세기간의 그 항목에 대한 조사가 필요한 경우

(3) 법인세법 시행령(2023.2.28. 대통령령 제33265호로 개정되기 전의 것)

제106조(소득처분) ① 법 제67조에 따라 익금에 산입한 금액은 다음 각 호의 구분에 따라 처분한다. 비영리내국법인과 비영리외국법인에 대하여도 또한 같다.

1. 익금에 산입한 금액(법 제27조의2 제2항에 따라 손금에 산입하지 아니한 금액을 포함한다)이 사외에 유출된 것이 분명한 경우에는 그 귀속자에 따라 다음 각 목에 따라 배당, 이익처분에 의한 상여, 기타소득, 기타 사외유출로 할 것. 다만, 귀속이 불분명한 경우에는 대표자(소액주주등이 아닌 주주등인 임원 및 그와 제43조 제8항에 따른 특수관계에 있는 자가 소유하는 주식등을 합하여 해당 법인의 발행주식총수 또는 출자총액의 100분의 30 이상을 소유하고 있는 경우의 그 임원이 법인의 경영을 사실상 지배하고 있는 경우에는 그 자를 대표자로 하고, 대표자가 2명 이상인 경우에는 사실상의 대표자로 한다. 이하 이 조에서 같다)에게 귀속된 것으로 본다.

가. 귀속자가 주주등(임원 또는 직원인 주주등을 제외한다)인 경우에는 그 귀속자에 대한 배당

나. 귀속자가 임원 또는 직원인 경우에는 그 귀속자에 대한 상여

다. 귀속자가 법인이거나 사업을 영위하는 개인인 경우에는 기타 사외유출. 다만, 그 분여된 이익이 내국법인 또는 외국법인의 국내사업장의 각 사업연도의 소득이나 거주자 또는 「소득세법」 제120조에 따른 비거주자의 국내사업장의 사업소득을 구성하는 경우에 한한다.

라. 귀속자가 가목 내지 다목외의 자인 경우에는 그 귀속자에 대한 기타소득

2. 익금에 산입한 금액이 사외에 유출되지 아니한 경우에는 사내유보로 할 것

④ 내국법인이 「국세기본법」 제45조의 수정신고기한내에 매출누락, 가공경비 등 부당하게 사외유출된 금액을 회수하고 세무조정으로 익금에 산입하여 신고하는 경우의 소득처분은 사내유보로 한다. 다만, 다음 각 호의 어느 하나에 해당되는 경우로서 경정이 있을 것을 미리 알고 사외유출된 금액을 익금산입하는 경우에는 그러하지 아니하다.

1. 세무조사의 통지를 받은 경우

2. 세무조사가 착수된 것을 알게 된 경우

3. 세무공무원이 과세자료의 수집 또는 민원 등을 처리하기 위하여 현지출장이나 확인업무에 착수한 경우

4. 납세지 관할세무서장으로부터 과세자료 해명 통지를 받은 경우

5. 수사기관의 수사 또는 재판 과정에서 사외유출 사실이 확인된 경우

6. 그 밖에 제1호부터 제5호까지의 규정에 따른 사항과 유사한 경우로서 경정이 있을 것을 미리 안 것으로 인정되는 경우