쟁점부동산은 청구법인이 연구시설용으로 사용 중이므로, 감면된 취득세의 추징사유에 해당하지 않는다는 청구주장의 당부

예규·판례

쟁점부동산은 청구법인이 연구시설용으로...

로그인하고 택스캔버스 AI에게 질문해보세요택스캔버스 AI에게 바로 물어보세요.

심판청구

조심 2023지5354

생산일자 2026-03-24

AI 요약

요지

청구법인과 쟁점법인은 별개의 법인으로 각각 존속하고 있고, 쟁점법인이 청구법인의 이 건 사업부문을 포괄승계한 것은 해당 부문과 관련된 권리·의무에 관한 것일뿐 그 법인격이 동일하다는 의미는 아닌 점 (조심 22지1317, 23.9.6. 같은 뜻임), 청구법인이 쟁점법인으로부터 임대보증금 및 임대료를 수취하였다는 사실에 대해 청구법인과 처분청 사이에 다툼이 없는 점 등 고려시 쟁점부동산의 사용자는 임차한 쟁점법인으로서 청구법인이 직접 사용한 것으로 보기 어려움

상세내용

이유
1. 처분개요

가. 청구법인은 2020.4.1. 경기도 성남시OOO대지 4,137㎡(이하 “이 건 토지”라 한다)를 분양받아 취득한 후, 2020.4.21. 및 2023.1.9. 처분청에 그 사용목적을 연구소(80%)와 임대(20%)로 구분하고, 연구소 부분에 대하여는 「지방세특례제한법」(2020.1.15. 법률 제16865호로 개정된 것, 이하 같다) 제78조 제4항 및 「경기도 도세 감면조례」 제8조 제1호에 따른 산업단지 등에서 산업용 건축물 등을 신축 또는 증축하여 취득하는 부동산으로 하여 취득세 등의 100분의 75를 감면하여 아래 ＜표1＞과 같이 취득세 등을 신고하였다.

나. 청구법인은 2022.9.16. 이 건 토지 위에 지하 5층, 지상 12층 규모의 교육연구시설용 건축물 32,383.11㎡(이하 “이 건 건축물”이라 하고, 이 건 토지와 합하여 이하 “이 건 부동산”이라 한다)를 신축하여 취득한 후, 2022.11.1. 및 2023.1.9. 처분청에 그 사용목적을 연구소(80%)와 임대(20%)로 구분하고, 연구소 부분에 대하여는 「지방세특례제한법」(2021.12.28. 법률 제18656호로 개정된 것) 제78조 제4항 및 「경기도 도세 감면조례」 제6조 제1호에 따른 산업단지 등에서 산업용 건축물 등을 신축 또는 증축하여 취득하는 부동산으로 취득세 등의 100분의 75를 감면하여 아래 ＜표1＞과 같이 취득세 등을 신고하였다.

＜표1＞ 이 건 부동산의 취득세 등 신고내용

(단위 : 원)

○○○

다. 처분청은 2023.6.16. 감면사후관리를 위하여 이 건 부동산을 현지조사한 결과, 청구법인이 2022.10.11. 주식회사 OOO(이하 “쟁점법인”이라 한다)와 이 건 건축물(32,383.11㎡) 중 5층부터 12층까지(연면적 26,580.27㎡로, 이하 그 부속토지를 포함하여 “쟁점부동산”이라 한다)에 대하여 임대기간을 2022.10.11.부터 2027.12.31.까지로, 임대보증금을 OOO원(연 2.5% 인상 조건)으로, 임대료를 OOO원/평으로 하는 내용의 임대차계약을 체결한 사실을 확인하고, 청구법인이 쟁점부동산을 산업용 건축물 등의 용도로 직접 사용한 기간이 2년 미만인 상태에서 다른 용도(임대)로 사용하여 취득세의 추징사유가 발생한 것으로 보아, 2023.8.8. 청구법인에게 「지방세특례제한법」 제78조 제5항 제2호에 따라 아래 ＜표2＞와 같이 취득세 등 합계 2,090,319,620원(이하 “이 건 취득세 등”이라 한다)을 부과·고지하였다.

＜표2＞ 이 건 취득세 등 부과·고지 내용

(단위 : 원)

○○○

라. 청구법인은 이에 불복하여 2023.10.31. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구법인 주장 및 처분청 의견

가. 청구법인 주장

(1) 쟁점부동산은 청구법인의 감면사업(자율주행 및 전기차 사업)부문을 포괄승계한 쟁점법인이 사용중이므로, 이는 추징사유인 다른 용도로 사용한 경우에 해당하지 않는다.

(가) 청구법인은 2014.9.2. 법인명을 주식회사 OOO로 하고, 목적을 ‘제동, 현가, 조향장치 기타 자동차부품의 설계, 조립, 제조, 공급 및 자동차부품의 마케팅, 판매업’ 등으로 하여 설립되었다.

이후 2021.9.2. OOO부문(이하 “이 건 사업부문”이라 한다) 등을 물적분할하여 주식회사 A를 설립하였고, A는 2021.12.2. 청구법인의 완전자회사(지분율 100%)인 쟁점법인에 흡수합병되면서 소멸하였다.

(나) 「상법」 제530조의10은 “분할승계회사는 분할회사의 권리와 의무를 분할계획서에서 정하는 바에 따라 승계한다”고 규정하고 있는바, 상법상 분할의 경우에는 분할계획서에 따라 피분할회사의 권리의무는 사법상 관계나 공법상 관계를 불문하고, 그 성질상 이전이 허용되지 않는 것을 제외하고는 분할로 인하여 설립되는 회사에게 포괄승계된다(대법원 2013.6.27. 선고 2012두11782 판결, 조심 2021지507, 2021.6.15.등 다수, 같은 뜻임).

(다) 주식회사 A는 청구법인의 사업 중 이 건 사업부문을 물적분할하여 설립된바, 「상법」에 따라 청구법인이 쟁점부동산을 취득한 목적인 자율주행 및 전기차 사업 부문을 그대로 이전받아 영위하게 되었고, 주식회사 A를 흡수합병한 쟁점법인 또한 최종적으로 청구법인의 쟁점부동산에 관한 지위 내지 권리의무를 포괄승계한 것이다.

쟁점법인은 청구법인의 쟁점부동산에 관한 권리의무를 포괄승계한 주체로서, 사업계획서에 승인된 목적대로 쟁점부동산을 사용하고 있으므로, 이는 청구법인이 해당 용도로 직접 사용한 것에 해당하고, 이에 따라 청구법인이 쟁점부동산을 다른 용도로 사용하였다는 전제에서 처분청이 이 건 취득세 등을 추징한 처분은 위법하다.

(2) 산업단지 입주관리기관 또한 물적분할이라는 불가피한 상황을 인정하여 임대를 승인하였고, 취득세 감면 목적대로 여전히 사용중이므로, 추징사유에 해당하지 않는다.

(가) 헌법재판소는 「지방세특례제한법」 제78조 제4항 제2호 가목에서 취득세를 감면하는 취지는 “산업단지등에서 산업용 건축물등을 건축하기 위한 부동산 취득에 대해서 취득세를 감면하는 취지는 산업단지 내 기업 입주를 촉진하여 공장 운영 등의 산업 활동을 장려하기 위한 것”이고,

같은 조 제5항에서 감면된 취득세를 추징하는 취지는 “취득세를 감면받은 후 단기간 내에 부동산을 처분하거나 다른 용도로 사용하여 산업 활동에 제공하지 않는 경우에는 감면된 취득세를 추징함으로써 부동산의 시세차익을 노리는 행위나 세제상의 혜택만 활용하고 산업 활동에 사용하지 않는 행위를 억제하기 위한 것”이라고 판시한바 있다(헌법재판소 2020.3.26. 선고 2017헌바 527, 전원합의체 판결, 같은 뜻임).

따라서 추징사유에 해당하는지 여부는 ‘부동산의 시세차익을 노리는 행위’이거나 ‘세제상 혜택만 활용하고 산업 활동에 사용하지 않는 행위’ 등 취득세 감면을 제공한 취지에 어긋나는 사정이 있는지에 따라 판단하여야 한다.

(나) 이 건 부동산의 용지매매계약서 특약사항 제2조에서는 “매수인은 공장설립등의 완료신고 또는 사업개시 신고 이후 5년 이내에는 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우를 제외하고는 목적용지를 제3자에게 처분하거나 임대할 수 없도록 하되, 임대제한 기간 내에 부득이하게 임대를 해야 하는 경우 관리위원회 심의를 거쳐 관리기관이 승인받는 경우(관리기관에 신고를 완료한 경우를 포함)에 한하여 예외적으로 임대를 허용하고 있다.

따라서 관리위원회의 심의를 거쳐 예외적으로 임대가 허용되는 경우라면, 임대라는 형식에도 불구하고 당초 계획된 산업활동의 장려라는 취득세 감면의 취지에 부합한다 할 것이다.

(다) 설령 쟁점법인이 쟁점부동산을 사용하는 것을 사업주체 변경으로 본다 하더라도, 산업단지 입주관리위원회로부터 쟁점부동산이 임대를 허용할 만한 상황인지 여부를 심의받아 청구법인 및 쟁점법인이 각각 산업단지 입주계약을 체결한바, 이는 이 건 사업부문에 국한하여 연구용도에 사용한다는 감면취지를 여전히 충족한다는 전제에서 임대의 필요성을 인정받은 것이라 하겠다.

(라) 다만, 청구법인이 쟁점법인과 쟁점부동산에 대한 임대차계약을 체결한 것은 두 법인이 별개의 법인으로서 쟁점부동산 사용에 관한 법률 관계를 명확하게 설정할 필요가 있기 때문이다.

이러한 임대차계약을 체결하지 않을 경우 청구법인은 쟁점법인의 특수관계인으로서 「부가가치세법」 제12조 제2항의 단서에 따라 임대용역을 제공한 것으로 의제될 뿐만 아니라 「법인세법」 제52조 부당행위 계산 부인규정에 적용될 우려가 있었다.

특히 청구법인이 이 건 사업부문을 물적분할한 이유는 분리를 통하여 사업의 전문성을 강화하고 경영효율성을 제고하는 한편, 사업특성에 맞는 신속하고 전문적인 의사결정이 가능한 지배구조 체계를 확립하여 시장 환경 및 제도변화에 신속히 대응하고 전문화된 사업영역에 기업이 역량을 집중하기 위한 목적 때문이었다.

이러한 불가피한 경영상의 경우까지 취득세를 추징하는 것은 법인의 운영에 불합리한 제약을 가하는 것으로서, 입법자가 이러한 불합리를 의도하지는 않았다고 보는 것이 타당하다.

이와같이 청구법인이 쟁점법인과 체결한 임대차계약은 일반적인 것과 다르며, 처분청이 제시하는 판결이나 조세심판결정은 사업주체 변경 내지 임대차계약 체결에 대한 관리기관의 승인이 있었는지 여부가 불분명하여 이 건과 사실관계가 같다고 할 수 없다.

(3) 쟁점법인의 연구결과는 청구법인에게도 사실상 귀속되므로, 청구법인은 종속회사인 쟁점법인을 통하여 쟁점부동산을 당초의 사업계획대로 직접 사용하고 있다고 볼 수 있다.

(가) 「지방세특례제한법」(2023.3.14. 법률 제19232호로 개정되기 전의 것) 제2조 제8호는 “직접 사용이란 부동산ㆍ차량ㆍ건설기계ㆍ선박ㆍ항공기 등의 소유자(「신탁법」 제2조에 따른 수탁자를 포함하며, 신탁등기를 하는 경우만 해당한다)가 해당 부동산ㆍ차량ㆍ건설기계ㆍ선박ㆍ항공기 등을 사업 또는 업무의 목적이나 용도에 맞게 사용하는 것을 말한다”고 규정하고 있다.

(나) 법원은 위 직접 사용의 의미에 관하여 “‘직접 사용'의 범위는 원고의 사업목적과 취득목적을 고려하여 그 실제의 사용관계를 기준으로 객관적으로 판단하면 된다(서울고등법원 2018.5.16. 선고 2017누68488 판결, 같은 뜻임)고 판시하였다.

(다) 행정안전부는 기업도시개발구역 내 사업장 신설로 취득세를 감면받은 법인이 다른 법인과 시설이용계약을 체결하고 해당 시설물을 이용하게 한 경우 직접 사용으로 볼 수 있는지 여부와 관련하여(자동차 등의 제품에 대한 성능 및 안전성을 시험 또는 검사하는 활동을 포함하는 그 밖의 과학기술서비스업으로 취득하고 취득세를 감면받은 후 자동차 운행을 통한 타이어 성능개발연구에 사용할 목적으로 해당 시설물을 설치하고 연구를 수행하면서, 주중에는 취득자 소속 전문기사의 자동차 주행을 통해, 그 외의 기간에는 제3자와 시설이용계약을 체결하고 그 제3자가 운영하여 일반인이 참가하는 프로그램에 따른 자동차 주행을 통해 각각 다른 환경에서 수집된 데이터를 자동차 타이어 성능개발에 활용하는 경우), 해당 시설물의 소유자가 감면받은 사업의 목적이나 용도에 맞게 직접 사용한 경우에 해당된다고 유권해석하였다(행정안전부 지방세특례제도과-1209호, 2023.5.15., 같은 뜻임).

(라) 청구법인은 자율주행 및 전기차 관련 연구를 위하여 쟁점부동산을 취득하였고, 분할을 통하여 쟁점법인에게 이 건 사업부문을 그대로 승계하였을 뿐만 아니라 청구법인이 당초 쟁점부동산에서 수행하려고 계획하였던 사업을 100% 자회사인 쟁점법인이 수행할 경우 자연히 그 결과가 청구법인에게 귀속되게 된다.

이는 청구법인은 실질적으로 쟁점부동산을 그 취득목적에 맞게 직접 사용하고 있는 것으로서, 다른 용도로 사용하고 있다고 볼 수 없고, 임대의 형식이 개입되어 있다는 이유만으로 직접 사용에 해당하지 않는다고 볼 수 없다.

따라서 처분청이 청구법인이 쟁점부동산을 다른 용도로 사용하였다는 전제에서 이 건 취득세 등을 추징한 처분은 위법하다.

나. 처분청 의견

(1) 쟁점부동산은 분할에 따라 승계되었다고 볼 수 없고, 청구법인이 다른 용도(임대)로 사용한 경우에 해당한다.

(가) 청구법인이 제출한 분할계획서에 의하면, 이 건 사업부문이 분할된 사실은 확인된다.

그러나, 승계대상 부동산에 “해당사항 없음”으로 명시되어 있고, 실제로 쟁점부동산에 대한 승계절차 또한 없었으므로, 쟁점부동산이 분할에 따라 승계되었다는 청구법인의 주장은 사실과 다르다.

(나) 청구법인은 실제로 이 건 건축물을 사용승인받은 이후인 2022.11.23.에 이르러서야 이 건 토지의 10% 지분을 매매계약을 통하여 쟁점법인에게 이전하였는데, 이는 이 건 토지가 분할에 따라 포괄승계한 것이 아니라 그 일부을 처분(양도)한 것이다.

(다) 한편, 쟁점법인이 청구법인으로부터 적격분할한 완전자회사를 흡수합병한 법인이라고 하더라도, 청구법인은 쟁점법인으로부터 임대차보증금을 예수하고 매월의 임대료와 관리비를 지급받고 있으므로, 쟁점부동산은 감면 용도로 사용한 것이 아니라 임대용으로 사용한 것이다.

또한 쟁점법인은 중견기업에 해당하여 「지방세특례제한법」(2021.12.28. 법률 제18656호로 개정된 것) 제78조 제4항 제2호 가목에서 감면요건으로 규정한 ‘취득하여 중소기업자에게 임대’하는 경우에도 해당하지 않으므로, 처분청이 쟁점부동산을 같은 법 제78조 제5항 제2호에 따른 추징대상으로 보아 이 건 취득세 등을 부과한 처분은 적법하다.

(2) 산업단지 입주관리기관이 승인하였다 하더라도 청구법인이 쟁점부동산을 임대 목적으로 사용한 이상 추징사유에 해당한다.

(가) 청구법인은 산업단지 입주관리기관의 승인하에 임대한 것이므로 쟁점부동산을 임대한 것은 추징사유로 볼 수 없다고 주장하나, 이는 산업단지 관련 행정규정과 지방세 감면 사후관리 규정을 혼동한 주장일 뿐이다.

(나) 산업단지 입주관리기관의 승인 여부는 산업단지 관리 및 운영 측면에서 적법성 판단 요소에 불과하며, 지방세 감면 유지 여부는 「지방세특례제한법」에서 정한 직접 사용 요건 충족 여부에 따라 별도로 판단되어야 한다.

즉, 산업단지 입주관리기관이 쟁점부동산을 임대하는 것을 승인하였다 하더라도 이는 지방세 감면 유지 요건을 충족하였음을 의미하지 않고, 감면유예기간 내 직접 사용 요건 충족여부를 판단하는 것에 영향을 미치지 않는바, 산업단지 입주관리기관이 승인했다는 사실만으로 쟁점부동산의 임대가 취득세 추징대상에 해당하지 않는다는 청구법인의 주장은 받아들이기 어렵다.

(3) 모(母)회사와 자(子)회사는 별개의 법인이고, 직접 사용이란 부동산 등의 ‘소유자’가 해당 부동산을 용도에 맞게 사용하는 것을 의미하므로, 종속회사인 쟁점법인이 사용한 것을 청구법인이 직접 사용한 것으로 볼 수 없다.

(가) 「상법」 제342조의2 제1항은, 다른 회사의 발행주식의 100분의 50을 초과하는 주식을 가진 회사를 ‘모회사’로, 그 다른 회사를 ‘자회사’로 규정함으로써, ‘모(母)회사’와 ‘자(子)회사’는 전혀 다른 별개의 법인격을 가진 ‘다른 회사’임을 명확히 하고 있다.

(나) 대법원 또한 모회사가 자회사의 독자적인 법인격을 주장하는 것이 법인격의 남용에 해당하기 위한 요건을 판단하면서, 친자회사는 상호간에 상당 정도의 인적·자본적 결합관계가 존재하는 것이 당연하므로, 자회사의 임·직원이 모회사의 임·직원 신분을 겸유하고 있었다거나 모회사가 자회사의 전 주식을 소유하여 자회사에 대해 강한 지배력을 가진다거나 자회사의 사업 규모가 확장되었으나 자본금의 규모가 그에 상응하여 증가하지 아니한 사정 등만으로는 모회사가 자회사의모회사가 자회사의 독자적인 법인격을 주장하는 것이 자회사의 채권자에 대한 관계에서 법인격의 남용에 해당한다고 보기에 부족하고, 적어도 자회사가 독자적인 의사 또는 존재를 상실하고 모회사가 자신의 사업의 일부로서 자회사를 운영한다고 할 수 있을 정도로 완전한 지배력을 행사하고 있을 것이 요구되며, 구체적으로는 모회사와 자회사 간의 재산과 업무 및 대외적인 기업거래활동 등이 명확히 구분되어 있지 않고 양자가 서로 혼용되어 있다는 등의 객관적 징표가 있어야 하며, 자회사의 법인격이 모회사에 대한 법률 적용을 회피하기 위한 수단으로 사용되거나 채무면탈이라는 위법한 목적 달성을 위하여 회사제도를 남용하는 등의 주관적 의도 또는 목적이 인정되어야 한다고 판시(대법원 2006.8.25. 선고 2004다26119 판결, 같은 뜻임)하여, 모(母)회사와 자(子)회사는 별개의 법인이며, 극히 예외적인 경우에만 자(子)회사의 법인격이 부인될 수 있음을 명확히 하였다.

(다) 「지방세특례제한법」(2023.3.14. 법률 제19232호로 개정되기 전의 것) 제2조 제8호에서 ‘직접 사용’이란 부동산 등의 ‘소유자’가 해당 부동산 등을 사업 또는 업무의 목적이나 용도에 맞게 사용하는 것을 의미한다고 규정하고 있는바, 직접 사용 여부는 ‘성과의 귀속’이 아니라 ‘사용 주체’를 기준으로 판단하여야 한다.

(라) 대법원은 「지방세특례제한법」(2018.1.16. 법률 제15356호로 개정되기 전의 것)에서 정한 ‘직접 사용’의 문구는 특별한 사정이 없는 한 ‘직접 사용’의 의미에 관한 정의규정인 같은 법 제2조 제1항 제8호에 따라 해석하여야 하고, ‘직접 사용’의 의미를 이와 달리 해석하기 위해서는 원칙적으로 그에 관한 별도의 규정이 필요하나, 별도의 규정을 두고 있지 않은 경우, 제2조 제1항 제8호에 따라 ‘부동산 등의 소유자가 해당 부동산 등을 사업 또는 업무의 목적이나 용도에 맞게 사용하는 것’으로 해석하여야 하며, 제3자에 대한 ‘임대’는 직접 사용에 포함되지 않는다고 판시하였다(대법원 2021.9.9. 선고 2021두34558 판결, 같은 뜻임).

(마) 조세심판원 또한 ①「지방세특례제한법」 제178조 제1항 제2호는 직접 사용기간이 2년 미만인 상태에서 매각·증여 또는 다른 용도로 사용하는 경우 추징하도록 규정하고 있으며, 같은 조 제1항 제1호와 달리 정당한 사유 규정이 별도로 존재하지 않는 점, ② 임차법인이 완전자회사라 하더라도 모회사와 자회사는 별개의 법인격을 가진 점, ③ 자회사에 임대한 사실이 확인되는 점 등에 비추어, 완전자회사에게 임대한 행위는 직접 사용으로 볼 수 없으며 감면 추징사유에 해당한다고 결정(조심 2022지881, 2023.8.17., 같은 뜻임)하였다.

(바) 따라서 청구법인이 완전자회사에 쟁점부동산을 임대한 것을 다른 용도(임대용)에 사용한 것으로 보아 처분청이 이 건 취득세 등을 추징한 처분은 적법하다.

3. 심리 및 판단

가. 쟁 점

쟁점부동산은 청구법인이 연구용으로 사용중이므로, 감면된 취득세의 추징사유에 해당하지 않는다는 청구주장의 당부

나. 관련 법령 : ＜별지＞ 기재

다. 사실관계 및 판단

(1) 청구법인과 처분청이 제시한 심리자료에 의하면 다음과 같은 내용이 나타난다.

(가) 청구법인, 주식회사 A, 쟁점법인등의 분할 및 합병과 관련하여 아래와 같은 사실이 나타난다.

1) 법인등기사항전부증명서에 의하면, 청구법인은 2014.9.2. 경기도 평택시 포승읍 하만호길 32을 본점으로 하고, 제동, 현가, 조향장치 기타 자동차부품의 설계, 조립, 제조, 공급 및 자동차부품의 마케팅을 목적으로 하여 설립된 후, 2021.9.2. 그 일부를 분할하여 경기도 평택시 포승읍 하만호길 32를 본점으로 한 주식회사OOO를 설립한 사실이 나타난다.

2) 정관에 의하면, 주식회사 A는 아래 ＜표3＞의 사업을 목적으로 한 사실이 나타난다.

＜표3＞ A의 목적사업

○○○

3) 법인등기사항전부증명서에 의하면, 쟁점법인은 2008.11.26. 인천광역시 OOO을 본점으로 하고, 아래 ＜표4＞의 사업을 목적으로 하여 설립된 후, 2021.12.2. 주식회사 A를 합병한 사실이 나타나고, 한국중견기업연합회의 중견기업 정보마당 자료에 의하면, 쟁점법인은 2022.4.1.부터 2026.3.31.까지 사이에 중견기업으로 확인서를 발급받은 사실이 나타난다.

＜표4＞ 쟁점법인 목적사업

○○○

4) 분할계획서 자료에 의하면, 청구법인을 분할하는 목적 및 방법 및 승계자산 명세 등의 주요내용은 아래 ＜표5＞와 같다.

＜표5＞ 분할계획서 주요내용

○○○

5) 주식회사 A와 쟁점법인이 2021.10.6. 체결한 합병계약서 주요내용은 아래 ＜표6＞과 같다.

＜표6＞ 합병계약서 주요내용

○○○

(나) 청구법인 및 쟁점법인의 산업단지 입주 및 쟁점부동산 임대와 관련하여 아래와 같은 사실이 나타난다.

1) (입주협약) 청구법인이 이 건 토지를 취득하기 위하여 2018.6.7. 경기도시공사와 체결한 입주협약서 주요내용 및 경기도시공사의 용지공급지침서 주요내용은 아래 ＜표7·8＞와 같다.

＜표7＞ 이 건 토지 입주협약 주요내용

○○○

＜표8＞ 용지공급지침서

○○○

2) 쟁점법인이 청구법인이 이 건 토지에 대한 분양대금을 완납한 이후인 2022.11.4. 쟁점법인이 청구법인의 이 건 토지 지분의 10%를 취득하기 위하여 체결한 권리의무승계계약서, 명의변경신청서, 산업단지입주계약서 주요내용은 아래 ＜표9·10·11＞과 같고, 쟁점법인은 이를 2022.11.23. 취득하였다.

＜표9＞ 권리의무승계계약서 주요내용

○○○

＜표10＞ 명의변경신청서 주요내용

○○○

＜표11＞ 쟁점법인의 산업단지 입주계약서 주요내용

○○○

3) 청구법인과 쟁점법인이 2022.11.16. 체결한 임대차계약 및 변경계약 주요내용은 아래 ＜표12·13＞과 같고 임차면적이 이 건 건축물(32,383.11㎡) 중 5층부터 12층까지(연면적 26,580.27㎡라는 사실에 대 이고, 청구법인이 쟁점법인으로부터 임대보증금 및 임대료를 실제로 수취하였다는 사실에 관하여는 청구법인과 처분청 사이에 다툼이 없다.

＜표12＞ 임대차계약(당초) 주요내용

○○○

＜표13＞ 임대차계약(변경) 주요내용

○○○

4) 처분청이 제출한 자료에 의하면, 처분청이 2023.6.16. 쟁점부동산을 현지조사한 것으로 나타난다.

5) 건축물대장에 의하면, 이 건 부동산은 지하5층, 지상 12층 연면적 32,383.11㎡ 규모의 교육연구시설(연구소)로서, 2020.4.2. 착공, 2022.9.16. 사용승인되었고, 건축주는 청구법인인 사실이 나타난다.

6) 쟁점법인은 이 건 토지의 취득(지분율 10%)에 대하여 2022.11.23. 처분청에「지방세특례제한법」(2021.12.28. 법률 제18656호로 개정된 것) 제78조 제4항 및 「경기도 도세 감면조례」 제6조 제1호에 따른 산업단지 등에서 산업용 건축물 등을 신축 또는 증축하여 취득하는 부동산으로 취득세 등의 100분의 75를 감면하여 취득세 등을 신고하였다가 처분청으로부터 이 건 건축물이 신축된 이후에 이 건 토지를 취득하여 감면대상이 아니라는 사유로 취득세 등이 추징되었고, 쟁점법인은 우리 원에 이에 대한 심판청구를 제기하였으나 기각(조심 2024지1003, 2024.12.26.)되었다.

(다) 대규모기업집단현황 공시자료에 의하면, 쟁점법인의 주식 2,760,000주는 2022.5.31.부터 청구법인이 100% 소유하고 있는 것으로 나타난다.

(라) 이 건 건축물이 「지방세특례제한법」(2021.12.28. 법률 제18656호로 개정된 것) 제78조 제4항에서 규정한 산업용 건축물에 해당하는지 여부에 관하여는 청구법인과 처분청 사이에 다툼이 없다.

(2) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 이 건에 대하여 살펴본다.

(가) 「지방세특례제한법」(2020.1.15. 법률 제16865호로 개정된 것) 제78조 제4항에서 제1호 각 목의 지역에서 취득하는 부동산에 대해서는 제2호 각 목에서 정하는 바에 따라 지방세를 경감한다고 규정하면서, 그 제1호 가목에서「산업입지 및 개발에 관한 법률」에 따라 지정된 산업단지를, 그 제2호 가목에서 산업용 건축물등(공장용 건축물을 신축 또는 증축하여 중소기업자에게 임대하는 경우를 포함)을 신축하기 위하여 취득하는 토지와 신축 또는 증축하여 취득하는 산업용 건축물등에 대해서는 취득세의 100분의 50을 2022년 12월 31일까지 경감한다. 이 경우 공장용 건축물을 신축 또는 증축하여 중소기업자에게 임대하는 경우를 포함한다고 규정하고 있고, 같은 조 제5항에서 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우 그 해당 부분에 대해서는 제4항에 따라 감면된 취득세 및 재산세를 추징한다고 규정하면서, 그 제2호에서 해당 용도로 직접 사용한 기간이 2년 미만인 상태에서 매각ㆍ증여하거나 다른 용도로 사용하는 경우를 규정하고 있다.

또한 같은 법 제2조 제1항 제8호에서 "직접 사용"이란 부동산등의 소유자가 해당 부동산을 사업 또는 업무의 목적이나 용도에 맞게 사용하는 것을 말한다고 규정하고 있다.

(나) 위 조항에서 규정한 당해 부동산을 고유업무에 “직접 사용”한다 함은 부동산을 취득·등기한 자가 그 시설의 사용자로서 그 부동산을 직접 사용하는 경우만을 의미한다고 보아야 할 것(조심 2021지1921, 2023.5.18. 외 다수, 같은 뜻임)이다.

(다) 청구법인은 본인의 감면사업부문을 분할로 포괄승계한 쟁점법인이 쟁점부동산을 사용중이고 산업단지 입주기관 또한 불가피한 상황을 인정하여 임대를 승인하였으며, 그 연구결과가 청구법인에게 귀속되므로, 쟁점부동산은 청구법인이 감면 용도대로 사용하는 것으로서 감면된 취득세의 추징사유에 해당하지 않는다고 주장한다.

그러나, 쟁점법인은 청구법인의 이 건 사업부문을 분할하여 신설한 주식회사 A를 흡수합병한 법인으로서, 분할이후에도 청구법인과 쟁점법인이 별개의 법인으로 각각 존속하고 있고, 쟁점법인이 청구법인의 이 건 사업부분을 포괄 승계하였다는 것은 해당 사업부문과 관련된 권리·의무에 관한 것일뿐, 그 법인격이 동일하다는 의미가 아닌 점(조심 2022지1317, 2023.9.6. 같은 뜻임),

청구법인과 쟁점법인이 2022.11.16. 체결한 임대차계약서에 의하면, 청구법인이 쟁점법인에게 쟁점부동산을 보증금 OOO원, 임대료 OOO원/평, 관리비 OOO원에 임대한 사실이 나타나고, 청구법인이 쟁점법인으로부터 임대보증금 및 임대료를 실제로 수취하였다는 사실에 관하여는 청구법인과 처분청 사이에 다툼이 없는바,

쟁점부동산의 사용자는 임차한 쟁점법인으로서, 쟁점법인이 감면용도로 사용하였다 하더라도, 청구법인은 이를 임대용으로 사용한 것에 불과하여 청구법인이 감면용도로 직접 사용하였다고 보기 어렵고, 쟁점법인이 청구법인의 이 건 사업부분을 승계한 법인이거나, 청구법인의 완전자회사로서 연구결과가 청구법인에 귀속된다는 사정 등으로 이를 달리 볼 수 없는 점,

「지방세특례제한법」 제78조 제4항 제2호 가목에서 중소기업자에 대한 임대에 한하여 감면대상으로 규정하면서, 같은 조 제5항 제2호는 정당한 사유가 있는지 여부에 대한 별도의 규정없이 다른 용도로 사용한 경우를 취득세 추징대상으로 규정하고 있는바,

청구법인이 경영상의 목적에서 분할하였거나, 산업단지 입주기관또한 이러한 불가피한 상황을 인정하여 임대를 승인한 것을 정당한 사유로 볼 수 있는지 여부와 관계없이, 청구법인이 중견기업인 쟁점법인에게 쟁점부동산을 임대용으로 사용한 이상 「지방세특례제한법」 제78조 제5항 제2호에 따른 추징사유에 해당하는 것으로 보이는 점 등에 비추어,

청구법인으로부터 이 건 사업부문을 승계한 쟁점법인이 쟁점부동산을 감면용도로 사용하였다 하더라도, 법인격이 다른 청구법인은 이를 임대용도로 사용한 것일뿐, 감면용도로 직접 사용한 것으로 보기 어려우므로, 청구법인이 쟁점부동산을 해당 용도로 직접 사용한 기간

이 2년 미만인 상태에서 다른 용도로 사용한 것으로 보아 처분청이 이 건 취득세 등을 추징한 처분은 달리 잘못이 없다고 판단된다.

4. 결 론

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 없으므로 「지방세기본법」제96조 제7항과 「국세기본법」제80조의2 및 제65조 제1항 제2호에 의하여 주문과 같이 결정한다.

＜별지＞ 관련 법령

(1) 지방세특례제한법I(202.1.15. 법률 제16865호로 개정된 것)

제2조(정의) ① 이 법에서 사용하는 용어의 뜻은 다음과 같다.

8. "직접 사용"이란 부동산ㆍ차량ㆍ건설기계ㆍ선박ㆍ항공기 등의 소유자(「신탁법」 제2조에 따른 수탁자를 포함하며, 신탁등기를 하는 경우만 해당한다)가 해당 부동산ㆍ차량ㆍ건설기계ㆍ선박ㆍ항공기 등을 사업 또는 업무의 목적이나 용도에 맞게 사용하는 것을 말한다.

제78조(산업단지 등에 대한 감면) ① 「산업입지 및 개발에 관한 법률」 제16조에 따른 산업단지개발사업의 시행자 또는 「산업기술단지 지원에 관한 특례법」 제4조에 따른 사업시행자가 산업단지 또는 산업기술단지를 조성하기 위하여 취득하는 부동산에 대해서는 취득세의 100분의 35를, 조성공사가 시행되고 있는 토지에 대해서는 재산세의 100분의 35(수도권 외의 지역에 있는 산업단지의 경우에는 100분의 60)를 각각 2022년 12월 31일까지 경감한다. 다만, 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우에는 경감된 취득세 및 재산세를 추징한다.

④ 제1항에 따른 사업시행자 외의 자가 제1호 각 목의 지역(이하 "산업단지등"이라 한다)에서 취득하는 부동산에 대해서는 제2호 각 목에서 정하는 바에 따라 지방세를 경감한다.

1. 대상 지역

가. 「산업입지 및 개발에 관한 법률」에 따라 지정된 산업단지

나. 「산업집적활성화 및 공장설립에 관한 법률」에 따른 유치지역

다. 「산업기술단지 지원에 관한 특례법」에 따라 조성된 산업기술단지

2. 경감 내용

가. 산업용 건축물등을 신축하기 위하여 취득하는 토지와 신축 또는 증축하여 취득하는 산업용 건축물등에 대해서는 취득세의 100분의 50을 2022년 12월 31일까지 경감한다. 이 경우 공장용 건축물(「건축법」 제2조 제1항 제2호에 따른 건축물을 말한다)을 신축 또는 증축하여 중소기업자에게 임대하는 경우를 포함한다.

나. 산업단지등에서 대수선(「건축법」 제2조 제1항 제9호에 해당하는 경우로 한정한다)하여 취득하는 산업용 건축물등에 대해서는 취득세의 100분의 25를 2022년 12월 31일까지 경감한다.

다. 가목의 부동산에 대해서는 해당 납세의무가 최초로 성립하는 날부터 5년간 재산세의 100분의 35를 경감(수도권 외의 지역에 있는 산업단지의 경우에는 100분의 75를 경감)한다.

⑤ 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우 그 해당 부분에 대해서는 제4항에 따라 감면된 취득세 및 재산세를 추징한다.

1. 정당한 사유 없이 그 취득일부터 3년이 경과할 때까지 해당 용도로 직접 사용하지 아니하는 경우

2. 해당 용도로 직접 사용한 기간이 2년 미만인 상태에서 매각(해당 산업단지관리기관 또는 산업기술단지관리기관이 환매하는 경우는 제외한다)ㆍ증여하거나 다른 용도로 사용하는 경우

⑧ 제4항에 따라 취득세를 경감하는 경우 지방자치단체의 장은 해당 지역의 재정여건 등을 고려하여 100분의 25(같은 항 제2호 나목에 따라 취득세를 경감하는 경우에는 100분의 15)의 범위에서 조례로 정하는 율을 추가로 경감할 수 있다. 이 경우 제4조 제1항 각 호 외의 부분, 같은 조 제6항 및 제7항을 적용하지 아니한다.

(2) 지방세특례제한법(2021.12.28. 법률 제18656호로 개정된 것)

제2조(정의) ① 이 법에서 사용하는 용어의 뜻은 다음과 같다.

1. 대상 지역

가. 「산업입지 및 개발에 관한 법률」에 따라 지정된 산업단지 나. 「산업집적활성화 및 공장설립에 관한 법률」에 따른 유치지역

다. 「산업기술단지 지원에 관한 특례법」에 따라 조성된 산업기술단지

2. 경감 내용

가. 산업용 건축물등을 신축하기 위하여 취득하는 토지와 신축 또는 증축하여 취득(취득하여 중소기업자에게 임대하는 경우를 포함한다)하는 산업용 건축물등에 대해서는 취득세의 100분의 50을 2022년 12월 31일까지 경감한다.

⑤ 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우 그 해당 부분에 대해서는 제4항에 따라 감면된 취득세 및 재산세를 추징한다.

1. 정당한 사유 없이 그 취득일부터 3년(2019년 1월 1일부터 2020년 12월 31일까지의 기간 동안 취득한 경우에는 4년)이 경과할 때까지 해당 용도로 직접 사용하지 아니하는 경우

(3) 지방세특례제한법 시행령(2023.3.14. 대통령령 제33324호로 개정되기 전의 것)

제29조(산업용 건축물 등의 범위) ① 법 제58조 제3항 각 호 외의 부분 본문에서 "대통령령으로 정하는 건축물"이란 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 건축물을 말한다.

3. 「산업입지 및 개발에 관한 법률」 제2조에 따른 공장ㆍ지식산업ㆍ문화산업ㆍ정보통신산업ㆍ자원비축시설용 건축물과 이와 직접 관련된 교육ㆍ연구ㆍ정보처리ㆍ유통시설용 건축물

(4) 경기도 도세 감면 조례(2023.4.11. 경기도조례 제7611호로 개정되기 전의 것)

제8조(산업단지 등에 대한 감면) 법 제78조 제8항에 따라 추가로 경감하는 율은 다음 각 호의 구분에 따른다.

1. 법 제78조 제4항 제2호 가목의 경감률에 추가하는 경감률: 100분의 25

2. 법 제78조 제4항 제2호 나목의 경감률에 추가하는 경감률: 100분의 15