이유
1. 처분개요

가. 청구법인은 2022.4.1. 주식회사 OOO(이하 “이 건 분할법인”이라 한다)의 전자상거래 및 관련사업부분 등이 물적분할되어 설립된 법인으로, 같은 날 이 건 분할법인으로부터 경기도 성남시 OOO(이하 “쟁점토지”라 한다)를 승계받아 취득한 후, 2022.6.7. 처분청에 그 장부가액(○○○원)을 과세표준으로 하고, 「지방세법」 제11조 제1항 제7호 나목의 표준세율(1천분의 40)을 적용하여 산출한 취득세 등 합계 OOO원(가산세 포함)을 기한후 신고·납부하였다.

나. 청구법인은 2024.9.13. 쟁점토지 위에 연면적 64,032.06㎡ 규모의 공장용 건축물 등(이하 “이 건 건축물”이라 한다)을 신축·취득하고, 이 건 건축물의 사용면적 비율에 따라 쟁점토지를 아래 ＜표1＞과 같이 구분하고, 이 중 본점 사용부분(27.17%)에 대하여는 「지방세법」 제13조 제1항의 본점사업용 부동산에 대한 중과세율(8%)을, 그 외에는 표준세율을 적용하여 산출한 세액에서 기납부한 세액을 차감한 취득세 등 합계 OOO원을 2024.11.12. 처분청에 수정신고·납부하였다.

＜표1＞ 쟁점토지 수정신고 내용

(단위 : %, 원)

○○○

다. 청구법인은 2024.11.12. 쟁점토지가 아래 ＜표2＞의 감면대상이므로 기 납부한 세액의 일부환급을 구하는 취지의 경정청구를 제기하였고, 처분청은 2024.12.26. 이 중 「지방세특례제한법」(2023.3.14. 법률 제19232호로 개정되기 전의 것, 이하 "지특법"이라 한다) 제78조 제4항의 산업단지 감면 부분(○○○원)은 인용하고, 나머지는 거부하였으며, 처분청의 경정내용을 반영한 후의 취득세 등은 OOO원(가산세가 포함된 금액으로 이하 “이 건 취득세 등”이라 한다)이다.

＜표2＞ 청구법인 경정청구 내용 및 결과

(단위 : %, 원)

○○○

라. 청구법인은 이에 불복하여 2025.3.20. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구법인 주장 및 처분청 의견

가. 청구법인 주장

(1) 쟁점토지 중 벤처기업집적시설 부속토지(이하 “쟁점①토지”라 한다)는 지특법 제58조 제1항(이하 “쟁점①감면조항”이라 한다)에 따른 감면대상이다.

(가) 청구법인은 벤처기업집적시설의 개발·조성을 목적으로 쟁점 ①토지를 취득한바, 벤처기업집적시설 감면 적용 대상이다

1) 처분청은 청구법인이 쟁점①토지를 취득할 당시에 벤처기업집적시설로 사용하기 위하여 취득하였다는 사실을 인정할 만한 자료가 제시되지 않아 쟁점감면조항을 적용할 수 없다는 의견이다.

2) 그러나, 쟁점토지의 분양계약서에 의하면, 쟁점토지의 용도는 벤처기업집적시설로 제한되고, 이를 어기는 경우 시정명령 및 환수조치 된다고 기재되어 있다.

3) 또한 감면 요건이 되는 취득의 목적은 납세자의 내심의 의사로서 이를 객관적으로 확인하기 어려우므로, 유예기간 내에 벤처기업집적시설로 지정이 되면 당초부터 취득 목적이 있었던 것으로 인정하는 것이 타당하고, 청구법인은 쟁점토지 취득일(2022.4.1.)부터 유예기간(3년) 이내인 2024.9.13. 벤처기업집적시설의 개발·조성을 완료하였으므로 벤처기업집적시설을 개발·조성할 목적에서 쟁점 토지를 취득한 것이라 하겠다.

4) 벤처기업집적시설 지정 실무는 「건축법」상 건축허가를 받아 건축공사를 진행하다가 건축물이 벤처기업집적시설 요건에 부합하게 사용될 예정임이 어느 정도 명료해지면 지방자치단체의 확인을 받는 절차로 이루어지고 있어, 청구법인이 쟁점토지를 취득할 당시에 벤처기업집적시설로 지정받는 것은 사실상 불가능하였다.

5) 이러한 점을 고려하여 조세심판원과 법원 또한 벤처기업집적시설 감면은 부동산의 취득 시점에 벤처기업집적시설로 지정되어 있을 것을 요건으로 하지 않으며 그러할 이유도 없다고 결정하였다(조심 2014지1429, 2015.3.23. 및 대법원 2014.11.13. 선고 2014두35942 판결, 같은 뜻임).

6) 이와 같이 청구법인은 벤처기업으로서, 쟁점①토지를 벤처기업집적시설로 개발·조성하여 분양 또는 임대(직접 사용 포함)할 목적으로 취득하였으므로, 쟁점①토지가 감면대상이 아니라는 전제에서 처분청이 이 건 취득세 등의 경정청구를 거부한 처분은 위법하다.

(나) 청구법인이 쟁점①토지를 직접 사용한다 하더라도, 청구법인 또한 벤처기업이므로 벤처기업집적시설 감면 적용 대상이다.

1) 쟁점①감면조항은 「벤처기업육성에 관한 특별조치법」에 따라 지정된 벤처기업집적시설을 개발·조성하여 분양 또는 임대할 목적으로 취득하는 부동산에 대하여 취득세를 경감하도록 규정하고 있다.

2) 처분청은 분양 또는 임대할 목적으로 취득한 경우에 한하여 감면이 적용되어야 하는바, 사업시행자인 청구법인이 직접 사용하는 면적은 위 규정에 따른 감면대상에 해당하지 않고, 설령 청구법인이 직접 사용하는 경우까지 감면대상이라고 하더라도 청구법인이 쟁점토지 취득당시에 벤처기업으로 확인받지 않아 쟁점감면조항을 적용할 수 없다는 의견이다.

3) 그러나, 지방세관계법령의 소관부처인 행정안전부는 벤처기업집적시설을 개발·조성한 벤처기업이 해당 시설을 직접 사용하는 경우에도 감면대상이라고 일관되게 유권해석 해왔다(지방세운영과-1782, 2008.10.14. 및 지방세특례제도과-2058, 2022.9.19., 같은 뜻임).

조세심판원 또한 벤처기업인 사업시행자가 사용하는 면적 또한 쟁점①감면조항에 따른 감면대상이라고 판단한바 있다(조심 2017지818, 2018.10.31., 같은 뜻임).

4) 한편 쟁점①감면조항은 벤처기업집적시설로 지정받고, 해당 시설을 분양, 임대, 벤처기업의 직접 사용 목적으로 사용하면 감면대상이라고 규정하고 있는 바, 사업시행자가 벤처기업집적시설을 직접 사용하는 시점에 벤처기업에 해당하면 충분한 것으로, 사업시행자가 부동산을 취득하는 시점에 벤처기업에 해당하여야 할 필요는 없다.

5) 설령 사업시행자가 직접 사용하는 부분에 대한 감면이 적용되기 위하여 사업시행자가 벤처기업에 해당하여야 한다고 하더라도, 청구법인은 물적분할을 통하여 2022.4.1. 설립되었고, 같은 날 쟁점토지를 승계하여 취득한 후, 2022.8.16. 벤처기업으로 확인받은바, 벤처기업 요건을 충족한 것으로 보는 것이 타당하다.

(2) 청구법인이 쟁점토지 중 어린이집 부속토지(이하 “쟁점②토지”라 한다)를 유예기간내 직접 사용하지 못한 정당한 사유가 있으므로, 지특법 제19조 제1항(이하 “쟁점②감면조항”이라 한다)에 따른 감면대상에 해당한다.

(가) 이 건 분할법인은 2020년 12월 토지를 취득하고, 2021년 4월 지하안전영향평가 심의 및 설계완료를 거쳐 건축허가를 신청하였으며, 2021년 4월 이 건 건축물의 건축공사에 착공하였다.

(나) 청구법인이 쟁점②토지를 승계받아 취득한 2022.4.1. 이후 청구법인은 건축주 명의를 본인으로 변경하고, 이 건 건축물이 2024.9.13. 사용승인될 때까지 2023년 2월 토목공사, 2023년 12월 건축공사, 2024년 8월 부대토목공사 및 조경시설물 공사를 완료하는 등 중단없이 건축공사를 진행하였다.

(다) 그러나, 이 건 건축물의 규모(지하 5층, 지상 14층, 연면적 64,032㎡)로 인하여 그 건축공사에만 약 29개월의 기간이 소요된바, 이는 통상적인 수준으로서, 청구법인은 정상적인 노력을 다한 것이므로, 청구법인이 유예기간내 쟁점②토지를 직접 사용하지 못한 정당한 사유가 인정되는 것이 타당하다.

따라서 청구법인이 쟁점②토지를 유예기간내 직접 사용하지 않았다는 전제에서 처분청이 이 건 취득세 등의 경정청구를 거부한 처분은 위법하다.

나. 처분청 의견

(1) 쟁점①토지는 쟁점①감면조항에 따른 감면대상에 해당하지 않는다.

(가) 쟁점①토지는 청구법인이 취득 당시에 벤처기업집적시설로 지정받거나 지정받을 준비가 되지 않아 쟁점감면조항에 따른 감면대상으로 보기 어렵다.

1) 청구법인은 처분청이 아무런 근거 없이 쟁점①토지의 취득 목적을 벤처기업집적시설과 무관한 것으로 단정하고 있다고 주장한다.

그러나, 청구법인은 쟁점①토지 취득 당시에 쟁점①감면조항을 적용하지 않고 일반과세로 취득세를 신고하였다.

또한 청구법인이 이 건 건축물을 취득할 당시에 처분청에 제출한 사용계획서에 의하면, ‘신축 후 본점 또는 지점으로 사용 예정’이라고 기재되어 있을 뿐 벤처기업집적시설을 개발·조성하여 분양 또는 임대할 계획이나 직접 사용할 계획은 확인되지 않는다.

따라서 청구법인이 쟁점①토지 취득 당시에 쟁점①감면조항을 적용하지 않은 점 및 이 건 건축물 사용계획서에서 그 사용목적을 청구법인의 본점 또는 지점으로 사용 예정이라고 기재한 사실 등에 비추어, 청구법인이 쟁점①토지를 취득한 목적이 벤처기업집적시설이었다는 청구주장을 받아들이기 어렵고, 청구법인은 쟁점①토지를 취득한 후에 벤처기업직접시설로 지정받았으므로 쟁점①토지는 쟁점①감면조항에 따른 감면대상으로 보기 어렵다(조심 2018지865, 2019.5.14., 같은 뜻임).

(나) 청구법인은 사업시행자로서, 청구법인이 직접 사용하는 것은 쟁점①토지를 분양 또는 임대할 목적으로 취득한 것에 해당하지 않고 아니고, 취득 당시에 벤처기업으로 확인받지 않아 쟁점①감면조항에 따른 감면대상에 해당하지 않는다.

1) 쟁점①감면조항은 벤처기업직접시설을 개발·조성하여 분양 또는 임대할 목적으로 취득하는 부동산을 취득세의 감면대상으로 규정하고 있다.

2) 청구법인은 사업시행자로서, 청구법인이 쟁점①토지를 직접 사용하는 것은 분양 또는 임대할 목적으로 취득한 경우에 해당하지 않아 쟁점①감면조항에 따른 감면대상으로 보기 어렵다.

3) 설령, 청구법인이 직접 사용하는 부분까지도 쟁점①감면조항에 따른 감면대상으로 본다 하더라도, 청구법인은 쟁점토지상에 이 건 건축물의 건축이 진행중이던 상태에서 쟁점①토지를 취득하였음에도 불구하고, 취득시점(2022.4.1.)에 벤처기업으로 확인받은 사실이 없다.

따라서, 쟁점①토지는 청구법인이 분양 또는 임대할 목적으로 취득한 것이 아니고, 취득 당시에 청구법인은 벤처기업에 해당하지 않았으므로 처분청이 쟁점①토지에 대한 취득세 등의 경정청구를 거부한 처분은 적법하다.

(2) 청구법인이 쟁점②토지를 유예기간내 직접 사용하지 못한 정당한 사유가 있다고 보기 어렵다.

(가) 건축물의 설계작업, 공사감리계약, 토지사용계약 및 건축심의신청 등은 해당 용도에 직접 사용하기 위한 준비과정에 불과하므로 이를 감면 용도에 직접 사용하거나 착공한 것으로 볼 수는 없다 할 것이고,

토지취득 시에 이미 유예기간 내에 고유업무에 사용할 수 없는 법령상, 사실상의 장애사유를 알고 있었으며, 취득 후에 당해토지를 고유업무에 사용하지 못한 것도 동일한 사유 때문이라면 취득전에 존재한 외부적 사유가 충분히 해소 가능한 것이고 실제 그 해소를 위하여 노력하여 이를 해소하였는데도 예측하지 못한 전혀 다른 사유로 고유업무에 사용치 못하였다는 등의 특별한 사정이 없는 한 그 외부적 사유는 당해 토지를 고유업무에 사용하지 못한 정당한 사유가 될 수 없다고 할 것이다(대법원 2002.4.26. 선고 94누6901 판결, 같은 뜻임).

(나) 청구법인이 쟁점②토지의 취득일부터 1년이 경과하기 전에 어린이집을 신축하기 위한 착공신고를 하였다고 하더라도, 이는 어린이집을 신축· 개원하기 위한 준비단계에 불과할 뿐 쟁점②토지를 현실적으로 어린이집 용도에 직접 사용한 것이라고 보기 어렵다(대법원 2000.10.24. 선고 99두9315판결 등 다수, 같은 뜻임).

(다) 건축물의 착공행위는 토지를 건축물 등의 용도로 직접 사용하는 행위라기보다는 이를 위한 준비행위에 불과한 점 등을 종합하면, 청구법인은 2022.4.1. 쟁점②토지를 취득하고 2년이 지난 2024.9.13.에 직접 사용한 사실이 확인되므로, 쟁점②토지를 유예기간내 직접 사용하지 못한 정당한 사유가 있다는 청구주장 또한 받아들이기 어렵다.

3. 심리 및 판단

가. 쟁 점

① 쟁점①토지는 청구법인이 취득할 당시에 벤처기업집적시설로 지정받거나 지정받을 준비가 되지 않은 것으로 보아 쟁점①토지에 대한 취득세 등의 경정청구를 거부한 처분의 당부

② 사업시행자인 청구법인이 쟁점①토지를 직접 사용하는 것은 분양·임대할 목적으로 취득한 것이 아닌 것으로 보아, 쟁점①토지에 대한 취득세 등의 경정청구를 거부한 처분의 당부

③ 쟁점②토지를 유예기간내 직접 사용하지 못한 정당한 사유가 있다는 청구주장의 당부

나. 관련 법령 : ＜별지＞ 기재

다. 사실관계 및 판단

(1) 청구법인과 처분청이 제시한 심리자료에 의하면 다음과 같은 내용이 나타난다.

(가) 법인등기사항전부증명서에 의하면, 청구법인은 2022.4.1. 이 건 분할법인의 전자상거래 및 관련사업부분이 물적분할되어 설립되었고, 본점은 2024.10.15.부터 이 건 건축물에 소재한 사실이 나타난다.

(나) 청구법인이 쟁점토지 취득 당시 처분청에 제출한 분할계획서에 의하면, 청구법인은 2022.4.1.을 분할기일, 2022.4.4.을 분할등기일(예정일)로 하여 이 건 분할법인으로부터 분할되었고, 쟁점토지는 승계대상 재산목록에 포함되어 있으며, 청구법인은 쟁점토지의 취득세 과세표준을 이 건 분할법인 및 청구법인의 장부가액(○○○원)으로 산정한 사실이 나타난다.

(다) 건축물대장에 의하면, 이 건 건축물은 연면적 64,032.6㎡, 지하 5층, 지상 14층 규모의 공장, 근린생활시설, 노유자시설용 일반건축물로서, 2021.9.13. 건축허가, 2021.12.10. 착공신고, 2024.9.13. 사용승인받았고, 청구법인이 이 건 건축물 취득세 신고당시 처분청에 제출한 이 건 건축물의 사용현황 명세표 및 사용계획서는 아래 ＜표3·4＞와 같다.

＜표3＞ 이 건 건축물 사용현황

(단위 : ㎡, %)

○○○

＜표4＞ 이 건 건축물 사용계획서

○○○

(라) 벤처확인종합관리시스템 조회자료에 의하면, 청구법인은 2022.8.17. 변경사항을 인수합병으로 하여 벤처기업으로 확인받은 사실이 나타나고, 그 유효기간은 2022.4.5.부터 2025.4.4.까지인 사실이 나타난다.

(마) 청구법인이 취득 당시부터 벤처기업집적시설로 사용하기 위하여 쟁점①토지를 취득하였다는 사실을 입증하기 위하여 제출한 서류는 다음과 같다.

1) A의 사업시행자인 경기도가 작성한 용지공급지침서에 의하면, 경기도는 복합용지인 쟁점토지상에 건축가능한 건축물의 용도를 아래 ＜표5＞와 같이 제한하였고, 청구법인은 이에 대하여 본인이 제조업을 영위하지 않아 도시형공장을 건설할 수 없고, 소프트웨어진흥시설 또한 벤처기업집적시설에 대한 감면대상이므로, 결과적으로 청구법인은 쟁점토지 위에 벤처기업집적시설에 대한 감면이 가능한 건축물만이 건축가능했다는 주장이다.

＜표5＞ 쟁점토지 지상 건축물의 용도규정

○○○

2) 벤처기업 집적시설 지정서에 의하면, 청구법인은 2024.9.6. 이 건 건축물 64,032.06㎡ 중 63,297.49㎡를 벤처기업집적시설로 지정받은 사실이 나타나고, 청구법인은 그 일부가 지정면적에 포함되지 않은 것은 공용면적의 배분차이라고 설명하였다.

3) 청구법인이 제출한 자료에 의하면, 처분청이 2025년 9월 벤처기업 집적시설 지정요건 충족여부에 관하여 확인하고, 청구법인에게 아래 ＜표6＞과 같이 그 검토결과를 회신(처분청 미래산업과-OOO)한 사실이 나타나고, 이 건 건축물이 벤처기업집적시설에 대한 연면적 및 입주기업수 등의 요건을 충족하였는지 여부에 관하여는 청구법인과 처분청 사이에 다툼이 없다.

＜표6＞ 벤처기업집적시설 검토 결과 회신문 주요내용

○○○

(바) 청구법인이 제출한 자료에 의하면, 이 건 건축물의 취득가액은 OOO원이고, 처분청은 2025.2.25. 이 건 건축물 1층에 명칭을 뭉게구름어린이집, 종류를 직장으로, 대표자를 청구법인 대표, 원장을 이순옥으로 하여 어린이집 인가증을 발급하였으며, 청구법인이 어린이집을 직접 운영하였는지 여부에 관하여는 청구법인과 처분청 사이에 다툼이 없다.

(사) 처분청이 제출한 자료에 의하면, 청구법인이 쟁점토지를 취득하고, 그 장부가액(○○○원)을 과세표준으로 하고 「지방세법」 제11조 제1항 제7호 나목의 표준세율(1천분의 40)을 적용하여 산출한 취득세 등 합계 OOO원(가산세 포함)을 기한후 신고·납부하였고, 2024.9.13. 쟁점토지 중 본점 사용부분(27.17%)에 대하여 「지방세법」 제13조 제1항의 본점사업용 부동산에 대한 중과세율(8%)을 적용하여 취득세 등 합계 OOO원을 수정신고·납부하였으며, 2024.11.12. 청구법인이 처분청에 쟁점감면조항, 지특법 제19조 제1항 및 지특법 제78조 제4항의 산업단지 감면을 적용해 달라는 취지로 경정청구를 하였으나, 처분청은 2024.12.26. 지특법 제78조 제4항의 산업단지 감면 부분만 인용하고, 나머지는 거부한 사실이 나타난다.

(2) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 먼저 쟁점①에 대하여 살펴본다.

(가) 쟁점①감면조항은 「벤처기업육성에 관한 특별조치법」에 따라 지정된 벤처기업집적시설을 개발ㆍ조성하여 분양 또는 임대할 목적으로 취득하는 부동산에 대해서는 취득세 및 재산세의 100분의 50을 각각 2023년 12월 31일까지 경감한다고 규정하고 있다.

조세법률주의의 원칙상 과세요건, 비과세요건 또는 조세감면요건을 막론하고 조세법규는 특별한 사정이 없는 한 법문대로 해석할 것이고 합리적 이유 없이 확장해석하거나 유추해석 하는 것은 허용되지 아니하며, 특히 감면요건 규정 가운데에 명백히 특혜규정이라고 볼 수 있는 것은 엄격하게 해석하는 것이 조세공평의 원칙에도 부합한다 할 것이다(대법원 2009.8.20. 선고 2008두11372 판결 등 다수).

(나) 청구법인은 벤처기업집적시설의 개발·조성을 목적으로 쟁점 ①토지를 취득하였으므로, 쟁점①감면조항에 따른 감면대상이라고 주장한다.

그러나, 쟁점①감면조항은 「벤처기업육성에 관한 특별조치법」에 따라 ‘지정된’ 벤처기업집적시설을 개발ㆍ조성하여 분양 또는 임대할 목적으로 취득하는 부동산에 대해서 취득세 및 재산세의 100분의 50을 경감하도록 규정하고 있는바, 해당 규정은 문언적으로 해당 부동산을 취득할 당시 이미 벤처기업집적시설로 지정이 되어 있을 것을 의미한다고 할 것이고(조심 2024지3598, 2025.7.2. 결정, 같은 뜻임),

「벤처기업육성에 관한 특별조치법」 제18조 제1항에서는 벤처기업집적시설을 설치하려는 자 등은 시·도지사 등으로부터 그 지정을 받을 수 있다고 규정하여 벤처기업집적시설을 설치하기 전에 미리 그 지정을 받은 후 벤처기업집적시설을 설치할 수 있도록 지원하고 있음에도, 청구법인은 2022.4.1. 쟁점①토지를 취득하고, 그 후인 2024.9.6. 이를 벤처기업집적시설로 지정받은 점,

이 건 분할법인이 쟁점토지를 분양받을 당시 작성된 용지공급지침서 등에 의하면, 쟁점토지는 「벤처기업 육성에 관한 특별조치법」에 의한 벤처기업 및 벤처기업집적시설 외에도 「산업집적활성화 및 공장설립에 관한 법률」 제2조에 의한 공장 및 지식산업센터, 「소프트웨어산업진흥법」 제5조에 의한 소프트웨어진흥시설, 근린생활시설 등으로 사용할 수 있었던 사실이 확인되는바, 청구법인은 사업시행자로서 쟁점①토지를 충분히 분양 또는 임대하여 「산업집적활성화 및 공장설립에 관한 법률」 제2조에 따른 공장 등의 용도로 사용할 수 있었고 실제로도 쟁점토지 중 청구법인이 직접 사용하지 않는 부분은 지특법 제78조 제4항에 따른 산업용 건축물 등에 대한 감면을 적용받았음에도, 청구법인이 쟁점①토지를 직접 사용하는 상황만을 전제하여 이를 벤처기업집적시설 용도로만 취득하였다고 단정하기 어려워 보이는 점 등에 비추어,

쟁점①토지는 공장 등으로 사용할 수 있는 상태에서 청구법인이 취득하였고, 취득 이후에 벤처기업집적시설로 지정받아, 「벤처기업육성에 관한 특별조치법」에 따라 지정된 벤처기업집적시설을 개발ㆍ조성하여 분양 또는 임대할 목적으로만 취득하였다고 보기 어려우므로, 처분청이 이에 대한 취득세 등의 경정청구를 거부한 처분은 달리 잘못이 없다고 판단된다.

(3) 쟁점②는 쟁점①이 기각되어 심리할 실익이 없으므로 이를 생략한다.

(4) 다음으로 쟁점③에 대하여 살펴본다.

(가) 쟁점②감면조항은 「영유아보육법」에 따른 어린이집으로 직접 사용하기 위하여 취득하는 부동산에 대해서는 취득세를 2024년 12월 31일까지 면제한다고 규정하고 있고, 지특법 제178조 제1항 제1호에서 부동산에 대한 감면을 적용할 때 이 법에서 특별히 규정한 경우를 제외하고는 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우 그 해당 부분에 대해서는 감면된 취득세를 추징한다고 규정하면서, 그 제1호에서 정당한 사유 없이 그 취득일부터 1년이 경과할 때까지 해당 용도로 직접 사용하지 아니하는 경우를 규정하고 있다.

(나) 위 조항에서 규정된 “정당한 사유”란 법령에 의한 금지·제한 등 그 법인이 마음대로 할 수 없는 외부적인 사유는 물론 고유업무에 사용하기 위한 정상적인 노력을 다하였음에도 시간적인 여유가 없어 유예기간을 넘긴 내부적인 사유도 포함하고, 정당한 사유의 유무를 판단함에 있어서는 입법취지를 충분히 고려하면서 당해 법인이 영리법인인지 아니면 비영리법인인지 여부, 토지의 취득목적에 비추어 고유목적에 사용하는 데 걸리는 준비기간의 장단, 고유목적에 사용할 수 없는 법령상·사실상의 장애사유 및 장애정도, 당해 법인이 토지를 고유업무에 사용하기 위한 진지한 노력을 다하였는지의 여부, 행정관청의 귀책사유가 가미되었는지 여부 등을 아울러 참작하여 구체적인 사안에 따라 개별적으로 판단하여야 할 것이다(대법원 2002.9.4. 선고 2001두229 판결 등 다수, 같은 뜻임).

(다) 처분청은 청구법인이 쟁점②토지를 유예기간 내에 해당 용도로 직접 사용하지 못한 정당한 사유가 있다고 보기 어렵다는 의견이다.

그러나, 청구법인은 이 건 분할법인이 2021년 4월 이 건 건축물의 건축공사에 착공한 상태에서 2022.4.1. 쟁점②토지를 승계받아 취득하고, 2023년 2월 토목공사, 2023년 12월 건축공사, 2024년 8월 부대토목공사 등을 완료하는 등 꾸준히 건축공사를 진행하여, 2024.9.13. 이 건 건축물을 사용승인 받은 점,

청구법인은 OOO원이라는 공사비를 투입하여 쟁점토지 지상에 지하 5층, 지상 14층 연면적 64,032.6㎡ 규모의 이 건 건축물의 신축공사를 진행하였고, 그 과정에서 건축공사 등을 게을리하거나 지체한 사실은 없는 것으로 보이는 점 등에 비추어,

청구법인은 쟁점②토지를 취득한 후 어린이집 용도에 사용하기 위하여 정상적이고 진지한 노력을 다하여, 쟁점②토지 취득일부터 1년이 경과할 때까지 해당 용도로 직접 사용하지 못한 정당한 사유가 있는 것으로 보이므로, 처분청이 이에 대한 취득세 등의 경정청구를 거부한 처분은 잘못이 있다고 판단된다.

4. 결 론

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 일부 이유 있으므로 「지방세기본법」제96조 제7항과 「국세기본법」제80조의2 및 제65조 제1항 제2호, 제3호에 의하여 주문과 같이 결정한다.

＜별지＞ 관련 법령

(1) 지방세법

제13조(과밀억제권역 안 취득 등 중과) ① 「수도권정비계획법」 제6조에 따른 과밀억제권역에서 대통령령으로 정하는 본점이나 주사무소의 사업용으로 신축하거나 증축하는 건축물(「신탁법」에 따른 수탁자가 취득한 신탁재산 중 위탁자가 신탁기간 중 또는 신탁종료 후 위탁자의 본점이나 주사무소의 사업용으로 사용하기 위하여 신축하거나 증축하는 건축물을 포함한다)과 그 부속토지를 취득하는 경우와 같은 조에 따른 과밀억제권역(「산업집적활성화 및 공장설립에 관한 법률」을 적용받는 산업단지ㆍ유치지역 및 「국토의 계획 및 이용에 관한 법률」을 적용받는 공업지역은 제외한다)에서 공장을 신설하거나 증설하기 위하여 사업용 과세물건을 취득하는 경우의 취득세율은 제11조 및 제12조의 세율에 중과기준세율의 100분의 200을 합한 세율을 적용한다.

(2) 지방세특례제한법(2021.12.28. 법률 제18656호로 개정된 것)

제19조(어린이집 및 유치원에 대한 감면) ① 「영유아보육법」에 따른 어린이집 및 「유아교육법」에 따른 유치원(이하 이 조에서 “유치원등”이라 한다)으로 직접 사용하기 위하여 취득하는 부동산에 대해서는 취득세를 2024년 12월 31일까지 면제한다.

제58조(벤처기업 등에 대한 과세특례) ①「벤처기업육성에 관한 특별조치법」에 따라 지정된 벤처기업집적시설 또는 신기술창업집적지역을 개발ㆍ조성하여 분양 또는 임대할 목적으로 취득(「산업집적활성화 및 공장설립에 관한 법률」 제41조에 따른 환수권의 행사로 인한 취득을 포함한다)하는 부동산에 대해서는 취득세 및 재산세의 100분의 50을 각각 2023년 12월 31일까지 경감한다. 다만, 그 취득일부터 3년 이내에 정당한 사유 없이 벤처기업집적시설 또는 신기술창업집적지역을 개발ㆍ조성하지 아니하는 경우 또는 부동산의 취득일부터 5년 이내에 벤처기업집적시설 또는 신기술창업집적지역의 지정이 취소되거나 「벤처기업육성에 관한 특별조치법」 제17조의3 또는 제18조제2항에 따른 요건을 갖춘 날부터 5년 이내에 부동산을 다른 용도로 사용하는 경우에 해당 부분에 대해서는 경감된 취득세와 재산세를 추징한다.

제178조(감면된 취득세의 추징) ① 부동산에 대한 감면을 적용할 때 이 법에서 특별히 규정한 경우를 제외하고는 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우 그 해당 부분에 대해서는 감면된 취득세를 추징한다.

1. 정당한 사유 없이 그 취득일부터 1년이 경과할 때까지 해당 용도로 직접 사용하지 아니하는 경우

2. 해당 용도로 직접 사용한 기간이 2년 미만인 상태에서 매각ㆍ증여하거나 다른 용도로 사용하는 경우

(3) 벤처기업육성에 관한 특별조치법(2021.7.27. 법률 제18358호로 개정된 것)

제18조(벤처기업집적시설의 지정 등) ① 벤처기업집적시설을 설치하거나 기존의 건축물을 벤처기업집적시설로 사용하려는 자는 대통령령으로 정하는 연면적 이상인 경우 시ㆍ도지사(「지방자치법」 제198조에 따른 서울특별시ㆍ광역시 및 특별자치시를 제외한 인구 50만 이상 대도시의 경우에는 그 시장을 말한다. 이하 이 조, 제18조의4 및 제26조에서 같다)로부터 그 지정을 받을 수 있다. 지정받은 사항을 변경하는 경우에도 또한 같다.

② 제1항에 따라 지정을 받은 벤처기업집적시설은 지정받은 날(건축 중인 건축물은 「건축법」 제22조에 따른 건축물의 사용승인을 받은 날을 말한다)부터 1년 이내에 다음 각 호의 요건을 갖추어야 한다.

1. 벤처기업 등 대통령령으로 정하는 기업이 입주하게 하되, 입주한 기업 중에서 벤처기업이 4개 이상(「수도권정비계획법」 제2조 제1호에 따른 수도권 외의 지역은 3개 이상)일 것

2. 연면적의 100분의 70(「수도권정비계획법」 제2조 제1호에 따른 수도권 외의 지역은 100분의 50) 이상을 벤처기업 등 대통령령으로 정하는 기업이 사용하게 할 것

3. 제2호에 해당하지 아니하는 지정 면적은 벤처기업집적시설 등 대통령령으로 정하는 시설이 사용하게 할 것

③ 시ㆍ도지사는 벤처기업을 지원하기 위하여 필요하다고 인정하면 벤처기업집적시설을 설치하거나 기존의 건축물을 벤처기업집적시설로 지정하여 벤처기업과 그 지원시설을 입주하게 할 수 있다.

④ 시ㆍ도지사는 벤처기업집적시설이 다음 각 호의 어느 하나에 해당하면 그 지정을 취소할 수 있다. 다만, 제1호에 해당하는 경우에는 그 지정을 취소하여야 한다.

1. 거짓이나 그 밖의 부정한 방법으로 지정받은 경우

2. 제1항이나 제2항에 따른 지정 요건에 맞지 아니하게 된 경우

⑤ 시ㆍ도지사는 제4항에 따라 벤처기업집적시설의 지정을 취소하려면 청문을 하여야 한다.

⑥ 제1항에 따른 지정신청과 그 밖에 지정에 관하여 필요한 사항은 대통령령으로 정한다.

(4) 벤처기업육성에 관한 특별조치법 시행령(2022.2.22. 대통령령 제32504호로 개정된 것)

제11조의9(벤처기업집적시설의 지정 요건 등) ① 법 제18조 제1항 전단에서 “대통령령으로 정하는 연면적”이란 건축물의 연면적(전용면적을 말한다. 이하 이 조에서 같다)이 600제곱미터 이상인 경우를 말한다. 다만, 건축물의 일부를 지정받으려는 경우에는 각 층 연면적의 100분의 50 이상을 지정대상에 포함하여야 한다.

② 법 제18조 제2항 제1호에서 “벤처기업 등 대통령령으로 정하는 기업”이란 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 기업을 말한다.

1. 법 제24조 제2항에 따라 계속 입주하고 있는 기업

2. 법 제25조에 따라 벤처기업으로 확인받은 기업

3. 「조세특례제한법 시행령」 제6조 제6항에 따른 지식기반산업을 경영하는 중소기업

4. 「산업집적활성화 및 공장설립에 관한 법률 시행령」 제6조 제2항에 따른 지식산업 또는 같은 조 제3항에 따른 정보통신산업을 경영하는 중소기업

5. 창업보육센터에 3년 이상 입주한 경력이 있는 중소기업

③ 법 제18조 제2항 제2호에서 “대통령령으로 정하는 기업”이란 제2항 각 호에 해당하는 기업을 말한다.

④ 법 제18조 제2항 제3호에서 “벤처기업집적시설 등 대통령령으로 정하는 시설”이란 다음 각 호의 시설을 말한다.

1. 제2조에 따른 지원시설

2. 공용회의실, 공동이용장비실 및 전시장 등 제2항에 따른 기업의 업무활동과 관련된 시설

3. 휴게실, 구내식당 및 체력단련실 등 제2항에 따른 기업의 종업원을 위한 후생복지시설

제11조의10(벤처기업집적시설의 지정신청 등) ① 법 제18조 제1항에 따라 벤처기업집적시설로 지정받으려는 자는 중소벤처기업부령으로 정하는 바에 따라 특별시장ㆍ광역시장ㆍ특별자치시장ㆍ도지사ㆍ제주특별자치도지사(「지방자치법」 제198조 제1항에 따른 서울특별시ㆍ광역시 및 특별자치시를 제외한 인구 50만 이상 대도시의 경우에는 그 시장을 말한다. 이하 “시ㆍ도지사”라 한다)에게 벤처기업집적시설의 지정신청을 하여야 한다. 지정받은 사항을 변경하려는 경우에도 또한 같다.

② 시ㆍ도지사는 제1항에 따라 벤처기업집적시설 지정신청을 받은 건축물이 제11조의9 제1항의 요건에 해당하면 벤처기업집적시설로 지정하고, 중소벤처기업부령으로 정하는 바에 따라 벤처기업집적시설 지정서를 발급해야 한다.