이유
1. 처분개요

가. 청구법인은 2000.2.19. 설립되어 울산광역시 OOO에서 선용품 공급 및 부동산 임대업을 영위하는 법인이다.

나. 청구법인은 2015.5.22. A 주식회사(이하 “A”라 한다)와 울산광역시 OOO 외 2필지 지상에 청구법인의 사옥 및 오피스텔(이하 “쟁점건물”이라 한다)을 신축하기로 하는 공사도급계약[도급금액 OOO원(부가가치세 포함), 이하 “쟁점공사계약”이라 한다)을 체결한 후, 2016.1.6. 1차 변경계약[도급금액 OOO원(부가가치세 포함)], 2016.12.26. 2차 변경계약[도급금액 OOO원(부가가치세 포함)]을 체결하였다.

다. A는 2017.1.6. 쟁점건물의 골조공사를 완성한 후, 2017.2.16. 쟁점건물의 승강기 사용검사를 받았고, 2017.5.23. 울산광역시 동구청장으로부터 쟁점건물에 관한 사용승인을 받았다.

라. A는 쟁점건물의 신축공사가 완료되었음에도 청구법인이 공사대금 잔금을 지급하지 아니하자 2017.7.23. 청구법인을 상대로 공사대금 청구소송OOO을 제기하였고, 2심 법원인 부산고등법원은 2021.1.21. 청구법인이 A에게 미지급한 공사대금 OOO원에서 하자보수에 갈음하는 손해배상청구권 OOO원(이하 “쟁점하자보수손해배상금”이라 한다)과 소송 중 지급액 가운데 원금충당액 OOO원을 차감한 OOO원과 그에 상응하는 이자를 지급하라고 판결(부산고등법원 OOO, 공사대금, 확정판결로 이하 “쟁점판결”이라 한다)하였다.

마. 처분청은 이에 따라 쟁점하자보수손해배상금 관련 과세자료에 대한 서면확인(이하 “쟁점서면확인”이라 한다)을 실시하면서 2024.5.9. 청구법인에게 2021사업연도 법인세 신고시 익금산입 여부에 대한 해명자료 안내문을 발송하였고, 청구법인은 2024.5.17.과 2024.6.21., 2024.6.28. 세 차례에 걸쳐 해명자료를 이메일로 제출하였으며, 처분청은 청구법인이 제출한 해명자료를 검토한 후 ‘추가적인 사실관계 등 확인이 필요하여 조사대상으로 선정하였고, 서면확인은 종결되었음’을 기재한 해명자료 검토결과 안내문을 2024.7.4. 청구법인에게 발송하였다.

바. 처분청은 2024.8.6.부터 2024.8.25.까지 청구법인의 2021사업연도에 대한 법인세 부분조사를 실시하여 청구법인이 2021사업연도 법인세 신고시 쟁점하자보수손해배상금을 법인소득금액 계산상 익금에 산입하지 아니한 것을 확인한 후, 이를 익금에 산입하고 이월결손금 공제하여 법인세 과세표준 및 세액을 경정(과세표준 ‘0원’, 고지세액 ‘0원’)하는 것으로 조사를 종결하였다.

사. 처분청은 2024.12.31. 청구법인에게 쟁점조사 결과에 따른 법인세 과세표준 및 세액 경정내역(사업연도 소득금액 OOO원 증가, 과세표준 ‘0’원, 고지세액 ‘0’원)을 통지하였다.

아. 청구법인은 이에 불복하여 2025.3.20. 이의신청을 2025.6.17. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구법인 주장 및 처분청 의견

가. 청구법인 주장

(1) 공사대금을 확정하는 쟁점판결에서 하자로 인해 공사대금에서 차감한 하자보수에 갈음하는 쟁점하자보수손해배상금은 익금산입 대상이 아니다.

쟁점판결에서 원고인 A과 피고인 청구법인은 쟁점건물 신축과 관련하여 용역의 범위와 공급대가에 대하여 다툼을 벌여 확정판결을 받았는바, 하자보수에 갈음하는 손해배상권으로서 쟁점하자보수손해배상금을 공급대가에서 차감한 것은「부가가치세법」제29조 제5항 제1호에 따른 것으로 쟁점건물 신축공사는 불완전한 용역제공(하자)이 존재하였고, 이에 따라 공사(품질)하자에 따른 금액, 즉 에누리 되어야 할 금액이 OOO원(쟁점하자보수손해배상금)이므로 이를 공사대금에서 직접 감액하라는 판결이다.

이는 용역(공사)의 하자(품질)에 관한 공급조건이 원인이 되어 공급가액에서 차감되는 금액으로서 거래상대방으로부터 실제로 받은 금액이 아니므로 공급가액에서 제외되어야 한다(대법원 2013.4.11. 선고 2011두8178판결, 대법원 2015.12.23. 선고 2013두19615판결 등 참조).

한편, 쟁점판결 관련 민사소송에서 하자보수비용이라는 표현이 사용된 것은 청구법인이 쟁점건물에 대하여 하자보수비용으로 OOO원(쟁점하자보수손해배상금)을 직접 지출하였음을 사유로 공사대금에서 차감하는 것이 아니라, 쟁점건물을 신축하는 과정에서 설계도면과 공사계약내용에 따라 적합하지 않게 시공된 부분에 대한 흠결, 즉 A가 쟁점건물을 신축하면서 하자(품질)를 발생시킨 것과 관련된 것임에도 처분청은 쟁점판결문에서 하자보수비용이라는 표현을 사용함으로써 청구법인이 하자보수비용을 부담하였고 그로 말미암아 A가 이를 부담케 한 것으로 오해를 불러일으키고 있으나, 이는 사실오인으로써 처분청이 하자보수에 갈음하는 쟁점하자보수손해배상금을 별도의 행위와 관련된 것으로 보아 청구법인의 법인소득금액 계산상 익금에 산입한 것은 위법·부당하다.

(2) 처분청의 해명자료 서면확인이 세무조사에 해당하므로, 이후 이루어진 후속 법인세 부분조사는「국세기본법」제81조의4 제2항의 금지되는 재조사에 해당하므로 이 건 법인소득금액 경정처분은 부당하다.

처분청은 2024.5.13. 청구법인에게「법인세법」제122조(질문·조사)의 규정에 근거하여 쟁점하자보수손해배상금의 익금산입 여부를 확인하기 위해 해명자료 제출 안내를 하였고, 청구법인은 2024.5.17. 처분청의 조사담당자에게 쟁점하자보수손해배상금 관련 자료를 이메일로 송부하였고, 2024.6.21. 쟁점하자보수손해배상금 관련 의견서를 이메일로 송부하였으며, 2024.6.28. 오전 10시경 청구법인의 대표이사와 세무대리인이 처분청의 별관 조사관실에 방문하여 조사담당자의 질문에 성실하게 설명한 후, 관련 서류를 조사 당일 이메일로 제출하였는바, 처분청은 이에 대하여 청구법인의 대표이사 및 세무대리인에게 질문조사권을 행사한 사실이 없고, 단지 청구법인이 이메일로 제출하지 못한 서류를 직접 제출하기 위해 임의방문하였다고 주장하나 이는 사실을 왜곡하는 것으로 처분청의 별관 조사관실의 방문은 조사담당자와의 사전약속에 의하여 이루어진 것이고, 방문 후 질문조사에 응하여 답을 하고 그에 따른 자료를 이메일로 추가로 제출한 것이다.

이후 처분청은 2024.7.12. 청구법인에게 해명자료 내용을 검토한바, 추가적인 사실관계 등 확인이 필요하여 조사대상으로 선정하고 서면확인이 종결되었다는 내용의 해명자료 검토결과 안내문OOO을 통지하였다.

또한, 처분청은 2024.8.6.부터 2024.8.25.까지 청구법인에 대하여 쟁점하자보수손해배상금의 익금산입 관련 사항은「국세기본법」제81조의6 제3항 제4호 규정에 따라 신고내용에 탈루나 오류의 혐의를 인정할 만한 명백한 자료가 있는 경우에 해당하는 것이라고 조사사유를 명시하여 부분 세무조사(쟁점조사)를 실시하였다.

세무조사는 국가의 과세권을 실현하기 위한 행정조사의 일종으로서 국세의 과세표준과 세액을 결정 또는 경정하기 위하여 질문을 하고 장부·서류 그 밖의 물건을 검사·조사 하거나 그 제출을 명하는 일체의 행위를 말하는 것으로, 처분청의 위 해명자료 제출 관련 질문조사 행위는 실질적으로 과세표준과 세액을 결정 또는 경정하기 위한 것으로서 상당한 시일에 걸쳐 질문하거나 일정한 기간 동안 납세자와 처분청의 조사관실에서 접촉하고, 장부·서류 등을 검사·조사한 것이므로 이는 명백하게 세무조사에 해당되는 것으로 보이며, 특히 동일 과세요건사실(쟁점하자보수손해배상금의 익금산입 여부)에 대하여 탈루나 오류 혐의를 인정할만한 명백한 자료로 판단하였으면 해명자료 제출시 제출된 자료를 근거로 과세하면 될 것이지, 후속 법인세 부분조사를 실시하여 조사담당자가 과세자료 해명시 소명받은 것 이외에 추가적으로 사실관계를 확인한 내용이 없고, 과세자료 해명시 제출한 자료를 재차 요구하여 제출을 받았는바, 후속 법인세 부분조사는 납세자의 영업의 자유 등을 침해하거나 세무조사권이 남용된 위법한 재조사에 해당되는 것이므로(서울고등법원 2022.7.8. 선고 2021누43486 판결 참조) 이 건 법인소득금액 경정처분은 부당하다.

나. 처분청 의견

(1) 쟁점판결에서 법원은 공사금액(실비 정산 추가금액 포함)과 하자보수에 따른 손해배상금(쟁점하자보수손해배상금)을 명백하게 나누어 판결하였고, 쟁점하자보수손해배상금은 쟁점건물의 구체적인 하자를 조사하여 금액을 책정한 것으로 이를 하자보수에 따른 손해배상금이 아닌 공사금액의 조정으로 볼 근거는 없고, 국세청은 유권해석(법인 46012-2893, 1996.10.18., 서이46012-11513, 2002.8.13., 법규법인2014-10, 2014.5.9.)에서 손해배상금에 대하여 자산의 차감 항목이 아닌 판결이 확정된 날이 속하는 사업연도의 익금으로 일관되게 보고 있으며, 이는 조세심판원 결정(조심 2019중0379, 2020.4.24.) 내용에도 부합한다.

또한 쟁점하자보수손해배상금은 해당 하자보수에 실제 사용하는 시점에 손금으로 계상하여야 하는 것으로 쟁점건물 가액에서 차감할 사항은 아니므로 청구법인의 주장은 근거가 없는 것이다.

(2) 세무조사와 관련하여 법원은 “세무조사는 국가의 과세권을 실현하기 위한 행정조사의 일종으로서 국세의 과세표준과 세액을 결정 또는 경정하기 위하여 질문을 하고 장부·서류 그 밖의 물건을 검사·조사하거나 그 제출을 명하는 일체의 행위를 말하며, 부과처분을 위한 과세관청의 질문조사권이 행하여지는 세무조사의 경우 납세자 또는 그 납세자와 거래가 있다고 인정되는 자 등(이하 ‘납세자 등’이라 한다)은 세무공무원의 과세자료 수집을 위한 질문에 대답하고 검사를 수인하여야 할 법적의무를 부담한다”고 하면서 “조사행위가 실질적으로 과세표준과 세액을 결정 또는 경정하기 위한 것으로서 납세자등의 사무실·사업장·공장 또는 주소지 등에서 납세자 등을 직접 접촉하여 상당한 시일에 걸쳐 질문하거나 일정한 기간 동안의 장부·서류·물건 등을 검사 조사 하는 경우에는 특별한 사정이 없는 한 재조사가 금지되는 ‘세무조사’로 보아야 할 것이다”고 판시(대법원 2017.3.16. 선고 2014두8360 판결 참조)하였고,

“과세자료의 수집 또는 신고내용의 정확성 검증 등을 위한 과세관청의 모든 조사행위가 재조사가 금지되는 세무조사에 해당한다고 볼 경우에는 과세관청으로서는 단순한 사실관계의 확인만으로 충분한 사안에서 언제나 정식의 세무조사에 착수할 수밖에 없고 납세자 등으로서도 불필요하게 정식의 세무조사에 응하여야 하므로, 납세자 등이 대답하거나 수인할 의무가 없고 납세자의 영업의 자유 등을 침해하거나 세무조사권이 남용될 염려가 없는 조사행위까지 ‘세무조사’에 해당한다고 볼 것은 아니다”고 판시(대법원 2017.3.16. 선고 2014두8360 판결 참조)고 하였으며,

또한 해명자료 제출요구는 그 자체로 금지대상이 되는 중복세무조사에 해당한다고 보기 어렵고(서울고등법원 2016.8.31. 선고 2015누71053 판결,대법원 2017.1.25. 선고 2016두52552 판결 참조), 소명 안내문은 세무조사 여부를 결정하기 위한 전 단계의 단순한 사실확인 행위에 해당될 뿐 중복세무조사금지 규정이 적용되는 세무조사로 보기 어려우며(서울행정법원 2011.7.7. 선고 2010구합46111 판결, 서울고법 2012.2.10. 선고 2011누26307 판결 참조), 서면확인은 납세자에 대한 해명자료 요구·제출이 우편에 의해서만 가능하며 단순 확인 절차로서 국세청 내부지침상 실지조사의 전단계로 판단되어 이를 중복된 세무조사로 보기 어렵다고 판단(인천지방법원 2018.6.14. 선고 2017구합51857 판결 참조)하였다.

이 건에 있어 처분청은 청구법인에게 서면확인 계획에 의거 해명자료 제출요구 안내문 발송하였고, 해명자료 제출요구 안내문에는 단순한 사실확인을 위하여 대면이 아닌 편의상 서면으로 자료제출 요청을 구하는 것이라고 명시되어 있으며, 조사담당자의 서면확인 시에도 모든 진행을 우편 및 전자메일 방식으로 하여 청구법인에게 처분청 방문을 요청한 사실이 없고, 청구법인이 주장하는 2024.6.28.자 방문 역시 이메일로 제출하지 못한 서류를 직접 제출하기 위해 청구법인이 임의 방문하여 서류를 제출하면서 제출한 서류를 확인하는 과정만 진행하였을 뿐 대표자 및 세무대리인에 질문조사권을 행사한 사실이 없었다.

서면확인 과정에서 청구법인은 단순히 전자메일로 자료를 제출하는 등 청구법인의 영업권 등이 침해당한 사실이 없고, 처분청이 청구법인을 방문·대면하여 일정기간 동안 장부, 서류, 물건 등을 검사·조사하거나 상당한 시일에 걸쳐 질문을 하는 등의 절차도 없었던바, 청구법인에 대한 서면확인에는 세무조사라고 볼 만한 실체가 전혀 없었다.

이처럼 청구법인에 대한 서면확인은 세무조사에 해당하지 않으므로 후속 법인세 부분조사가 금지된 재조사에 해당하여 이 건 법인소득 경정처분이 세무조사 절차에 위반되어 부당하다는 청구주장은 타당하지 아니하다.

3. 심리 및 판단

가. 쟁 점

① 쟁점하자보수손해배상금이 공사매출액에서 제외되는 매출에누리(공사감액분)에 해당한다는 청구주장의 당부

② 처분청의 해명자료 서면확인이 세무조사에 해당하므로 후속 법인세 부분조사에 따른 법인소득금액 경정처분이 재조사금지 규정에 위배되어 부당하다는 청구주장의 당부

나. 관련 법령

(1) 법인세법 제15조【익금의 범위】① 익금은 자본 또는 출자의 납입 및 이 법에서 규정하는 것은 제외하고 해당 법인의 순자산(純資産)을 증가시키는 거래로 인하여 발생하는 이익 또는 수입[이하 "수익"(收益)이라 한다]의 금액으로 한다.

③ 수익의 범위 및 구분 등에 필요한 사항은 대통령령으로 정한다.

제48조【자산의 취득가액】① 내국법인이 매입ㆍ제작ㆍ교환 및 증여 등에 의하여 취득한 자산의 취득가액은 다음 각 호의 구분에 따른 금액으로 한다.

1. 타인으로부터 매입한 자산(대통령령으로 정하는 금융자산은 제외한다) : 매입가액에 부대비용을 더한 금액

2. 자기가 제조ㆍ생산 또는 건설하거나 그 밖에 이에 준하는 방법으로 취득한 자산: 제작원가(制作原價)에 부대비용을 더한 금액

3. 그 밖의 자산: 취득 당시의 대통령령으로 정하는 금액

(2) 법인세법 시행령 제11조【수익의 범위】법 제15조 제1항에 따른 이익 또는 수입[이하 "수익"(收益)이라 한다]은 법 및 이 영에서 달리 정하는 것을 제외하고는 다음 각 호의 것을 포함한다.

11. 그 밖의 수익으로서 그 법인에 귀속되었거나 귀속될 금액

제72조【자산의 취득가액 등】② 법 제41조제1항 및 제2항에 따른 자산의 취득가액은 다음 각 호의 금액으로 한다.

1. 타인으로부터 매입한 자산: 매입가액에 취득세(농어촌특별세와 지방교육세를 포함한다), 등록면허세, 그 밖의 부대비용을 가산한 금액[법인이 토지와 그 토지에 정착된 건물 및 그 밖의 구축물 등(이하 이 호에서 "건물등"이라 한다)을 함께 취득하여 토지의 가액과 건물등의 가액의 구분이 불분명한 경우 법 제52조제2항에 따른 시가에 비례하여 안분계산한다]

2. 자기가 제조ㆍ생산ㆍ건설 기타 이에 준하는 방법에 의하여 취득한 자산：원재료비ㆍ노무비ㆍ운임ㆍ하역비ㆍ보험료ㆍ수수료ㆍ공과금(취득세와 등록세를 포함한다)ㆍ설치비 기타 부대비용의 합계액

(3) 국세기본법 제81조의4【세무조사권 남용 금지】② 세무공무원은 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우가 아니면 같은 세목 및 같은 과세기간에 대하여 재조사를 할 수 없다.

1. 조세탈루의 혐의를 인정할 만한 명백한 자료가 있는 경우

2. 거래상대방에 대한 조사가 필요한 경우

3. 2개 이상의 과세기간과 관련하여 잘못이 있는 경우

4. 제65조 제1항 제3호 단서(제66조 제6항과 제80조의2에서 준용하는 경우를 포함한다) 또는 제81조의15 제5항 제2호 단서에 따른 재조사 결정에 따라 조사를 하는 경우(결정서 주문에 기재된 범위의 조사에 한정한다)

5. 납세자가 세무공무원에게 직무와 관련하여 금품을 제공하거나 금품제공을 알선한 경우

6. 제81조의11 제3항에 따른 부분조사를 실시한 후 해당 조사에 포함되지 아니한 부분에 대하여 조사하는 경우

7. 그 밖에 제1호부터 제6호까지와 유사한 경우로서 대통령령으로 정하는 경우

다. 사실관계 및 판단

(1) 국세통합전산망 조회자료와 일반건축물관리대장에 의하여 확인되는 청구법인의 사업자 기본현황과 쟁점건물 주요현황은 아래 ＜표1＞ 및 ＜표2＞와 같은바, 청구법인은 2000.2.19. 개업한 후 현재까지 선용품 도매업과 부동산입대업을 영위하는 것으로 나타나고, 쟁점건물은 지하 2층, 지상 20층 규모의 업무시설로 2015.5.18. 신축허가를 얻어 2015.7.2. 착공된 후, 2017.5.23. 사용승인을 받은 것으로 나타난다.

＜표1＞ 청구법인 사업자 기본현황

OOO

＜표2＞ 집합건축물대장(표제부)

OOO

(2) 청구법인과 쟁점건물 시공사인 A 간에 체결한 쟁점계약와 1차 변경계약, 2차 변경계약의 주요 요약내용은 아래 ＜표3＞과 같은바, 【참고】의 쟁점계약서, 1차 변경·2차 변경 도급계약서의 7. 기성부분금 내용을 보면 완성도기준지급조건부로 용역을 공급하는 것으로 확인되고, 일반전기공사 추가와 실시설계도면 변경에 의한 공사금액 및 공사기간 변경을 이유로 1차 및 2차 변경계약을 체결한 것으로 나타난다.

＜표3＞ 쟁점계약 및 변경계약 요약표

OOO

【참고】도급계약서 주요 내용

① 쟁점계약서(당초) 일부 및 특약사항 제2조

OOO

② 1차 변경계약서의 일부 및 특약사항 제2조

OOO

③ 2차 변경계약서의 일부 및 특약사항 제2조

OOO

(3) 쟁점건물 신축공사 시공사인 A가 청구법인을 상대로 제기한 쟁점계약 관련 공사대금 지급청구소송에 대한 판결(쟁점판결, 부산고등법원 2021.1.21. 선고 OOO 판결, 공사대금, 확정판결) 중 미지금 공사대금 청구에 대한 판단과 하자보수에 갈음하는 손해배상청구권 관련 공제 주장에 대한 판단의 주요 내용은 아래 ＜표4＞와 같은바, 미지급 공사대금 청구에 대한 판단에 따르면, 2차 변경계약의 실비정산방식(공사대금 초과시 실비에 5.5%를 가산)을 인정하여 그에 따라 증가된 공사비를 OOO원(VAT 포함)으로 산정하였고, 이에 따르면 쟁점건물 도급계약 및 2차 변경계약에 따라 청구법인이 A에게 지급하여야 할 총 공사대금은 OOO원(OOO원+OOO원, VAT 포함)이며, 총 공사대금 OOO원에서 기지급한 OOO원(쌍방간 다툼없는 사실임)을 차감한 OOO원(VAT 포함)이 청구법인이 A에 지급하여야 할 미지급 공사대금인 것으로 확인된다.

또한, 피고(청구법인) 주장에 대한 판단 중, 나. 하자보수에 갈음하는 손해배상청구권 관련 공제 주장에 대한 판단을 보면, 피고(청구법인)이 쟁점건물에 하자가 있으므로, 그 하자보수비용인 OOO원을 원고(A)에게 지급하여야 할 미지급 공사대금에서 공제하여야 한다고 주장한데 대하여, 피고(청구법인)의 하자보수에 갈음하는 손해배상청구권 관련 공제 주장은 합계 OOO원의 범위내에서 이유 있다고 판단한 것으로 확인된다.

＜표4＞ 쟁점판결 주요 내용

OOO

또한, 청구법인은 쟁점판결 관련 소송이 진행중이던 2018.11.20. 피고인 A에게 OOO원을 지급하였는바, 법원은 이러한 사실을 감안하여 아래 ＜표5＞의 내용과 같이 피고의 원고에 대한 미지급공사대금채무는 원금 OOO원[OOO원(＜표4＞의 총 미지급대금) - OOO원(＜표4＞의 쟁점하자보수손해배상금)], 이자 OOO원[OOO원 × 0.06 × (486일/365일). 원 미만 버림, 아래 ＜표6＞ 참조]이므로, 위 OOO원은 이자 OOO원에 먼저 변제충당되고, 그 나머지 OOO원(OOO원 - OOO원)이 원금에 충당되므로, 따라서 피고의 원고에 대한 미지급공사대금 채무액은 OOO원(OOO원 - OOO원)이 남게 된다고 판단(＜표7＞ 최종 정리표 참조)하였고, 결국 피고(청구법인)는 원고(A)에게 OOO원 및 이에 대하여 2018.11.21.부터 2021.1.21.까지 연 6%, 그 다음날부터 다 갚는 날까지 연 12%의 각 비율로 계산한 돈을 지급하라’고 주문한 사실 확인된다.

＜표5＞ 최종 미지급 공사대금 채무액 관련 판단 사항

OOO

＜표6＞ 2018.11.20.기준 이자 산출근거 요약

OOO

＜표7＞ 최종 미지급공사대금 채무액 정리표

OOO

(4) 쟁점판결은 피고인 청구법인과 원고인 A이 대법원에 상고하지 않아 확정이 되었고, 동 판결에 따라 확정된 공사대금과 쟁점하자보수손해배상금 내역은 아래 ＜표8＞과 같은바, 지급하여야 할 총 공사비는 2차 변경계약에 따른 공사대금 OOO원에 실비정산방식에 따른 추가공사비 OOO원을 합한 OOO원이고, 쟁점하자보수손해배상금은 OOO원으로 나타난다.

＜표8＞ 판결에 따라 확정된 공사대금과 쟁점하자보수손해배상금

OOO

(5) 국세통합전산망 조회자료와 및 처분청에서 제출한 심리자료 등에 의해 확인되는 쟁점건물 신축 관련 세금계산서 수수내역은 아래 ＜표9＞와 같은바, 2021년분 세금계산서는 2018년 3월 A을 합병한 B(주)(이하 “합병법인”이라 한다)이 쟁점판결일인 2021.2.10.청구법인에게 공급가액 OOO원의 세금계산서를 발행·교부한 것으로 나타난다.

＜표9＞ 쟁점건물 신축 공사 관련 세금계산서 수수내역

OOO

【참고】쟁점판결 당일 발행된 세금계산서

OOO

(6) 처분청은 쟁점판결(2021.2.10.)에 따라 A을 흡수합병(2018년 3월)한 합병법인이 청구법인에게 발급해야 할 세금계산서 가액은 아래 ＜표10＞과 같이 총 발급하여야 할 세금계산서 가액(공급대가 OOO원)에서 쟁점판결 전 발급한 세금계산서 가액(공급대가 OOO원)을 차감한 OOO원이어야 함에도 쟁점하자보수손해배상금(OOO원, VAT 포함)을 차감한 OOO원을 공급대가로 하여 세금계산서를 발급하였으므로, 합병법인이 쟁점하자보수손해배상금 상당액의 세금계산서를 과소발급하였다고 보아 2024.10.18. 합병법인의 본점 사업장 관할인 종로세무서장에게 관련 내용을 과세자료로 통보하였다.

＜표10＞ 처분청 제시, 합병법인의 세금계산서 과소발급 내역

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(7) 청구법인이 제시한 쟁점하자보수손해배상금에 대한 회계처리 내역 등에 의하면, 청구법인은 쟁점건물이 2017.5.23. 사용승인 되었음에도 공사대금 미지급금에 상당하는 건물의 가액을 장부에 계상하지 않고 있다가 2017.12.31. 아래 ＜표11＞과 같이 쟁점건물의 가액을 OOO원 증액처리[(2차 변경 계약금액 OOO원-기지급액 OOO원)÷1.1≒OOO원]하였고, 적요에 ‘감사수정사항’으로 기재하였으며, 이와 관련된 세금계산서 수수내역은 확인되지 아니한다.

＜표11＞ 2017.12.31. 쟁점건물 증액 관련 회계처리 및 원장내역

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(8) 청구법인은 쟁점판결 당일인 2021.2.10. 합병법인으로부터 쟁점판결에 따른 공급가액 OOO원의 세금계산서를 수수한 후, 쟁점건물의 2017.12.31.자 장부가액 증액분이 과다계상 되었다고 보아 2017.12.31.자 건물가액 증액분인 OOO원에서 쟁점판결에 따라 수취한 세금계산서의 공급가액인 OOO원을 차감한 금액인 OOO원을 아래 ＜표12＞와 같이 감액처리하였다.

＜표12＞ 쟁점판결에 따른 쟁점건물 증액분 회계처리 및 원장 내역

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(9) 처분청과 청구법인이 제시한 심리자료에 의하여 확인되는 쟁점하자보수손해배상금 관련 처분청의 서면확인 및 세무조사 내역은 다음과 같다.

(가) 처분청은 쟁점하자보수손해배상금에 대한 서면확인과 관련하여 2024.5.9. 청구법인에게 익금산입 여부에 대한 사실관계 확인을 목적으로 아래 ＜표13＞과 같이 해명자료 제출 안내문을 우편 발송하였고, 2024.5.13. 회사동료 C가 수령한 것으로 확인된다.

＜표13＞ 해명자료 제출 안내문 일부 및 우편물 송달내역

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(나) 처분청의 해명자료 제출 안내에 대하여 청구법인은 2024.5.17., 2024.6.21., 2024.6.28. 세 차례에 걸쳐 이메일을 통하여 처분청에 해명자료를 제출하였으며, 이 가운데 2024.6.28. 제출 자료는 같은 날 처분청에 방문한 후 제출하였는바, 청구법인 대표이사 D가 작성한 사실확인서에는 2024.6.28. 사무실에 방문하여 쟁점건물 건설 중 발생한 소송 및 비용관련 설명과 상황 전반에 대한 상세한 설명을 하였다고만 기재되어 있다.

(다) 처분청은 2024.7.4. 청구법인에게 해명자료 검토 결과, 추가적인 사실관계 등 확인이 필요하여 조사대상으로 선정하고 서면확인은 종결되었음을 통지하는 안내문을 우편으로 발송하였고, 2024.7.8. 직원 E가 수령한 것으로 확인된다.

(라) 처분청은 2024.8.6.부터 2024.8.25.까지 청구법인의 2021사업연도 법인세 부분조사(부분조사 범위: 하자보수 관련 손해배상금 익금산입 누락)를 실시하였는바, 이에 앞선 2024.7.12. 청구법인의 대표 D에게 세무조사 사전통지서를 교부하고, 서명날인을 받았으며, 아래 ＜표14＞와 같이 세무조사 준비사항 안내를 하였다.

＜표14＞ 세무조사 준비사항 안내

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(10) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 먼저, 쟁점①에 대하여 살피건대, 청구법인은 쟁점하자보수손해배상금이 공사대금을 확정하는 쟁점판결에서 하자로 인해 공사대금에서 차감하는 하자보수에 갈음하여 지급하도록 한 것이므로 익금산입 대상이 아니라고 주장하나, 건물을 신축준공한 후 하자가 발생하여 쌍방합의나 법원판결에 따라 시공사가 지급하게 될 하자보수손해배상금은 그 대가를 받기로 한 날이나 판결이 확정된 날이 속하는 사업연도의 익금(특별이익)으로 처리하는 것이고, 그 하자보수손해배상금이 당초 도급계약내용의 변경으로 공사도급금액의 감액에 해당하는 경우에는 당해 건물의 취득가액에서 차감하여 처리하는 것인바, 쟁점하자보수손해배상금은 쟁점건물의 사용승인 이후 쟁점건물의 하자와 관련하여 법원의 쟁점판결에 따라 시공사로부터 수령하게 된 손해배상금으로 건축주인 청구법인과 시공사인 A이 쟁점계약이나 변경계약에 명시된 공사도급금액에 대하여 별도의 감액 합의를 하거나, 계약사항을 변경하여 쟁점하자보수손해배상금 상당액을 공사도급금액에서 차감하기로 정하거나 예정하지 하니한 점, 쟁점판결에서 2차 변경계약의 특약 제2조 실비공사금액을 인정하여 총 공사대금을 OOO원으로 증액·확정하였고, 이와는 별도로 쟁점건물 하자에 대한 쟁점하자보수손해배상금을 OOO원으로 확정한 점, 청구법인은 쟁점하자보수손해배상금을 미지급공사대금에서 제외하고 쟁점건물의 장부가액에서 차감하는 회계처리를 하였으나, 쟁점판결이 확정된 날이 속하는 사업연도의 익금에 가산하고 그 손해배상금을 하자보수에 사용하는 시기에 손금에 가산하는 세무조정을 하는 것이 관련 법령에 비추어 합리적이라 보이는 점 등을 종합하면, 청구주장은 받아들이기 어렵다고 판단된다.

(11) 다음으로, 쟁점②에 대하여 본다.

(가) 세무조사의 성질과 효과, 중복세무조사를 금지하는 취지 등에 비추어 볼 때, 세무공무원의 조사행위가 실질적으로 납세자 등으로 하여금 질문에 대답하고 검사를 수인하도록 함으로써 납세자의 영업의 자유 등에 영향을 미치는 경우에는 국세청 훈령인 구 “조사사무처리규정”에서 정한 ‘현지확인’의 절차에 따른 것이라고 하더라도 그것은 재조사가 금지되는 ‘세무조사’에 해당한다고 보아야 할 것이나, 과세자료의 수집 또는 신고 내용의 정확성 검증 등을 위한 과세관청의 모든 조사행위가 재조사가 금지되는 세무조사에 해당한다고 볼 경우에는 과세관청으로서는 단순한 사실관계의 확인만으로 충분한 사안에서 언제나 정식의 세무조사에 착수할 수밖에 없고 납세자 등으로서도 불필요하게 정식의 세무조사에 응하여야 하므로, 납세자 등이 대답하거나 수인할 의무가 없고 납세자의 영업의 자유 등을 침해하거나 세무조사권이 남용될 염려가 없는 조사행위까지 재조사가 금지되는 ‘세무조사’에 해당한다고 볼 것은 아니라 할 것이다(대법원 2017.10.26. 선고 2017두42255 판결 등 참조).

(나) 청구법인은 처분청의 해명자료 서면확인이 세무조사에 해당하므로, 이후 이루어진 후속 법인세 부분조사가「국세기본법」제81조의4 제2항의 금지되는 재조사에 해당하여 이 건 법인소득금액 경정처분이 부당하다고 주장하나, 처분청이 청구법인에게 송달한 해명자료 제출 안내문은 쟁점하자보수손해배상금의 익금산입 여부과 관련하여 공사관련 계약서, 회계처리 내역, 금융자료, 소송관련 자료 등을 서면으로 제출하라는 내용으로 법인세 신고내역과 관련된 단순 사실관계 확인을 위한 것으로 보이는 점, 위의 서면확인과 관련하여 처분청이 청구법인의 사업장에 방문하여 현장조사를 하거나 질문검사권을 실시한 사실이 없고, 청구법인의 대표이사가 작성한 확인서에도 3차 해명자료(전자메일) 제출시점인 2024.6.28. 처분청 사무실에 방문하여 쟁점건물 건설 중 발생한 소송 및 비용관련 설명과 상황 전반에 대한 상세한 설명을 하였다고만 기재되어 있을 뿐, 세무조사에 준하는 질문검사권을 받은 사실에 대하여 기술하고 있지 아니한 점, 처분청이 3차에 걸쳐 전자메일로 해명자료를 제출받은 후, 해명자료 검토결과 안내문을 발송하면서 ‘해명자료 내용 검토한 바 조사대상으로 선정하고 서면확인 종결되었음’을 명시하였고, 이후 세무조사 사전통지서를 교부한 사실에서 해명자료 서면확인 후에야 정식으로 법인세 부분 세무조사에 착수한 것으로 보이는 점 등에 비추어 보면, 처분청의 해명자료 서면확인은 쟁점하자보수손해배상금의 법인세 신고와 관련하여 단순한 사실관계 확인이나 통상적으로 이에 수반되는 간단한 질문·조사에 그치는 것이어서 이를 세무조사로 보기는 어려워 보이고, 따라서 서면확인에 따른 이 건 법인세 부분조사를 중복조사로 보기는 어려우므로 이 부분 청구주장도 받아들이기 어렵다고 판단된다.

4. 결 론

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 없으므로「국세기본법」제80조의2 및 제65조 제1항 제2호에 의하여 주문과 같이 결정한다.