이유
1. 처분개요

가. A 주식회사(이하 “피합병법인”이라 한다)는 2004.5.21. 경기도 수원시 팔달구 OOO(이하 “쟁점건축물”이라 한다) 113,826.54㎡를 취득(신축)하고, 2014.11.26. 쟁점건축물 5,234.39㎡(증축 후 면적의 4.4%)을 증축하였다.

나. 청구법인 및 그 특수관계인은 2004.5.21. 현재 피합병법인 발행주식의 60.8%를 보유하고 있던 주주로서, 2007.5.11.∼2008.7.29. 5회에 걸쳐 단계적으로 피합병법인의 주식(이하 “이 건 주식”이라 한다)을 추가로 취득하여 과점주주가 되었고,

청구법인은 이 과정에서 추가로 취득한 지분에 대해 아래 ＜표1＞과 같이 쟁점건축물의 장부가액을 과세표준으로 하고 「지방세법」(2008.9.26. 법률 제9133호로 개정되기 전의 것) 제112조 제1항의 세율(1천분의 20)을 적용하여 산출한 과점주주 간주취득세 합계 OOO원, 농어촌특별세 합계 OOO원 총합계 OOO원(가산세 포함)을 신고·납부하였다.

＜표1＞ 과점주주 간주취득세 신고·납부내역

(단위: 원)

○○○

다. 청구법인은 2023.12.4. 피합병법인을 흡수합병(합병등기, 이하 “이 건 합병”이라 한다)하고, 2023.12.12. 쟁점건축물을 포함한 취득세 과세대상 부동산[경기도 수원시 OOO 지상 제1호(쟁점건축물), 제5호 일부, 제6호, 이하 “이 건 부동산”이라 한다]의 시가표준액에 「지방세법」 제11조 제5항, 제15조 제1항 제3호에 따른 법인의 합병으로 인한 취득세율(1천분의 20)을 적용하고, 「지방세특례제한법」(2023.6.1. 법률 제19422호로 개정된 것, 이하 같다) 제57조의2 제1항에 따른 기업합병 등에 대한 취득세 등 감면을 적용하여 산출한 취득세 OOO원, 지방교육세 OOO원, 합계 OOO원을 신고·납부하였다.

라. 이후, 청구법인은 이 건 주식을 취득(2007.5.11.∼2008.7.29.)할 당시에 쟁점건축물에 대한 과점주주 간주취득세를 이미 신고·납부하였으므로 법인 합병(2023.12.1.)으로 인한 부동산 취득세는 동일 과세물건에 대한 이중과세에 해당한다고 주장하며 2024.11.5. 처분청에 경정청구를 하였으나, 처분청은 2024.12.31. 이를 거부하였다.

마. 청구법인은 이에 불복하여 2025.3.10. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구법인 주장 및 처분청 의견

가. 청구법인 주장

(1) 이 건 주식 인수로 인한 과점주주 간주취득세와 피합병법인 합병으로 인한 취득세 중 이미 납부한 간주취득세 상당액에 해당하는 부분은 동일한 물건의 취득에 대한 이중과세에 해당한다.

(가) 「지방세법」제7조 제5항은 법인의 주식 또는 지분을 취득함으로써 해당 법인의 과점주주가 되었을 때에는 그 과점주주가 해당 법인의 부동산 등을 취득한 것으로 보아 취득세 납세의무를 부과하고 있고, 과점주주에게 이러한 취득세 납세의무를 부과하는 취지는 과점주주 지위의 취득을 당해 법인의 취득세 과세대상 물건 자체에 대한 취득으로 법률상 의제(대법원 1994.5.24. 선고 OOO 판결, 같은 뜻임)하고 있어, 해당 법인의 과점주주는 그 법인의 재산을 사실상 임의처분하거나 관리·운용할 수 있는 지위를 갖게 되어 실질적으로 그 재산 자체를 직접 소유하는 것과 다르지 않기 때문이다.

청구법인은 2007.5.11.부터 2008.7.29.까지 이 건 주식 취득에 대해 과점주주로서 피합병법인이 보유한 취득세 과세대상 물건인 쟁점건축물 자체를 취득한 것으로 법률상 의제되어 과점주주 간주취득세를 신고·납부하였는바, 이후 2023.12.4. 이 건 합병을 통하여 쟁점건축물을 직접 취득하더라도 이는 이미 「지방세법」상 청구법인이 기취득한 부동산의 형식적인 명의자 변경에 불과하고, 따라서 청구법인이 「지방세법」상 과점주주로서 쟁점건축물에 대한 취득세를 이미 납부하였음에도 불구하고, 합병으로 인하여 동일한 부동산을 취득한 데 대하여 취득세를 재차 납부한 것은 동일한 과세물건의 취득에 대하여 취득세를 이중으로 납부하라는 것으로서 부당하다.

(나) 대법원은 간주취득세의 경우 주식 취득에 따라 과점주주에 해당하는 경우 자산을 취득한 것은 아니지만, 해당 자산을 임의처분하거나 관리운용할 수 있는 지위를 취득한 것으로 보아 그 자산 자체를 취득한 것으로 의제하여 취득세를 부과한 것이므로, 이후 영업양수도 방식으로 해당 자산을 실제 취득하고 취득세를 납부하였다면, 이미 납부한 간주취득세 상당액 부분은 동일한 물건의 취득에 대한 이중과세에 해당한다고 판단하였는바(대법원 2009.4.23. 선고OOO판결), 따라서 간주취득세 과세대상이 된 취득행위(과점주주의 지분취득에 따라 자회사의 자산을 사실상 취득)와 이 건 합병으로 인한 취득행위(해당 자산을 실제 취득)는 「지방세법」상 동일한 것으로 의제되는 것이므로 과점주주 간주취득세와 이 건 합병 취득세는 실질적으로 그 과세요건과 과세사실이 다르다고 볼 수 없다.

(2) 피합병법인 합병으로 인한 취득세에서 공제하여야 하는 기납부 간주취득세 상당액은 아래와 같이 산정되어야 한다.

＜표2＞ 환급을 구하는 세액

○○○

(가) 청구법인은 합병 취득세 신고 시 「지방세법 시행령」 제18조의4 제1항 제2호 단서에 따라 시가표준액을 사용하였고, 이는 「지방세법」에 따라 적법하게 산출된 과세표준이다.

「지방세법」 제10조의5 제3항 제2호 및 같은 법 시행령 제18조의4 제1항 제2호에 따르면 법인의 합병 등을 원인으로 취득하는 경우 취득가액의 산정은 시가인정액을 원칙으로 하되, 시가인정액을 산출하기 어려운 경우 취득당시가액은 시가표준액으로 한다고 규정하고 있고, 한편 「지방세법」 제10조의2 제1항에서는 매매사례가액, 감정가액, 공매가액 등 대통령령으로 정하는 바에 따라 시가로 인정되는 가액을 ‘시가인정액’으로 규정하고 있으며, 같은 법 시행령 제14조 제1항에 따르면 취득일 전 6개월 내지 취득일 이후 3개월 이내에 취득한 부동산등의 매매사실이 있는 경우 그 거래가액(제1호), 취득한 부동산등에 대하여 둘 이상의 감정기관이 평가한 감정가액이 있는 경우 그 감정가액의 평균액을 시가인정액이라 규정하고 있다.

처분청은 청구법인이 이 건 합병 시 쟁점건축물에 대하여 감정평가기관으로부터 감정평가를 받아 피합병법인의 가치를 평가하였을 것으로 전제하고, 청구법인이 해당 평가 시 사용한 감정평가액을 쟁점건축물의 과세표준으로 하여 합병취득세를 신고하였어야 한다는 의견이나, 청구법인은 합병 당시 피합병법인 주식에 대해 아래와 같이 「상속세 및 증여세법」 제63조에 따라 평가하였고[세무법인 스카이원 평가(2023.9.26.)], 이때 순자산가액에 포함된 쟁점건축물에 대해서 별도의 감정평가를 진행한 바 없이 기준시가와 임대환산가액, 장부가액 등을 고려하여 쟁점건축물을 평가하였다.

쟁점건축물은 구「국유철도재산의활용에관한법률」의 민자역사개발사업에 따라 철도용지 위에 준공된 것으로서 피합병법인이 한국철도공사로부터 수원역 철도용지에 대하여 2033년까지 점용허가를 받은 특수한 상황이었는바, 매매사례가액 또는 감정평가액이 존재하지 않고, 따라서 「지방세법 시행령」 제18조 제4항 2호 단서의 ‘시가인정액을 산정하기 어려운 경우’에 해당하는바, 청구법인은 지방세법령에 따라 적법한 취득가액으로 인정되는 시가표준액을 기준으로 하여 합병취득세 과세표준을 산정하였으므로 잘못이 없다.

(나) 청구법인은 특수관계인의 피합병법인 보유지분에 대하여 과점주주 간주취득세를 연대하여 납부하였고, 이후 청구법인이 해당 특수관계인의 피합병법인 보유지분을 취득하였는바, 이중과세 관련 지분율은 23.4%라 보아야 한다.

1) 청구법인 및 특수관계인(과점주주 집단)은 2002년 중 최초로 과점주주 지분요건을 충족하였으며, 당시 과점주주 집단의 지분율은 60.85%이다(쟁점건축물 취득 이전이므로 간주취득세 납부의무가 없었음).

2) 쟁점건축물을 2004년 신축하여 취득한 이후, 2007.5.11. 주식거래를 통해 과점주주 집단의 지분율(76.44%)이 종전 최고 지분율(60.85%)을 초과하게 되어 증가 지분율에 대한 과점주주 간주취득세를 납부하였고, 이는 청구법인 및 청구법인의 100% 자회사인 ‘B’의 지분율을 합산한 지분율이며, 청구법인은 「지방세법」 제105조 제7항 및 제18조에 따라 자회사 B와 연대하여 76.44% 지분율 상당의 과점주주 간주취득세를 납부하였다.

3) 이후 2008.7.29.까지 청구법인의 추가 주식 매입이 발생함에 따라 최종적으로 청구법인이 추가 지분취득에 따른 과점주주 간주취득세를 납부한 피합병법인 지분율은 84.20%(청구법인 및 완전자회사 B 부담분을 합산)에 해당하게 되었으며, 청구법인은 2010년 B가 보유한 피합병법인 주식(4%)을 인수한 뒤, 2023년 이 건 합병 이전까지 청구법인 단독으로 피합병법인의 과점주주 지위를 유지하였다.

4) 처분청은 청구법인이 2008년말 기준 청구법인의 피합병법엔에 대한 지분율이 80.20%이므로 이를 기준으로 하여 중복 과세된 지분율을 산정(19.35%)하여야 한다는 의견이나, 위와 같이 과점주주 성립 당시 완전자회사 B가 부담분에 해당하는 간주취득세를 연대납세의무자인 청구법인이 납부한 이후, 2010년에 B가 보유한 피합병법인 지분(4%)을 인수하였는바, 해당 지분(4%)은 청구법인이 실제 취득한 것이므로 이에 대하여도 합병취득세 부담에 따른 이중과세가 성립(B 부담분을 포함한 23.40%에 대하여 이중과세 성립)하는 것이다.

(3) 합병에 따른 등기는 취득세의 과세대상임이 명백하여 등록면허세가 과세될 여지가 없는바, 이 건 합병에 따른 쟁점건축물의 소유권이전등기가 등록면허세 과세 대상이라는 처분청 의견은 부당하다.

현행 「지방세법」상 취득세 납세의무는 「민법」등 관계 법령에 따른 등기ㆍ등록 등을 하지 아니한 경우라도 부동산등을 사실상 취득하는 경우 성립하는 것으로서, 비록 현행법상 취득세 세율이 구법상 취득세율과 등록세율을 더한 값과 일치하고 있더라도 현행 「지방세법」상 취득세 납세의무는 ‘취득행위’가 있는 경우에 비로소 발생하는 것일 뿐 현행법상 취득세와 등록행위는 무관하고, 규정상 어디에도 취득세가 등록행위에 대한 과세라고 되어 있지 아니한바, 취득세로 통합된 현행 법제 하에서는 처분청의 의견과 같이 이미 폐지된 등록세가 과세될 여지가 없다.

(4) 또한 취득세와 등록세가 통합된 현행 과세체계에서는 단일한 세목을 구)취득세분과 구)등록세분으로 나누어 볼 근거가 없는바, 이러한 전제 아래 과점주주 간주취득세 납부분에 대한 지방교육세를 부과해야 한다는 처분청의 의견은 부당하다.

나. 처분청 의견

(1) 취득세는 본래 재화의 이전이라는 사실 자체를 포착하여 거기에 담세력을 인정하고 부과하는 유통세의 일종으로, 취득자가 재화를 사용·수익·처분함으로써 얻을 수 있는 이익을 포착하여 부과하는 것이 아니어서 취득자가 실질적으로 완전한 내용의 소유권을 취득하는지 여부에 관계없이 세법이 정한 취득행위 자체를 과세객체로 하는 것이므로(대법원 2004.12.24. 선고,OOO 판결 등 참조), 과세요건으로서의 취득행위가 인정되는 한 취득세 납세의무가 성립한다.

(가) 이중과세란 일반적으로 동일한 과세물건에 대하여 두 개의 동일 또는 유사한 조세가 부과되는 것을 말한다 할 것(서울행정법원 2012.8.17. 선고,OOO판결 참조)으로서, 「지방세법」제7조 제5항의 과점주주 간주취득세는 법인의 주식을 취득함으로써 과점주주가 된 때 그 과점주주가 당해 법인의 부동산을 취득한 것으로 취득행위를 간주하고 있는 것이고, 다른 법인의 합병으로 인하여 해당 법인의 부동산을 포괄적으로 승계하는 행위도 취득행위에 해당하는데, 전자의 취득간주행위와 후자의 취득행위는 취득세의 과세객체로서 독립적인 취득행위로서의 성질을 갖는다(대전고등법원 2006.6.22. 선고 OOO 참조)할 것이며, 과점주주 간주취득세와 합병으로 인한 부동산 취득세는 납세의무 성립 요건 등 그 과세요건이 달라 이중과세의 문제가 발생하지 않는다.

＜표3＞ 과점주주 간주취득세 및 합병취득세의 과세요건

○○○

(나) 특히 특수관계자와의 거래에 있어서 부당행위계산의 부인으로 인한 양도소득세와 증여세 이중과세 문제에 대하여, 헌법재판소는 이 사건 의제조항이 동일한 담세력의 원천에 대하여 중복적으로 과세하는 결과를 가져온다 하더라도 각기 적용요건을 달리 정하여 중복 적용되지 않도록 노력하고 있고, 중복 적용되는 경우에도 납세의무자를 달리하고 있다는 점에서 서로 다른 세목을 구성하는 별개의 조세인 양 조세를 어떻게 규율할 것인가에 대하여는 입법자에게 넓은 입법재량이 부여되어 있다고 할 것이므로, 조정 조항을 두지 아니하였다는 이유로 이중과세금지원칙에 위배된다고도 할 수 없다(헌법재판소 2006.6.29. 선고,OOO판결)고 판시하였던 점에 비추어 볼 때, 이 건에서도 그 과세요건이 서로 다른 두 개의 취득세를 이중과세라고 할 수 없다.

(다) 또한, 청구법인이 기납부한 과점주주 간주취득세는 과점주주로서 쟁점건축물을 사실상 임의처분하거나 관리·운용할 수 있는 지위에 서게 되어 실질적으로 그 재산을 직접 소유하는 것과 크게 다를 바 없다는 점에서 담세력이 있다고 보아(대법원 2018.11.9.선고OOO판결 참조) 납세의무를 부담하게 된 것인 반면, 합병으로 인한 부동산 취득세는 청구법인이 피합병법인의 권리·의무를 승계하여 쟁점건축물을 등기·등록하는 과정에서 발생한 형식적 취득으로 인해 납세의무를 부담하게 된 것이고, 2011.1.1. 「지방세법」 전면 개정 및 세목 통합 시에도 이러한 특성을 고려하여 기존에 비과세였던 합병으로 인한 부동산 취득세를 현행 법령에서는 「지방세법」제15조 제1항의 세율의 특례를 적용하여 구 취득세에 해당하는 세율(2%)만큼 비과세 적용 후, 구 등록세에 해당하는 세율만 부과하도록 규정되었는바, 합병으로 인한 부동산 취득세는 결국 등기·등록하는 부동산에 대하여 구 등록세에 해당하는 취득세를 부과하기 위한 것이라 할 것이다.

(라) 청구법인이 제시한 선례들이 인용한 대법원 판례(대법원2009.4.23. 선고 OOO판결)는 2011년 「지방세법」이 전면 개정되기 이전의 사안으로, 법인의 주식을 취득함으로써 구 간주취득세 2%를 납부한 과점주주가 이후 법인의 자산 전부를 사업양수도를 원인으로 취득하여 구 취득세 2%를 납부한 사안에서 간주취득세 상당액(2%) 부분은 동일한 물건의 취득에 대한 이중과세에 해당한다고 판결한 사안으로, 위 판례는 부동산 취득의 원인이 합병이 아닌 사업양수도인 사유로 구「지방세법」110조 제4호에 따른 구 취득세 비과세를 적용받지 못하여 과점주주 간주취득에 대한 구 취득세와 사업양수도로 인한 구 취득세가 이중과세된 건이며, 이 경우에도 법원은 사업양수도로 인한 부동산 취득세는 기납부한 간주취득세만큼 이중과세에 해당되므로 공제하여 납부하여야 한다고 판단하였는바, 즉 사업양수도를 원인으로 부과한 세액 전체가 아닌 간주취득세로 기납부한 세액에 해당하는 부분만을 이중과세라고 판결한 것이다. 결국 사업양수도로 인한 취득세는 「지방세법」제15조 제1항 제3호 세율의 특례에 따라 취득세 일부를 경감받는 합병에 의한 취득세와는 그 실질에 있어 명백하게 다르다 할 것이므로, 위 판례를 들어 현행 「지방세법」에서 구 취득세와 구 등록세가 취득세로 통합되었다 하여 같은 취득세로 보아 이중과세라고 주장하는 것은 타당하지 않다.

(마) 헌법재판소는 법인의 부동산 등 처분이익에 대하여 법인세 외에 부과하는 특별부가세 문제에서 법인세와 특별부가세의 이중과세는 인정하면서도, 이중과세가 그 자체로 위헌이라고 할 수는 없고, 위와 같은 이중과세 상황이 헌법적으로 용인될 수 있는 지 여부를 살펴보아야 할 것인바, 이는 곧 특별부가세가 납세의무자의 실제 담세력을 초과하여 우리 헌법상의 원리인 조세법률주의(실질과세 원칙)에 반하는지의 문제라고 할 것이며, 해당 사건에 있어서 법률조항의 입법목적의 정당성과 수단의 적절성, 최소침해성, 법익의 균형성을 충족한다고 보아 합헌결정(헌법재판소 2009.3.26. 선고, OOO판결)을 한바 있다. 이 건 과점주주 간주취득세와 합병 취득세 문제에 있어서도, 「지방세법」에 그 납세의무를 제7조 제1항과 제7조 제5항에서 별도로 규정하고 있으므로, 설령 두 개의 취득세가 이중과세의 가능성이 있다 하더라도 즉시 부과취소 되어서는 안되며, 해당 법률 조항이 헌법에 보장된 조세법률주의를 위반하였는지 여부를 판단하여 결정되어야 하는바, 합병으로 인한 부동산 취득세에서 기납부한 과점주주 간주취득세를 전액 기납부세액으로 공제할 수 없다.

(2) 설령 이 건 주식 취득에 대한 과점주주 간주취득세와 이 건 합병에 따른 합병취득세가 이중과세에 해당한다 하더라도 기납부한 과점주주 간주취득세 전액을 기납부세액으로 공제할 수는 없다.

(가) 「지방세법」제10조의5 제3항 제2호 및 같은 법 시행령 제18조의4 제1항 제2호에서 법인의 합병·분할 및 조직변경을 원인으로 취득하는 경우 시가인정액을 취득당시 가액으로 하되, 다만 시가인정액을 산정하기 어려운 경우 취득당시가액은 시가표준액으로 한다고 규정하고 있는바, 합병으로 인한 취득세 과세표준은 합병 당시 감정평가액을 적용하여야 함에도 청구법인은 2023.12.12. 합병으로 인한 부동산 취득세 신고 당시, 감정평가액을 별도로 제출하지 않고 이 건 부동산의 시가표준액[2022년말 기준 피합병법인의 재무재표상 건축물 가액만 OOO원으로 합병 취득세 과세표준(시가표준액 OOO원)의 2배를 초과]을 그 과세표준으로 취득세를 신고·납부하였는바, 합병으로 인한 부동산 취득세 과세표준은 합병 당시 감정평가액이 적용되어야 한다.

(나) 또한 합병으로 인한 취득세 중 과점주주 간주취득세와의 이중과세 금액을 결정할 때에는, 2008년 말 기준 청구법인의 피합병법인에 대한 지분율이 80.2%이고, 2008년 이후 청구법인이 피합병법인에 대한 과점주주 간주취득세를 납부했다는 사실이 확인되지 않는 점을 고려할 때, 청구법인이 쟁점건축물에 대해 과점주주 간주취득세로 납부한 비율로 19.35%를 적용하여 계산하여야 한다.

＜표4＞ 합병으로 인한 취득세 정당세액 산정 방식

○○○

(3) 청구법인은 2024.1.17. 쟁점건축물을 포함한 이 건 부동산 전체에 대한 소유권이전등기를 완료한 사실이 확인되는바, 청구법인의 주장처럼 과점주주 간주취득으로 쟁점건축물 일부(19.35%)를 청구법인이 이미 취득하였으나, 부동산등기부상 소유권만 피합병법인에게 있었을 뿐이고, 쟁점건축물 중 나머지만 합병을 원인으로 취득이 이루어졌다면, 과점주주 간주취득으로 취득이 이루어진 부분(19.35%)은 합병 시점(2023.12.1.)에 취득 없이 소유권이전등기가 경료된 것이므로, 「지방세법」 제23조 제1호 및 같은 법 제28조 제항 제1호 나목 1)에 따라 부동산가액의 1천분의 20의 세율을 적용한 등록면허세를 신고납부하여야 하며, 「지방세특례제한법」제57조의2 제1항에 따른 감면대상 세목은 취득세에 한정되므로, 등록면허세 과세대상인 부분에 대해서는 「지방세특례제한법」제57조의2 제1항에 따른 감면 적용도 제외되어야 할 것이다.

(4) 설령 과점주주 간주취득세 납세의무 성립 시점에 과점주주가 쟁점건축물을 사실상 취득한 것이고, 따라서 과점주주 간주취득세와 합병으로 인한 부동산 취득세가 이중과세에 해당한다고 하더라도, 청구법인은 과점주주 간주취득세 신고납부 시에 지방교육세를 납부하지 않았으므로 쟁점건축물 취득과 관련하여 지방교육세가 전액 부과되어야 한다.

3. 심리 및 판단

가. 쟁점

① 과점주주 간주취득세 등을 납부한 후 해당 법인을 흡수합병하는 경우 합병 취득세에서 기납부 간주취득세를 공제하여야 한다는 청구주장의 당부

② 합병 취득세 및 공제되는 기납부 간주취득세의 산정이 적법한지 여부

③ 합병 취득세에서 기납부 간주취득세를 공제하는 경우 등록면허세·지방교육세가 추가로 과세되어야 한다는 의견의 당부

나. 관련 법령 : ＜별지＞ 기재

다. 사실관계 및 판단

(1) 청구법인과 처분청이 제출한 심리자료 등에 따르면 다음의 사실이 나타난다.

(가) 피합병법인은 1995.5.17. 민자역사(역사 시설을 일체로 하여 설립되는 판매시설, 사무실 등을 포함)의 건설과 운영에 관한 사업과 백화점업 등을 주사업 목적으로 설립된 법인이다.

(나) 피합병법인은 한국철도공사와 위 민자역사개발사업을 공동으로 추진하면서 2004.5.21. 국유지인 경기도 수원시 팔달구 OOO 외 11필지에 쟁점건축물(제1호), 제3호, 제4호 건축물을 취득(신축)하고, 2014.11.26. 같은 곳 제5호 및 제6호를 취득(신축)하였으며, 2014.11.26. 아래 ＜표6＞과 같이 쟁점건축물을 증축하였고, 민자역사개발사업에 대한 투자의 대가로 해당 부동산에 대한 30년의 점용허가를 받아 운영하게 되었으며, 이 건 부동산은 점용허가 기간이 만료되는 때에 한국철도공사에 기부채납될 예정이다.

＜표5＞ 피합병법인의 부동산 소유현황

○○○

＜표6＞ 쟁점건축물 증축 전·후 면적 현황

○○○

(다) 청구법인은 1999.9.15. 복합상업시설물 개발 및 운영업을 사업 목적으로 설립된 법인으로, 2001년부터 피합병법인의 주식을 보유하였는데, 2007.5.11.∼2008.7.29. 5회에 걸쳐 추가로 피합병법인의 주식을 취득하면서 납세의무자를 청구법인(단독)으로 하여 아래 ＜표8＞과 같이 과점주주 간주취득세를 신고·납부하였고, 금융감독원 전자공시시스템 공시정보에 의하면 2010년 특수관계법인인 B가 보유하던 피합병법인 지분 4%를 인수한 것으로 나타난다.

＜표7＞ 청구법인의 피합병법인 발행주식 보유 현황

○○○

＜표8＞ 청구법인의 과점주주 간주취득세 신고·납부 현황

○○○

(라) 청구법인은 2023.12.1.(합병기일) 피합병법인을 흡수합병하여 2023.12.4. 합병등기하였고, 합병 당시 피합병법인 발행주식의 가액은 「상속세 및 증여세법」 제63조의 유가증권 등 평가방법에 따라 평가(주식을 발행한 법인이 보유한 부동산의 세무상 장부가액 등이 전체 자산가액 대비 80% 이상인 경우로서 1주당 순자산가치에 의해서 주식을 평가)하였으며, 구체적으로는 피합병법인 소유 자산(건물)에 대하여 「상속세 및 증여세법」 제61조 내지 제66조에 따라 기준시가와 임대환산가액, 장부가액 등을 고려하여 평가[제61조 제1항 제2호의 규정에 따라 국세청장이 산정·고시하는 가액을 보충적 평가방법으로 적용하고, 임대차계약이 체결되어 있는 부동산의 경우에는 임대료 등의 가액을 기준으로 환산한 가액과 위와 같이 보충적 평가방법에 따른 평가액 중 큰 금액으로 평가하였으며(해당 재산이 담보하는 채권이 있는 경우에는 담보 채권액과 이러한 보충적 평가액을 비교하여 큰 금액으로 평가), 이러한 보충적 평가액이 평가대상회사의 장부가액(취득가액에서 감가상각비를 차감한 금액)보다 적은 경우에는 장부가액으로 평가]하였다.

＜표9＞ 쟁점건축물 등 평가내역

○○○

(마) 청구법인은 2023.12.12. 감정평가액을 제출하지 않고 이 건 부동산의 시가표준액을 과세표준으로 하여 합병 취득세를 신고·납부하였고, 청구법인은 2024.1.17. 회사합병을 등기원인으로 하여 이 건 부동산에 대한 소유권이전등기를 완료하였으며, 합병으로 인해 청구법인이 취득한 부동산의 건축물별 면적과 과세표준은 아래 ＜표10＞과 같다.

＜표10＞ 합병으로 인한 취득세 과세대상 현황

○○○

(바) 등기사항전부증명서(집합건물)에 따르면, 청구법인은 2024.1.17. 회사합병을 등기원인으로 하여 이 건 부동산에 대한 소유권이전등기를 완료하였다.

(2) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 이 건에 대하여 살펴본다.

(가) 우선 쟁점①에 관하여 살피건대, 「지방세법」제7조 제5항은 법인의 주식 또는 지분을 취득함으로써「지방세기본법」제46조 제2호에 따른 과점주주가 되었을 때에는 그 과점주주가 해당 법인의 부동산 등을 취득한 것으로 본다고 규정하고 있고, 「지방세법」제7조 제1항은 취득세는 부동산등을 취득한 자에게 부과한다고 규정하면서 제15조 제1항 제3호는 「법인세법」제44조 제2항 또는 제3항에 해당하는 법인의 합병으로 인한 취득에 대한 취득세는 제11조 및 제12조에 따른 세율에서 중과기준세율을 뺀 세율로 산출한 금액을 그 세액으로 한다고 규정하고 있으며, 「지방세특례제한법」제57조의2 제1항은 「법인세법」제44조 제2항 또는 제3항에 해당하는 합병으로서 대통령령으로 정하는 합병에 따라 양수(讓受)하는 사업용 재산을 2024년 12월 31일까지 취득하는 경우에는 「지방세법」제15조 제1항에 따라 산출한 취득세의 100분의 50을 경감한다고 규정하고 있는바, 법인의 주식을 취득함으로써 과점주주가 된 자에 대하여는 위 「지방세법」제7조 제5항에 따라 취득세 등 납세의무가 성립하고, 법인을 합병하는 자는 피합병법인이 보유한 부동산등을 취득하게 됨에 따라 「지방세법」제7조 제1항의 취득세 등 납세의무가 성립하게 되는데, 다만 「법인세법」제44조 제2항 또는 제3항에 해당하는 합병으로서 대통령령으로 정하는 합병을 하는 자의 경우 「지방세특례제한법」제57조의2 제1항에 따라 취득세의 100분의 50이 경감되게 된다.

법인의 주식을 취득함으로써 과점주주가 된 자에 대한 간주취득세는 실제 법인의 자산을 취득하지는 아니하였지만 임의처분하거나 관리·운용할 수 있는 지위를 취득한 것을 그 자산 자체를 취득한 것으로 의제하여 취득세를 부과하는 것이므로, 이후 그 과점주주가 그 법인의 자산 전부를 실제 취득하고 취득세를 납부하였다면, 그 중 과점주주가 이미 납부한 간주취득세 상당액 부분은 동일한 물건의 취득에 대한 이중과세에 해당한다(대법원 2009.4.23. 선고OOO 판결, 같은 뜻임) 할 것으로서, 청구법인은 2004.5.21. 현재 피합병법인 발행주식의 60.8%를 보유하고 있던 중 2007.5.11.부터 2008.7.29.까지 및 2010년도에 피합병법인 발행주식 23.4%를 취득하여 위 「지방세법」제7조 제5항에 따른 과점주주 간주취득세 등을 신고·납부하였고, 그 후 2023.12.4. 피합병법인을 흡수합병하면서 해당 법인이 소유하고 있던 쟁점건축물을 실제 취득하는 과정에서 취득세 등을 신고·납부한 것으로 나타나므로 이는 동일한 물건의 취득에 대한 이중과세에 해당한다(조심 2019지3829, 2023.10.19. 외 다수, 같은 뜻임)고 볼 수 있다고 판단된다.

(나) 다음으로 쟁점②에 관하여 살피건대, 「지방세법」 제10조의5 제3항 제2호 및 같은 법 시행령 제18조의4 제1항 제2호는 법인의 합병 등을 원인으로 취득하는 경우의 취득당시가액은 시가인정액을 원칙으로 하되, 시가인정액을 산출하기 어려운 경우 취득당시가액은 시가표준액으로 한다고 규정하고 있고, 「지방세법」 제10조의2 제1항 및 같은 법 시행령 제14조 제1항은 시가인정액을 취득일 전 6개월부터 취득일 후 3개월 이내의 기간(“평가기간”)에 취득 대상이 된 부동산등의 매매사실이 있는 경우 그 거래가액(제1호), 취득한 부동산등에 대하여 둘 이상의 감정기관이 평가한 감정가액이 있는 경우 그 감정가액의 평균액(제2호), 취득한 부동산등의 경매 또는 공매 사실이 있는 경우 그 경매가액 또는 공매가액(제3호)으로 정하고 있다.

처분청은 쟁점건축물에 대한 합병 취득세의 과세표준을 감정평가액으로 하여야 한다고 보면서도 쟁점건축물에 대한 매매사례가액 또는 감정평가액 등을 제시하지 못하고 있는 반면, 쟁점건축물에 대한 매매사례가액이 존재하지 않을 뿐만 아니라, 쟁점건축물은 피합병법인이 30년의 국유지 점용허가를 받아 그 지상에 건축한 건축물로서 점용허가 기간이 만료되는 경우 한국철도공사에 기부채납될 예정으로 있고, 이에 더하여 철도역무시설과 상업시설이 복합적으로 병존하는 민자역사라는 건물의 특이성을 고려할 때, 쟁점건축물을 일반적인 건물과 동일하게 보아 감정평가하는 것이 비합리적인 것으로 보이는 점 등에 비추어, 쟁점건축물의 취득 당시 ‘시가인정액’을 산정하기 어려운 경우에 해당한다고 판단되므로 청구법인이 지방세법령에 따라 적법한 취득가액으로 인정되는 시가표준액을 기준으로 하여 합병 취득세 과세표준을 산정한 데 잘못이 없다고 판단된다.

또한, 처분청은 청구법인이 최종적으로 소유한 피합병법인의 지분율이 80.2%에 불과하므로 이를 기준으로 하여 이중과세 지분율을 산정(19.4%)하여야 한다는 의견이나, 과점주주 성립 당시 완전자회사 B가 부담분에 해당하는 간주취득세를 포함한 총 23.4%의 과점주주 간주취득세를 청구법인이 납부하였을 뿐만 아니라, 이후 B가 보유한 피합병법인 지분 4%를 2010년에 청구법인이 실제로 인수한 사실도 확인되는바, B 부담분을 포함한 23.4%가 이중과세 되었다고 봄이 타당하다고 판단된다.

(다) 마지막으로 쟁점③에 관하여 살피건대, 「지방세기본법」제96조 제7항은 심판청구에 관하여는 이 법 또는 지방세관계법에서 규정한 것을 제외하고는 「국세기본법」 제7장 제3절을 준용한다고 규정하고 있고, 「국세기본법」 제7장 제3절의 제79조 제1항은 조세심판관회의 또는 조세심판관합동회의는 제80조의2에서 준용하는 제65조에 따른 결정을 할 때 심판청구를 한 처분 외의 처분에 대해서는 그 처분의 전부 또는 일부를 취소 또는 변경하거나 새로운 처분의 결정을 하지 못한다고 규정하고 있다.

처분청은 합병 취득세에서 기납부한 과점주주 간주 취득세를 공제할 수 있는 경우 공제되어 합병 취득세를 납부하지 아니하게 된 부분에 대하여는 별도로 등록면허세 또는 지방교육세를 신고·납부하여야 한다는 의견이나, 이 건 심판청구는 청구법인이 과점주주 간주취득세 등을 납부한 후 해당 법인을 흡수합병하였으므로 과점주주 간주취득세 등을 신고·납부하여 취득한 쟁점건축물에 대한 합병 취득세를 또다시 신고·납부할 의무가 없다는 경정청구에 대하여 심리하는 사안으로서, 이 건에서 청구법인이 합병 취득세가 공제된 부분에 대하여 별도로 등록면허세 또는 지방교육세를 신고·납부하여야 하는지에 대한 새로운 처분의 결정을 할 수 없다 할 것이므로 등록면허세 또는 지방교육세의 심리를 생략한다.

4. 결론

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 있으므로 「지방세기본법」제96조 제7항과 「국세기본법」제80조의2 및 제65조 제1항 제3호에 의하여 주문과 같이 결정한다.

＜별지＞ 관련 법령

(1) 지방세법(2008.9.26. 법률 제9133호로 개정되기 전의 것)

제105조(납세의무자등) ⑥ 법인의 주식 또는 지분을 취득함으로써 과점주주가 된 때에는 그 과점주주는 당해 법인의 부동산, 차량, 기계장비ㆍ입목ㆍ항공기ㆍ선박ㆍ광업권ㆍ어업권ㆍ골프회원권ㆍ승마회원권ㆍ콘도미니엄회원권 또는 종합체육시설이용회원권을 취득한 것으로 본다. 다만, 법인설립시에 발행하는 주식 또는 지분을 취득함으로써 과점주주가 된 경우에는 그러하지 아니하다.

제110조(형식적인 소유권의 취득 등에 대한 비과세) 다음 각호의 1에 해당하는 것에 대하여는 취득세를 부과하지 아니한다.

4. 법인의 합병 또는 공유권의 분할로 인한 취득. 다만, 법인의 합병으로 인하여 취득한 과세물건이 합병 후에 제112조의2의 규정에 의한 과세물건에 해당하게 되는 경우에는 그러하지 아니하다.

제111조(과세표준) ④ 제105조 제6항의 규정에 의하여 과점주주가 취득한 것으로 보는 당해 법인의 부동산ㆍ차량ㆍ기계장비ㆍ입목ㆍ항공기ㆍ선박ㆍ광업권ㆍ어업권ㆍ골프회원권ㆍ승마회원권ㆍ콘도미니엄회원권 또는 종합체육시설이용회원권에 대한 과세표준은 그 부동산ㆍ차량ㆍ기계장비ㆍ입목ㆍ항공기ㆍ선박ㆍ광업권ㆍ어업권ㆍ골프회원권ㆍ승마회원권ㆍ콘도미니엄회원권 또는 종합체육시설이용회원권의 총가액을 그 법인의 주식 또는 출자의 총수로써 나눈 가액에 과점주주가 취득한 주식 또는 출자의 수를 곱한 금액을 과세표준액으로 한다. 이 경우 과점주주는 조례가 정하는 바에 의하여 과세표준액 및 기타 필요한 사항을 신고하여야 한다. 다만, 신고 또는 신고가액의 표시가 없거나 신고가액이 과세표준액에 미달하는 때에는 시장ㆍ군수가 당해 법인의 결산서 기타 장부등에 의한 취득세 과세대상자산총액을 기초로 전단의 계산방법에 의하여 산출한 금액을 과세표준액으로 한다.

제112조(세율) ① 취득세의 표준세율은 취득물건의 가액 또는 연부금액의 1,000분의 20으로 한다.

(2) 지방세법(2023.3.14. 법률 제19230호로 개정된 것)

제7조(납세의무자 등) ① 취득세는 부동산, 차량, 기계장비, 항공기, 선박, 입목, 광업권, 어업권, 양식업권, 골프회원권, 승마회원권, 콘도미니엄 회원권, 종합체육시설 이용회원권 또는 요트회원권(이하 이 장에서 “부동산등”이라 한다)을 취득한 자에게 부과한다.

⑤ 법인의 주식 또는 지분을 취득함으로써 「지방세기본법」 제46조 제2호에 따른 과점주주 중 대통령령으로 정하는 과점주주(이하 “과점주주”라 한다)가 되었을 때에는 그 과점주주가 해당 법인의 부동산등(법인이 「신탁법」에 따라 신탁한 재산으로서 수탁자 명의로 등기ㆍ등록이 되어 있는 부동산등을 포함한다)을 취득(법인설립 시에 발행하는 주식 또는 지분을 취득함으로써 과점주주가 된 경우에는 취득으로 보지 아니한다)한 것으로 본다. 이 경우 과점주주의 연대납세의무에 관하여는 「지방세기본법」 제44조를 준용한다.

제10조의5(무상취득ㆍ유상승계취득ㆍ원시취득의 경우 과세표준에 대한 특례) ③ 제10조의2부터 제10조의4까지의 규정에도 불구하고 다음 각 호의 경우 취득당시가액의 산정 및 적용 등은 대통령령으로 정한다.

2. 법인의 합병ㆍ분할 및 조직변경을 원인으로 취득하는 경우

제10조의6(취득으로 보는 경우의 과세표준) ④ 제7조 제5항 전단에 따라 과점주주가 취득한 것으로 보는 해당 법인의 부동산등의 취득당시가액은 해당 법인의 결산서와 그 밖의 장부 등에 따른 그 부동산등의 총가액을 그 법인의 주식 또는 출자의 총수로 나눈 가액에 과점주주가 취득한 주식 또는 출자의 수를 곱한 금액으로 한다. 이 경우 과점주주는 조례로 정하는 바에 따라 취득당시가액과 그 밖에 필요한 사항을 신고하여야 한다.

제11조(부동산 취득의 세율) ① 부동산에 대한 취득세는 제10조의 과세표준에 다음 각 호에 해당하는 표준세율을 적용하여 계산한 금액을 그 세액으로 한다.

7. 그 밖의 원인으로 인한 취득

가. 농지 : 1천분의 30

나. 농지 외의 것 : 1천분의 40

제15조(세율의 특례) ① 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 취득에 대한 취득세는 제11조 및 제12조에 따른 세율에서 중과기준세율을 뺀 세율로 산출한 금액을 그 세액으로 하되, 제11조 제1항 제8호에 따른 주택의 취득에 대한 취득세는 해당 세율에 100분의 50을 곱한 세율을 적용하여 산출한 금액을 그 세액으로 한다. 다만, 취득물건이 제13조 제2항에 해당하는 경우에는 이 항 각 호 외의 부분 본문의 계산방법으로 산출한 세율의 100분의 300을 적용한다.

3. 「법인세법」 제44조 제2항 또는 제3항에 해당하는 법인의 합병으로 인한 취득. 다만, 법인의 합병으로 인하여 취득한 과세물건이 합병 후에 제16조에 따른 과세물건에 해당하게 되는 경우 또는 합병등기일부터 3년 이내에 「법인세법」 제44조의3 제3항 각 호의 어느 하나에 해당하는 사유가 발생하는 경우(같은 항 각 호 외의 부분 단서에 해당하는 경우는 제외한다)에는 그러하지 아니하다.

제23조(정의) 등록면허세에서 사용하는 용어의 뜻은 다음과 같다.

1. “등록”이란 재산권과 그 밖의 권리의 설정ㆍ변경 또는 소멸에 관한 사항을 공부에 등기하거나 등록하는 것을 말한다. 다만, 제2장에 따른 취득을 원인으로 이루어지는 등기 또는 등록은 제외하되, 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 등기나 등록은 포함한다.

제27조(과세표준) ① 부동산, 선박, 항공기, 자동차 및 건설기계의 등록에 대한 등록면허세(이하 이 절에서 “등록면허세”라 한다)의 과세표준은 등록 당시의 가액으로 한다.

제28조(세율) ① 등록면허세는 등록에 대하여 제27조의 과세표준에 다음 각 호에서 정하는 세율을 적용하여 계산한 금액을 그 세액으로 한다. 다만, 제1호부터 제5호까지 및 제5호의2의 규정에 따라 산출한 세액이 해당 각 호의 그 밖의 등기 또는 등록 세율보다 적을 때에는 그 밖의 등기 또는 등록 세율을 적용한다.

1. 부동산 등기

나. 소유권의 이전 등기

1) 유상으로 인한 소유권 이전 등기: 부동산 가액의 1천분의 20. 다만, 제11조 제1항 제8호에 따른 세율을 적용받는 주택의 경우에는 해당 주택의 취득세율에 100분의 50을 곱한 세율을 적용하여 산출한 금액을 그 세액으로 한다.

(3) 지방세법 시행령(2023.6.30. 대통령령 제33609호로 개정된 것)

제14조(시가인정액의 산정 및 평가기간의 판단 등) ① 법 제10조의2 제1항에서 “매매사례가액, 감정가액, 공매가액 등 대통령령으로 정하는 바에 따라 시가로 인정되는 가액”(이하 “시가인정액”이라 한다)이란 취득일 전 6개월부터 취득일 후 3개월 이내의 기간(이하 이 절에서 “평가기간”이라 한다)에 취득 대상이 된 법 제7조 제1항에 따른 부동산 등(이하 이 장에서 “부동산등”이라 한다)에 대하여 매매, 감정, 경매(「민사집행법」에 따른 경매를 말한다. 이하 이 장에서 같다) 또는 공매(이하 이 조에서 “매매등”이라 한다)한 사실이 있는 경우의 가액으로서 다음 각 호의 구분에 따라 해당 호에서 정하는 가액을 말한다.

1. 취득한 부동산등의 매매사실이 있는 경우: 그 거래가액. 다만, 「소득세법」 제101조 제1항 또는 「법인세법」에 따른 특수관계인(이하 “특수관계인”이라 한다)과의 거래 등으로 그 거래가액이 객관적으로 부당하다고 인정되는 경우는 제외한다.

2. 취득한 부동산등에 대하여 둘 이상의 감정기관(행정안전부령으로 정하는 공신력 있는 감정기관을 말한다. 이하 같다)이 평가한 감정가액이 있는 경우: 그 감정가액의 평균액. 다만, 다음 각 목의 가액은 제외하며, 해당 감정가액이 법 제4조에 따른 시가표준액과 제5항에 따른 시가인정액의 100분의 90에 해당하는 가액 중 적은 금액(이하 이 호에서 “기준금액”이라 한다)에 미달하는 경우나 기준금액 이상인 경우에도 「지방세기본법」 제147조 제1항에 따른 지방세심의위원회(이하 “지방세심의위원회”라 한다)의 심의를 거쳐 감정평가 목적 등을 고려하여 해당 감정가액이 부적정하다고 인정되는 경우에는 지방자치단체의 장이 다른 감정기관에 의뢰하여 감정한 가액으로 하며, 그 가액이 납세자가 제시한 감정가액보다 낮은 경우에는 납세자가 제시한 감정가액으로 한다.

가. 일정한 조건이 충족될 것을 전제로 해당 부동산등을 평가하는 등 취득세의 납부 목적에 적합하지 않은 감정가액

나. 취득일 현재 해당 부동산등의 원형대로 감정하지 않은 경우 그 감정가액

3. 취득한 부동산등의 경매 또는 공매 사실이 있는 경우: 그 경매가액 또는 공매가액

제18조의4(유상ㆍ무상ㆍ원시취득의 경우 과세표준에 대한 특례) ① 법 제10조의5 제3항 각 호에 따른 취득의 경우 취득당시가액은 다음 각 호의 구분에 따른 가액으로 한다.

2. 법 제10조의5 제3항 제2호의 경우: 시가인정액. 다만, 시가인정액을 산정하기 어려운 경우 취득당시가액은 시가표준액으로 한다.

(4) 지방세특례제한법(2023.6.1. 법률 제19422호로 개정된 것)

제57조의2(기업합병ㆍ분할 등에 대한 감면) ① 「법인세법」 제44조 제2항 또는 제3항에 해당하는 합병으로서 대통령령으로 정하는 합병에 따라 양수(讓受)하는 사업용 재산을 2024년 12월 31일까지 취득하는 경우에는 「지방세법」 제15조 제1항에 따라 산출한 취득세의 100분의 50(법인으로서 「중소기업기본법」에 따른 중소기업 간 합병 및 법인이 대통령령으로 정하는 기술혁신형사업법인과의 합병을 하는 경우에는 취득세의 100분의 60)을 경감하되, 해당 재산이 「지방세법」 제15조 제1항 제3호 단서에 해당하는 경우에는 다음 각 호에서 정하는 금액을 빼고 산출한 취득세를 경감한다. 다만, 합병등기일부터 3년 이내에 「법인세법」 제44조의3 제3항 각 호의 어느 하나에 해당하는 사유가 발생하는 경우(같은 항 각 호 외의 부분 단서에 해당하는 경우는 제외한다)에는 경감된 취득세를 추징한다.

1. 「지방세법」 제13조 제1항에 따른 취득 재산에 대해서는 같은 조에 따른 중과기준세율(이하 “중과기준세율”이라 한다)의 100분의 300을 적용하여 산정한 금액

2. 「지방세법」 제13조 제5항에 따른 취득 재산에 대해서는 중과기준세율의 100분의 500을 적용하여 산정한 금액