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심판청구
쟁점연구시설을 중과세율 적용 대상인 본점에 해당한다고 볼 수 있는지 여부
조심 2023지3668생산일자 2026-03-20
AI 요약
요지
청구법인의 상품기획팀 및 구매팀의 본점 소속 직원이 쟁점연구시설의 연구원을 겸하고 있어 쟁점연구시설을 관련 법령에 따라 연구개발 활동만을 전담하는 장소로 보기 어려우므로, 쟁점연구시설의 업무활동은 청구법인이 영위하는 사업에 관한 주요한 의사결정 및 주된 영업활동과 연관되는 업무수행이라고 볼 수 있음.
상세내용

이유
1. 처분개요

가. 청구법인은 기업연구소용 건축물(연면적 5,951.92㎡, 이하 “쟁점건축물”이라 한다) 신축을 위하여 2017.4.12. AAA일반산업단지 내 서울특별시 강서구 OOO 토지 1,361㎡(이하 “쟁점토지”라 하고, 쟁점건축물과 함께 “쟁점부동산”이라 한다)를 서울주택도시공사(이하 “SH”라 한다)로부터 분양받아 취득하였다.

나. 청구법인은 2018.9.1. 쟁점토지 지상에 쟁점건축물을 착공하고, 2020.3.30. 쟁점건축물을 신축한 후, 2020.5.18. 그 취득가액 OOO원을 과세표준을 하여 쟁점부동산 중 연구소용으로 사용하는 부분(이하 “쟁점연구시설”이라 한다)의 면적에 대하여 감면(75%)을 적용한 취득세 등 합계 OOO원을, 쟁점부동산 중 본점 사무실로 사용하는 부분을 본점용 부동산으로 보아 해당 면적에 대하여 「지방세법」제13조 제1항에 따른 중과세율을 적용한 취득세 등 합계 OOO원을 신고·납부하였다.

다. 이후 처분청은 2022.6.27.~2022.7.8. 기간 동안 청구법인에 대한 세무조사를 실시하였고, 그 결과 쟁점연구시설이 본점용 부동산으로서 중과세율 적용 대상에 해당한다고 보아, 2022.7.28. 청구법인에게 쟁점연구시설에 대하여 취득세 등 합계 OOO원(이하 “이 건 취득세”라 한다)을 부과·고지하였다.

라. 청구법인은 이에 불복하여 2022.10.21. 이의신청을 거쳐 2023.5.2. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구법인 주장 및 처분청 의견

가. 청구법인 주장

쟁점연구시설은 「지방세법」제13조 제1항의 “본점 사업용 부동산”에 해당하지 않으므로 본점 중과세율 적용대상이 되지 않는다.

(1) 대법원 판례(2020.10.15. 선고 2020두41832 판결)에 따르면, 법인의 주요한 의사결정 및 경영, 인사, 재무, 총무, 기획 등 관리행위가 이루어지는 장소가 아니면 본점용 사무소로 사용되는 것이라 할 수 없고, 특히 연구활동이 주된 업종인 회사가 아닌 경우, 연구활동이 법인의 주요한 의사결정에 포함된다고 할 수 없어 연구기능이 경영·인사 등 관리행위에 해당한다고 볼 수 없으므로, 쟁점연구시설은 중과세율 적용 대상이 되는 본점 사업용 부동산에 해당하지 않는다.

또한, 대법원 판례(대법원 2016.1.14. 선고 2014두8896 판결)에서 “법인의 사업수행에 필요한 중요한 관리 및 상업적 결정이란 법인의 장기적인 경영전략, 기본 정책, 기업재무와 투자, 주요 재산의 관리·처분, 핵심적인 소득창출 활동 등을 결정하고 관리하는 것을 말하고, 법인의 실질적 관리장소가 어디인지는 이사회 또는 그에 상당하는 의사결정기관의 회의가 통상 개최되는 장소, 최고경영자 및 다른 중요 임원들이 통상 업무를 수행하는 장소, 고위 관리자의 일상적 관리가 수행되는 장소, 회계서류가 일상적으로 기록·보관되는 장소 등의 제반 사정을 종합적으로 고려하여 구체적 사안에 따라 개별적으로 판단하여야 한다”고 판단하고 있다.

쟁점연구시설이 법인의 장기적인 경영전략, 기본 정책, 기업재무와 투자, 주요 재산의 관리·처분, 핵심적인 소득창출 활동 등을 결정하고 관리하고 있다거나, 최고경영자 및 다른 중요 임원들이 통상 업무를 수행하는 장소, 고위 관리자의 일상적 관리가 수행되는 장소, 회계서류가 일상적으로 기록·보관되는 장소라는 점을 처분청이 입증할 수 없다면, 그 직무상·물리적 공간상 완전히 분리된 별도의 조직인 연구시설을 본점 사업용 부동산이라고 보아 중과세 추징을 할 수 없는 것이다.

청구법인은 화장품 제조 및 판매를 주요 사업으로 영위하는 영리법인으로서 연구개발을 사업의 주된 목적으로 하고 있지 않고, 쟁점연구시설 조직은 상품기획팀 및 디자인팀으로서 직무상·공간상으로도 회사의 주요 의사결정 및 관리행위를 수행하는 관리팀, 영업팀 등과 완전히 구분되므로, 쟁점연구시설은 청구법인의 주요한 의사결정 및 관리행위의 주체가 될 수 없다.

(2) 쟁점연구시설은 「기초연구진흥 및 기술개발지원에 관한 법률」(이하 “기초연구법”이라 한다)에 따라 인정된 기업부설연구소로서 청구법인의 연구개발활동을 통한 매출이 발생하지 않고 있고, 제품을 자체 제조·생산하는 기업은 제품의 성능을 향상시키기 위한 연구개발 등의 업무가 당연히 수반되고 영리기업의 이러한 연구결과물이 제품의 품질을 향상하고 고객을 창출하며 이를 통한 매출 증대와 사업성과 달성으로 이어지는 것이 사회통념상 타당하며, 사업화를 염두에 두지 않고 연구개발을 진행하는 영리회사가 존재할 수 없다는 점은 상식적으로 당연한 것이다.

나. 처분청 의견

(1) 쟁점연구시설은 청구법인의 주된 사업인 화장품 제조·생산·판매를 위한 신제품 용기 디자인 개발을 위한 업무를 수행하고 있고, 그 연구개발로 제품화한 결과물로 홈쇼핑 등을 통하여 제품을 판매하고 있으므로, 쟁점연구시설은 청구법인의 목적사업을 지속적으로 영위하기 위한 주요한 업무수행이 이루어지는 장소이므로 본점의 사무소에 해당한다.

(가) 「지방세법(2019.12.31. 법률 제16855호로 개정된 것)」제13조 제1항 및 같은 법 시행령(2016.11.29. 대통령령 제27619호로 개정된 것) 제25조에서 「수도권정비계획법」제6조에 따른 과밀억제권역에서 법인의 본점 또는 주사무소의 사무소로 사용하는 신·증축 건축물과 그 부속토지 및 그 부대시설용 부동산(기숙사, 합숙소, 사택, 연수시설, 체육시설 등 복지후생시설과 예비군 병기고 및 탄약고 제외)을 취득하는 경우의 취득세율은 제11조의 세율에 중과기준 세율의 100분의 200을 합한 세율을 적용한다고 규정하고 있다.

법원은 위 규정에서 말하는 본점의 사무소로 사용하는 부동산에 대하여 “본점 사무소로 사용하는 부동산이라 함은 ① 법인이 영위하는 사업에 관한 주요한 업무수행, ② 법인이 영위하는 사업에 관한 주요한 의사결정과 ③ 경영, 인사, 재무, 총무, 기획 등 관리행위가 이루어지는 장소를 말한다고 볼 수 있고, 반면 본점의 사무소와 함께 설치되었더라도 본점에서 이루어지는 주요한 업무수행·의사결정, 관리행위 등과 구분되는 단순하고 부수적인 행위나 사실적 행위 또는 대외적으로 제품 및 서비스를 제공하거나 영업활동 등이 이루어지는 장소는 본점의 사무소에 해당한다고 보기 어렵다”고 판시하였다(대법원 2020.10.15. 선고 2020두41832 판결, 서울고등법원 2020.5.22. 선고 2019누53893 판결, 같은 뜻임).

(나) 최근 판례(서울고등법원 2022.6.7. 선고 2021누60825 판결)에서 “법인이 마곡산업단지에 속한 토지상에 신축한 산업용 건축물에 대하여 원고의 임원실, 각 사업본부의 소속 부서가 사용하는 사무실이 위치하여 대표이사를 포함한 임직원이 상주하면서 법인 전체의 사업수행에 필요한 중요한 관리행위 및 의사결정, 연구 및 실험 행위가 이루어지는 곳이므로 실제로 원고 본점의 사업용 시설로 사용되고 있는 점 등을 보면 「지방세법」 제13조 제1항 전단의 적용을 배제할만한 사정이 있다고 보기 어렵다”고 판단하면서 “법인의 사업수행으로서 연구 및 실험 행위가 이루어지는 장소는 법인의 주요한 업무수행으로서 본점의 사무소에 해당한다”고 판시하였다.

대법원 판결(대법원 2023.3.16. 선고 2022두66088 판결)에서도 “원고는 기업부설연구소가 본점용 부동산에 해당하지 않음을 전제로 이 사건 부동산이 기업부설연구소의 부대시설로도 사용되기 때문에 이 사건 부동산 중 기업부설연구소 전용면적이 차지하는 비율 상당 부분은 본점용 부동산의 취득으로 볼 수 없어 일반세율이 적용되어야 한다고 주장하나, 이 사건 사업장은 공업지역 내 공장과 임대부동산 등을 제외하고는 나머지 전체가 유기적으로 결합되어 본점으로서 중추적인 의사결정을 수행하는 역할을 하는 것으로 보이는 점, 이 사건 기업부설연구소가 별도의 연구단지로 구획되어 있는 것이 아니라 이 사건 사업장 내에 함께 존재하는 점 등에 비추어 보면, 이 사건 기업부설연구소는 법인의 본점 또는 주사무소의 사무소로 사용하는 부동산 또는 그 부대시설용 부동산의 범주에 포함된다고 봄이 타당”하다고 판시하면서, 기업의 연구활동은 그 기업이 영위하는 사업과 유기적으로 결합된 주요한 업무수행으로서 기업의 주요한 의사결정을 수행하는 역할을 하고 있고 그러한 연구활동이 이루어지는 연구시설은 본점 사업용 부동산에 해당한다는 판단기준을 제시하고 있다.

(2) 쟁점연구시설은 본점 업무시설과 유기적으로 결합되어 중추적 인 의사결정을 수행하는 본점 사무소에 해당한다.

(가) 청구법인은 화장품 제조·판매업을 영위하는 법인으로서 상품기획팀에서 신제품을 기획하여 외주업체에 성분배합 등을 요청하는 방법으로 제품을 개발하고, 디자인팀에서 해당 제품에 최적화된 제품용기 및 디자인 등을 개발함으로써 상품화한 후, 구매팀을 통하여 ODM방식으로 제품을 생산하여 홈쇼핑이나 인터넷쇼핑몰에서 판매하고 있고, 특히 디자인팀, 상품기획팀 및 구매팀 소속 직원들이 기업부설연구소의 연구원으로 구성되어 있는바, 연구개발활동 외 기업업무를 수행하고 있는 위 상품기획팀 및 구매팀 소속 직원이 연구보조원으로서 연구보조업무를 겸하고 있는 연구개발활동은 청구법인이 영위하는 사업에 관한 주요한 의사결정 및 주된 영업활동과 직결되는 주요한 업무수행이라 할 것이다.

쟁점연구시설의 연구개발활동은 신제품의 용기 디자인 개발 등을 위해 수행하는 활동으로서, 그 연구 산출물을 토대로 제품 라인업 구성 등의 주요의사결정을 하고 있고, 종국에는 화장품 시장에서 지속적인 영향력을 확보하고 제품 매출실적을 증가시키고 있으며, 신제품 개발을 위한 필수불가결한 기업활동으로서 장기간의 시행착오가 수반되는 지식·기술집약적인 기업활동에 해당된다 할 수 있다.

(나) 쟁점연구시설은 단순하고 부수적인 행위나 사실적 행위 또는 대외적으로 제품 및 서비스를 제공하거나 영업활동 등이 이루어지는 장소에 해당하지 않고, 업무시설과 유기적으로 결합된 본점으로서 중추적인 의사결정을 수행하는 역할과 함께 청구법인의 주된 사업인 화장품 제조·생산·판매에 관한 주요한 업무수행 등이 이루어지는 장소로서 ‘본점 사무소’로 봄이 타당하다.

(3) 청구법인이 원용하는 대법원 판결들은 「지방세법」제13조 제1항에서 본점용 부동산에 해당하는지 여부가 쟁점인 이 건에 적용할 수 없는 판례이다.

(가) 청구법인이 원용하고 있는 판례(대법원 2020.10.15. 선고 2020두41832 판결)에서 법원이 “주요한 의사결정 및 업무수행과 관리행위가 이루어지는 장소”를 본점의 사무소라고 명백히 밝히고 있음에도 “주요한 의사결정과 관리행위가 이루어지는 장소”만으로 한정하여 본점 판단 기준을 제시하고 있는 것으로 왜곡하고 있는바, 이에 근거한 청구법인의 주장은 잘못된 것이다.

다른 대법원 판결(대법원 2016.1.14. 선고 2014두8896 판결)은 구 법인세법(2010.12.30. 법률 제10423호로 개정되기 전의 것) 제1조 제1호 및 제3호와 관련하여 내국법인과 외국법인을 구분하는 기준의 하나인 ‘실질적 관리장소’에 대한 판단기준을 제시한 것으로서 쟁점이 다르므로 이 건에 원용할 수 없다.

(나) 오히려 청구법인이 한국산업기술진흥협회에 매년 보고한 “연구개발활동조사표”에 따르면, 쟁점연구시설은 청구법인이 생산·판매하는 화장품 신제품의 용기 디자인 등을 개발하고 있음이 확인되고, 이러한 연구개발 실적만으로도 쟁점연구시설에서 이루어지는 연구활동이 청구법인이 영위하는 사업에 관한 주요한 업무수행에 해당한다는 것이 충분히 입증되므로, 쟁점연구시설은 본점용 부동산에 해당한다.

따라서, 쟁점부동산은 전체가 유기적으로 결합되어 본점으로서 청구법인의 중추적인 의사결정 및 주요한 업무수행이 이루어지는 장소이므로, 쟁점연구시설은 취득세 중과대상 본점 사업용 부동산에 해당한다.

3. 심리 및 판단

가. 쟁점

쟁점연구시설을 중과세율 적용 대상인 본점에 해당한다고 볼 수 있는지 여부

나. 관련 법령 등 : <별지> 기재

다. 사실관계 및 판단

(1) 청구법인과 처분청이 제시한 심리자료에 의하면 다음과 같은 내용이 나타난다.

(가) 청구법인은 2011.2.9. OOO를 본점 소재지로 하고, 화장품 제조 및 판매 등을 목적사업으로 하여 설립된 법인이며, 2020.3.20. 본점 소재지를 쟁점건축물이 있는 서울특별시 강서구 OOO으로 이전하였다.

(나) 청구법인은 청구법인 내 화장품 용기 등을 디자인하는 디자인연구소로 쟁점연구시설을 설치하고, 2014.10.20. 기초연구법에 따른 기업부설연구소로 인정(연구분야: 산업디자인, 화장품·생활용품 관련 제품·용기 디자인)을 받았으며, 2021.6.7. 한국산업기술진흥협회로부터 ‘기업부설연구소 변경신고 처리완료’ 통지를 받은 것으로 확인된다.

(다) 청구법인은 2020.3.30. 쟁점토지 지상에 쟁점건축물(지하 2층~지상 7층, 연면적 5,951.92㎡)을 신축하고, 2020.5.18. 그 취득가액인 OOO원을 과세표준을 하여, 쟁점연구시설(지상 3층~5층, 2,799.56㎡)에 대하여 감면(75%)을 적용한 취득세 등 합계 OOO원을, 본점용 사무실(지상 1층~2층, 6층~7층, 3,152.36㎡)에 대하여 중과세율을 적용한 취득세 등 합계 OOO원을 아래와 같이 신고·납부하였다.

<표1> 1차 취득세 신고내역

(단위 : 원)

○○○

※쟁점토지 중 일부 부속토지(720.84㎡)에 대하여 산업용 건축물의 다른 용도 사용(지특법 제78조 제5항)에 따른 감면세액 추징사유가 발생하여 본점 중과세율을 적용한 취득세 등 합계 OOO원을 추가 신고·납부함

(라) 청구법인은 2020.3.20. 본점 사무실을 OOO에서 쟁점건축물로 이전하였고, 쟁점연구시설 또한 쟁점건축물의 3~5층으로 이전하였으며, 쟁점건축물 지상 1층 일부(318.79㎡)에 ‘연구성과홍보관’을 설치하였다.

(마) 청구법인이 제출한 자료에 의하면, 조직도, 팀별 업무분장, 건축물 사용현황 및 연구개발비 등의 내용은 아래와 같다.

1) 청구법인은 2022.6.16. 현재 해당 목적사업을 영위하기 위하여 다음과 같이 조직을 구성하고 있다.

<표2> 청구법인 조직도

○○○

2) 청구법인의 팀별 업무분장 내용은 아래와 같고, 쟁점연구시설이 있는 디자인팀의 업무는 ‘신제품 개발(3D 및 2D 디자인, 제품 촬영 진행 등), 사후 제품관리(사양조정 등)’인 것으로 나타난다.

<표3> 청구법인 업무분장

○○○

3) 청구법인이 제출한 건축물 사용현황 자료에 따르면, 쟁점건축물은 지상 2층에는 디자인(ODM 샘플) 작업실을, 지상 3층에는 디자인(이미지) 작업실을, 지상 4층에는 디자인(기획) 작업실을, 지상 5층에는 신규상품 기획총괄 및 제품 디자인 제작총괄 사무실을, 지상 1층 및 지상 6층~지상 7층에는 홍보관·대표실·사무실을 배치하고 있는 것으로 나타난다.

4) 청구법인이 제출한 직원 현황자료에 의하면, 쟁점연구시설의 연구인력은 총 10명이고, 이 중 연구전담요원은 4명(실장 1명 및 디자인팀 직원 3명)이며, 연구보조원은 6명(상품기획팀 4명 및 구매팀 2명)으로 구성되어 있는 것으로 나타난다.

5) 청구법인이 제출한 법인세 세무조정계산서 자료에 따르면, 청구법인의 최근 3년간 연구개발비용은 아래와 같다.

<표4> 청구법인의 최근 3년 연구개발비용

○○○

(바) 청구법인이 한국산업기술진흥협회에 보고한 ‘연구개발활동조사표’에 따르면, 청구법인의 연구과제로 ‘용기 디자인 개발’이라는 내용이 확인되고, 처분청은 이를 청구법인 사업의 주요한 업무수행에 해당한다는 의견이다

<표5> 청구법인의 연구개발활동조사표

○○○

(사) 처분청은 2022.6.27.~2022.7.8. 기간 동안 청구법인에 대한 세무조사를 실시하였고, 당시 처분청이 확인한 쟁점건축물 현황에 따르면, 쟁점건축물의 지상 2층~4층에 대한 사용현황이 청구법인이 주장한 쟁점연구시설이 아니고, 해당 면적도 상이한 것으로 나타난다.

<표6> 처분청 세무조사 결과

○○○

(아) 처분청은 쟁점연구시설이 본점용 부동산으로서 중과세율 적용 대상에 해당한다고 보아, 2022.7.28. 청구법인에게 산업용 건축물 감면율 75%를 적용하여 이 건 취득세를 아래와 같이 부과·고지하였다.

<표7> 이 건 취득세 상세내역

(단위 : 원)

○○○

(2) 처분청 담당자는 2025.8.27. 개최된 조세심판관 회의에 참석하여, “쟁점연구시설은 청구법인의 주된 사업인 화장품 제조·생산·판매에 관한 주요한 업무수행이 이루어지는 장소이고, 상품기획팀 및 구매팀 등 본점 소속 직원이 쟁점연구시설의 연구원을 겸하고 있으며, 그 시설 또한 별도의 출입문이나 시건장치가 없어 일반 직원들의 출입이 자유롭고, 고정벽체 등으로 다른 부서와 구분된 독립적인 공간을 확보하고 있지 않은바, 쟁점연구시설의 업무는 청구법인이 영위하는 사업에 관한 중추적인 의사결정 및 활동과 직결되므로 본점에 해당한다”는 내용으로 의견진술을 하였다.

(3) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 이 건에 대하여 살펴본다.

(가) 「지방세법」제13조 제1항 및 같은 법 시행령 제25조는 과밀억제권역에서 법인의 본점 또는 주사무소의 사무소로 사용하는 부동산과 그 부대시설용 부동산(기숙사, 합숙소, 사택, 연수시설, 체육시설 등 복지후생시설과 예비군 병기고 및 탄약고는 제외)을 취득하는 경우 중과세율을 적용하도록 규정하고 있고, 법인의 본점용 부동산은 법인이 고유업무의 수행에 필요한 사무실 등으로 직접 사용되고 있는 부동산과 그 부대시설용 부동산을 말하며, 이에 해당하는지 여부는 법인의 목적사업의 특성과 그 수행방법, 법인의 경영활동에 필수적인 업무인 인사ㆍ기획, 재무 등의 활동이 이루어지는 장소, 주요 의사결정권자, 주요 경영의사결정과정 및 다른 사무소 등과의 업무상의 지휘감독체계 등을 종합하여 판단하여야 할 것이다(조심 2014지379, 2015.1.2. 외 다수, 같은 뜻임).

한편, 기초연구법 제14조의2에 의하면 기업부설연구소는 본점과 구분된 별도 공간에서 운영되어야 하고, 연구개발활동 이외의 업무 겸직이 금지되며, 대표이사, 감사 및 비상임이사 등의 근무가 불가하며, 본점 외 별도의 종사자인 연구인력을 상시 확보하여야 한다고 규정하고 있다.

(나) 청구법인은 쟁점연구시설이 기업부설연구소로 인정을 받은 연구소로서 청구법인의 주요한 업무수행 및 중추적인 의사결정을 하는 장소가 아니므로, 취득세 중과대상인 법인의 본점에 해당하지 않는다는 주장이다.

그러나 기초연구법 제14조의4 제1호 및 제14조의3 제1항 제7호에 따르면, 기업부설연구소등에 근무하는 자는 연구개발 활동과 관련된 업무 외에 생산·판매·영업 등의 기업활동과 관련된 다른 업무를 겸하지 않도록 규정하고 있고, 이를 위반하는 경우 기업부설연구소등의 인정을 취소할 수 있도록 하고 있는바, 쟁점연구시설이 기초연구법에 따라 기업부설연구소로 인정을 받았다고 하여도 그 인정 여부가 이 건 처분의 적법함을 판단함에 있어 제한될 필요는 없는 것이고, 청구법인의 조직도 및 직원현황 자료 등에 따르면, 청구법인의 상품기획팀 및 구매팀의 본점 소속 직원이 쟁점연구시설의 연구원을 겸하고 있어 쟁점연구시설을 관련 법령에 따라 연구개발 활동만을 전담하는 장소로 보기 어려우므로, 쟁점연구시설의 업무활동은 청구법인이 영위하는 사업에 관한 주요한 의사결정 및 주된 영업활동과 연관되는 업무수행이라고 볼 수 있는 점,

처분청이 세무조사시 확인한 사항에 의하면, 기초연구법 제14조의2에 따라 기업부설연구소는 본점과 구분된 별도 공간에서 운영되어야 하나, 쟁점연구시설은 별도의 출입문이나 시건장치 등을 통해 물리적으로 일반 직원들의 출입이 제한된 별도의 연구개발을 위한 독립된 공간으로 분리되어 있지 않은 점, 청구법인은 쟁점건축물 중 3층~5층(면적 2,799.56㎡)을 쟁점연구시설로 사용중이라고 주장하나, 쟁점연구시설로 사용되는 부분은 5층(566.24㎡) 일부에 해당하는 것으로 확인되어 그 사용현황이 상이하고 면적의 차이가 커 청구주장에 대한 신빙성이 부족한 것으로 보이는 점,

조세법률주의의 원칙상 과세요건이나 비과세 요건 또는 조세감면요건을 막론하고 조세법규의 해석은 특별한 사정이 없는 한 법문대로 해석할 것이고, 특히 감면요건 규정 가운데 명백히 특혜규정이라고 볼 수 있는 것은 엄격하게 해석하는 것이 조세공평성의 원칙에도 부합한다(대법원 2003.1.24. 선고 2002두9537 판결, 같은 뜻임)는 점 등에 비추어, 처분청이 쟁점연구시설을 「지방세법」 제13조 제1항의 취득세 중과세율 적용 대상인 본점으로 보아 이 건 취득세를 부과한 처분은 달리 잘못이 없다고 판단된다.

4. 결 론

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 없으므로 「지방세기본법」제96조 제7항과 「국세기본법」제80조의2 및 제65조 제1항 제2호에 의하여 주문과 같이 결정한다.

<별지> 관련 법령 등

(1) 지방세특례제한법(2014.12.31. 법률 제12955호로 개정되기 전의 것)

제78조(산업단지 등에 대한 감면) ④ 제1호 각 목의 지역(이하 "산업단지등"이라 한다)에서 취득하는 부동산에 대해서는 제2호 각 목에서 정하는 바에 따라 지방세를 감면한다.

1. 대상 지역

가. 「산업입지 및 개발에 관한 법률」에 따라 지정된 산업단지

나. 「산업집적활성화 및 공장설립에 관한 법률」에 따른 유치지역

다. 「산업기술단지 지원에 관한 특례법」에 따라 조성된 산업기술단지

2. 경감 내용

가. 산업용 건축물등을 건축하려는 자[공장용 건축물(「건축법」 제2조 제1항 제2호에 따른 건축물을 말한다)을 건축하여 중소기업자에게 임대하려는 자를 포함한다]가 취득하는 부동산에 대해서는 2014년 12월 31일까지 취득세를 면제한다.

⑤ 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우 그 해당 부분에 대해서는 제4항에 따라 감면된 취득세 및 재산세를 추징한다.

1. 정당한 사유 없이 그 취득일부터 3년이 경과할 때까지 해당 용도로 직접 사용하지 아니하는 경우

2. 해당 용도로 직접 사용한 기간이 2년 미만인 상태에서 매각(해당 산업단지관리기관 또는 산업기술단지관리기관이 환매하는 경우는 제외한다)ㆍ증여하거나 다른 용도로 사용하는 경우

(2) 지방세법(2017.7.26. 법률 제14839호로 개정되기 전의 것)

제13조(과밀억제권역 안 취득 등 중과) ① 「수도권정비계획법」 제6조에 따른 과밀억제권역에서 대통령령으로 정하는 본점이나 주사무소의 사업용 부동산(본점이나 주사무소용으로 신축하거나 증축하는 건축물과 그 부속토지만 해당하며, 「신탁법」에 따른 수탁자가 취득한 신탁재산 중 위탁자가 신탁기간 중 또는 신탁종료 후 위탁자의 본점이나 주사무소의 사업용으로 사용하는 부동산을 포함한다)을 취득하는 경우와 같은 조에 따른 과밀억제권역(「산업집적활성화 및 공장설립에 관한 법률」을 적용받는 산업단지ㆍ유치지역 및 「국토의 계획 및 이용에 관한 법률」을 적용받는 공업지역은 제외한다)에서 공장을 신설하거나 증설하기 위하여 사업용 과세물건을 취득하는 경우의 취득세율은 제11조 및 제12조의 세율에 중과기준세율의 100분의 200을 합한 세율을 적용한다.

(3) 지방세법 시행령

제25조(본점 또는 주사무소의 사업용 부동산) 법 제13조 제1항에서 “대통령령으로 정하는 본점이나 주사무소의 사업용 부동산”이란 법인의 본점 또는 주사무소의 사무소로 사용하는 부동산과 그 부대시설용 부동산(기숙사, 합숙소, 사택, 연수시설, 체육시설 등 복지후생시설과 예비군 병기고 및 탄약고는 제외한다)을 말한다.

(4) 기초연구진흥 및 기술개발지원에 관한 법률

제14조의2(기업부설연구소 또는 연구개발전담부서의 인정 등) ① 과학기술정보통신부장관은 기업의 연구개발활동을 효율적으로 지원하고 관리하기 위하여 연구 인력 및 시설 등 대통령령으로 정하는 기준을 충족하는 기업부설 연구기관 또는 기업의 연구개발부서를 기업부설연구소 또는 연구개발전담부서로 인정할 수 있다.

② 소속 기업부설 연구기관 또는 기업의 연구개발부서에 대하여 제1항에 따른 인정을 받으려는 기업은 과학기술정보통신부령으로 정하는 바에 따라 과학기술정보통신부장관에게 인정을 신청하여야 한다.

③ 제1항에 따라 인정받은 기업부설연구소 또는 연구개발전담부서(이하 “기업부설연구소등”이라 한다)가 소속된 기업은 과학기술정보통신부령으로 정하는 사항을 변경하는 경우에는 과학기술정보통신부장관에게 신고하여야 한다.

④ 제1항부터 제3항까지에서 규정한 사항 외에 기업부설연구소등의 인정 및 변경신고 절차 등에 관하여 필요한 사항은 과학기술정보통신부령으로 정한다.

제14조의3(기업부설연구소등의 인정취소) ① 과학기술정보통신부장관은 기업부설연구소등 또는 기업부설연구소등이 소속된 기업이 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우에는 기업부설연구소등의 인정을 취소할 수 있다. 다만, 제1호 또는 제2호에 해당하는 경우에는 그 인정을 취소하여야 한다.

1. 거짓 또는 그 밖의 부정한 방법으로 인정을 받거나 변경신고를 한 경우

2. 기업부설연구소등이 소속된 기업이 기업부설연구소등의 인정취소를 요청한 경우

3. 기업부설연구소등이 소속된 기업이 폐업하거나 기업부설연구소등의 폐쇄 사실을 과학기술정보통신부장관이 확인한 경우

4. 제14조의2 제1항에 따른 인정기준에 미달되어 과학기술정보통신부장관이 그 보완을 명한 날부터 1개월이 지날 때까지 미달된 사항을 보완하지 아니한 경우

5. 제14조의2 제3항에 따른 변경신고를 변경사유가 발생한 날부터 1년 이내에 하지 아니한 경우

6. 기업부설연구소등의 연구개발활동이 없다고 과학기술정보통신부장관이 인정한 경우

7. 기업부설연구소등이 제14조의4에 따른 준수사항을 위반한 경우

8. 「연구실 안전환경 조성에 관한 법률」 제17조 등 다른 법률에 따라 기업부설연구소등의 연구개발활동이 제한된 경우

제14조의4(기업부설연구소등의 준수사항) 기업부설연구소등은 다음 각 호의 사항을 준수하여야 한다.

1. 기업부설연구소등에 근무하는 자는 연구개발활동과 관련된 업무 외에 생산ㆍ판매ㆍ영업 등의 기업활동과 관련된 다른 업무를 겸하지 아니할 것(다만, 창업일로부터 3년이 경과하지 아니한 「중소기업기본법」 제2조 제2항에 따른 소기업의 기업부설연구소등에 근무하는 자가 해당 소기업의 대표자를 겸하는 경우에는 제외한다)

2. 「건축법」에 따라 허가받지 아니한 건물 또는 가건물, 건축물의 용도가 주거용인 건물에는 기업부설연구소등을 설치하지 아니할 것

3. 그 밖에 기업부설연구소등의 건실한 운영을 위하여 대통령령으로 정하는 사항

(5) 기초연구진흥 및 기술개발지원에 관한 법률 시행령

제16조의2(기업부설연구소 또는 연구개발전담부서의 인정기준) ① 법 제14조의2 제1항에서 “연구 인력 및 시설 등 대통령령으로 정하는 기준을 충족하는 기업부설 연구기관”이란 다음 각 호의 구분에 따라 해당 연구기관에서 근무하는 연구전담요원을 상시 확보하고, 과학기술정보통신부령으로 정하는 기준에 적합한 연구시설을 갖춘 기관을 말한다.

1. 「중소기업기본법 시행령」 제8조 제1항에 따른 소기업(이하 이 조에서 “소기업”이라 한다)이 설립한 기업부설 연구기관 : 3명 이상. 다만, 소기업의 창업일부터 3년까지는 2명 이상으로 한다.

1의2. 「중소기업기본법 시행령」 제8조 제2항에 따른 중기업(이하 이 조에서 “중기업”이라 한다)이 설립한 기업부설 연구기관 : 5명 이상. 다만, 소기업에서 중기업이 된 기업은 중기업이 된 날부터 1년까지는 3명 이상으로 한다.

2. 국외에 있는 기업부설 연구기관 : 5명 이상

3. 제1호 및 제1호의2에도 불구하고 과학기술정보통신부령으로 정하는 과학기술 분야 연구기관의 연구원 및 대학의 교원이 창업한 연구개발형 중소기업 또는 「벤처기업육성에 관한 특별법」 제2조에 따른 벤처기업이 설립한 기업부설 연구기관 : 2명 이상

4. 「중견기업 성장촉진 및 경쟁력 강화에 관한 특별법」 제2조 제1호에 따른 중견기업이 설립한 기업부설 연구기관 : 7명 이상

5. 그 밖의 기업부설 연구기관 : 10명 이상

② 법 제14조의2 제1항에서 “연구 인력 및 시설 등 대통령령으로 정하는 기준을 충족하는 기업의 연구개발부서”란 해당 부서에서 근무하는 연구전담요원을 1명 이상 상시 확보하고, 과학기술정보통신부령으로 정하는 기준에 적합한 연구시설을 갖춘 기업의 연구개발부서를 말한다.

(6) 기초연구진흥 및 기술개발지원에 관한 법률 시행규칙

제2조(기업부설연구소 등의 연구시설 및 연구전담요원에 대한 기준)① 「기초연구진흥 및 기술개발지원에 관한 법률 시행령」(이하 “영”이라 한다) 제16조의 2제1항 각 호 외의 부분 및 같은 조 제2항에서 “과학기술정보통신부령으로 정하는 기준”이란 각각 다음 각 호의 기준을 말한다.

1. 연구공간

가. 고정벽체와 별도의 출입문으로 다른 부서와 구분하여 독립적인 공간을 확보할 것. 다만, 다음의 어느 하나에 해당하는 기업부설 연구기관 또는 기업의 연구개발부서(이하 “기업부설연구기관등”이라 한다)로서 50 제곱미터를 초과하는 면적을 연구공간으로 확보할 수 없는 경우에는 칸막이 등으로 다른 부서와 구분할 수 있다.