이유
1. 처분개요

가. 청구법인은 2020.3.5.부터 2020.7.30.까지의 기간 동안 경기도 부천시 OOO 외 3필지 토지 743.6㎡(이하 “종전 토지”라 한다) 및 그 지상 건축물 699.36㎡(이하 “종전 건축물”이라 하고, 종전 토지와 함께 “종전 부동산”이라 한다)를 매매를 원인으로 취득한 후,

같은 날, 종전 부동산의 취득가액 OOO원을 과세표준으로 하여 산출한 취득세 OOO원, 지방교육세 OOO원, 농어촌특별세 OOO원 합계 OOO원을 신고·납부하였다.

나. 그 후, 청구법인은 2022.5.16. 종전 토지에 건축물 2개동의 건축물 6,848.46㎡(A동 6,457.31㎡, B동 391.15㎡, 이하 “이 건 신축건축물”이라 한다)를 신축하여 취득한 후,

2022.5.23. 이 건 신축건축물 중 청구법인이 주사무소로 사용하는 면적 1,859.71㎡(비율 27.16%, 이하 “쟁점주사무소”라 한다)에 대하여 「지방세특례제한법」제87조 제2항 제1호(이하 “쟁점감면규정”이라 한다)에 따라 새마을금고가 직접 사용하기 위하여 취득하는 부동산으로 하여 취득세를 면제받았다.

다. 청구법인은 2023.9.25. 종전 토지 중 쟁점주사무소의 비율(27.16.%)에 해당하는 토지 201.96㎡(이하 “쟁점토지”라 한다)에 대하여도 쟁점감면규정에 따라 취득세 등을 면제하여 달라는 취지로 경정청구를 하였으나, 처분청은 2023.11.15. 이를 거부하였고(이하 “쟁점①처분”이라 한다),

처분청은 2023.12.28. 쟁점주사무소의 부속토지인 쟁점토지가 과밀억제권역에서 주사무소의 사업용으로 신축하는 건축물의 부속토지로서 「지방세법」제13조 제1항에 따른 중과세 대상에 해당하는 것으로 보아, 중과세율을 적용하여 산출한 취득세OOO원, 농어촌특별세 OOO원, 합계 OOO원(가산세 포함)을 청구법인에게 부과·고지하였다(이하 “쟁점②처분”이라 한다).

라. 청구법인은 이에 불복하여 2024.2.8. 이의신청을 거쳐, 2024.7.1. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구법인 주장 및 처분청 의견

가. 청구법인 주장

(1) 청구법인은 종전 토지를 유예기간(1년)이 경과할 때까지 해당 용도에 직접 사용하지 못한 ‘정당한 사유’가 있다 할 것임에도 처분청이 이를 인정하지 아니하는 것은 아래와 같은 이유로 부당하다.

(가) 청구법인은 종전 토지를 업무용으로 직접 사용할 건축물을 신축할 목적으로 취득하여 이 건 신축건축물을 해당 업무에 직접 사용하고 있고, 처분청 또한 이 건 신축건축물에 대한 현지 출장 조사 등을 통해 청구법인이 이 건 신축건축물 중 쟁점주사무소를 해당 건축물을 업무에 직접 사용하고 있음을 확인하였으므로, 청구법인은 쟁점감면규정에 의한 감면 요건을 충족하였고 감면 요건에 저촉되는 사유는 없다.

(나) 대법원(OOO 판결 등)은 ‘정당한 사유’의 유무를 판단할 때는 납세의무자에 의하여 수행되는 사업의 공익성을 감안하여 취득세를 부과하지 않는 입법취지를 충분히 고려하면서, 부동산의 취득 목적에 비추어 그 목적사업에 직접 사용하는 데 걸리는 준비기간의 장단, 목적사업에 사용할 수 없는 법령상·사실상의 장애사유 및 장애정도, 납세의무자가 목적사업에 사용하기 위한 진지한 노력을 다하였는지 여부 등을 아울러 참작하여 구체적인 사안에 따라 개별적으로 판단하여야 한다는 법리를 일관되게 밝혔고, 이 중에서도 대법원이 가장 우선적으로 고려하여야 한다고 본 요소는 ‘정당한 사유’를 인정하는 것이 감면 취지에 부합하는지인데, 이는 감면제도의 실효성 확보를 하기 위함으로 볼 수 있다.

(다) 청구법인은 종전 토지 취득 후 이 건 신축건축물의 사용승인일까지 1년이 경과하였으나, 이 건 신축건축물을 건설하는 동안에 이유 없이 공사를 중단하거나 방치한 사실은 없고, 목적사업으로 사용하기 위한 일련의 건축 과정을 거치는 등 아래 ＜표1＞과 같이 종전 토지 상에 이 건 신축건축물을 신축하기 위한 진지한 노력을 다하여 왔으며,

종전 건축물을 철거하고, 이 건 신축건축물을 건설하는 과정에서 민원 발생은 통상적인 건설 과정에서 나타날 수 있는 것이고, 폭염, 장마 등 계절적인 공사 장애 요소도 공사를 지연시키는 일반적인 사유로서, 신축공사 과정에서 발생한 민원, 계절적 요인은 모두 정상적인 공사 진행 과정으로 포함하여 보는 것이 타당할 뿐만 아니라, 코로나19의 특수적인 상황은 납세자의 귀책사유가 없는 정당한 사유로 봄이 타당하다 할 것임에도 이를 청구법인의 내부적인 사정에서 기인하였다고 보는 것은 불합리하다.

＜표1＞ 이 건 신축건축물 신축 등을 위한 경과(청구법인 정리)

○○○

(2) 처분청은 위 (1)과 같이 쟁점토지가 감면대상이 아니라는 사유로 쟁점토지에 대하여 「지방세법」제13조 제1항에 따른 중과세 대상으로 보았으나, 이 또한 아래와 같은 이유로 부당하다.

(가) 청구법인은 쟁점①처분에 대한 부당함을 근거로 쟁점②처분에 따른 중과세율 적용 대상이 아니라고 볼 수 있고, 나아가 쟁점②처분을 근거로 쟁점①처분의 추징규정에 대한 판단을 다시 한번 명확하게 해볼 수 있다 할 것이다.

(나) 취득세 추징의 배제사유로서의 ‘정당한 사유’는 감면제도의 실효성을 확보하고, 감면 제도의 취지에 맞게 노력한 납세자를 공익적인 차원에서 보호하여 추징에 따른 가혹한 결과를 방지하기 위하여 작용한다 할 것이므로, 추징을 배제하는 것이 감면규정의 취지에 부합하다고 판단되는 경우 ‘정당한 사유’를 인정하고, 그렇지 않다면 추징이 지나치게 가혹한 결과를 초래하는지를 추가적으로 살펴보아야 한다.

(다) 쟁점①처분에 따라 청구법인이 감면 취지에 부합하지 않다고 판단이 된다고 하더라도, 쟁점②처분으로 인해 중과세율이 적용되어 이미 공익적인 목적사업을 운영하기 위해 이 건 신축건축물을 건축한 청구법인에게 가혹한 결과가 발생한다 할 것이므로, 종전 부동산 취득 후 이 건 신축건축물 사용승인까지를 정당한 공사기간으로서 인정을 해주는 것이 타당하다.

(라) 새마을금고인 청구법인의 공익적인 목적사업을 지원하고자 조세정책적인 목적으로 감면제도를 두었으나, 정상적인 공사 과정이 단순히 1년이 넘었다는 이유로 감면을 배제하고 중과세율까지 적용하게 되면 청구법인을 이용하는 국민들에게 돌아갈 공익적인 혜택이 감소하고 동시에 중과세율로 인해 공익적인 목적사업에도 손실이 초래된다 할 것이고, 이러한 결과는 추징 규정을 문언상으로만 단순히 엄격해석하여 쟁점①처분을 한 것에서 기인하였으며, 해당 결과는 입법 취지와 감면제도의 실효성을 무시한 채 행해진 위법한 처분이다.

나. 처분청 의견

(1) 청구법인은 종전 토지를 취득한 날부터 1년이 경과할 때까지 해당 용도에 직접 사용하지 아니하였으므로, 처분청이 청구법인의 경정청구를 거부한 처분은 적법하다.

(가) 「지방세특례제한법」제2조 제1항 제8호에서 “직접 사용”이란 토지 등의 소유자가 해당 토지 등을 사업 또는 업무의 목적이나 용도에 맞게 사용하는 것을 말한다고 규정하고 있고, 그 사업에 직접 사용하는 토지라 함은 그 사업에 직접 사용되고 있는 것만을 지칭하는 것으로서 단지 사업에 직접 사용하기 위한 준비를 하고 있는 것까지 포함한다고 볼 수 없다고 할 것인바(대법원 2002.10.11. 선고OOO 판결, 같은 뜻임),

건축물 등을 신축할 목적으로 취득한 토지의 취득세 감면규정을 적용함에 있어서는 특별한 사정이 없는 한 그 신축한 건축물에 대하여 사용승인을 받은 시점에 그 토지를 건축물 등의 용도로 직접 사용하는 것으로 봄이 상당하다(대법원 2008.5.29. 선고OOO판결 참조).

(나) 청구법인의 경우, 종전 토지 취득일(2020.3.5. ~ 2020.7.30.)부터 약 5~9개월이 지난 2020.12.14.에 이르러서야 건축허가를 받고, 그로부터 2개월이 지난 2021.2.22. 착공허가를 받았으며, 유예기간(1년)을 넘긴 2025.5.16. 이 건 신축건축물에 대한 사용승인을 받았으므로, 종전 토지는 유예기간(1년) 내에 해당 용도로 직접 사용한 것으로 볼 수는 없는 점,

청구법인은 이 건 신축건축물을 건설하는 과정에서 민원 발생과 폭염 및 장마 등 계절적인 요인 등으로 공사가 지연되었다고 주장하나, 이러한 장애사유는 청구법인이 주의 의무를 다하였다면 충분히 예측이 가능할 수 있었을 것이고(조심 2022지1854, 2023.8.25., 같은 뜻임), 코로나 확산에 따른 원자재 가격 상승 등의 사유는 내부사정에 불과할 뿐만 아니라, 이를 법령상 제한 등에 준하는 외부적 강제사유로 볼 수 없다(조심 2022지1296, 2023.2.9., 같은 뜻임) 할 것이므로 청구법인이 주장하는 사유는 유예기간(1년) 내에 고유 업무에 사용하지 못한 ‘정당한 사유’로 보기는 어렵다 할 것인 점,

아울러, 종전 토지를 해당 용도로 사용하지 못하도록 하는 행정관청 또는 법령에 의한 금지·제한된 외부적인 사유는 추가로 확인되지 않는 점 등에 비추어,

청구법인이 종전 토지 취득일부터 1년이 경과할 때까지 해당 용도로 직접 사용하지 아니한 ‘정당한 사유’로 보기 어렵다고 보아 처분청이 청구법인의 경정청구를 거부한 쟁점①처분은 달리 잘못이 없다.

(2) 청구법인은 위 (1)과 같이 종전 토지를 정당한 사유없이 그 취득일부터 1년이 경과할 때까지 해당 용도로 직접 사용하지 아니하였으므로, 취득세의 부과대상이라 할 것인바,

처분청이 이 건 신축건축물에 대한 현지 확인 결과, 청구법인은 쟁점주사무소를 청구법인의 사업용 부동산으로 사용하고 있는 사실을 확인하였으므로, 쟁점주사무소의 부속토지인 쟁점토지에 대하여 「지방세법」제13조 제1항에 따른 중과세 대상에 해당하는 것으로 보아 중과세율을 적용하여 산출한 이 건 취득세 등을 부과한 쟁점②처분 또한 달리 잘못이 없다.

3. 심리 및 판단

가. 쟁 점

새마을금고가 주사무소로 직접 사용하는 쟁점토지에 대하여 취득세를 감면하여 달라는 청구법인의 경정청구를 거부한 후, 「지방세법」제13조 제1항에 따라 취득세를 중과세한 처분의 당부

나. 관련 법령 : ＜별지＞ 기재

다. 사실관계 및 판단

(1) 청구법인과 처분청이 제출한 자료에 따르면 다음과 같은 사실이 확인된다.

(가) 청구법인은 경기도 부천시 OOO을 주사무소로 하여 1991.10.16. 설립허가를 받아 1991.10.21. 설립되었다.

(나) 청구법인은 새마을금고의 해당 업무에 직접 사용할 목적으로 2020.3.5.부터 2020.7.30.까지의 기간 동안 종전 토지 및 종전 건축물을 취득하여 취득세 등을 신고·납부하였다.

(다) 이 건 신축건축물의 건축물대장 등에 의하면, 청구법인은 종전 토지 상에 이 건 신축건축물의 신축을 위하여 2020.12.14. 건축허가를 받고, 2021.2.22. 건축공사에 착공하여 2022.5.16. 이 건 신축건축물 6,848.46㎡(A동 6,457.31㎡, B동 391.15㎡)을 신축하여 사용승인을 받은 것으로 나타난다.

＜표2＞ 이 건 신축건축물 현황(처분청 정리)

(단위 : ㎡)

○○○

(라) 청구법인은 2022.5.23. 이 건 신축건축물 중 청구법인이 주사무소로 사용하는 면적 1,859.71㎡(비율 27.16%)인 쟁점주사무소에 대하여 쟁점감면규정에 따라 새마을금고가 직접 사용하기 위하여 취득하는 부동산으로 하여 취득세를 면제받았다.

(마) 처분청의 출장복명서 등에 의하면, 처분청은 2023.8.23. 이 건 신축건축물에 대한 현지 출장 조사 등을 통해 위 ＜표2＞와 같이 이 건 신축건축물 중 27.16%에 해당하는 면적을 청구법인이 직접 사용하고 있는 사실 등은 확인 하였으나, 그 부속토지인 쟁점토지에 대하여는 감면 대상으로 보기 어렵다는 사실을 확인한 것으로 나타난다.

(바) 청구법인은 종전 부동산을 취득한 후, 이 건 신축건축물을 신축하는 과정에서 불가피한 기일이 소요되었다는 증빙으로 인근빌라의 민원 합의서(2021.2.18.), 폐골재, 불량토 반출 실정보고서(2021년 4월), 원자재 가격 상승으로 인한 진행상황 보고(2021.6.7.) 등 관련 자료를 제출하였다.

(2) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 이 건에 대하여 살펴본다.

(가) 「지방세특례제한법」제87조 제2항 제1호에서 새마을금고가 「새마을금고법」 제28조 제1항 제1호의 업무에 직접 사용하기 위하여 취득하는 부동산에 대해서는 취득세를 면제한다고 규정하고 있고, 같은 법 제178조 제1항 제1호에서 ‘정당한 사유 없이 그 취득일부터 1년이 경과할 때까지 해당 용도로 직접 사용하지 아니하는 경우’ 그 해당 부분에 대해서는 감면된 취득세를 추징한다고 규정하고 있으며,

한편, 「지방세법」제13조 제1항 및 같은 법 시행령 제25조에서 「수도권정비계획법」 제6조에 따른 과밀억제권역에서 본점이나 주사무소의 사업용(법인의 본점 또는 주사무소의 사무소로 사용하는 부동산과 그 부대시설용 부동산)으로 신축하거나 증축하는 건축물과 그 부속토지를 취득하는 경우의 취득세율은 제11조 및 제12조의 세율에 중과기준세율의 100분의 200을 합한 세율을 적용한다고 규정하고 있고,

「지방세법」제16조 제1항에서 토지나 건축물을 취득한 후 5년 이내에 해당 토지나 건축물이 다음 각 호의 어느 하나에 해당하게 된 경우에는 해당 각 호에서 인용한 조항에 규정된 세율을 적용하여 취득세를 추징한다고 규정하면서, 그 제1호에서 ‘제13조 제1항에 따른 본점이나 주사무소의 사업용 부동산(본점 또는 주사무소용 건축물을 신축하거나 증축하는 경우와 그 부속토지만 해당한다)’을 규정하고 있다.

(나) 살피건대, 처분청은 청구법인이 종전 토지를 취득한 날부터 1년이 경과할 때까지 해당 용도에 직접 사용하지 아니하였으므로, 쟁점주사무소의 부속토지인 쟁점토지는 쟁점감면규정에 의한 감면으로 볼 수 없고, 「지방세법」제13조 제1항 및 같은 법 시행령 제25조에 따라 중과세율을 적용하여 산출한 취득세 등을 부과한 처분은 적법하다고 주장하나,

새마을금고가 고유업무에 직접 사용하기 위한 건물을 신축할 목적으로 종전 토지와 종전 건축물 등을 취득한 후, 종전 건축물을 철거하고 그 지상의 토지 위에 건축물을 신축하는 경우에 종전 토지의 취득일부터 1년 이내에 건축물을 신축하지 못하였더라도 거기에 ‘정당한 사유’가 있다면 종전 토지 등에 대하여 「지방세특례제한법」제178조 제1항 제1호에서 규정하는 추징사유가 발생하였다고 볼 수는 없다 할 것인바(대법원 2013.6.13. 선고OOO판결, 같은 뜻임),

청구법인은 종전 부동산을 취득한 날(2020.3.5.～2020.7.30.)부터 1년 이내인 2021.2.22. 이 건 신축건축물 신축을 위한 건축공사에 착공하여 2022.5.16. 이 건 신축건축물을 신축(사용승인) 하였으므로, 비록, 쟁점토지를 취득한 이후 해당사업에 직접 사용하기까지 유예기간인 1년을 경과하였으나, 쟁점토지 취득후 건축물 신축을 위한 일련의 공사를 진행한 것으로 확인되므로, 이는 유예기간(1년) 내에 직접 사용하지 못한 ‘정당한 사유’를 인정하는 것이 타당하다 할 것이고, 「지방세특례제한법」제178조 제1항 제1호에 따른 추징 사유가 발생하였다고 보기는 어려운 점,

원칙적으로, 토지를 취득하여 고유업무에 직접 사용하기 위한 건축 등의 공사를 하였다고 하더라도 그것만으로는 그 토지를 고유업무에 직접 사용한 것이라고 볼 수 없고(대법원 2008.5.29. 선고OOO판결, 같은 뜻임), 건축물의 신·증축 등 건축공사는 원칙적으로 토지를 건축물 등의 용도로 직접 사용하는 행위라기보다는 이를 위한 준비행위에 불과하다(대법원 1999.11.26. 선고OOO판결 등, 같은 뜻임) 할 것이지만, 건축물의 신·증축 등 건축공사 행위는 고유업무에 직접 사용하지 못한 ‘정당한 사유’가 있는 것으로 볼 수 있는 점(대법원 2009.3.12. 선고 OOO판결, 같은 뜻임),

청구법인은 이 건 신축건축물을 신축하여 그 중 일부인 쟁점주사무소(건축물)를 청구법인의 고유업무에 직접 사용하고 있고, 쟁점주사무소에 대하여는 쟁점감면규정에 따라 처분청으로부터 취득세를 감면받고 있는 것으로 나타나므로, 쟁점주사무소의 부속토지인 쟁점토지에 대하여도 쟁점감면규정에 따라 취득세를 감면하는 것이 타당하다 할 것인 점 등에 비추어,

처분청이 청구법인의 경정청구를 거부(쟁점①처분)한 후, 이 건 취득세 등을 청구법인에게 부과·고지(“쟁점②처분”)한 처분은 잘못이 있다고 판단된다.

4. 결 론

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 있으므로 「지방세기본법」 제96조 제7항과 「국세기본법」 제80조의2, 제65조 제1항 제3호에 의하여 주문과 같이 결정한다.

＜별지＞ 관련 법령

(1) 지방세법

(2019.12.31., 법률 제16855호로 일부개정된 것)

제13조(과밀억제권역 안 취득 등 중과) ① 「수도권정비계획법」 제6조에 따른 과밀억제권역에서 대통령령으로 정하는 본점이나 주사무소의 사업용으로 신축하거나 증축하는 건축물(「신탁법」에 따른 수탁자가 취득한 신탁재산 중 위탁자가 신탁기간 중 또는 신탁종료 후 위탁자의 본점이나 주사무소의 사업용으로 사용하기 위하여 신축하거나 증축하는 건축물을 포함한다)과 그 부속토지를 취득하는 경우와 같은 조에 따른 과밀억제권역(「산업집적활성화 및 공장설립에 관한 법률」을 적용받는 산업단지ㆍ유치지역 및 「국토의 계획 및 이용에 관한 법률」을 적용받는 공업지역은 제외한다)에서 공장을 신설하거나 증설하기 위하여 사업용 과세물건을 취득하는 경우의 취득세율은 제11조 및 제12조의 세율에 중과기준세율의 100분의 200을 합한 세율을 적용한다.

제16조(세율 적용) ① 토지나 건축물을 취득한 후 5년 이내에 해당 토지나 건축물이 다음 각 호의 어느 하나에 해당하게 된 경우에는 해당 각 호에서 인용한 조항에 규정된 세율을 적용하여 취득세를 추징한다.

1. 제13조 제1항에 따른 본점이나 주사무소의 사업용 부동산(본점 또는 주사무소용 건축물을 신축하거나 증축하는 경우와 그 부속토지만 해당한다)

(2) 지방세법 시행령

제25조(본점 또는 주사무소의 사업용 부동산) 법 제13조 제1항에서 “대통령령으로 정하는 본점이나 주사무소의 사업용 부동산”이란 법인의 본점 또는 주사무소의 사무소로 사용하는 부동산과 그 부대시설용 부동산(기숙사, 합숙소, 사택, 연수시설, 체육시설 등 복지후생시설과 예비군 병기고 및 탄약고는 제외한다)을 말한다.

(3) 지방세특례제한법

(2020.1.15. 법률 제16865호로 일부개정된 것)

제87조(새마을금고 등에 대한 감면) ② 「새마을금고법」에 따라 설립된 새마을금고(중앙회는 제외하며, 이하 제1호 및 제2호에서 “새마을금고”라 한다)에 대해서는 다음 각 호에서 정하는 바에 따라 지방세를 각각 감면한다.

1. 새마을금고가 「새마을금고법」 제28조 제1항 제1호의 업무에 직접 사용하기 위하여 취득하는 부동산에 대해서는 취득세를, 과세기준일 현재 그 업무에 직접 사용하는 부동산에 대해서는 재산세를 각각 2023년 12월 31일까지 면제한다.

제178조(감면된 취득세의 추징) ① 부동산에 대한 감면을 적용할 때 이 법에서 특별히 규정한 경우를 제외하고는 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우 그 해당 부분에 대해서는 감면된 취득세를 추징한다.

1. 정당한 사유 없이 그 취득일부터 1년이 경과할 때까지 해당 용도로 직접 사용하지 아니하는 경우