출연재산인 쟁점부동산을 3년 이후 직접 공익목적사업 등에 계속하여 사용하지 않은 것으로 보아 증여세를 부과한 처분의 당부

예규·판례

출연재산인 쟁점부동산을 3년 이후 직...

심판청구

조심-2025-중-4303

생산일자 2026.05.12.

AI 요약

요지

2020.12.22. 개정된 상증법 제48조 제2항 제1호 규정은 부칙에 별도의 경과규정을 규정하지 않은 이상 증여일 당시 시행 중인 법률에 따라 증여세 과세대상인지 여부를 판단하여야 할 것이므로, 청구법인이 출연일로붙러 3년이 경과한 후에도 출연받은 쟁점부동산을 직접 공익목적사업에 사용한 사실이 없어 사후추징 대상에 해당함. 청구법인이 주장하는 쟁점부동산의 매각 지연 등의 사유는 부득이한 사유에 해당하지 않음

상세내용

이유

1. 처분개요 가. 청구법인은 이사장 A이 OOO부터 경기도 OOO 등(A이 운영하던 B의 부동산으로 이하 “구병원” 또는 “출연재산”이라 한다)에서 B을 운영하던 중 2018.8.23. 구병원을 출연함에 따라 설립되었고, 경기도 OOO를 소재지로 하여 종합병원 의료업을 영위하는 공익법인이다. 나. 중부지방국세청장(이하 ‘조사청’이라 한다)은 2024년 공익법인 사후관리 업무 중 청구법인이 2018.8.23. 출연받은 아래 ＜표1＞의 경기도 OOO 외 4필지의 토지 및 건물(이하 “쟁점부동산”이라 한다)을 출연받은 날로부터 3년 이내에 직접 공익 목적사업 등에 사용하여야 하고, 3년 이후에도 계속 사용하여야 함에도 출연받은 날로부터 3년이 경과된 2021.8.23. 현재 사용이 중단된 사실을 확인하여「상속세 및 증여세법」(이하 “상증세법”이라 한다) 제48조 제2항 제1호 1문 후단에 따른 출연재산 계속 사용 의무를 위반한 동시에 법령상·행정상 직접 공익 목적에 사용할 수 없는 부득이한 사유가 없다고 보아 처분청에 과세자료를 통보하였고, 처분청은 이에 따라 2025.10.13. 청구법인에게 2021.8.23. 증여분 증여세 OOO원을 결정·고지(이하 “이 건 처분”이라 한다)하였다. ＜표1＞ 쟁점부동산 등 세부내역 ○○○ 다. 청구법인은 이에 불복하여 2025.10.17. 심판청구를 제기하였다. 2. 청구법인 주장 및 처분청 의견 가. 청구법인 주장 (1) (주위적 주장) 출연재산의 직접 공익목적사용과 관련하여 처분청은 “이 법 시행전 증여(출연)받은 재산” 또는 “이 법 시행 전 공익목적사업이 중단된 재산”이라는 별도의 언급이 없다는 이유로 그 과세기준일을 개정법률의 시행일 전·후에 따라 개정법률의 적용여부를 판단하여야 한다는 의견이나, 이는 처분의 법적 근거가 없으므로 배척되어야 한다. (가) 공익법인의 출연재산에 대한 직접 공익목적사업에 사용 여부에 대한 상증세법 제48조 제2항 제1호 규정은 2020.12.22. 법률 제17654호로 개정되기 전에는 ①“출연목적외 사용”, ②“3년 이내 공익목적사업에 직접 사용하지 아니하는 경우”로 규정되어 있다가, 2020.12.22. 법개정으로 위 사유 외에, ③“3년 이후 공익목적사업에 계속 사용하지 아니하는 경우”가 그 부과사유로 추가(이하 “쟁점개정규정”이라 한다)되었다. 처분청이 출연재산의 직접 공익목적사용과 관련하여 이 건 증여세 부과기준일(부과사유 발생일)로 본 2021.8.23.은 청구법인이 쟁점부동산을 출자받은 2018.8.23.로부터 3년이 되는 날일 뿐, 이 건 증여세 부과사유의 발생일이 아니다. 쟁점부동산의 출연 이후로도 3년이 지나도록 사용개시를 하지 않았다면 3년이 되는 시점에 그 위반여부가 문제될 수 있으나, 청구법인은 쟁점부동산을 출연받은 즉시 직접 공익목적에 사용하였는바, 3년 사용 유예기간 종료일과 무관하므로 직접 공익목적사업에 사용하지 않은 위반사실의 발생가능성이 2018.8.23. 확정됨으로써 동 시점 과세요건사실이 종결되었다고 판단하여야 한다. (나) 처분청은 쟁점개정규정과 관련하여 이 사건 증여세 과세기준일을 2020.12.22. 개정된 신법을 적용해 2021.8.23.로 판단한 것은 “소급과세”에 해당하지 아니한다는 의견으로 헌법재판소의 결정(헌법재판소 2023.7.20. 선고 2019헌바223 결정)과 법원의 판결(대법원 2021.9.16. 선고 2021두41372 판결 등)을 그 근거로 제시하였으나, 우리나라의 헌법과 헌법재판소는 ‘새로운 입법으로 이미 종료된 사실관계에 작용케 하는 진정소급입법은 헌법적으로 허용되지 않는다’는 입장을 일관되게 유지하고 있고, 처분청이 근거로 제시한 판결(대법원 2021.9.16. 선고 2021두41372 판결 등) 역시도 ‘소급과세금지의 원칙’을 통하여 헌법의 정신을 구체화하였다. 결국 이 사건의 가장 핵심되는 쟁점은, 처분청의 이 건 처분이 ‘진정소급입법’에 해당하는지, 그렇지 않고 예외적 허용이 되는 ‘부진정소급입법’에 해당하는지에 있다 할 것이다. (다) 이 건 처분은 ‘진정소급입법’에 해당한다. 1) 우선, 처분청이 제시한 헌법재판소 결정과 대법원 등의 판례에 따라 이 건 처분이 ‘조세법령의 제정 또는 개정, 과세관청의 법령에 대한 해석 등에 변경이 있는 경우 그 효력발생 전에 종결한 과세요건사실로서 신법 적용할 수 없는 것인지’, 아니면 ‘이전부터 계속되어 오던 사실이나 그 이후에 발생한 과세요건사실에 대하여 새로운 신법을 적용할 수 있는 경우인지’에 대하여 살펴보면, 그 구체적인 내용은 다음과 같다. 이 사건의 경우, 청구법인은 2018년 쟁점부동산을 출연받았고, 2018.8.23. 출연 즉시 그 재산을 공익목적사업에 직접 사용함으로써 ‘3년 이내 사용 의무’가 충족되어 과세요건사실이 완성되어 종결되었는바, ‘3년 이내 사용 의무’의 이행으로 최종적으로 2020.12.22. 법률 제17654호로 개정 전의 구 상증세법 제48조 제1항 및 제2항(이하 “개정 전 법률”이라 한다)에 따라 증여세 과세 대상이 아님이 이미 확정되었다. 2) 한편, 처분청은 이 건 처분이 ‘부진정소급입법’에 해당한다는 의견이나, 처분청의 의견은 명백히 부진정소급입법에 대한 법리의 오해에서 기인한 것으로, 이 건 처분의 근거 법령인 쟁점개정규정과 관련하여 부진정소급입법 적용이 가능한 경우는 아래와 같은 경우이지, 청구법인의 경우가 아니다. 예를 들어, A 공익법인이 2018.8.23. 재산을 출연받은 뒤 당시 적용되던 법률상 3년의 기간 안에 사용의무를 이행하면 되기 때문에, 만연히 3년이라는 시간을 믿고 사용의무를 이행하지 않고 있던 중 신법이 개정되는 경우이다. 이러한 경우에는 그 신뢰이익을 지켜주는 것보다 입법 목적 달성으로 얻게 되는 공익의 증진효과가 더 크다고 볼 여지가 있는 만큼 신뢰보호 및 과잉금지 원칙에 위배되지 않는다는 판단이 나올 수 있으나(헌법재판소 2023.7.20. 선고 2019헌바223 결정), 이 건 처분의 경우 진정소급입법 사안으로 적어도 법원의 판단을 통하여 공익과 사익의 비교형량 판단이 따라야 하고, 이 건 처분은 헌법이 명시적으로 인정하지 않는 위법한 처분이라 할 것이다. 3) 청구법인은 개정 전 법률 하에서 ‘3년’의 유예기간에도 의무이행을 지체하지 않고 ‘출연 즉시’ 공익목적에 직접 사용하였고, 이러한 이유로 위 시점 ‘요건사실’을 완료하였으나, 처분청은 쟁점개정규정을 적용하여 이 건 처분을 내렸다. 만일, 청구법인이 개정 전 법률 하에서 3년이라는 유예기간을 주었음에도 불구하고 그 의무를 이행하지 않고 있었고, 그 사이 쟁점개정규정이 개정된 사실이 발생하였다면, ‘이전부터 계속되어 오던 사실이나 그 이후에 발생한 과세요건사실’에 대하여 새로운 법령 등을 적용하는 것이 허용될 수도 있다(대법원 2021.9.16. 선고 2021두41372 판결) 할 것이나, 청구법인은 개정 전 법률 하에서 요구하던 공익법인 과세요건 사실을 모두 갖추었고, 이러한 이유로 개정 전 법률에 따라 이미 증여세 과세 대상이 아닌 것이다. 이러한 이유로 처분청도 과세전적부심사청구와 관련한 의견진술 시 청구법인에 대하여는 ‘구법’에 의해서는 처분을 할 수 없다고 답변한 것임에도 불구하고, 이제 와서 처분청은 ‘신법’이 ‘3년 이내 사용 의무’ 뿐만 아니라 ‘3년 이후 계속 사용의무’를 부과하고 있는데, 청구법인은 3년이 되기 이전 시점인 2020년 11월경 사용을 중단하였기 때문에 그 중단한 상태는 ‘진행 중인 과세요건 사실’이라는 전제 하에 이 건 처분을 한 것이라는 의견을 개진하고 있다. 청구법인은 3년이 되기 이전 시점에 직접 공익목적사업에 사용을 개시하였고, 이러한 이유로 더 이상 개정 전 법률 하에서 청구법인의 사후관리 의무 이행 여부는 문제되지 않았고, 최종 종결되었던 것이다. 4) 처분청의 의견대로 이와 같은 사후관리 의무 이행을 종결한 청구법인의 경우에도 ‘과세요건이 종결되지 않은 사안’이라고 본다면, 종래 24년간 유지되었던 개정 전 법률 하에서 ‘3년 이내 사용 개시’를 하였으나 ‘3년 이후 계속 사용’하지 않는 법인들 모두에 대하여 쟁점개정규정을 이유로 소급하여 신법에 따른 새로운 의무를 부과하고, 이를 지키지 않을 경우 그 ‘출연 3년’이 되는 시점을 기준으로 증여세 부과를 하는 것이 가능할 수 있어 보이나, 이것을 허용하지 않는 것이 ‘진정소급입법금지’ 원칙이자 ‘소급과세금지의 원칙’인 것이다. (마) 처분청은 2020.12.22. 법률 제17654호로 개정된 상증세법 부칙 중 쟁점개정규정과 관련된 제3조(적용례) 및 제5조(경과조치, 제3조와 합하여 이하 “쟁점부칙”이라 한다)가, “… 개정규정은 이 법 시행 이후 개시하는 사업연도 분부터 적용한다” 또는 “이 법 시행 전에 개시한 사업연도 분에 대하여는 …… 종전의 규정에 따른다”와 달리 “이 법 시행 이후 또는 그 이전에 개시한 사업연도”라고만 규정되어 있을 뿐, “이 법 시행전 증여(출연)받은 재산” 또는 “이 법 시행 전 공익목적사업이 중단된 재산”이라는 별도의 언급이 없는 경우에는 그 과세기준일이 개정법의 시행일 전·후인지에 따라 쟁점개정규정의 적용여부를 판단하는 것이 타당하므로 이 건 처분은 정당하다는 의견이나, 처분청이 제시한 2007.12.31. 법률 제8828호로 개정된 개정법률의 부칙인 “이 법 시행전 증여(출연)받은 재산”, “이 법 시행 전 공익목적사업이 중단된 재산” 등의 법문구와 쟁점부칙 중 “이 법 시행 이후 개시한 사업연도” 또는 “이 법 시행 전에 개시한 사업연도”등의 법문구는 개정법률의 적용시기에 관하여 특정 시점을 염두에 두고 만든 것인지, 아니면 사업연도와 같이 과세기간을 염두에 두고 만들어진 것인지 규정의 차이일 뿐, 개정법률의 적용시기 등을 표상하는 법문이라는 점에서 차이가 없고, 비록 법문의 표현에 차이가 있다하더라도 이로 인해 부칙의 본질적 속성이 달라지거나 개정법의 적용시기가 달라지는 것이 아니다. 즉, 입법자가 부칙에 개정법률의 적용시기를 기술함에 있어서 특정 시점이 그 적용에 합당하다고 판단될 경우에는 특정 시점을, 사업연도 등 과세기간이 합당하다고 판단될 경우에는 과세기간을 정해 그 적용시기를 규정할 뿐, 개정법률의 적용시기를 달리하기 위해 그 법문구를 달리 표현하는 것이 아니다. 더욱이, 쟁점개정규정의 경우 그 부칙에 적용시기 이외에 “법 개정 이전에 출자받아 3년 이내 공익목적사업에 직접 사용한 재산”에 대하여 개정법률 적용을 배제하고, 종전법률을 적용하여야 한다는 경과조치까지 명문으로 두고 있는 이상, 쟁점개정규정에 따른 증여세 부과요건은 쟁점부동산에 대하여 적용할 여지가 없다. 법문은 1차적 문리해석이 그 기본 원칙인바, 청구법인은 2018.8.23. 쟁점부동산을 출연받았고, 이는 2018사업연도분에 해당할 뿐만 아니라, 2018.8.23. 출연받은 후 즉시 직접 공익목적사업에 사용하였으므로 구 상증세법 제48조 제1항 및 제2항에 따른 공익법인의 사후관리 요건을 모두 완성하였으므로 쟁점개정규정에도 ‘불구하고’, ‘종전의 규정에 따른다’는 분명한 ‘경과조치’가 있으므로 이 건 처분은 취소되어야 한다. (2) (예비적 주장) 설령 청구법인이 출연받은 쟁점부동산에 대하여 쟁점개정규정을 적용한다 하더라도 쟁점부동산을 출연받은 이후 상증세법 시행령 제38조 제3항에 규정된 쟁점부동산을 직접 공익목적사업에 계속하여 사용할 수 없는 부득이한 사유가 있으므로 이 건 처분은 취소되어야 한다. (가) 처분청은 쟁점부동산의 직접 공익목적사업 사용 의무와 관련하여 ① 주무관청의 기본재산 처분허가 신청이 없었던 점, ② 부동산 매각을 위한 C 주식회사(이후 “C”이라 한다)와의 컨설팅 계약에 따른 용역수행 관련 보고서 등의 최초 작성일(2023.7.3.)이 청구법인의 병원을 신관으로 이전한 시기로부터 2년 이상 경과한 2차 계약일(2023.5.30.) 이후인 것으로 확인되고, 계약이행 과정에서 발생한 실비 등의 정산내역이 전혀 확인되지 않는 등 신관 이전 전부터 컨설팅 계약을 체결했다는 것만으로 청구법인의 매각 노력이 입증되었다고 볼 수 없다는 점, ③ OOO 지구단위계획상 요양병원 및 정신병원 개설 제한은 출연 이전부터 존재하여 충분히 예상이 가능한 문제였으므로 이러한 제한으로 쟁점부동산의 매각이 불가능해 보이지 않는 등 법령상·행정상 제한에 해당하지 않으며, 코로나 이후 경기침체 하에서 부동산 거래가 전무했던 것도 아니므로 매각지연의 직접적인 사유로 볼 객관적 근거가 없다는 점, ④ 설혹, 상기 사유에 따라 매각이 지연되었다 하더라도 해석사례[사전-2015-법령해석재산-0308(2016.3.11.)] 등을 참고할 때, 직접 공익목적사업 등에 계속 사용하지 않았음에도 상증세법상 과세 제외할 수 있는 부득이한 사유에 매각지연을 포함할 수는 없다는 의견이다. 그러나 이와 관련하여, 대법원 판결(대법원 2014.1.29. 선고 2011두25807 판결 외) 및 국세청의 유권해석(재산세과-150, 2011.3.22., 재산세과-327, 2011.7.6. 외 다수) 등에 의하면, 출연재산을 공익목적사업에 사용하지 못하는 부득이한 사유가 있는 경우에는 비록 주무부장관으로부터 그에 관한 사전 승인을 받지 않았더라도 그 사용의 유예를 허용하는 부득이한 경우로 인정받을 수 있다는 것이 관련 법리로서 ‘허가’보다 ‘실질’을 중요시하였다. (나) 한편, 이 건의 경우 비영리법인의 기본재산(부동산)은 규모가 크고 용도가 제한적이어서 C과 같은 글로벌 컨설팅사를 통해 진행하는 것이 보다 유리한 상황이었고, 특히 처분청이 언급한 보고서 ‘작성일’은 보고서가 작성된 시점을 보여줄 뿐, 계약 체결 후 이루어진 C의 실질적인 조사를 거쳐 해당 시점에 ‘최종적인 결과’가 보고된 것인바, 이는 보고서 작성 시점 이전부터 시장조사 등이 이루어졌음을 나타내므로, 단순히 보고서 작성일을 기준으로 컨설팅 진행 시점을 판단하여서는 안된다. 또한 처분청은 컨설팅사의 계약이행 과정에서의 실비 정산내역이 없으니 청구법인의 매각 노력이 입증되지 못하였다는 의견이나, 이는 용역계약이라는 민사계약의 성질과 의료법인 운영의 실질을 전혀 이해하지 못한 의견이다. 용역계약이란 부동산 매각을 위한 시장조사 및 전략 수립이라는 목적물에 대한 이행 정도에 따라 그 비용을 지급하는 것이지, 구체적인 실비 정산의 방식이 아닌 것이다. 청구법인이 C과 체결한 ‘컨설팅 용역계약서’ 제6조(용역컨설팅 수수료 지급조건 및 제한사항)를 보면, “용역컨설팅 수수료는 매매계약 체결시 50%, 잔금지급시 50%를 현금으로 지급하기로 한다”고 되어 있어 용역수수료는 부동산 매각계약 체결시점이 그 최초 지급시기임을 알 수 있는바, 컨설팅사의 계약이행 과정에서의 실비 정산내역이 없다는 점을 트집잡아 청구법인의 매각 노력이 입증되지 아니한다는 식의 처분청 의견은 이유없다. 실제로 매각컨설팅 용역계약이 존재하고 그에 따라 용역수행 보고를 받은 사실로 미루어보아도 청구법인의 쟁점부동산 매각노력이 확인된다 할 것이다. (다) 또한 처분청은 청구법인이 병원을 신관으로 이전한 전·후로 ‘처분허가 신청’이 없었음을 지적하나, 그 당시에는 쟁점부동산의 매수자도 나타나지 않았고, 매매 조건도 확정이 되지 않은 상황에서 ‘허가신청’부터 하라는 것과 다름 없는 것으로 실제 부동산 매각 실무와는 전혀 동떨어진 의견이며, 특히나 위 의견은 청구법인이 쟁점부동산의 사후관리 의무는 2018년에 이미 소멸되었다는 신뢰를 무시한 것이다. 이러한 전제하에 좀 더 공익적인 목적으로 재산을 적극 활용하고자 하는 목적에서 병원을 신축하였고, 그 시점에는 ‘3년 이후 계속 사용 요건을 갖추어야 한다’는 것은 예측할 수도 없었다. 이미 쟁점부동산의 사후관리 의무에 대한 과세제외 요건을 갖춘 상태에서 보다 더 적극적인 재단의 목적 실현을 위하여 병원 신축에 나아간 것으로, 특히나 청구법인은 구병원을 매각하여 그 대금 역시도 직접 공익목적의 병원 신축자금으로 쓰려 했으나, 청구법인이 제어할 수 없는 외부적 요인으로 그 노력을 다했음에도 목적사업에 사용하지 못하였을 뿐, 결과적으로는 청구법인이 막대한 대출을 통해 그 자금을 충당하고 있는바, 청구법인으로서도 연간 OOO원에 달하는 막대한 이자 부담을 해결하기 위해서라도 구병원의 매각은 절실하였다. 청구법인은 이에 따라 쟁점부동산을 매각하기 위해 전문회사에 컨설팅을 의뢰하였고, 그 당시 청구법인의 위치에서 할 수 있는 제반 노력을 다해 지자체에 용도 제한 완화 및 임대 허용 등을 요청하였던 것인바, 처분청이 인용한 심판결정례와 그 사실관계가 다르고, 결단코 쟁점부동산을 방기한 사실도 없으며, 더 나아가 신축 병원이 직접 공익목적사업에 계속 쓰이고 있으므로, 구병원의 매각대금이 대출금 변제에 사용될 것이 확실한 이상 공익성 실현은 중단되지 않은 것이다. 청구법인의 현재 상황을 보더라도, 청구법인에게 적극적인 매각의지가 없을 수 없고, 청구법인의 매각을 위한 구체적 노력이 외부적으로 명백히 드러난 사실관계가 분명한바, ‘법령의 취지를 감안할 때 부득이한 사유가 있다고 인정’하여야 하여야 할 것이다. 나. 처분청 의견 (1) 청구법인은 쟁점부동산의 출연과 동시에 공익목적사업에 사용하여 개정 전 법률에 따라 사후관리가 종료되었고, 쟁점부칙상 이 건 처분에 대해 쟁점개정규정을 적용할 수 없어 위법한 처분이라 주장하나, 공익법인의 출연재산은 일반 비영리법인과 달리 공익목적에 사용될 재산에 해당하므로 출연 시점에 증여세 과세가액에서 제외하고, 출연재산을 공익목적에 계속 사용되어야 함을 전제로 사후관리 의무를 부여하고 있는 것이다. (가) 청구법인의 주장대로라면 재산 출연 후 단 하루만 공익법인이 공익목적에 사용한 후 목적 외로 사용하거나 방치한다 하더라도 증여세 과세가 불가능하게 되어 공익법인 출연재산에 세제 혜택을 부여한 입법 취지에 어긋난다. 따라서, 정부가 쟁점개정규정을 개정한 것은 해당 조항이 청구법인의 주장과 같이 입법 취지에 어긋나게 해석될 여지를 없애려는 의도하에 이루어진 것으로 판단되고, 출연재산의 계속 사용의무는 공익법인 출연재산의 증여세 과세 제외에 필연적으로 수반되어야 할 요건이다. (나) 상증세법을 포함한 조세법령은 사회·경제변동, 국민의식 성장 등의 세정환경 변화 및 정책목표 달성 등 여러 요인에 따라 개정되어 왔고, 부칙을 통해 시행일, 적용범위 등을 규정하고 있으며, 쟁점개정규정 역시 공익법인 출연재산의 증여세 과세제외에 상응하는 사후관리의무를 법령 취지에 좀 더 부합하도록 하였고, 그 부칙에 쟁점개정규정의 시행에 관한 사항을 명시한 것이다. 법령 및 부칙을 해석할 때, 문구의 의미가 명확한 경우 규정 자체를 문언대로 해석·적용하여야 하고, 납세자와 과세관청 모두에게 혼란을 줄 수 있는 임의확대·유추 해석은 금지되어야 할 것인바, 쟁점부칙은 그 의미가 명확하므로 해당 규정의 문언대로 해석·적용하여야 하고, 청구법인이 이 건과 사실관계 등이 상이한 사례(서울행정법원 2021.10.5. 선고 2020구합77435 판결)를 통해 임의확대·유추 해석하는 것은 용인될 수 없다. (다) 법원은 법령 개정시 부칙에 적용범위에 대한 별도의 경과규정을 두지 않는 이상 납세의무성립일(과세기준일)이 시행일 이전·이후인지에 따라 개정법령의 적용 여부를 판단하고 있는바(서울행정법원 2017.8.18. 선고 2016구합74965 판결, 대법원 2009.9.10. 선고 2008두9324 판결, 대법원 1995.6.30. 선고 94누5502 판결 외 다수, 같은 뜻임), 쟁점부칙 제3조에는 ’이 법 시행 이후 개시하는 과세기간 또는 사업연도분부터 적용‘하는 것으로 규정되어 있고, 쟁점부칙 중 제5조에는 ‘이 법 시행전에 개시한 과세기간 또는 사업연도분’이라 규정되어 있을 뿐, ‘이 법 시행 전 증여(출연)받은 재산’ 또는 ‘이 법 시행 전 직접공익목적 사용이 중단된 재산’과 같은 별도의 출연·취득시기에 대한 언급이 없으므로, 쟁점개정규정의 적용에 따른 과세적정 여부는 청구법인의 주장과 달리 관련 부칙의 문구 그대로 납세의무 성립에 따른 과세기준일이 개정 법률의 시행일 전·후인지 여부에 따라 개정 법률의 적용 여부를 판단하는 것으로 해석하여야 한다. (라) 공익법인이 재산을 출연받는 경우 상증세법 제48조 제1항에 따라 출연재산이 특정 주식 등에 해당하지 않는 경우 과세가액에서 제외하고 있으므로 부동산의 경우 출연일은 과세기준일이 될 수 없고, 재산출연 후 3년간은 개정 전·후 규정 모두 공익목적사업 등에 사용하기 위한 준비기간 등 필요를 이유로 사용 유예기간을 두고 있으므로, 출연 후 3년이 경과하기 전 미사용 또는 사용중단이 있다고 해도 공익목적 외로 사용하지 않는 한 과세가 불가능하다. 결국, 쟁점부동산과 같은 출연재산은 출연받는 날로부터 3년이 경과한 이후에야 미사용 또는 사용중단에 따른 계속 사용의무 위반에 따른 과세가 가능하므로 법령에 따른 사후관리의무 위반일이 과세기준일(납세의무 성립일)이 될 것이다. 청구법인이 말하는 소급과세란 부칙에 개정 법령의 시행일을 명시하였음에도 불구하고, 과세기준일이 시행일 전에 이미 도래한 사건을 개정 법률에 따라 과세했을 때에 해당할 수 있을 것이나, 앞서 기재한 바와 같이 이 건의 경우 쟁점부동산의 출연 직후부터 직접 공익목적사업에 사용하다가 3년이 경과하기 전 사용중단되었으므로 이 사건의 과세기준일은 재산출연일 또는 사용중단일이 될 수 없고, 쟁점부동산 출연 후 3년이 경과한 시점인 2021.8.23. 현재 쟁점부동산이 공익목적에 사용되고 있지 않아 쟁점개정규정의 3년 이후 계속사용의무를 위반하고 있으므로, 이 사건의 과세기준일은 개정법률에 따른 출연재산 사후관리 위반일인 2021.8.23.이 되는 것이며, 해당 과세기준일(납세의무 성립일)이 쟁점부칙 상 시행일인 2021.1.1. 이후 사업연도에 해당하는바, 청구법인의 주장과 달리 소급과세에 해당할 여지가 전혀 없다. (마) 다음으로 청구법인이 법률불소급 원칙상 법률 개정 전 출연된 쟁점부동산에 대해 쟁점개정규정을 적용할 수 없고, 2020.12.22. 개정된 쟁점부칙에 경과규정이 존재하므로 쟁점개정규정에 따른 이 건 처분은 부적법한 것으로 주장하는바 이에 대해 살펴보면, 청구법인에서 제시한 2007.12.31. 법률 제8828호로 개정된 상증세법 부칙은 ‘이 법 시행 후 최초로 공익법인등에 주식등을 출연하거나 공익법인등이 주식등을 취득하는 분부터 적용한다’와 같이 법률의 시행시기뿐 아니라 규제 대상 출연재산의 출연·취득시기를 명확히 규정하여 법률의 시행시기 및 납세의무 성립 시점에 따른 개정법률 적용 여부만을 규정하는 등 출연시기에 대한 별도의 경과규정을 두지 않은 쟁점부칙과 명백한 차이가 있다. ＜표2＞ 2007.12.31. 법률 제8828호로 일부 개정된 상증세법 관련 부칙

제3조(공익법인등의 주식등의 출연ㆍ취득에 관한 적용례) 제16조 제2항 각 호 외의 부분 본문과 제48조 제1항 각 호 외의 부분 단서, 같은 조 제2항 제2호 및 같은 조 제11항의 개정규정은 이 법 시행 후 최초로 공익법인등에 주식등을 출연하거나 공익법인등이 주식등을 취득하는 분부터 적용한다.

만약 청구법인의 주장대로 입법자가 쟁점개정규정의 적용대상을 납세의무 성립시기(사후관리요건위반일, 과세기준일)와 관계없이 법 시행 이후 출연받은 재산으로 한정할 의도가 있었다고 한다면 2007.12.31. 법률 제8828호로 개정된 상증세법 부칙과 동일하게 사후관리대상 출연재산의 취득시기에 대한 경과규정을 포함하였을 것이다. 또한, 헌법재판소의 법령 개정에 따른 법률불소급 원칙과 관련한 판례(헌법재판소 2023.7.20. 선고 2019헌바223 결정)를 살펴보면, 공익법인이 내국법인 발행주식을 취득함에 있어 별도의 제한이 없었으나, 1990.12.31. 및 1993.12.31. 상증세법 개정을 통해 내국법인 발행주식총액의 20%, 5% 초과 취득을 제한하였는바, 두 개정법률 모두 동 법률 시행 후 초과하여 출연하는 것부터 적용토록 하였다가 1996.12.30. 상증세법 개정을 통해 출연시점과 관계없이 1996.12.31. 5% 초과보유 주식에 대한 매각의무를 부여하고 기한내 매각하지 않을 경우 가산세를 부과하는 규정을 신설한 것에 대한 헌법소원으로, 헌법재판소는 위 1996.12.30. 상증세법 개정법률에 대해 ‘신법이 현재 진행중인 사실관계에 대해 적용하는 등 진정소급입법에 해당하지 않고, 복잡다양한 경제현상으로 신축적 개정이 요구되는 조세법 분야에 있어 공익사업영위자는 제도의 시행과정에서 발생하는 문제점을 제거하기 위한 추가적 법률개정을 충분히 예상할 수 있으며, 입법 목적 달성으로 얻게 되는 공익 증진 효과가 크므로 신뢰보호 및 과잉금지 원칙에도 위배되지 않는 것’으로 판결한 바 있다. (바) 마지막으로, 개정 법률 및 부칙의 경과조치 해석과 관련한 다음 판례 및 판례상 부칙과 이건 관련 부칙 규정의 비교를 통해 청구법인 주장의 오류를 확인할 수 있다. ＜표3＞ 판례 및 관련 부칙

* 부산지방법원 2020.11.26. 선고 2020구합21075 판결(2심:부산고등법원 2021.5.12. 선고 2020누23452 판결, 3심:대법원 2021.9.16. 선고 2021두41372 판결)

소급과세금지의 원칙이란 조세법령의 제정 또는 개정, 과세관청의 법령에 대한 해석 등에 변경이 있는 경우 그 효력발생 전에 종결한 과세요건사실에 대해 당해 법령 등을 적용할 수 없는 것이지 이전부터 계속되어 오던 사실이나 그 이후에 발생한 과세요건사실에 대하여 새로운 법령 등을 적용하는 것을 제한하는 것은 아니다.

세금의 부과는 원칙적으로 납세의무 성립 시, 즉 각 세법이 정한 과세요건이 완성된 때의 유효한 법령의 규정에 의하여야 하고, ’15년 개정 상증세법 부칙 제1조, 제2조에도 이 법은 그 시행일인 ’16.1.1. 이후 상속이 개시되거나 증여받은 경우부터 적용한다고 규정하고 있으므로, 앞서 본 바와 같이 그 과세요건이 ’16.12.15., ’17.12.15. 성립된 이 부분 처분의 경우 과세요건 완성 때의 유효한 법령인 ’15년 개정 상증세법의 규정에 의하여야 하고, 같은 법 부칙 제10조의 경과조치 규정을 들어 그 과세요건 완성 전의 법령인 ’15년 개정 전 상증세법 제41조 를 적용할 수 없으며, 달리 이를 적용할 법적 근거가 없다.

* 부칙＜제13557호, 2015.12.15.＞

제1조(시행일) 이 법은 2016년 1월 1일부터 시행한다.

제2조(일반적 적용례) 이 법은 이 법 시행 이후 상속이 개시되거나 증여받는 경우부터 적용한다.

제10조(특정법인과의 거래를 통한 이익의 증여에 관한 경과조치) 이 법 시행 전에 특정법인의 주주등과 특수관계가 있는 자가 해당 특정법인과 거래한 경우에 대해서는 제45조의5의 개정규정에도 불구하고 종전의 제41조에 따른다.

* 부칙＜제17654호, 2020.12.22.＞

제1조(시행일) 이 법은 2021년 1월 1일부터 시행한다.

제2조(일반적 적용례) 이 법은 이 법 시행 이후 상속이 개시되거나 증여를 받는 분부터 적용한다.

제3조(공익법인등의 요건 등에 관한 적용례) 제48조 제2항의 개정규정은 이 법 시행 이후 개시하는 과세기간 또는 사업연도 분부터 적용한다.

제5조(공익법인등의 요건 등에 관한 경과조치) 이 법 시행 전에 개시한 과세기간 또는 사업연도 분에 대해서는 제48조 제2항의 개정규정에도 불구하고 종전의 규정에 따른다.

이상 판례를 통해 알 수 있듯이 부칙에 증여세 과세대상 물건의 취득시기 등을 규정하는 별도의 경과규정이 없는 이상 사후관리대상 출연자산의 개정 법률 위반에 따른 과세는 원칙적으로 납세의무 성립시점(과세기준일, 증여시점)에 유효한 법령의 규정에 따라 행해져야 하고, 쟁점부칙에는 청구법인 주장과 달리 법률의 시행시기 및 납세의무성립 시점에 따른 개정 전·후 법률의 적용 여부만 규정되어 있을 뿐 사후관리대상 출연재산의 취득시기 등 청구법인의 주장을 뒷받침할 수 있는 ‘경과규정’이 확인되지 않으므로 납세의무 성립시점이 부칙상 개정법률의 시행시기 이후인 이 건에 대해 개정 법률을 적용하는 것에는 아무런 문제가 없다 할 것이다. (2) 청구법인은 쟁점부동산 공익목적사용 중단 후 매각을 통해 대출금을 변제할 계획으로 매각전문회사에 매각의뢰, 용도제한 완화 및 용도변경 요청 등 제반 노력을 이행하였으나 부동산 경기침체 등으로 매각이 지연되고, 주무관청의 수익사업 활용 불허에 따라 직접 공익목적사용이 불가능하였으며, 이는 법령상 부득이한 사유에 해당하므로 부과처분이 취소되어야 한다고 주장하고 있는바, 이에 대하여 살펴보면, 공익법인이 재산을 출연받은 후 직접 공익목적사업에 사용함에 있어 3년이라는 유예기간을 주는 것은 출연받은 즉시 사용하지 못할 제반 사정을 감안하여 이를 해결하는데 필요한 준비기간을 확보해주기 위한 취지라고 볼 수 있다. 청구법인은 2018년 쟁점부동산과 함께 B 신관 부지인 경기도 OOO 토지 및 지상에 건축 중인 건물을 함께 출연받은바, 이에 미루어 보면 출연 당시부터 신관으로의 이전이 예정되었고, 신관 이전 후 쟁점부동산의 활용방향 역시 사전에 계획되었을 것이나, 청구법인은 신관 이전에 따라 쟁점부동산의 사용이 중단된 이후 상당한 기간(출연일로부터 5년 이상, 중단일로부터 3년 이상)이 경과하였음에도 불구하고 수익사업을 포함한 직접 공익목적사업에 사용하고 있지 않았을 뿐만 아니라, 사용이 불가능할 경우엔 매각하여 그 매각대금을 공익목적사업에 사용하여야 함에도 이 역시 이행되지 않고 있어 법령의 취지를 감안할 때 부득이한 사유가 있다고 인정하기에는 무리가 있다. (가) 쟁점부동산의 매각지연이 쟁점부동산을 직접 공익목적사업에 사용해야 하는 함에 있어 부득이한 사유에 해당한다고 볼 수 없다. 공익법인의 기본재산에 해당하는 쟁점부동산을 매각하고자 하는 경우, 주무관청의 기본재산 처분허가를 득하는 것이 선행되어야 할 것이고, 이를 위해 최소한 신관 이전을 전·후하여 기본재산 처분허가 신청이 이루어졌어야 할 것이나, 납세자의 신청 및 허가 내역이 확인되지 않는 등 적극적인 매각 의지가 있었는지 여부가 불확실하고, 청구법인은 쟁점부동산 매각을 위해 C과 부동산 매각 관련 컨설팅 계약을 2차에 걸쳐 체결하였으나, C의 용역수행 관련 보고서의 최초 작성일(2023.7.3.)이 신관 이전 후 2년 이상(출연일 이후 4년 이상) 경과한 2차 계약일(2023.5.30.) 이후로서 보고서 작성 이전 활동내역 및 계약이행 과정에서 발생한 실비 정산내역이 전혀 확인되지 않는 등 컨설팅계약서 외 근거자료가 부족하여 신관 이전 전부터 컨설팅 계약을 체결했다는 사실만으로는 청구법인의 매각 노력이 입증되었다고 볼 수 없다. 또한, OOO 지구단위계획상 요양병원 및 정신병원 개설 제한은 쟁점부동산 출연 이전부터 존재하여 충분히 예상이 가능한 문제였고, 동 제한에 따라 쟁점부동산의 매각이 불가능해 보이지 않는 등 법령상·행정상 제한에 해당하지 않으며, 코로나 이후 경기침체 하에서 부동산 거래가 전무했던 것도 아니므로 매각지연의 직접적 사유로 볼 객관적 근거도 없다. 설혹, 상기 사유에 따라 매각이 지연되었다 하더라도 해석사례[사전-2015-법령해석재산-0308(2016.3.11.)] 등을 참고할 때, 직접 공익목적사업 등에 계속 사용하지 않았음에도 상증세법상 과세제외할 수 있는 법령상·행정상 부득이한 사유에 매각지연을 포함할 수는 없어 보인다. (나) 청구법인의 쟁점부동산의 직접공익목적 사용을 위한 용도변경(분사무소 및 임대용) 가능 여부의 주무관청에 대한 질의가 출연 직후 또는 사용중단일 직후가 아닌 사용중단일로부터 4년 정도가 경과(사후검증 시작 이후)한 후 이루어졌고, 당해 용도변경 제한은 쟁점부동산의 출연 이전부터 존재하던 사항으로서 출연 이후 새롭게 발생한 것으로 보기 어려운바(대법원 2014.1.29. 선고 2011두25807 판결), 이에 대한 대안은 출연 당시부터 마련되었어야 할 것이므로 이를 사용중단의 부득이한 사유로 볼 수 없다. (다) 청구법인은 주무관청의 기본재산처분 시 필요한 기본 절차 및 용도변경 질의에 대한 회신을 주무관청이 부득이한 사유를 인정한 것으로 주장하나, 이는 청구법인의 신청(질의)에 대한 단순 답변에 불과한 것으로서 직접 공익목적 미사용에 대한 부득이한 사유를 주무관청이 인정한 것이 아니므로 상증세법 시행령 제38조 제3항에 따른 요건을 위반하고 있다. 또한, 청구법인은 주무부장관의 인정이 동 조항상 사용중단의 부득이한 사유의 필수적 요건이 아니라고 주장하나, 해당 법령 문구에 부득이한 사유의 주무부장관 인정이 명시되어 있음에도 불구하고 달리 해석하는 것은 허용되기 어려워 보이며, 최근 조세심판원의 결정(조심 2025중1808, 2025.10.2., 조심 2021서2284, 2021.6.9., 같은 뜻임)에서도 관련 상증세법 시행령 규정대로 법령상·행정상 부득이한 사유로 직접 공익목적사업에 사용이 곤란한 경우로 주무부장관이 인정한 사실이 확인되지 않은 경우 부과처분이 정당한 것으로 보고 있다. 3. 심리 및 판단 가. 쟁점 ① (주위적 주장) 이 건 처분이 소급과세금지의 원칙을 위반하였다는 청구주장의 당부 ② (예비적 주장) 출연재산인 쟁점부동산을 3년 이후 직접 공익목적사업 등에 계속하여 사용하지 못한 부득이한 사유가 있다는 청구주장의 당부 나. 관련 법령 등 (1) 상속세 및 증여세법 (가) 2020.12.22. 법률 제17654호로 일부 개정되기 전의 것 제48조(공익법인등이 출연받은 재산에 대한 과세가액 불산입등) ① 공익법인등이 출연받은 재산의 가액은 증여세 과세가액에 산입하지 아니한다.(중략) ② 세무서장등은 제1항 및 제16조 제1항에 따라 재산을 출연받은 공익 법인등이 다음 제1호부터 제4호까지, 제6호 및 제8호의 어느 하나에 해당하는 경우에는 그 사유가 발생한 날에 대통령령으로 정하는 가액을 공익법인등이 증여받은 것으로 보아 즉시 증여세를 부과하고, 제5호 및 제7호에 해당하는 경우에는 제78조 제9항에 따른 가산세를 부과한다. 다만, 불특정 다수인으로부터 출연받은 재산 중 출연자별로 출연받은 재산가액을 산정 하기 어려운 재산으로서 대통령령으로 정하는 재산은 제외한다. 1.출연받은 재산을 직접 공익목적사업 등(직접 공익목적사업에 충당 하기 위하여 수익용 또는 수익사업용으로 운용하는 경우를 포함한다. 이하 이 호에서 같다)의 용도 외에 사용하거나 출연받은 날부터 3년 이내에 직접 공익목적사업 등에 사용하지 아니하는 경우. 다만, 직접 공익목적사업 등에 사용하는 데에 장기간이 걸리는 등 대통령령으로 정하는 부득이한 사유가 있는 경우로서 제5항에 따른 보고서를 제출할 때 납세지 관할세무서장에게 그 사실을 보고하고, 그 사유가 없어진 날부터 1년 이내에 해당 재산을 직접 공익목적사업 등에 사용하는 경우는 제외한다. 4. 출연받은 재산을 매각하고 그 매각대금을 매각한 날부터 3년이 지난 날까지 대통령령으로 정하는 바에 따라 사용하지 아니한 경우 ⑤제1항 및 제16조 제1항에 따라 공익법인등이 재산을 출연받은 경우에는 그 출연받은 재산의 사용계획 및 진도에 관한 보고서를 대통령령으로 정하는 바에 따라 납세지 관할세무서장에게 제출하여야 한다. (나) 2020.12.22. 법률 제17654호로 일부 개정된 것 제48조(공익법인등이 출연받은 재산에 대한 과세 가액 불산입등) ② 세무서장등은 제1항 및 제16조 제1항에 따라 재산을 출연받은 공익 법인등이 다음 제1호부터 제4호까지, 제6호 및 제8호의 어느 하나에 해당하는 경우에는 그 사유가 발생한 날에 대통령령으로 정하는 가액을 공익법인등이 증여받은 것으로 보아 즉시 증여세를 부과하고, 제5호 및 제7호에 해당하는 경우에는 제78조 제9항에 따른 가산세를 부과한다. 다만, 불특정 다수인으로부터 출연받은 재산 중 출연자별로 출연받은 재산가액을 산정 하기 어려운 재산으로서 대통령령으로 정하는 재산은 제외한다. 1.출연받은 재산을 직접 공익목적사업 등(직접 공익목적사업에 충당 하기 위하여 수익용 또는 수익사업용으로 운용하는 경우를 포함한다. 이하 이 호에서 같다)의 용도 외에 사용하거나 출연받은 날부터 3년 이내에 직접 공익목적사업 등에 사용하지 아니하거나 3년 이후 직접 공익목적사업 등에 계속하여 사용하지 아니하는 경우. 다만, 직접 공익목적사업 등에 사용하는 데에 장기간이 걸리는 등 대통령령으로 정하는 부득이한 사유가 있는 경우로서 제5항에 따른 보고서를 제출할 때 납세지 관할세무서장에게 그 사실을 보고하고, 그 사유가 없어진 날부터 1년 이내에 해당 재산을 직접 공익목적사업 등에 사용하는 경우는 제외한다. 4. 출연받은 재산을 매각하고 그 매각대금을 매각한 날부터 3년이 지난 날까지 대통령령으로 정하는 바에 따라 사용하지 아니한 경우 ⑤제1항 및 제16조 제1항에 따라 공익법인등이 재산을 출연받은 경우에는 그 출연받은 재산의 사용계획 및 진도에 관한 보고서를 대통령령으로 정하는 바에 따라 납세지 관할세무서장에게 제출하여야 한다. 부칙 ＜제17654호, 2020.12.22.＞ 제1조(시행일) 이 법은 2021년 1월 1일부터 시행한다. 다만, 제48조 제11항 제2호, 제60조 제1항 제2호 및 제65조 제2항의 개정규정은 2022년 1월 1일부터 시행한다. 제2조(일반적 적용례) 이 법은 이 법 시행 이후 상속이 개시되거나 증여를 받는 분부터 적용한다. 제3조(공익법인등의 요건 등에 관한 적용례) 제16조 제2항 제2호ㆍ제3항ㆍ제5항, 제48조 제2항ㆍ제9항ㆍ제11항부터 제14항까지 및 제49조 제1항 단서의 개정규정은 이 법 시행(제48조 제11항 제2호의 경우는 2022년 1월 1일을 말한다) 이후 개시하는 과세기간 또는 사업연도 분부터 적용한다. 제5조(공익법인등의 요건 등에 관한 경과조치) 이 법 시행(제48조 제11항 제2호의 경우는 2022년 1월 1일을 말한다) 전에 개시한 과세기간 또는 사업연도 분에 대해서는 제16조 제2항 제2호ㆍ제3항ㆍ제5항, 제48조 제2항ㆍ제9항 ㆍ제11항ㆍ제14항 및 제49조 제1항 단서의 개정규정에도 불구하고 종전의 규정에 따른다. (2) 상속세 및 증여세법 시행령 (가) 2021.2.17. 대통령령 제31446호로 일부 개정된 것 제38조(공익법인등이 출연받은 재산의 사후관리) ③ 법 제48조 제2항 제1호 단서에서 “직접 공익목적사업 등에 사용하는 데에 장기간이 걸리는 등 대통령령으로 정하는 부득이한 사유”란 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 사유로 출연 받은 재산을 3년 이내에 직접 공익목적사업 등에 전부 사용하거나 3년 이후 직접 공익목적사업 등에 계속하여 사용하는 것이 곤란한 경우를 말한다. 1.법령상 또는 행정상의 부득이한 사유 등으로 사용이 곤란한 경우 로서 주무부장관(권한을 위임받은 자를 포함한다)이 인정한 경우 2.해당 공익목적사업 등의 인가ㆍ허가 등과 관련한 소송 등으로 사용이 곤란한 경우 제40조(공익법인등에게 부과되는 증여세 과세가액의 계산등) ① 법 제48조 제2항 각 호 외의 부분 본문에서 "대통령령으로 정하는 가액"이란 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 가액을 말한다. 1.법 제48조 제2항 제1호 본문에 해당하게 되는 경우에는 다음 각 목의 구분에 따른 가액 가.직접 공익목적사업등외에 사용한 경우에는 그 사용한 재산의 가액 나.3년이내에 직접 공익목적사업등에 사용하지 아니하거나 미달하게 사용한 경우에는 그 사용하지 아니하거나 미달하게 사용한 재산의 가액 다.3년 이후 직접 공익목적사업 등에 계속하여 사용하지 않는 경우에는 그 사용하지 않는 재산의 가액 (3) 의료법 제48조(설립 허가 등) ① 제33조 제2항에 따른 의료법인을 설립하려는 자는 대통령령으로 정하는 바에 따라 정관과 그 밖의 서류를 갖추어 그 법인의 주된 사무소의 소재지를 관할하는 시ㆍ도지사의 허가를 받아야 한다. ②의료법인은 그 법인이 개설하는 의료기관에 필요한 시설이나 시설을 갖추는 데에 필요한 자금을 보유하여야 한다. ③의료법인이 재산을 처분하거나 정관을 변경하려면 시ㆍ도지사의 허가를 받아야 한다. 제49조(부대사업) ①의료법인은 그 법인이 개설하는 의료기관에서 의료업무 외에 다음의 부대사업을 할 수 있다. 이 경우 부대사업으로 얻은 수익에 관한 회계는 의료법인의 다른 회계와 구분하여 계산하여야 한다. 1. 의료인과 의료관계자 양성이나 보수교육 2. 의료나 의학에 관한 조사 연구 3.「노인복지법」제31조 제2호에 따른 노인의료복지시설의 설치ㆍ운영 4.「장사 등에 관한 법률」제29조 제1항에 따른 장례식장의 설치ㆍ운영 5.「주차장법」제19조 제1항에 따른 부설주차장의 설치ㆍ운영 6.의료업 수행에 수반되는 의료정보시스템 개발ㆍ운영사업 중 대통령령으로 정하는 사업 7.그 밖에 휴게음식점영업, 일반음식점영업, 이용업, 미용업 등 환자 또는 의료법인이 개설한 의료기관 종사자 등의 편의를 위하여 보건복지부령으로 정하는 사업 ② 제1항 제4호ㆍ제5호 및 제7호의 부대사업을 하려는 의료법인은 타인에게 임대 또는 위탁하여 운영할 수 있다. ③ 제1항 및 제2항에 따라 부대사업을 하려는 의료법인은 보건복지부령으로 정하는 바에 따라 미리 의료기관의 소재지를 관할하는 시ㆍ도지사에게 신고하여야 한다. 신고사항을 변경하려는 경우에도 또한 같다. (4) 의료법 시행령 제21조(재산 처분 또는 정관 변경의 허가신청) 법 제48조 제3항에 따라 의료법인이 재산 처분이나 정관 변경에 대한 허가를 받으려면 보건복지부령으로 정하는 허가신청서 및 관계 서류를 그 법인의 주된 사무소의 소재지를 관할하는 시ㆍ도지사에게 제출하여야 한다. 다만, 법률 제4732호 의료법 중 개정법률 부칙 제11조에 해당하는 국가로부터 공공차관을 지원받은 의료법인의 경우에는 이를 시ㆍ도지사를 거쳐 보건복지부장관에게 제출하여야 한다. (5) 의료법 시행규칙 제54조(기본재산의 처분허가신청) ① 영 제21조에 따라 의료법인이 기본재산을 매도ㆍ증여ㆍ임대 또는 교환 하거나 담보로 제공(이하 “처분”이라 한다)하려는 경우에는 별지 제32호 서식의 기본재산 처분허가신청서에 다음 각 호의 서류를 첨부하여 처분 1개월 전에 보건복지부장관 또는 시ㆍ도지사에게 제출하여야 한다. ②제1항에도 불구하고 의료법인이 기본재산을 담보로 제공하려는 경우 에는 제1항 각 호의 서류 외에 다음 각 호의 서류를 추가로 첨부하여 보건복지부장관 또는 시ㆍ도지사에게 제출하여야 한다. ③보건복지부장관 또는 시ㆍ도지사는 제1항의 신청에 따라 허가를 할 때에는 필요한 조건을 붙일 수 있다. 제60조(부대사업) 법 제49조 제1항 제7호에서 “휴게음식점영업, 일반음식점영업, 이용업, 미용업 등 환자 또는 의료법인이 개설한 의료기관 종사자 등의 편의를 위하여 보건복지부령으로 정하는 사업”이란 다음 각 호의 사업을 말한다. 1. 휴게음식점영업, 일반음식점영업, 제과점영업, 위탁급식영업 2. 소매업 중 편의점, 슈퍼마켓, 자동판매기영업 및 서점 2의2. 의류 등 생활용품 판매업 및 식품판매업(건강기능식품 판매업은 제외한다). 다만, 의료법인이 직접 영위하는 경우는 제외한다. 3. 산후조리업 4. 목욕장업 5.의료기기 임대ㆍ판매업. 다만, 의료법인이 직접 영위하는 경우는 제외한다. 6. 숙박업, 여행업 및 외국인환자 유치업 7. 수영장업, 체력단련장업 및 종합체육시설업 8. 장애인보조기구의 제조ㆍ개조ㆍ수리업 9.다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 업무를 하려는 자에게 의료법인이 개설하는 의료기관의 건물을 임대하는 사업 가. 이용업 및 미용업 나. 안경 조제ㆍ판매업 다. 은행업 라.의원급 의료기관 개설ㆍ운영(의료관광호텔에 부대시설로 설치하는 경우로서 진료과목이 의료법인이 개설하는 의료기관과 동일하지 아니한 경우로 한정한다) 제61조(부대사업의 신고 등) ① 법 제49조 제3항 전단에 따라 부대사업을 신고하려는 의료법인은 별지 제22호서식의 신고서에 다음 각 호의 서류를 첨부하여 관할 시ㆍ도지사에게 제출해야 한다. 1. 삭제 ＜2021.6.30.＞ 2. 부대사업의 내용을 적은 서류 3. 부대사업을 하려는 건물의 평면도 및 구조설명서 ② 제1항에 따른 신고를 받은 시ㆍ도지사는 별지 제23호서식의 신고증명서를 발급하여야 한다. ③ 제1항에 따라 신고한 내용을 변경하려는 자는 별지 제22호서식의 변경신고서에 다음 각 호의 서류를 첨부하여 관할 시ㆍ도지사에게 제출하여야 한다. 1. 제2항에 따라 발급받은 신고증명서 2. 변경 사항을 증명하는 서류 ④ 제3항에 따라 변경신고를 받은 시ㆍ도지사는 부대사업 신고증명서에 제3항에 따라 변경한 사항을 적은 후 해당 의료법인에 발급하여야 한다. 다. 사실관계 및 판단 (1) 청구법인과 처분청이 제출한 심리자료에 따르면 다음과 같은 사실이 나타난다. (가)국세청 통합전산망에 따르면 청구법인의 사업자등록 기본사항은 아래 ＜표4＞와 같다. ＜표4＞ 청구법인 기본사항 ○○○ (나)국세청 통합전산망에서 확인되는 청구법인의 이사장인 A의 사업자등록 기본사항은 아래 ＜표5＞와 같고, 청구법인을 개업한 이후 2018.11.9 B(구병원)을 폐업 신고한 것으로 확인된다. ＜표5＞ A의 사업자등록 내역(쟁점부동산 관련) ○○○ 기존 경기도 OOO 소재의 구병원을 청구법인의 이사장인 A은 1993.8.2. 개업하여 2018.8.23. 구병원을 청구법인에 출연하고, 2020.11.9. B 신관 부지 및 건물로 신축·이전하기 전까지 병원업을 운영함에 따라 청구법인은 2018.8.23.～2020.11.9. 구병원 출연 시부터 이전 시까지 직접 공익목적에 사용한 것으로 나타난다. ○○○ (다)청구법인 설립 시 출연재산은 OOO원(부동산 OOO원, 기타 OOO원)으로 그 내역은 아래 ＜표6＞과 같고, 이 중 쟁점부동산 평가액은 OOO원이다. ＜표6＞ 출연재산 내역 ○○○ (라)청구법인이 제출한 청구법인의 대출금 및 대출이자 내역은 아래 ＜표7＞과 같다. ＜표7＞ 대출금 및 대출이자 내역 ○○○ (마)청구법인은 신축병원을 착공(2018.4.1.)한 때부터 구병원의 매각을 시도하였으나, 청구법인 인력으로만은 부동산 매매가 이루어지기 어렵다는 판단 후, 적극적인 매각 추진을 위해 2020.3.2., 2023.5.30.에 C과 매각 컨설팅 계약을 체결(1차 OOO원, 2차 OOO원)하였다고 주장하면서, 그 계약서와 D회계법인과의 2024년 4월경 체결한 컨설팅 용역 계약서도 함께 제출하였으며, C과 매각 컨설팅계약서의 주요내용은 아래 ＜그림＞과 같다. ＜그림＞ 컨설팅 용역계약서 샘플(매도전속, 2020.3.2. 체결) ○○○ (바)청구법인은 C이 2023년 7월경 작성한 업무수행 보고 내역(B 매각안내문)을 제출하였고, 그 주요내용은 다음과 같다. ＜그림＞ C의 업무수행 보고내역(구병원 매각안내문, 2023년 7월경) ○○○ (사)청구법인이 제출한 쟁점부동산 매각 컨설팅업체의 ‘B 매각 프로젝트 업무보고’의 주요내용은 아래 ＜표8＞과 같다. ＜표8＞ B 매각 프로젝트 업무보고 ○○○ (아)청구법인은 ‘OOO 지구단위계획재정비’와 관련하여 현 지구단위 계획상 일반상업지역 용지에 요양병원 및 정신병원 개설허용을 요청하였다고 주장하면서, 수신자를 경기도 OOO으로 기재된 2021.7.20.자 공문과 2021.7.21.자 공문(추가자료)을 제출하였고, 2024.9.10. 구병원이 4년간 매각되지 않자 구병원을 청구법인의 분사무소로 개설이 가능한지 여부 등을 문의하는 공문을 발송하였다. 경기도 OOO 보건소장은 2024.9.12. 청구법인이 2024.9.10. 발송한 공문(분사무소 개설 가능여부 및 자문 건)에 대하여 아래 ＜표9＞와 같이 회신하였다. ＜표9＞ 회신공문 주요내용 ○○○ (자)청구법인은 2025.1.24. 쟁점부동산 중 경기도 OOO(2024.10.10., OOO원 매각 계약 체결)와 같은 동 OOO(2024.10.10., OOO원 매각 계약 체결)에 대해 경기도 OOO에게 기본재산 처분허가신청서를 제출하였고, 경기도 OOO은 2025.2.7. 이를 허가하였으며, 청구법인은 2025년 3월경 위 부동산을 매각한 것으로 확인된다. (차)청구법인이 2023년 7월경 작성되었다고 주장하는 ‘OOOB 사업계획서’에 따르면 중 소요자금 마련에 있어 B 매각자금으로 OOO원을 조달하도록 계획에 포함되어 있는 것으로 확인된다. (카)상증세법 제48조 제2항 제1호에 따르면 직접 공익목적사업 등에 사용하는데 장기간이 걸리는 등 부득이한 사유가 있는 경우로서 ‘공익법인 출연재산 등에 대한 보고서’를 제출할 때 납세지 관할세무서장에게 그 사실을 보고하도록 규정하고 있는데, 청구법인은 2018사업연도의 경우 쟁점부동산을 출연받아 당해연도에 직접 공익목적 사업에 사용한 것으로 기재하여 제출하였고, 2020사업연도 이후 쟁점부동산의 사용 중단에 대한 별도의 기재 없이 제출한 것으로 나타나며, 공익목적에 사용하지 못하는 부득이한 사유는 기재되어 있지 않은 것으로 확인된다. (2)기획재정부가 2021년에 발간한 2020 간추린개정세법 책자에는 상증세법 제48조 제2항이 아래 ＜그림＞과 같이 개정되었는데, ‘출연재산 공익목적 사용에 대한 대한 사후관리 합리화’가 개정사유라고 기재되어 있다. ＜그림＞ 2020 간추린개정세법

(2) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 이 건에 대하여 살펴본다. (가) 먼저 청구법인의 주위적 주장에 대하여 살피건대, 청구법인은 이 건 처분이 소급과세금지의 원칙을 위반하였다고 주장하나, 2020.12.22. 법률 제17654호로 개정된 쟁점개정규정은 출연받은 재산을 직접 공익목적사업 등의 용도 외에 사용 하거나 출연받은 날부터 3년 이내에 직접 공익목적사업 등에 사용하지 아니하거나 3년 이후 직접 공익목적사업 등에 계속하여 사용하지 아니하는 경우 그 사유가 발생하는 날에 공익법인등이 증여받은 것으로 보나, 다만 직접 공익목적사업 등에 사용하는 데에 장기간이 걸리는 등 대통령령으로 정하는 부득이한 사유가 있는 경우로서 제5항에 따른 보고서를 제출할 때 납세지 관할세무서장에게 그 사실을 보고하고, 그 사유가 없어진 날부터 1년 이내에 해당 재산을 직접 공익목적 사업 등에 사용하는 경우는 증여세 과세대상에서 제외한다고 규정하고 있다. 청구법인의 이사장인 A이 2018.8.23. 쟁점부동산을 포함한 구병원을 청구법인에 출연하였고, 2020.11.9. B 신관 부지 및 건물로 신축하여 이전하기 전까지 병원업을 운영함에 따라 청구법인은 2018.8.23.부터 2020.11.9.까지 쟁점부동산을 직접 공익목적사업에 사용하였으나, 2020.11.9. 이후 쟁점부동산에 대하여 직접 공익목적사업 등에 사용이 중단된 것으로 확인되는 점, 쟁점개정규정의 적용 가능 여부는 과세기준일이 해당 개정법률 시행일 전에 도래하였는지를 기준으로 판단해야 할 것이고, 쟁점개정규정에서 출연받은 재산을 직접 공익목적사업 외 용도로 사용하는 경우에는 사용 시점이 증여세 과세기준일이 되는 것이나, 재산 출연 후 미사용하는 경우 3년이라는 유예기간을 두고 있고, 3년 이후 직접 공익목적 등에 계속하여 사용하지 아니한 경우 그 사유가 발생한 날에 증여받은 것으로 보도록 규정하고 있는바, 청구법인이 쟁점부동산을 직접 공익목적 등에 계속하여 사용하지 아니하여 증여받은 것으로 볼 수 있는 날은 출연받은 시점 이후 3년이 경과한 날로 봄이 타당한 점, 2020.12.22. 법률 제17654호로 개정된 상증세법 부칙에서 별도로 ‘이 법 시행 전 증여(출연) 받은 재산’ 또는 ‘이 법 시행 전 직접 공익목적사용이 중단된 재산’에 대한 경과규정이 확인되지 않고, 쟁점부칙에서 쟁점개정규정을 이 법 시행 이후 개시하는 사업연도 분부터 적용하고, 이 법 시행 전에 개시한 사업연도 분에 대하여는 쟁점개정규정에도 불구하고 종전의 규정에 따르도록 되어 있어, 과세기준일인 2021.8.23.은 쟁점개정규정이 시행된 이후의 사업연도에 해당되어 새로운 입법으로 이미 종료된 사실관계에 작용케 하는 진정소급입법은 아닌 것으로 보이는 점, 조세부과의 근거 법률이 헌법에 위반되는지 여부는 헌법재판소의 소관 사항(조심 2022서2837, 2022.9.7. 외 다수, 참조)으로 헌법재판소에서 이를 위헌으로 결정한 사실이 확인되지 않는 점 등에 비추어 이 건 처분이 소급과세금지의 원칙을 위반되었다는 청구법인의 주장은 받아들이기 어렵다고 판단된다. (나) 다음으로 청구법인의 예비적 주장에 대하여 살피건대, 상증세법 제48조 제1항은 ‘공익법인 등이 출연받은 재산의 가액은 증여세과세가액에 산입하지 아니한다’고 규정하고 있고, 같은 법 같은 조 제2항 제1호는 ‘공익법인 등이 출연받은 재산을 직접 공익목적사업 등의 용도외에 사용하거나 출연받은 날부터 3년 이내에 직접 공익목적사업 등에 사용하지 아니하거나 3년 이후 직접 공익목적사업 등에 계속하여 사용하지 아니하는 경우 그에 대하여 즉시 증여세를 부과하되, 다만 그 사용에 장기간이 소요되는 등 대통령령이 정하는 부득이한 사유가 있는 경우에는 증여세 부과대상에서 제외한다’고 규정하고 있는바, 상증세법은 공익법인 등이 국가 또는 지방자치단체의 임무 일부를 대신 수행하는 기능을 하고 있다는 점을 고려하여 그 목적사업의 원활한 수행을 뒷받침하기 위하여 상증세법 제48조 제1항에서 공익법인 등에 출연된 재산에 대하여는 증여세를 부과하지 아니하도록 규정하는 한편, 그 사후관리를 위하여 상증세법 제48조 제2항 제1호 본문에서 공익법인 등이 출연받은 재산을 3년 이내에 직접 공익목적사업 등에 사용하지 아니하는 경우에는 당초 부과하지 아니하였던 증여세를 즉시 추징하도록 규정하면서, 다만 공익법인 등에 책임을 돌리기 어려운 부득이한 사정이 있는 경우까지 예외 없이 즉시 증여세를 추징하는 것은 불합리하므로 상증세법 제48조 제2항 제1호 단서 등에서는 법령상 또는 행정상의 부득이한 사유 등으로 인하여 출연받은 재산을 3년 이내에 직접 공익목적사업 등에 사용하지 못한 경우를 추징의 대상에서 제외하고 있다. 이러한 관련 규정의 입법 취지와 문언 내용 등에 비추어 보면, 공익법인 등이 출연받은 재산을 직접 공익목적사업 등에 사용할 수 없는 법령상의 장애사유가 있음을 알았거나, 설령 몰랐다고 하더라도 조금만 주의를 기울였더라면 그러한 장애사유의 존재를 쉽게 알 수 있었던 상황에서 재산을 출연받았고, 그 후 3년 이내에 당해 출연받은 재산을 직접 공익목적사업 등에 사용하지 못한 것이 동일한 사유 때문이라면, 재산을 출연받을 당시 존재하였던 법령상의 장애사유가 장래에 충분히 해소될 가능성이 있었고 실제 그 해소를 위하여 노력하여 이를 해소하였음에도 예측하지 못한 전혀 다른 사유로 공익목적사업 등에 사용하지 못하였다는 등의 특별한 사정이 없는 한, 그 법령상의 장애사유는 상증세법 제48조 제2항 제1호 단서 등에서 정한 증여세 추징의 제외사유인 ‘출연받은 재산을 직접 공익목적사업 등에 사용하지 못한 부득이한 사유’가 될 수 없다(대법원 2014.1.29. 선고 2011두25807 판결, 같은 뜻임). 청구법인은 쟁점부동산을 출연받은 날로부터 3년 이내에 계속해서 직접 공익목적사업 등에 사용하지 아니하였고,「상속세 및 증여세법」제48조 제2항 제1호 단서에 따라 청구법인이 쟁점부동산을 직접 공익목적사업에 사용함에 있어서 법령상 또는 행정상의 부득이한 사유 등으로 인하여 쟁점부동산을 직접 공익목적사업에 사용하는 것이 곤란한 경우에 해당한다는 점에 대하여 주무부장관이 이를 인정한 사실이 확인되지 않으며, 같은 조 제5항에 따라 보고서의 제출과 함께 처분청에 그 사실을 보고한 사실도 확인되지 아니하므로 원칙적으로 상증세법 제48조 제2항에서 규정하는 증여세 부과대상에 해당한다 할 것이다. 청구법인은 쟁점부동산을 출연받은 이후 직접 공익목적사업 등에 사용하였으나, 병원의 신축 이전을 위해 불가피하게 사용이 일시적으로 중단된 것일 뿐, 쟁점부동산을 매각하기 위해 전문회사에 컨설팅을 의뢰하였고, 그 당시 청구법인의 위치에서 할 수 있는 제반 노력을 다해 지방자치단체에 용도 제한 완화 및 용도변경 요청(임대 허용) 등을 요청하였으나 부동산 경기침체 등으로 매각이 지연되고, 주무관청의 수익사업 활용 불허에 따라 직접 공익목적사용이 불가능하였으며, 이는 법령상 부득이한 사유에 해당하므로 부과처분이 취소되어야 한다고 주장하나, 청구법인은 2018년 쟁점부동산과 함께 B 신관 부지인 경기도 OOO 토지 및 지상에 건축 중인 건물을 함께 출연받은바, 이런 정황을 미루어 보면 출연 당시부터 신관으로의 이전이 예정되어 있었다고 볼 수 있고, 신관 이전 후 쟁점부동산의 활용방향 역시 사전에 계획되었을 것이나, 신관 이전에 따라 쟁점부동산의 사용이 중단된 이후 상당한 기간(출연일로부터 5년 이상, 중단일로부터 3년 이상)이 경과하였음에도 불구하고 수익사업을 포함한 직접 공익목적사업에 사용하고 있지 않았을 뿐만 아니라, 사용이 불가능할 경우엔 매각하여 그 매각대금을 공익목적사업에 사용하여야 함에도 이 역시 이행되지 않고 있어 법령의 취지를 감안할 때 부득이한 사유가 있다고 인정하기에는 무리가 있다 할 것인 점, 청구법인은 쟁점부동산 매각을 위해 C과 부동산 매각 관련 컨설팅 계약을 2차에 걸쳐 체결하였으나, C의 용역수행 관련 보고서의 최초 작성일(2023.7.3.)이 신관 이전 후 2년 이상(출연일 이후 4년 이상) 경과한 2차 계약일(2023.5.30.) 이후로서 보고서 작성 이전 활동내역 및 계약이행 과정에서 발생한 실비 정산내역이 전혀 확인되지 않는 등 컨설팅계약서 외 근거자료가 부족하여 신관 이전 전부터 컨설팅 계약을 체결했다는 사실만으로는 청구법인의 매각 노력이 입증되었다고 볼 수 없는 점, OOO 지구단위계획상 요양병원 및 정신병원 개설 제한은 쟁점부동산 출연 이전부터 존재하여 충분히 예상이 가능한 문제였고, 동 제한에 따라 쟁점부동산의 매각이 불가능해 보이지 않는 등 법령상·행정상 제한에 해당하지 않으며, 코로나 이후 경기침체 하에서 부동산 거래가 전무했던 것도 아니므로 매각지연의 직접적 사유로 보기 어려운 점 등에 비추어 청구법인이 주장하는 일련의 상황은 상증세법 시행령 제38조 제3항에서 명시하고 있는 ‘법령상 또는 행정상의 부득이한 사유 등으로 사용이 곤란한 경우’에 해당하는 것으로 보기 어려운 것으로 보인다. 따라서 처분청이 상증세법 제48조 제2항에 따라 이 건 증여세를 과세한 처분은 달리 잘못이 없는 것으로 판단된다. 4. 결론 이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 없으므로「국세기본법」제80조의2 및 제65조 제1항 제2호에 의하여 주문과 같이 결정한다.