이유
1. 처분개요

가. 청구법인은 2005.11.25. 「도시 및 주거환경정비법」(이하 “도시정비법”이라 한다) 제35조에 따라 부산광역시 OOO 소재 OOO구역주택재개발정비사업(이하 “OOO구역정비사업”이라 한다)을 목적으로 설립된 법인으로, OOO구역정비사업을 진행하여 2022년 9월 아파트(OOO세대)를 준공인가받았다.

나. 청구법인은 「법인세법」제113조 구분경리 규정에 따라 발생된 비용 중 비수익사업(조합원분양분)과 수익사업(일반분양분)에 각 속하는 개별손금은 실질귀속에 따라 구분하고, 공통손금은 조합원분양분 및 일반분양분 면적에 따라 안분하여 법인세를 신고·납부하면서,

① 시공사인 A 주식회사(이하 “시공사”라 한다) 등에 지급한 총공사비를 공통손금으로 보아 수익사업분은 손비로 처리하고, 비수익사업분은 손금불산입하였으며, ② 청구법인이 조합원들에게 지급한 이사비 OOO원(이하 “쟁점이사비”라 한다), 조합원들이 금융기관에 이주비를 차입하도록 알선하면서 청구법인이 주택도시보증공사(HUG)에 지급한 이주비 대출지급보증료 OOO원 및 중도금 대출 지급보증료 OOO원(이하 “쟁점지급보증료”라 한다)을 지출한 사업연도의 선급공사원가(자산)로 계상하였다가 사업이 완료된 2022사업연도의 비용으로 인식함과 동시에 일반분양비율(56.28%)에 해당하는 금액을 손금으로 산입하였다.

다. 부산지방국세청장(이하 “조사청”이라 한다)은 청구법인에 대한 2019사업연도부터 2022사업연도의 법인세 통합조사를 실시한 결과, ① 시공사가 조합원들에게 제공한 물품(발코니 확장 등 5개 물품, 이하 “쟁점특별제공품”이라 한다)에 상당하는 금액 OOO원(이하 “쟁점특별제공액”이라 한다), 쟁점이사비 OOO원 및 쟁점지급보증료 OOO원을 비수익사업의 개별손금에 해당하는 것으로 보아 수익사업분 OOO원을 손금불산입하였고, ② 공사원가 중 OOO원(개별손금 및 공통손금 계상분, 이하 “쟁점공사원가” 또는 “쟁점공사”라 한다)을 대금지급 및 적격증빙을 수취하지 않은 것으로 보아 전액 손금불산입하였으며, ③ 쟁점특별제공액을 조합원들에게 귀속된 이익으로 보아 배당으로 소득처분하여야 한다는 등의 과세자료를 처분청에 통보하였고,

처분청은 2025.1.10. 및 2025.1.13. 청구법인에게 2019년 제2기분부터 2022년 제2기분 부가가치세 합계 OOO원(2019년 제2기분 OOO원, 2020년 제1기 OOO원, 2020년 제2기분 OOO원, 2021년 제1기분 OOO원, 2021년 제2기분 OOO원, 2022년 제1기분 OOO원, 2022년 제2기분 OOO원) 및 2022사업연도 법인세 OOO원을 경정·고지하면서 배당으로 소득처분된 2022년 귀속 배당소득금액 OOO원의 소득금액변동통지를 하였다.

라. 청구법인은 이에 불복하여 2025.1.31. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구법인 주장 및 처분청 의견

가. 청구법인 주장

(1) (쟁점특별제공품) 청구법인은 수취한 세금계산서 등의 공사비만 공통손금으로 산입하여, 용역의 무상공급으로 세금계산서 등이 발행될 수 없는 시공사의 특별제공품은 당연히 공통손금으로 산입할 수 없음에도 이를 손금산입한 것처럼 추정하여 해당 금액을 손금불산입한 처분은 부당하다.

(가) 「부가가치세법」제12조(용역공급의 특례) 제2항은 “사업자가 대가를 받지 않고 타인에게 용역을 공급한 것은 용역의 공급으로 보지 아니한다”고 규정한바, 시공사가 조합원에게 무상제공한 쟁점특별제공품은 용역의 공급에 해당하지 않으므로 세금계산서(계산서)가 발행될 수 없다.

청구법인은 시공사로부터 수취한 계산서 및 세금계산서 발행금액을 근거로 공사원가를 산정하고 그 금액을 전체 재개발사업의 공통손금으로 보아 수익사업분 분양비율 56.28%를 적용한 금액을 손금산입하여 2022사업연도 법인세를 신고하였다. 그렇다면 세금계산서 등이 발행될 수 없는 시공사의 특별제공품의 용역대가에 대하여 공통손금으로 산입하지 않았음이 객관적으로 입증된다.

만일 조사청의 주장대로 청구법인과 시공사 간에 체결된 이 건 공사도급액에 쟁점특별제공품의 용역대가가 무상이 아닌 유상으로 제공되어 그 가액이 포함된 것으로 본다면, 이는 우리나라 굴지의 대기업인 시공사가 발코니 확장 등 5개 품목을 조합원에게 무상 제공하는 것으로 공사를 수주해 놓고 유상으로 제공한 것과 같게 된다. 이 경우 시공사가 청구법인 및 조합원을 상대로 공사비를 기망한 것과 같은 결과를 초래하게 되어 사회적 문제 등이 발생할 수 있다.

(나) 쟁점특별제공품의 용역대가가 공사도급액에 포함되어 있다는 근거로 제시한 자료에 대하여 살펴보면,

1) 시공사의 공사금액 대비 세금계산서 발행비율이 2022년 제1기까지는 15.02%이나, 2022년 9월 부분준공인가 고시된 2022년 제2분기에는 49.41%이어야 그 차액 비율에 상당하는 OOO원을 시공사가 조합원에게 제공한 특별제공품 용역대가로 제시하고 있다.

통상적으로 정비사업 관련 전체 공사금액 대비 부가가치세 과세비율은 정비사업의 준공시점에 확정되므로 그동안 적용해왔던 과세비율 차액에 상당하는 금액이 조정될 수 있다. 또한 다른 원인으로 부가가치세 과세비율의 오류가 발생할 수 있음에도 준공시점 전후 부가가치세 과세비율의 차이가 발생하고 있다는 사실만으로 쟁점특별제공품의 용역대가가 공사도급액에 포함되었다고 단정할 수 없다.

2) 청구법인과 시공사 간 체결된 공사도급계약서 제5조 제2항 제15호 시공사의 “시공범위 및 조건”에 쟁점특별제공품이 포함되어 있어 시공사의 특별제공품 공사비가 이 건 공사도급계약에 포함되었다고 보고 있다.

통상적으로 대도시지역의 정비사업에 있어 그 정비사업 건설공사 규모가 수천억원(청구법인의 공사비는 OOO원임)에 달하여 유명 건설사들은 그 정비사업 공사를 수주하기 위하여 수년의 노력을 투입하는 등 수주경쟁이 치열하다(과열경쟁을 방지하기 위하여 국토교통부 대책마련 실시).

이러한 건설사들의 수주경쟁 중 공식적이면서 설득력있게 언급되는 부분은 정비사업측에 무상 특화제공과 관련하여 시스템에어컨, 발코니확장 등을 무상으로 조합원들에게 제공하는 것이다. 이러한 행위는 비정상적이고 이례적인 거래가 아닌 대형 건설사들 업계의 관행으로서 정비사업공사에서 흔히 발생하는 공사 수주유형의 하나이다.

시공사는 정비사업 공사수주에 따라 조합원에게 무상으로 제공하는 특별제공품 관련 공사도 정비사업의 건축물 신축 등 본 공사와 함께 진행하여야 하므로 공사도급계약서의 시공범위 등에 그 특별제공품 공사내용을 포함시키는 것은 당연하다고 보여진다.

공사도급액(시공범위) = 무상제공 공사비(시공범위) + 유상공사비(시공범위)

만일 쟁점특별제공품이 공사도급금액에 포함되어 유상이라고 본다면 조합원 중 일부 세대가 특별제공품 중 일부만 선택(냉장고 미선택)할 경우 시공사는 그 선택되지 아니한 용역을 제공하지 않았으므로 당연히 그 용역대가는 공사도급액에서 감액되어야 마땅하다.

그리고 공사도급액에서 감액된 그 용역비는 특별제공품을 선택하지 않은 조합원의 분담금을 감소시켜 주거나 별도로 환급해 주어야 조합원간 분담금의 납부액 등 형평성이 맞음에도 공사도급계약서에 특별제공품의 미선택 관련하여 조합원분담금 감액 및 환급규정을 두고 있지 않다.

이와 같이 쟁점특별제공품이 공사도급액에 영향을 주지 않으려면 시공사가 청구법인으로부터 그 용역대가를 별도로 수령하거나 아니면 조합원에게 무상으로 제공할 경우에만 가능하다. 청구법인은 쟁점특별제공품의 용역대가를 시공사에게 별도로 지급한 사실이 없으므로 당연히 시공사가 조합원에게 무상으로 제공한 것이 된다.

(2) (쟁점특별제공품의 배당소득 처분) 조합원분담금은 공사도급금액을 포함한 총공사비가 감안되어 도시정비법상의 비례율이 산출되어 산정된다. 만일 쟁점특별제공품이 공사도급액에 포함되었다면 비례율 감소로 조합원분담금이 증가되어 그 분담금을 납부한 것이므로 배당소득금액변동통지는 부당하다.

(가) 도시정비법 제89조 및 같은 법 시행규칙 별지 제6호 서식에서 아래 ＜표1＞과 같이 조합원분담금을 산정하도록 규정하고 있다.

＜표1＞ 조합원분담금(청산금) 산정

○ 조합원분담금(청산금)

분양예정인 대지 및 건축물의 추산액(조합원 분양가액) - 분양대상자별 종전의 토지 및 건축물의 가격 × 비례율(조합원의 권리가액)

* 비례율 = (사업완료 후의 대지 및 건축물의 총수입 - 총사업비)/ 종전의 토지 및 건축물의 총 가액

여기서 총수입 및 종전 부동산가액은 변동이 없고 총사업비가 증가되면 비례율이 낮아지게 되어 그만큼 조합원분담금이 증가되고, 반대로 총사업비가 감소되면 비례율이 높아지므로 분담금은 감소한다. 정비조합이 어떤 항목에 대한 대가를 유상으로 지출하였다면 총사업비에 포함될 것이고 무상이라면 총사업비에 포함되지 않을 것이므로 그 공사비가 유·무상에 따라 비례율 산정에 영향을 주게 되어 조합원분담금의 산정액이 달라지게 된다.

쟁점특별제공품의 공사비가 총사업비에 포함된 것으로 볼 경우, 청구법인의 총사업비가 증가되어 비례율이 낮게 산출되고 조합원의 분담금은 증가하게 된다. 즉 조합원은 쟁점특별제공품의 공사비가 포함된 총사업비에 의해 산출된 조합원분담금을 납부하게 되어 쟁점특별제공품 공사비는 조합원분담금으로 충당된 것으로 보아야 한다.

(나) 한편 정비조합이 「법인세법」제113조 및 같은 법 시행규칙 제76조에 따라 구분경리하면서, 개별손금의 분류상 오류 또는 공통손금을 수익사업과 비수익사업으로 안분계산함에 있어 비수익사업에 속하는 비용을 수익사업의 손금으로 과다계상한 금액에 대하여 손금불산입하고 소득처분을 할 경우, 국세청은 그 손금불산입에 대해 ‘기타’로 처분하도록 행정해석(서면-2019-법령해석과-2127, 참조)을 하고 있음에도 쟁점특별제공품을 손금불산입하면서 배당으로 소득처분한 것은 행정해석에 반하는 부당한 처분이다.

(다) 또한 정비조합의 배당소득과 관련하여 확정된 판례(대법원 2024두42260)에 의하면, 청구법인이 최종 청산단계에서 청산금 등을 확인하지 않은 상태에서 쟁점특별제공품만을 따로 떼어내어 배당으로 소득금액변동통지를 한 것은 위법하다.

(3) (쟁점이사비) 쟁점이사비는 정비조합의 원활한 사업진행을 위한 필수적인 경비로서 수익사업을 포함한 전체 재개발사업의 공통손금에 해당한다.

(가) 정비사업이란 도시기능을 회복하기 위하여 정비구역에서 정비기반시설을 정비하거나 주택 등 건축물의 개량 또는 건설을 하는 사업을 말하며, 정비사업비란 정비사업에 소요되는 비용으로 토지조성비용, 주택신축비용, 기타 간접비용으로 구성되며 사업시행자인 정비사업조합이 부담하도록 도시정비법 제92조에 규정하고 있다.

정비조합은 정비사업의 원활한 수행을 위하여 도시정비법 제52조에 따라 조합원 이주대책을 세워야 하고, 장기간 주거를 상실한 다수의 조합원들의 주거지원과 보장 등을 위하여 같은 법 제61조에 따라 주택자금의 융자를 알선하는 등 임시거주에 상응하는 조치를 하여야 한다.

(나) 건설사의 정비사업 공사수주에 있어 조합원에 대한 이사비의 지원금액이 수천만원에 달하는 등 과열 양상으로 변질되고 있는 것에 대한 조치로 국토교통부는 정비사업 단지 시공사 선정과정에서 건설사가 조합원에게 이사비나 이주비 등을 지원하는 행위를 전면금지하는 ‘재건축·재개발 등 정비사업 시공사 선정제도 개선방안’을 2017.10.30. 발표후, ‘정비사업 계약업무 처리기준’(국토교통부고시 제2018-101호)을 2018.2.9. 제정하여 시행하고 있다.

재개발사업은 재건축사업에 비하여 영세거주자가 많아 시공사로부터 이사비를 지원받지 못할 경우 조합원들 이사의 원활한 진행에 차질을 가져올 수 있는 점 등을 고려하여, 청구법인은 자체적으로 정비사업비를 통해서 조합원 세대당 주택면적을 감안하여 약 OOO원 정도의 실비보전 명목으로 쟁점이사비를 지원하였다(「공익사업을 위한 토지 등의 취득 및 보상에 관한 법률 시행규칙」제55조에 현금청산자세입자에게 이사비를 지급하도록 규정하고 있음).

(다) 쟁점이사비는 오로지 이 건 재개발사업의 원활한 사업진행을 위한 필수적인 비용으로서 「법인세법」에서 정한 손금의 요건을 갖추었고, 손금불산입 적용대상 및 위법비용에도 해당하지 않으며, 조합원의 출자비율이 100분의 1에 미달하여 특수관계인도 아니어 청구법인과 조합원의 거래는 부당행위계산 부인규정 적용대상도 아니다. 따라서 청구조합이 부담한 쟁점이사비는 전체 재개발사업의 공통손금에 해당한다.

(4) (쟁점지급보증료) 쟁점지급보증료는 수익사업을 포함한 전체 재개발사업의 원활한 진행을 위해 발생되는 필수적 지출비용으로서 수익사업을 포함한 전체 재개발사업의 공통손금에 해당한다.

(가) 정비사업은 종전의 건축물을 철거하고 그 대지 위에 새로운 건축물을 신축하여 분양하는 사업으로서 정비사업의 원활한 사업을 추진하기 위하여 무엇보다도 해당 정비조합이 설정한 이주기간 이내에 조합원들의 적극적인 협조로 빠른 이주진행이 매우 중요하다.

정비조합은 조합원들의 조기 이주를 장려하기 위하여 금융기관에서 기본이주비를 대출받도록 알선하고 HUG(주택도시보증공사)의 그 이주비 대출금의 보증에 따른 보증수수료(연 0.3% 정도로 보증을 받지 못할 경우 이주비 대출금의 이자율이 높아짐)를 정비사업비로 부담하고 있다.

(나) 조합원의 이주비 대출금으로 쟁점보증수수료와 이주비 이자가 기본적으로 발생한다. 그 이주비 대출로 인한 이주비 이자가 전체 정비사업의 공통손금에 해당하는지 여부에 대한 소송에서 법원은 수익사업과 무관한 목적사업에만 대응되는 비용으로 볼 수 없고 수익사업과 비수익사업의 공통손금에 해당한다고 판단(서울행정법원 2023구합51205 판결)하고 있다.

또한 정비조합이 부담한 이주비 이자가 「지방세법」상 취득세 과세표준에 포함되는지 여부에 대하여, 법원은 ‘이주비 이자는 정비사업의 진행에 필수적인 이주업무의 원활하고 신속한 완료를 위하여 필요한 사업경비로서 취득세 과세표준에 포함된다’고 판단(서울고등법원 2023누70383 판결)하고 있다. 위 판례를 준용하면, 「법인세법」상 자산의 취득가액(시행령 제72조)에 이주비 이자 뿐만 아니라 보증수수료도 포함되어야 당연하다(이 경우 정비조합은 신축 건축물을 바로 분양하므로 그 취득가액은 각 사업연도소득 계산시 손금산입됨).

(다) 쟁점지급보증료는 조합원들의 이주비 대출에 따라 필수적으로 발생하는 비용으로서 정비조합이 부담한 이주비 이자비용과 그 지출성격이 같으므로 이주비 이자와 마찬가지로 수익사업을 포함한 전체 정비사업의 공통손금에 해당한다.

(5) (쟁점공사원가) 이 건 재개발사업이 부분 준공인가된 2022사업연도에 일반분양 등 재개발 분양수입이 완료계산되어, 쟁점공사원가는 그 분양수입에 대응되는 추가적으로 지출되는 비용으로서 수익비용대응원칙에 따라 2022사업연도 각 사업연도 소득계산시 손금에 산입하여야 한다.

(가) 손금의 귀속시기는 채무가 확정된 때로서 이러한 채무확정은 채무성립의 요건을 갖추고 현실적으로 급부를 하여야 할 상태를 말하며, 수익비용대응원칙에 의하면 건설원가와 같이 특정수익과 직접적 또는 개별적 관련이 있는 비용은 이를 수익에 종속시켜 그 수익이 귀속되는 사업연도와 동일한 사업연도의 손금으로 산입하여야 하고(서울고등법원 2012누3165 판결 참조), 정비사업의 수익의 확정이 있게 된 이상 이를 당해연도 법인세 산출에 있어서 익금으로 산입할 수 있는 것이고, 장차 그에 대응하는 추가적인 비용지출이 예상되어 있다고 하더라도 그와 같이 지출이 예상되는 비용은 수익과의 대응성이 인정되는 한 미리 당해연도의 손금으로 산입할 수 있다(대법원 2004.10.28. 선고 2003두10831 판결 참조).

(나) 쟁점공사원가는 청구법인의 정비사업에 있어 사업시행인가 조건으로 이행하여야만 하는 공사비로서, 그러한 사업시행인가 조건을 이행하지 못할 경우 준공인가를 받을 수 없으므로 정비사업의 필수적 비용에 해당한다. 이 건 정비사업이 2022년 9월 부분(동별) 준공되어 일반분양수입이 2022사업연도에 완료됨에 따라 쟁점공사원가는 분양수입에 대응되는 비용에 해당한다.

(다) 청구법인은 2022.11.5. 임시총회를 개최하여 당시 조합장과 이사 등 임원 전원을 해임하는 결의를 거쳐 청구법인의 집행부가 궐위되고, 청구법인의 사무실이 폐쇄되는 등 2022사업연도에 정상적인 조합업무를 집행하기 어려운 상황이었다. 이러한 청구법인의 사정으로 시공사가 시행하는 공사 외에 사업시행인가조건으로 이행하여야 할 ‘OOO초교 증축공사’, ‘OOO교회 신축공사’, ‘정비기반시설 설치공사’ 등이 지연되고, 진행된 공사비도 바로 지급하지 못한 상태였다.

(라) 청구법인은 현재 청구법인이 정상적으로 운영되어 관련 용역계약서를 구비하고 대금을 지급한바, 쟁점공사원가(OOO원) 중 OOO원은 그 증빙이 확인되므로 2022사업연도 공사원가로 인정하여야 한다.

나. 처분청 의견

(1) (쟁점특별제공품) 쟁점특별제공품은 시공사의 공사원가에 포함되어 공통손금으로 계상되었고, 시공사가 조합원에게 제공한 특별제공품은 비수익사업(조합원분양)에서 발생한 개별손금이므로 손금불산입한 처분은 정당하다.

(가) 청구법인은 시공사에 특별제공품의 용역대가를 별도로 지급한 사실이 없고 시공사가 조합원에게 제공한 쟁점특별제공품을 공통손금으로 산입하지 않았다고 주장하나, 청구법인과 시공사가 2017년 5월에 체결한 공사도급계약서 제5조 및 제7조를 보면 시공사가 조합원에게 특별제공하는 물품은 공사계약금액에 포함되는 시공범위로 확인된다.

(나) 이 건 세무조사시 조사청이 시공사에 요청한 질의에 대하여 시공사는 ‘청구법인과 시공사가 체결한 도급공사계약에 따라 조합원에게 특별제공품을 제공한 것이고 시공사가 조합원에게 특별제공품을 무상으로 제공한 사실이 없다’는 취지로 회신하였다.

(다) 또한 통상적으로 시공사는 아파트 공사용역과 관련하여 과세용역과 면세용역을 일정비율(면적비율 등)로 안분하여 세금계산서 및 계산서를 발급하는데, 계산서 발급금액 대비 세금계산서 발급금액 비율이 일정한 것이 일반적이고, 공사마무리 단계에서 시공되는 특별제공품의 시공비가 준공시점(2022년 9월)의 세금계산서 발급금액에 포함되어 2022년 제2기의 세금계산서 발급비율이 97.7%(일정비율 17.67%)로 급등한 것이다.

(2) (쟁점특별제공품의 배당소득 처분) 쟁점특별제공품은 조합원에게 제공된 것으로 고유목적사업에 속하는 비용으로 보아야 하고, 이를 손금으로 보기 어려우며 조합원에게 귀속된바, 그 실질 귀속자인 조합원에게 배당으로 소득처분한 것은 정당하다.

(가) 청구법인은 쟁점특별제공품이 총공사비에 포함될 경우 조합원의 권리가액이 감소하게 되어 조합원분담금이 증가하므로 배당소득 자체가 발생한 것으로 볼 수 없다고 주장하나, 쟁점특별제공품의 공사비가 조합원분담금으로 충당된다는 의미는 찾을 수 없고, 쟁점특별제공품 공사비는 각 조합원들에게 직접 대응되는 비용으로서 비례율에 의하여 조합원분담금과 반비례하여 충당되는 개념이 아니다.

(나) 청구법인은 조합원이 직접 지불해야 할 특별제공품 공사비를 대신 지급하였고, 그에 따라 조합원은 지급받을 청산금 대신 쟁점특별제공품을 받은 것이며, 2022사업연도말 기준 청구법인의 수익사업(일반분양)에서 발생한 누계 잉여금이 OOO원을 상회하고 있던 상황에서 청구법인이 쟁점특별제공품에 대한 공사비(OOO원)를 지급하지 않았다면 청산시 해당 금액을 포함하여 결국 조합원에게 배분되었을 것이고, 이에 대한 배당소득세를 원천징수하여 납부하여야 했을 것이다.

(다) 청구법인이 제시한 행정해석은 구체적인 정황과 사실관계를 토대로 답변한 것이 아닌 단순히 개별손금의 분류 및 안분계산의 오류에 따른 소득처분에 대한 답변으로 수익사업에서 발생한 이익의 배분과 관련된 소득처분이 쟁점이 되는 이 건에 적용할 수 없고, 법원은 조합원 개개인으로부터 토지나 주택을 출자받아 조합원에게 1세대씩 분양할 아파트 외에 여분의 아파트와 상가 등을 추가로 건축하여 일반분양한 후 그 대금으로 건축비 일부를 충당함으로써 각 조합원이 부담할 건축비를 경감하는 방식으로 재건축사업을 시행하는 경우, 일반분양으로 얻은 소득이 조합원들이 부담해야 할 건축비에 충당된 이상 그 소득은 모두 조합원들에게 귀속된 다음 조합원들에게 배분된 것으로 볼 수 있다고 판시(서울고등법원 2008.8.26. 선고 2008누10388)하였다.

또한 청구법인이 제시한 판례는 청산이 완료된 조합을 대상으로 한 소득금액변동통지에 따른 징수처분의 위법 여부를 다투는 사안으로, 위 사례에서 법원은 조합원 대상 이주비 대출이자비용이 조합 청산단계에서 조합원들의 분담금으로 최종 충당되었을 가능성도 있어 보이므로 해당 이자비용이 사단법인 밖으로 조합원들에게 유출되거나 배당되었다고 단정하기 어렵다고 판단(대법원 2024두42260 판결)한바, 청구법인은 아직 최종 청산단계를 거치지 않았으므로 사실관계가 일치하지 않은 위 판례를 원용할 수 없다.

(3) (쟁점이사비 및 쟁점지급보증료) 쟁점이사비 및 쟁점지급보증료는 조합원이 부담하여야 할 비용을 청구법인이 대신 부담한 것으로, 청구법인의 수익사업(일반분양)을 진행하는데 반드시 필요한 지출이라고 인정하기 어렵다.

(가) 이사비는 다수의 예규(소득세과-579, 2010.5.18., 사전-2020-법령해석소득-350, 2021.1.28.) 및 심판례(서울고등법원 2024.4.24. 선고 2023누35359)에서 조합원이 직접 부담해야 하는 것으로 수익사업의 손금에 해당하지 않고, 그 중 수익사업 부분 상당액은 조합원의 배당소득에 해당한다고 일관되게 해석하고 있다.

(나) 청구법인은 조합원을 위하여 대신 지급한 이주비 대출이자, 중도금 대출이자 등의 금융비용을 선급공사원가로 계상하였다가 2023.7.23. 종합총회를 통해 조합원의 출자금에서 감소시키는 방식으로 회계처리를 하면서 수익사업의 손금에서 제외하였으나, 위와 같은 금융비용 성격인 쟁점지급보증료는 공통손금으로 보아 수익사업비율로 안분하여 손금으로 계상하였다.

(4) (쟁점공사원가) 청구법인이 추가로 제출한 쟁점공사원가의 변동분은 분양수입에 대응하는 비용이나, 분양수입을 인식할 당시(2022사업연도)에는 그 지출이 확정되거나 지출금액을 신뢰성 있게 측정할 수 없었다.

(가) 「법인세법」상 귄리의무확정주의에 따라 익금이 확정된 시기 이후의 사업연도라고 하더라도 지출이 확정되고 지출금액을 신뢰성있게 측정할 수 있게 된 시기, 또는 실제 지출이 이루어진 시기에 손금으로 귀속되어야 할 것인바, 쟁점공사원가는 당초 공사원가 계약 이후, 필요에 따라 변경계약으로 체결된 것으로서, 변경계약서가 작성된 때에 쟁점공사원가에 따른 지급의무가 확정된 것으로 보아야 할 것이다.

(나) 쟁점공사원가는 청구법인이 폐쇄되고 조합의 집행부가 존재하지 않아 정상적인 조합운영이 불가능한 기간 중 장부에 임의로 계상된 금액이다. 청구법인이 손금부인 대상임을 인정한 원가 이외의 쟁점공사원가는 2022사업연도 기준으로 계약서가 작성되지 않았고, 용역제공이 완료되지 않아 지급의무가 확정된 채무가 아니었을 뿐만 아니라, 추가 공사원가 예측에 대한 전문성이 있다고 보기 어려운 세무대리인이 임의적으로 장부에 계상한 금액이므로 이를 신뢰할 수 없다.

3. 심리 및 판단

가. 쟁점

① 시공사가 조합원에게 제공한 쟁점특별제공품에 상당하는 금액을 공통손금으로 산입하여 손금불산입하고 법인세를 부과한 처분의 당부

② 쟁점특별제공액을 조합원에게 귀속된 것으로 보아 소득금액변동통지를 한 처분의 당부

③ 쟁점이사비 및 쟁점지급보증료가 공통손금에 해당한다는 청구주장의 당부

④ 쟁점공사원가는 일반분양 수입에 대응하는 원가로 2022사업연도에 손금으로 산입하여야 한다는 청구주장의 당부

나. 관련 법령 등 : ＜별지2＞ 기재

다. 사실관계 및 판단

(1) 청구법인은 2012.7.2. 도시정비법에 따라 설립된 주택재개발 정비사업조합으로, 부산광역시 OOO 일대(OOO㎡)를 재개발하기 위하여, A을 시공사로 선정하여 재개발사업을 진행하였고, 2017.6.28. 관리처분계획인가를, 2022.9.29. 아파트(OOO세대)에 대한 준공인가(동별 준공)를 받았으며, 2025.5.7. 이전고시하였다.

(2) (쟁점①·②) 쟁점특별제공품 및 쟁점특별제공액에 대한 내용은 아래와 같다.

(가) 청구법인(도급자)이 OOO구역정비사업과 관련하여 시공사(수급자)와 체결한 공사계약서는 아래 ＜표2＞와 같다.

＜표2＞ 공사계약서(발췌)

○○○

(나) 청구법인이 주관한 조합총회자료(아래 ＜표3＞ 참조)에 따르면, 청구법인은 당초 발코니 확장 등 5개 항목을 무상으로 제공하는 것으로 정하였다가, 일반분양이 성황리에 종료되어 시스템에어컨 등 6개 항목을 추가로 제공하도록 결정한 것으로 나타난다.

＜표3＞ 조합원에 제공된 무상옵션 관련 조합총회 자료

○○○

* 처분청은 추가지정한 특별제공품에 대해서도 개별손금으로 보아 손금불산입하였으나, 청구법인은 추가지정한 물품에 대한 손금불산입 내용은 인정함

(다) 청구법인은 2024.7.19. 시공사에게 ‘이 건 세무조사 관련 협조요청’이라는 제목의 문서를 발송하였고, 시공사는 2024.9.10. 위 문서에 대하여 아래 ＜표4＞와 같이 회신하였다.

＜표4＞ 시공사가 청구법인에게 한 회신내용

○○○

(라) 처분청은 청구법인 및 시공사로부터 쟁점특별제공품에 대한 원가자료와 조합원별 시공내역을 제출받지 못한 상황에서 쟁점특별제공품이 마무리 단계에서 시공되는 점을 감안하여, 시공사가 부가가치세 과세기간 동안 청구법인에게 발급한 계산서 및 세금계산서(준공시점에 97.70%의 비율로 세금계산서를 발급하였으나, 공사기간동안 부가가치세 대상 비율은 17.67%로 일정함, 아래 ＜표5＞ 참조)를 근거로, 쟁점특별제공품의 가액을 아래 ＜표6＞과 같이 산정하였다.

＜표5＞ 시공사로부터 수취한 계산서 및 세금계산서

(단위 : 백만원)

○○○

＜표6＞ 쟁점특별제공액

(단위 : 백만원)

○○○

* 처분청은 각 조합원에게 OOO원 정도의 금액이 귀속된 것으로 보아 각 배당소득으로 처분함

** 청구법인이 조합원에게 제공한 특별제공품(추가지정품)으로 처분청은 세금계산서 발급 내용을 확인하여 그 금액을 산정하였고, 양 측의 다툼 없음

(3) (쟁점③) 청구법인이 2023.7.23. 실시한 2023년 임시총회 회의자료에 따르면, ‘조합원 이주비 및 중도금 이자 후불제 전환 승인의 건’이 제3호 안건으로 상정되었는데 그 내용은 아래 ＜표7＞과 같다.

＜표7＞ 안건 내용

○○○

(4) (쟁점④) 쟁점공사원가에 대한 내용은 아래와 같다.

(가) 청구법인은 아래 ＜표8＞의 금액을 선급공사원가로 계상한 후 준공시점인 2022년사업연도에 수익사업비율로 안분하여 분양원가로 대체하였는데, 처분청은 위 금액을 적격증빙의 수취가 없고 대금을 지급한 사실이 없는 것으로 보아 OOO원에 대하여 손금불산입하였다.

＜표8＞ 쟁점공사원가 계상내역

(단위 : 원)

○○○

(나) 청구법인은 위 공사금액 중 아래 ＜표9＞의 금액은 계약서 및 대급지급이 확인되므로 2022사업연도(부분 준공 2022년 9월)의 손금으로 산입하여야 한다고 주장하고, 처분청은 2022사업연도 당시 계약서 변경 및 대금 지급이 없어 그 금액이 확정되지 않아 손금으로 산입할 수 없다는 의견이다.

＜표9＞ 쟁점공사원가 중 원가 입증 내용

(단위 : 원)

○○○

＜표10＞ 계약서 주요내용

(단위 : 원)

○○○

(5) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 이 건에 대하여 살펴본다.

(가) 먼저 쟁점①에 대하여 살피건대, 청구법인은 시공사가 공급한 쟁점특별제공품은 세금계산서가 발행될 수 없는 용역의 무상공급으로 공통손금으로 산입될 수 없어 이를 손금불산입하는 것이 부당하다고 주장하나, 시공사와 체결한 공사도급계약서 제5조(공사의 범위 비용부담) 제2항 제15호에 조합원 특별제공 품목이 공사의 범위로 명시되어 있고, 제7조(공사계약금액) 제1항에서 도급단가를 ㎡당 OOO원으로 하며 위 공사금액은 제5조 제2항의 공사비 등으로 구성되어 있다고 기재된 점, 시공사에 지급된 총공사비의 항목별 금액이 확인되지 아니한 이상 시공사가 쟁점특별제공품을 무상으로 제공하였다는 것이 입증되었다고 보기 어렵고, 처분청은 쟁점특별제공품이 공사 마무리 단계에서 시공되는 점을 감안하여 그 금액을 합리적으로 산정한 것으로 보이는 점 등에 비추어 위 청구주장을 받아들이기 어려운 것으로 판단된다.

(나) 다음으로 쟁점②에 관하여 살피건대, 청구법인은 쟁점특별제공액이 총공사비에 포함됨으로써 조합원의 분담금이 증가되므로 쟁점특별제공액에 대하여 조합원의 배당으로 소득금액변동통지를 한 것은 부당하다고 주장하나, 청구법인이 조합원분양과 일반분양(수익사업)을 함께 하여 일반분양에서 발생한 이익은 최종적으로 조합원에게 귀속될 재원이어서 이후 조합원의 배당소득으로 과세되어야 할 것인 점, 쟁점특별제공액이 추후 조합원들의 분담금에 반영되어 정산될 것으로 단정하기 어렵고 「법인세법」상 사외유출된 금원으로 주주에게 귀속되었음이 확인된 경우 배당으로 소득처분하는 것이 타당해 보이는 점(조심 2023부9032, 2024.5.21. 외 다수, 같은 뜻임) 등에 비추어 위 청구주장을 받아들이기 어려운 것으로 판단된다.

(다) 다음으로 쟁점③에 관하여 살피건대, 청구법인은 쟁점이사비 및 쟁점지급보증료가 원활한 사업진행을 위한 필수적인 경비로서 수익사업을 포함한 이 건 정비사업의 공통손금에 해당한다고 주장하나, 쟁점이사비 및 쟁점지급보증료는 조합원의 이익을 위해 지출한 비용에 해당하고, 청구법인이 이를 대신 납부하지 않았더라도 정비사업을 수행함에 있어 장애가 되지 않는다 할 것이므로 쟁점이사비 및 쟁점지급보증료를 정비사업에 통상적으로 필요한 비용으로 보기 어려운 점, 쟁점이사비 및 쟁점지급보증료는 조합원을 위하여 지출한 것으로 일반분양분(수익사업)과 무관한 것임에도 이를 전체 공통비용으로 보게 되면 수익·비용의 대응 원칙에도 부합하지 아니한 점 등에 비추어 위 청구주장을 받아들이기 어려운 것으로 판단된다.

(라) 마지막으로 쟁점④에 관하여 살피건대, 청구법인은 쟁점공사원가가 분양수입에 대응하는 비용으로 2022사업연도의 손금으로 산입하여야 한다고 주장한다.

그러나 쟁점공사원가는 2022사업연도 이후에 공사계약의 금액이 변경되거나 2022사업연도에 해당 공사용역이 진행 중이었던 것으로 보이는 점, 또한 그 대금을 지급한 객관적인 증빙이 확인되지 않은 점 등에 비추어 위 청구주장을 받아들이기 어려운 것으로 판단된다.

다만, 쟁점공사는 이미 계획되어 시행된 OOO구역정비사업에 필수적인 공사로 보이는 점, 정비사업조합의 특성상 사업 준공 후 해산하게 되고 분양수입에 대응하는 지급의무가 확정된 비용을 분양수익을 인식한 사업연도의 손금에 반영되지 못한다면 해당 비용을 지급한 사업연도의 손금 인식으로 발생된 결손금은 분양수익이 없어서 과세소득이 발생하지 아니하여 이월결손금을 공제받을 수 없게 되므로 실제 소득보다 법인세를 과다하게 부담할 뿐만 아니라 수익비용대응 원칙에도 부합하지 아니하는 점(조심 2025서3451, 2025.10.30. 같은 뜻임), 청구법인은 이 건 심판청구시 쟁점공사 중 일부에 대한 변경계약서, 세금계산서 및 대금지급내역을 제출한바, 위 공사내역 중 OOO구역정비사업의 부분 준공(2022.9.29.) 이전에 계약되어 이 건 심판청구의 결정일까지 기간 동안 공사가 완료되고 그 대금이 지급되어 공사대금 지급의무가 확정되었는지를 재조사하여 지급의무가 확정된 금액을 분양수입으로 인식한 2022사업연도의 손금으로 보는 것이 타당한 것으로 판단된다.

4. 결론

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 일부 이유 있으므로「국세기본법」제80조의2 및 제65조 제1항 제2호 및 제3호에 의하여 주문과 같이 결정한다.

＜별지1＞ 분양원가 계상내역

(단위 : 원)

○○○

＜별지2＞ 관련 법령 등

(1) 법인세법

제3조(과세소득의 범위) ③ 비영리내국법인의 각 사업연도의 소득은 다음 각 호의 사업 또는 수입(이하 “수익사업”이라 한다)에서 생기는 소득으로 한다.

1. 제조업, 건설업, 도매업ㆍ소매업, 소비자용품수리업, 부동산ㆍ임대 및 사업서비스업 등의 사업으로서 대통령령으로 정하는 것

7. 제1호부터 제6호까지의 규정 외에 대가(對價)를 얻는 계속적 행위로 인하여 생기는 수입으로서 대통령령으로 정하는 것

제19조(손금의 범위) ① 손금은 자본 또는 출자의 환급, 잉여금의 처분 및 이 법에서 규정하는 것은 제외하고 해당 법인의 순자산을 감소시키는 거래로 인하여 발생하는 손비(損費)의 금액으로 한다.

② 제1항에 따른 손비는 이 법 및 다른 법률에서 달리 정하고 있는 것을 제외하고는 그 법인의 사업과 관련하여 발생하거나 지출된 손실 또는 비용으로서 일반적으로 인정되는 통상적인 것이거나 수익과 직접 관련된 것으로 한다.

제27조(업무와 관련 없는 비용의 손금불산입) 내국법인이 지출한 비용 중 다음 각 호의 금액은 각 사업연도의 소득금액을 계산할 때 손금에 산입하지 아니한다.

2. 제1호 외에 해당 법인의 업무와 직접 관련이 없다고 인정되는 지출금액으로서 대통령령으로 정하는 금액

제40조(손익의 귀속사업연도) ① 내국법인의 각 사업연도의 익금과 손금의 귀속사업연도는 그 익금과 손금이 확정된 날이 속하는 사업연도로 한다.

② 제1항에 따른 익금과 손금의 귀속사업연도의 범위 등에 관하여 필요한 사항은 대통령령으로 정한다.

제43조(기업회계기준과 관행의 적용) 내국법인의 각 사업연도의 소득금액을 계산할 때 그 법인이 익금과 손금의 귀속사업연도와 자산ㆍ부채의 취득 및 평가에 관하여 일반적으로 공정ㆍ타당하다고 인정되는 기업회계기준을 적용하거나 관행(慣行)을 계속 적용하여 온 경우에는 이 법 및 「조세특례제한법」에서 달리 규정하고 있는 경우를 제외하고는 그 기업회계기준 또는 관행에 따른다.

제67조(소득처분) 다음 각 호의 법인세 과세표준의 신고·결정 또는 경정이 있는 때 익금에 산입하거나 손금에 산입하지 아니한 금액은 그 귀속자 등에게 상여(賞與)·배당·기타사외유출(其他社外流出)·사내유보(社內留保) 등 대통령령으로 정하는 바에 따라 처분한다.

제113조(구분경리) ① 비영리법인이 수익사업을 하는 경우에는 자산·부채 및 손익을 그 수익사업에 속하는 것과 수익사업이 아닌 그 밖의 사업에 속하는 것을 각각 다른 회계로 구분하여 기록하여야 한다.

(2) 법인세법 시행령

제69조(용역제공 등에 의한 손익의 귀속사업연도) ①법 제40조 제1항 및 제2항을 적용함에 있어서 건설ㆍ제조 기타 용역(도급공사 및 예약매출을 포함하며, 이하 이 조에서 “건설등”이라 한다)의 제공으로 인한 익금과 손금은 그 목적물의 건설등의 착수일이 속하는 사업연도부터 그 목적물의 인도일(용역제공의 경우에는 그 제공을 완료한 날을 말한다. 이하 이 조에서 같다)이 속하는 사업연도까지 기획재정부령으로 정하는 바에 따라 그 목적물의 건설등을 완료한 정도(이하 이 조에서 “작업진행률”이라 한다)를 기준으로 하여 계산한 수익과 비용을 각각 해당 사업연도의 익금과 손금에 산입한다. 다만, 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우에는 그 목적물의 인도일이 속하는 사업연도의 익금과 손금에 산입할 수 있다.

1. 중소기업인 법인이 수행하는 계약기간이 1년 미만인 건설등의 경우

2. 기업회계기준에 따라 그 목적물의 인도일이 속하는 사업연도의 수익과 비용으로 계상한 경우

② 제1항을 적용할 때 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우에는 그 목적물의 인도일이 속하는 사업연도의 익금과 손금에 각각 산입한다.

1. 작업진행률을 계산할 수 없다고 인정되는 경우로서 기획재정부령으로 정하는 경우

2. 법 제51조의2 제1항 각 호의 어느 하나에 해당하거나 「조세특례제한법」제104조의31 제1항에 따른 법인으로서 한국채택국제회계기준을 적용하는 법인이 수행하는 예약매출의 경우

③ 제1항을 적용할 때 작업진행률에 의한 익금 또는 손금이 공사계약의 해약으로 인하여 확정된 금액과 차액이 발생된 경우에는 그 차액을 해약일이 속하는 사업연도의 익금 또는 손금에 산입한다.

제106조(소득처분) ① 법 제67조에 따라 익금에 산입한 금액은 다음 각 호의 구분에 따라 처분한다. 비영리내국법인과 비영리외국법인에 대하여도 또한 같다.

1. 익금에 산입한 금액이 사외에 유출된 것이 분명한 경우에는 그 귀속자에 따라 다음 각 목에 따라 배당, 이익처분에 의한 상여, 기타소득, 기타 사외유출로 할 것 (이하 생략)

가. 귀속자가 주주등(임원 또는 직원인 주주등을 제외한다)인 경우에는 그 귀속자에 대한 배당

제156조(구분경리) ① 법 제113조 제1항부터 제5항까지의 규정에 해당하는 법인은 구분하여야 할 사업 또는 재산별로 자산ㆍ부채 및 손익을 법인의 장부상 각각 독립된 계정과목에 의하여 기획재정부령으로 정하는 바에 따라 구분경리하여야 한다.

(3) 법인세법 시행규칙

제76조(비영리법인의 구분경리) ① 비영리법인이 법 제113조 제1항의 규정에 의하여 구분경리하는 경우 수익사업과 기타의 사업에 공통되는 자산과 부채는 이를 수익사업에 속하는 것으로 한다.

② 비영리법인이 구분경리를 하는 경우에는 수익사업의 자산의 합계액에서 부채(충당금을 포함한다)의 합계액을 공제한 금액을 수익사업의 자본금으로 한다.

③ 비영리법인이 기타의 사업에 속하는 자산을 수익사업에 지출 또는 전입한 경우 그 자산가액은 자본의 원입으로 경리한다. 이 경우 자산가액은 시가에 의한다.

④ 비영리법인이 수익사업에 속하는 자산을 기타의 사업에 지출한 경우 그 자산가액 중 수익사업의 소득금액(잉여금을 포함한다)을 초과하는 금액은 자본원입액의 반환으로 한다. 이 경우 「조세특례제한법」 제74조 제1항 제1호의 규정을 적용받는 법인이 수익사업회계에 속하는 자산을 비영리사업회계에 전입한 경우에는 이를 비영리사업에 지출한 것으로 한다.

(4) 소득세법

제17조(배당소득) ① 배당소득은 해당 과세기간에 발생한 다음 각 호의 소득으로 한다.

3. 의제배당(擬制配當)

4.「법인세법」에 따라 배당으로 처분된 금액

(5) 조세특례제한법

제104조의7(정비사업조합에 대한 과세특례) ②「도시 및 주거환경정비법」 제35조에 따라 설립된 조합에 대해서는「법인세법」 제2조에도 불구하고 비영리내국법인으로 보아「법인세법」(같은 법 제29조는 제외한다)을 적용한다.

(6) 조세특례제한법 시행령

제104조의4(정비사업조합의 수익사업의 범위) 법 제104조의7 제2항을 적용할 때 정비사업조합이 「도시 및 주거환경정비법」에 따라 해당 정비사업에 관한 관리처분계획에 따라 조합원에게 종전의 토지를 대신하여 토지 및 건축물을 공급하는 사업은「법인세법」제4조 제3항에 따른 수익사업이 아닌 것으로 본다.

(7) 도시 및 주거환경정비법

제61조(임시거주시설ㆍ임시상가의 설치 등) ① 사업시행자는 주거환경개선사업 및 재개발사업의 시행으로 철거되는 주택의 소유자 또는 세입자에게 해당 정비구역 안과 밖에 위치한 임대주택 등의 시설에 임시로 거주하게 하거나 주택자금의 융자를 알선하는 등 임시거주에 상응하는 조치를 하여야 한다.

제83조(정비사업의 준공인가) ① 시장ㆍ군수등이 아닌 사업시행자가 정비사업 공사를 완료한 때에는 대통령령으로 정하는 방법 및 절차에 따라 시장ㆍ군수등의 준공인가를 받아야 한다.

② 제1항에 따라 준공인가신청을 받은 시장ㆍ군수등은 지체 없이 준공검사를 실시하여야 한다. 이 경우 시장ㆍ군수등은 효율적인 준공검사를 위하여 필요한 때에는 관계 행정기관ㆍ공공기관ㆍ연구기관, 그 밖의 전문기관 또는 단체에게 준공검사의 실시를 의뢰할 수 있다.

③ 시장ㆍ군수등은 제2항 전단 또는 후단에 따른 준공검사를 실시한 결과 정비사업이 인가받은 사업시행계획대로 완료되었다고 인정되는 때에는 준공인가를 하고 공사의 완료를 해당 지방자치단체의 공보에 고시하여야 한다.

제86조(이전고시 등) ① 사업시행자는 제83조 제3항 및 제4항에 따른 고시가 있은 때에는 지체 없이 대지확정측량을 하고 토지의 분할절차를 거쳐 관리처분계획에서 정한 사항을 분양받을 자에게 통지하고 대지 또는 건축물의 소유권을 이전하여야 한다. 다만, 정비사업의 효율적인 추진을 위하여 필요한 경우에는 해당 정비사업에 관한 공사가 전부 완료되기 전이라도 완공된 부분은 준공인가를 받아 대지 또는 건축물별로 분양받을 자에게 소유권을 이전할 수 있다.