이유
1. 처분개요

가. 처분청은 청구법인이 2025년 재산세 과세기준일 현재 소유하고 있는, 서울특별시 OOO토지 1,917㎡(이하 “쟁점토지”라 한다)에 대하여 2025.9.11. 청구법인에게 재산세 등 합계 OOO원을 부과·고지하였고, 서울특별시 OOO토지 1,021.8㎡ 및 건축물 12,003.86㎡(이하 “쟁점부동산”이라 한다)에 대하여 2025.7.18. 및 2025.9.11. 청구법인에게 재산세(건축물, 토지) 등 합계OOO을 부과·고지하였다.

나. 청구법인은 이에 불복하여 2025.10.14. 심판청구를 제기하였다.

2.청구법인 주장 및 처분청 의견

가.청구법인 주장

(1) 쟁점토지는 과세기준일 현재 1년 이상 공공용으로 사용되고 있어 「지방세법」 제109조 제2항에 따라 재산세 비과세 대상에 해당한다.

쟁점토지는 청구법인의 소유이전 1988년도부터 계속하여 서울특별시 교육청이 소유한 국유재산으로서 관리되어 왔고, A 진입로로서 국가에 의해서 상당기간 동안 점유 및 관리되어 왔으며, 일반공중을 위해 사용되어온 부지로서, 청구법인이 2022년 서울특별시 교육청으로부터 매수한 이후에도 그 사용현황에 변동이 없다.

처분청이 2017년 지방의회에 보고한 ‘장기미집행 도시계획시설 현황에 대한 보고’ 문서에 따라 처분청은 쟁점토지를 적어도 10년이상 A을 이용하는데 부대적으로 필요한 ‘등산로’ 및 ‘A 진입로’로 인식하여 왔음을 알 수 있다.

처분청은 2013년도 공원이용객들에게 보다 쾌적하고 안전한 공원환경을 제공하기 위하여 쟁점토지에 계단 및 안전난간 등의 편의시설을 설치하였고, A 내에 게시되어 있는 A 안내도에 쟁점토지가 출입구로 표시되어 있을 뿐 아니라, 인근 주민들이 쟁점토지 개발 사업에 대하여 A이 위치한 매봉산 산책로 폐쇄에 대한 우려로 반대 의견을 표했던 사실이 있다.

따라서, 쟁점토지는 상당기간 일반 공중이 A을 이용하는 데에 부대적으로 필요한 시설(계단 등이 설치된 출입로 및 산책로)로 사용되어 왔고, 근린공원 접근로로서 일반 공중에게 자유로이 제공되어 왔으며, 처분청이 실질적인 점유와 관리의 주체이므로 쟁점토지는 과세기준일 현재 1년이상 공공용으로 사용되고 있어 「지방세법」 제109조 제2항에 따라 재산세 비과세 대상에 해당한다.

(2) 쟁점부동산은 학교 등이 해당 사업에 직접 사용는 부동산으로 재산세 면제 대상이다.

청구법인은 교육기관인 의과대학교와 부속병원의 행정을 조정 하기 위하여 산하에 ‘B 의료원’을 두고 있고, 의과대학 부속병원은 병원인 동시에 의료 교육기관에 해당하며, 쟁점부동산은 C병원 외의 장소에 별도로 설치한 의과대학의 교육·연구기관임에도 처분청이 의과대학 부속병원에서 이루어지고 있는 의과대학 본연의 교육 연구 활동을 부정하고, 쟁점부동산을 학교가 해당 사업에 직접 사용하는 부동산이 아니라 의과대학 부속병원이 의료업에 사용하는 부동산으로 보아 취득세의 100분의 50 감면 대상으로 하여 재산세 등을 부과한 처분은 부당하다.

의과대학 학생의 경우 본과 필수 이수강의시간 중 약 55%를 차지하는 임상실습과목을 모두 이수한 경우에만 의사 면허 시험에 응시할 수 있는바, 의과대학 부속병원의 설치 목적은 의사 양성 및 교육, 임상연구를 통한 의학 발전에 있으며, 이에 따라 의과대학 교수들은 진료시간(교수 1인당 주당 진료시간 10시간∼13시간) 외의 시간은 학술 연구 업무를 수행하고 있다.

청구법인은 의과대학 교수들이 연구 활동(임상 연구 및 논문 집필 등)에 집중할 수 있도록 쟁점부동산을 의과대학 교수들에게 연구실 등으로 제공하고 있고, 교수들은 여기에서 환자 진료 업무가 아닌 의과대학 학생들을 위한 수업 준비와 각종 연구 활동을 하고 있다.

실제로 의과대학 부속병원인 B C병원은 서울특별시 OOO에 소재하고 있고, 쟁점부동산은 병원에서 500m 정도 떨어진 곳(서울특별시 OOO)에 소재하고 있어, 병원 구내의 건축물에 해당하지 않는다.

쟁점부동산의 용도는 교수실, 비서실, 회의실, 실습강의실 및 의과대학 사무실 등으로, 쟁점부동산 내에는 외부인의 출입을 제한하는 보안장치가 설치되어 있고, 의료설비 등을 설치하지 않아 쟁점부동산에서 외래 환자의 진료를 보는 등 행위는 물리적으로 불가능하다.

학교 밖에 소재한 후생복지시설, 기숙사 등이 학교 용도에 직접 사용되는 부동산에 해당하는지 여부는 해당 부동산의 소재지가 아닌 “실제사용 관계”를 기준으로 판단하여야 할 것이므로(조심 2015지584, 2015.7.13.) 쟁점부동산이 학교(B) 내에 소재하고 있지 않다고 하더라도 그 시설이 교육연구시설에 해당하는 경우에는 학교 용도에 직접 사용한 것으로 보는 것이 타당하다.

쟁점부동산의 사용자인 의과대학 교수, 강사 등은 의과대학 소관하에 B 총장과 고용 계약을 체결한 후, 의과대학 학생들을 위한 강의와 병원에서의 진료 활동을 겸직하는 것으로 해당 교수 등이 C 병원에 소속되어 있다고 하더라도 이는 겸직하는 근무지가 C병원이라는 것을 의미하는 것으로, 이를 근거로 해당 교수들이 B 의과대학 교수 등에 해당하지 않는다는 것은 아니라 할 것인바, 쟁점부동산은 해당 교수들이 강의와 연구 등을 위한 교수실 등으로 사용하고 있는 건축물로서, 학교인 청구법인이 해당 사업(교육)에 직접 사용하는 부동산에 해당한다.

나. 처분청 의견

(1) 쟁점토지는 과세기준일 현재 1년 이상 공공용으로 사용되고 있지 아니하여 재산세 비과세 대상에 해당하지 아니한다.

쟁점토지는 등산객의 안전과 이용 편의를 위하여 설치한 것에 불과하고, 등산객의 편의를 위한 시설을 설치한 사실만으로 쟁점토지에 대하여 공용개시 행위가 있다고 볼 수 없으므로, 쟁점토지는 공공용으로 사용되는 토지에 해당하지 않는다.

또한, 공용 또는 공공용이란 공공단체 등 행정주체가 직접 일반 공중의 공동사용에 제공된 토지이거나 직접적으로 행정주체 자신의 사용에 제공된 토지를 말하는바, 등산하는 데 있어 자연발생적으로 형성된 등산로로서 일반인에게 관습적으로 제공되는 토지에 일반시민이 이용할 수 있는 편익시설 등을 설치한 것은 쟁점토지의 형상이나 여건상 부득이 일반인에게 무상으로 제공되어야 하는 특성을 지녔고, 처분청이 편의시설 등을 설치하였다고 해서 직접적으로 행정주체 자신의 사용에 제공된 토지로 보기 어려운바 재산세 비과세대상으로 볼 수 없다.

더불어, 국가나 지방자치단체가 사용 권한을 가지고 직접적으로 공공용으로 사용하거나 관리하고 있는 경우에만 재산세 비과세 대상이라 할 것이고, 이는 재산세 과세기준일 현재 1년 이상 계속하여 공용 또는 공공용으로 실제 사용하였거나 사용할 것이 국가 등과 체결한 약정 등에 의하여 입증되어야 할 것인데, 청구법인은 처분청과 어떠한 약정을 체결한 사실도 없으며 이를 확인할 수 있는 계약서 등이 제출되지 아니한 점 등에 비추어 쟁점토지는 재산세 비과세 대상에 해당하지 않는다.

(2) 쟁점부동산은 의과대학 부속병원에서 사용하기 위하여 취득하는 부동산에 해당한다.

학교법인이 교육사업 자체에 사용하는 부동산이란「사립학교법」 규정에 따라 관할 교육청에 교육용 기본재산으로 등재되어야 함은 물론, 그 학교법인이 설치·경영하는 사립학교의 교지, 교사, 체육장 등과 같이 당해 토지의 사용용도가 그 법인의 교육사업 자체에 ‘직접’사용되는 것으로만 한정하여야 할 것인바(조심 2016지609, 2016. 9. 9. 참조),

청구법인의 정관, 언론보도자료 및 청구법인이 제출한 소명자료 등을 통해 확인한 사실에 따르면, 쟁점부동산은 정관상 C병원의 건물 일부에 해당하는 점, C병원의 진료 및 환자 편의공간 확보를 위해 신축된 점, 봉헌식 이후 C병원에 위치한 교수연구실을 이전한 점, 쟁점부동산의 사용자가 C병원 소속 대학교수, 강사 및 진료 교수인 점, 쟁점부동산이 C병원에서 근무하는 교수실 등으로 구성된 점 등으로 비추어 볼 때 쟁점부동산은 의과대학 부속병원에서 사용하기 위하여 취득하는 부동산에 해당한다.

따라서, 청구법인이 취득한 쟁점부동산에 대해「지방세특례제한법」제41조 제7항에 따른 재산세 50% 감면을 적용하여 재산세 등을 과세한 처분은 정당하다.

3. 심리 및 판단

가. 쟁점

① 쟁점토지가 「지방세법」 제109조 제2항에 따라 재산세 비과세 대상에 해당하는지 여부

② 쟁점부동산이 학교 등이 해당 사업에 직접 사용로 보아 재산세 면제 대상에 해당하는지 여부

나. 관련 법령 : ＜별지＞기재

다. 사실관계 및 판단

(1) 청구법인과 처분청이 제출한 심리자료에 의하면, 다음과 같은 사실이 나타난다.

(가) 쟁점토지는 C병원과 OOO교 사이에 위치한 임야로, 서울특별시 교육청이 1988년도부터 34년간 소유하여 국유재산으로 관리되던 토지로서, 인근 주민들의 OOO내 A을 이용하기 위한 출입로 및 등산로로 사용되고 있다.

(나) 청구법인은 C병원 증축을 위해 2022년에 쟁점토지를 취득하였고, 서울특별시 도시관리계획결정(서울특별시 고시 OOO)에 따라, 폭 4m이상의 공공보행통로 및 도곡중 소방도로로 조성할 예정이었다.

(다) 현재는 C병원 증축이 교육청 및OOO귀책 사유 등의 외부적인 사유로 지연됨에 따라 착공조차 되지 않은 채 종전 교육청 소유 부지였을 때와 동일하게 사용되고 있다.

(라) 쟁점토지는 아래와 같이 A 내에 게시된 종합안내도에 출입구로 표시되어 있고, 처분청은 쟁점토지에 등산객 편의를 위해 데크계단 및 안전난간을 설치하여 운영하고 있다.

＜쟁점토지 현황＞

○○○

(마) 쟁점토지는 1980.3.27. 도시계획시설 결정·고시에 따라, 도로로 결정되었으나, 현황은 등산로로서 A 진입로로 이용되고 있어 장기간 미집행되고 있다고 보고 되었다[처분청의 2017년 지방의회 보고자료(장기미집행 도시계획시설 현황에 대한 보고 문서)].

(바) 서울특별시 교육청 공유재산관리계획안 검토보고 자료에의하면, 쟁점토지 매각에 대하여 지역주민들은 산책로 폐쇄를 이유로 반대의견을 제시한 것으로 나타난다.

(사) 「지방세법」제109조 제2항은 2018.12.31. 아래와 같이 개정되었다.

○○○

(아) 청구법인은 서울특별시 OOO에 B 의과대학 부속병원인 C병원을 설치·운영하고 있다.

(자) 청구법인이 제출한 쟁점부동산의 사용 현황과 현장사진을 보면, 출입구에 ‘외부인 출입금지’라는 안내문이 있고, 각 호실의 출입구에는 교수실로 사용하는 교수의 명패 또는 B 소속 학과의 실습실이라는 명패가 부착되어 있으며, 그 사용 현황은 쟁점부동산의 신축 후부터 현재까지 동일한 것으로 보인다.

＜쟁점부동산 층별 사용 현황＞

○○○

(차) 청구법인의 정관 제96조 제7항 제2호를 보면 B 의과대학 C병원의 소재지를 서울특별시 OOO, OOO,OOO,OOO,OOO,OOO,OOO(총 7곳)로 기재하고 있는데 그 중 OOO이 쟁점부동산(C병원 교수연구동)의 소재지이다.

(카) 처분청은 쟁점부동산을 B 의과대학병원이 의료업에 사용하는 부동산으로 보아 재산세 50% 감면을 적용하여, 2019년～2023년 재산세 등을 부과하였고, 청구법인은 이에 불복하여 2024.6.4. 심판청구를 제기하였으며, 우리 원은 2025.12.29. 쟁점부동산을 학교가 해당 사업에 직접 사용하기 위하여 취득하는 부동산으로 보아 재산세를 면제하는 것으로 결정하였다(조심 2024지1349, 2025.12.29.).

(2) 이상의 사실관계 및 관련 법률 등을 종합하여 이 건에 대하여 살펴본다.

(가) 쟁점①의 경우, 처분청은 쟁점토지를 「지방세법」 제109조 제2항에서 규정하는 재산세 비과세 대상에 해당하지 아니한다는 의견이나, 「지방세법」 제109조 제2항에서 재산세 비과세 대상을 국가, 지방자치단체 또는 지방자치단체조합이 1년 이상 공용 또는 공공용으로 사용(1년 이상 사용할 것이 계약서 등에 의하여 입증되는 경우를 포함한다)하는 재산에 대하여는 재산세를 부과하지 아니하나, 이를 유료로 사용하거나 소유권의 유상이전을 약정한 경우로서 그 재산을 취득하기 전에 미리 사용하는 경우는 제외하도록 규정하고 있는바, 쟁점토지는 C병원과 OOO교 사이에 위치한 임야로, 서울특별시 교육청이 1988년도부터 34년간 소유하여 국유재산으로 관리되던 토지로서, 처분청은 2013년도 쟁점토지에 등산객 편의를 위해 데크계단 및 안전난간을 설치하여 OOO내 A을 이용하는 불특정 다수인의 출입로 및 등산로로 이용되고 있는 점, 처분청은 「지방세법」 제109조 제2항에서 규정하는 재산세 비과세 대상을 부동산 소유자와 국가 등이 체결한 약정서가 반드시 필요하다는 의견이나, 해당 조문은 2018.12.31. 국가 등이 1년 이상 공용 또는 공공용으로 사용할 것이 계약서 등에 의하여 입증되는 경우를 포함하도록 개정되었는바, 그 개정취지는 국가 등이 부동산 소유자로부터 부동산을 공용 또는 공공용으로 사용하고자 계약을 체결하였으나 이를 공용 또는 공공용으로 사용하지 아니할 경우에도 계약서 등에 의하여 입증되는 경우를 포함하여 재산세를 비과세하겠다는 취지로 보이는 점, 쟁점토지는 1988년도부터 서울특별시 교육청이 소유한 국유재산으로서 관리되어 왔고, A 진입로로서 국가에 의해서 상당기간 동안 점유 및 관리되어 왔으며, 일반공중을 위해 사용된 부지로서, 청구법인이 2022년 서울특별시 교육청으로부터 매수한 이후에도 그 사용현황에 변동이 없는 점, 청구법인은 쟁점토지를 C병원 증축 등을 위하여 취득하였으나, 인근 주민들이 쟁점토지 개발사업에 대하여 A이 위치한 매봉산 산책로 폐쇄에 대한 우려로 반대 의견을 처분청에 제시하여 개발사업을 진행하고 있지 못하고 있는 점, 처분청이 2017년 지방의회에 보고한 장기미집행 도시계획시설 현황에 대한 보고서에 의하면, 처분청은 쟁점토지를 10년 이상 A을 이용하는데 부대적으로 필요한 등산로 및 A 진입로로 인식한 것으로 나타나는 점 등에 비추어 쟁점토지는 「지방세법」 제109조 제2항에서 규정하는 재산세 과세기준일 현재 1년 이상 공공용으로 사용되고 있는 재산에 해당하므로 쟁점토지에 대하여 재산세를 비과세하는 것이 타당하다고 판단된다.

(나) 쟁점②의 경우, 처분청은 쟁점부동산을 학교가 해당 사업에 직접 사용하는 부동산으로 볼 수 없다는 의견이나, 쟁점부동산 중 B 학생들이 사용하는 실습실은 당연히 학교 용도에 직접 사용하는 것에 해당하고, B 의과대학의 교수 또는 전임교원들이 사용하는 연구실도 학교의 용도에 직접 사용하는 것으로 보는 것이 타당한 점(행정자치부 제2004-286, 2004.9.23.), 쟁점부동산이 의과대학 부속병원이 의료업에 직접 사용하는 부동산에 해당하려면 의료인이 의료행위를 할 수 있도록 공중 또는 특정 다수인에게 개방되어야 하고 의료행위를 할 수 있는 시설을 갖추어야 하는데 쟁점부동산은 여기에 해당하지 않는다고 보이는 점, 처분청은 쟁점부동산을 B 의과대학병원이 의료업에 사용하는 부동산으로 보아 재산세 50% 감면을 적용하여 2019년～2023년 재산세 등을 부과하였고, 청구법인은 이에 불복하여 2024.6.4. 심판청구를 제기하였으며, 우리 원은 2025.12.29. 쟁점부동산을 학교가 해당 사업에 직접 사용하는 부동산으로 보아 재산세를 면제하는 것으로 결정(조심 2024지1349, 2025.12.29.)한 점 등에 비추어, 처분청이 쟁점부동산을 학교가 해당 사업에 직접 사용하는 부동산에 해당하지 않는다고 보아 재산세 등을 부과한 처분은 잘못이 있다고 판단된다.

4. 결론

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 있으므로「지방세기본법」제96조 제7항과「국세기본법」제80조의2 및 제65조 제1항 제3호에 의하여 주문과 같이 결정한다.

＜별지＞ 관련 법령

(1) 지방세법(2018.12.31. 법률 제16194호로 개정되기 전의 것)

제109조(비과세) ② 국가, 지방자치단체 또는 지방자치단체조합이 1년 이상 공용 또는 공공용으로 사용하는 재산에 대하여는 재산세를 부과하지 아니한다. 다만, 유료로 사용하는 경우에는 재산세를 부과한다.

(2) 지방세법(2018.12.31. 법률 제16194호로 개정된 것)

제109조(비과세) ② 국가, 지방자치단체 또는 지방자치단체조합이 1년 이상 공용 또는 공공용으로 사용(1년 이상 사용할 것이 계약서 등에 의하여 입증되는 경우를 포함한다)하는 재산에 대하여는 재산세를 부과하지 아니한다. 다만, 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우에는 재산세를 부과한다.

1. 유료로 사용하는 경우

2. 소유권의 유상이전을 약정한 경우로서 그 재산을 취득하기 전에 미리 사용하는 경우

(3) 지방세특례제한법

제41조(학교 및 외국교육기관에 대한 면제) ② 학교등이 과세기준일 현재 해당 사업에 직접 사용하는 부동산(대통령령으로 정하는 건축물의 부속토지를 포함한다)에 대해서는 재산세(「지방세법」제112조에 따른 부과액을 포함한다) 및 「지방세법」제146조 제3항에 따른 지역자원시설세를 각각 2027년 12월 31일까지 면제한다. 다만, 수익사업에 사용하는 경우와 해당 재산이 유료로 사용되는 경우의 그 재산 및 해당 재산의 일부가 그 목적에 직접 사용되지 아니하는 경우의 그 일부 재산에 대해서는 면제하지 아니한다.

⑦ 제1항부터 제6항까지의 규정에도 불구하고 「고등교육법」 제4조에 따라 설립된 의과대학(한의과대학, 치과대학 및 수의과대학을 포함한다)의 부속병원이 의료업에 직접 사용하기 위하여 취득하는 부동산에 대해서는 취득세를, 과세기준일 현재 의료업에 직접 사용하는 부동산에 대해서는 재산세를 다음 각 호에서 정하는 바에 따라 각각 경감한다.

1. 2027년 12월 31일까지 취득세의 100분의 30(감염병전문병원의 경우에는 100분의 40)을, 재산세의 100분의 50(감염병전문병원의 경우에는 100분의 60)을 각각 경감한다.