이유
1. 처분개요

가. 청구법인은 2019.9.24. 충청남도 서산시 OOO 소재 제2공장용 예정토지(149,009㎡, 이하 “쟁점②공장 예정토지”라 한다)를 취득하고, 「지방세특례제한법」 제78조 제4항 제2호(이하 “쟁점감면규정”이라 한다)에 따른 산업용 건축물등을 취득하는 것에 해당한다고 보아 취득세의 100분의 75를 감면받아 취득세 등을 신고·납부하였다.

나. 처분청은 2023.10.18. 청구법인이 쟁점②공장 예정토지 취득일부터 4년이 경과할 때까지 정당한 사유 없이 해당 용도로 직접 사용하지 아니하였다고 보아, 청구법인에게 취득세 추징 대상이라고 안내하였고, 청구법인은 2023.11.23. 등에 취득세 OOO원, 지방교육세 OOO원 합계 OOO을 신고·납부하였으나, 2024.6.21. 위와 같이 납부한 취득세 등의 환급하여 구하는 경정청구를 하였고, 이에 처분청은 2024.8.7. 이 경정청구를 거부하였다.

다. 청구법인은 이에 불복하여 2024.9.9. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구법인 주장 및 처분청 의견

가. 청구법인 주장

(1) 청구법인은 충청남도 OOO일원 A공장(1,208,576㎡, 이하 “A공장”이라 한다)을 점진적으로 확장하여 공장을 증설할 계획으로 쟁점②공장 예정토지를 취득하였다.

(가) 청구법인은 1991년 10월경 A공장을 설립·등록하고, 합성고무 등의 석유화학제품을 생산하여 왔으며, A공장과 인접한 토지에 공장을 신설 또는 증설하는 방법으로 A공장을 점진적으로 확장하여 왔다.

＜그림1＞ A공장 1~3번 토지 배치도

○○○

(나) 청구법인은 2014년경부터 A공장 토지와 인접한 토지를 취득하여 석유화학제품을 생산하는 공장을 설립할 계획을 수립하고, C산업단지 내 토지인 OOO일원 294,878㎡(이하 “쟁점①공장 부속토지”라 한다)와 같은 리OOO일원 149,009㎡(쟁점②공장 예정토지) 및 OOO산업단지(확장) 내 토지 약 16만 평을 순차적으로 취득하여 각 토지에 공장을 설립하여 운영할 계획이다.

(다) 충청남도지사는 2014.4.16. 충청남도 서산시OOO일원 527,200㎡를 C산업단지로 지정하고, 그 사업시행자를 B 주식회사로 지정(2015.1.14. A산업단지개발 주식회사로 변경, 이하 “쟁점사업시행자”라 한다) 하였고, 산업단지계획의 지형도면 중 교통처리계획 총괄도에 따르면 C산업단지를 세로로 가로지르는 도로가 조성되도록 결정되었으며,

＜그림2＞ C산업단지에 대한 교통처리계획총괄도

○○○

2019.9.10. C산업단지의 준공을 인가·고시에 따른 지형도면에 따라 C산업단지를 남북으로 가로지르는 4차선 도로가 조성됨에 따라 4차선 도로를 가운데 두고 도로 왼쪽 전부 및 오른쪽 상단에는 쟁점①공장 부속토지가, 도로 오른쪽 하단에는 쟁점②공장 예정토지가 위치하게 되었다.

(라) 본래, 청구법인은 C산업단지 내에 소유하고 있는 토지가 없었고, 주식회사 D는 C산업단지 내에 토지 172,350㎡를 소유하고 있었고, 청구법인은 2014.12.22. 쟁점사업시행자와 ‘C산업단지의 산업시설용지(455,210㎡) 중 청구법인이 쟁점①공장 부속토지 일대(291,477㎡)를, 주식회사 D가 쟁점②공장 예정토지 일대(163,733㎡)를 취득’하기로 기본적인 합의를 하였으며,

이에 따라 청구법인은 2015.12.21. 쟁점사업시행자와 사이에, 쟁점①공장 부속토지인 OOO일원 294,878㎡를 분양받아 매수하는 용지분양계약을 체결하여 2015년부터 2019년까지 각 대금지급일에 매매대금을 분할 지급하여 연부취득하였고,

청구법인은 C산업단지 준공 인가 전인 2016.7.14. 쟁점사업시행자로부터 쟁점①공장 부속토지 중 환지 전 주식회사 D 토지(132,200㎡)에 대하여 「산업입지 및 개발에 관한 법률」 제37조 제7항 및 같은 법 시행령 제37조 제1항에 따라 준공인가 전 토지를 사용할 수 있도록 하는 승인을 받은 후, 공장 설립에 착수하여 2019.2.28. 쟁점①공장 부속토지 상에 일부 지어진 공장을 부분 가동을 위한 공장 부분등록을 신청함에 따라 처분청은 2019.3.5. 이를 수리하여 공장등록대장에 등록하였으며,

청구법인은 2020년 5월경 공장설립을 완료하였고, 처분청은 2020.5.18. 쟁점②공장 예정토지를 공장부지면적을 포함하여 공장등록을 하였다.

(마) 청구법인은 A공장 토지와 쟁점①공장 부속토지를 합쳐도 공장을 추가로 건설할 토지가 부족함에 따라 2019.7.9. 쟁점사업시행자와 사이에 쟁점②공장 예정토지를 추가로 매매하기로 하는 (추가)용지분양계약을 체결하여 2019.11.25. 쟁점②공장 예정토지에 대한 매매대금을 완납하여 이를 취득하여 「지방세특례제한법」 제78조 제4항 및 「충청남도 도세 감면 조례」 제7조의2에 따라 취득세의 100분의 75를 감면 받아 취득세 등을 신고·납부하였고,

쟁점②공장 예정토지는 쟁점①공장 부속토지와 마찬가지로 공장을 건설할 목적으로 취득하였으므로, 청구법인은 쟁점②공장 예정토지 또한 쟁점①공장 부속토지와 마찬가지로 C산업단지의 산업단지계획에 지정된 용도로만 사용하여야 하며,

쟁점②공장 예정토지의 취득일로부터 4년이 조금 더 지난 2024년 2월경의 이용현황은, ① 진입로, ②, ③ 주차장, ④ 공사자재적치공간, ⑤ 헬기장, ⑥ 전력수급공사 사무소, ⑦ 철거 설비 보관장소, ⑧ 공사현장사무소 및 주차장, ⑨ 공사자재 야적장, ⑩ a 증설공사부지, ⑪ 합성고무 컨테이너야드의 용도로 사용되었다.

(2) 쟁점②공장 예정토지의 물리적인 형태, 취득 목적, 지정 용도 및 공부상 등록 내역, 이용 현황, 쟁점②공장 예정토지와 A공장 토지 및 쟁점①공장 부속토지와의 경제적 일체성 등을 고려할 때, 쟁점②공장 예정토지는 쟁점①공장 부속토지와 함께 공장용 건축물의 부속토지(이하 “1구의 공장용지”라 한다)에 해당하고, 따라서 쟁점②공장 예정토지는 쟁점감면규정에 따라 취득세가 경감되어야 한다.

(가) 쟁점②공장 예정토지는 C산업단지가 조성될 당시부터 쟁점①공장 부속토지와 도로로 분리되어 있으나, 쟁점②공장 예정토지가 취득세 유예기간이 경과한 시점에 쟁점①공장 부속토지와 함께 1구의 공장용지에 해당한다면 청구법인은 쟁점②공장 예정토지를 유예기간 내에 계속적으로 해당 용도로 직접 사용한 것이고,

쟁점②공장 예정토지는 공장용 건축물의 부속토지에 해당되므로, 쟁점②공장 예정토지는 유예기간 내 모든 사업연도에 대하여 쟁점감면규정에 따른 추징 대상에 해당하지 않는다.

(나) 대법원은 토지가 도로나 블록담장에 의하여 외형상 공장과 분리되어 있더라도 공장과의 거리, 토지의 용도 및 그 지상건축물의 실제기능 등을 종합하여 고려할 때 부지 전체가 하나의 유기적인 공장구역을 이루고 있다고 볼 수 있다면 해당 토지는 공장경계구역 안에 설치된 부대시설용 건축물의 부속토지로서 공장용 건축물의 부속토지에 해당한다고 판시하였고(2001.11.13. 선고 2000두3740 판결 등),

행정안전부는 대법원 법리에 따라 1구의 공장용지에 해당하는지 여부는 취득 목적, 인근 공장용 건축물과의 거리, 토지용도, 실제 이용현황, 경제적 일체성 등을 종합적으로 고려하여 판단하는 것이 합리적이라고 해석하였는바(지방세특례제도과-2162, 2014.11.4. 등),

대법원의 판단 법리, 행정안전부 및 조세심판원의 판단 기준을 종합하면, 쟁점②공장 예정토지가 쟁점①공장 부속토지와 함께 ‘1구의 공장용지’에 해당하는지 여부는 i) 물리적인 형태, ii) 취득 목적, iii) 토지의 지정 용도 및 공부상 등록 내역, iv) 토지의 이용 현황, v) 경제적 일체성 등을 검토하여야한다.

(다) 아래와 같은 이유로 쟁점②공장 예정토지는 쟁점①공장 부속토지와 함께 ‘1구의 공장용지’에 해당한다.

1) 쟁점①공장 부속토지와 쟁점②공장 예정토지는 산업단지가 조성되는 과정에서 4차선 도로로 양분되었으나 도로를 두고 연접하여 있고,

청구법인은 쟁점①공장 부속토지와 쟁점②공장 예정토지 모두 1구의 공장용지로 사용하고자 하나, C산업단지 내에 조성된 도로로 인하여 불가피하게 쟁점①공장 부속토지와 쟁점②공장 예정토지의 사이에 도로가 위치하게 된 것인데,

청구법인은 쟁점사업시행자가 조성한 도로를 충청남도지사의 허가 없이 형질변경할 수 없으므로, C산업단지 내 4차선 도로를 임의로 산업시설용지 등으로 변경할 수도 없다.

2) 청구법인은 인근에 위치한 A공장을 증설하기 위한 목적으로 쟁점①공장 부속토지와 쟁점②공장 예정토지를 순차적으로 취득하였고, 이에 따라 각 토지에는 청구법인의 공장 설립 계획에 따라 공장이 순차적으로 설립되었거나 설립될 예정이다.

3) 쟁점②공장 예정토지는 C산업단지의 산업단지계획에 따라 지정된 용도로 사용되어야 하고, 또한 청구법인은 쟁점①공장 부속토지에 설립한 공장의 공장등록증명서상 공장부지면적에 쟁점①공장 부속토지뿐만 아니라 쟁점②공장 예정토지의 면적을 포함하여 등록을 신고하였으며,

나아가, 공장과 관련한 공장입지기준면적은 777,893.86㎡이므로, 청구법인의 공장부지면적(420,745.3㎡)은 공장입지기준면적 이내의 토지에 해당한다.

4) 청구법인은 쟁점②공장 예정토지를 지정된 용도로 사용하기 위한 과정에서 쟁점①공장 부속토지에 먼저 공장을 설립하면서 쟁점②공장 예정토지를 ① 진입로, ②, ③ 주차장, ④ 공사자재적치공간, ⑤ 헬기장, ⑥ 전력수급공사 사무소, ⑦ 철거 설비 보관장소, ⑧ 공사현장사무소 및 주차장, ⑨ 공사자재 야적장, ⑩ a 증설공사부지, ⑪ 합성고무 컨테이너야드의 용도로 사용하였고,

청구법인은 쟁점②공장 예정토지를 제3자에게 임대하거나 사용하도록 한 적은 없으며, 쟁점②공장 예정토지를 직접 사용하기 위하여 쟁점②공장 예정토지에 a 공장 증설 공사에 착수하여 현재까지 공사가 진행 중인 것은 물론이고,

A공장 토지 또는 쟁점①공장 부속토지에서 사업을 영위하면서 필요한 공간을 쟁점②공장 예정토지로 이전함으로써 A공장 토지 및 쟁점①공장 부속토지와 관련된 용도로 사용해 왔다.

5) 쟁점②공장 예정토지에 설립되는 a 공장에서의 ‘a’는 전기자동차용 전지소재로서, 주 원재료가 에틸렌과 무기촉매인데, 에틸렌은 A공장에서, 무기촉매는 쟁점①공장 부속토지의 공장에서 각 공급받아 제조될 예정이고,

쟁점②공장 예정토지에 건축공사가 진행된다면 인근 A공장 부지, 쟁점①공장 부속토지 및 쟁점②공장 예정토지는 하나의 경제적 일체성을 이루어 청구법인이 석유화학제품 제조업을 영위하는 데에 공여될 예정이다.

나. 처분청 의견

(1) 청구법인은 쟁점②공장 예정토지 취득일로부터 4년 이내에 해당 용도로 직접 사용하지 아니하였다.

(가) 청구법인은 석유화학제품의 생산에 활용되는 가소제, 접착제, 알코올 등을 생산하는 공장 부지로 사용하기 위하여 쟁점②공장 예정토지를 취득하였으므로, 청구법인이 쟁점②공장 예정토지를 ‘해당 용도로 직접 사용’하고 있다고 하려면 쟁점②공장 예정토지에 해당 공장을 건축하여 공장 부지로 사용하고 있어야 한다.

(나) 그러나 청구법인이 쟁점②공장 예정토지를 취득한 때로부터 4년이 경과한 이후인 2023.9.26. 및 2023.11.22. 2차례에 걸쳐 처분청이 현장을 확인한 결과, 쟁점②공장 예정토지 중 극히 일부분에 대해서만 공장을 건축하기 위한 굴착공사가 진행되고 있었을 뿐 대부분의 토지가 나대지 상태로 있었다.

즉, 청구법인은 유예기간(2023.9.24.).이 경과하기 직전인 2023.9.1.에 비로소 공장의 건축허가를 받고 일부 굴착공사를 하고 있었을 뿐이다.

대법원은, “산업단지 안에서 산업용 건축물 등을 신축 또는 증축하고자 하는 경우 그 취득 부동산에 대한 취득세 등을 면제하면서도 그 단서에서 감면된 취득세 등의 추징규정을 둔 취지, 건물의 착공행위는 토지를 건축물 등의 용도로 직접 사용하는 행위라기보다는 이를 위한 준비행위에 불과한 점 등을 종합해 볼 때, 산업용 건축물 등을 신축할 목적으로 취득한 토지의 취득세, 등록세의 감면규정을 적용함에 있어서는 특별한 사정이 없는 한 그 신축한 건축물에 대하여 사용승인을 받은 시점에 그 토지를 산업용 건축물 등의 용도로 직접 사용하는 것으로 봄이 상당하다.”라고 판시하였다(대법원 2008.5.29. 선고 2008두3319 판결).

(2) 청구법인은 쟁점②공장 예정토지를 쟁점①공장 부속토지 지상 공장의 부속토지(부대시설의 부지)로 사용하였으므로 쟁점②공장 예정토지를 해당 용도로 사용한 것이라고 주장하나, 쟁점②공장 예정토지는 그 지상에 공장을 짓고 해당 공장부지로 사용하기 위해 취득한 것이지 쟁점①공장 부속토지와 같은 용도로 사용하기 위해 취득한 것이 아니다.

즉, 청구법인은 쟁점②공장 예정토지를 석유화학제품의 생산에 활용되는 가소제, 접착제, 알코올 등을 생산하는 공장의 부지로 사용하기 위하여 취득하였으므로 쟁점②공장 예정토지를 해당 공장의 부지로 사용하여야 ‘해당 용도’로 사용한 것으로 볼 수 있다.

(나) 나아가 청구법인이 쟁점②공장 예정토지를 쟁점①공장 부속토지로 사용한 것으로 볼 수도 없다.

설령 청구법인이 주장처럼 쟁점②공장 예정토지는 쟁점①공장 부속토지와 1구의 공장용지로 볼 수 있다고 하더라도, 아래에서 살펴보는 바와 같이 청구법인이 쟁점②공장 예정토지를 쟁점①공장 부속토지와 같이 부대시설 부지로 사용하지 않았으므로 쟁점②공장 예정토지를 ‘해당 용도’로 사용한 것으로 볼 수 없다.

(3) 청구법인은 쟁점②공장 예정토지가 ① 진입로, ②, ③ 주차장 ④ 공사자재 적치공간 ⑤ 헬기장 ⑥ 전력수급공사 사무소 ⑦ 철거 설비 보관장소 ⑧ 공사현장 사무소 및 주차장 ⑨ 공사자재 야적장 ⑩ a 증설공사부지 ⑪ 합성고무 컨테이너야드의 용도로 사용되었으므로, 쟁점②공장 예정토지가 쟁점①공장 부속토지와 함께 공장의 부대시설 부지로 사용된 것으로 보아야 한다고 주장하나, 아래와 같은 이유로 이러한 주장은 받아들이기 어렵다.

(가) 법원은 일관되게 부속토지로서 “해당 용도로 직접 사용”되고 있는지 여부를 판단하는 기준에 관하여, 필지 수나 공부상의 기재와 관계없이 산업용 건축물의 효용과 편익을 위해 실제 사용되고 있는지 여부를 기준으로 객관적으로 판단하여야 한다는 입장인바, 공장등록대장에 쟁점②공장 예정토지와 쟁점①공장 부속토지가 공장부지면적에 포함되어 기재되어 있다고 하여 쟁점②공장 예정토지를 해당 용도로 직접 사용하였다고 볼 수는 없다.

(나) 쟁점②공장 예정토지는 쟁점①공장 부속토지와 4차선 도로로 양분되어 둘레에 울타리가 쳐져있어 쟁점①공장 부속토지와 명확히 구분되며, ⑤(헬기장)는 A공장에 있었던 헬기장을 이전한 것이고 ⑦(철거 설비 보관장소)은 A공장에 있던 설비를 일시적으로 보관하는 장소로 사용한 것이며 ⑪(합성고무 컨테이너야드)은 A공장에서 생산한 제품을 적치하는 공간으로 사용되었으므로 A공장의 부대시설 부지로 사용된 것으로 볼 수 있을지는 몰라도 쟁점①공장 부속토지 관련 부대시설 부지로 사용된 것으로는 볼 수 없다.

(다) 한편 ⑤, ⑦, ⑪ 이외의 부분은, 공장 관련 건설인력 주차장 또는 공장 증설 공사의 설비 조립 공간(②, ③), 공장의 공사자재 적치 공간(④), 쟁점②공장 예정토지 사용에 필요한 전력을 제공하는 공사의 현장사무소(⑥), 공사현장사무소(⑧), 공장 공사에 필요한 자재 야적장 또는 임시주차장(⑨), 공장 신축공사 부지(⑩) 등 공장을 건축하기 공사현장으로 이용되고 있는데, 공장용지를 ‘해당 용도’로 사용한다고 하기 위해서는 ‘건축이 완료된’ 공장 또는 부대시설의 부지로 사용하고 있어야 하고 관련 시설물을 건축 중인 것만으로는 ‘해당 용도’로 사용한다고 볼 수 없는바, 청구법인이 건축공사 중에 쟁점②공장 예정토지를 건축공사에 필요한 공간(건설인력 주차장, 현장사무소, 자재 야적장, 공사 부지 등)으로 활용하고 있는 것만으로는 공장용지를 ‘해당 용도’로 사용하고 있다고 볼 수 없다.

3. 심리 및 판단

가. 쟁점

4차선 도로를 사이에 두고 있는 쟁점①공장 부속토지와 쟁점②공장 예정토지를 사실상 1구의 공장용지로 보아야 한다는 청구주장의 당부

나. 관련 법령 등 : ＜별지＞ 기재

다. 사실관계 및 판단

(1) 청구법인과 처분청이 제출한 자료에 따르면 다음과 같은 사실이 확인된다.

(가) 청구법인은 석유화학공업 제품의 제조, 가공 및 매매 등을 목적으로 2021.4.3. 주식회사 E를 분할하여 설립되었다.

(나) A단지는 충청남도 서산시OOO에 소재하고 있으며, 청구법인은 1991년 10월경부터 충청남도 OOO일원에 A공장을 설립·등록하여, 합성고무 등의 석유화학제품을 생산하고 있다.

(다) 청구법인은 2019.9.24. A3일반산업단지 내에 소재한 쟁점②공장 예정토지의 일부인 131,172㎡(분양 51차)를 취득한 후, 「지방세특례제한법」 제78조 제4항 제2호 가목 및 「충청남도 도세감면 조례」 제7조의2에 따라 산업단지에서 산업용 건축물을 신·증축하기 위하여 취득하는 부동산으로 보아 취득세의 100분의 75(법 50%, 조례 25%)를 경감받았다.

(라) 쟁점②공장 예정토지 등이 소재한 C산업단지의 주요 추진 경과는 다음과 같다.

1) 충청남도지사는 2014.4.16. C산업단지에 대하여 「산업단지 인·허가 절차 간소화를 위한 특례법」제15조 등에 따라 아래 ＜표1＞과 같이 산업단지계획을 승인·고시하였다.

＜표1＞ C산업단지계획 승인 및 지형도면 고시(발췌)

○○○

2) 청구법인과 쟁점사업시행자 등은 2014.12.22. ‘C산업단지의 산업시설용지(455,210㎡) 중 청구법인이 쟁점①공장 부속토지(291,477㎡)를, 주식회사 D가 쟁점②공장 예정토지(163,733㎡)를 취득’하기로 기본적인 합의서를 작성하였다.

3) 충청남도지사는 2015.1.14. C산업단지계획의 사업시행자를 B 주식회사에서 A산업단지개발 주식회사로 변경하는 계획을 변경승인 고시하였다(충청남도 고시 ).

4) 청구법인은 2015.12.21. 쟁점사업시행자와 OOO 일원 294,878㎡(쟁점①공장 부속토지)에 대한 용지분양계약(매매대금 )을 체결하여 2015년부터 2019년까지 연부취득하였다.

5) 청구법인은 2019.2.28. 쟁점①공장 부속토지 일부에 지어진 공장의 부분 가동을 신청하여 2019.3.5. 처분청으로부터 공장등록을 완료하였으며, 2020.5.18. 쟁점②공장 예정토지를 공장부지면적을 포함하여 공장등록을 하였다.

6) 청구법인은 2019.7.9. 쟁점사업시행자와 쟁점②공장 예정토지 중 일부(131,172㎡, 분양 51차)에 대하여 아래 ＜표2＞와 같이 (추가)용지분양계약을 체결하여, 2019.11.25. 이를 취득하였다.

＜표2＞ (추가)용지분양계약서(발췌)

○○○

7) 충청남도지사는 C산업단지에 대하여 2019.9.10. 아래 ＜표3＞과 같이 개발사업 준공인가를 하였다(충청남도 공고 제2019-1555호).

＜표3＞ C산업단지 개발사업 준공인가(발췌)

○○○

(마) C산업단지 내에 소재한 쟁점②공장 예정토지의 일부에 대한 개발행위 등의 추진경과는 다음과 같다.

1) 쟁점②공장 예정토지 내 가설건축물(공사용 창고 등) 축조 내역은 아래 ＜표4＞와 같다.

＜표4＞ 쟁점②공장 예정토지 내 가설건축물 축조 내역

○○○

2) 처분청은 청구법인이 쟁점②공장 예정토지 일원에 대하여 신청한 “LG화학 A공장 증설에 따른 부지 정지공사” 목적의 개발행위(토지형질변경) 허가 신청에 대하여 2022.11.29. 아래 ＜표5＞와 같이 개발행위허가를 한 후, 2023.6.5. 변경허가를 하였다.

＜표5＞ 쟁점②공장 예정토지 일대에 대한 개발행위허가서(발췌)

○○○

3) 청구법인은 쟁점②공장 예정토지 일원에 대하여 2023.9.1. 공장 신축을 위한 건축허가를 받은 것으로 나타난다.

＜표6＞ 쟁점②공장 예정토지 일원에 대한 공장 신축허가서(발췌)

○○○

4) 충청남도지사는 2023.12.29. C산업단지(확장) 계획을 승인하고 이를 고시하였다(충청남도 고시).

(바) 처분청의 출장결과보고서에 의하면, 처분청은 기 감면하였던 취득세 등의 사후관리를 위해 2023.9.26.과 2023.11.22. 쟁점②공장 예정토지에 출장하여 아래 ＜표7＞과 같은 사실을 확인한 것으로 나타난다.

＜표7＞ 처분청의 쟁점②공장 예정토지 출장결과보고서(발췌)

○○○

(사) 쟁점①공장 부속토지와 쟁점②공장 예정토지는 4차선 도로를 사이에 두고 인접하여 위치하고 있는 것으로 나타난다.

(2) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 이 건에 대하여 살피건대, 청구법인은 쟁점①공장의 부속토지와 쟁점②공장 예정토지는 사실상 1구의 공장용지에 해당한다는 취지로 주장하나,

쟁점①공장 부속토지와 쟁점②공장 예정토지는 4차선 도로를 사이에 두고 서로 떨어져 있는 것으로 나타나는 점, 두 공장은 취득시기, 개발행위 및 공장신축 허가 등도 서로 시기를 달리하고 있을 뿐만 아니라 생산제품에 있어서도 다소 차이가 있는 것으로 보이는 점, 청구법인은 쟁점②공장 예정토지에 대하여 2022.11.29.에 이르러서야 개발행위(토지형질변경)허가를 받고 2023.9.1. 공장신축을 위한 건축허가를 받은 것으로 나타나는 점, 처분청이 2023.9.26.과 2023.11.22. 등 2차례에 걸친 출장조사를 통해 확인한 내용에 의하면 쟁점②공장 예정부지가 사실상 나대지 상태에 있는 것으로 나타나는 점, 청구법인이 쟁점②공장 예정부지에 공장을 신축하기에 앞서 나대지 상태에 있던 부지를 주차장, 공사자재 적치공간 및 야적장 등의 용도로 사용하였다 하더라도 이를 청구법인의 기존 A공장 및 쟁점①공장 부속토지와 하나를 이루는 공장용지로 보기도 어려워 보이는 점 등에 비추어 볼 때, 쟁점①공장의 부속토지와 쟁점②공장 예정토지를 1구의 공장용지로 보기는 어려우므로, 처분청이 청구법인의 취득세 등 경정청구를 거부한 처분에는 달리 잘못이 없는 것으로 판단된다(조심 2024지1358, 2025.9.24., 같은 뜻임).

4. 결론

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 없으므로 「지방세기본법」 제96조 제7항과 「국세기본법」 제80조의2 및 제65조 제1항 제2호에 의하여 주문과 같이 결정한다.

＜별지＞ 관련 법령 등

(1) 지방세특례제한법(2020.1.15. 법률 제16865호로 개정되기 전의 것)

제78조(산업단지 등에 대한 감면) ① 「산업입지 및 개발에 관한 법률」 제16조에 따른 산업단지개발사업의 시행자 또는 「산업기술단지 지원에 관한 특례법」 제4조에 따른 사업시행자가 산업단지 또는 산업기술단지를 조성하기 위하여 취득하는 부동산에 대해서는 취득세의 100분의 35를, 조성공사가 시행되고 있는 토지에 대해서는 재산세의 100분의 35(수도권 외의 지역에 있는 산업단지의 경우에는 100분의 60)를 각각 2019년 12월 31일까지 경감한다. 다만, 산업단지 또는 산업기술단지를 조성하기 위하여 취득한 부동산의 취득일부터 3년 이내에 정당한 사유 없이 산업단지 또는 산업기술단지를 조성하지 아니하는 경우에 해당 부분에 대해서는 경감된 취득세 및 재산세를 추징한다.

④ 제1항에 따른 사업시행자 외의 자가 제1호 각 목의 지역(이하 "산업단지등"이라 한다)에서 취득하는 부동산에 대해서는 제2호 각 목에서 정하는 바에 따라 지방세를 경감한다.

1. 대상 지역

가. 「산업입지 및 개발에 관한 법률」에 따라 지정된 산업단지

나. 「산업집적활성화 및 공장설립에 관한 법률」에 따른 유치지역

다. 「산업기술단지 지원에 관한 특례법」에 따라 조성된 산업기술단지

2. 경감 내용

가. 산업용 건축물등을 신축 또는 증축하여 취득하는 부동산(신축 또는 증축한 부분에 해당하는 부속토지를 포함한다)에 대해서는 취득세의 100분의 50을 2019년 12월 31일까지 경감한다. 이 경우 공장용 건축물(「건축법」 제2조 제1항 제2호에 따른 건축물을 말한다)을 신축 또는 증축하여 중소기업자에게 임대하는 경우를 포함한다.

나. 산업단지등에서 산업용 건축물등을 대수선(「건축법」 제2조 제1항 제9호에 해당하는 경우로 한정한다)하여 취득하는 부동산에 대해서는 취득세의 100분의 25를 2019년 12월 31일까지 경감한다.

다. 가목의 부동산에 대해서는 해당 납세의무가 최초로 성립하는 날부터 5년간 재산세의 100분의 35를 경감(수도권 외의 지역에 있는 산업단지의 경우에는 100분의 75를 경감)한다.

⑤ 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우 그 해당 부분에 대해서는 제4항에 따라 감면된 취득세 및 재산세를 추징한다.

1. 정당한 사유 없이 그 취득일부터 3년이 경과할 때까지 해당 용도로 직접 사용하지 아니하는 경우

2. 해당 용도로 직접 사용한 기간이 2년 미만인 상태에서 매각(해당 산업단지관리기관 또는 산업기술단지관리기관이 환매하는 경우는 제외한다)ㆍ증여하거나 다른 용도로 사용하는 경우

※ 지방세특례제한법(2021.12.28. 법률 제18656호로 개정된 것)

제78조(산업단지 등에 대한 감면) ⑤ 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우 그 해당 부분에 대해서는 제4항에 따라 감면된 취득세 및 재산세를 추징한다.

1. 정당한 사유 없이 그 취득일부터 3년(2019년 1월 1일부터 2020년 12월 31일까지의 기간 동안 취득한 경우에는 4년)이 경과할 때까지 해당 용도로 직접 사용하지 아니하는 경우

2. 해당 용도로 직접 사용한 기간이 2년 미만인 상태에서 매각(해당 산업단지관리기관 또는 산업기술단지관리기관이 환매하는 경우는 제외한다)ㆍ증여하거나 다른 용도로 사용하는 경우

(2) 충청남도 도세감면 조례(2020.3.10. 충청남도조례 제4659호로 개정되기 전의 것)

제7조의2(산업단지 등에 대한 추가 감면) 법 제78조 제8항에 따라 2019년 12월 31일까지 다음의 경감률을 추가로 경감한다.

1. 법 제78조 제4항 제2호 가목의 경감률에 추가하는 경감률 : 100분의 25

2. 법 제78조 제4항 제2호 나목의 경감률에 추가하는 경감률 : 100분의 15