이유
1. 처분개요

가. 청구법인은 관계사인 OOO 주식회사(이하 “OOO”이라 한다)와 2014.1.31. OOO 내 서울특별시 강서구 OOO 토지 17,104.5㎡(D5-1~4, 이하 “이 건 토지”라 한다)를 공동(청구법인 지분 10%)으로 취득하고, 청구법인 지분에 해당하는 1,710.5㎡(이하 “쟁점토지”라 한다)에 대하여 「지방세법」제11조 제1항 제7호 나목의 취득세 표준세율 및 「지방세특례제한법」(2014.12.31. 법률 제12955호로 개정되기 전의 것) 제78조 제4항에 따른 산업단지 입주자에 대한 감면(100% 면제)을 적용하여 취득세 및 지방교육세를 면제받고, 농어촌특별세 OOO원을 신고ㆍ납부하였다.

나. 청구법인은 2019.3.29. OOO와 쟁점토지의 지상에 산업용 건축물 57,171.47㎡(이하 “이 건 건축물”이라 한다)을 신축하여 취득하고, 2019.4.30. 청구법인의 지분에 해당하는 5,717.15㎡(이하 “쟁점건축물”이라 한다)에서 사업을 개시한 후, 2019.5.16. 본점사업용 부동산(35.71%)에 대하여 「지방세법」제13조 제1항의 취득세 중과세율 및 「지방세특례제한법」제47조의2 제1항에 따른 녹색건축 인증 건축물 등에 대한 감면을 적용하여 취득세 등 OOO원을, 연구시설용 부동산(64.29%, 이하 “쟁점연구시설”이라 한다)에 대하여 「지방세법」제13조 제1항의 취득세 중과세율 및 「지방세특례제한법」제74조 제4항 및 「서울특별시세 감면 조례」 제14조에 따른 산업단지 입주자에 대한 감면(75% 감면)을 적용하여 취득세 등 OOO원을 신고·납부하였으며, 2019.5.17. 쟁점토지 중 본점사업용 부동산의 부속토지(35.71%)에 대하여 취득세 중과세율을 적용하여 취득세 등 OOO원을 수정신고·납부하였다.

다. 청구법인은 2019.7.15. 쟁점연구시설 및 그 부속토지의 취득이 중과세율이 아닌 표준세율 적용대상이라는 취지로 강서구청장에 경정청구를 제기하였고, 강서구청장은 2019.8.21. 청구법인의 경정청구를 인용하고 취득세 등 합계 OOO원을 환급하는 결정을 하였다.

라. 이후, 처분청은 2022.6.27.~2022.7.8. 청구법인에 대한 세무조사를 실시하여 쟁점연구시설 및 그 부속토지의 취득이 「지방세법」제13조 제1항에 따른 중과세 대상인 ‘본점사업용 부동산’에 해당한다고 보아, 아래 ＜표1＞과 같이 2022.8.10. 및 2022.8.19. 청구법인에게 취득세 등 합계 OOO원(가산세 OOO원 포함, 이하 “이 건 취득세”라 한다)을 부과·고지하였다.

＜표1＞ 이 건 취득세 부과처분 내역

(단위 : 원)

○○○

라. 청구법인은 이에 불복하여 2023.5.8. 이의신청을 거쳐 심판청구를 제기하였다.

2. 청구법인 주장 및 처분청 의견

가. 청구법인 주장

(1) 쟁점연구시설은 「지방세법」제13조 제1항에서 정하는 ‘본점사업용 부동산’에 해당하지 아니한다.

「지방세법」제13조 제1항에서 취득세 중과의 대상이 되는 본점사업용 부동산에는 그 부대시설용 부동산도 포함되는 것으로 규정하고 있으나, 본점 자체에 대해서는 구체적으로 규정한바 없다.

대법원(대법원 2020.10.15. 선고 2020두41832 판결)에서는 본점의 ‘사무소’로 사용하는 부동산이라 함은 법인이 영위하는 사업에 관한 주요한 의사결정 및 업무수행과 경영, 인사, 재무, 총무, 기획 등 관리행위가 이루어지는 장소를 말한다고 볼 수 있고, 반면 본점의 사무소와 함께 설치되더라도 본점에서 이루어지는 주요한 의사결정, 업무수행, 관리행위 등과 구분되는 단순하고 부수적인 행위나 사실적 행위 또는 대외적으로 제품 및 서비스를 제공하거나 영업활동 등이 이루어지는 장소는 본점의 ‘사무소’에 해당한다고 보기 어렵다고 판시한바 있다.

위 대법원의 판시에 따르면 ① 주요한 의사결정 및 ② 업무수행과 경영, 인사, 재무, 총무, 기획 등 ③ 관리행위가 이루어지는 장소가 아닌 이상 이를 본점의 사무소에 해당한다고 할 수 없다.

연구시설은 주요한 의사결정이 이루어지는 장소가 아니라 경영, 재무, 기획부서 등에서 이루어지는 의사결정에 따라 그 수행여부가 결정되는 종속적인 활동이 수행되는 장소에 불과하므로 연구활동이 주된 업종이 되는 회사가 아닌 이상 연구기능 자체를 주요한 의사결정에 포함된다고 할 수는 없으며, 연구기능이 경영, 인사, 재무, 총무, 기획 등 관리행위에 해당한다고 볼 수 없음은 각 행위의 사전적 의미에 비추어 보더라도 문언상 명백하다.

또한, 주요한 업무수행과 관련하여 조세심판원(조심 2014지379, 2015.1.2.)에서는 연구개발이 주된 업무에 해당하는 특수성을 가진 법인의 경우에도 연구개발본부의 지원을 위한 부서가 본점 사업용 부동산에 해당한다고 판단하고 있는바, 이는 회사의 어떤 사업본부가 본점에 해당할 경우 그 보조 및 지원을 위한 부서는 당연히 본점에 해당한다는 점에서 연구개발부서 자체의 경우 본점 및 주사무소의 사무실에 해당하지 않는다는 것을 전제로 하는 것이다.

처분청은 청구법인의 연구개발활동이 사업성과와 밀접한 관계에 있으므로 연구개발이 기업활동의 주요한 업무수행으로 보아야 한다고 주장하나, 연구시설이 사업성과에 대해 기여하는 정도 및 밀접 정도 등 주관적 기준으로 본점사업용 부동산의 해당여부를 판단할 경우 과세관청의 자의적인 법집행이 가능해질 뿐만 아니라 납세자로서는 연구시설이 중과세 대상에 해당하는지 여부를 사전에 알 수 없으므로 납세자의 예측가능성 및 법적 안정성에 대한 심각한 침해를 초래하게 된다.

쟁점연구시설 내 설치된 기업부설연구소는 「기초연구진흥 및 기술개발지원에 관한 법」(이하, “기초연구법”이라 한다) 제14조 제1항 및 같은 법 시행령 제27조 제1항에 따라 연구인력 및 시설 등 요건을 갖추어 인정된 기설부설연구소로서, 관련 법령에서 정한 바에 따라 독립된 연구공간과 연구설비 및 연구인력을 통해 연구개발만을 전담하고 있는 조직이고, 기초연구법 제14조의4 제1호 및 제14조의3 제1항 제7호에 의하면, 기업부설연구소등에 근무하는 자는 연구개발 활동과 관련된 업무 외에 생산ㆍ판매ㆍ영업 등의 기업활동과 관련된 다른 업무를 겸하지 않도록 규정하면서 이를 위반하는 경우 기업부설연구소등의 인정을 취소할 수 있도록 하고 있으며 이를 준수하지 않을 경우 기업부설연구소로 인정된 것을 취소하도록 하고 있는바, 기업부설연구소는 관련 규정을 준수하고 있고 기업부설연구소를 포함한 쟁점연구시설은 본점 기능과 관련된 업무가 이루어질 여지는 없다.

(2) 처분청의 이 건 취득세 부과처분은 강서구청장의 경정청구 인용결정에 기인한 것이고, 청구법인이 결과적으로 세액을 환급받은 사실 자체가 의무위반에 해당하는 경우라 하더라도 청구법인에게 납세의무의 해태를 탓하기 어려우므로, 청구법인은 그 의무를 이행하지 아니한 데에 정당한 사유가 존재한다.

청구법인은 최초 취득세 신고·납부시 쟁점연구시설을 본점사업용 부동산으로 구분하여 취득세 중과세율을 적용하여 그 의무를 이행하였으나, 이후 강서구청장에게 일반세율을 적용하여야 한다는 이유로 「지방세기본법」제50조 제1항에서 정하는 납세자의 정당한 권리에 해당하는 경정의 청구를 제기하였고, 강서구청장이 같은 법 제50조 제2항에 따라 적법한 경정청구로 받아들여 취득세 등을 환급하였으나, 처분청이 세무조사를 통해 다시 쟁점연구시설이 중과세 대상인 본점사업용 부동산에 해당한다는 이유로 이 건 취득세를 부과하였다.

결과적으로 경정의 청구는 지방자치단체의 장이 결정 또는 경정을 하기 전에는 어떠한 세액의 감액 확정력도 없는 것이며, 경정의 청구만을 구하였을 뿐인 청구법인은 세법에 규정된 어떤 의무도 위반한 사실이 없다.

나. 처분청 의견

(1) 「지방세법」 제13조 제1항에서 그 ‘본문’을 통해 원칙적으로 ‘법인의 본점 또는 주사무소의 사무소로 사용하는 부동산과 그 부대시설용 부동산’의 경우 취득세 중과세율 적용 대상인 본점이나 주사무소의 사업용 부동산에 해당함을 규율하고 있고, 단서조항에서 예외적으로 ① 복지후생시설(기숙사, 합숙소, 사택, 연수시설, 체육시설 등)과 ② 기업활동과 무관한 시설(예비군 병기고, 탄약고)은 취득세 중과대상에서 제외하도록 규정하고 있는바, 이러한 법문의 문언과 내용, 법체계에 충실하게 당해 부동산이 중과세율 적용 대상의 예외로 규정하고 있는 기숙사, 합숙소, 사택, 연수시설, 체육시설 등 복지후생시설과 예비군 병기고 및 탄약고에 해당하지 않는 이상, 사업장의 운영에 이바지하는 본점이나 주사무소의 사업용 부동산에 해당하는 것으로 보는 것이 타당하다 할 것(대법원 2023.3.16. 선고 2022두66088 판결, 같은 뜻임)이다.

또한 법원은 ‘법인의 본점 또는 주사무소의 사업용 부동산’에 대하여 “법인이 영위하는 사업에 관한 주요한 의사결정 및 업무수행과 관리행위가 이루어지는 장소”라고 판시하였고(대법원 2020.10.15. 선고 2020두41832 판결, 같은 뜻임), 연구 및 실험행위가 이루어지는 장소 내지 기업부설연구소에 대하여 법인의 주요한 업무수행이 이루어지는 장소에 해당한다고 보아 본점의 사업용 시설에 해당한다고 보고 있는바(서울고등법원 2022.6.7. 선고 2021누60825 판결, 같은 뜻임).

본점 사업용 부동산에 해당하는지 여부를 판단하기 위해서는 해당 법인이 영위하는 사업의 종목이나 특성· 그 내용이 무엇인지, 그 사업의 영위를 위해 필요한 요소가 무엇이며 해당 사업의 성패를 결정할 수 있는 중요한 요소가 무엇인지, 해당 장소에서 이루어지는 활동은 해당 법인의 사업에 어떻게 작용하여 영향을 미치는지 등과 같은 구체적 내용들을 종합하여 실질적인 판단을 하여야 할 것이다.

이러한 법리에 비추어, 1) 청구법인은 1968.9.10. 설립한 이래 2005.1.1.부터 법인등기사항증명서상 본점을 과밀억제권역 외의 지역인 경상남도 김해시에 두고 있고, 본점의 건축물은 ‘공장’으로 확인되는 반면, 쟁점건축물은 위 본점 등록 이후인 2019.3.29. 과밀억제권역 내인 서울특별시 강서구에 신축되었고, 당시 청구법인의 매출이 2,291억인 점을 감안하면 청구법인에게 쟁점건축물은 법인등기사항증명서상 본점 그 이상의 비중을 가진다고 보이는 점, 2) 청구법인은 쟁점건축물을 청구법인의 각종 홍보자료 전면에 내세우고 있고 쟁점건축물이 청구법인을 상징하는 건축물로 자리매김하고 있는 점, 3) 청구법인 역시 쟁점건축물 중 연구시설을 제외한 나머지 부분인 35.71%에 대하여는 본점으로 여겨 중과세율을 적용하여 취득세를 신고·납부한 점, 4) 관련법령해석상 본점에 해당하는 경우 ‘복지시설(기숙사, 합숙소, 사택, 연수시설, 체육시설 등)’과 ‘기업의 운영과 무관한 시설(예비군 병기고 및 탄약고)’이 예외적으로 본점 또는 주사무소의 사업용 부동산에서 제외되며, 이러한 예외에 해당하지 아니하는 본점 또는 주사무소의 사업용 부동산은 모두 본점의 사업용 부동산으로 보아야 하는 점, 5) 사업형 지주회사인 청구법인과 자회사에 해당하는 관계회사(OOO)가 주력으로 영위하는 사업은 자동차타이어용 튜브 등 고무제품의 제조, 판매 및 물류사업으로 해당 사업에 대한 소비자의 요구가 다양해짐에 따라 이러한 요구에 부응할 수 있는 제품을 만들기 위한 연구개발이 절대적으로 필요하다는 점 등을 종합할 때, 쟁점연구시설의 경우에도 청구법인의 주요한 업무수행이 이루어지는 장소로서 법인의 본점 또는 주사무소의 사업용 부동산에 해당한다 할 것이며, 쟁점건축물이 법인등기사항증명서상 본점으로 등기되어 있지 아니하다는 이유로 쟁점건축물 중 쟁점연구시설을 중과세율 적용을 배제하여야 한다는 주장은 타당하지 아니하다.

한편, 청구법인의 기업부설연구소의 면적은 299.26㎡으로, 쟁점건축물 내 연구시설의 면적(1,372.08㎡)과는 상이하고, 기초연구법에서는 정부가 기업의 연구개발활동을 지원하고 관리하는 기준을 마련하기 위해 일정한 요건을 충족하는 경우에 한하여 기업부설연구소로 인정하고 있는바, 이러한 지원혜택을 받고자 관련 법에서 정한 요건을 준수하였는지 여부와 청구법인이 영위하는 사업에 관한 중요한 업무수행 및 의사결정과 관리행위가 이루어지는 장소에 해당하는지 여부는 다른 문제이다.

(2) 청구법인은 쟁점건축물의 취득시 쟁점연구시설 부분에 대하여 취득세 중과세율을 적용하여 신고·납부하였다가, 중과세율이 아닌 일반세율에 해당한다는 취지의 경정청구를 제기하였고, 강서구청장이 이를 받아들여 관련 세액을 환급하였음에도, 처분청이 이에 대한 세무조사를 통해 쟁점연구시설 부분이 본점사업용 부동산에 해당한다는 사유로 이 건 취득세 부과처분을 하면서 납부지연가산세를 부과처분한 것은 부당하다고 주장하나, 청구법인은 최초 취득세 신고시 쟁점연구시설을 본점사업용 부동산으로 구분하여 신고한바, 취득세 중과세율 적용 대상임을 인지하고 있었던 것으로 보이는 점, 비록 강서구청장이 청구법인의 경정청구를 인용하고 관련 세액을 환급하였다 하더라도 법령의 부지 또는 오인은 그 정당한 사유에 해당한다고 볼 수 없는 점, 또한 이 건 취득세 부과처분은 위 경정청구 세액의 환급 이후 처분청의 세무조사를 통하여 확인된 사항에 기초하여 이루어진 것인 점 등을 고려하면, 이 건 취득세 부과처분시 납부지연가산세를 포함하여 부과한 처분은 정당하다.

3. 심리 및 판단

가. 쟁점

① 쟁점연구시설이 「지방세법」제13조 제1항에 따른 중과세 대상인 본점사업용 부동산에 해당하는지 여부

② 이 건 납부지연가산세 부과처분이 부당하다는 청구주장의 당부

나. 관련 법령 : ＜별지＞ 기재

다. 사실관계 및 판단

(1) 청구법인과 처분청이 제출한 자료에 따르면 다음과 같은 사실이 확인된다.

(가) 청구법인의 법인등기사항증명서 및 사업보고서 등에 의하면 아래와 같은 사실이 확인된다.

1) 청구법인은 각종 타이어 및 튜우브 제조 및 판매 등을 목적사업으로 하여 1968.9.10. 설립된 영리법인으로, 청구법인의 법인등기사항증명서상 본점은 경상남도 김해시 OOO로 확인되며, 지점은 OOO지점과 OOO지점이 설치되어 있는 것으로 확인된다.

2) 청구법인의 2021사업연도 법인세 과세표준 및 세액계산서에 의하면, 청구법인의 업태는 제조업, 부동산, 종목은 타이어 및 튜브, 임대, 주업종코드는 251101(제조업, 고무타이어 및 튜브생산업)로 확인된다.

3) 청구법인은 OOO그룹의 모회사로서, 자동차용 튜브등 고무제품의 제조, 판매 및 물류사업 등 직접 사업활동을 함과 동시에 다른 회사를 지배하기 위하여 주식을 소유하고 있는 사업형 지주회사에 해당하며, 주요종속회사인 OOO는 자동차용 타이어 제조, 판매, 렌탈 사업을, OOO는 부동산임대와 매매, 부동산 개발 등을 주요 사업으로 영위하고 있다.

(나) 청구법인은 대표이사 이하 1) 지주부문, 고무사업(타이어/타이어 외)부문, 물류사업부문으로 구분되어 있고, 2) 고무사업부문 중 타이어 외 부문은 경영관리본부, 사업부(솔리드, 골프, CMB), 생산본부, 기술연구소로 구분되어 있다.

1) 청구법인의 연구개발 담당조직인 기술연구소는 연구개발1팀, 연구개발2팀, 연구개발3팀으로 조직되어 있다.

2) 2022년 사업보고서에 기재된 청구법인의 연구개발실적은 아래와 같다.

＜ 2022년 사업보고서상 연구개발실적 ＞

○○○

3) 2022년 사업보고서상 청구법인의 연구개발비용 지출액은 아래 ＜표2＞와 같다.

＜표2＞ 청구법인의 연구개발비용

(단위:천원)

○○○

4) 한국산업기술진흥협회장이 발급한 기업부설연구소 인정서 및 청구법인이 제출한 기업부설연구소 신고서에 의하면, 청구법인은 2014.12.24. 「기초연구진흥 및 기술개발지원에 관한 법률」에 따른 기업부설연구소로 최초 인정받았으며, 경상남도 김해시 소재 연구소(주소재지, 2019.5.14. 269.86㎡→2024.4.11. 485.6㎡)와 부소재지인 서울특별시 강서구 소재 OOO로 구분된다.

5) 청구법인이 제출한 자료에 의하면, 청구법인은 쟁점건축물 내에 설치한 기업부설연구소의 경우 연구자료에 대한 위험물질 관리 등을 위해 연구인력에 대한 출입증 등을 별도로 관리하고, 스크린 도어를 설치하여 연구 외 시설과 물리적으로 구분되어 있는 것으로 확인된다.

(다) 청구법인의 쟁점건축물 사용현황은 아래 ＜표3＞과 같으며, 청구법인의 골프, 솔리드, 국제물류영업부가 7층을, 기술연구소의 일부 조직이 1층을 사용하고 있으며, 그 외 면적은 직원식당·주방·휘트니스 등 직원복리후생시설과 복도, 계단, 엘리베이터, 화장실 등 순수 건축물 공용시설로 사용되고 있는 것으로 확인된다.

＜표3＞ 청구법인의 쟁점건축물 사용현황

○○○

(2) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 살펴본다.

(가) 먼저, 쟁점①에 대하여 살펴본다.

처분청은 청구법인의 연구개발 활동은 지속적인 연구개발과 생산능력 및 품질향상을 통해 주력사업인 튜브제품 등의 제조 및 판매를 수행하기 위한 필수적인 요소이므로, 쟁점연구시설은 청구법인의 주요한 업무수행 및 중추적인 의사결정을 하는 장소로서 취득세 중과대상인 법인의 본점 사업용 부동산에 해당한다는 의견이나,

법인의 본점용 부동산은 법인이 고유업무의 수행에 필요한 사무실 등으로 직접 사용되고 있는 부동산과 그 부대시설용 부동산을 말하며, 이에 해당하는지 여부는 법인의 목적사업의 특성과 그 수행방법, 법인의 경영활동에 필수적인 업무인 인사·기획, 재무 등의 활동이 이루어지는 장소, 주요 의사결정권자, 주요 경영의사결정 과정 및 다른 사무소 등과의 업무상의 지휘감독체계 등을 종합하여 판단하여야 할 것인 점(조심 2014지379, 2015.1.2. 외 다수, 같은 뜻임), 쟁점연구시설 내에는 「기초연구진흥 및 기술개발지원에 관한 법률」에 따라 연구인력 및 시설 등 요건을 갖추어 인정된 기업부설연구소가 설치되어 있고, 관련 법령에서 기업부설연구소에 근무하는 자는 연구개발 활동 외에 생산·판매·영업 등 다른 기업활동을 겸하지 않도록 규정되어 있으며, 이를 위반하는 경우 기업부설연구소 인정을 취소할 수 있도록 하고 있어 기업부설연구소는 연구개발 활동만을 담당할 뿐 생산·판매·영업 등의 기업활동과 관련된 다른 업무를 겸하지 않는 것으로 보이고, 스크린 도어 등을 통해 물리적으로 출입이 제한된 별도의 공간으로 분리되어 있는 점 등에 비추어 쟁점연구시설은 기업의 연구활동만을 전담하는 독립된 연구공간과 그 부대시설로서 법인의 주된 의사결정을 하는 장소 등을 의미하는 본점의 사업용 부동산에 해당한다고 보기는 어렵다고 판단된다.

따라서, 처분청이 쟁점연구시설의 취득이 과밀억제권역에서 본점의 사업용으로 신축하는 건축물과 그 부속토지를 취득하는 경우에 해당한다고 보아 「지방세법」 제13조 제1항의 중과세율을 적용하여 이 건 취득세를 부과한 처분은 잘못이 있다고 판단된다.

(나) 다음으로, 쟁점②는 쟁점①이 인용되어 심리할 실익이 없으므로 이를 생략한다.

4. 결론

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 있으므로 「지방세기본법」제96조 제7항과 「국세기본법」제80조의2 및 제65조 제1항 제3호에 의하여 주문과 같이 결정한다.

＜별지＞ 관련 법령

(1) 지방세법(2021.7.8. 법률 제18294호로 일부개정된 것)

제13조(과밀억제권역 안 취득 등 중과) ①「수도권정비계획법」 제6조에 따른 과밀억제권역에서 대통령령으로 정하는 본점이나 주사무소의 사업용으로 신축하거나 증축하는 건축물(「신탁법」에 따른 수탁자가 취득한 신탁재산 중 위탁자가 신탁기간 중 또는 신탁종료 후 위탁자의 본점이나 주사무소의 사업용으로 사용하기 위하여 신축하거나 증축하는 건축물을 포함한다)과 그 부속토지를 취득하는 경우와 같은 조에 따른 과밀억제권역(「산업집적활성화 및 공장설립에 관한 법률」을 적용받는 산업단지ㆍ유치지역 및 「국토의 계획 및 이용에 관한 법률」을 적용받는 공업지역은 제외한다)에서 공장을 신설하거나 증설하기 위하여 사업용 과세물건을 취득하는 경우의 취득세율은 제11조 및 제12조의 세율에 중과기준세율의 100분의 200을 합한 세율을 적용한다.

(2) 지방세법 시행령

제25조(본점 또는 주사무소의 사업용 부동산) 법 제13조 제1항에서 “대통령령으로 정하는 본점이나 주사무소의 사업용 부동산”이란 법인의 본점 또는 주사무소의 사무소로 사용하는 부동산과 그 부대시설용 부동산(기숙사, 합숙소, 사택, 연수시설, 체육시설 등 복지후생시설과 예비군 병기고 및 탄약고는 제외한다)을 말한다.

(3) 지방세특례제한법(2021.4.20. 법률 제18128호로 개정된 것)

제46조(연구개발 지원을 위한 감면) ① 기업이 대통령령으로 정하는 기업부설연구소(이하 이 조에서 “기업부설연구소”라 한다)에 직접 사용하기 위하여 취득하는 부동산(부속토지는 건축물 바닥면적의 7배 이내인 것으로 한정한다. 이하 이 조에서 같다)에 대해서는 취득세의 100분의 35[대통령령으로 정하는 신성장동력 또는 원천기술 분야를 연구하기 위한 기업부설연구소(이하 이 조에서 “신성장동력ㆍ원천기술 관련 기업부설연구소”라 한다)의 경우에는 100분의 50]를, 과세기준일 현재 기업부설연구소에 직접 사용하는 부동산에 대해서는 재산세의 100분의 35(신성장동력ㆍ원천기술 관련 기업부설연구소의 경우에는 100분의 50)를 각각 2025년 12월 31일까지 경감한다.

③ 제1항에도 불구하고 「조세특례제한법」 제10조 제1항 제1호 가목 2)에 따른 중견기업이 기업부설연구소에 직접 사용하기 위하여 취득하는 부동산에 대해서는 취득세의 100분의 50(신성장동력ㆍ원천기술 관련 기업부설연구소의 경우에는 100분의 65)을, 과세기준일 현재 기업부설연구소에 직접 사용하는 부동산에 대해서는 재산세의 100분의 50(신성장동력ㆍ원천기술 관련 기업부설연구소의 경우에는 100분의 65)을 각각 2025년 12월 31일까지 경감한다.

④ 제1항에도 불구하고 「중소기업기본법」 제2조제1항에 따른 중소기업(이하 이 장에서 “중소기업”이라 한다)이 기업부설연구소에 직접 사용하기 위하여 취득하는 부동산에 대해서는 취득세의 100분의 60(신성장동력ㆍ원천기술 관련 기업부설연구소의 경우에는 100분의 75)을, 과세기준일 현재 기업부설연구소에 직접 사용하는 부동산에 대해서는 재산세의 100분의 50(신성장동력ㆍ원천기술 관련 기업부설연구소의 경우에는 100분의 65)을 각각 2025년 12월 31일까지 경감한다.

⑤ 제1항부터 제4항까지의 규정을 적용할 때 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우 그 해당 부분에 대해서는 경감된 취득세 및 재산세를 추징한다.

1. 토지 또는 건축물을 취득한 후 1년(「건축법」에 따른 신축ㆍ증축 또는 대수선을 하는 경우에는 2년) 이내에 「기초연구진흥 및 기술개발지원에 관한 법률」 제14조의2에 따른 기업부설연구소로 인정받지 못한 경우

2. 기업부설연구소로 인정받은 날부터 3년 이내에 「조세특례제한법 시행령」 제9조 제11항에 따른 신성장동력ㆍ원천기술심의위원회로부터 해당 기업이 지출한 신성장동력ㆍ원천기술연구개발비의 연구개발 대상 기술이 같은 영 별표 7에 해당된다는 심의 결과를 받지 못한 경우(신성장동력ㆍ원천기술 분야 기업부설연구소로 추가 감면된 부분에 한정한다)

3. 기업부설연구소 설치 후 4년 이내에 정당한 사유 없이 연구소를 폐쇄하거나 다른 용도로 사용하는 경우

제78조(산업단지 등에 대한 감면) ④ 제1항에 따른 사업시행자 외의 자가 제1호 각 목의 지역(이하 “산업단지등”이라 한다)에서 취득하는 부동산에 대해서는 제2호 각 목에서 정하는 바에 따라 지방세를 경감한다.

1. 대상 지역

가. 「산업입지 및 개발에 관한 법률」에 따라 지정된 산업단지

2. 경감 내용

가. 산업용 건축물등을 신축하기 위하여 취득하는 토지와 신축 또는 증축하여 취득(취득하여 중소기업자에게 임대하는 경우를 포함한다)하는 산업용 건축물 등에 대해서는 취득세의 100분의 50을 2025년 12월 31일까지 경감한다.

(4) 지방세특례제한법 시행령

제23조(기업부설연구소) ① 법 제46조 제1항에서 “대통령령으로 정하는 기업부설연구소”란 「기초연구진흥 및 기술개발지원에 관한 법률」 제14조의2 제1항에 따라 인정받은 기업부설연구소를 말한다. 다만, 「독점규제 및 공정거래에 관한 법률」 제14조 제1항에 따른 상호출자제한기업집단등이 「수도권정비계획법」 제6조 제1항 제1호에 따른 과밀억제권역 내에 설치하는 기업부설연구소는 제외한다.

② 법 제46조 제1항에서 “대통령령으로 정하는 신성장동력 또는 원천기술 분야를 연구하기 위한 기업부설연구소”란 제1항에 따른 기업부설연구소로서 다음 각 호의 요건을 모두 갖춘 기업의 부설 연구소를 말한다.

1. 「연구산업진흥법」 제2조 제1호 가목 또는 나목의 산업을 영위하는 국내 소재 기업으로서 「조세특례제한법 시행령」 제9조 제2항 제1호 가목에 따른 신성장ㆍ원천기술연구개발업무(이하 이 조에서 “신성장ㆍ원천기술연구개발업무”라 한다)를 수행(신성장ㆍ원천기술연구개발업무와 그 밖의 연구개발을 모두 수행하는 경우를 포함한다)하는 기업일 것

2. 「기초연구진흥 및 기술개발지원에 관한 법률」 제14조의2 제1항에 따라 기업부설연구소로 인정받은 날부터 3년 이내에 「조세특례제한법 시행령」 제9조 제12항에 따른 신성장ㆍ원천기술심의위원회로부터 해당 기업이 지출한 신성장ㆍ원천기술연구개발비의 연구개발 대상 기술이 같은 영 별표7에 해당된다는 심의 결과를 통지받은 기업일 것

(5) 서울특별시 시세 감면 조례(2021.5.20. 조례 제7995호로 일부개정된 것)

제13조(산업단지 등에 대한 감면) 법 제78조 제8항에 따른 "조례로 정하는 율"은 다음 각 호와 같다.

1. 법 제78조 제4항 제2호 가목의 경감률에 추가하는 경감률은 100분의 25로 한다.

2. 법 제78조 제4항 제2호 나목의 경감률에 추가하는 경감률은 100분의 15로 한다.

(6) 기초연구진흥 및 기술개발지원에 관한 법률

제14조의2(기업부설연구소 또는 연구개발전담부서의 인정 등) ① 과학기술정보통신부장관은 기업의 연구개발활동을 효율적으로 지원하고 관리하기 위하여 연구 인력 및 시설 등 대통령령으로 정하는 기준을 충족하는 기업부설 연구기관 또는 기업의 연구개발부서를 기업부설연구소 또는 연구개발전담부서로 인정할 수 있다.

② 소속 기업부설 연구기관 또는 기업의 연구개발부서에 대하여 제1항에 따른 인정을 받으려는 기업은 과학기술정보통신부령으로 정하는 바에 따라 과학기술정보통신부장관에게 인정을 신청하여야 한다.

③ 제1항에 따라 인정받은 기업부설연구소 또는 연구개발전담부서(이하 "기업부설연구소등"이라 한다)가 소속된 기업은 과학기술정보통신부령으로 정하는 사항을 변경하는 경우에는 과학기술정보통신부장관에게 신고하여야 한다.

④ 제1항부터 제3항까지에서 규정한 사항 외에 기업부설연구소등의 인정 및 변경신고 절차 등에 관하여 필요한 사항은 과학기술정보통신부령으로 정한다.

제14조의3(기업부설연구소등의 인정취소) ① 과학기술정보통신부장관은 기업부설연구소등 또는 기업부설연구소등이 소속된 기업이 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우에는 기업부설연구소등의 인정을 취소할 수 있다. 다만, 제1호 또는 제2호에 해당하는 경우에는 그 인정을 취소하여야 한다.

1. 거짓 또는 그 밖의 부정한 방법으로 인정을 받거나 변경신고를 한 경우

2. 기업부설연구소등이 소속된 기업이 기업부설연구소등의 인정취소를 요청한 경우

3. 기업부설연구소등이 소속된 기업이 폐업하거나 기업부설연구소등의 폐쇄 사실을 과학기술정보통신부장관이 확인한 경우

4. 제14조의2 제1항에 따른 인정기준에 미달되어 과학기술정보통신부장관이 그 보완을 명한 날부터 1개월이 지날 때까지 미달된 사항을 보완하지 아니한 경우

5. 제14조의2 제3항에 따른 변경신고를 변경사유가 발생한 날부터 1년 이내에 하지 아니한 경우

6. 기업부설연구소등의 연구개발활동이 없다고 과학기술정보통신부장관이 인정한 경우

7. 기업부설연구소등이 제14조의4에 따른 준수사항을 위반한 경우

8. 「연구실 안전환경 조성에 관한 법률」 제17조 등 다른 법률에 따라 기업부설연구소등의 연구개발활동이 제한된 경우

② 과학기술정보통신부장관은 제1항에 따라 기업부설연구소등의 인정을 취소하려는 경우에는 청문을 실시하여야 한다. 다만, 제1항 제2호 또는 제3호에 해당하는 경우에는 청문을 실시하지 아니할 수 있다.

③ 제1항 제1호에 따라 소속 기업부설연구소등의 인정이 취소된 기업은 취소된 날부터 1년이 지날 때까지 제14조의2 제2항에 따른 인정을 신청할 수 없다.

제14조의4(기업부설연구소등의 준수사항) 기업부설연구소등은 다음 각 호의 사항을 준수하여야 한다.

1. 기업부설연구소등에 근무하는 자는 연구개발활동과 관련된 업무 외에 생산·판매·영업 등의 기업활동과 관련된 다른 업무를 겸하지 아니할 것(다만, 창업일로부터 3년이 경과하지 아니한 「중소기업기본법」 제2조 제2항에 따른 소기업의 기업부설연구소등에 근무하는 자가 해당 소기업의 대표자를 겸하는 경우에는 제외한다)

2. 「건축법」에 따라 허가받지 아니한 건물 또는 가건물, 건축물의 용도가 주거용인 건물에는 기업부설연구소등을 설치하지 아니할 것

3. 그 밖에 기업부설연구소등의 건실한 운영을 위하여 대통령령으로 정하는 사항

(7) 기초연구진흥 및 기술개발지원에 관한 법률 시행령

제16조의2(기업부설연구소 또는 연구개발전담부서의 인정기준) ① 법 제14조의2 제1항에서 "연구인력 및 시설 등 대통령령으로 정하는 기준을 충족하는 기업부설 연구기관"이란 다음 각 호의 구분에 따라 해당 연구기관에서 근무하는 연구전담요원을 상시 확보하고, 과학기술정보통신부령으로 정하는 기준에 적합한 연구시설을 갖춘 기관을 말한다. 이 경우 과학기술정보통신부장관은 연구과제의 특수성 또는 기업의 규모를 고려하여 필요하다고 인정하는 경우에는 연구전담요원의 수를 조정할 수 있다.

1. 「중소기업기본법」 제2조에 따른 중소기업자가 설립한 기업부설 연구기관: 5명 이상. 다만, 「중소기업기본법 시행령」 제8조제1항에 따른 소기업자가 설립한 기업부설 연구기관은 3명 이상으로 하되, 해당 기업의 창업일부터 3년까지는 2명 이상으로 한다.

2. 국외에 있는 기업부설 연구기관: 5명 이상

3. 제1호에도 불구하고 과학기술정보통신부령으로 정하는 과학기술 분야 연구기관의 연구원 및 대학의 교원이 창업한 연구개발형 중소기업 또는 「벤처기업육성에 관한 특별조치법」 제2조에 따른 벤처기업이 설립한 기업부설 연구기관: 2명 이상

4. 「중견기업 성장촉진 및 경쟁력 강화에 관한 특별법」 제2조 제1호에 따른 중견기업으로서 직전 3개 사업연도의 평균매출액(사업연도가 1개인 경우에는 해당 사업연도의 매출액으로, 2개인 경우에는 2개 사업연도의 평균매출액으로 하고, 사업기간이 1년 미만인 사업연도의 매출액은 1년으로 환산하여 계산한다)이 5천억원 미만인 중견기업이 설립한 기업부설 연구기관: 7명 이상

5. 그 밖의 기업부설 연구기관: 10명 이상

② 법 제14조의2 제1항에서 "연구 인력 및 시설 등 대통령령으로 정하는 기준을 충족하는 기업의 연구개발부서"란 해당 부서에서 근무하는 연구전담요원을 1명 이상 상시 확보하고, 과학기술정보통신부령으로 정하는 기준에 적합한 연구시설을 갖춘 기업의 연구개발부서를 말한다.

③ 제1항 및 제2항에서 규정한 사항 외에 기업부설 연구기관 및 기업의 연구개발부서가 확보하여야 하는 연구전담요원의 자격기준은 과학기술정보통신부령으로 정한다.

제17조(기업부설연구소 등의 준수사항) ① 법 제14조의4 제3호에서 “대통령령으로 정하는 사항”이란 다음 각 호의 사항을 말한다.

1. 법 제14조의2제1항에 따라 인정받은 기업부설연구소 또는 연구개발전담부서(이하 “기업부설연구소등”이라 한다)를 설립 또는 설치한 기업은 해당 기업부설연구소등에서 근무하는 연구전담요원, 연구보조원 및 연구관리직원(이하 이 조에서 “연구전담요원등”이라 한다)이 연구에만 전념할 수 있도록 연구활동 외에 생산ㆍ판매ㆍ영업 등의 기업활동과 관련된 업무에 종사하는 별도의 상시 종업원을 확보할 것