이유
1. 처분개요

가. 청구법인은 2020.12.24.부터 2022.6.29.까지 광주광역시 광산구 OOO 외 4필지 8,899㎡(이하 “쟁점토지”라 한다)를 취득한 후, 이 건 토지를 농업회사법인이 그 설립등기일부터 2년 이내에 취득하는 농지로 하여,「지방세특례제한법」(2021.12.28. 법률 제18656호로 개정된 것, 이하 같다) 제11조 제1항에 따라 취득세의 100분의 75를, 제2항에 따라 재산세의 100분의 50을 각각 감면받았다.

나. 처분청은 청구법인이 이 건 토지를 취득한 후 정당한 사유 없이 그 취득일부터 1년이 경과할 때까지 해당 용도로 직접 사용하지 않았다고 보아, 2025.7.10. 청구법인에게 아래 ＜표＞와 같이 산출한 취득세 등 OOO원(이하 “이 건 취득세 등”이라 한다)과 2021년도부터 2024년도까지 감면분 재산세 OOO원, 지방교육세 OOO원 합계 OOO원(이하 “이 건 재산세 등”이라 한다)을 부과·고지하였다.

＜표＞ 이 건 취득세 등 부과 내역

(단위 : ㎡, 원)

○○○

다. 청구법인은 이에 불복하여 2025.10.2. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구법인 주장 및 처분청 의견

가. 청구법인 주장

(1) 청구법인은 2020.12.24.부터 2022.6.29.까지 이 건 토지를 취득한 후 청구법인의 대표이사 AAA가 사내이사 겸 배우자인 BBB, 자녀 CCC와 함께 그 취득일부터 1년 이내에 쟁점토지에서 직접 영농을 시작하여 현재까지 직접 경작하고 있고, 이와 같은 사실은 처분청 담당 공무원이 3회(2023.9.21., 2023.10.5., 2023.10.18.)에 걸쳐 쟁점토지를 현지 확인하고 작성한 출장결과보고서에서 확인된다.

(가) 쟁점토지 중 2020.12.24. 및 2021.1.24. 2회에 걸쳐 취득한 광주광역시 광산구 OOO 토지 2,770㎡(이하 “쟁점1토지”라 한다)는 청구법인이 취득하기 전부터 농업용 비닐하우스 3개 동이 있던 토지로서 청구법인은 이 건 토지를 취득한 후 현재까지 비닐하우스에서 가지를 재배하고 있으며 처분청 담당 공무원은 2023.10.5. 쟁점1토지를 현지 확인한 후 청구법인이 직접 경작하고 있는 사실을 확인하였다.

(나) 쟁점토지 중 2021.3.31. 취득한 광주광역시 광산구 OOO토지 2,165㎡(이하 “쟁점2토지”라 한다)에는 벼를 재배하다가 2024년 이후부터는 조경수(어린 묘목)를 식재하고 있으며, 처분청 담당공무원은 2023.9.21. 쟁점2토지를 현 지 확인하고, 청구법인이 벼를 재배하고 있다는 사실을 확인하였다.

(다) 쟁점토지 중 2021.5.28. 취득한 광주광역시 광산구 OOO 토지 1,448㎡(이하 “쟁점3토지”라 한다)는 농업용 비닐하우스가 설치된 토지로서, 청구법인은 쟁점3토지에서 생강을 재배하여 생산된 생강을 온라인(당근마켓)으로 판매하고 있으며, 처분청 담당공무원은 2023.9.21. 쟁점3토지를 현지 확인한 후 청구법인이 생강을 직접 경작하고 있다는 사실을 확인하였다.

(라) 쟁점토지 중 2022.6.29. 취득한 광주광역시 광산구 OOO 토지 2,476㎡(이하 “쟁점4토지”라 한다)는 판매용 잔디를 식재한 토지로서 처분청 담당공무원은 2023.9.21. 쟁점4토지를 확인한 후 영농에 직접 사용하지 않는 토지로 보아, 감면분 취득세 등에 대하여 과세 예고를 하겠다고 하였으나, 그 후 2023.10.18. 쟁점4토지를 재방문하여 청구법인이 잔디를 직접 경작(잡초 제거 등)하고 있다는 사실을 확인하고, 그 과세예고를 취소하겠다고 하였다.

(2) 처분청 담당공무원이 쟁점토지를 직접 경작 사실을 3회 이상 확인하였음에도 처분청은 2025.4.9.부터 2025.4.28.까지 청구법인의 장부 등을 서면조사 하여, 청구법인이 쟁점토지를 취득한 후 1년 이내에 직접 경작한 사실이 영농일지, 출하 대장 등에서 구체적으로 확인되지 않는다고 하여, 이 건 취득세 등을 부과·고지하였다.

(3)「지방세특례제한법」제11조 제1항에서 농업회사법인이 그 설립등기일부터 2년 이내에 취득하는 농지에 대하여는 취득세의 100분의 75를 감면한다고 규정하면서, 같은 조 제3항에서 정당한 사유 없이 그 취득일부터 1년이 경과할 때까지 해당 용도(직접 경작)로 직접 사용하지 아니하는 경우(제1호) 또는 해당 용도로 직접 사용한 기간이 3년 미만인 상태에서 매각ㆍ증여하거나 다른 용도로 사용하는 경우(제2호)에는 감면된 취득세 등을 추징한다고 규정하고 있다.

(4) 처분청은 쟁점토지의 최초 취득일(2020.12.24.)부터 3년이 경과하기 전인 2023.9.21., 2023.10.5., 2023.10.18.까지 쟁점토지의 사용(경작) 현황을 확인한 후, 청구법인이 영농에 직접 사용하고 있다고 보아 감면된 취득세 등을 추징하지 않았다.

(5) 처분청은 청구법인에 대하여 2020년도부터 2024년도까지 서면세무조사를 한 후 청구법인의 영농일지, 농자재 구매 내역서 등만으로는 청구법인이 쟁점토지를 취득한 후 1년 이내에 기업적 영농 활동에 직접 사용한 것으로 보기 어렵다고 보아 이 건 취득세 등을 추징하였다.

(6) 처분청 담당공무원이 2023.9.21., 2023.10.5., 2023.10.18. 쟁점토지를 현지 확인하고, 작성한 출장결과보고서에서 청구법인이 쟁점토지를 직접 경작하고 있다고 기재되어 있고, 그에 따라 감면된 취득세 등도 추징 대상이 아니라고 판단하였으며, 청구법인의 법인장부(2021년도부터 2024년도까지 계정별 원장 등)는 그 작성 방법이나 구성이 사실상 동일하다고 할 것임에도 그 후 처분청이 입장을 달리하여 2021년도와 2022년도 법인장부에 대해서는 그 정당성을 부인하고, 나머지 연도의 법인장부에 대해서는 작성 방법 등에 관계 없이 사실상 그 정당성을 인정하였는바, 이는 구조적인 모순이다.

(7) 또한, 처분청은 청구법인이 쟁점토지를 취득한 날부터 1년이 경과하기 전에 쟁점토지를 방문하여 그 경작 여부를 확인한 것이 아니라 청구법인이 제출한 법인장부에서 매출과 매출원가 등이 부합하지 않고, 영농과 관련한 각종 비용 등이 적정하게 기재되어 있지 않다고 하여 청구법인이 쟁점토지를 그 취득일부터 1년 이내에 직접 경작하지 않았다고 판단한 것으로 전혀 사실과 다른 판단이다.

(8) 또한, 처분청이 작성한 2023.9.21., 2023.10.5., 2023.10.18. 출장결과보고서에 첨부된 현장 사진 등을 보면, 쟁점1토지와 쟁점3토지에 있는 비닐하우스는 전부터 작물을 재배한 것으로 보이는바, 오랫동안 영농에 종사한 AAA·BBB(청구법인의 임원) 등은 별다른 시설 보수 없이 바로 작물을 재배하였다고 할 것이고, 청구법인이 2021.3.31. 취득한 쟁점2토지의 경우 벼를 재배한 사실이 처분청의 출장결과보고서(2023.9.21.)에서 확인되고 있으며, 2022.6.29. 취득한 쟁점4토지의 경우에도 처분청 담당 공무원이 2023.10.18. 현지 확인 당시 판매용 잔디가 정상적으로 자라고 있는 사실을 확인하였는바, 청구법인은 쟁점토지를 그 취득일부터 1년 이내에 해당 용도인 영농에 직접 사용하였다고 보는 것이 타당하다.

(9) 따라서, 청구법인이 쟁점토지를 취득한 후 정당한 사유 없이 그 취득일부터 1년 이내에 영농에 직접 사용하지 않았다고 보아 이 건 취득세 등을, 청구법인이 쟁점토지를 2021년도부터 2024년도까지 영농에 직접 사용하지 않았다고 보아 이 건 재산세 등을 각각 추징한 처분은 모두 부당하다.

나. 처분청 의견

(1) 청구법인은 쟁점토지를 취득한 후 비닐하우스 등에서 농산물 재배 활동을 수행하였다는 사실을 입증하기 위해 각종 증빙자료(영농일지·사진·전자계산서 등)를 제출하였고, 법인장부를 작성하면서 각종 항목 등을 누락하였다고 하여 이를 근거로 쟁점토지를 그 취득일부터 1년 이내에 영농에 직접 사용하지 않은 것으로 보는 것은 부당하다고 주장한다.

(2)「지방세특례제한법」제11조 제3항 제1호에서 정당한 사유 없이 취득일로부터 1년 내에 해당 용도(영농)에 직접 사용하지 않은 경우 취득세 감면분을 추징하도록 한 것은 농업법인의 설립 취지와 기업적 농업경영체 육성 및 투기적 수요의 차단이라는 정책을 수행하기 위한 최소한의 규정이다.

(3) 청구법인의 법인장부를 보면, 청구법인의 경우 종자·묘목·원재료·농기계 구입(임대) 등 영농 관련 원가가 거의 기장되어 있지 않고, 대표이사인 AAA에게 지급한 급여 외에 다른 인건비도 없는 것으로 나타나며, 수도·전기요금 등 필수 영농 경비의 기장도 확인되지 않고 있을 뿐만 아니라 청구법인이 제출한 영농일지와 법인장부상의 매출·매입 내역도 일치하지 않는다.

(4) 또한, 청구법인이 제출한 쟁점토지에서 영농활동 관련 자료 중 영농일지는 언제든지 작성할 수 있고, 농자재 매입 관련 내역은 간이 영수증에 의한 것이며, 쟁점토지에서 농작물을 재배하는 현장 사진도 그 출처가 불명확할 뿐만 아니라 농작물을 포장하는 박스 등에 청구법인이 아닌 제3자의 성명이나 상호가 기재되어 있는 것으로 보아, 청구법인이 쟁점토지에서 기업적 영농활동을 하였다고 보기는 어렵다.

(5) 조세심판원은 농업법인의 설립 및 부동산 취득 목적이 실질적으로 기업적 경영을 통한 농산물 재배, 유통, 가공 등 영농활동에 있다고 하더라도 실제로 생산활동의 투입·관리·수익 등에 대한 사항이 회계 기록 및 객관적 증빙을 통해 확인되어야만 취득세를 감면하는 것이 타당하다고 결정하였다(조심 2020지3675, 2021.9.15. 등).

(6) 따라서, 농업법인에 대한 취득세 감면 규정은 실질적인 영농과 그 사실이 객관적인 증빙으로 일치하는 경우에만 적용될 수 있다고 보는 것이 타당하다 할 것인데, 청구법인은 쟁점토지의 취득일부터 1년 이내에 쟁점토지를 영농에 직접 사용하였다는 사실을 객관적인 자료(법인장부 등)를 통해 입증하고 있지 못하고 있으므로 처분청이 이 건 취득세 등과 이 건 재산세 등을 추징한 처분은 정당하다.

3. 심리 및 판단

가. 쟁점

청구법인이 정당한 사유 없이 쟁점토지의 취득일부터 1년 이내에 해당 용도(영농)에 직접 사용하지 않았다고 보아 감면한 취득세 등과 재산세 등을 추징한 처분의 당부

나. 관련 법률

(1) 지방세특례제한법(2021.12.28. 법률 제18656호로 개정된 것)

제2조[정의] ① 이 법에서 사용하는 용어의 뜻은 다음과 같다.

1. “고유업무”란 법령에서 개별적으로 규정한 업무와 법인등기부에 목적사업으로 정하여진 업무를 말한다.

8. “직접 사용”이란 부동산ㆍ차량ㆍ건설기계ㆍ선박ㆍ항공기 등의 소유자(「신탁법」제2조에 따른 수탁자를 포함하며, 신탁등기를 하는 경우만 해당한다)가 해당 부동산ㆍ차량ㆍ건설기계ㆍ선박ㆍ항공기 등을 사업 또는 업무의 목적이나 용도에 맞게 사용(이 법에서 임대를 목적 사업 또는 업무로 규정한 경우 외에는 임대하여 사용하는 경우는 제외한다)하는 것을 말한다.

제11조[농업법인에 대한 감면] ① 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 농업법인 중 경영상황을 고려하여 대통령령으로 정하는 법인(이하 이 조에서 “농업법인”이라 한다)이 대통령령으로 정하는 기준에 따라 영농에 사용하기 위하여 법인설립등기일부터 2년 이내(대통령령으로 정하는 청년농업법인의 경우에는 4년 이내)에 취득하는 농지, 관계 법령에 따라 농지를 조성하기 위하여 취득하는 임야 및 제6조제2항 각 호의 어느 하나에 해당하는 시설에 대해서는 취득세의 100분의 75를 2023년 12월 31일까지 경감한다.

2.「농어업경영체 육성 및 지원에 관한 법률」제19조에 따른 농업회사법인

② 농업법인이 영농ㆍ유통ㆍ가공에 직접 사용하기 위하여 취득하는 부동산에 대해서는 취득세의 100분의 50을, 과세기준일 현재 해당 용도에 직접 사용하는 부동산에 대해서는 재산세의 100분의 50을 각각 2023년 12월 31일까지 경감한다.

③ 제1항 및 제2항에 대한 감면을 적용할 때 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우 그 해당 부분에 대해서는 감면된 취득세를 추징한다.

1. 정당한 사유 없이 그 취득일부터 1년이 경과할 때까지 해당 용도로 직접 사용하지 아니하는 경우

2. 해당 용도로 직접 사용한 기간이 3년 미만인 상태에서 매각ㆍ증여하거나 다른 용도로 사용하는 경우

(2) 농어업경영체 육성 및 지원에 관한 법률

제19조[농업회사법인 및 어업회사법인의 설립신고 등] ① 농업의 경영이나 농산물의 유통ㆍ가공ㆍ판매를 기업적으로 하려는 자나 농업인의 농작업을 대행하거나 농어촌 관광휴양사업을 하려는 자는 대통령령으로 정하는 바에 따라 농업회사법인(農業會社法人)을 설립할 수 있다.

제19조의4[농업법인 및 어업법인의 사업범위] ① 농업법인은 그 목적을 달성하기 위하여 농업의 경영, 농산물의 공동 출하ㆍ유통ㆍ가공 등 대통령령으로 정하는 사업을 영위할 수 있다.

다. 사실관계 및 판단

(1) 청구법인과 처분청이 제출한 심리자료에 의하면 다음과 같은 사실이 나타난다.

(가) 청구법인은「농어업경영체 육성 및 지원에 관한 법률」제19조에 따른 농업회사법인으로, 2020.12.11. 본점소재지를 광주광역시 광산구 OOO으로 하고, 목적사업을 농산물 등 생산, 가공, 유통 및 판매업 등으로 하여 설립되었으며, 설립 당시부터 현재까지 AAA(대표이사)와 그 특수관계인(BBB, 청구법인의 사내이사 겸 AAA의 배우자)이 발행주식의 전부를 소유하고 있다.

(나) 청구법인은 2020.12.24.부터 2022.6.29.까지 쟁점토지(광주광역시 광산구 OOO 외 4필지 8,899㎡)를 취득한 후「지방세특례제한법」제11조 제1항 제2호에서 규정하고 있는 농지로 보아, 취득세의 100분의 75를 감면받았고, 처분청은 같은 조 제2항에 따라 2021년도부터 2024년도까지 쟁점토지에 대한 재산세의 100분의 50을 감면하였다.

(다) 처분청 담당공무원이 2023.9.21., 2023.10.5. 쟁점토지를 현지 확인한 후 작성한 출장보고서를 보면, 처분청 담당공무원은 청구법인이 쟁점토지를 해당 용도에 직접 사용하는지 여부를 확인하기 위해 쟁점토지를 현지 방문한 것으로 나타나고, 현지 확인 결과 청구법인이 쟁점1·2·3토지에서 가지, 벼, 생강 등을 재배하고 있는 사실은 확인되나, 쟁점4토지는 덤불 등이 무성한 것으로 보아 직접 경작한 것으로 보기 어려워, 쟁점4토지에 대하여는 감면분 취득세 등을 추징하기 위한 과세예고를 할 것이라고 기재되어 있다.

(라) 또한, 처분청 담당공무원이 2023.10.18. 쟁점4토지를 현지 확인(2차)하고 작성한 출장보고서를 보면, 청구법인이 쟁점4토지에 있는 덤불 등을 제거한 결과 그 아래에 잔디를 식재한 사실을 확인하였고, 이에 대한 판매자료를 요청하였으며, 지속적인 관리가 필요하다고 기재되어 있고, 해당 보고서의 향후 계획에는 쟁점4토지에 대한 취득세 등의 과세예고를 취소(철회)하겠다고 기재되어 있다.

(마) 처분청은 청구법인이 쟁점토지를 직접 경작하였는지 여부를 확인하기 위해 2025.4.9.부터 2025.4.28.까지 청구법인에 대한 서면 세무조사(2021년도부터 2024년도까지 계정별 원장 및 관련 증빙 조사)를 하였다.

(바) 처분청이 2025.5.12. 청구법인에게 한 세무조사결과 통지서의 주요 내용은 아래와 같다.

○○○

(사) 한편, 위의 세무조사결과 통지서를 보면, 처분청 담당공무원이 쟁점토지의 사용 현황을 확인한 2023년도 하반기에도 청구법인의 사업용 유형자산은 쟁점토지에 불과하고, 농기계 등이 없으며, 인건비 등 비용 부분에 대한 부실한 회계처리 등은 동일함에도 처분청은 청구법인이 쟁점토지를 영농에 직접 사용하고 있는 것으로 보았다.

(아) 청구법인은 청구법인의 대표이사인 AAA가 2021.1.1.부터 2021.12.31.까지 OOO농업협동조합으로부터 매입한 비료 및 농약대금 OOO원에 대한 내역서, 쟁점토지 인근에 거주하거나 토지를 소유하고 있는 영농인들이 작성한 영농사실 확인서(5부), 쟁점토지가 소재한 지역의 통장들이 작성한 영농사실확인서(2부), 청구법인의 사내이사인 BBB의 농기계 임차내역서(2021.5.11., 2023.10.23. 보행관리기와 덩굴파쇄기를 임차) 및 AAA의 농업경영체등록확인서 등을 제출하였으며, 그 외에도 청구법인이 2021.3.31.부터 2022.4.21.까지 작성한 영농일지, 생강종자(OOO원)를 매입한 후 발급받은 간이영수증과 분무기, 삽, 낫 등을 매입한 후 발급받은 간이영수증을 제출하였다.

(자) 2026.2.4. 개최한 조세심판관회의에 출석한 청구법인의 대리인 OOO 세무사는 청구법인이 쟁점1·3토지에 있는 농업용 하우스를 영농에 직접 사용하지 않아, 그에 따른 수도 및 전력요금 영수증을 제출하지 못하고 있는 것이 아니라 그 사용자 명의를 변경하지 않아 종전소유자의 명의로 수도 및 전력요금 등을 납부하였으나, 종전 소유자가 자기 명의의 수도 및 전력요금 납부내역서 등을 발급받는데 협조를 하지 않아 그 납부내역서를 제출하지 못하였다고 진술하였다.

(2)「지방세특례제한법」제2조 제1호에서 “고유업무”란 법령에서 개별적으로 규정한 업무와 법인등기부에 목적사업으로 정하여진 업무를 말한다고 규정하고 있고, 제8호에서 “직접 사용”이란 부동산 등의 소유자가 해당 부동산 등을 사업 또는 업무의 목적이나 용도에 맞게 사용하는 것을 말한다고 규정하고 있다.

또한,「지방세특례제한법」제11조 제1항 제2호에서「농어업경영체 육성 및 지원에 관한 법률」제19조에 따른 농업회사법인(이하 “농업법인”이라 한다)이 영농에 사용하기 위하여 법인설립등기일부터 2년 이내에 취득하는 농지에 대해서는 취득세의 100분의 75를 경감한다고 규정하고 있고, 제2항에서 농업법인이 재산세 과세기준일 현재 해당 용도에 직접 사용하는 부동산에 대해서는 재산세의 100분의 50을 경감한다고 규정하고 있으며, 제3항에서 정당한 사유 없이 그 취득일부터 1년이 경과할 때까지 해당 용도로 직접 사용하지 아니하거나(제1호) 해당 용도로 직접 사용한 기간이 3년 미만인 상태에서 다른 용도로 사용하는 경우(제2호)에는 감면된 취득세 등과 재산세 등을 추징한다고 규정하고 있다.

(3) 이상의 사실관계 및 관련 법률 등을 종합하여 이 건에 대해 살피건대, 농산물 등의 생산이 청구법인의 목적사업에 해당하므로 청구법인이 쟁점토지를 영농에 사용하는 경우 이를 부인할 만한 사정이 없는 한 해당 용도에 직접 사용하는 것으로 보는 것이 타당한 점,

청구법인의 경우 그 임직원이 가족으로 이루어졌으므로 대표이사인 AAA와 BBB 등이 쟁점토지를 영농에 사용하는 경우 청구법인이 쟁점토지를 해당 용도(영농)에 직접 사용하는 것으로 볼 수 있는 점,

「지방세특례제한법」제2조 제8호에서 “직접 사용”이란 부동산의 소유자가 해당 부동산을 업무의 목적이나 용도에 맞게 사용하는 것을 말한다고 규정하고 있으므로 청구법인이 쟁점토지를 영농에 직접 사용하고 있다면 사업용 유형자산 등이 없다거나 비용 등의 회계처리가 부적정하다고 하여 영농 행위 자체를 부인할 수는 없는 점,

처분청의 담당공무원이 2023.9.21.부터 2023.10.18.까지 3회에 걸쳐 쟁점토지의 사용 현황을 확인하고, 쟁점토지가「지방세특례제한법」제11조 제3항 제2호에서 규정하고 있는 취득세 등의 추징 대상에 해당하지 않는다고 판단한 것을 보아, 처분청은 청구법인에 대한 서면 조사 당시 합리적인 이유 없이 청구법인에게 종전과 다른 추징 요건이나 기준을 적용한 것으로 보이는 점,

나아가 쟁점토지가「지방세특례제한법」제11조 제3항 제1호에서 규정하고 있는 취득세 등의 추징 대상에 해당하는지 여부는 그 취득 목적과 사용 현황 등을 객관적이고 구체적인 자료에 의해 판단하여야 하고, 그 과세요건에 대한 일차적인 입증책임은 처분청에 있다 할 것인데(조심 2013지850, 2014.7.21., 조심 2024지1954, 2024.12.24. 등),

처분청은 청구법인이 쟁점토지를 취득한 후 현재까지 어떻게 사용하였는지에 대한 직접 방문 조사나 현장 확인을 하지 않고, 법인장부 등과 같은 간접적인 증거만으로 청구법인이 쟁점토지를 정당한 사유 없이 그 취득일부터 1년이 경과할 때까지 해당 용도로 직접 사용하지 않았다고 판단한 것으로 나타나는 점 등에 비추어,

처분청은 법인장부 등과 같은 자료만으로, 청구법인이 쟁점토지를 취득한 후 1년 이내의 현황과 2023년 9월 또는 10월 당시의 현황이 서로 다르다고 단정한 후, 청구법인이 쟁점토지를 취득한 후 1년이 경과할 때까지 영농에 직접 사용하지 않았고, 2021년도부터 2024년도 재산세 과세기준일(6.1.) 현재 쟁점토지를 해당 용도에 직접 사용하지 않았다고 보아 이 건 취득세 등과 이 건 재산세 등을 부과한 처분은 잘못이 있다고 판단된다.

4. 결 론

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 있으므로「지방세기본법」제96조 제7항과「국세기본법」제80조의2 및 제65조 제1항 제3호에 의하여 주문과 같이 결정한다.