이유
1. 처분개요

가. 청구법인은 2019.11.18. 주식회사 A(이하 “이 건 법인”이라 한다)의 발행주식 전부(99,900주)를 취득하여 이 건 법인의 100% 과점주주가 되었다고 보아 2018.12.31. 현재 이 건 법인의 취득세 과세대상물건(토지, 건축물, 차량운반구)의 장부가액 OOO원을 과세표준으로 하여 산출한 취득세 등 OOO원을 신고·납부한 후 2020.2.8. 이 건 법인을 합병하였다.

나. 처분청은 청구법인이 이 건 법인을 합병하였음에도 그에 따른 취득세 등을 신고 납부하지 않았다고 보아, 2024.3.15. 청구법인에게 청구법인이 합병으로 취득한 부산광역시 OOO 외 4필지 토지 9,848㎡(이하 “이 건 토지”라 한다)의 시가표준액 OOO원을 과세표준으로 하여 산출한 취득세 OOO원, 지방교육세 OOO원 합계 OOO원(이하 “이 건 취득세 등”이라 한다)을 부과·고지하였다.

다. 청구법인은 이에 불복하여 2024.5.24. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구법인 주장 및 처분청 의견

가. 청구법인 주장

(1) 청구법인은 2019.11.18. 이 건 법인의 발행주식 전부를 취득하여 100% 과점주주가 되어 이 건 법인의 취득세 과세대상 물건을 취득한 것으로 하여 그 취득세 등을 신고· 납부하였음에도 그 후 이 건 법인을 합병하였다고 하여 취득세 등을 부과하는 것은 사실상 이중과세이다.

(2) 조세심판원은 특정법인이 과점주주가 되는 방법으로 주식발행법인의 자산 전부를 취득하여 취득세 등을 납부한 후 주식발행법인을 합병한 경우에는 주식발행법인이 소유하는 부동산 등에 대해 합병에 따른 취득세 등을 부과하는 것은 이중과세에 해당한다는 취지로 결정 (조심 2019지3829, 2023.10.19.)하였고, 대법원도 같은 취지의 판결(대법원 2009.4.23. 선고 2006다81257 판결)을 하고 있음을 볼 때, 청구법인이 100% 과점주주에 따른 취득세 등을 납부한 이 건 토지에 대하여 다시 합병에 따른 취득세 등을 부과하는 것은 이중과세이므로 이 건 취득세 등은 취소되어야 한다.

나. 처분청 의견

(1) 과점주주에 대한 취득세는 실제로 해당 법인의 자산을 취득하지 않았으나 주식을 취득함으로서 해당 법인의 자산을 처분하거나 관리·운용할 수 있는 지위를 취득한 것으로 보고, 그 주식 비율에 상당하는 만큼의 자산을 취득한 것으로 의제하여 과세하는 것이고, 법인합병에 따른 취득세는 합병법인이 피합병법인으로부터 자산양도(현물출자)를 받아 그 자산의 완전한 소유권을 취득함에 따라 과세하는 것으로 과점주주의 취득세와 합병에 따른 취득세는 취득의 시기에 따라 독립적으로 성립한 별개의 취득행위로써 납세의무도 각각 따로 성립하는 것으로 보아야 할 것(조심 2014지339, 2014.5.13.)이므로 이 건 취득세 등의 부과처분이 이중과세에 해당한다는 청구주장은 받아들일 수 없다.

(2) 청구법인이 제시한 조세심판원 심판결정 사례(조심 2019지3829, 2023.10.19.)의 근거가 된 대법원 판례(대법원 2009.4.23. 선고 2006다81257 판결)는 합병이 아닌 사업양수도 방식으로 자산을 특정 승계한 경우로 합병 등과 같이 포괄적 승계가 인정되지 않고 특정승계의 방법에 의하여 재산의 종류에 따라 개별적으로 이전행위를 하는 것이므로 법인의 합병에 따라 부과한 이 건 취득세 등에 그대로 적용하기는 어렵다 할 것이다(대법원 1991.10.8. 선고 91다22018 판결).

3. 심리 및 판단

가. 쟁점

법인의 주식을 전부 취득하고 과점주주 취득세를 납부한 후 해당 법인을 합병한 경우 취득세 납세의무가 성립하는지 여부

나. 관련 법령 : ＜별지＞ 기재

다. 사실관계 및 판단

(1) 청구법인과 처분청이 제출한 심리자료에 의하면 다음과 같은 사실이 나타난다.

(가) 청구법인은 2019.11.18. 이 건 법인의 발행주식(99,900주) 전부를 OOO원(1주당 OOO원)에 취득한 후, 이 건 법인의 100% 과점주주가 되었다고 보아 이 건 법인의 취득세 과세대상물건(토지, 건축물, 차량운반구)의 장부가액 OOO원을 과세표준으로 하여 산출한 취득세 등 OOO원을 신고·납부하고, 2020.2.8. 이 건 법인을 합병하였다.

(나) 처분청은 청구법인이 2020.2.8. 이 건 법인을 합병하였음에도 합병에 따른 취득세 등을 신고·납부하지 않았다고 보아 2024.3.15. 청구법인에게 이 건 토지(부산광역시 OOO 외)의 시가표준액 OOO원을 과세표준으로 하여 산출한 취득세 등 OOO원을 부과·고지하였다.

(2)「지방세법」제7조 제5항 및 같은 법 시행령 제11조 제1항에서 법인의 과점주주가 아닌 주주가 다른 주주의 주식을 취득하여 최초로 과점주주가 된 경우에는 최초로 과점주주가 된 날 현재 해당 과점주주가 소유하고 있는 법인의 주식 등을 모두 취득한 것으로 보아 취득세를 부과한다고 규정하고 있다.

또한, 같은 법 제15조 제1항 제3호에서「법인세법」제44조 제2항 또는 제3항에 해당하는 법인의 합병으로 인한 취득의 경우에는 표준세율(1천분의 40)에서 중과기준세율(1천분의 20)을 뺀 세율로 산출한 금액을 취득세로 한다고 규정하고 있다.

(3) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 살피건대, 법인의 과점주주가 되면 그 법인의 취득세 과세대상물건을 임의로 처분하거나 관리·운용할 수 있게 되므로 과점주주 취득세를 부과하는 것인바, 이는 과점주주가 그 법인의 취득세 과세대상물건을 사실상 취득하였다는 것을 전제로 하는 것인 점,

청구법인은 2019.11.18. 이 건 법인의 발행주식(99,900주) 100%를 취득하였으므로 이 때 청구법인이 이 건 법인의 취득세 과세대상물건도 함께 취득하였다고 보는 것이 타당한 점,

청구법인은 과점주주의 지위에서 2020.2.8. 이 건 법인을 합병하였으므로 이 건 토지는 이미 청구법인의 소유가 된 상태에서 합병이 이루어진 것으로 볼 수 있는 점 등에 비추어 처분청이 이미 청구법인의 소유인 이 건 토지를 청구법인이 합병을 통하여 다시 취득하였다고 보아 이 건 취득세 등을 부과한 처분은 잘못이 있다고 판단된다(대법원 2009.4.23. 선고 2006다81257 판결, 조심 2010지691, 2011.9.29. 등 다수, 같은 뜻임).

4. 결 론

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 있으므로「지방세기본법」제96조 제6항,「국세기본법」제81조, 제65조 제1항 제3호에 의하여 주문과 같이 결정한다.

＜별지＞ 관련 법령

(1) 지방세기본법(2020.1.1. 법률 제16854호로 개정된 것)

제46조[출자자의 제2차 납세의무] 법인(주식을「자본시장과 금융투자업에 관한 법률」에 따른 증권시장으로서 대통령령으로 정하는 증권시장에 상장한 법인은 제외한다)의 재산으로 그 법인에 부과되거나 그 법인이 납부할 지방자치단체의 징수금에 충당하여도 부족한 경우에는 그 지방자치단체의 징수금의 과세기준일 또는 납세의무성립일(이에 관한 규정이 없는 세목의 경우에는 납기개시일) 현재 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 자는 그 부족액에 대하여 제2차 납세의무를 진다. 다만, 제2호에 따른 과점주주의 경우에는 그 부족액을 그 법인의 발행주식총수(의결권이 없는 주식은 제외한다. 이하 이 조에서 같다)또는 출자총액으로 나눈 금액에 해당 과점주주가 실질적으로 권리를 행사하는 소유주식수(의결권이 없는 주식은 제외한다) 또는 출자액을 곱하여 산출한 금액을 한도로 한다.

2. 주주 또는 유한책임사원 1명과 그의 툭수관계인 중 대통령령으로 정하는 자로서 그들의 소유주식의 합계 또는 출자액의 합계가 해당 법인의 발행주식 총수 또는 출자총액의 100분의 50을 초과하면서 그에 관한 권리를 실질적으로 행사하는 자들(이하 ”과점주주“라 한다)

(2) 지방세법(2020.1.1. 법률 제16855호로 개정된 것)

제7조[납세의무자 등] ⑤ 법인의 주식 또는 지분을 취득함으로써 「지방세기본법」제46조제2호에 따른 과점주주(이하 “과점주주”라 한다)가 되었을 때에는 그 과점주주가 해당 법인의 부동산등(법인이 「신탁법」에 따라 신탁한 재산으로서 수탁자 명의로 등기·등록이 되어 있는 부동산등을 포함한다)을 취득(법인설립 시에 발행하는 주식 또는 지분을 취득함으로써 과점주주가 된 경우에는 취득으로 보지 아니한다)한 것으로 본다. 이 경우 과점주주의 연대납세의무에 관하여는 「지방세기본법」제44조를 준용한다.

제10조[과세표준] ④ 제7조 제5항 본문에 따라 과점주주가 취득한 것으로 보는 해당 법인의 부동산등에 대한 과세표준은 그 부동산등의 총가액을 그 법인의 주식 또는 출자의 총수로 나눈 가액에 과점주주가 취득한 주식 또는 출자의 수를 곱한 금액으로 한다. 이 경우 과점주주는 조례로 정하는 바에 따라 과세표준 및 그 밖에 필요한 사항을 신고하여야 하되, 신고 또는 신고가액의 표시가 없거나 신고가액이 과세표준보다 적을 때에는 지방자치단체의 장이 해당 법인의 결산서 및 그 밖의 장부 등에 따른 취득세 과세대상 자산총액을 기초로 전단의 계산방법으로 산출한 금액을 과세표준으로 한다.

제15조[세율의 특례] ① 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 취득에 대한 취득세는 제11조 및 제12조에 따른 세율에서 중과기준세율을 뺀 세율로 산출한 금액을 그 세액으로 하되, 제11조 제1항 제8호에 따른 주택의 취득에 대한 취득세는 해당 세율에 100분의 50을 곱한 세율을 적용하여 산출한 금액을 그 세액으로 한다. 다만, 취득물건이 제13조제2항에 해당하는 경우에는 이 항 각 호 외의 부분 본문의 계산방법으로 산출한 세율의 100분이 300을 적용한다.

3.「법인세법」제44조 제2항 또는 제3항에 해당하는 법인의 합병으로 인한 취득. 다만, 법인의 합병으로 인하여 취득한 과세물건이 합병 후에 제16조에 따른 과세물건에 해당하게 되는 경우 또는 합병등기일부터 3년 이내에「법인세법」제44조의3 제3항 각 호의 어느 하나에 해당하는 사유가 발생하는 경우(같은 항 각 호 외의 부분 단서에 해당하는 경우는 제외한다)에는 그러하지 아니하다.

② 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 취득에 대한 취득세는 중과기준세율을 적용하여 계산한 금액을 그 세액으로 한다. (단서 생략)

3. 제7조 제5항에 따른 과점주주의 취득. 이 경우 과세표준은 제10조 제4항에 따른다.

(3) 지방세법 시행령 (2020.1.16. 대통령령 제30318호로 개정된 것)

제11조[과점주주의 취득 등] ① 법인의 과점주주(「지방세기본법」제46조 제2호에 따른 과점주주를 말한다. 이하 같다)가 아닌 주주 또는 유한책임사원이 다른 주주 또는 유한책임사원의 주식 또는 지분(이하 ”주식등“이라 한다)을 취득하거나 증자 등으로 최초로 과점주주가 된 경우에는 최초로 과점주주가 된 날 현재 해당 과점주주가 소유하고 있는 법인의 주식등을 모두 취득한 것으로 보아 법 제7조 제5항에 따라 취득세를 부과한다.