이유
1. 처분개요

가. 청구법인은 대규모 소매점업, 농축산물의 가공제조 및 판매업 등을 영위하는 법인으로, 2019∼2021사업연도 중 장애인고용부담금 합계 OOO원(아래 ＜표1＞ 기재, 이하 “쟁점장애인고용부담금”이라 한다)을 납부한 후 이를 손금불산입하여 법인세를 신고하였다.

＜표1＞ 2019∼2021사업연도 장애인고용부담금

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나. 한편, 「장애인고용촉진 및 직업재활법」(이하 “장애인고용법”이라 한다) 제28조 및 제33조에서 상시 50명 이상의 근로자를 고용하는 사업주는 그 근로자 총수의 일정 비율(2019년 이후부터 3.1%로, 이하 “의무고용률”이라 한다) 이상의 장애인을 고용하여야 하고, 의무고용률에 못 미치게 장애인을 고용하는 사업주는 부담금(이하 “장애인고용부담금”이라 한다)을 납부하도록 각 규정하고 있다.

다. 청구법인은 쟁점장애인고용부담금이 「법인세법」 제21조 제5호의 ‘법령에 따른 의무의 불이행 또는 금지 제한 등의 위반에 대한 제재로서 부과되는 공과금’에 해당하지 아니한다고 보아 2019∼2021사업연도 법인세 계산시 쟁점장애인고용부담금을 손금산입하여 결손금을 증액하여야 한다는 취지로 2025.3.28. 처분청에 경정청구를 제기하였으나, 처분청은 2025.6.2. 이를 거부하였다.

라. 청구법인은 이에 불복하여 2025.8.26. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구법인 주장 및 처분청 의견

가. 청구법인 주장

(1) 쟁점장애인고용부담금은 의무불이행에 대한 제재로 부과된 공과금으로 볼 수 없으므로, 손금불산입의 대상이 되는 공과금에 해당하지 않는다.

「법인세법」 제21조 제4호 및 제5호에서 법령에 따라 의무적으로 납부하는 것이 아닌 공과금 또는 법령에 따른 의무의 불이행 또는 금지·제 한 등의 위반에 대한 제재(制裁)로서 부과되는 공과금을 손금불산입 대상으로 규정하고 있다.

장애인고용법 제28조 제1항에서 50명 이상의 근로자를 고용하는 사업주는 그 근로자의 총수에 따라 대통령령으로 정하는 비율(이하 “의무고용률”) 이상에 해당하는 장애인을 고용하도록 규정하고 있고, 같은 법 제33조 제1항에서 의무고용률에 못 미치는 장애인을 고용하는 사업주는 대통령령으로 정하는 바에 따라 매년 고용노동부장관에게 부담금을 납부하여야 한다고 규정하고 있다.

헌법재판소는 장애인고용부담금을 “고용에 어려움을 겪는 장애인의 고용촉진을 주된 목적으로 하는 ‘유도적ㆍ조정적 (특별)부담금'의 성격”이라 판단(헌법재판소 2003.7.24. 선고 OOO 전원재판부)하면서, 사회연대책임의 이념을 반영하여 장애인의 고용에 따르는 경제적 부담을 장애인을 고용하는 사업주와 고용하지 아니하는 사업주간에 평등하게 조정하고, 실업 중인 장애인의 고용촉진을 위해 장애인을 새로이 고용하는 사업주가 작업설비 등의 개선을 위하여 지는 부담을 줄이기 위한 사업주의 공동갹출금으로서, 고용률을 하회하는 사업체의 사업주로부터 기금을 납부받아 고용률을 초과해서 장애인을 고용한 사업주에게 고용지원금을 지급함으로 사업주 간의 장애인고용에 수반되는 경제적 부담을 평등화”하기 위한 목적의 부담금이라 설시한 바,

쟁점장애인고용부담금은 장애인고용법상 의무고용률을 적용받지 않거나 의무고용률을 초과하여 장애인을 고용한 사업주에게 지급되는 장애인고용장려금을 지급(장애인고용법 제30조)하기 위하여 설치된 ‘장애인 고용촉진 및 직업재활 기금’의 주된 재원으로서, 의무불이행에 대한 ‘제재’라기 보다 장애인 고용촉진이라는 정책적 목적을 달성하기 위하여 사업주 간에 비용을 분담하기 위한 부담금의 성격으로 보는 것이 타당하다고 판단된다.

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또한 장애인고용법은 장애인고용부담금 관련 신고의무를 이행하지 않거나 거짓으로 신고하는 경우에는 장애인고용부담금과 별도로 제재로서의 성격을 가진 과태료를 부과하도록 규정하고 있는바(장애인고용법 제86조 제3항 제1호), 이러한 장애인고용법의 구조적 측면에서도 장애인고용부담금 그 자체를 장애인고용법에 따른 “제재로서 부과되는 부담금”으로 보기는 어렵다고 사료된다.

(2) 관련 법령의 개정은 손금 대상인 공과금의 범위에 대한 규정 방식을 변경한 것일 뿐, 종전 규정에서 손금으로 열거되었던 공과금을 부인하겠다는 취지로 이루어진 것이 아니다.

구 「법인세법」(1998.12.28. 법률 제5581호로 전부개정되기 전의 것) 제16조 제5호는 공과금을 원칙적으로 손금불산입의 대상으로 규정하는 한편, 구 「법인세법 시행령」(1997.12.31. 대통령령 제15564호로 개정되기 전의 것) 제25조 제1항은 손금불산입에서 제외되는 공과금을 제한적으로 열거하면서 장애인고용부담금을 손금불산입에서 제외되는 공과금, 즉 손금산입 대상 공과금으로 명시적으로 규정하고 있었고, 헌법재판소의 위헌 결정(헌법재판소 1997.7.16. 선고 OOO 전원재판부) 취지에 따라 손금불산입되는 공과금의 범위를 현행 「법인세법」과 같이 모법에 포괄적인 규정의 형태로 열거하는 것으로 개정하며 종전 규정을 삭제하였는데, 이는 법인세법령상 공과금의 손금산입 범위가 더 넓어지는 방식으로 규정 방식이 개정된 것일 뿐, 장애인고용부담금과 같이 과거에는 손금 산입 대상으로 인정되던 공과금을 손금으로 인정하지 않겠다는 취지로 개정된 것이 아니다.

따라서 개정 전후 및 현재에 이르기까지 사회적인 변화나 정책적 전환 등으로 인해 장애인 고용부담금을 손금불산입할 필요성이 새로 생겼다거나, 법령 개정 또는 입법 과정에서 그에 대한 논의가 있었다고 볼 여지가 없는 이상, 쟁점장애인고용부담금이 손금산입 대상 공과금에 해당한다는 입법 취지는 현행 「법인세법」하에서도 계속해서 유지되고 있다고 보아야 하며, 위 법령 개정 후 오랜기간 과세관청의 질의회신(서이46012-10993, 2003.5.19., 서이46012-10673, 2001.12.5.)에 따라 장애인고용부담금이 손금으로 인정되어 왔음에도, 단지 기획재정부 해석(기획재정부 법인세제과-145, 2018.2.21.)이 변경되었다는 사유만으로 장애인고용부담금이 손금불산입 대상이 되는 것은 조세법률주의 및 납세자 신뢰보호원칙에 반하는 해석이라고 사료된다.

(3) 최근 법원은 본건 청구와 동일한 쟁점에 대하여, 장애인고용부담금은 법령에 따른 의무불이행에 대한 ‘제재로서 부과된 공과금’에 해당하지 아니하므로 손금에 산입되는 공과금이라고 판단(OOO)하면서, 장애인고용부담금이 의무이행을 유도하는 성격을 가지고 있기는 하나, 헌법재판소의 설시와 같이 장애인고용부담금은 장애인의 고용촉진을 주된 목적으로 하는 ‘유도적·조정적 (특별)부담금’의 성격이 강하고, 장애인고용법상 사업주가 장애인 고용의무를 이행하지 않더라도 이에 대하여 형사처벌하는 등의 규정은 없으며, 설령 의무고용률에 못 미치는 장애인을 고용하는 경우에도 모든 사업주가 장애인 고용부담금을 납부할 의무가 발생하는 것도 아닌 점, 장애인고용부담금은 장애인을 고용하는 사업주와 그렇지 않은 사업주 간의 경제적 부담을 평등하게 조정하기 위한 사업주의 공동갹출금으로서 사업주의 사업이나 자산의 존재, 거래 등의 행위에 수반되어 발생하는 사업경비의 성격을 가진다고 볼 수밖에 없서, 의무불이행에 대한 제재로서 부과되는 벌금이나 과태료의 경우 고의 또는 과실이라는 귀책 사유를 고려하여야 하지만, 장애인고용부담금은 그러한 사유를 고려하지 않고 일률적으로 부과되는 점 등을 고려하여, 장애인 고용 촉진이라는 목적의 달성을 위하여 세법 해석을 통해 쟁점장애인고용부담금을 손금불산입하는 방식으로 납세자에게 불리하게 해석하는 것은 바람직하지 않다고 판단하였다.

따라서, 쟁점장애인고용부담금은 손금산입 대상에 해당하고, 이 건 경정청구를 거부한 처분청의 처분은 부당하다.

나. 처분청 의견

(1) 장애인고용부담금은 아래 ＜표2＞에서와 같이 법인세법상 ‘법령에 의한 불이행 또는 금지·제한 등의 위반에 대한 제재로서 부과되는 공과금’에 해당하는 것이 명확하다.

＜표2＞ 장애인고용부담금 관련 법인세법령 개정 연혁

기준일자

법인세법

법인세법 시행령

1997.12.31.

이전

제16조(손금불산입) 다음 각호에 게기하는 손비는 내국법인의 각사업연도 소득금액 계산상 이를 손금에 산입하지 아니한다.

4. 벌금, 과료(통고처분에 의한 벌금 또는 과료에 해당하는 금액을 포함한다), 과태료(과료와 과태금을 포함한다), 가산금과 체납처분비

5. 대통령령이 정하는 공과금

제25조(공과금의 범위) ①법 제16조 제5호에서 “대통령령이 정하는 공과금”이라 함은 다음 각호의 것(특별회비를 제외한다)을 제외한 공과금을 말한다.

32.장애인고용촉진등에 관한 법률에 의하여 납부하는 장애인고용부담금

☞ 손금을 예외로 열거한 것에 대하여 위헌 결정(1997.7.16.)

* 장애인고용부담금 손금대상으로 열거되어 있음

1997.12.31.

이후

제16조(손금불산입) 다음 각호에 게기하는 손비는 내국법인의 각사업연도 소득금액 계산상 이를 손금에 산입하지 아니한다.

4. 벌금, 과료(통고처분에 의한 벌금 또는 과료에 해당하는 금액을 포함한다), 과태료(과료와 과태금을 포함한다), 가산금과 체납처분비

5. 대통령령이 정하는 공과금

제25조(공과금의 범위) ①법 제16조 제5호에서 “대통령령이 정하는 공과금”이라 함은 다음 각호의 것을 말한다.

1. 법령에 의하여 의무적으로 납부하는 것이 아닌 것

2.법령에 의한 의무의 불이행 또는 금지·제한 등의 위반에 대한 제재로서 부과되는 것

☞ 위헌 결과로 손금불산입 대상을 예외로 열거하는 것으로 시행령 개정

2001.1.1.

이후

제21조(제세공과금의 손금불산입)다음 각호의 제세공과금은 내국법인의 각 사업연도의 소득금액 계산에 있어서 이를 손금에 산입하지 아니한다.

5. 법령에 의하여 의무적으로 납부하는 것이 아닌 공과금

6. 법령에 의한 의무의 불이행 또는 금지·제한 등의 위반에 대한 제재로서 부과되는 공과금

삭 제

☞ 손금불산입 공과금을 대통령령으로 포괄위임하는 것은 조세법률주의원칙 위배가능성 제기에 따라 법률에 직접명시

(2) 장애인고용부담금은 장애인 고용의무 불이행에 대한 ‘제재’ 성격을 가진 공과금에 해당한다.

(가) 헌법재판소 결정(OOO, 2003.7.24.)에 따르면 “고용의무제에서는 장애인 고용률을 달성하지 못한 사업주에 대한 ‘의무부담금’제도와 의무고용률을 넘어서 장애인을 고용한 사업주에 대한 ‘고용지원금’제도 등의 장애인고용을 촉진시키기 위한 여러 가지 시책들이 아울러 강구되고 있으며 의무고용 이행확보를 위한 방안으로 부담금 제도를 두고 있다.”고 설시하고 있어, 장애인 고용의무 불이행(장애인 의무고용률을 달성하지 못한 것)에 대한 제재로서 성격을 갖고 있음을 확인할 수 있다.

(나) 2000.12.29. 법률 제6293호로 개정된 구「법인세법」은 “법령에 따라 의무적으로 납부하는 것이 아닌 공과금” 또는 “법령에 따른 의무의 불이행 또는 금지·제한 등의 위반에 대한 제재로서 부과되는 공과금”이라고 규정한 사실이 있으므로 장애인고용부담금은 “제재” 성격을 가진 손금불산입 대상 공과금에 해당한다.

(다) 장애인고용부담금은 1997.12.31. 개정전「법인세법 시행령」제25호(공과금의 범위)에서 손금불산입 대상 공과금의 예외로 장애인고용부담금을 손금산입대상으로 보았다가, 이후 과세실무상 장애인고용부담금은 예규(질의회신 서이46012-10673, 2001.12.5.)에 따라 손금으로 인정하였으나, 2018.2.21. 기획재정부 유권해석에 따라 2018.2월 이후 신고납부분부터는 장애인고용부담금을 손금불산입 대상으로 과세되어 왔다.

따라서 쟁점장애인고용부담금은 손금불산입 대상에 해당한다.

3. 심리 및 판단

가. 쟁점

「장애인고용촉진 및 직업재활법」 제33조 제1항에 따라 사업주가 부담하는 부담금이 「법인세법」 제21조 제5호에 따른 손금불산입대상 공과금에 해당하는지 여부

나. 관련 법령

(1) 법인세법

(가) 2024.12.31. 법률 제20613호로 개정되기 전의 것

제21조(세금과 공과금의 손금불산입) 다음 각 호의 세금과 공과금은 내국법인의 각 사업연도의 소득금액을 계산할 때 손금에 산입하지 아니한다.

5. 법령에 따른 의무의 불이행 또는 금지ㆍ제한 등의 위반에 대한 제재(制裁)로서 부과되는 공과금

(나) 2024.12.31. 법률 제20613호로 개정된 것

제21조(세금과 공과금의 손금불산입) 다음 각 호의 세금과 공과금은 내국법인의 각 사업연도의 소득금액을 계산할 때 손금에 산입하지 아니한다.

5. 법령에 따른 의무의 불이행 또는 금지ㆍ제한 등의 위반을 이유로 부과되는 공과금

(2) 장애인고용촉진 및 직업재활법

제1조(목적) 이 법은 장애인이 그 능력에 맞는 직업생활을 통하여 인간다운 생활을 할 수 있도록 장애인의 고용촉진 및 직업재활을 꾀하는 것을 목적으로 한다.

제28조(사업주의 장애인 고용 의무) ① 상시 50명 이상의 근로자를 고용하는 사업주(건설업에서 근로자 수를 확인하기 곤란한 경우에는 공사 실적액이 고용노동부장관이 정하여 고시하는 금액 이상인 사업주)는 그 근로자의 총수(건설업에서 근로자 수를 확인하기 곤란한 경우에는 대통령령으로 정하는 바에 따라 공사 실적액을 근로자의 총수로 환산한다)의 100분의 5의 범위에서 대통령령으로 정하는 비율(이하 "의무고용률"이라 한다) 이상에 해당(그 수에서 소수점 이하는 버린다)하는 장애인을 고용하여야 한다.

제33조(사업주의 부담금 납부 등) ① 의무고용률에 못 미치는 장애인을 고용하는 사업주(상시 100명 미만의 근로자를 고용하는 사업주는 제외한다)는 대통령령으로 정하는 바에 따라 매년 고용노동부장관에게 부담금을 납부하여야 한다.

② 부담금은 사업주가 의무고용률에 따라 고용하여야 할 장애인 총수에서 매월 상시 고용하고 있는 장애인 수를 뺀 수에 제3항에 따른 부담기초액을 곱한 금액의 연간 합계액으로 한다.

③ 부담기초액은 장애인을 고용하는 경우에 매월 드는 다음 각 호의 비용의 평균액을 기초로 하여 고용정책심의회의 심의를 거쳐 「최저임금법」에 따라 월 단위로 환산한 최저임금액의 100분의 60 이상의 범위에서 고용노동부장관이 정하여 고시하되, 장애인 고용률(매월 상시 고용하고 있는 근로자의 총수에 대한 고용하고 있는 장애인 총수의 비율)에 따라 부담기초액의 2분의 1 이내의 범위에서 가산할 수 있다. 다만, 장애인을 상시 1명 이상 고용하지 아니한 달이 있는 경우에는 그 달에 대한 사업주의 부담기초액은 「최저임금법」에 따라 월 단위로 환산한 최저임금액으로 한다.

1. 장애인을 고용하는 경우 필요한 시설·장비의 설치, 수리에 드는 비용

2. 장애인의 적정한 고용관리를 위한 조치에 필요한 비용

3. 그 밖에 장애인을 고용하기 위하여 특별히 드는 비용 등

⑥ 고용노동부장관은 사업주가 제5항에서 정한 기간에 신고를 하지 아니하였을 때에는 이를 조사하여 부담금을 징수할 수 있다.

(3) 장애인고용촉진 및 직업재활법 시행령

제25조(사업주의 의무고용률) 법 제28조 제1항에 따른 장애인 고용의무가 있는 사업주의 장애인 상시 근로자 의무고용률은 다음 각 호와 같다. 다만, 사업주가 법 제9조제2항제3호에 따른 장애인 직업재활시설을 직접 설치ㆍ운영하는 경우에는 이 시설의 장애인 근로자를 사업주가 고용하여야 하는 장애인 수에 포함한다.

1. 2015년 1월 1일부터 2016년 12월 31일까지 : 1000분의 27

2. 2017년 1월 1일부터 2018년 12월 31일까지 : 1000분의 29

3. 2019년 이후 : 1000분의 31

다. 사실관계 및 판단

(1) 청구법인과 처분청이 제시한 심리자료에 의하면 다음과 같은 사실이 확인된다.

(가) 조사청은 청구법인에 대한 법인통합조사를 실시한 결과, 쟁점장애인고용부담금은 「법인세법」 제21조 제5호에 따른 손금불산입대상 공과금에 해당한다고 보아 이를 처분청에 통지하였고, 처분청은 2025.2.22. 청구법인에게 2019·2020·2022사업연도 합계 OOO원을 경정·고지하였다.

(나) 세법개정 연혁에 따르면, 공과금의 손금인정 여부에 관한 「법인세법 시행령」은 1997.12.31. 대통령령 제15564호로 개정되면서 아래 ＜표3＞과 같이 변경되었고, 현행 「법인세법」 제21조 제5호에서 손금불산입대상 공과금으로 법령에 따른 의무의 불이행 또는 금지ㆍ제한 등의 위반에 대한 제재로서 부과되는 공과금을 규정하고 있다.

＜표3＞ 1997.12.31. 개정 전ㆍ후 손금불산입 대상 공과금에 관한 규정

1997.12.31. 개정 전

「법인세법 시행령」

1997.12.31. 개정 후

「법인세법 시행령」

제25조 (공과금의 범위) ① 법 제16조제5호에서 “대통령령이 정하는 공과금”이라 함은 다음 각 호의 것(특별회비를 제외한다)을 제외한 공과금을 말한다. (중략)

32. 장애인고용촉진등에관한법률에 의하여 납부하는 장애인고용부담금

제25조 (공과금의 범위) 법 제16조 제5호에서 “대통령령이 정하는 공과금”이라 함은 다음 각 호의 것을 말한다.

1. 법령에 의하여 의무적으로 납부하는 것이 아닌 것

2. 법령에 의한 의무의 불이행 또는 금지ㆍ제한 등의 위반에 대한 제재로서 부과되는 것

(2) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 이 건에 대하여 살펴본다.

청구법인은 장애인고용부담금이 「법인세법」 제21조 제5호의 손금불산입 대상인 공과금에 해당하지 않는다고 주장하나,

어떠한 공과금이 「법인세법」 제21조 제5호에서 정하고 있는 ‘법령에 따른 의무의 불이행 또는 금지제한 등의 위반에 대한 제재로서 부과되는 공과금’에 해당하여 손금불산입 대상이 되는지 여부는 단순히 그 명칭만을 가지고 판단할 것이 아니라 그 공과금을 부과하는 목적과 그로 인한 효과, 공과금의 성격, 공과금이 강제하고자 하는 행정법상의 의무 및 의무불이행의 내용, 근거 법령의 제ㆍ개정 경위 내지 연혁, 규정 형식과 내용(문언) 등 해당 공과금에 관한 실질적인 내용을 두루 종합하여 판단함이 타당한 점,

장애인고용법은 장애인이 그 능력에 맞는 직업생활을 통하여 인간다운 생활을 할 수 있도록 장애인의 고용촉진 및 직업재활이라는 목적(제1조)을 달성하기 위하여 각 사업주에게 장애인고용의무를 이행하도록 강제(제28조)하면서 이러한 의무를 불이행한 사업주에게 장애인고용부담금을 납부(제33조)하도록 하고 있고, 쟁점고용부담금은 장애인고용법 제33조에 따라 의무고용률에 못 미치는 장애인을 고용하는 사업주를 대상으로 고용노동부장관이 징수하는 부담금으로 이는 「법인세법」 제21조 제5호의 법령에 따른 의무의 불이행 또는 금지ㆍ제한 등의 위반에 대한 제재로서 부과되는 공과금에 해당하는 것으로 보이는 점(조심 2021서711, 2021.8.6. 및 조심 2022서1526, 2022.5.2., 같은 뜻임) 등에 비추어,

처분청이 쟁점장애인고용부담금을 「법인세법」 제21조 제5호의 손금불산입 대상 공과금으로 보아 이 건 경정청구를 거부한 처분은 달리 잘못이 없는 것으로 판단된다.

4. 결론

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 없으므로 「국세기본법」 제80조의2 및 제65조 제1항 제2호에 의하여 주문과 같이 결정한다.