이유
1. 처분개요

가. 청구법인은 2013.5.27. A소와 B터미널을 건설한 후 생산한 전기를 한국전력공사에 판매하는 사업을 영위하기 위하여 설립된 법인으로, 2019.9.27. 경상남도 통영시OOO산업단지에 소재하는 토지(공장용지) 275,269.1㎡(이하 “쟁점토지”라 한다) 및 건축물 7,414.57㎡(이하 “종전건축물”이라 한다)를 D 주식회사로부터 취득(매매)한 후, 그 취득가액 OOO원을 취득세 과세표준으로 하여 산출한 취득세 OOO원, 지방교육세 OOO원, 농어촌특별세 OOO원 합계OOO원을 신고·납부하였다.

나. 청구법인은 쟁점토지를「지방세특례제한법」제78조 제4항 및「경상남도 도세 감면 조례」제7조의2에서 규정하는 산업단지 내 산업용 건축물 등을 신축하기 위하여 취득하는 부동산에 해당하여 취득세를 감면하여야 한다고 주장하면서, 2024.9.23. 경정청구를 처분청에 제기하였으나, 처분청은 2024.10.21. 이를 거부하였다.

다. 청구법인은 이에 불복하여 2025.1.8. 심판청구를 제기하였다.

2.청구법인 주장 및 처분청 의견

가.청구법인 주장

(1) 산업단지에 종전건축물이 존재하는 쟁점토지를 승계취득한 후, 종전건축물을 멸실하고 산업용 건축물을 신축한 경우 쟁점토지에 대하여도 취득세를 감면하여야 한다.

「지방세특례제한법」제78조 제4항은 산업용 건축물 등을 ‘건축’하려는 자가 ‘취득’하는 부동산을 취득세 감면 대상으로 규정하고 있는데, 구 지특법 제2조 제2항에 따르면 이 법에서 사용하는 용어의 뜻은 특별한 규정이 없으면 지방세법 등에서 정하는 바에 따르는바,「지방세법」제6조 제1호는 “취득”이란 매원시취득, 승계취득 또는 유상 ·무상의 모든 취득을 의미하고, “건축”이란「건축법」제2조 제1항 제8호의 건축을 의미한다고 정의하고 있다. 「건축법」제2조 제1항 제8호에 따르면 “건축”이란 건축물을 신축·증축·개축·재축하거나 건축물을 이전하는 것을 말한다고 규정하는바, 「지방세특례제한법」제78조 제4항의 ‘건축’을 신축으로, ‘취득’을 원시취득 또는 최초 취득으로 축소해석하거나 ‘산업용 건축물이 존재하지 아니하는 토지’로 한정하여 해석할 합리적인 이유가 없다.

법원 또한 원고가 종전에 취득세 감면이 적용된 토지 및 그 지상 건물을 취득하고 해당 건물을 증축한 후 취득세 및 지방교육세의 환급을 구한 사안에서, 피고가 “산업용 건축물이 목적이 이미 달성되었으므로 승계취득하더라도 감면요건에 해당하지 않고, 다만 산업용 건축물이 없는 경우, 기존의 산업용 건축물이 철거되거나 멸실될 예정인 경우 또는 철거 중에 있어 새로운 건축물을 건축하는 것이 분명한 경우에만 승계취득의 경우에도 취득세가 면제된다”고 주장하였음에도 불구하고 이를 배척하고 원고 승소 판결을 선고한 바 있다(부산고등법원 OOO, 2018.3.30., 대법원 OOO판결로 확정됨). 해당 판결에서 법원은「지방세특례제한법」제78조 제4항이 새로운 소유자가 산업단지 내 산업용 부동산을 승계취득하여 이를 본래의 용도로 계속 사용하도록 하고 건축물을 증축하도록 하는 유인을 제공함으로써 산업시설을 유치, 확충하는 데에 입법목적이 있으므로, 산업단지 내 부동산의 소유권이 순차 이전되는 경우에도「지방세특례제한법」제78조 제4항이 적용되어야 한다고 판시하였다.그 외에 여러 유권기관이 위 판례와 같은 취지로 해석하는바, 예컨대 감사원은「지방세특례제한법」제78조 제4항의 ‘건축’을 신축 또는 개축으로, ‘취득’을 원시취득 또는 최초취득으로 축소해석하거나 적용 범위가 건축물이 존재하지 아니하는 토지 또는 기존의 건축물이 철거 또는 멸실될 예정이거나 이미 철거 중인 부동산에 한정된다고 해석할 합리적인 이유가 없으며, 증축이 부동산 취득의 중요 부분을 구성하는 것으로 볼 수 있다면 토지를 최초로 취득하여 그 지상에 건축물을 신축하는 경우와 달리 취급할 이유도 없다”고 결정한 바 있고(감심2021-1077, 2023.7.20.), 행정안전부 역시 위 감사원과 같은 입장을 취한 바 있다(지방세특례제도과-3174, 2015.11.17.).

따라서, 청구법인이 기존의 건축물을 철거하고 발전소를 신축한 이상 해당 건축이 부동산 취득의 중요 부분을 구성하는 것으로 볼 수 있고, 승계취득을「지방세특례제한법」제78조 제4항의 ‘취득’에서 제외할 하등의 이유가 없으므로, 처분청의 주장은 조세법률주의의 법리에 반하는 것으로 위법·부당하다. 한편, 처분청이 주장의 근거로 인용한 조심례(조심 2017지0112, 2017.3.31., 조심 2019지2532, 2020.4.7.)의 경우, 청구법인이 기존 건축물을 멸실하지 않은 상태에서 일부분의 증축이 이루어진 것에 불과하여 기존 건축물을 해체하고 발전소를 신축한 본 사안과는 그 사실관계에 상당한 차이가 존재한다. 특히, 조심 2017지0112 결정례의 경우, 처분청도 “감면대상 토지 부분은 새로운 건축물로 신축하는 것이 분명한 토지를 의미하므로, 증축한 경우는 감면대상에 해당하지 않는다”고 하여 감면배제를 주장하였던 사안이다. 즉, 해당 사건에서 처분청 또한 새로운 건축물을 신축하는 경우에는「지방세특례제한법」제78조 제4항의 적용을 받는다는 점을 당연한 전제로 받아들인 것이다. 더불어 처분청이 제시한 대법원 판례의 경우에도, 원고가 토지를 임차하고 그 지상에 공장을 신축한 후 4년 3개월이 지난 후에야 부지를 매수한 점에 비추어 해당 부지의 취득을 공장의 신축을 위한 취득으로 볼 수 없다고 판단한 사례인바, 본 사안과는 사실관계가 상이하므로 위 법리를 본 사안에 적용할 수 없다. 따라서, 처분청의 주장은 명문의 규정은 물론 기존의 유권해석, 판례 등에 비추어 보더라도 적절한 근거가 부재한 주장으로 이해되며, 오히려 대법원 판례, 최근 감사원 심사례(감심2021-1077, 2023.7.20.) 및 행정안전부 유권해석(지방세특례제도과-3174, 2015.11.17.)에서 모두 동일한 취지로 취득세 감면대상에 해당한다고 보고 있음을 알 수 있다.

(2) 청구법인은 쟁점토지를 취득하고 유예기간에 산업용 건축물을 건축하고자 진지한 노력을 다하였으므로 이를 정당한 사유로 인정하여야 한다.

「지방세특례제한법」제78조 제5항 제1호는 유예기간이 경과하도록 산업단지 내 토지 지상에 산업용 건축물 등을 신축하지 못한 데에 정당한 사유가 인정되지 않는 경우 그 토지 취득 시 감면받은 취득세를 추징한다고 규정하고 있다.

헌법재판소는 위 ‘정당한 사유’를 추징의 예외로 삼은 취지가 ‘산업용 건축물 등의 신축 과정에서 빈발하는 행정상의 문제 등으로 인하여 납세자에게 불이익을 주지 않기 위한 것’이라는 입장을 취하고 있고, 과세관청과 대법원 또한 납세자가 정상적인 노력을 다하였음에도 시간적인 여유가 없어 건축물을 완공하지 못하였다면 ‘정당한 사유’가 충족되므로 감면받은 취득세를 추징할 수 없다는 입장이다. 구체적으로, 조세심판원은 취득한 토지의 상태, 공사계획의 변경, 업종의 특수성, 관련 법령의 규제 등 다양한 장애요소를 고려한 뒤 유예기간 종료 시점의 공정률 등을 감안하여 납세자를 탓할 수 없다면 위 추징요건이 충족되지 않는다고 보아 왔다. 우선 납세자가 산업단지 내 토지의 취득일로부터 유예기간을 도과한 사안에서, 건축물 설계에 장시간이 소요된 점, 공사 준비 과정에서 지반침하 현상이 있어 휴지기간이 필요하였던 점, 유예기간 만료일에 공정률이 약 63%에 달한 점을 들어 정당한 사유가 있다고 보았다(조심 2016지1199, 2017.2.10. 결정). 또한, 업종 변경, 공사범위 확장과 같이 납세자의 경영상 의사결정에 따른 유예기간 도과에도 불구하고 유예기간 종료 전후 시점에 공정률이 93.6%에 달한 점을 감안하여 추징사유가 충족되지 않았다고 보았다(조심 2019지2205, 2019.12.2. 결정). 더불어 전문의약품 제조·판매업의 특징, 암반제거 작업의 필요성 등을 근거로 공사 지연에 정당한 사유가 있었다고 보거나(조심 2022지0837, 2023.4.6. 결정), 발전소 터빈 구매계약, 환경영향평가 등 건축물 신축에 진지한 노력을 기울였다는 점을 들어 경정청구거부처분을 취소한 바 있다(조심 2018지2276, 2020.1.7. 결정). 그 외에도 건축공사에 착수 직후 지반에 암석이 있다는 사실을 발견한 데 이어, 공사에 필요한 기계장치가 코로나 19 확산으로 지연 공급된 사안에서 취득세를 추징할 수 없다고 결정한 사례(조심 2022지1628, 2023.11.2. 결정) 등이 있다. 이처럼 유권해석은 산업단지 내 토지를 취득한 후 건축물 신축 장애사유에도 불구하고 공사를 지속적으로 추진하면서 정상적인 노력을 기울였을 경우, ‘정당한 사유’가 있었던 것으로 보아 취득세를 추징할 수 없다고 일관되게 판단하고 있다.

처분청은 “비영리단체가 부동산 취득 당시 법령상 장애사유가 있음을 알았거나, 쉽게 알 수 있었던 상황에서 부동산을 취득하였고, 당해 부동산을 직접 사용하지 못한 것이 동일한 사유 때문이라면, 다른 사유로 그 고유업무에 사용하지 못하였다는 등의 사정이 없는 한, 그 법령상의 장애사유는 당해 토지를 사용하지 못한 것에 대한 정당한 사유가 될 수 없다”는 판례를 제시하면서, 청구법인이 쟁점토지를 취득할 당시부터 토양환경평가에서부터 오염토양정화조치에 이르는 과정을 이행하여야 한다는 사실을 알거나 알 수 있었으므로 정당한 사유가 인정될 수 없다는 입장이다.

조세심판원은 납세자가 매립지의 취득 당시 유예기간 내에 토지를 사용하지 못할 것을 충분히 예측할 수 있었다는 과세관청의 주장에도 불구하고, 매립지의 특성상 자연안정화 기간이 필요한 점, 지속적으로 공사를 실시하여 심리일 현재 사용승인을 받은 점, 유예기간 만료일 당시 상당 부분 공사가 진행된 점 등을 이유로 ‘정당한 사유’가 인정된다고 보았다(조심 2023지0032, 2023.12.14. 결정).

유사한 사안에서도, 납세자가 매립지의 지반 상태에 대해 취득 전부터 알고 있었던 점을 근거로 든 처분청의 주장과 달리, 조세심판원은 취득 당시 장애사유를 알 수 있었는지 여부는 외부적 사유에 대한 판단기준일 뿐인데 연약지반을 해결하기 위하여 긴 시간이 소요된 것은 내부적 사유인 점, 산업단지 내 토지는 임의 처분이 어려워 다른 용도로 취득하였다고 보기 어려운 점 등을 들어 정당한 사유가 있음을 인정하였다(조심 2019지1914, 2021.12.28. 결정).그렇다면, 토지를 유예기간 내에 목적사업에 직접 사용할 수 없을 만한 장애사유를 알거나 알 수 있었을 경우에도, 해당 토지의 특성, 유예기간 동안 장애사유를 극복하기 위한 노력의 유무, 유예기간 만료 시점에서 산업용 건축물 신축공사의 공정률 등을 참작하여 추징사유가 충족된 것인지를 판단하여야 할 것인바, 이와 달리 해석하게 되면 납세자에게 불이익을 주지 않기 위하여 ‘정당한 사유’를 추징요건으로 삼은「지방세특례제한법」제78조 제5항의 취지를 몰각하게 된다. 더불어 처분청의 위 주장에 따를 경우, 쟁점토지와 같이 토양 오염이 예상되는 지역에 신규 입주하는 납세자들은 사실상 「지방세특례제한법」제78조 제4항에 따른 세제혜택을 전혀 받을 수 없게 되는 불합리한 상황이 발생할 수 있다.

대규모 OOO발전소 건설에는 장기간이 소요되는바, 이러한 업종의 특수성에 대한 고려 없이 일률적으로 4년의 유예기간을 적용하여서는 아니 된다.

청구법인이 현재 쟁점토지상에 건설 중인 A소의 설비용량은 1,012MW로서, 아래와 같이 다른 사례들에 비추어 보더라도, 대규모 A소 건설에는 통상 타 산업용 건축물 대비 장기간(3년 이상)이 소요되는 것으로 보인다.

그렇다면, 청구법인이 3년 내 발전소를 완공한 것은 건설 규모 대비 신속하게 공사를 완료한 것이라는 점을 충분히 미루어 짐작할 수 있고, 이처럼 청구법인이 통상적인 건설기간보다 짧은 기간 내에 공사를 완료하였음에도 불구하고 취득세를 추징하여야 한다고 보는 것은 「지방세특례제한법」제78조 제5항 제1호의 취지에 반하는 것이라 볼 수 있다.

쟁점토지는 조선소 야드로 사용되었던바, 청구법인으로서는 토양정화조치명령 등을 이행한 후에야 공사를 시작할 수 있었다.

청구법인에게 쟁점토지를 매도한 D 주식회사는 해당 토지를 조선소 야드로 사용한 바 있다. 이러한 전적으로 유류 및 중금속으로 인한 오염 우려가 제기되어 처분청은 2019.9.16. 청구법인을 상대로 토양환경평가를 수행하여야 한다는 공문을 발송하였다. 처분청은 토양환경평가 결과, 쟁점토지의 오염도가 우려기준을 넘는다고 보아 2020.3. 토양정밀조사를 위한 절차를 개시하였고, 해당 조사가 완료된 2020.8. 중 오염토양정화조치명령을 내렸다. 위 명령에 따라 쟁점토지의 매도인인 D 주식회사의 책임하에 2020.9.29.부터 2021.8.13.까지 쟁점토지에 대한 정화공사가 이루어졌다.

청구법인은 이러한 과정이 완료되고서야 2021.10. 가까스로 발전소 건설을 위한 건축허가를 얻을 수 있었던 것인바, 이처럼 청구법인이 쟁점토지 취득 후 2년의 시간을 소요한 데 아무런 귀책사유가 없는데도 불구하고 취득세 감면혜택을 받을 수 없게 되는 것은 심히 부당하다.

더불어 청구법인은 완공을 앞당기기 위하여 오염토양정화조치와 사업부지복구공사를 병행하였을 뿐 아니라, 2021.1.경부터는 액화천연B 저장고 설치 작업까지 동시 수행하기 위하여 통영시 환경과 등과 적극적으로 협의하였다.

이처럼, 단지 조선소 부지를 취득한 까닭에 불가피하게 착공이 지연된 점, 정화조치 기간 동안에도 부지복구공사와 저장고 설치 공사를 병행한 점 등을 고려하면, 유예기간 내에 사용승인을 받기 어려운 사유를 해소하기 위하여 무리라고 보여질 정도의 노력을 다했다고 볼 수밖에 없다.

청구법인이 유예기간 만료 시점까지 상당한 정도로 발전소 신축공사를 진행한 사실을 보더라도 정상적인 노력을 다하였다는 점을 인정할 수 있다.

조세심판원은 산업용 건축물을 신축하기 위한 진지한 노력을 다하였는지 여부를 판단함에 있어 유예기간 종료일과 가까운 시점의 공정률이 어느 정도인지를 참작하여 왔다(조심 2019지2205, 2019.12.2. 결정 등).

청구법인의 경우, 쟁점토지 취득일로부터 불과 3년 8개월이 경과하여 4년의 유예기간이 종료되지 않은 2023년 5월 이미 공정률이 70%에 달하였고, 정상적인 노력을 다하였음에도 시간적인 여유가 없어 유예기간을 경과한 2024년 11월 건축공사를 완료하는 등 진지한 노력을 다하였다.

발전소를 실제 건설하는 수급인들은 청구법인의 주주사로서, 공사를 지연시키는 것은 수급인들의 이해관계에 반하는 행위이다.

청구법인의 공사를 수행하는 수급인들은 청구법인의 주주사인 한화에너지 주식회사 등이다. 청구법인과 같은 특수목적법인은 단기간에 그 주주들에게 최대의 이익을 분배하는 것이 존립 목적이므로, 청구법인을 기준으로 주주이자 수급인의 지위에 있는 자들이 구태여 발전소의 완공을 늦추는 것은 상정하기 어려운 상황이다.

따라서, 청구법인과 발전소 공사에 관여하는 자들이 완공에 진지한 노력을 다하지 아니하였다고 볼만한 이유가 전혀 없으므로 정당한 사유를 인정하여야 한다.

나. 처분청 의견

(1) 산업단지에 종전건축물이 존재하는 쟁점토지를 승계취득한 후, 종전건축물을 멸실하고 산업용 건축물을 신축한 경우 쟁점토지에 대하여 취득세 감면을 배제하여야 한다.

해당 감면 조항은 산업단지 활성화 및 지역발전을 도모하기 위함이 목적인 바, 전 소유자가 쟁점토지를 취득하여 산업단지 내 조선소 야드로 사용하던 것을 청구법인이 승계취득 한 것으로서 쟁점토지의 취득은 산업단지 준공 후 공장설립 촉진이라는 감면목적이 이미 달성된 토지의 취득(조심2017지0112, 2017.03.13., 조심2019지2532, 2020.04.07. 참조)이므로 취득세 감면을 배제하여야 한다.

(2) 청구법인이 쟁점토지를 취득할 당시 장애사유를 알고 있었고 사전 준비를 통해 유예기간 내 건설이 가능했음에도 유예기간 내에 직접 사용하지 못했으므로 정당한 사유가 인정되지 아니한다.

「지방세특례제한법」제2조에 따르면 “직접 사용”이란 부동산 등을 사업 또는 업무의 목적이나 용도에 맞게 사용하는 것을 말하며, 특별한 사정이 없는 한 신축한 건축물에 대하여 사용승인을 받은 시점에 그 토지를 직접 사용하는 것으로 봄이 상당하다고 할 것이다.

쟁점토지는 전 소유자가 취득한 이후 오랜 기간 조선소 부지로 사용하여 중금속 등 토양오염이 예상되고, 처분청의 토양환경평가 관련 공문은 청구법인이 소유권을 이전하기 전에 전 소유자에게 시행되어 매매 후 전 소유자가 토양정화공사를 실시하였고, 이러한 상황으로 볼 때 청구법인이 쟁점 토지를 취득 당시 유예기간 내 직접 사용하지 못할 장애사유가 있다는 사실을 충분히 알 수 있었던 것으로 보이며,

쟁점토지의 매매계약 체결 시점은 2017.3.31.이나 그 이전부터 발전소 건설에 대한 계획이 2013.02.25. 제6차 전력수급기본계획에 포함되어 있고, 발전(전기)사업허가는 2014.12.23.에 최초 허가를 받았으며, 주민 공청회를 2016.6.30. 개최하였던 점 등을 종합하면 2019.9.27. 청구법인으로 소유권을 이전하기 전 토양환경규제 조치에 대한 준비를 하였더라면 유예기간인 48개월 이내 건설할 수 있었던 것으로 보인다.

따라서, 청구법인이 쟁점토지의 감면 유예기간 내에 직접 사용하지 못하여 감면요건을 충족하지 못하였고, 직접 사용하지 못한 정당한 사유가 있다고 보기도 어렵다.

3. 심리 및 판단

가. 쟁점

① 산업단지에 소재하는 쟁점토지의 전 소유자가 취득세 감면을 받았으므로 승계 취득한 청구법인에게 취득세 감면을 배제하여야 하는지 여부

② 청구법인이 쟁점토지를 취득하고 유예기간(4년) 내에 직접 사용하지 못한 정당한 사유가 있는지 여부

나. 관련 법령 : ＜별지＞ 기재

다. 사실관계 및 판단

(1) 청구법인과 처분청이 제출한 심리자료에 의하면, 다음과 같은 사실이 나타난다.

(가) 청구법인은 2013.5.27. A소와 B터미널을 건설한 후 생산한 전기를 한국전력공사에 판매하는 사업을 영위하기 위하여 설립된 법인이다.

(나) 청구법인은 2019.9.27. 경상남도 통영시OOO단지에 소재하는 쟁점토지(공장용지) 및 종전건축물을 D(주)로부터 취득(매매)한 후, 그 취득가액 OOO원을 취득세 과세표준으로 하여 산출한 취득세 등을 신고·납부하였다.

(다) 청구법인은 쟁점토지의 취득은「지방세특례제제한법」제78조 제4항 및「경상남도 도세 감면 조례」제7조의2에서 규정하는 산업단지 내 산업용 건축물 등을 신축하기 위하여 취득하는 부동산에 해당하여 취득세를 감면하여야 한다고 주장하면서, 2024.9.23. 경정청구를 처분청에 제기하였다.

(라) 처분청은 ① 산업단지에 소재하는 쟁점토지의 전 소유자[D(주)]가 취득세 감면을 받았으므로 승계 취득한 청구법인에게 취득세 감면을 적용할 수 없고, ② 청구법인이 쟁점토지를 취득하고 유예기간(4년) 내에 직접 사용하지 못한 정당한 사유가 없는 것으로 보아, 2024.10.21. 이를 거부하였다.

(마) 청구법인은 쟁점토지를 취득하고 유예기간 내에 산업용 건축물을 건축하기 위하여 아래와 같이 진지한 노력을 다하였다고 주장하고 있다.

1) 청구법인은 2013.5.27. 정부의 제6자 전력수급기본계획에 따라 설립된 특수목적법인이다.

2) 청구법인은 2013.8.1. 산업통상부 장관으로부터 전기사업법 제7조, 같은 법 시행규칙 제6조에 근거하여 발전사업허가를 받았다.

3) 청구법인은 2015.4.부터 2016.12. 사이의 기간 동안 환경영향평가법에 따라 환경영향평가서 초안 작성, 통영 지역 주민 의견 수렴, 관계기관과의 협의 등을 거쳐 환경영향평가 절차를 수행하였다.

4) 청구법인은 2017.3.31. D 주식회사와의 사이에 청구법인이 쟁점토지 및 종전건축물을 매수하기로 하는 매매계약을 체결하였다.

5) 산업통상부장관은 2017.6.13. 청구법인의 공사계획인가기간 미준수를 이유로 청구법인에 대한 발전사업허가를 취소하는 행정처분을 하였다.

6) 대법원은 2019.4.24. 청구법인이 발전소 건설 착수를 위한 상당한 준비를 마쳤으며 사업 개시를 위한 준비도 상당히 추진한 점, 청구법인을 두고 기업 경영이 부실하거나 전기사업 추진이 불성실하여 국가의 전력수급계획에 차질을 일으키는 전기사업자라 할 수 없는 점 등을 종합하여 청구법인은 착공을 위한 정상적 노력과 추진을 다하였음에도 부득이 하지 못한 경우에 해당하므로 산업통상자원부 장관이 청구법인에 대한 발전사업허가를 취소한 처분은 위법하다고 판단하였다.

7) 처분청은 2019.9.16. 청구법인이 쟁점토지를 취득하기 직전 청구법인에게 쟁점토지에 대한 토양환경평가 실시를 요청하는 내용의 공문을 발송하였다.

8) 청구법인은 2019.9.27. 쟁점토지 및 종전건축물에 대한 소유권이전등기를 완료하고 해당 부동산을 취득하였다.

9) 청구법인은 2019.10.16. 처분청과의 협의 끝에 쟁점토지에 대한 토양환경평가를 실시하기로 확정하였다.

10) 쟁점토지의 토지이용계획은 2019.11.11. 기타운송장비제조업을 위한 산업용지에서 전기·B 및 증기업을 위한 산업용지로 변경되었다.

11) 청구법인과 국토교통부 및 처분청 등의 협의 결과, 2019.12.2.부터 2020.2.29.까지 환경기술정책연구원에 의하여 쟁점토지 내 총 198개 지점에서 토양 및 지하수 시료를 채취하여 오염도를 측정하는 방식의 토양환경평가가 이루어졌고, 청구법인은 2020.3.16. 토양환경평가 보고서를 제출하였다.

12) 토양환경평가 결과, D 주식회사에 의하여 조선소 부지로 사용되었던 쟁점토지의 경우 유류 성분 및 중금속 등으로 오염되어 있을 가능성이 상당한 것으로 평가되었고, 이에 처분청은 쟁점토지가 토양오염의 우려기준을 넘을 가능성이 크다고 판단하여 2020.3.26. 토양오염이 발생한 것으로 추정되는 시점에 오염 원인이 된 시설의 소유자였던 D 주식회사를 토양정밀조사 및 오염토양 정화공사의 책임자로 선정하였다.

13) 처분청은 2020.4.8. 향후 토양정화의 기초자료로 활용하기 위한 목적에서 쟁점토지의 매도인인 D 주식회사에 대하여 토양정밀조사 실시 명령을 내렸다.

14) 이에, D 주식회사의 책임하에 환경기술정책연구원에 의하여 2020.5.20.부터 2020.7.31.까지의 기간 동안 쟁점토지에 대한 토양정밀조사가 실시되었는데, 해당 조사는 쟁점토지를 10m×10m의 격자망 크기로 세분화한 뒤 시료채취지점 110개를 선정하여 시료를 채취함으로써 각 지점별 구리, 아연, 크실렌에 의한 오염 정도를 파악하는 방식으로 진행되었으며, 구체적으로 토양 및 지하수 조사에 2주, 시료분석에 6주, 결과 평가 및 보고서 작성에 3주 가량의 기간이 소요되었다.

15) D 주식회사는 2020.8.6. 처분청에 토양정밀조사 이행보고를 완료하였고, 처분청은 위 토양정밀조사 결과를 바탕으로 2020.8.13. D 주식회사에 대한 오염토양 정화 조치명령을 내렸다.

16) 쟁점토지 매도인인 D 주식회사의 위탁에 따라 토양정화업자인 주식회사 에스지알테크에 의하여 2020.9.29.부터 2021.8.13. 사이의 기간 동안 쟁점토지에 대한 정화공사가 수행되었고, 이러한 정화공사는 3달간의 토양 세척장치 제작, 현장설치, 시운전, 5.5달간의 쟁점토지 굴착 및 오염토양 선별, 6.75달간의 선별된 오염토양 세척, 3주에 걸친 정화완료 검증, 토지정화 이행보고서 작성 등의 과정을 포함하고 있다.

＜쟁점토지 정화공사 일정표＞

○○○

17) 청구법인은 A소 완공을 앞당기기 위하여 쟁점토지에 대한 정화공사기간 동안인 2020.8.경부터 2021.10.경까지 쟁점토지상에 존재하던 건축물 해체공사, 사업부지복구공사, 그리고 쟁점토지 내에 액화천연B 저장고를 설치하는 공사를 병행하였다. 이 중 사업부지복구공사의 경우, 쟁점토지가 매도인에 의하여 과거 조선소 부지로 활용되었기 때문에 A소 신축에 앞서 지상의 콘크리트 포장 및 지하 배수시설 등을 철거한 후 흙으로 되메워 평탄화하는 과정이 요구되었기 때문에 수행하였다.

18) 처분청은 2021.10.28. 청구법인에게 A소 건축허가를, 2021.11.5. 착공신고를 수리하였다.

19) 청구법인은 2021.12. 쟁점토지상에 A소를 신축하는 공사에 본격적으로 착수하였다.

20) 청구법인의 A소 신축공사는 ① 신축공사를 위한 현장사무소, 야적장, 가설 전력 및 수도 공급시설을 포함한 임시 시설물 설치(공사기간 : 2021.7.20.~2022.2.28.), ② 말뚝기초 공사, B/증기터빈 및 제어실 등이 설치되는 주요 건물 기초 공사, 해수 유입/배출 채널 시공(공사기간 : 2021.7.20.~2024.4.30.), ③ 주요 건물(터빈건물, 보일러건물, 제어실 등) 철골 설치(공사기간 : 2022.3.3.~ 2024.4.25.), ④ B/증기터빈, 보조보일러, 펌프류, 압축기 등 설치(공사기간 : 2022.7.4.~2023.1.27.), ⑤ 변압기·케이블 포함 전력설비와 계장케이블·제어밸브 포함 계장설비 설치, 수압시험 실시(공사기간 : 2021.9.~2023.11.)의 과정을 거쳐 이루어졌으며, 발전소 전체를 구성하는 여러 동이 동시에 신축되는 등의 사유로 여러 단계의 공정이 동시 진행되는 기간이 상당하였다.

21) 청구법인이 수행하던 A소 신축공사의 공정률은 위와 같은 각 공정을 거쳐 2023.5. 70%에 이르렀다.

22) 청구법인은 2024.5. 발전소 시설 중 일부를 시운전하여 최초로 전력을 생산하기 시작하였으며, 쟁점토지 취득일로부터 약 4년 9개월만인 2024.6. 발전소 총 32개동 중 3개동의 임시사용승인을 받았다.

23) 청구법인은 2024.11.26. 발전소를 구성하는 모든 동과 관련한 신축공사를 완료한 후 사용승인을 받았다.

(2) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 이 건에 대하여 살펴본다.

(가) 먼저, 쟁점①의 경우, 처분청은 청구법인이 산업단지에 소재하는 쟁점토지를 승계취득하여 산업용 건축물을 신축하더라도 공장설립 촉진이라는 감면목적이 이미 달성되었으므로 취득세 감면을 배제하여야 한다는 의견이나,「지방세특례제한법」제78조 제4항 제2호 가목에서 사업시행자 외의 자가 산업단지에서 산업용 건축물 등을 신축 또는 증축하여 취득하는 부동산(신축 또는 증축에 해당하는 부속토지를 포함한다)에 대해서는 취득세 등을 감면하도록 규정하고 있는바, 여기서의 “취득”을 원시취득 또는 최초 취득으로 축소해석하거나 위 규정의 적용 범위를 산업용 건축물이 존재하지 아니하는 토지로 한정하여 해석할 합리적인 이유가 없고, “산업용 건축물 등을 신축 또는 증축하려는 자가 취득하는 부동산”이란 기존 건물을 취득하여 증축하거나 기존 건물을 철거하고 건물을 신축하여 취득하는 경우의 건물, 건물이 없는 토지를 취득하여 그 지상에 건물을 신축하거나 기존 건물이 있는 토지를 취득하여 그 건물을 증축하거나 기존 건물을 철거하고 신축하는 경우의 토지를 모두 포함한 것으로 해석하는 것이 타당한 점, 새로운 소유자가 산업단지 내 산업용 부동산을 승계취득하여 이를 본래의 용도로 계속 사용하도록 하고 아울러 산업용 건축물을 신·증축하도록 하는 유인을 제공함으로써 산업시설의 유치·확충하고자 하는 입법목적을 달성할 수 있다는 점을 고려하면 산업단지 내 부동산의 소유권이 이전되는 과정에서 신·증축이 이루어지는 경우라 하더라도 그 신·증축이 산업단지 내 부동산 취득의 중요 부분을 구성하는 것으로 볼 수 있다면 산업단지 내 토지를 최초로 취득하여 그 지상에 산업용 건축물을 신축하는 경우와 이를 달리 취급할 이유가 없는 점, 「지방세특례제한법」 제78조 제5항 제1호에서 취득세 감면을 받은 자가 정당한 사유 없이 그 취득일로부터 4년이 경과할 때까지 해당 용도로 직접 사용하지 아니한 경우 해당 취득세를 추징하도록 규정하고 있으므로 승계취득의 경우에도 취득세 감면 혜택을 받는 것이 부당하다고 볼 수 없는 점 등에 비추어 청구법인이 산업단지에 소재하는 쟁점토지를 최초취득이 아닌 승계취득하였다 하여 처분청이 이를 취득세 감면대상에서 배제한 처분은 잘못이 있다고 판단된다.

(나) 쟁점②의 경우, 처분청은 청구법인이 쟁점토지를 취득하고 정당한 사유 없이 유예기간(4년)내에 해당 용도로 직접 사용하지 아니하였다는 의견이나, 여기에서 ‘정당한 사유’란 법령에 의한 금지·제한 등 납세의무자가 마음대로 할 수 없는 외부적인 사유는 물론 목적사업에 사용하거나 건축공사에 착공하기 위한 정상적인 노력을 다하였으나 시간적인 여유가 없어 유예기간을 넘긴 내부적인 사유도 포함하는 것이므로 납세의무자가 수행하는 사업의 공익성을 감안하여 취득세를 부과하지 않는 입법취지를 충분히 고려하면서 부동산의 취득목적에 비추어 그 목적사업에 직접 사용하거나 건축공사에 착공하는 데 걸리는 준비기간의 장단, 목적사업에 사용할 수 없거나 건축공사에 착공할 수 없는 법령상, 사실상의 장애사유 및 장애정도, 직접 사용하거나 공사에 착공하기 위한 진지한 노력을 다하였는지 여부 등을 참작하여 구체적인 사안에 따라 개별적으로 판단하여야 할 것인바, 청구법인은 쟁점토지를 취득한 후 쟁점토지상에 B화력발전소를 건축하고자 하였으나, 쟁점토지는 전 소유자가 조선소 야드로 사용하여 유류 및 중금속으로 오염되어 있어 건축허가를 받기전에 선행조건으로 토양 정밀조사와 정화공사가 필수적인 절차였고, 쟁점토지의 전 소유자인 D 주식회사의 책임하에 2020.9.29.부터 2021.8.13.까지 쟁점토지에 대한 정밀조사와 정화공사가 이루어져 건축공사 착공에 상당한 시간이 소요된 점, 청구법인은 발전소 완공을 앞당기기 위하여 토양정화조치와 사업부지복구공사를 병행하였을 뿐 아니라, 2021년 1월부터는 액화천연B 저장고 설치 작업까지 동시 수행하기 위하여 처분청과 적극적으로 협의를 하는 등 진지한 노력을 한 것으로 보이는 점, 청구법인은 A소 신축공사를 위해 현장사무소, 야적장, 가설 전력 및 수도 공급시설을 포함한 임시 시설물 설치(공사기간 : 2021.7.20.~2022.2.28.), 말뚝기초 공사, B/증기터빈 및 제어실 등이 설치되는 주요 건물 기초 공사, 해수 유입/배출 채널 시공(공사기간 : 2021.7.20.~2024.4.30.), 주요 건물(터빈건물, 보일러건물, 제어실 등) 철골 설치(공사기간 : 2022.3.3.~2024.4.25.), B/증기터빈, 보조보일러, 펌프류, 압축기 등 설치(공사기간 : 2022.7.4.~2023.1.27.), 변압기·케이블 포함 전력설비와 계장케이블·제어밸브 포함 계장설비 설치, 수압시험 실시(공사기간 : 2021.9.~2023.11.) 등의 과정을 거쳤고, 발전소 전체를 구성하는 여러 동을 동시에 신축하면서 여러 단계의 공정을 동시 진행하는 과정에서 상당한 기간이 소요된 것으로 보이는 점 등에 비추어 청구법인은 쟁점토지를 취득하고 유예기간 내에 산업용 건축물을 건축하고자 진지한 노력을 다하였으나 시간적인 여유가 없어 불가피하게 유예기간을 경과한 정당한 사유가 있으므로 처분청이 청구법인의 경정청구를 거부한 처분은 잘못이 있다고 판단된다.

4. 결론

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 있으므로「지방세기본법」제96조 제7항과「국세기본법」제80조의2 및 제65조 제1항 제3호에 의하여 주문과 같이 결정한다.

＜별지＞ 관련 법령

(1) 지방세특례제한법(2018.12.24. 법률 제16041호로 개정된 것)

제2조(정의) ② 이 법에서 사용하는 용어의 뜻은 특별한 규정이 없으면 「지방세기본법」, 「지방세징수법」 및 「지방세법」에서 정하는 바에 따른다. 다만, “제3장 지방소득세 특례”에서 사용하는 용어의 뜻은 「지방세기본법」, 「지방세징수법」 및 「지방세법」에서 정하는 경우를 제외하고 「조세특례제한법」 제2조에서 정하는 바에 따른다.

제78조(산업단지 등에 대한 감면) ④ 제1항에 따른 사업시행자 외의 자가 제1호 각 목의 지역(이하 “산업단지등”이라 한다)에서 취득하는 부동산에 대해서는 제2호 각 목에서 정하는 바에 따라 지방세를 경감한다.

1. 대상 지역

가.「산업입지 및 개발에 관한 법률」에 따라 지정된 산업단지

나.「산업집적활성화 및 공장설립에 관한 법률」에 따른 유치지역

다.「산업기술단지 지원에 관한 특례법」에 따라 조성된 산업기술단지

2. 경감 내용

가. 산업용 건축물등을 신축 또는 증축하여 취득하는 부동산(신축 또는 증축한 부분에 해당하는 부속토지를 포함한다)에 대해서는 취득세의 100분의 50을 2019년 12월 31일까지 경감한다. 이 경우 공장용 건축물(「건축법」제2조 제1항 제2호에 따른 건축물을 말한다)을 신축 또는 증축하여 중소기업자에게 임대하는 경우를 포함한다.

⑤ 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우 그 해당 부분에 대해서는 제4항에 따라 감면된 취득세 및 재산세를 추징한다.

1. 정당한 사유 없이 그 취득일부터 3년이 경과할 때까지 해당 용도로 직접 사용하지 아니하는 경우

2. 해당 용도로 직접 사용한 기간이 2년 미만인 상태에서 매각(해당 산업단지관리기관 또는 산업기술단지관리기관이 환매하는 경우는 제외한다)ㆍ증여하거나 다른 용도로 사용하는 경우

(2) 지방세특례제한법(2021.12.28. 법률 제18656호로 개정된 것)

제78조(산업단지 등에 대한 감면) ⑤ 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우 그 해당 부분에 대해서는 제4항에 따라 감면된 취득세 및 재산세를 추징한다.

1. 정당한 사유 없이 그 취득일부터 3년(2019년 1월 1일부터 2020년 12월 31일까지의 기간 동안 취득한 경우에는 4년)이 경과할 때까지 해당 용도로 직접 사용하지 아니하는 경우

(3) 경상남도 도세 감면 조례

제7조의2(산업단지 등에 대한 감면) 법 제78조 제8항에 따른 “조례로 정하는 율”은 다음 각 호와 같다.

1. 법 제78조 제4항 제2호 가목의 경감률에 추가하는 경감률 : 100분의 25

(4) 지방세법

제6조(정의) 취득세에서 사용하는 용어의 뜻은 다음 각 호와 같다.

1. “취득”이란 매매, 교환, 상속, 증여, 기부, 법인에 대한 현물출자, 건축, 개수(改修), 공유수면의 매립, 간척에 의한 토지의 조성 등과 그 밖에 이와 유사한 취득으로서 원시취득(수용재결로 취득한 경우 등 과세대상이 이미 존재하는 상태에서 취득하는 경우는 제외한다), 승계취득 또는 유상ㆍ무상의 모든 취득을 말한다.

2. “부동산”이란 토지 및 건축물을 말한다.

5. “건축”이란「건축법」제2조 제1항 제8호에 따른 건축을 말한다.

(5) 건축법

제2조(정의) ① 이 법에서 사용하는 용어의 뜻은 다음과 같다.

2. “건축물”이란 토지에 정착(定着)하는 공작물 중 지붕과 기둥 또는 벽이 있는 것과 이에 딸린 시설물, 지하나 고가(高架)의 공작물에 설치하는 사무소ㆍ공연장ㆍ점포ㆍ차고ㆍ창고, 그 밖에 대통령령으로 정하는 것을 말한다.

8. “건축”이란 건축물을 신축ㆍ증축ㆍ개축ㆍ재축(再築)하거나 건축물을 이전하는 것을 말한다.