이유
1. 처분개요

가. 청구법인은 2024.12.10. 경기도 화성시 OOO(이하 “OOO”라 한다) OOO외 1필지 토지 OOO㎡ 및 건물 OOO㎡[A로, OOO 부동산을 이하 “쟁점부동산”이라 한다]를 매매로 취득한 후, 같은 날 그 취득가격인 OOO원을 과세표준으로 하고,「지방세법」제11조 제1항 제7호 나목의 세율(1천분의 40)을 적용하여 산출한 취득세 OOO원, 지방교육세 OOO원, 농어촌특별세 OOO원 합계 OOO원을 신고·납부하였다.

나. 이후 청구법인은 2024.12.13. 쟁점부동산의 취득이「지방세특례제한법」제58조의3 제1항에 따라 창업중소기업이 창업일 당시 업종의 사업을 계속 영위하기 위하여 취득하는 부동산에 해당하므로 기 납부한 취득세의 100분의 75를 환급하여야 한다는 취지로 경정청구를 하였으나, 처분청은 2025.3.31. 이를 거부하였다.

다. 청구법인은 이에 불복하여 2025.5.7. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구법인 주장 및 처분청 등 의견

가. 청구법인 주장

(1) 청구법인의 대표자인 a은 2020.2.12.부터 2020.12.15.까지 인천광역시 연수구 OOO호에서 인적·물적 설비 없이 B이라는 상호로 도매업인 중고자동차 수출업의 개인사업(이하 “개인사업장”이라 한다)을 영위한 후 폐업하고, 2022.6.15. 자동차해체재활용업 등을 영위하기 위해 청구법인을 설립하였다.

(2) 통계청 한국표준산업분류상 개인사업장은 도매 및 소매업으로써 중고자동차 도매(무역)업을 영위하였으나, 청구법인은 수도, 하수 및 폐기물 처리, 원료 재생업으로 분류되어 있고, 중고자동차 도매(무역)업을 영위하지 않으며, 인적.물적 시설이 없는 개인사업장과는 달리 종업원(12명)과 쟁점부동산 및 기계장치, 차량운반구 등의 인적.물적 시설을 갖추고 자동차해체재활용업 등을 영위하므로 개인사업장과 동일한 사업이 아니다.

(3) 청구법인은 자동차해체재활용업을 영위하기 위해 처분청으로부터「자동차관리법」에 따른 자동차관리사업등록증을 발급받았고, 한국자동차해체재활용업협회 회원사이기도 하며, 부가가치세 과세표준증명원상 업태가 수도, 하수 및 폐기물 처리, 원료재생업/자동차해체재활용업이나, 사실상 자동차해체재활용업만을 영위하고 있으므로, 폐업한 개인사업장과 같은 종류의 사업을 하는 경우로 보아 창업중소기업에 대한 취득세 감면을 배제한 처분청의 경정청구 거부처분은 부당하다.

나. 처분청 등 의견

(1) 처분청의 의견은 다음과 같다.

(가) 개인사업장은 청구법인이 제출한 심판청구서에서 도매 및 소매업(자동차 및 부품 판매업 등)의 사업을 영위하였다고 주장하였고, 부가가치세과세표준증명에서 개업일부터 폐업일까지 매출 과세표준이 존재한 것으로 보아 도매 및 소매업으로 하여 사업이 이루어진 것으로 보인다.

(나) 청구법인의 등기부등본 및 정관의 목적사업에 폐차재활용업 뿐만 아니라 자동차 중고부품 수출 및 판매업, 도소매업, 온라인 판매업을 포함하고 있고, 사업자등록 상에서도 주업종인 수도, 하수 및 폐기물 처리, 원료재생업 외에 도매 및 소매업도 포함하고 있다. 그리고 2022년∼2024년 부가가치세 신고서 및 조정후수입금액명세서상 업태는 제조, 도소매, 종목은 자동차부품 및 중고부품인 것이 확인되고, 청구법인의 사업계획서에서 주요사업은 폐차뿐만 아니라 조기폐차 또는 폐차 인가된 차량을 해외로 중고차로 전환하여 판매하는 사업 및 엔진 및 부품 수출 등의 사업을 포함하고 있어 청구법인은 개인사업장을 폐업한 후 다시 개시하여 폐업 전의 사업과 같은 종류의 사업을 하는 경우에 해당하여 원시적인 사업 창출의 효과가 있다고 보기 어렵다 할 것이므로 쟁점부동산의 취득에 대하여「지방세특례제한법」제58조의3 제6항 제3호에 따라 이 건 경정청구를 거부한 처분은 적법하다.

(2) 경기도지사의 의견은 다음과 같다.

(가) 한국표준산업분류에 따른 청구법인의 주업종은 수도, 하수 및 폐기물 처리, 원료재생업으로 이는「지방세특례제한법」제58조의3 제4항 제8호에서 정한 창업중소기업의 업종이고, 청구법인과 개인사업장의 한국표준산업분류에 따른 세분류는 서로 다르다 할 것이다.

(나) 창업의 여부는 사업자등록증, 법인등기부의 형식적 기재에 의할 것이 아니라 실제 영위하는 사업의 실질적인 내용에 따라서 판단하여야 할 것인데(대법원 2016.6.15. 선고 2016두30576 판결 참조),

1) 개인사업장은 2020.2.12.부터 2020.12.15.까지 도매(무역)업으로 발생한 매출이 OOO백만원 가량에 불과한데 비하여, 2023년 청구법인의 매출규모는 OOO억원에 달하고, 이 중 99% 이상이 제조업으로 매출이 발생한바, 양자가 같은 업종을 영위하였다고 보기에는 그 업종과 규모면에서 차이가 크다고 보인다. 설령 청구법인이 도·소매업으로 매출이 발생하였다고 하더라도 이는 창업중소기업에서 감면 대상으로 정한 업종에 해당하지 않고, 청구법인의 설립 등기 이후 최초의 손익계산서상에서도 제조 매출이 100%로 확인된다.

2) 청구법인은 폐차 영업을 통해 얻은 수익보다 폐차량의 각 부분품을 재생하여 제작한 제품을 판매하여 얻은 수익이 보다 큰 비중을 차지하고 있음이 인정되므로 주된 영업을 제조업으로 보아 창업중소기업 업종으로 판단한 점(광주고등법원 2007.12.6. 선고 2007누459 판결 참조) 등을 종합하여 볼 때, 처분청에서 청구법인이 개인사업장을 폐업 후 사업을 폐업 전의 사업과 같은 종류의 사업을 영위하는 경우에 해당하는 것으로 보아 한 이 건 경정청구를 거부한 처분은 잘못이 있다.

3. 심리 및 판단

가. 쟁점

쟁점부동산이「지방세특례제한법」제58조의3 제1항에 따른 창업중소기업이 창업일부터 4년 이내에 취득하는 부동산에 해당하는지 여부

나. 관련 법령 : ＜별지＞ 기재

다. 사실관계 및 판단

(1) 청구법인과 처분청이 제출한 심리자료에 따라 나타나는 사실관계는 다음과 같다.

(가) 청구법인의 대표자인 a은 아래 ＜표1＞과 같이 2020.2.12. 무역 및 전자상거래업/도매 및 소매업을 목적으로 개인사업장을 개업하였다가 2020.12.15. 폐업하였고, 2022.6.15.(개업일 : 2022.9.1.) 자동차해체재활용업 등/수도, 하수 및 폐기물 처리업 등을 목적으로 청구법인을 설립하였다.

＜표1＞ 개인사업장과 청구법인 비교

○○○

(나) 법인등기사항증명서 상 청구법인의 목적사업은 아래 ＜표2＞와 같다.

＜표2＞ 법인등기사항증명서 상 목적사업

○○○

(다) 통계청장이 고시(제2017-13호, 2017.1.13.)한「제10차 표준산업분류」따른 개인사업장과 청구법인의 업종분류는 아래 ＜표3＞과 같다.

＜표3＞ 개인사업장과 청구법인의 업종분류

○○○

(라) 부가가치세과세표준증명에 의하면, 개인사업장의 2020년 매출액(무역/도매업)은 OOO원인 것으로 나타난다.

(마) 부가가치세 신고서 및 표준손익계산서에 의하면, 청구법인의 2022∼2023년 매출내역은 아래 ＜표4＞와 같다.

＜표4＞ 청구법인의 2022∼2023년 매출내역

○ ○ ○

(단위 : 원)

※ 2023년 매출액 OOO원

(바) 원천징수이행상황신고서에 의하면, 청구법인의 2022∼2024년 임직원 수는 아래 ＜표5＞와 같다.

＜표5＞ 청구법인의 2022∼2024년 임직원 수

2022년

2023년

2024년

OOO

OOO

OOO

(단위 : 명)

(사) 청구법인은 2024.12.10. 쟁점부동산 등을 매매로 취득한 후, 같은 날 그 취득가격인 OOO원을 과세표준으로 하고,「지방세법」제11조 제1항 제7호 나목의 세율(1천분의 40)을 적용하여 산출한 취득세 등 합계 OOO원을 신고·납부하였다.

(아) 청구법인은 2024.12.13. 쟁점부동산의 취득이「지방세특례제한법」제58조의3 제1항에 따라 창업중소기업이 창업일 당시 업종의 사업을 계속 영위하기 위하여 취득하는 부동산에 해당하므로 기 납부한 취득세의 100분의 75를 환급하여야 한다는 취지로 경정청구를 하였으나, 처분청은 2025.3.31. 아래 ＜표6＞과 같이 이를 거부하였다.

＜표6＞ 경정청구 거부사유

○○○

(2) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 이 건에 대하여 살펴본다.

(가)「지방세특례제한법」제58조의3 제1항에서 2023년 12월 31일까지 창업하는 과밀억제권역 외의 지역에서 창업하는 중소기업이 창업일부터 4년 이내에 창업일 당시 업종의 사업을 계속 영위하기 위하여 취득하는 부동산에 대해서는 취득세의 100분의 75를 경감하도록 규정하고 있고, 같은 조 제6항에 제3호에서 폐업 후 사업을 다시 개시하여 폐업 전의 사업과 같은 종류의 사업을 하는 경우에는 창업으로 보지 아니한다고 규정하고 있다.

(나)「지방세특례제한법」제58조의3 제6항 각 호에서 창업의 예외 사유들을 규정하고 있는 것은 새로운 사업을 최초로 개시함으로써 원시적인 사업 창출의 효과가 있는 경우에만 세제 혜택을 주려는데 있으므로 새로운 사업을 최초로 개시하는 것으로 보기 곤란한 경우에 해당하는지 여부를 판단함에 있어서는 ‘원시적인 사업창출의 효과가 있는지 여부’를 고려하여야 할 것(대법원 2020.9.24. 선고 2020두41078 판결, 같은 뜻임)이라 하겠고, 여기서 원시적으로 사업창출을 하는 “창업중소기업”의 개념은 단지 법인 설립 등과 같은 “창업”의 외형만을 가지고 볼 것이 아니라, 당해 중소기업의 설립 경위, 종전 사업과 신설된 중소기업의 각 구체적인 거래 현황, 규모 및 실태, 고용창출의 효과, 매출 발생을 통한 부가가치의 창출 여부 등을 종합적으로 참작하여 조세감면의 혜택을 주는 것이 공평의 원칙 등에 부합하는지를 기준으로 실질적으로 판단하여야 할 것(대법원 2017.5.31. 선고 2017두36069 판결 참조)이라 하겠다.

(다) 처분청은 청구법인이 폐업한 개인사업장과 동일한 도소매업을 영위하는 등 청구법인의 설립은「지방세특례제한법」제58조의3 제6항 제3호에 해당하므로「지방세특례제한법」제58조의3의 적용 대상인 창업중소기업으로 볼 수 없다는 의견이나,

「지방세특례제한법 시행령」제29조의2 제11항은「지방세특례제한법」제58조의3 제6항 제3호의 ‘폐업 후 사업을 다시 개시하여 폐업 전의 사업과 같은 사업을 하는 경우’에 따른 같은 종류의 사업은 한국표준산업분류에 따른 세분류가 동일한 사업으로 규정하고 있는바, 도소매업의 경우 한국표준산업분류상 세분류가 개인사업장은 상품 종합 도매업(4680) 및 통신 판매업(4791)이고, 청구법인은 자동차 중고 부품 및 내장품 판매업(4522)으로 세분류가 서로 다른 사업이라고 할 것이고, 세분류가 동일한 사업이라 하더라도 도소매업은 창업중소기업 감면대상 업종도 아닌 점,

개인사업장의 매출액은 2020년 도소매업으로 OOO백만원에 불과한데 반해 청구법인의 매출액은 2022년 OOO백만원(제품매출 OOO백만원), 2023년 OOO백만원(제품매출 OOO백만원, 상품매출 OOO백만원)으로 청구법인의 매출은 제품매출이 대부분이어서 청구법인의 주업종은「지방세특례제한법」제58조의3 제4항에서 창업중소기업 감면대상 업종으로 규정하고 있는 원료 재생업(제8호)이거나 제조업(제2호)으로 볼 수 있고, 청구법인이 이러한 창업중소기업 감면대상 업종을 영위하고 있는 것에 대해서는 다툼이 없는 점,

청구법인과 개인사업장은 사업장소재지(쟁점부동산↔아파트)가 서로 다르고, 2023년 청구법인의 매출액 규모가 2020년 개인사업장의 매출액 대비 약 OOO배에 달하며, 청구법인이 자동차해체재활용업 등을 영위하기 위해 쟁점부동산 및 차량운반구 등을 취득하면서 개인사업장으로부터 사업을 양수하거나 직접 자산 등을 인수 또는 매입한 사실도 나타나지 않는 등 청구법인은 창업을 통한 매출증대의 효과가 발생한 것으로 보이는 점,

청구법인이 사업을 개시하면서 2022년부터 OOO명이 청구법인의 직원으로 근무하고 있는 것으로 보이고, 개인사업장의 직원이 청구법인으로 이직하여 채용된 사실도 나타나지 아니하여 청구법인의 설립을 통해 고용증대의 효과가 발생한 것으로 보이는 점,

「지방세특례제한법」제58조의3 제1항에서 창업중소기업에 대한 지방세 감면에 관하여 규정하면서 제6항에서 창업의 범위에서 제외하는 사유를 규정한 것은 새로운 사업을 최초로 개시함으로써 원시적인 사업 창출의 효과가 있는 경우에만 조세의 감면 혜택을 주려는 데 있다 할 것(대법원 2014.3.27. 선고 2011두11549 판결 참조)인데, 이 건에서 청구법인은 설립한 후 4년 이내에 설립일 당시의 업종인 자동차해체재활용업 등에 사용하기 위하여 쟁점부동산을 취득하였으므로, 쟁점부동산의 취득에 감면을 적용하는 것은 위 제도의 취지에 반하지 아니한다고 보이는 점 등에 비추어, 청구법인은 창업으로 보지 않는「지방세특례제한법」제58조의3 제6항 제3호의 경우에 해당한다고 보기 어려우므로, 처분청에서 쟁점부동산이「지방세특례제한법」제58조의3 제1항에 따른 취득세 감면대상에 해당하지 아니한다는 이유로 이 건 경정청구를 거부한 처분은 잘못이 있는 것으로 판단된다.

4. 결론

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 있으므로「지방세기본법」제96조 제7항과「국세기본법」제80조의2 및 제65조 제1항 제3호에 의하여 주문과 같이 결정한다.

＜별지＞ 관련 법령

(1) 지방세특례제한법(2021.12.28. 법률 제18656호로 개정된 것)

제58조의3(창업중소기업 등에 대한 감면) ① 2023년 12월 31일까지 과밀억제권역 외의 지역에서 창업하는 중소기업(이하 이 조에서 "창업중소기업"이라 한다)이 대통령령으로 정하는 날(이하 이 조에서 "창업일"이라 한다)부터 4년 이내(대통령령으로 정하는 청년창업기업의 경우에는 5년 이내)에 취득하는 부동산에 대해서는 다음 각 호에서 정하는 바에 따라 지방세를 경감한다.

1. 창업일 당시 업종의 사업을 계속 영위하기 위하여 취득하는 부동산에 대해서는 취득세의 100분의 75를 경감한다.

④ 창업중소기업과 창업벤처중소기업의 범위는 다음 각 호의 업종을 경영하는 중소기업으로 한정한다. 이 경우 제1호부터 제8호까지의 규정에 따른 업종은「통계법」제22조에 따라 통계청장이 고시하는 한국표준산업분류에 따른 업종으로 한다.

2. 제조업

8. 수도, 하수 및 폐기물 처리, 원료 재생업

⑥ 제1항부터 제4항까지의 규정을 적용할 때 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우는 창업으로 보지 아니한다.

1. 합병·분할·현물출자 또는 사업의 양수를 통하여 종전의 사업을 승계하거나 종전의 사업에 사용되던 자산을 인수 또는 매입하여 같은 종류의 사업을 하는 경우. 다만, 종전의 사업에 사용되던 자산을 인수하거나 매입하여 같은 종류의 사업을 하는 경우 그 자산가액의 합계가「부가가치세법」제5조 제2항에 따른 사업개시 당시 토지·건물 및 기계장치 등 대통령령으로 정하는 사업용자산의 총가액에서 차지하는 비율이 100분의 50 미만으로서 대통령령으로 정하는 비율 이하인 경우는 제외한다.

2. 거주자가 하던 사업을 법인으로 전환하여 새로운 법인을 설립하는 경우

3. 폐업 후 사업을 다시 개시하여 폐업 전의 사업과 같은 종류의 사업을 하는 경우

4. 사업을 확장하거나 다른 업종을 추가하는 경우 등 새로운 사업을 최초로 개시하는 것으로 보기 곤란한 경우

(2) 지방세특례제한법 시행령(2021.12.31. 대통령령 제32292호로 개정된 것)

제29조의2(창업중소기업 등의 범위) ⑪ 법 제58조의3 제6항 제1호 및 제3호에 따른 같은 종류의 사업은「통계법」제22조에 따라 통계청장이 고시하는 산업에 관한 표준분류(이하 "한국표준산업분류"라 한다)에 따른 세분류가 동일한 사업으로 한다.

(3) 중소기업창업 지원법

제2조(정의) 이 법에서 사용하는 용어의 뜻은 다음과 같다.

2. “창업”이란 대통령령으로 정하는 바에 따라 중소기업을 새로 설립하는 것을 말한다.

(4) 중소기업창업 지원법 시행령

제2조(창업의 범위) ①「중소기업창업 지원법」(이하 “법”이라 한다) 제2조 제2호의 창업은 중소기업을 새로 설립하여 사업을 개시하는 것으로서 다음 각 호의 어느 하나에 해당하지 않는 것으로 한다.

1. 타인으로부터 사업을 상속 또는 증여받은 개인이 기존 사업과 같은 종류의 사업을 개인인 중소기업자로서 개시하는 것

2. 개인인 중소기업자가 기존 사업을 계속 영위하면서 중소기업을 새로 설립하는 것으로서 다음 각 목에 해당하는 것

가. 개인인 중소기업자로 사업을 개시하는 것

나. 개인인 중소기업자가 단독으로 또는「중소기업기본법 시행령」에 따른 친족과 합하여 의결권 있는 발행주식(출자지분을 포함한다. 이하 같다) 총수의 100분의 50을 초과하여 소유하거나 의결권 있는 발행주식 총수를 기준으로 가장 많은 주식의 지분을 소유하는 법인인 중소기업을 설립하여 기존 사업과 같은 종류의 사업을 개시하는 것

3. 개인인 중소기업자가 기존 사업을 폐업한 후 중소기업을 새로 설립하여 기존 사업과 같은 종류의 사업을 개시하는 것. 다만, 사업을 폐업한 날부터 3년(부도 또는 파산으로 폐업한 경우에는 2년을 말한다) 이상 지난 후에 기존 사업과 같은 종류의 사업을 개시하는 경우는 제외한다.

4. 법인인 중소기업자가 의결권 있는 발행주식 총수의 100분의 50(법인과 그 법인의 임원이 소유하고 있는 주식을 합산한다)을 초과하여 소유하는 다른 법인인 중소기업을 새로 설립하여 사업을 개시하는 것

5. 법인의 과점주주(「국세기본법」제39조 제2호에 따른 과점주주를 말한다. 이하 이 조에서 같다)가 새로 설립되는 법인인 중소기업자의 과점주주가 되어 사업을 개시하는 것

6.「상법」에 따른 법인인 중소기업자가 회사의 형태를 변경하여 변경 전의 사업과 같은 종류의 사업을 계속하는 것

② 창업기업에 해당하는 개인인 중소기업자가 본인이 대표자가 되어 새로 설립하는 법인인 중소기업에 기존 사업에 관한 모든 권리와 의무를 포괄적으로 이전시킨 경우에는 그 법인은 기존 창업기업으로서의 지위를 승계한다.

③ 제1항 제1호, 제2호 나목, 제3호 및 제6호에 따른 같은 종류의 사업의 범위는「통계법」제22조 제1항에 따라 통계청장이 작성·고시하는 한국표준산업분류(이하 “한국표준산업분류”라 한다)상의 세세분류 기준에 따른다.