이유
1. 처분개요

가. 청구인은 2021.4.26. AAA로부터 서울특별시 서대문구 OOO 대 182.5㎡(이하 “이 건 토지”라고 한다) 및 그 지상 연와조 스라브지붕 3층 주택 지층 87.7㎡, 1층 87.7㎡, 2층 87.7㎡, 3층 25.35㎡(이하 “이 건 건물”이라 하며, 이 건 토지와 합하여 “쟁점부동산”이라고 한다)을 모두 OOO원에 매수하는 계약을 체결한 후, 2021.7.26. 처분청에 이 건 토지 및 건물 취득에 관하여 매매대금 OOO원을 과세표준으로 하여 「지방세법」 제11조 제1항 제7호 나목 소정의 세율(농지 외의 것을 그 밖의 원인으로 취득하는 경우. 1천분의 40)을 적용하되, 「지방세특례제한법」 제50조(종교단체 또는 향교에 대한 면제) 제1항 본문 및 제177조의2 제1항 단서 제2호에 따라 취득세 신고서 및 지방세 감면 신청서를 제출하여 취득세 등 전액을 면제받았다.

나. 처분청은 2025.5.28. 쟁점부동산에 대한 현장확인을 실시하여 이 건 건물이 공실 상태임을 확인하여 2025.6.20. 청구인의 쟁점부동산의 취득에 관하여 「지방세특례제한법」 제50조 제1항 단서 제2호 소정의 추징 사유(정당한 사유 없이 그 취득일로부터 3년이 경과할 때까지 해당 용도로 직접 사용하지 아니하는 경우)가 발생한 것으로 보아, 「지방세법」 제11조 제1항 제7호 나목 소정의 세율(농지 외의 것을 그 밖의 원인으로 취득하는 경우. 1천분의 40)을 적용하여 산출한 취득세 등 합계 OOO원(가산세 OOO원 포함)을 부과·고지하였다.

다. 청구인은 이에 불복하여 2025.9.9. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구인 주장 및 처분청 의견

가. 청구인 주장

(1) 청구인은 2021.7.26. 쟁점부동산을 종교단체의 고유목적사업 수행을 위한 용도로 취득하였고, 2023.2.14.부터 종단 사찰(BBB) 어린이·학생회 계층법회를 주관하는 책임교사(CCC)의 법회 준비·거주공간으로 사용하였다. 위 책임교사의 임기는 2022년 9월부터 2024년 12월까지였으며, 쟁점부동산을 2023년 2월 경부터 2024년 8월 경까지 사용하였다.

다만 2024년 8월 경 쟁점부동산에 누수 문제가 발생하여 사용이 곤란해짐에 따라 부득이 퇴거하였고, 그 결과 처분청의 현장조사(2025.5.28.) 당시에는 공실 상태였다. 현재 쟁점부동산은 보수공사 계약이 체결되어 2025년 10월 경 공사가 진행될 예정이다. 한편 쟁점부동산 1층은 기존 임대차계약의 존속으로 인해 2022.8.22.까지 세입자가 거주하였다.

(2) OOO 종헌·종법 및 계층법회 조직도 등에 따르면, 어린이·학생 대상 법회·교리교육·포교는 종단 고유목적사업에 해당하는 정기·지속적 종교활동이며, 책임교사는 법회 계획 수립 및 진행·교리교육·상담을 담당하는 종교행위의 직접 수행자이다.

따라서 책임교사의 상시 배치와 준비공간 제공 없이는 법회의 정상 운영이 곤란하므로, 쟁점부동산은 목적사업 수행의 핵심 인프라에 해당한다.

처분청은 “CCC는 BBB 어린이 법회 지도교사로서 주지·법사스님 및 책임교사의 지휘·감독을 받아 실무를 담당할 뿐, 청구인의 종헌상 목적사업을 영위함에 필요불가결한 존재라고 볼 수 없다”는 의견이다.

(가) 그러나, OOO은 전국 OOO 사찰과 약 OOO 신도를 가진 대규모 종단임에도 불구하고, 승려 인력 제약으로 성인 위주의 종무가 집중되어 어린이·학생 포교는 별도의 조직·체계로 운영된다. 특히, BBB와 같은 말사의 경우, 책임교사와 지도교사를 구분하여 두지 않고 ‘주임 지도교사’가 계층법회 조직도상의 ‘책임교사’의 역할을 하고 있다. 각 말사에서는 법사스님이 직접 상시 주관하기보다, 지도교사가 정기 법회·교리교육·상담·의식 준비를 실질적으로 담당하며, 지도교사 부재 시 해당 계층법회의 정상 운영이 곤란하다. 종단 차원에서도 계층법회용 교재·운영자료를 제공하고 지도교사를 교육하되, 현장 운영의 중추는 각 말사 지도교사이다. 따라서 지도교사의 상시 배치와 준비공간 제공은 계층법회 운영의 필수적 사항이다.

(나) CCC 교사는 어린이·학생 대상 핵심 종교활동을 직접 수행하는 인력으로서, 그 거주·준비공간(쟁점부동산)은 직무수행과 불가분의 관계에 있다. 그러므로 쟁점부동산은 종단의 고유목적사업에 ‘직접 사용’되는 부동산에 해당한다.

대법원(2015.11.26. 선고 2015두48495 판결)은 “특정 대상을 상대로 종교활동을 직접 수행하는 인력의 거주·활동공간이 직무와 불가분으로 기능할 경우 ‘종교단체의 사업에 직접 사용하는 부동산’으로 본다.”라고 판시하였다.

이 건에서도 핵심 종교활동인 어린이·학생 대상 법회를 주관하는 책임교사가 쟁점부동산에서 법회 준비·교리교육 자료 작성·상담 등을 수행하면서, 주거공간으로 이용하였으므로, 쟁점부동산은 목적사업에 직접 사용하는 부동산에 해당한다.

(다) 대법원(2015.9.15. 선고 2014두557 판결)은 종교단체가 종교활동에 직접 종사하는 인력에게 제공된 거주·활동공간이 직무수행과 불가분의 관계에 있는 경우, 그 부동산을 목적사업에 직접 사용하는 부동산으로 본다고 판시하였다.

① OOO 사찰 BBB는 어린이·학생회 계층법회를 운영하기 위하여 책임교사를 배치하여 법회 진행·교리교육·포교를 수행하게 하였고, 이는 종헌·종법상 포교업무에 따른 종단 고유목적사업의 수행에 해당하는 점, ② 종교단체는 승려·교사 등 인적 구성원에 의해 기능하며, BBB의 계층법회 지원 역시 책임교사를 배치하여 이루어지고, 책임교사는 법회·교리교육·상담 등을 직접 담당하는 중추적·필요불가결한 인력이라는 점, ③ 책임교사의 숙소로 제공된 쟁점부동산에서는 법회 준비·교리교육 자료 작성·상담 등이 이루어져 왔으므로, 이는 직무수행과 불가분의 거주·활동공간으로 기능하였다는 점 등을 종합적으로 고려해 볼 때, 쟁점부동산은 청구인의 목적사업에 직접 사용하는 부동산으로 볼 수 있다.

쟁점부동산은 OOO 사찰 BBB 어린이·학생회 법회를 주관하는 책임교사의 법회 준비 및 거주공간으로 사용되어 왔고, OOO 종헌·종법(신도회법·신도회운영규정), 계층법회 조직도 및 종단 기관지 창간호 등에 따르면 어린이· 학생회 대상 법회·교리교육·포교는 종단의 고유목적사업에 해당하는 정기·지속적 종교활동이며, 이를 주관하는 책임교사는 법회 진행·교리교육·의식 준비·상담 등을 담당하는 종교행위의 직접 수행자이다.

따라서 해당 책임교사가 상기 활동을 수행함에 있어 그 준비·거주공간으로 사용된 쟁점부동산은 「지방세특례제한법」 제50조 제1항의 ‘직접 사용’ 요건을 충족하여 취득세 면제대상에 해당한다. 그럼에도 처분청이 이를 ‘직접 사용’으로 보지 아니하고 과세한 이 건 부과처분은 부당하므로 취소되어야 한다.

(3) (예비적 청구 관련) 처분청은 “전 소유자 AAA와 임차인 DDD 사이의 쟁점부동산 임대차계약에 관하여 청구인이 임대인 지위를 승계하였고, 그 계약은 2022.8.22.까지 유효하였으므로, 이는 청구인이 쟁점부동산을 ‘직접 사용’하지 않았음을 강하게 추정할 수 있는 근거”라는 의견이다.

(가) 그러나 위 정황은 매매 과정에서 통상 발생하는 기존 임대차의 잔여기간 승계에 불과하며, 청구인이 새로운 임대를 통한 수익활동을 적극적으로 영위한 사정은 존재하지 않는다. 청구인은 매수 당시 기존 임차인의 존재와 잔여기간을 전제로 일반적 거래관행에 따라 기존 계약 종료 시까지 임차인 권리를 존중하였고, 기존 임대차계약기간 종료 후 계약기간의 연장없이 임대차계약을 종료하였다.

(나) 아울러 취득세 면제 신청 당시 위와 같은 기존 임대차의 존재는 처분청도 인지한 사정으로서, 처분청의 의견처럼 잔여기간의 존재만을 이유로 ‘직접 사용’을 전면 부정한다면, 당초의 취득세 감면 접수·처리 경과와 모순된다. 기존 임차인의 존재 및 잔여임대차기간 등으로 즉시 직접 사용이 곤란한 사정이 명백하면 초기 단계에서 감면 불승인 또는 보류가 가능하다.

이 건의 경우 처분청이 감면신청 접수·검토 당시 기존 임차인의 존재와 잔여임대차기간을 인지하고도 감면을 수리하였다면, 동일한 사정을 들어 사후에 ‘직접 사용 아님’을 전제로 본세와 함께 가산세까지 부과하는 것은 최소한 가산세 영역에서 신뢰보호의 원칙에 반한다.

다시 말해, 처분청의 판단 전제가 ‘직접 사용 해당 없음’이라면 애초에 감면을 수리하지 말아야 했고 그 경우 청구인은 취득 시 취득세 등 본세를 즉시 납부하여 가산세는 발생하지 않았을 것이므로, 본세의 당부와 별개로, 「지방세기본법」상 가산세 부과요건(납세자 책임성)과 ‘정당한 사유’ 해당 여부를 종합하면, 주위적 청구가 배척되더라도, 예비적 청구로서 이 건 가산세 부과처분은 취소되어야 한다.

나. 처분청 의견

(1) 비영리사업자가 부동산을 ‘그 사업에 사용’한다는 것은 현실적으로 부동산을 비영리사업 자체에 직접 사용하는 것을 뜻하고, ‘그 사업에 사용’의 범위는 비영리사업자의 사업목적과 취득목적을 고려하여 실제의 사용관계를 기준으로 객관적으로 판단하여야 한다. 그리고 비영리사업자가 구성원에게 사택이나 숙소를 제공한 경우 구성원이 비영리사업자의 사업 활동에 필요불가결한 존재이고 사택이나 숙소에 체류하는 것이 직무 수행의 성격도 겸비하여야 그 사택이나 숙소를 목적사업에 직접 사용되는 것으로 볼 수 있다(대법원 2015.9.15. 선고 2014두557 판결 참조).

(2) 청구인 소속 각 사찰은 계층법회를 둘 수 있고, 계층법회는 주지스님이 총괄하고 법사스님의 지휘 아래 계층법회 책임교사가 실무를 담당하며, 계층법회 책임교사는 어린이 지도교사 및 학생회 지도교사를 지휘·감독하며, 어린이 및 학생회 지도교사는 정교사와 보조교사로 나뉜다.

＜청구인 제출 계층법회 조직도 발췌＞

○○○

CCC는 2022년 9월 경 청구인 소속 사찰인 BBB의 어린이법회 주임 지도교사로 임명되어, 2023.2.14.에 이 건 건물을 주소로 하여 전입신고를 마쳤고, 이후 2024.8.8. 서울특별시 관악구 OOO를 주소로 하여 전입신고를 마쳤다.

청구인이 쟁점부동산 취득 당시 제출한 취득세 신고서의 첨부서류 중 부동산 사용 계획서에 따르면 청구인은 쟁점부동산을 사찰 및 신도들의 교육관으로 사용할 예정할 계획을 세우고 있었으나, 쟁점부동산에서 실제로 종교행위 및 신도 대상 교육활동이 실시되었다고 볼 증거는 없다.

＜처분청에 제출한 쟁점부동산 사용 계획서 발췌＞

○○○

쟁점부동산의 이전 소유자인 AAA는 2018.7.24. 이 건 건물 중 1층에 관하여 DDD과 임대차계약을 체결하되, 보증금은 OOO원, 임대차기간은 2018.8.23부터 2020.8.22.까지로 약정하였고, 해당 임대차계약은 청구인의 쟁점부동산 취득 당시 청구인이 임대인 지위를 승계하여 2022.8.22. 기준으로 유효하였다.

(3) 쟁점부동산은 청구인이 그 활동에 필요불가결한 존재에게 제공한 사택 혹은 숙소에 해당하지 않는다.

(가)「지방세특례제한법」 제50조 제1항의 규정 및 관련 법리를 종합하면, CCC에게 사택으로 제공되었을 뿐이고, 종교행위 및 교육활동에 제공된 적이 없는 쟁점부동산이 ‘종교단체가 종교행위를 목적으로 하는 사업에 직접 사용하기 위하여 취득하는 부동산’에 해당하기 위해선 CCC가 청구인의 사업활동에 필요불가결한 존재이고, CCC가 쟁점부동산에 체류하는 것이 그 직무 수행의 성격을 겸하여야 한다.

그런데 CCC는 청구인 소속 사찰인 BBB의 계층법회 중 어린이 대상 법회의 지도교사로서 BBB의 주지 및 법사스님과 계층법회 책임교사의 지휘·감독을 받아 실무를 담당하는 사람일 뿐이고, 청구인이 종헌에 따른 목적사업으로서의 불교 종교활동을 영위함에 있어 필요불가결한 존재라고 볼 수 없다.

위와 같은 사정과 “원고가 이 사건 토지 중 일부 지상의 주택 철거시까지 이를 원고 교회 소속 부목사들의 사택으로 사용하였다고 하더라도, 부목사는 교회의 필요에 따라 당회장인 위임목사를 보좌하기 위하여 수시로 노회의 승낙을 받아 임명되어 임의로 시무하는 목사라는 점에서 그 교회의 종교활동에 필요불가결한 중추적인 지위에 있다고는 할 수 없으므로, 이 사건 토지의 일부가 부목사들의 사택용으로 사용되는 것은 그 목적사업에 직접 사용되는 것이라고 할 수 없다”라고 판시한 사례(대법원 1997.12.12. 선고 97누14644 판결 참조)의 취지를 고려하면, 쟁점부동산은 청구인이 그 활동에 필요불가결한 존재에게 제공한 사택 혹은 숙소에 해당하지 않는다고 봄이 타당하다.

(나) 청구인이 쟁점부동산을 취득한 이후에도 쟁점부동산 중 일부는 타인에게 임대된 정황이 있다.

「지방세기본법」 제2조 제1항 제8호는 ‘직접 사용’의 의미를 정의하면서 “이 법에서 임대를 목적 사업 또는 업무로 규정한 경우 외에는 임대하여 사용하는 경우는 제외한다”라고 명시하고 있는바, 그렇다면 청구인이 쟁점부동산을 타인에게 임대한 경우 쟁점부동산을 ‘직접 사용’하였다고 볼 수 없다고 할 것이다.

그런데 위에서 보듯 청구인은 이전 소유자인 AAA와 DDD 사이의 쟁점부동산에 관한 임대차계약의 임대인 지위를 승계하였고, 해당 임대차계약은 2022.8.22.까지 유효한 상태로 있었으므로, 이는 청구인이 쟁점부동산을 ‘직접 사용’하지 않았음을 강력하게 추정할 수 있는 근거로 볼 수 있다.

3. 심리 및 판단

가. 쟁점

① 쟁점부동산을 취득일로부터 3년 이내에 종교목적에 직접 사용하였다는 청구주장의 당부

② 이 건 가산세 감면에 정당한 사유가 있는지 여부

나. 관련 법률 : ＜별지＞ 기재

다. 사실관계 및 판단

(1) 청구인과 처분청이 제출한 심리자료에 의하면, 다음과 같은 사실이 나타난다.

(가) 청구인이 제출한 종헌에 따르면, 청구인은 OOO를 총본산으로 하여 ‘OOO’을 목적으로 설립되어 불교 종교활동을 영위하는 비법인사단(OOO)이다.

(나) 청구인은 2021.4.26. AAA와 쟁점부동산을 OOO 원에 매수하는 계약을 체결하면서, 계약금 OOO 원은 계약시에 지불하고, 임대차보증금 OOO 원은 청구인이 승계하면서 이를 매매대금에서 공제하며, 중도금 OOO 원은 2025.5.26.에 지불하고, 잔금 OOO 원은 2021.7.26. 지급하기로 약정하였다.

(다) 쟁점부동산의 등기사항전부증명서에 따르면 2021.7.26. 매매를 원인으로 청구인에게 소유권이전되었고, 쟁점부동산은 3층 주택으로 지층 87.7㎡ 1층 87.7㎡, 2층 87.7㎡, 3층 25.35㎡이다.

(라) 쟁점부동산의 1층에 대하여 전 소유자인 AAA와 임차인 DDD이 2018.7.24. 계약한 전세계약서에 따르면 보증금 OOO원으로 동 계약은 2022.8.22.까지 유효하다고 기재되어 있다.

(마) OOO BBB는 2022.9.18. CCC에게 서울특별시 BBB 어린이법회 주임 지도교사로 임명하는 내용의 임명장을 교부하였고, CCC의 주민등록등본내용에 따르면 CCC는 2023.2.14. 쟁점부동산을 주소로 하여 전입신고를 하고, 2024.8.8. 서울특별시 관악구 OOO를 주소로 하여 전입신고를 하였다.

(바) 처분청이 현지확인하여 확인한 바에 따르면, 1층은 임차인 DDD이 2022.8.22.까지 거주 후 공실상태였고, 2층은 CCC가 2024.8.8. 전출 후 현장확인시까지 공실상태이며, 지층 및 3층은 취득시부터 현장확인시까지 공실상태로 확인된 것으로 나타난다.

(사) 청구인은 어린이 법회를 하였다는 증빙으로 어린이 법회밴드상에 올린 법회활동내역 등을 제출하였다.

(2) 이상의 사실관계 및 관련 법률 등을 종합하여 살펴본다.

(가) 먼저 쟁점①에 하여 살피건대,「지방세특례제한법」 제50조 제1항에서 규정하고 있는 종교행위에 직접 사용하기 위하여 취득하는 부동산이란 종교의식, 예배 등 종교의식을 할 수 있는 시설을 갖추고 상시적으로 사용되는 것을 의미한다 할 것이고, 종교단체가 구외에 소재하는 주거용 부동산을 취득하는 경우는 일반인과의 조세형평을 고려하여 목적사업 수행에 중추적인 역할을 하는 자가 사용하며 불가피한 사유로 인하여 당해 사업장 외에 숙박시설 등을 설치하는 경우에 한하여 한정적으로 비과세 대상으로 인정하여야 할 것이다(조심 2017지1176, 2018.1.10. 외, 다수 같은 뜻임).

청구인은 쟁점부동산을 종교행위에 직접 사용하였으므로 이 건 처분은 부당하다고 주장한다.

그러나, 쟁점부동산은 청구인과 같은 울타리에 소재한 것이 아닌 구외에 소재하고 있고, 쟁점부동산의 지층과 지상 3층은 취득시부터 현재까지 공실상태로 유지하고 있으며, 쟁점부동산의 취득시 1층에 거주하던 임차인을 승계받았고 2022.8.22. 해당 임차인의 퇴거 이후 계속하여 공실상태였던 점,

쟁점부동산의 2층은 청구인 소속 BBB 어린이법회 주임 지도교사인 CCC가 2023.2.14.부터 2024.8.8.까지 거주하였으나, 지도교사인 CCC를 청구인의 중추적 지위에 있는 존재로 보기 어려운 점 등에 비추어 쟁점부동산을 「지방세특례제한법」 제50조 제1항에 따라 종교단체가 종교행위를 목적으로 하는 사업에 직접 사용하기 위하여 취득하는 부동산에 해당한다고 보기는 어렵다 할 것이다(조심 2021지2946, 2022.8.10. 같은 뜻임).

(나) 다음으로 쟁점②에 살피건대, 취득세는 신고·납부방식의 세목인바, 청구법인이 당초 종교행위를 목적으로 사업에 직접 사용하기 위하여 취득한 쟁점부동산에 대하여 취득세를 감면받고 유예기간이 경과할 때까지 해당 용도로 직접 사용하지 못하였다면 당해 시점에서 추징 사유가 발생하였다고 할 것이고, 이에 대하여 청구인이 스스로 신고·납부의무를 해태함에 따라 처분청이 감면한 취득세를 추징하면서 가산세를 포함하여 부과한 처분은 달리 잘못이 있다고 보기 어려운 점, 그 외 청구인에게 가산세를 면제할 정당한 사유가 있다고 볼 만한 증빙자료가 없는 점 등에 비추어 가산세를 감면하여야 한다는 청구주장도 받아들이기 어렵다고 판단된다(조심 2023지4814, 2025.8.21. 외 다수 같은 뜻임).

4. 결 론

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 없으므로 「지방세기본법」제96조 제7항과 「국세기본법」제80조의2 및 제65조 제1항 제2호에 의하여 주문과 같이 결정한다.

＜별지＞ 관련 법률

(1) 지방세특례제한법

제2조(정의) ① 이 법에서 사용하는 용어의 뜻은 다음과 같다.

2. “수익사업”이란 「법인세법」 제4조 제3항에 따른 수익사업을 말한다.

8. “직접 사용”이란 부동산ㆍ차량ㆍ건설기계ㆍ선박ㆍ항공기 등의 소유자(「신탁법」 제2조에 따른 수탁자를 포함하며, 신탁등기를 하는 경우만 해당한다)가 해당 부동산ㆍ차량ㆍ건설기계ㆍ선박ㆍ항공기 등을 사업 또는 업무의 목적이나 용도에 맞게 사용(이 법에서 임대를 목적 사업 또는 업무로 규정한 경우 외에는 임대하여 사용하는 경우는 제외한다)하는 것을 말한다.

8의2. “매각ㆍ증여”란 이 법에 따라 지방세를 감면받은 자가 해당 부동산, 차량, 선박 등을 매매, 교환, 증여 등 유상이나 무상으로 소유권을 이전하는 것을 말한다. 다만, 대통령령으로 정하는 소유권 이전은 제외한다.

제50조(종교단체 또는 향교에 대한 면제) ① 종교단체 또는 향교가 종교행위 또는 제사를 목적으로 하는 사업에 직접 사용하기 위하여 취득하는 부동산에 대해서는 취득세를 면제한다. 다만, 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우 그 해당 부분에 대해서는 면제된 취득세를 추징한다.

1. 해당 부동산을 취득한 날부터 5년 이내에 수익사업에 사용하는 경우

2. 정당한 사유 없이 그 취득일부터 3년이 경과할 때까지 해당 용도로 직접 사용하지 아니하는 경우

3. 해당 용도로 직접 사용한 기간이 2년 미만인 상태에서 매각ㆍ증여하거나 다른 용도로 사용하는 경우

(2) 지방세법

제20조(신고 및 납부) ③ 이 법 또는 다른 법령에 따라 취득세를 비과세, 과세면제 또는 경감받은 후에 해당 과세물건이 취득세 부과대상 또는 추징 대상이 되었을 때에는 제1항에도 불구하고 그 사유 발생일부터 60일 이내에 해당 과세표준에 제11조부터 제15조까지의 세율을 적용하여 산출한 세액[경감받은 경우에는 이미 납부한 세액(가산세는 제외한다)을 공제한 세액을 말한다]을 대통령령으로 정하는 바에 따라 신고하고 납부하여야 한다.