청구법인은 이 건 어린이집을 운영함에 있어 어린이집 인가, 정부보조금 신청, 채권관리 등 어린이집 설치 및 운영관리를 위한 제반사항에 대하여 이 건 어린이집의 대표자로서 권리 및 책임을 지니고 있는 반면, 모아맘보육재단은 「영유아보육법」에 따른 어린이집 인가를 받은 사실이 없으므로 이 건 어린이집의 운영에 관하여 법률상 직접적인 책임을 부담하지 아니한 점 등에 비추어 청구법인이 쟁점부동산을 해당 용도로 직접 사용한 것에 해당하지 않는다고 보아 기 감면한 취득세 등을 추징한 이 건 처분은 잘못이 있는 것으로 판단됨.

이유

1. 처분개요 가. 청구법인은 2018.12.27. 서울특별시 은평구 OOO 토지 지상에 의과대학 부속병원(OOO)용 건축물을 신축하면서 그 중 일부 면적 420.88m2(이하 “쟁점부동산”이라 한다)에 OOO 소속 교직원의 자녀를 위한 직장어린이집(이하 “이 건 어린이집”이라 한다)을 설치한 후, 2019.2.19. 쟁점부동산을 「영유아보육법」에 따른 어린이집을 설치·운영하기 위하여 취득하는 부동산으로 하여 「지방세특례제한법」 제19조 제1항 및 같은 법 제177조의2 제1항에 따른 취득세 감면(85%)을 신청하여 산출한 취득세 등 합계 OOO원을 처분청에 신고·납부하였다. 나. 처분청은 청구법인이 이 건 어린이집을 위탁·운영한 것을 확인한 후 쟁점부동산을 정당한 사유 없이 취득일부터 1년이 경과할 때까지 해당 용도로 직접 사용하지 아니한 것으로 보아 2023.6.13. 청구법인에게 기 감면한 취득세 등 합계 OOO원(가산세 포함)을 부과·고지하였다. 다. 청구법인은 이에 불복하여 2023.8.11. 심판청구를 제기하였다. 2. 청구법인 주장 및 처분청 의견 가. 청구법인 주장 쟁점부동산은 「영유아보육법」 제14조 전단의 규정에 따라 OOO 소속 교직원만을 위하여 사업장 내 단독으로 설치한 직장어린이집으로, 청구법인은 이 건 어린이집의 효율적인 운영과 전문적인 보육을 위하여 「영유아보육법」 제24조 제3항에 따라 보육전문기관인 모아맘보육재단에 위탁하였으나, 위탁운영자에게 쟁점부동산에 대한 배타적인 사용권을 제공하였을 뿐 이 건 어린이집을 위탁운영자를 위하여 사용하거나 타인에게 임대하지 아니하였고, OOO 교직원을 위한 직장어린이집으로 모든 운영을 실질적으로 청구법인이 직접 수행하고 있다. 한편, 「영유아보육법」 제10조 제4호는 직장어린이집을 “사업주가 사업장의 근로자를 위하여 설치·운영하는 어린이집”으로 정의하면서 “국가나 지방자치단체의 장이 소속 공무원 및 국가나 지방자치단체의 장과 근로계약을 체결한 자로서 공무원이 아닌 자를 위하여 ‘설치·운영’하는 어린이집을 포함한다.”라고 규정하고 있는바, 해당 조문에서의 ‘설치·운영’을 ‘설치하여(and) 운영’으로 해석하는 경우, “직장어린이집을 설치한 사업주는 이를 법인·단체 또는 개인에게 위탁하여 운영할 수 있다.”라고 규정한 같은 법의 제24조 제3항과 배척되는 모순이 생기게 되고, 처분청이 제시한 법령해석례(법제처 21-0469, 2021.10.18.)는 「지방세특례제한법」 제19조 제1항에 대한 새로운 해석으로, 소급과세 금지의 원칙에 따라 이를 이 건 취득세 등의 처분에 적용하기는 어려우며, 오히려 관련 법령의 취지와 운영 실태를 고려하면 「지방세특례제한법」 제19조 제1항에서의 ‘설치·운영’은 설치 또는 운영으로 해석하는 것이 합리적이다. 청구법인은 쟁점부동산에 대한 취득세 신고시 「지방세특례제한법」 제19조 제1항에 따른 감면을 신청하였고, 처분청은 이를 승인하였는바, 처분청이 이 건 어린이집의 위탁운영을 사유로 하여 쟁점부동산을 직접 사용하지 아니한 것으로 보아 이 건 취득세 등을 부과한 처분은 부당하다. 나. 처분청 의견 「지방세특례제한법」(2017.12.26. 법률 제15295호로 일부개정된 것) 제2조 제1항 제8호에서 “직접 사용이란 부동산등의 소유자가 해당 부동산등을 사업 또는 업무의 목적이나 용도에 맞게 사용하는 것을 말한다.”라고 규정하고 있고, 같은 법 제19조 제1항에서 “「영유아보육법」에 따른 어린이집을 설치ㆍ운영하기 위하여 취득하는 부동산에 대해서는 취득세를 면제한다.”라고 규정하면서 해당 조항에 별도 추징 규정을 두지 아니하였으며, 같은 법 제178조 제1항 본문 외 각 호에서 “정당한 사유 없이 그 취득일부터 1년이 경과할 때까지 해당 용도로 직접 사용하지 아니한 경우(제1호)” 또는 “해당 용도로 직접 사용한 기간이 2년 미만인 상태에서 매각ㆍ증여하거나 다른 용도로 사용하는 경우(제2호)”에 감면된 취득세를 추징하도록 규정하고 있다. 조세법률주의의 원칙상 과세요건이거나 비과세요건 또는 조세감면요건을 막론하고 조세법규의 해석은 특별한 사정이 없는 한 법문대로 해석할 것이고 합리적 이유 없이 확장해석하거나 유추해석하는 것은 허용되지 아니하며, 특히 감면요건 규정 가운데에 명백히 특혜규정이라고 볼 수 있는 것은 엄격하게 해석하는 것이 조세공평의 원칙에도 부합한다 할 것(대법원 2003.1.24. 선고 2002두9537 판결, 같은 뜻임)이고, 「지방세특례제한법」 제19조 제1항의 “설치·운영하기 위하여”에 대하여 대법원은 그 부동산을 취득한 소유자가 그 부동산을 영유아어린이집의 설치ㆍ운영의 용도로 사용하는 것을 의미한다고 봄이 타당하며(대법원 2019.5.30. 선고 2019두34968 판결, 같은 뜻임), 그에 따라 사업주가 공동으로 설치ㆍ운영하는 직장어린이집의 경우에는 소유자가 해당 부동산을 해당 용도로 ‘직접 사용’하는 경우에 해당한다고 볼 수 없다(대법원 2022.5.26. 선고 2022두34951 판결, 같은 뜻임)고 판시하였다. 법제처 또한 「영유아보육법」 제14조 제1항에 따라 사업주가 직장 어린이집을 설치한 경우에는 그 사업주가 해당 부동산을 자신의 명의로 취득하여 어린이집을 설치하였을 뿐만 아니라 사업주 스스로 그 부동산을 어린이집으로 운영하여야만 취득세가 면제되고, 이 경우 운영은 「지방세특례제한법」 제2조 제1항 제8호에 따라 ‘직접 사용’하는 경우를 의미(법제처 21-0469, 2021.10.18., 같은 뜻임)한다고 해석하고 있다. 따라서 청구법인이 이 건 어린이집을 위탁 운영한 것은 「지방세특례제한법」 제178조 제1호의 추징사유에 해당한다고 보는 것이 타당하므로 처분청이 쟁점부동산에 대해 기 감면한 취득세 등을 추징한 처분은 달리 잘못이 없다고 판단된다. 3. 심리 및 판단 가. 쟁점 직장어린이집을 설치하기 위하여 취득한 쟁점부동산이 「지방세특례제한법」 제19조 제1항에 따른 감면대상에 해당한다는 청구주장의 당부 나. 관련 법령 : ＜별지＞ 기재 다. 사실관계 및 판단 (1) 청구법인과 처분청이 제출한 심리자료에 의하면 다음과 같은 사실이 나타난다. (가) 이 건 어린이집 인가증에 의하면, 청구법인은 2019.4.1. 이 건 어린이집의 명칭은 OOO 어린이집, 종류는 직장, 보육정원은 30명, 법인ㆍ단체명은 학교법인 OOO, 대표자 성명은 OOO 대표로 하여 처분청으로부터 어린이집 인가를 받은 것으로 나타난다. (나) 이 건 건축물의 일반건축물대장(갑)을 살펴보면, 청구법인은 2014.11.6. 건축허가를 득한 후 2014.12.1.을 착공일로 하여 2018.12.27. 사용승인을 받은 것으로 나타난다. (다) 청구법인은 2019.1.10. OOO보육재단과 이 건 어린이집의 운영위탁계약을 체결하였고, 그 내용은 아래 ＜표1＞에 기재된 바와 같다. ＜표1＞ 이 건 어린이집 운영위탁계약서 중 일부 발췌

제1장 총칙 제1조(목적) 이 계약은 위탁자가 수탁자에게 영유아보육법 제24조에 의거 직장근로자의 육아부담을 해소하고 일과 가정의 양립을 지원하고자 설치한 OOO 어린이집의 운영에 필요한 사항을 규정함을 목적으로 한다. 제2조(위탁시설 및 범위) ① 위탁자는 다음 어린이집의 운영을 수탁자에게 위탁한다. 1. 명칭 : OOO 어린이집 2. 소재지: 서울시 은평구 OOO 3. 규모 : 약 330m2 4. 보육정원 : 약 35명 ② 이 계약에 의한 위탁업무의 범위 세부사항은 제2장부터 제6장까지의 세부조항이 정하는 바에 따른다. 제4조(계약기간) ① 계약기간은 계약체결일로부터 운영기간 만료일까지로 한다. 또한 운영기간은 개원일로부터 2022.2.28.까지(약 3년)로 한다. 단, 개원준비기간에 소요되는 비용은 위탁자가 지급한다. ② 위탁자가 계약 만료 3개월 전까지 서면에 의한 해지의사를 밝히지 않으면 동일한 조건으로 1년간 자동연장된다. 향후 순차 연장의 경우에도 그러하다. 제2장 어린이집 교직원 제6조(교직원 임면 및 관리) ③ 원장은 어린이집 종사자의 임면 및 변동이 있을 때에는 그 내용을 10일 이내에 위탁자에 알려야 한다. 제7조(교직원 직무) ① 원장은 어린이집을 대표하고, 시설운영 전반과 종사자의 업무수행을 총괄하는 권한과 책임을 갖는다. ② 보육교사는 영유아의 발달단계에 적절하게 안전, 건강, 영양, 교육서비스를 제공할 책임을 갖는다. ③ 조리원은 영유아의 영양 및 조리 관련 위생관리의 책임을 갖는다. 제3장 어린이집 운영위원회 제11조(운영구성) ① 운영위원회는 다음 각 호의 위원으로 한다. 1. 어린이집 원장 1명 2. 어린이집 교사 1명 3. 학부모 대표 4명 4. 위탁자의 업무담당자 1명 5. 수탁자의 업무담당자 1명 제4장 원아관리 제18조(입소대상 및 순위) ① 어린이집 입소대상은 병원 직원의 자녀로서 만1세부터 만5세까지의 취학전 영유아로 한다. 제5장 재정관리 제30조(운영비 지원) ① 위탁자가 지원하는 보조금을 수령하기 위하여 수탁자는 매월 8일 위탁자에게 서면으로 청구하며, 위탁자는 수탁자의 은행계좌로 매월 급여일 전까지 월별보조금을 현금 지급하기로 한다. (중략) ④ 수탁자는 예산집행과정에서 위탁자로부터 승인받은 예산을 초과하여 집행해야 할 경우에는 사전에 위탁자에게 서면으로 추가예산을 신청하고 승인을 득하여 집행한다. 제32조(예산편성) ① 수탁자는 위탁자의 예산지침이 시달된 날부터 2주 이내에 어린이집 운영 예산안을 편성하여 제출하고, 위탁자는 수탁자가 제출한 예산안을 승인 또는 조정하여 확정한다. ② 예산확정이 불가피하게 지연될 경우 어린이집은 경상경비를 전년도에 준하여 집행하고 위탁자와 추후에 협의절차를 거친다. 제6장 관리 및 감독 제35조(관리 및 감독) ① 위탁자는 어린이집 운영에 대하여 매년 1회 정기 감사 및 필요시 수시감사를 할 수 있으며, 어린이집 원장은 이에 협조하여야 한다. ② 제1항에 의한 지도 감독결과, 관련 법령의 위반 또는 운영상 문제가 발생하였을 경우에는 관련 종사자의 해임 등의 조치를 요구할 수 있으며, 요구일로부터 15일 이내에 결과를 서면으로 위탁자에 제출하여야 한다.

(라) 2022년도 시행 지방세특례제한법 및 하위법령 개정내용(적용요령)을 살펴보면, 유치원등을 취득한 자가 해당 유치원등의 용도로 직접 사용하는 경우에 한해 감면을 적용토록 감면대상을 명확화하기 위한 것으로 기재되어 있다. (마) 2023년도 시행 지방세특례제한법령 개정내용(적용요령)을 살펴보면, 직장어린이집을 위탁운영하는 경우에도 취득세 감면을 적용받을 수 있도록 감면대상에 포함하되, 직접 사용하는 경우와는 차등을 두어 50% 감면율을 적용하는 것으로 하도록 기재되어 있다. (2) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 살피건대, 처분청은 청구법인이 이 건 어린이집을 위탁 운영하는 경우에는 청구법인이 쟁점부동산을 해당 용도로 직접 사용한 것으로 볼 수 없으므로, 「지방세특례제한법」 제19조 제1항에 따른 감면대상에 해당하지 않는다는 의견이나, 「지방세특례제한법」 제19조 제1항이 취득세 면제대상으로 규정하고 있는 ‘「영유아보육법」에 따른 어린이집으로 직접 사용하는 자’라 함은 「영유아보육법」이 정하는 바에 따라 적법한 인가를 받은 자를 의미한다고 보아야 할 것(조심 2023지4412, 2024.5.9., 같은 뜻임)이고, 이 건과 같이 청구법인이 처분청으로부터 「영유아보육법」에 따라 적법하게 어린이집 인가를 받아 「영유아보육법」이 정한 모든 법률상 책임을 직접 부담하고 쟁점부동산에서 이 건 어린이집을 운영한다면, 청구법인은 쟁점부동산을 해당 목적으로 직접 사용하는 자에 해당한다고 보는 것이 타당하다고 할 것인 점, 청구법인은 이 건 어린이집을 운영함에 있어 어린이집 인가, 정부보조금 신청, 채권관리 등 어린이집 설치 및 운영관리를 위한 제반사항에 대하여 권리 및 책임을 지니고 있는 반면, OOO보육재단은 「영유아보육법」에 따른 어린이집 인가를 받은 사실이 없으므로 이 건 어린이집의 운영에 관하여 법률상 직접적인 책임을 부담하지 아니한 점 등에 비추어 청구법인이 쟁점부동산을 해당 용도로 직접 사용한 것에 해당하지 않는다고 보아 기 감면한 취득세 등을 추징한 이 건 처분은 잘못이 있는 것으로 판단된다. 4. 결 론 이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 있으므로 「지방세기본법」제96조 제7항, 「국세기본법」제80조의2 및 제65조 제1항 제3호에 의하여 주문과 같이 결정한다. ＜별지＞ 관련 법령 (1) 지방세특례제한법(2018.3.20. 법률 제15523호로 개정된 것) 제2조(정의) ① 이 법에서 사용하는 용어의 뜻은 다음과 같다. 8. “직접 사용”이란 부동산ㆍ차량ㆍ건설기계ㆍ선박ㆍ항공기 등의 소유자가 해당 부동산ㆍ차량ㆍ건설기계ㆍ선박ㆍ항공기 등을 사업 또는 업무의 목적이나 용도에 맞게 사용하는 것을 말한다. 제19조(어린이집 및 유치원에 대한 감면) ① 「영유아보육법」에 따른 어린이집 및 「유아교육법」에 따른 유치원(이하 이 조에서 “유치원등”이라 한다)을 설치ㆍ운영하기 위하여 취득하는 부동산에 대해서는 취득세를 2018년 12월 31일까지 면제한다. ② 다음 각 호의 부동산에 대해서는 재산세(「지방세법」 제112조에 따른 부과액을 포함한다)를 2018년 12월 31일까지 면제한다. 1. 해당 부동산 소유자가 과세기준일 현재 유치원등에 직접 사용하는 부동산 2. 과세기준일 현재 유치원등에 사용하는 부동산으로서 해당 부동산 소유자와 사용자의 관계 등을 고려하여 대통령령으로 정하는 부동산 제178조(감면된 취득세의 추징) 부동산에 대한 감면을 적용할 때 이 법에서 특별히 규정한 경우를 제외하고는 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우 그 해당 부분에 대해서는 감면된 취득세를 추징한다. 1. 정당한 사유 없이 그 취득일부터 1년이 경과할 때까지 해당 용도로 직접 사용하지 아니하는 경우 2. 해당 용도로 직접 사용한 기간이 2년 미만인 상태에서 매각ㆍ증여하거나 다른 용도로 사용하는 경우 (2) 지방세특례제한법(2023.3.14. 법률 제19232호로 일부 개정된 것) 제19조(어린이집 및 유치원에 대한 감면) ① 「영유아보육법」에 따른 어린이집 및 「유아교육법」에 따른 유치원(이하 이 조에서 “유치원등”이라 한다)으로 직접 사용하기 위하여 취득하는 부동산에 대해서는 취득세를 2024년 12월 31일까지 면제하고, 「영유아보육법」 제14조에 따라 직장어린이집을 설치하여야 하는 사업주가 같은 법 제24조제3항에 따라 법인ㆍ단체 또는 개인에게 위탁하여 운영하기 위하여 취득하는 부동산에 대해서는 취득세의 100분의 50을 2024년 12월 31일까지 경감한다. (3) 지방세특례제한법 시행령(2017. 2.29. 대통령령 제28525호로 일부개정되기 전의 것) 제8조의3(영유아어린이집 등에 사용하는 부동산의 범위) 법 제19조 제2항 제2호에서 “대통령령으로 정하는 부동산”이란 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 부동산을 말한다. 1. 해당 부동산의 소유자가 해당 부동산을 영유아어린이집 또는 유치원으로 사용하는 자(이하 “사용자”라 한다)의 배우자 또는 직계혈족으로서 그 운영에 직접 종사하는 경우의 해당 부동산 2. 해당 부동산의 사용자가 그 배우자 또는 직계혈족과 공동으로 해당 부동산을 소유하는 경우의 해당 부동산 3. 해당 부동산의 소유자가 종교단체이면서 사용자가 해당 종교단체의 대표자이거나 종교법인인 경우의 해당 부동산 4. 「영유아보육법」 제14조제1항에 따라 사업주가 공동으로 설치ㆍ운영하는 직장어린이집 또는 같은 법 제24조제3항에 따라 법인ㆍ단체 또는 개인에게 위탁하여 운영하는 직장어린이집의 경우 해당 부동산 (4) 영유아보육법 제10조(어린이집의 종류) 어린이집의 종류는 다음 각 호와 같다. 4. 직장어린이집 : 사업주가 사업장의 근로자를 위하여 설치ㆍ운영하는 어린이집(국가나 지방자치단체의 장이 소속 공무원 및 국가나 지방자치단체의 장과 근로계약을 체결한 자로서 공무원이 아닌 자를 위하여 설치ㆍ운영하는 어린이집을 포함한다) 제14조(직장어린이집의 설치 등) ① 대통령령으로 정하는 일정 규모 이상의 사업장의 사업주는 직장어린이집을 설치하여야 한다. 다만, 사업장의 사업주가 직장어린이집을 단독으로 설치할 수 없을 때에는 사업주 공동으로 직장어린이집을 설치ㆍ운영하거나, 지역의 어린이집과 위탁계약을 맺어 근로자 자녀의 보육을 지원(이하 이 조에서 "위탁보육"이라 한다)하여야 한다. ② 제1항 단서에 따라 사업장의 사업주가 위탁보육을 하는 경우에는 사업장 내 보육대상이 되는 근로자 자녀 중에서 위탁보육을 받는 근로자 자녀가 보건복지부령으로 정하는 일정 비율 이상이 되도록 하여야 한다. ③ 제1항에 따른 어린이집의 설치 및 위탁보육에 필요한 사항은 보건복지부령으로 정한다. (5) 영유아보육법 시행령 제20조(직장어린이집의 설치) ① 법 제14조 제1항에 따라 사업주가 직장어린이집을 설치하여야 하는 사업장은 상시 여성근로자 300명 이상 또는 상시근로자 500명 이상을 고용하고 있는 사업장으로 한다. ② 제1항을 적용하는 경우 둘 이상의 국가행정기관이 청사를 공동으로 사용하면 이를 하나의 사업장으로 본다. ③ 제2항에 따라 직장어린이집을 설치하여야 하는 경우 그 설치ㆍ관리를 주관하는 기관은 다음 각 호의 순서에 따른다. 다만, 청사를 공동으로 사용하는 기관 간의 협의를 통하여 달리 정할 수 있다. 1. 청사를 관리하는 기관(청사가 국유재산이 아닌 경우에는 청사의 주된 기능과 관련이 있는 기관) 2. 보육 수요가 가장 많은 기관 ④ 제2항 및 제3항에 따라 설치되는 직장어린이집의 운영에 필요한 비용은 그 어린이집을 이용하는 영유아의 수에 비례하여 각 기관이 부담한다. 다만, 부득이한 사유로 비용 분담을 조정할 필요가 있는 경우에는 설치ㆍ관리를 주관하는 기관과 이용 기관이 협의하여 정한다. ⑤ 제1항 및 제2항에 따른 사업장 외의 사업주는 필요한 경우에는 사업장 근로자의 자녀를 보육하기 위한 직장어린이집을 설치할 수 있다. 제25조(사업주의 비용 부담) 법 제14조 제1항에 따라 직장어린이집을 설치(둘 이상의 사업주가 공동으로 직장어린이집을 설치하는 경우를 포함한다)하거나, 지역의 어린이집과 위탁계약을 맺은 사업주는 법 제37조에 따라 그 어린이집의 운영 및 수탁 보육 중인 영유아의 보육에 필요한 비용의 100분의 50 이상을 부담하여야 한다.