이유
1. 처분개요

가. 청구법인은 2020.1.6. OOO를 본점 소재지(이하 “OOO본점”이라 한다)로 하여 주택 및 빌딩 건설업, 부동산 투자 및 개발사업 등을 목적으로 설립된 법인으로, 2020.4.29. 서울특별시 강남구 OOO 외 1필지 토지 464.8㎡ 및 건축물 1,912.23㎡(이하 “이 건 부동산”이라 한다)를 매매로 취득하고, 같은 날 이 건 부동산의 취득가액 등 OOO원을 과세표준으로 하고 일반세율을 적용하여 산출한 취득세 등 합계 OOO원을 신고·납부하였다.

나. 처분청은 2025.3.17. 청구법인의 대표이사 AAA이 상주하는 서울특별시 강남구 소재 주식회사 BBB(이하 “BBB”라 한다)의 OOO 사무소(이하 “OOO 사무소”이라 한다)에서 청구법인이 사실상 설립되었고, 그 설립일로부터 5년 이내에 이 건 부동산을 취득한 것으로 보아, 이 건 부동산의 취득가액 등 OOO원을 과세표준으로 하고, 「지방세법」 제13조 제2항 제1호에 따른 중과세율을 적용하여 산출한 세액에서 기 신고·납부한 세액을 차감한 취득세 등 합계 OOO원(가산세 포함, 이하 “이 건 취득세 등”이라 한다)을 청구법인에게 부과·고지하였다.

다. 청구법인은 이에 불복하여 2025.4.17. 이의신청을 거쳐 2025.8.29. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구법인 주장 및 처분청 의견

가. 청구법인 주장

청구법인의 등기상 본점인 경기도 OOO 소재 본점은 단순한 형식적 주소지가 아니라 실제로 사용되는 본점이다. 취득세는 원칙적으로 사실상의 현황에 따라 과세하되, 그 현황이 불분명한 경우에는 등기부 등 공부상 현황을 기준으로 과세하도록 규정되어 있으므로, 청구인의 사실상 본점이 서울에 있다는 점은 과세관청이 명확히 입증해야 한다. 그런데 처분청은 청구인의 OOO본점이 공유오피스 형태이고 협소하다는 사정만으로 형식적 본점이라고 단정하면서도, 반대로 BBB의 OOO 사무소 역시 공유사무실임에도 그 사용현황을 조사조차 하지 않았고, 청구법인이 그곳에서 사업을 수행했다는 사실도 전혀 입증하지 못했다.

또한 처분청은 대표이사의 카드 사용내역이 서울특별시 강남구 일대에서 확인된다는 점을 들어 서울특별시 내에 사실상 본점이 있다고주장하지만, 이는 대표이사의 거주지와 해당 사무실이 인접해 있기 때문일 뿐 청구인의 업무 수행과 직접적인 관련이 있다고 볼 수 없으며, 더구나 청구인의 주요 의사결정과 자금조달, 부동산 매입 등 핵심업무는 대표이사가 아니라 해외에 거주하는 최대주주가 실질적으로 수행해 왔다. 따라서 형식적 대표자인 대표이사가 주로 체류한 장소를 기준으로 사실상 본점을 판단하는 것은 부당하고, 실질적 대표자가 해외에 상주하는 이상 본점은 등기부상 기재된 OOO 소재 본점으로 보아야 한다.

결국 처분청은 청구법인이 OOO 사무소에서 인적·물적 설비를 갖추고 기획·재무·총무 등 전반적인 업무를 수행했다는 사실을 전혀 입증하지 못했을 뿐 아니라, 단지 OOO본점이 협소하거나 공유오피스라는 사정만으로 그 실질성을 부정하는 것은 조세심판원 결정례에도 반하며, 청구법인의 사실상 본점이 서울에 있다고 인정할 수 없으므로 대도시 중과세를 전제로 한 이 건 처분은 위법·부당하여 취소되어야 한다.

나. 처분청 의견

「지방세법」 제13조 제2항 제1호 및 같은 법 시행령 제27조 제3항에 따르면, 대도시에서 법인을 설립하거나 지점·분사무소를 설치하는 경우 또는 대도시 외에 있던 법인의 본점·지점 등이 대도시로 전입하면서 부동산을 취득하는 경우에는 해당 부동산 취득에 대해 중과세율을 적용하도록 규정하고 있다. 이는 대도시 내 인구와 기업의 집중을 억제하여 환경 보전과 지역 간 균형발전을 도모하려는 데 그 입법취지가 있다.

따라서 법인의 본점이 실질적으로 대도시에 존재하여 업무가 수행되고 있음에도 불구하고, 형식적으로만 대도시 외 지역에 본점을 등기한 경우라면, 그러한 형식적 주소만으로 중과세 적용을 회피하도록 허용할 수 없고, 실질적으로 본점 기능이 수행되는 장소를 기준으로 판단하여야 한다.

청구법인의 등기부상 본점은 OOO에 위치하고 있으나, 이는 비상주서비스를 이용하여 형식적으로 마련된 주소에 불과하고, 청구법인의 실제 업무 수행을 위한 인적·물적 설비가 갖추어진 것으로 보기 어렵다. 오히려 청구법인의 최대주주와 대표이사 등의 행태, 계약 체결 과정, 신용카드 사용 내역 등을 종합할 때, 청구법인의 대표이사가 BBB OOO 사무소에서 상주하며 청구법인의 주요 업무를 수행하였다.

특히 부동산 임대업과 같은 사업의 특성상 대표이사가 상주하여 업무를 처리하는 곳이 곧 본점 기능을 수행하는 장소라 할 것인데, 청구법인의 경우 국내에서 이루어진 각종 계약 및 업무처리는 사실상 대표이사에 의해 이루어졌으며, 그 활동 근거지가 대도시 내 OOO 소재 BBB 본점으로 인정된다.

따라서 청구법인은 비록 대도시 내로 본점 전입등기를 하지 않았으나, 실질적으로는 대도시 내에서 본점 기능을 수행한 것으로 보아야 하고, 이에 따라 해당 부동산 취득에 대한 취득세 중과세 적용은 정당하다.

3. 심리 및 판단

가. 쟁점

법인등기부등본상 대도시 외 지역에 본점을 둔 법인의 사실상의 본점이 대도시 내 지역에 소재하고 있다고 보아 취득세를 중과세한 처분의 당부

나. 관련 법령 등 : ＜별지＞ 기재

다. 사실관계 및 판단

(1) 청구법인 및 처분청이 제출한 심리자료에 의하면 다음과 같은 내용이 나타난다.

(가) 청구법인은 2020.1.2. OOO에 관하여 OOO소호오피스와 보증금 없이 월 차임 OOO원을 선불로 지급하는 조건으로 임대차기간이 1개월 단위로 갱신되는 형태의 임대차계약을 체결하였다.

(나) 청구법인은 2020.1.6. OOO본점을 본점으로 하여 설립되었고, 설립 당시 주택 및 빌딩 건설업, 부동산투자 및 개발사업, 건축자재 제조 및 판매업, 부동산임대업, 인테리어공사업 등을 목적사업으로 하였으며, 2020.1.9. 목적사업을 부동산서비스업, 건축컨설팅업, 식음료사업, 한식·양식요리업 등으로 변경하였고, 2020.5.11. 다시 부동산임대업 등을 추가하여 목적사업을 확대하였다.

(다) 청구법인은 설립 당시 발행주식 100%를 최대주주인 CCC, 그의 배우자 DDD, 그리고 미성년 자녀인 EEE 3명이 소유하고 있으며, 임직원은 CCC의 부친인 AAA(대표이사) 1명인 것으로 확인된다.

(라) 청구법인은 2020.1.14. 중개법인을 통해 FFF와 이 건 부동산을 매매대금 OOO원에 매수하기로 하는 계약을 체결하였다.

(마) 청구법인의 대표이사인 AAA은 청구법인을 포함하여 총 3개 사업장의 대표자로 등재되어 있고, 이 중 청구법인을 제외한 2개 사업장(법인 1개, 개인 1개)은 모두 AAA 대표이사의 주민등록상 주소지를 사업장 소재지로 하고 있으며, 개인사업장은 부동산업(주택임대)을, 법인사업장은 BBB로 확인된다.

○○○

(바) 등기사항전부증명서에 따르면, BBB는 2008.2.14. 설립된 이후 2009.3.27. OOO에서 서울특별시 강남구 OOO으로 본점을 이전하였고 그 후에도 해당 인근 지역에서 여러 차례 본점 소재지를 변경하면서 건설업, 부동산 투자 및 개발사업 등 50여 개에 이르는 사업을 목적사업으로 하고 있으며, 2020.1.7. 목적사업에 부동산임대업을 추가하고 이 건 부동산 매매계약이 체결된 2020.1.14. 당시에는 OOO 사무소를 본점 소재지로 두고 있다가 2020.7.3. 본점 소재지를 청구법인 대표이사의 주소지로 이전한 것으로 나타난다.

(사) 청구법인은 이 건 부동산 취득 당시 BBB의 OOO 사무소 인근에서 사용한 신용카드 지출 내역 등이 다수 확인되는 반면, 2020년 10월까지 OOO본점에서는 복리후생비 등 비용 지출이 없는 것으로 나타난다.

(아) 청구법인의 최대주주인 CCC과 그의 배우자(DDD), 그의 미성년 자녀(EEE) 3명은 출입국에 관한 사실증명에서 청구법인의 설립 당시 및 이 건 부동산 취득 시점에 출국하여 국내에 거주하고 있지 않은 것으로 나타난다.

(자) 청구법인은 이 건 부동산 취득 관련 업무를 최대주주이자 OOO 거주자인 CCC이 직접 수행하였으며, 대표이사의 별도 법인사업장인 BBB에서 청구법인의 업무를 수행한 사실은 없다고 주장하면서 다음과 같은 자료를 제출하였다.

1) 청구법인은 OOO 거주자인 CCC이 2019년 10월경부터 다수의 부동산 중개인에게 연락하여 매수 가능한 부동산을 검토하고, 같은 해 말 한국에 입국하여 부동산 현황을 확인한 후 이 건 부동산을 매수하였다고 주장하면서, 최대주주가 여러 부동산 중개인에게 보낸 다수의 이메일을 제출하였다.

○○○

2) 청구법인은 이 건 부동산 매매 당시에도 CCC이 직접 이메일을 통해 공인중개사에게 매매 관련 사항을 문의하고, 구체적인 절차 등을 직접 수행하였다고 주장하면서 해당 이메일 및 카카오톡 메시지를 제출하였다.

○○○

3) 청구법인은 CCC이 이 건 부동산 매매계약 체결 이후에도 부동산의 가치 향상을 위하여 직접 인테리어 업체에 견적을 요청하고, OOO 등 유명 커피 프랜차이즈의 입점을 유치하는 등 이 건 부동산을 직접 관리하였다고 주장하면서 관련 이메일을 제출하였다.

○○○

4) 청구법인은 CCC이 이 건 부동산 매수와 관련된 대출업무에 관하여서도 은행 대출담당자에게 직접 연락하여 업무를 수행하였다고 주장하면서, 관련 이메일을 제출하였다.

○○○

5) 청구법인은 BBB가 설립 초기에는 실질적인 사업을 영위하였으나, 적어도 2020년경부터는 청구법인의 대표이사 등으로부터 발생한 가수금을 재원으로 한 이자수익만을 수취하는 법인에 불과하여 부동산 임대업 등을 영위한 사실이 없고, 이를 영위할 만한 자산 또한 보유하고 있지 않다고 주장하면서, 2020년 사업연도 원천납부세액명세서 및 대차대조표를 제출하였다.

○○○

6) 청구법인은 이 건 부동산을 취득할 당시 BBB가 본점으로 사용하던 공간이 청구법인의 본점과 동일한 형식의 소호사무실이었다고 주장하면서, OOO빌딩OOO전경 사진을 제출하였다.

○○○

(2) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 이 건에 대하여 살피건대, 처분청은 청구법인이 등기상 본점은 대도시 외에 두고 있으나 실질적으로는 대표이사가 대도시 내 OOO 사무소에서 상주하며 본점 기능을 수행하였으므로, 형식이 아닌 실질을 기준으로 보아 해당 부동산 취득에 대해 취득세 중과세율을 적용한 것은 정당하다는 의견이나,

청구법인은 설립 당시부터 OOO 소재 사무실을 본점으로 등기하였고, 해당 사무실은 단순한 주소지가 아니라 실제로 임대차계약을 체결하고 사용된 공간으로서 형식적인 주소에 불과하다고 단정하기 어려운 점, 처분청은 단지 면적이 협소하고 공유오피스라는 사정만으로 실질성이 없다고 보았을 뿐, 청구법인이 OOO본점에서 업무를 수행하지 않았다는 점을 구체적으로 입증하지 못한 것으로 보이는 점, 처분청은 신용카드 사용 내역이 강남 일대에서 집중되었다는 점을 들어 OOO 사무소에 청구법인의 사실상 본점이 있다고 주장하나, 이는 대표이사의 거주지 및 타 사업장 위치와 단순히 인접한 데에서 기인한 것으로 청구법인의 법인업무가 해당 장소에서 수행되었다는 직접적 증거로 보기는 어려운 점, 또한, 일반적으로 세금부과처분취소소송에 있어서 과세요건 사실에 관한 입증책임은 과세권자에게 있다 할 것이므로(대법원 2004.4.27. 선고 2003두14284 판결, 같은 뜻임), 대도시 외의 지역에서 설립된 법인이 등기부상 본점 전입등기는 하지 아니한 채 사실상 본점을 대도시 내로 전입한 것으로 보아 중과세율을 적용하기 위해서는 과세관청이 그 법인이 인적ㆍ물적설비를 갖춘 본점을 대도시 내에서 설립하였다는 점을 입증해야 할 것인 점(조심 2017지427, 2017.9.28., 같은 뜻임), 더구나 청구법인의 주요 의사결정과 자금조달, 부동산 취득 절차는 OOO에 거주하는 최대주주가 이메일 및 메신저를 통해 직접 수행한 정황이 다수 확인되며, 이는 오히려 대표이사가 아닌 최대주주 중심으로 업무가 이루어진 것으로 볼 수 있는 점, 처분청이 사실상 본점으로 본 OOO 사무실 또한 공유오피스 형태의 소규모 공간으로, 해당 장소에서 청구법인의 인적·물적 기반을 갖추고 독립적으로 업무가 행해졌다고 볼 만한 구체적인 증빙자료가 있다고 보기 어려운 점(조심 2025지1861, 2025.11.27., 같은 뜻임), 법인의 본점 판단은 일시적 체류 여부나 대표자의 활동 위치만으로 좌우될 수 없고, 조직적·계속적으로 본점 기능이 수행되는지 여부에 따라야 하는 점 등에 비추어 처분청이 OOO 사무소를 청구법인의 본점으로 보아 이 건 취득세 등을 과세한 처분은 잘못이 있다고 판단된다.

4. 결 론

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 있으므로 「지방세기본법」제96조 제7항과 「국세기본법」제80조의2 및 제65조 제1항 제3호에 의하여 주문과 같이 결정한다.

＜별지＞ 관련 법령

(1) 지방세법

제13조(과밀억제권역 안 취득 등 중과) ② 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 부동산(「신탁법」에 따른 수탁자가 취득한 신탁재산을 포함한다)을 취득하는 경우의 취득세는 제11조 제1항의 표준세율의 100분의 300에서 중과기준세율의 100분의 200을 뺀 세율(제11조 제1항 제8호에 해당하는 주택을 취득하는 경우에는 제13조의2 제1항 제1호에 해당하는 세율)을 적용한다. 다만, 「수도권정비계획법」 제6조에 따른 과밀억제권역(「산업집적활성화 및 공장설립에 관한 법률」을 적용받는 산업단지는 제외한다. 이하 이 조 및 제28조에서 “대도시”라 한다)에 설치가 불가피하다고 인정되는 업종으로서 대통령령으로 정하는 업종(이하 이 조에서 “대도시 중과 제외 업종”이라 한다)에 직접 사용할 목적으로 부동산을 취득하는 경우의 취득세는 제11조에 따른 해당 세율을 적용한다.

1. 대도시에서 법인을 설립[대통령령으로 정하는 휴면(休眠)법인(이하 “휴면법인”이라 한다)을 인수하는 경우를 포함한다. 이하 이 호에서 같다]하거나 지점 또는 분사무소를 설치하는 경우 및 법인의 본점ㆍ주사무소ㆍ지점 또는 분사무소를 대도시 밖에서 대도시로 전입(「수도권정비계획법」 제2조에 따른 수도권의 경우에는 서울특별시 외의 지역에서 서울특별시로의 전입도 대도시로의 전입으로 본다. 이하 이 항 및 제28조 제2항에서 같다)함에 따라 대도시의 부동산을 취득(그 설립ㆍ설치ㆍ전입 이후의 부동산 취득을 포함한다)하는 경우

⑧ 제2항에 따른 중과세의 범위와 적용기준, 그 밖에 필요한 사항은 대통령령으로 정하고, 제1항과 제2항에 따른 공장의 범위와 적용기준은 행정안전부령으로 정한다.

(2) 지방세법 시행령

제27조(대도시 부동산 취득의 중과세 범위와 적용기준) ③ 법 제13조 제2항 제1호에 따른 대도시에서의 법인 설립, 지점ㆍ분사무소 설치 및 법인의 본점ㆍ주사무소ㆍ지점ㆍ분사무소의 대도시 전입에 따른 부동산 취득은 해당 법인 또는 행정안전부령으로 정하는 사무소 또는 사업장(이하 이 조에서 “사무소등”이라 한다)이 그 설립ㆍ설치ㆍ전입 이전에 법인의 본점ㆍ주사무소ㆍ지점 또는 분사무소의 용도로 직접 사용하기 위한 부동산 취득(채권을 보전하거나 행사할 목적으로 하는 부동산 취득은 제외한다. 이하 이 조에서 같다)으로 하고, 같은 호에 따른 그 설립ㆍ설치ㆍ전입 이후의 부동산 취득은 법인 또는 사무소등이 설립ㆍ설치ㆍ전입 이후 5년 이내에 하는 업무용ㆍ비업무용 또는 사업용ㆍ비사업용의 모든 부동산 취득으로 한다. 이 경우 부동산 취득에는 공장의 신설ㆍ증설, 공장의 승계취득, 해당 대도시에서의 공장 이전 및 공장의 업종변경에 따르는 부동산 취득을 포함한다.

(3) 지방세법 시행규칙

제6조(사무소 등의 범위) 영 제27조 제3항 전단에서 “행정안전부령으로 정하는 사무소 또는 사업장”이란 「법인세법」 제111조ㆍ「부가가치세법」 제8조 또는 「소득세법」 제168조에 따른 등록대상 사업장(「법인세법」ㆍ「부가가치세법」 또는 「소득세법」에 따른 비과세 또는 과세면제 대상 사업장과 「부가가치세법 시행령」 제11조 제2항에 따라 등록된 사업자단위 과세 적용 사업장의 종된 사업장을 포함한다)으로서 인적 및 물적 설비를 갖추고 계속하여 사무 또는 사업이 행하여지는 장소를 말한다. 다만, 다음 각 호의 장소는 제외한다.

1. 영업행위가 없는 단순한 제조ㆍ가공장소

2. 물품의 보관만을 하는 보관창고

3. 물품의 적재와 반출만을 하는 하치장