장애인고용부담금은 법인세법상 손금불산입 대상 공과금에 해당

이유

1. 처분개요 가. 청구법인은 1979년에 설립되어 배관용, 구조용 강관 제조 및 판매를 주된 사업으로 영위하고 있는 내국법인으로, 「장애인고용촉진 및 직업재활법」(이하 “장애인고용법”이라 한다)에 따른 일정비율 이상의 장애인을 고용하지 못하여 같은 법 제33조에 따라 고용노동부장관에게 2019년분 법정부담금 OOO원(이하 “쟁점장애인고용부담금”이라 한다)을 납부한 후, 이를 손금불산입하여 2019사업연도 법인세를 신고하였다. * 의무고용 : 50명 이상의 근로자를 고용하는 사업주는 그 근로자의 총수에 따라 100분의 5의 범위에서 대통령령으로 정하는 비율 이상에 해당하는 장애인을 고용 나. 청구법인은 쟁점장애인고용부담금이 「법인세법」제21조 제5호의 손금불산입대상 공과금에 해당하지 않는다고 보아 이를 손금산입하여 기 신고한 과세표준의 감액을 구하는 경정청구를 2025.4.1. 하였고, 처분청은 기획재정부 유권해석(법인세제과-145, 2018.2.21.) 등을 근거로 2025.5.20. 경정청구를 거부하였다. 다. 청구법인은 이에 불복하여 2025.8.13. 심판청구를 제기하였다. 2. 청구법인 주장 및 처분청 의견 가. 청구법인 주장 장애인고용부담금은 의무불이행에 대한 제재로 부과되는 것이 아니어서 손금에 해당하므로 경정청구를 거부한 처분을 취소하여야 한다. (1) 장애인고용부담금은 재정적인 목적보다는 고용에 어려움을 겪는 장애인의 고용촉진을 주된 목적으로 하는 ‘유도적·조정적 (특별)부담금’의 성격을 가지고 있다. 즉, 사업주 간의 장애인고용에 수반되는 경제적 부담을 평등화하는 기능을 하는 부담금일 뿐 이를 의무불이행에 대한 제재로 볼 수 없다. (가) 헌법재판소는 장애인고용부담금은 사업주의 공동갹출금이고, 재정적인 목적보다는 고용에 어려움을 겪는 장애인의 고용촉진을 주된 목적으로 하는 ‘유도적·조정적 부담금’의 성격이 강하다는 입장이다(OOO). (나) 서울행정법원은 장애인 고용의무제도의 실효성 확보수단으로서 가장 강력한 수단으로 평가되는 장애인고용부담금 제도는 사업주 간에 장애인고용에 수반되는 경제적 부담을 평등화하자는 것으로 ‘유도적·조정적 부담금’의 성격이 강하다고 판시하였다(OOO). (다) 실제 한국장애인고용공단의 홈페이지에서도 장애인고용부담금의 도입 목적을 장애인을 고용하는 사업주와 고용하지 않는 사업주의 경제적 부담을 평등하게 조정함으로써 장애인 고용에 따른 비용을 보전해 주기 위하여 도입되었다고 설명하고 있고, 장애인고용법은 일정한 장애인 고용비율을 정해 놓고 그에 미치지 못한다면 장애인 고용부담금을 납부하여 장애인 고용 촉진을 위한 기금에 편입되게 하고 이를 달성하면 장애인고용장려금을 지급받는 구조를 가지는바, 이는 사업주 간의 장애인고용에 수반되는 경제적 부담을 평등화하는 기능을 하는 부담금일 뿐 이를 의무불이행에 대한 제재로 볼 수 없다. (2) 장애인 고용부담금은 의무불이행에 대한 ‘제재’가 아니라 장애인 고용에 대한 정책적 목적을 달성하기 위하여 ‘독립적으로 부과되는 금전지급의무’에 해당한다. (가) 장애인고용부담금은 장애인고용법 제28조 제1항을 위반한 자에 대하여 부과되는 것이 아니라 단지 ‘의무고용률’을 부담금 부과의 요건 및 기준으로 두고 있는 것에 불과하고, 장애인고용법 제33조 제4항은 부담금 감면요건을 정하고 있는바, 장애인고용부담금은 법률에서의 각 요건에 따라 독립적으로 부과되는 금전지급의무에 해당한다. (나) 의무불이행에 대한 제재로서 부과되는 벌금 내지 과태료는 고의 또는 과실이라는 책임요건의 존재를 요건으로 하고 있으나, 장애인고용부담금의 경우 장애인고용법 제33조에서 정한 요건에 해당하기만 하면 고의나 과실 등에 대한 고려없이 일률적으로 납부의무가 발생한다는 점에서 의무위반에 대한 제재적 성격을 가진 것으로 볼 수 없다. (다) 고용노동부가 발간한 문헌에서도 장애인고용부담금은 법률상 의무위반에 대한 제재가 아니라 장애인의 고용을 유도하기 위한 특별부담금이고, 장애인을 고용하지 않은 데에 사업주의 고의 및 과실 등 책임요건은 장애인고용부담금 부과에 영향을 미치지 않는다고 설명하고 있다. (3) 법인세법령의 개정 경과를 보더라도 장애인고용부담금이 손금산입의 대상이 됨을 확인할 수 있다. (가) 1997.12.31. 개정전 「법인세법 시행령」 제25호(공과금의 범위)에서 손금불산입 대상 공과금의 예외로 장애인 고용부담금을 포함하였고, 헌법재판소는 위 법령이 손금산입되는 공과금을 열거하고 있으나, 성격이 유사한 공과금 중 특정 공과금에 대하여만 손금산입을 허용하고 있거나 명백히 손금산입을 허용함이 마땅한 공과금을 포함하고 있지 않는 경우 위헌의 문제가 생기지만 법원으로서는 시행령에서 누락된 공과금까지 손금산입하는 것은 곤란하여 납세자의 권리구제가 제대로 이루어질 수 없다는 점을 지적한 바 있다(OOO). (나) 이에 따라 개정된 법령은 손금불산입 대상이 되는 공과금은 ‘법령에 의한 의무의 불이행 또는 금지·제한 등의 위반에 대한 제재로서 부과되는 것’을 말한다는 포괄규정을 도입하였고, 열거주의 당시에 손금산입되는 공과금은 포괄주의 체계하에서도 당연히 손금산입된다고 해석될 수 있으며, 과세관청의 유권해석도 장애인고용부담금의 손금산입을 허용하는 입장이었다. (다) 따라서 공과금의 손금산입 범위가 더욱 넓어진 현행 포괄주의 체계하에서 장애인고용부담금의 손금산입이 인정되지 않을 이유가 전혀 없다고 할 것이다. (4) 장애인고용부담금의 손금성을 부인하여 불이익을 가할 정책적 이유나 근거가 없다. (가) 「법인세법」 제21조 제5호가 제재적 성격의 공과금을 손금불산입하는 취지는 제재적 성격의 공과금을 손금으로 인정하게 되면 손금이 반영된 법인세액 상당액을 사실상 국가가 보조하는 효과가 발생해 제재의 효과가 경감되기 때문이다(OOO). (나) 그러나 장애인고용부담금은 장애인 고용촉진 및 직업재활 기금의 재원이 되고, 기금은 장애인고용장려금, 장애인 고용촉진 및 직업재활 등 장애인의 고용촉진을 위하여 사용되는바, 장애인고용부담금을 제재적 성격의 공과금으로 볼 수 없을 뿐만 아니라, 세법에서 이를 손금불산입하는 방식으로 불이익을 가할 정책적 이유나 근거가 전혀 없다. (다) 기획재정부는 2018.12.21. 장애인고용부담금이 손금불산입되는 공과금에 해당한다는 유권해석을 하였으나, 유권해석은 법적효력이 없어 납세의무자를 구속할 근거로 삼을 수 없고, 그 결론 또한 장애인고용부담금의 법적 성격, 관련 법령의 개정경과 및 장애인고용법의 문언 및 체계에 비추어 타당하지 않다. 또한 해당 유권해석은 “동 예규는 회신일 이후 장애인고용부담금을 신고·납부하여야 하는 분부터 적용하는 것임”이라는 단서를 두고 있는바, 이는 해석범위를 넘어 새로운 과세요건을 창설하는 것으로 법규적 효력이 없는 유권해석을 통해 실질적으로 새로운 과세요건을 창설하였다는 점에서 위법하다. (5) 서울행정법원은 장애인고용부담금이 장애인 고용의 목적을 달성하기 위하여 독립적으로 부과되는 금전지급의무에 해당하므로 손금에 산입하여야 한다는 취지로 판시하였고(OOO), 서울고등법원도 과세관청의 항소를 기각하였다(OOO). 나. 처분청 의견 장애인고용부담금은 ‘법령에 따른 의무의 불이행에 대한 제재로서 부과되는 공과금’으로 보는 것이 타당하므로 청구주장은 이유 없다. (1)장애인고용법은 사업주에게 장애인 고용률 준수의무를 부여하고 있고 의무고용률(3.1%)에 미달하는 경우 부담금을 부과하므로 의무불이행에 대한 제재로서 납부하는 공과금에 해당한다. 특히, 장애인 고용의무 불이행의 정도가 가장 중한 정도로서 장애인을 1명 이상 고용하지 아니한 달이 있는 경우 ‘기초부담액’은 최저임금법상의 최저임금액을 그대로 적용하도록 하고 있으므로 이는 쟁점부담금이 징벌적 성격임을 보여주는 것이다. ㅇㅇㅇ (2) 장애인고용부담금은 엄격한 절차에 따라 법적통제를 가하고 있는 「부담금관리기본법」상 부담금에 해당하고, 같은 법 제2조에 따른 “특정 공익사업과 관련하여 법률에서 정하는 바에 따라 부과하는 조세 외의 금전 지급의무”의 이행에 해당하며, 조세와 마찬가지로 공법상의 금전지급의무에 해당하므로 납부의무자가 그 의무를 이행하지 않으면 국세 체납처분의 예에 따라 강제징수할 수 있다(장애인고용법 제37조). 기획재정부도 행정법상 의무이행 확보의 수단인 간접적 강제 제도와 유사하게 금전적 부담을 수반하는 의무이행수단으로서 부담금을 언급하면서 그 예로 장애인고용부담금을 제시하고 있다.

＜부담금운용종합보고서(2015년, 기획재정부, 제10면)＞ 4. 부담금의 기능 (1) 원인자·수익자 부담원칙에 의한 공공서비스 창출 … (2) 바람직한 행위의 유도 부담금은 사회적 또는 법적으로 가치 있는 행위를 국민에게 유도하는 기능을 수행하기도 한다. 현행 부담금 중 일부는 행정법상 의무이행 확보 수단인 간접적 강제제도와 유사하게 금전적 부담을 수반하는 의무이행 수단의 측면도 있다. 즉 법적인 가치에 반하는 행위를 하는 경우에는 그러한 행위를 하는 대가로 부담금을 납부하고, 국가나 지방자치 단체는 징수한 부담금으로 목적 달성에 필요한 재정지출을 한다. …(중략)… 사업주가 기준 고용률에 미달하는 장애인을 고용하는 경우에 일정액의 부담금을 납부하도록 하는 장애인고용부담금이나 수도권정비계획법에 의해 설치된 과밀부담금은 이러한 성격의 부담금이다.

따라서 쟁점부담금은 ‘장애인고용촉진’이라는 정책실현 목적의 유도적·조정적 부담금으로서 정책실현의 목적을 구현하기 위해서 일정한 의무를 부여하고 그 의무를 간접적으로 이행하도록 강제하는 성격을 가진 금전적 부담금이라고 할 수 있다. 또한, 장애인고용부담금이 손금으로 인정될 경우 제도취지와 달리 장애인 고용을 기피하고 전액 손금이 인정되는 부담금 납부를 선택하게 되는 역효과 문제가 예상되므로 당초 정책적 목적 달성을 저해할 우려도 감안해야 한다. (3) 장애인고용부담금을 「법인세법」 제21조 제5호의 공과금에 포함된다고 해석하는 것이 타당하다. (가) 「법인세법」 제21조 제5호에서 정하고 있는 ‘법령에 따른 의무의 불이행 또는 금지·제한 등의 위반에 대한 제재로서 부과되는 공과금’에 해당하여 손금불산입 대상이 되는지 여부는 그 공과금을 부과하는 목적과 그로 인한 효과, 공과금의 성격, 공과금이 강제하고자 하는 행정법상의 의무 및 의무불이행의 내용, 근거 법령의 제·개정 경위 내지 연혁, 규정 형식과 내용 등 해당 공과금에 관한 실질적인 내용을 두루 종합하여 판단하여야 한다. (나) 기획재정부가 유권해석[기획재정부 법인세제과-145, 2018.2.21.]을 통하여 장애인고용부담금을 손금불산입 대상 공과금으로 보고 있는 점 등을 종합하면 쟁점부담금을 「법인세법」 제21조 제5호의 공과금에 포함된다고 해석하는 것이 사회통념 상 타당하다. (4) 최근 법원의 판례[OOO]에 따르면 장애인고용부담금은 법령에 의한 의무의 불이행에 따른 ‘제재’로서 부과된 공과금이 아니라는 고등법원의 판결이 있었으나, 현재 대법원[OOO] 계류 중으로 확정되지 않았다. 3. 심리 및 판단 가. 쟁점 「장애인고용촉진 및 직업재활법」제33조 제1항에 따라 사업주가 부담하는 부담금이 「법인세법」제21조 제5호에 따른 손금불산입대상 공과금인지 여부 나. 관련 법령 (1) 법인세법 (가) 2024.12.31. 법률 제20613호로 개정되기 전의 것 제21조【세금과 공과금의 손금불산입】 다음 각 호의 세금과 공과금은 내국법인의 각 사업연도의 소득금액을 계산할 때 손금에 산입하지 아니한다. 5. 법령에 따른 의무의 불이행 또는 금지ㆍ제한 등의 위반에 대한 제재(制裁)로서 부과되는 공과금 (나) 2024.12.31. 법률 제20613호로 개정된 것 제21조【세금과 공과금의 손금불산입】 다음 각 호의 세금과 공과금은 내국법인의 각 사업연도의 소득금액을 계산할 때 손금에 산입하지 아니한다. 5. 법령에 따른 의무의 불이행 또는 금지ㆍ제한 등의 위반을 이유로 부과되는 공과금 (2) 장애인고용촉진 및 직업재활법 제1조【목적】이 법은 장애인이 그 능력에 맞는 직업생활을 통하여 인간다운 생활을 할 수 있도록 장애인의 고용촉진 및 직업재활을 꾀하는 것을 목적으로 한다. 제28조【사업주의 장애인 고용 의무】 ① 상시 50명 이상의 근로자를 고용하는 사업주(건설업에서 근로자 수를 확인하기 곤란한 경우에는 공사 실적액이 고용노동부장관이 정하여 고시하는 금액 이상인 사업주)는 그 근로자의 총수(건설업에서 근로자 수를 확인하기 곤란한 경우에는 대통령령으로 정하는 바에 따라 공사 실적액을 근로자의 총수로 환산한다)의 100분의 5의 범위에서 대통령령으로 정하는 비율(이하 “의무고용률”이라 한다) 이상에 해당(그 수에서 소수점 이하는 버린다)하는 장애인을 고용하여야 한다. 제33조【사업주의 부담금 납부 등】 ① 의무고용률에 못 미치는 장애인을 고용하는 사업주(상시 100명 미만의 근로자를 고용하는 사업주는 제외한다)는 대통령령으로 정하는 바에 따라 매년 고용노동부장관에게 부담금을 납부하여야 한다. ② 부담금은 사업주가 의무고용률에 따라 고용하여야 할 장애인 총수에서 매월 상시 고용하고 있는 장애인 수를 뺀 수에 제3항에 따른 부담기초액을 곱한 금액의 연간 합계액으로 한다. ③ 부담기초액은 장애인을 고용하는 경우에 매월 드는 다음 각 호의 비용의 평균액을 기초로 하여 고용정책심의회의 심의를 거쳐 「최저임금법」에 따라 월 단위로 환산한 최저임금액의 100분의 60 이상의 범위에서 고용노동부장관이 정하여 고시하되, 장애인 고용률(매월 상시 고용하고 있는 근로자의 총수에 대한 고용하고 있는 장애인 총수의 비율)에 따라 부담기초액의 2분의 1 이내의 범위에서 가산할 수 있다. 다만, 장애인을 상시 1명 이상 고용하지 아니한 달이 있는 경우에는 그 달에 대한 사업주의 부담기초액은 「최저임금법」에 따라 월 단위로 환산한 최저임금액으로 한다. 1. 장애인을 고용하는 경우 필요한 시설·장비의 설치, 수리에 드는 비용 2. 장애인의 적정한 고용관리를 위한 조치에 필요한 비용 3. 그 밖에 장애인을 고용하기 위하여 특별히 드는 비용 등 ⑥ 고용노동부장관은 사업주가 제5항에서 정한 기간에 신고를 하지 아니하였을 때에는 이를 조사하여 부담금을 징수할 수 있다. (3) 장애인고용촉진 및 직업재활법 시행령 제25조【사업주의 의무고용률】법 제28조제1항에 따른 장애인 고용의무가 있는 사업주의 장애인 상시 근로자 의무고용률은 다음 각 호와 같다. 다만, 사업주가 법 제9조제2항제3호에 따른 장애인 직업재활시설을 직접 설치ㆍ운영하는 경우에는 이 시설의 장애인 근로자를 사업주가 고용하여야 하는 장애인 수에 포함한다. 1. 2015년 1월 1일부터 2016년 12월 31일까지 : 1000분의 27 2. 2017년 1월 1일부터 2018년 12월 31일까지 : 1000분의 29 3. 2019년 이후 : 1000분의 31 다. 사실관계 및 판단 (1) 청구인과 처분청이 제출한 심리자료에 의해 아래의 내용이 확인된다. (가) 청구법인의 법인세 신고 및 경정청구 내용에 따르면, 청구법인은 2019사업연도에 장애인고용부담금 OOO원을 납부한 후 법인세 신고시 이를 손금불산입하였다가, 경정청구 시에 그 금액을 손금산입하여 과세표준의 감액을 구한 것으로 나타난다. (나) 법인세법령 개정 연혁에 따르면, 공과금의 손금인정 여부에 관한 「법인세법 시행령」규정은 1997.12.31. 대통령령 제15564호로 개정되면서 아래와 같이 변경되었고, 그 개정 후의 「법인세법 시행령」제25조 제2호와 유사한 내용이 현행 「법인세법」제21조 제5호에 규정되어 있다.

1997.12.31. 개정 전 「법인세법 시행령」	1997.12.31. 개정 후 「법인세법 시행령」
제25조 (공과금의 범위) ① 법 제16조제5호에서 “대통령령이 정하는 공과금”이라 함은 다음 각 호의 것(특별회비를 제외한다)을 제외한 공과금을 말한다. (중략) 32. 장애인고용촉진등에관한법률에 의하여 납부하는 장애인고용부담금	제25조 (공과금의 범위) 법 제16조 제5호에서 “대통령령이 정하는 공과금”이라 함은 다음 각 호의 것을 말한다. 1. 법령에 의하여 의무적으로 납부하는 것이 아닌 것 2. 법령에 의한 의무의 불이행 또는 금지ㆍ제한 등의 위반에 대한 제재로서 부과되는 것

(다) 유권해석 자료에 따르면, 국세청은 장애인고용법상 장애인고용부담금이 손비로 인정되는 공과금에 해당한다고 해석한바 있으나, 기획재정부는 2018.2.21. 이후 신고ㆍ납부하여야 하는 장애인고용부담금은 손비로 인정하지 않는다는 내용의 유권해석을 한 것으로 나타난다.

＜국세청 유권해석(서이46012-10673, 2001.12.5. 외)＞ 법인이 「장애인 고용촉진 및 직업재활법」제27조의 규정에 의하여 노동부장관에게 납부하는 장애인고용부담금은 각 사업연도의 소득금액을 계산함에 있어 손비로 인정되는 공과금에 해당하는 것임. ＜기획재정부 유권해석(법인세제과-145, 2018.2.21.)＞ 「장애인고용촉진 및 직원재활법」제33조 제1항에 따라 고용노동부장관에게 납부하는 장애인고용부담금은 「법인세법」제21조 제5호에 따른 공과금에 해당되는 것임. 다만, 동 예규는 회신일 이후 장애인고용부담금을 신고·납부하여야 하는 분부터 적용하는 것임

(2) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 살피건대, 청구법인은 쟁점금액이 「법인세법」 제21조 제5호의 손금불산입 대상인 공과금에 해당하지 않는다고 주장하나, 「법인세법」상 공과금은 국가 또는 공공단체에 의하여 국민 또는 공공단체의 구성원에게 강제적으로 부과되는 모든 공적부담으로 법인의 일정한 사업이나 자산의 존재, 거래 등의 행위에 수반하여 강제적으로 부과되는 것이기 때문에 사업경비의 성격을 띠는 것이어서 손금에 산입됨이 원칙이고, 예외적으로 그 성질상 비용성을 갖지 않거나 조세정책적 또는 기술적 이유에 의하여 손금에 산입함이 바람직하지 않아 법률이 정한 경우에 한하여 손금산입이 부정되는 것으로 보는 것(OOO)이며, 이때 어떠한 공과금이 「법인세법」 제21조 제5호에서 정하고 있는 ‘법령에 따른 의무의 불이행 또는 금지제한 등의 위반에 대한 제재로서 부과되는 공과금’에 해당하여 손금불산입 대상이 되는지 여부는 단순히 그 명칭만을 가지고 판단할 것이 아니라 그 공과금을 부과하는 목적과 그로 인한 효과, 공과금의 성격, 공과금이 강제하고자 하는 행정법상의 의무 및 의무불이행의 내용, 근거 법령의 제개정 경위 내지 연혁, 규정 형식과 내용(문언) 등 해당 공과금에 관한 실질적인 내용을 두루 종합하여 판단함이 타당한바, 장애인고용법은 장애인이 그 능력에 맞는 직업생활을 통하여 인간다운 생활을 할 수 있도록 장애인의 고용촉진 및 직업재활이라는 목적(제1조)을 달성하기 위하여 각 사업주에게 장애인고용의무를 이행하도록 강제(제28조)하면서 이러한 의무를 불이행한 사업주에게 장애인고용부담금을 납부(제33조)하도록 하고 있는 점, 쟁점고용부담금은 장애인고용법 제33조에 따라 의무고용률에 못 미치는 장애인을 고용하는 사업주를 대상으로 고용노동부장관이 징수하는 부담금으로 이는 「법인세법」 제21조 제5호의 “법령에 따른 의무의 불이행 또는 금지ㆍ제한 등의 위반에 대한 제재(制裁)로서 부과되는 공과금”에 해당하는 것으로 보이는 점(조심 2021서711, 2021.8.6. 및 조심 2022서1526, 2022.5.2., 같은 뜻임), 기획재정부도 해석을 통하여 장애인고용부담금을 손금불산입 대상 공과금으로 보고 있는 점(기획재정부 법인세제과-145, 2018.2.21.) 등에 비추어 볼 때, 처분청이 쟁점금액을 「법인세법」제21조 제5호의 손금불산입 대상 공과금으로 보아 청구법인의 경정청구를 거부한 이 건 처분은 달리 잘못이 없는 것으로 판단된다. 4. 결론 이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 없으므로 「국세기본법」제80조의2 및 제65조 제1항 제2호에 의하여 주문과 같이 결정한다.