이유
1. 처분개요

가. 청구인은 주택건설업을 영위하는 주식회사 A(이하 “체납법인”이라 한다)의 주주(주식등변동상황명세서상 2021.12.31. 현재 지분율 41.67%)이고, 체납법인은 2021사업연도 법인세 합계 OOO원을 체납하였다.

나. 처분청은 체납법인의 2021사업연도 법인세 납세의무 성립일(2021.12.31.) 현재 B 주식회사(이하 “B”라 한다)가 보유한 체납법인의 주식 7,500주(지분율 25%)가 「상법」 제369조 제3항에 따라 의결권이 없는 주식에 해당하여 이를 제외하면 청구인이 체납법인의 과점주주(지분율 55.56%)에 해당한다고 보아 청구인을 체납세액에 대한 제2차 납세의무자로 지정하여 2024.12.26. 합계 OOO원을 각 납부고지(이하 “쟁점처분”이라 한다)하였다.

다. 청구인은 이에 불복하여 2025.3.1. 심판청구(이하 “1차 심판청구”라 한다)를 제기하였고, 우리 원은 “청구인이 보유한 주식회사 A의 발행주식 12,500주의 실질 주주를 확인하고 그 결과에 따라 과세표준 및 세액을 경정”하도록 재조사 결정을 하였다(조심 2025광1546, 2025.7.14.).

라. 처분청은 2025.7.14.부터 2025.7.19.까지 청구인에 대한 제2차 납세의무 지정 통지 등에 대한 재조사를 실시한 후, 2025.8.7. 청구인에게 쟁점처분을 유지하는 취지의 재조사 결과를 통지하였다.

마. 청구인은 이에 불복하여 2025.8.12. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구인 주장 및 처분청 의견

가. 청구인 주장

「국세기본법」 등 관련 규정, 최근 조세심판원 결정 및 법원 판례에 따르면 사인 간 주식 거래가 객관적 자료(거래계약서, 대금이체 내역 등)로 확인되는 경우 이를 실질거래로 보며, 과세관청은 충분한 추가조사(필요시 상대방 계좌 추적, 거래관계 확인 등) 없이 임의로 거래 진위 여부를 판단해서는 아니된다.

실제로 최근 조세심판원 결정(조심 2023인9349, 2024.3.26.)에 따르면, 주식의 소유사실은 과세관청은 주주명부등 자료에 의하여 이를 입증하면 되는 것이고, 청구인이 제시한 자료만으로는 쟁점주식의 명의신탁사실이 불분명하며, 주주명의를 도용당하였거나 실질소유주의 명의가 아닌 차명으로 등재되었다는 등의 사정이 있는 경우에는 단지 그 명의만으로 주주에 해당한다고 볼 수 없으나 이는 주주가 아님을 주장하는 그 명의자가 입증(OOO)하여야 한다고 결정하였다.

청구인은 1차 심판청구에서 주식 양도인이자 실 소유자인 A으로부터 지시를 받아 주식 양도·양수 계약이 진행되었으며, 그에 따른 거래내역 증빙 또한 A의 지시를 받아 진행되었음을(실제 거래대금 없음)을 주장하였으나, 이에 대한 재조사 결과 처분청이 ‘청구인이 제시한 A과의 통화기록 및 카카오톡 대화 등을 보면 주식매매 금융 증빙자료를 제시하기 위해 서로 이야기 하고 청구인이 직접적 행위를 하는 등 청구인은 단순 명의대여나 차명이 아닌 A과 실질적 주주권을 행사한 것으로 판단됨’이라고 판단한 것은 부당하다.

뿐만 아니라 청구인이 주식의 실 소유자가 아님을 나타내는 여타의 자료(계좌이체 내역, 녹취록 등) 및 추가소명자료를 제출하였음에도 불구하고 처분청이 추가 확인(상대방 금융거래내역 조회 등)조차 없이 형식적으로 쟁점처분을 유지하는 결정을 한 것은 실질적 사실관계 확인의무를 다하지 않은 것으로서 위법ㆍ부당하다.

따라서 처분청이 거래의 실질을 충분히 조사·확인하여 과세여부를 다시 결정하도록 재조사 또는 쟁점처분 취소 결정을 하여야 한다.

나. 처분청 의견

(1) 제1차 심판청구 재조사 결정에 따라 2025.7.14.부터 2025.7.19.까지 청구인에 대한 재조사를 실시한바, 청구인이 제시한 A과의 전자녹취록 및 문자메시시 대화내용 등을 보면 주식매매 금융 증빙자료를 제시하기 위해 서로 이야기하고, 청구인이 직접적 행위를 하는 등 단순 명의대여나 차명이 아니라 실질적으로 A과 주주권을 행사한 것으로 보이므로, 청구인을 체납법인의 과점주주로 보아 쟁점처분이 정당하다고 판단하였다.

(2) 청구인은 체납법인의 명의상 주주이고 주식의 실질적 소유자가 A이라면서 명의대여를 주장하나 이를 입증할 만한 구체적이고 객관적인 자료를 제시하지 못하고 있다.

주식의 소유사실은 과세관청이 주주명부나 주식이동상황명세서 또는 법인등기부등본 등 자료에 의해 이를 입증하면 되고, 제시한 자료만으로 일견 주주로 보이는 경우에도 실은 주주명의를 도용당하였거나 실질소유주의 명의가 아닌 차명으로 등재되었다는 등의 사정이 있는 경우에는 단지 그 명의만으로 주주에 해당한다고 볼 수는 없으나, 이는 주주가 아님을 주장하는 그 명의자가 입증하여야 한다. 또한 반드시 현실적으로 주주권을 행사한 실적이 있어야 할 것을 요구하는 것은 아니고, 납세의무 성립일 현재 소유하고 있는 주식에 관하여 주주권을 행사할 수 있는 지위에 있으면 족하다고 보아야 할 것이다(OOO).

청구인은 자신을 체납법인의 과점주주로 보아 이루어진 이 건 제2차 납세의무자 지정 및 납부고지 처분이 부당하다고 주장하나, 청구인은 2021년 1월부터 체납법인의 법인등기상 사내이사 및 대표이사로 등재되어 있는 점, 체납법인의 2021사업연도 법인세 신고 시 제출된 주주변동상황명세에 따르면 청구인은 2021.11.11.자 주식 양수·양도계약으로 인해 체납법인의 2021사업연도 납세의무 성립일 현재 지분율이 50%를 초과하게 된 점 등에 비추어 청구인은 체납법인의 과점주주에 해당한다.

체납법인의 발행주식 30,000주 중 B가 상호출자로 보유한 7,500주(25%)는 「상법」 제369조 제3항에 따라 전체 주식의 10%를 초과하여 7,500주 전체가 의결권 없는 주식으로, 이를 제외하고 청구인이 보유한 12,500주(41.67%)와 A이 보유한 10,000주(33.33%)의 비율로 과점주주 여부를 판단하면 청구인이 보유한 주식이 출자총액의 100분의 50을 초과(55.56%)하는바, 청구인을 체납법인의 경영에 대하여 지배적인 영향력을 행사하는 과점주주로 보아 제2차 납세의무자로 지정하고 납부고지한 이 건 처분은 잘못이 없다.

3. 심리 및 판단

가. 쟁점

① 이 건 처분이 당초 재조사 결정의 기속력에 반하는지 여부

② 청구인을 체납법인의 과점주주로 보아 제2차 납세의무자로 지정하고 납부고지한 처분의 당부

나. 관련 법령 : ＜별지＞ 기재

다. 사실관계 및 판단

(1) 청구인이 한 1차 심판청구에 대한 우리 원의 재조사 결정 및 처분청의 재조사 결과 통보 내용은 아래와 같다.

(가) 청구인이 쟁점처분에 불복하여 제기한 1차 심판청구의 결정(조심 2025광1546, 2025.7.14.)에 따르면 우리 원은 아래 ＜표1＞과 같이, “청구인이 A에게 주식회사 A 발행주식의 인수대금을 지급하였는지 여부, 그 자금의 원천이 A인지 여부, 청구인이 제출한 녹취록·카카오톡 대화내역의 진위 여부, 주식회사 A의 주주총회 또는 이사회 의사록, 주식회사 A 계좌 출금액의 귀속자 및 자신이 주식회사 A의 과점주주라는 A의 확인 여부 등을 재조사하여 청구인이 보유한 주식회사 A의 발행주식 12,500주의 실질 주주를 확인하고 그 결과에 따라 그 과세표준 및 세액을 경정”하라고 결정하였다.

＜표1＞ 조심 2025광1546(2025.7.14.) 결정서 주요 내용

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(나) 처분청은 우리 원의 재조사 결정(2025.7.14.)에 따라 2025.7.14.부터 2025.7.19.까지 재조사를 실시하여 “청구인이 제시한 자료(전자녹취록 및 문자내역)만으로 쟁점처분을 경정할 수 없고, A과 주식매매 금융증빙을 제시하기 위해 협의하는 등 단순 명의대여나 차명이 아닌 A과 실질적으로 주주권을 행사한 것으로 판단된다”는 이유로 2025.8.5. 청구인에게 아래 ＜표2＞와 같이 쟁점처분을 유지하는 결정을 하였다.

＜표2＞ 재조사종결보고서(2025년 7월)

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(2) 처분청과 청구인이 제시한 심리자료에 의하면, 아래와 같은 사실이 확인된다.

(가) 2021.8.8. 기준 체납법인의 100% 주주는 A이었고, 청구인은 2021.11.11. A으로부터 체납법인의 비상장주식(보통주) 12,500주를 OOO원에 양수하는 내용의 계약을 체결하였고, A은 같은 날 B에게 체납법인의 비상장주식 7,500주를 OOO원에 양도하는 내용의 계약을 체결하였다.

(나) 체납법인의 주주명부 등에 따르면 2021.12.31. 및 2022.4.20. 기준 청구인은 체납법인의 주식 12,500주(지분율 41.67%)를, B는 체납법인의 주식 7,500주(지분율 25%)를 각각 소유하고 있었는바, 이를 정리하면 아래 ＜표3＞과 같다.

＜표3＞ 체납법인의 주주 내역

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(다) 체납법인은 2021.5.17. 기준 B의 주식 10,000주 중 4,600주(지분율 46%)를 소유하고 있었고(A 및 청구인은 B의 주식을 각각 900주 소유), 체납법인의 법인등기사항전부증명서(발행일 : 2025.2.26.)상 A은 2019.9.25. 이후 체납법인의 사내이사인 것으로 기재되어 있으며, 청구인은 2021.1.1. 이후 체납법인의 대표이사로 기재되어 있다.

(라) ㈜C의 법인등기사항전부증명서(발행일 : 2025.2.27.)상 A은 2019.5.31. 이후 사내이사(2019.5.31.~2019.11.5. 대표이사)로 기재되어 있는 한편, 청구인은 ㈜C의 근로자로서 2019.5.1. 고용보험 자격을 취득하였다가 2020.10.2. 상실하였다.

(마) 이체확인증에 따르면 합계 OOO원(OOO원씩 3회)이 2021.11.12. 청구인의 계좌(OOO)에서 A의 계좌(OOO)로 이체된 것으로 나타나고, 이를 청구인이 제출한 OOO은행 예금 거래내역(조회기간 : 2021.11.12., 계좌번호 : OOO 이하 확인되지 아니함)과 비교하면 아래 ＜표4＞와 같다.

＜표4＞ 이체확인증 및 예금 거래내역(2021.11.12.자) 조회 결과 비교

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(바) 이체확인증(OOO은행, 2025.9.30. 조회)에 따르면 2021.11.15. 청구인의 계좌(OOO은행, 계좌번호 미확인)에서 A의 계좌(OOO)로 합계 OOO원(OOO원씩 2회)이 이체된 것으로 나타나고, 이를 청구인이 제출한 전북은행 스마트폰 거래 캡쳐내역(11월 15일자 거래, 계좌번호 미확인)과 비교하면 아래 ＜표5＞와 같다.

＜표5＞ 이체확인증 및 스마트폰 거래(2021.11.15.자) 캡쳐내역 비교

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(사) 청구인은 A과 주고받은 2021.1.21.자 문자메시지(“개인파산을 해도 국세는 남는다고 하네. 미리 주식을 분산시켜 놨어야 했는데”) 내용 및 A과의 대화내용 녹취록(녹음일자 : 2021.11.11.)을 아래와 같이 제출하였다.

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(아) 청구인은 대화명이 ‘OOO’인 수신자와의 카카오톡 대화내역을 화면캡쳐하여 제출하였고, 그 내용은 아래와 같다.

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(3) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 이 건에 대하여 본다.

(가) 먼저 쟁점①에 대하여 살피건대, 청구인은 우리 원이 재조사 결정을 한 쟁점처분에 대하여 처분청이 추가 과세근거를 입증하지 못한 채 이를 유지하였으므로 이는 재조사 결정의 기속력을 위반한 것으로 부당하다고 주장하나, 재조사 결정은 재결청이 처분청에게 결정서의 주문과 이유에 명시된 재조사 기준에 따라 재조사하여 처분을 하라고 명하는 것이기 때문에 그 범위 내에서 기속력이 생기는 것이고, 처분청은 재조사 결정의 기준에 따라 재조사를 해야 할 법적의무를 부담하는 것이므로 처분청이 재조사 취지에 따라 충실하게 재조사를 한 후 당초 처분을 유지하게 된 경우까지 재조사 결정의 기속력에 반하는 것으로 볼 수 없는바(조심 2017전3425, 2017.11.16. 참조),

우리 원의 2025.7.14. 재조사 결정서(조심 2025광1546) 주문 및 판단 내용에 의하면 처분청이 청구인을 체납법인의 과점주주에 해당한다고 본데 대한 구체적 판단을 유보한 채 “청구인이 A에게 주식회사 A 발행주식의 인수대금을 지급하였는지 여부, 그 자금의 원천이 A인지 여부, 청구인이 제출한 녹취록·카카오톡 대화내역의 진위 여부, 주식회사 A의 주주총회 또는 이사회 의사록, 주식회사 A 계좌 출금액의 귀속자 및 자신이 주식회사 A의 과점주주라는 A의 확인 여부” 등에 대한 추가 확인 결과에 따라 그 과세표준 및 세액을 경정하라는 취지였고, 처분청은 재조사 결정을 통보받은 후 관련 사실관계 조사를 위해 청구인이 제시한 자료 A과 청구인 간 전자녹취록 및 문자내역 등을 검토하여 재조사 결과 통지를 하였으므로 처분청의 이 건 재조사 결과 통지 처분이 우리 원의 당초 재조사 결정의 기속력에 반한다고 보기 어렵다고 판단된다.

(나) 다음으로 쟁점②에 대하여 살피건대, 과점주주에 해당하는지 여부는 과반수 주식의 소유집단의 일원인지 여부에 의하여 판단하여야 하고, 주식의 소유사실은 과세관청이 주주명부나 주식이동상황명세서 또는 법인등기부등본 등 자료에 의하여 이를 입증하면 되고, 다만 위 자료에 비추어 일견 주주로 보이는 경우에도 실은 주주명의를 도용당하였거나 실질소유주의 명의가 아닌 차명으로 등재되었다는 등의 사정이 있는 경우에는 단지 그 명의만으로 주주에 해당한다고 볼 수는 없으나 이는 주주가 아님을 주장하는 그 명의자가 입증하여야 한다(OOO).

청구인은 체납법인의 경영에 관여하거나 주주권을 행사한 사실이 없으므로 과점주주에 해당한다고 볼 수 없다고 주장하나, 주식에 관한 권리행사는 현실적으로 주주권을 행사한 실적이 있어야 할 것은 아니고, 납세의무 성립일 현재 소유하고 있는 주식에 관하여 주주권을 행사할 수 있는 지위에 있으면 족하다 할 것인바(OOO), 청구인은 2021.1.1. 이후 체납법인의 대표이사로 등기되어 있었고, 주주명부상 2021.12.31. 2022.4.20. 현재 청구인은 체납법인의 주식 12,500주(지분율 41.67%)의 소유자로 확인되는 점, 청구인은 체납법인 주주 및 대표이사로 등재되어 있었던 이래 처분청이 제2차 납세의무자로 지정·납부고지하기 전까지 본인이 주주로 등재된 사실에 대하여 어떠한 이의도 제기한 사실이 없는 반면, 청구인이 제시한 문자메시지 및 통화 녹취록 등에 의하면 청구인과 A은 체납법인의 주식소유지분 분산, 체납액 처리, 자금 이체 등에 대해 서로 협의한 것으로 나타나는 점, 청구인은 A으로부터 체납법인 주식을 매수하는 계약(2021.11.11.)을 한 이후, A에게 2021.11.12. OOO원을, 2021.11.15. OOO원을 송금하였는바, 송금 직전 입금된 OOO원의 출처(적요상 ‘OOO’로 기재) 및 거래 사유에 대해 입증하지 못하고 있는 점 등에 비추어 처분청이 청구인을 체납법인의 과점주주로 보아 해당 체납세액에 대하여 제2차 납세의무자로 지정하여 납부고지한 이 건 처분은 달리 잘못이 없는 것으로 판단된다.

4. 결론

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 없으므로 「국세기본법」 제80조의2 및 제65조 제1항 제2호에 의하여 주문과 같이 결정한다.

＜별지＞ 관련 법령

(1) 국세기본법(2022.12.31. 법률 제19189호로 개정되기 전의 것)

제14조(실질과세) ① 과세의 대상이 되는 소득, 수익, 재산, 행위 또는 거래의 귀속이 명의(名義)일 뿐이고 사실상 귀속되는 자가 따로 있을 때에는 사실상 귀속되는 자를 납세의무자로 하여 세법을 적용한다.

② 세법 중 과세표준의 계산에 관한 규정은 소득, 수익, 재산, 행위 또는 거래의 명칭이나 형식에 관계없이 그 실질 내용에 따라 적용한다.

제21조(납세의무의 성립시기) ① 국세를 납부할 의무는 이 법 및 세법에서 정하는 과세요건이 충족되면 성립한다.

② 제1항에 따른 국세를 납부할 의무의 성립시기는 다음 각 호의 구분에 따른다.

1. 소득세ㆍ법인세 : 과세기간이 끝나는 때. 다만, 청산소득에 대한 법인세는 그 법인이 해산을 하는 때를 말한다.

제22조(납세의무의 확정) ① 국세는 이 법 및 세법에서 정하는 절차에 따라 그 세액이 확정된다.

② 다음 각 호의 국세는 납세의무자가 과세표준과 세액을 정부에 신고했을 때에 확정된다. 다만, 납세의무자가 과세표준과 세액의 신고를 하지 아니하거나 신고한 과세표준과 세액이 세법에서 정하는 바와 맞지 아니한 경우에는 정부가 과세표준과 세액을 결정하거나 경정하는 때에 그 결정 또는 경정에 따라 확정된다.

2. 법인세

제39조(출자자의 제2차 납세의무) 법인(대통령령으로 정하는 증권시장에 주권이 상장된 법인은 제외한다. 이하 이 조에서 같다)의 재산으로 그 법인에 부과되거나 그 법인이 납부할 국세 및 강제징수비에 충당하여도 부족한 경우에는 그 국세의 납세의무 성립일 현재 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 자는 그 부족한 금액에 대하여 제2차 납세의무를 진다. 다만, 제2호에 따른 과점주주의 경우에는 그 부족한 금액을 그 법인의 발행주식 총수(의결권이 없는 주식은 제외한다. 이하 이 조에서 같다) 또는 출자총액으로 나눈 금액에 해당 과점주주가 실질적으로 권리를 행사하는 주식 수(의결권이 없는 주식은 제외한다) 또는 출자액을 곱하여 산출한 금액을 한도로 한다.

2. 주주 또는 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 사원 1명과 그의 특수관계인 중 대통령령으로 정하는 자로서 그들의 소유주식 합계 또는 출자액 합계가 해당 법인의 발행 주식 총수 또는 출자총액의 100분의 50을 초과하면서 그 법인의 경영에 대하여 지배적인 영향력을 행사하는 자들(이하 “과점주주”라 한다)

가. 합자회사의 유한책임사원

나. 유한책임회사의 사원

다. 유한회사의 사원

부칙 ＜법률 제17650호, 2020.12.22.＞

제1조(시행일) 이 법은 2021년 1월 1일부터 시행한다.

제2조(출자자의 제2차 납세의무에 관한 적용례) 제39조의 개정규정은 이 법 시행 이후 법인의 납세의무가 성립하는 분부터 적용한다.

제65조(결정) ① 심사청구에 대한 결정은 다음 각 호의 규정에 따라 하여야 한다.

1. 심사청구가 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 경우에는 그 청구를 각하하는 결정을 한다.

가. 심판청구를 제기한 후 심사청구를 제기(같은 날 제기한 경우도 포함한다)한 경우

나. 제61조에서 규정한 청구기간이 지난 후에 청구된 경우

다. 심사청구 후 제63조 제1항에 규정된 보정기간에 필요한 보정을 하지 아니한 경우

라. 심사청구가 적법하지 아니한 경우

마. 가목부터 라목까지의 규정에 따른 경우와 유사한 경우로서 대통령령으로 정하는 경우

2. 심사청구가 이유 없다고 인정될 때에는 그 청구를 기각하는 결정을 한다.

3. 심사청구가 이유 있다고 인정될 때에는 그 청구의 대상이 된 처분의 취소ㆍ경정 결정을 하거나 필요한 처분의 결정을 한다. 다만, 취소ㆍ경정 또는 필요한 처분을 하기 위하여 사실관계 확인 등 추가적으로 조사가 필요한 경우에는 처분청으로 하여금 이를 재조사하여 그 결과에 따라 취소ㆍ경정하거나 필요한 처분을 하도록 하는 재조사 결정을 할 수 있다.

⑤ 제1항 제3호 단서에 따른 재조사 결정이 있는 경우 처분청은 재조사 결정일로부터 60일 이내에 결정서 주문에 기재된 범위에 한정하여 조사하고, 그 결과에 따라 취소ㆍ경정하거나 필요한 처분을 하여야 한다. 이 경우 처분청은 제81조의7 및 제81조의8에 따라 조사를 연기하거나 조사기간을 연장하거나 조사를 중지할 수 있다.

⑥ 제1항 제3호 단서 및 제5항에서 규정한 사항 외에 재조사 결정에 필요한 사항은 대통령령으로 정한다.

제80조(결정의 효력) ① 제81조에서 준용하는 제65조에 따른 결정은 관계 행정청을 기속(羈束)한다.

② 심판청구에 대한 결정이 있으면 해당 행정청은 결정의 취지에 따라 즉시 필요한 처분을 하여야 한다.

제81조(심사청구에 관한 규정의 준용) 심판청구에 관하여는 제61조 제3항ㆍ제4항, 제63조, 제65조(제1항 제1호 가목 중 심사청구와 심판청구를 같은 날 제기한 경우는 제외한다) 및 제65조의2를 준용한다. 이 경우 제63조 제1항 중 “20일 이내의 기간”은 “상당한 기간”으로 본다.

(2) 국세징수법

제7조(제2차 납세의무자 등에 대한 납부고지) ① 관할 세무서장은 납세자의 체납액을 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 자(이하 이 조에서 “제2차 납세의무자등”이라 한다)로부터 징수하는 경우 징수하려는 체납액의 과세기간, 세목, 세액, 산출 근거, 납부하여야 할 기한(납부고지를 하는 날부터 30일 이내의 범위로 정한다), 납부장소, 제2차 납세의무자등으로부터 징수할 금액, 그 산출 근거, 그 밖에 필요한 사항을 적은 납부고지서를 제2차 납세의무자등에게 발급하여야 한다.

1. 제2차 납세의무자

② 관할 세무서장은 제1항에 따라 제2차 납세의무자등에게 납부고지서를 발급하는 경우 납세자에게 그 사실을 통지하여야 하고, 물적납세의무를 부담하는 자로부터 납세자의 체납액을 징수하는 경우 물적납세의무를 부담하는 자의 주소 또는 거소(居所)를 관할하는 세무서장에게도 그 사실을 통지하여야 한다.

(3) 상법

제369조(의결권) ③ 회사, 모회사 및 자회사 또는 자회사가 다른 회사의 발행주식의 총수의 10분의 1을 초과하는 주식을 가지고 있는 경우 그 다른 회사가 가지고 있는 회사 또는 모회사의 주식은 의결권이 없다.