① 법인의 주식을 취득함으로써 과점주주가 된 자가 그 법인의 자산을 취득하였다 하더라도 과점주주로써 그 자산에 대한 취득세를 이미 납부하였으므로, 다시 납세의무가 성립하는 것은 아님② 이 건 법인의 법률상 지위를 승계한 청구법인이 여전히 쟁점부동산을 해당 감면용도로 사용하고 있는 이상, 감면된 취득세의 추징사유에 해당하지 않는 것으로 보는 것이 합병으로 인한 납세의무 승계제도의 취지와 「지방세특례제한법」제78조 제5항의 입법목적 및 관련 규정의 체계 등에 부합해 보임

이유 1. 처분개요 가. OOO 주식회사(이하 “이 건 법인”이라 한다)는 2023.9.1.부터 2024.12.20.까지 사이에 OOO소재한 충청남도 서산시 OOO토지상에 아래 <표1>의 가설건축물 및 도관시설(이하 “이 건 부동산 등”이라 한다)을 신축하여 취득한 후, 2023.10.31.부터 2024.12.20.까지 처분청에 「지방세특례제한법」(2023.3.14. 법률 제19232호로 개정된 것) 제78조 제4항 제2호 가목 및 「충청남도 도세 감면조례」제7조의2 제1호에 따른 산업단지 등에서 산업용 건축물 등을 신축하여 취득하는 부동산 등에 대한 감면을 적용하여 취득세의 100분의 75를 경감받았다. <표1> 이 건 법인의 취득세 등 신고내용 (단위 : 원) ○○○ 나. 청구법인은 2024.11.1. 이 건 법인의 지분 50%를 소유한 상태에서 나머지 지분 50%를 추가로 취득하여 최초로 이 건 법인의 과점주주(지분 100%)가 된 것으로 보아, 2024.12.30. 처분청에 이 건 법인의 취득세 과세대상 물건의 장부가액을 과세표준으로 하고, 「지방세법」제15조 제2항의 세율을 적용하여 산출한 취득세 등 합계 OOO원을 신고ㆍ납부하였다. 다. 청구법인은 2024.12.30. 이 건 법인을 합병함에 따라 이 건 법인 소유의 충청남도 서산시 OOO에 소재한 공장용 건축물 256,773.51㎡, 그 부속토지 등 토지 9필지 177,443.4㎡ 및 송유관 등의 시설을 취득한 것으로 보아, 2025.2.27. 처분청에 그 취득가액을 과세표준으로 하고, 「지방세법」 제15조 제1항 제3호의 세율 및 「지방세특례제한법」 제57조의2 제1항의 기업합병등의 감면(50%)을 적용하여 산출한 취득세 등 합계 OOO원을 신고ㆍ납부하였다. 라. 청구법인은 2025.3.27. 처분청에 이 건 법인이 이 건 부동산 등을 해당 용도로 직접 사용한 기간이 2년 미만인 상태에서 청구법인에게 소유권을 이전하여 취득세 등의 추징사유가 발생한 것으로 보아, 「지방세특례제한법」제78조 제5항 제2호에 따라 취득세 등 합계 OOO원을 기한후신고ㆍ납부하였다. 마. 청구법인은 2025.5.13. 청구법인이 합병을 원인으로 취득세 등을 신고한 물건 중 과점주주 간주취득을 원인으로 이미 취득세를 신고납부한 충청남도 서산시OOO소재 부동산 등(이하 “쟁점부동산 등”이라 한다)은 취득세 등을 이중으로 신고ㆍ납부한 것이므로 합병에 따른 취득세 등의 일부를 환급하여 달라는 취지의 경정청구(이하 “이 건 ①취득세 등의 경정청구”라 한다)를 제기하였으나, 처분청은 2025.6.17. 이를 거부하였다. 바. 청구법인은 2025.5.13. 이 건 법인이 청구법인에게 소유권을 이전한 것은 취득세의 추징사유인 매각ㆍ증여에 해당하지 않으므로 기납부한 취득세 등을 환급하여 달라는 취지의 경정청구(이하 “이 건 ②취득세 등의 경정청구”라 한다)를 제기하였으나, 처분청은 2025.6.19. 이를 거부하였다. 사. 청구법인은 이에 불복하여 2025.8.5. 심판청구를 제기하였다. 2. 청구법인 주장 및 처분청 의견 가. 청구법인 주장 (1) 청구법인은 쟁점부동산 등에 대한 취득세를 이중으로 신고ㆍ납부하였으므로 합병에 따른 취득세 중 이미 납부한 간주취득세 상당액 부분은 환급되어야 한다. (가) 청구법인은 1964.11.19. 설립되어 석유류 제품 제조 및 판매를 주요 사업으로 영위하고 있다. 청구법인은 2024.11.1.OOO주식회사로부터 이 건 법인의 주식 OOO주(지분 50%)를 양수하면서, 최초로 이 건 주식발행법인의 과점주주(100%)가 되었고, 2024.12.30.을 합병기일로 하여 이 건 법인을 흡수합병하였다. (나) 「지방세법」 제7조 제5항에서는 ‘법인의 주식을 취득하여 과점주주가 된 때에는 그 과점주주는 당해 법인의 부동산 등을 취득한 것으로 본다’라고 규정하여, 과점주주 지위의 취득을 당해 법인의 취득세 과세대상 자체에 대한 취득으로 법률상 의제(대법원 1994.5.24. 선고 92누11138 판결, 참조)하고 있는데, 그 취지는 해당 법인의 과점주주는 그 법인의 재산을 사실상 임의처분하거나 관리운용할 수 있는 지위에 있으므로 실질적으로 그 재산 자체를 직접 소유하는 것이나 다름없기 때문이다. (다) 대법원은 직접적인 자산 취득이 아닐지라도 주식 취득을 통하여 부동산 자체를 취득한 것으로 보고 취득세를 납부한 이상, 이후에 실질적으로 부동산을 취득하고 취득세를 납부한 경우에는, 동일한 취득에 대한 이중과세에 해당한다고 판시하였다(대법원 2009.4.23. 선고 2006다81257 판결, 같은 뜻임). (라) 조세심판원 또한 해당 대법원 판례를 인용하여 과점주주가 간주취득세를 납부하고 실제 취득에 의한 취득세를 다시 납부한 경우, 과점주주로서 이미 납부한 간주취득세 상당액 부분은 이중과세에 해당한다고 결정하였다(조심 2010지691, 2011.9.29. 등 다수, 같은 뜻임). (마) 이와 같이 동일한 과세물건인 쟁점부동산 등에 대하여 청구법인이 과점주주 간주취득과 법인합병을 원인으로 취득세를 이중으로 신고ㆍ납부하였음에도 불구하고 처분청이 이 건 ①취득세 등의 경정청구를 거부한 처분은 위법하다. (2) 합병은 감면추징사유인 매각ㆍ증여가 아니므로 이 건 법인이 청구법인에게 이 건 부동산 등을 포괄승계한 것은 취득세의 추징사유에 해당하지 않는다. (가) 합병이 「지방세특례제한법」상 감면추징사유인 매각ㆍ증여에 해당하지 않는다는 것은 감사원, 조세심판원, 법원 등에서 일관되게 확립된 견해(감심 2017-580, 2019.9.6., 조심 2019지3577, 2020.3.12., 청주지방법원 2020.7.9. 선고 2020구합5435 판결 등 다수, 참조)로서, 그 주된 논거는 매각ㆍ증여는 특정승계에 해당하나, 합병은 포괄승계에 해당하므로 달리 취급하여야 한다는 점이다. 이와 같이 합병은 단순히 권리ㆍ의무의 승계에 그치는 것이 아니라, 소멸회사의 법률상 지위가 존속되는 회사에게 동일성을 유지하면서 이전되는 것이라는 점(청주지방법원 2020.7.9. 선고 2020구합5435 판결, 같은 뜻임)을 고려하면, 합병은 취득세 감면추징사유가 아니라, “피합병법인에게 이미 발생한 감면 유예기간 준수의무에 대한 법률상의 지위 또한 승계”하는 것이라고 해석하는 것이 타당하다(조심 2023지5654, 2024.8.9., 같은 뜻임). (나) 기존 선례의 결론은 「지방세특례제한법」(2021.12.28. 법률 제18656호로 개정된 것, 이하 “개정 지특법”이라 한다)에 매각ㆍ증여에 대한 정의가 신설된 이후에도 마찬가지로 적용된다. 1) 위 개정 지특법의 매각ㆍ증여 정의규정은 완전히 새로운 것이 아니라, 행정안전부의 유권해석(지방세특례제도과-2200, 2016.8.26.)으로 존재하던 것이었는데, 기존의 심판례는 이러한 유권해석에도 불구하고, 합병을 매각ㆍ증여와 동일한 것으로 보기 어렵다고 결정해왔다. 2) “매매, 교환, 증여 등 유상이나 무상으로 소유권을 이전하는 것”에서 제외되는 사유가 개정 지특법 시행령 제1조의2에 국한되지 않는 사실이 행정안전부 문서(지방세특례제도과-425, 2023.10.19)를 통하여도 확인되는바, 개정 지특법에서 규정한 “매매, 교환, 증여 등”은 모두 특정승계의 방식에 불과하여 포괄승계인 합병을 포함할 수 없다. (다) 청구법인은 이 건 법인의 자산을 승계한 후, 여전히 감면 목적범위에서 사용하고 있으므로, 감면된 취득세를 추징할 합목적성이 없다. 1) 「지방세특례제한법」 제78조에 산업단지 취득세 감면분에 대한 추징조항을 둔 입법취지는, 예정된 용도로 직접 사용한 기간이 2년 미만인 상태에서 매각ㆍ증여하거나 다른 용도로 사용하는 등 세제상의 혜택만 누리려는 행위를 억제하려는 것이다(헌법재판소 2020.3.26. 선고 2017헌바527 전원합의체 결정, 같은 뜻임). 2) 청구법인과 같이 100% 자회사를 흡수합병하는 경우, 합병 전과 후 동일하게 청구법인이 산업단지 취득세 감면의 대상이 된 부동산을 사실상 지배ㆍ보유하고 있다는 점에서 현상의 변화가 없고, 세제상의 혜택만을 누리고 소유관계에서 이탈한 자 또한 없다. 3) 특히 청구법인은 이 건 법인의 자산을 승계한 이후 같은 지역에서 여전히 해당 사업장을 운영하고 있는바, 산업단지 취득세 감면의 취지가 유지되고 있음에도 불구하고, 처분청이 이 건 ②취득세 등의 경정청구를 거부한 처분은 위법하다. 나. 처분청 의견 (1) 과점주주 취득세와 합병으로 인한 취득세는 과세요건이 다르므로, 청구법인은 쟁점부동산 등에 대한 취득세를 이중으로 신고ㆍ납부한 것이 아니다. (가) 과점주주 취득세와 합병을 원인으로 한 취득세는 취득의 성격이 달라 과세요건을 달리하는 것이다. 과점주주 취득세에 대한 「지방세법」등의 규정을 종합하면, 법인의 주식 또는 지분을 취득함으써 「지방세기본법」 제46조 제2호에 따른 과점주주 중 대통령령으로 정하는 과점주주가 되었을 때에는 그 과점주주가 해당 법인의 부동산 등을 취득한 것으로 보아 「지방세법」제15조 제2항 제3호 중과기준세율(2%)을 적용하여 계산한 금액을 그 세액으로 적용한다. 즉, 과점주주 취득세 규정은 납세자가 법인의 재산을 직접 취득한 것이 아니라 법인의 주식 또는 지분을 취득하여 과점주주가 된 경우에 재산을 취득한 것으로 간주하는 의제 규정이다. 반면에 합병을 원인으로 한 취득세는 「상법」상 합병 절차에 의하여 합병 등기가 이루어진 경우 존속ㆍ신설법인이 소멸 법인의 재산을 실제로 양도받고, 그 재산에 대해 완전한 소유권을 취득하기 때문에 과세하는 것으로서, 「지방세법」제15조 제1항 제3호에 따라 표준세율에서 중과기준세율(2%)을 뺀 세율을 적용한다. 이와 같이 과점주주 취득세와 합병으로 인한 취득세는 그 성격과 과세요건을 달리한다. (나) 한편 「지방세법」은 2010.3.31. 법률 제10221호로 전부개정되면서, 별도로 규정하던 취득세와 등록세를 취득세로 통합하고, 아래 <표2>와 같이 그 세율을 종전의 취득세 2%, 등록세 2%에서 이를 합한 취득세 4%로 규정하되, 등기를 요하지 않는 취득세 과세대상에 적용하기 위하여 중과기준세율(2%)이라는 특례 세율을 마련하였다. 이를 통하여 개정 「지방세법」의 취득세가 종전 「지방세법」의 취득세와 등록세의 과세대상과 세율을 그대로 유지한 사실을 알 수 있다. <표2> 「지방세법」개정 전후 취득세 비교 ○○○ (다) 청구법인 또한 2024.12.30. 구 취득세에 해당하는 중과기준세율로 과점주주 취득세를 신고한 후, 2025.2.27. 구 등록세에 해당하는 2%의 세율로 산출한 취득세를 신고ㆍ납부하였다. 이와 같이 과점주주의 취득세율은 등기를 요하지 않는 취득세 과세대상에 적용하는 특례세율인 중과기준세율을, 합병을 원인으로 한 취득세율은 중과기준세율을 제외한 세율을 적용하는 것이므로 과점주주 간주 취득세와 합병을 원인으로 한 취득세는 원칙적으로 이중과세에 해당하지 않는 것이다. (라) 취득세는 재산의 이전이라는 사실 자체를 포착하여 거기에 담세력을 인정하는 세금으로서 재산의 이전이라는 사실 자체가 발생하는 횟수에 따라 반복적으로 발생한다(헌법재판소 2025.2.6. 선고 2024헌바27 결정, 같은 뜻임). 과점주주 취득세는 과점주주가 법인의 재산에 대해 관리ㆍ처분권을 행사할 수 있는 지위에 있음에 착안하여 재산의 주식 비율만큼 취득을 의제하여 과세하는 것이고, 합병을 원인으로 한 취득세는 존속법인 또는 신설법인이 상법상 합병이라는 절차를 통해 소멸법인으로부터 자산을 이전받아 그 재산의 완전한 소유권을 취득하는 것에 대하여 과세하는 것으로서, 그 과세원인과 요건이 달라 각각의 행위에 대하여 독립적으로 납세의무가 부여된다 할 것이다. 따라서, 처분청이 과점주주의 간주취득과 합병으로 인한 취득은 중복이 아니라는 전제에서 이 건 ①취득세 등의 경정청구를 거부한 처분은 적법하다. (2) 합병은 감면추징사유인 매각ㆍ증여에 해당하므로 이 건 법인이 청구법인에게 이 건 부동산 등을 포괄승계한 것은 취득세의 추징사유에 해당한다. (가) 개정 지특법 제78조 제4항에 따르면, 제1항에 따른 사업시행자 외의 자가 산업단지를 조성하기 위하여 취득한 부동산에 대해 취득세를 감면한다고 규정하고 있고, 같은 조 제5항에서 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우 그 해당 부분에 대해서는 제4항에 따라 감면된 취득세 등을 추징한다고 규정하면서, 그 제2호에서 해당 용도로 직접 사용한 기간이 2년 미만인 상태에서 매각ㆍ증여하거나 다른 용도로 사용하는 경우를 규정하고 있다. 또한 개정 지특법 제2조 제1항 제8의2호에서는 매각ㆍ증여의 개념을 이 법에 따라 지방세를 감면받은 자가 해당 부동산, 차량, 선박 등을 매매, 교환, 증여 등 유상이나 무상으로 소유권을 이전하는 것을 말한다고 규정하면서, 같은 법 시행령 제1조의2에서는 매각ㆍ증여로 볼 수 없는 예외 사유를 ‘상속으로 인한 소유권 이전’, ‘수용으로 인한 소유권 이전’, ‘신탁재산의 소유권이전’으로 열거하고 있다. (나) 특히 개정 지특법은 2021.12.28. 법률 제18656호로 개정되면서, 기존 법에서 명확하게 규정하지 않았던 매각ㆍ증여를 정의하고, 그 예외사유를 명확히 하기 위하여 제2조 제1항 제8의2호 및 같은 법 시행령 제1조의2를 신설한 것이다. (다) 이 건 법인은 2023.9.1.부터 2024.12.20.까지 이 건 부동산을 취득하고, 2024.12.30. 청구법인에게 소유권을 이전해 준바, 개정 지특법을 적용하는 것이 타당하고, 회사분할을 통한 소유권이전은 개정 지특법 제2조 제1항 제8의2호의 매각ㆍ증여의 정의에 부합하면서 같은 법 시행령 제1조의2에서 규정한 매각ㆍ증여의 예외사유에 해당하지 않기 때문에 추징대상으로 보는 것이 타당하다. (라) 한편 청구법인이 제시한 조세심판원의 결정(조심 2020지1282, 2021.5.20.)은 개정 지특법 적용 전에 납세의무가 성립한 것으로서, 당시에는 매각ㆍ증여의 정의가 명확하게 규정되어 있지 않아, 청구법인의 경우에 이를 원용하기 어렵다. (마) 따라서 개정 지특법에서 합병ㆍ분할을 통한 부동산의 소유권 이전이 매각ㆍ증여에 해당하는 것을 명확화한 점 및 청구법인의 쟁점건축물에 대한 소유권 이전은 개정 지특법의 적용시기인 2024.12.30.에 발생한 점 등을 고려하면, 처분청이 이 건 ②취득세 등의 경정청구 경정청구를 거부한 처분은 적법하다. 3. 심리 및 판단 가. 쟁 점 ① 이 건 법인의 주식 100%를 취득함으로써 이 건 소유의 부동산 등에 대하여 간주취득세를 납부한 청구법인이 이 건 법인을 합병함에 따라 이 건 법인 소유 부동산 등을 실제 취득하게 되는 경우 간주취득세 부분은 동일한 물건의 취득에 대한 이중과세에 해당한다는 청구주장의 당부 ② 합병으로 인한 소유권이전이 개정 지특법 제78조 제5항 제2호의 추징요건인 매각ㆍ증여에 해당하는지 여부 나. 관련 법령 : <별지> 기재 다. 사실관계 및 판단 (1) 청구법인과 처분청이 제시한 심리자료에 의하면 다음과 같은 내용이 나타난다. (가) 법인등기사항전부증명서에 의하면, 이 건 법인은 2009.11.26. 석유화학제품의 생산, 판매, 유통 및 마케팅을 목적으로 설립되었고, 합병일 현재 발행주식의 총수는 OOO주, 자본금은 OOO원이며, 2024.12.30. 청구법인에 합병되어 해산한 사실이 나타난다. (나) 처분청이 제출한 서류에 의하면, 이 건 법인은 2023.9.1.부터 2024.12.30.까지 이 건 부동산 등을 신축하여 취득한 후, 2023.10.31.부터 2024.12.20.까지 처분청에 「지방세특례제한법」(2023.3.14. 법률 제19232호로 개정된 것) 제78조 제4항 제2호 가목 및 「충청남도 도세 감면조례」제7조의2 제1호에 따라 취득세의 100분의 75를 감면받았고, 청구법인은 2025.3.27. 이 건 법인이 이 건 부동산 등을 직접 사용한 기간이 2년 미만인 상태에서 청구법인에게 소유권을 이전하여 취득세 등의 추징사유가 발생한 것으로 보아 같은 조 제5항에 따라 취득세 등 합계 OOO원을 기한후신고ㆍ납부하였으며, 처분청은 2025.3.31. 이 건 취득세 등에서 농어촌특별세 OOO원을 환급한 사실이 나타난다. (다) 금융감독원 전자공시자료에 의하면, 청구법인은 2024.11.1. 아래 <표3>과 같이 이 건 법인 주식의 50%를 추가로 취득하여 최초로 100%의 지분을 소유하게 된 사실이 나타나고, 처분청이 제출한 서류에 의하면, 청구법인이 2024.12.30. 처분청에 과점주주(100%) 간주취득세로 취득세 등 합계 OOO원을 신고ㆍ납부한 사실이 나타난다. <표3> 이 건 법인의 주식보유 변동 내용 ○○○ (라) 청구법인이 제출한 이 건 법인과 청구법인 사이에 체결된 합병계약서 주요내용은 아래 <표4>와 같고, 처분청이 제출한 서류에 의하면, 청구법인은 2024.12.30. 이 건 법인 소유의 충청남도 서산시 OOO에 소재한 공장용 건축물 256,773.51㎡, 그 부속토지 등 토지 9필지 177,443.4㎡ 및 송유관 등의 시설을 취득한 것으로 보아, 2025.2.27. 처분청에 그 취득가액을 과세표준으로 하고, 「지방세법」 제15조 제1항 제3호의 세율 및 「지방세특례제한법」 제57조의2 제1항의 감면(50%)을 적용하여 산출한 취득세 등 합계 OOO원을 신고ㆍ납부한 사실이 나타난다. <표4> 이 건 법인과 청구법인과의 합병계약서 주요내용 ○○○ (마) 처분청이 제출한 서류에 의하면, 청구법인은 2025.5.13. 처분청에 청구법인이 합병을 원인으로 취득세 등을 신고ㆍ납부한 물건 중 과점주주 간주취득을 원인으로 이미 취득세를 신고ㆍ납부한 쟁점부동산 등이 포함된바, 이는 이중으로 신고ㆍ납부한 것에 해당하여 기납부한 합병에 따른 취득세 등의 일부를 환급하여 달라는 취지의 이 건 ①취득세 등의 경정청구를, 이 건 법인이 청구법인에게 소유권을 이전한 것은 취득세의 추징사유인 매각ㆍ증여에 해당하지 않으므로 기 납부한 취득세 등의 환급을 구하는 취지의 경정청구를 각각 제기하였으나 처분청은 2025.6.17. 및 2025.6.18. 이를 각각 거부하였고, 청구법인이 과점주주 간주취득 및 합병을 원인으로 쟁점부동산 등에 대한 취득세 등을 각각 신고ㆍ납부한 사실에 대하여는 청구법인과 처분청 사이에 다툼이 없다. (바) 행정안전부가 작성한 2022ㆍ2023년 ‘지방세특례제한법 및 하위법령 적용요령’에 의하면, 매각ㆍ증여 정의 신설에 대한 개정내용이 아래 <표5ㆍ6>과 같이 기재되어 있다. <표5> 2022년 「지방세특례제한법」 적용요령 ○○○ <표6> 2023년 「지방세특례제한법 시행령」 적용요령 ○○○ (사) 청구법인이 이 건 법인을 합병한 이후에 쟁점부동산을 「지방세특례제한법」(2023.3.14. 법률 제19232호로 개정된 것) 제78조 제4항 제1호 가목 및 제2호 가목에 따른 산업용 건축물 등의 용도로 사용하는지 여부에 관하여는 청구법인과 처분청 사이에 다툼이 없다. (2) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 먼저 쟁점①에 대하여 살펴본다. (가) 「지방세법」 제6조 제1호에서 “취득”이란 매매, 교환, 상속, 증여, 기부, 법인에 대한 현물출자, 건축, 개수(改修), 공유수면의 매립, 간척에 의한 토지의 조성 등과 그 밖에 이와 유사한 취득으로서 원시취득, 승계취득 또는 유상ㆍ무상의 모든 취득을 말한다고 규정하고 있고, 같은 법 제7조 제1항에서 취득세는 부동산 등을 취득한 자에게 부과한다고 규정하고 있으며, 같은 조 제5항에서 법인의 주식 또는 지분을 취득함으로써 「지방세기본법」 제46조 제2호에 따른 과점주주 중 대통령령으로 정하는 과점주주가 되었을 때에는 그 과점주주가 해당 법인의 부동산 등을 취득한 것으로 본다고 규정하고 있다. (나) 처분청은 간주취득은 구 취득세, 합병을 통한 실제 취득은 구 등록세의 세율이 적용되는 등 그 성격이 달리하므로 이중과세에 해당하지 않는다는 의견이다. 그러나, 처분청이 제출한 자료에 의하면, 청구법인은 이 건 법인의 지분 50%를 소유한 상태에서 2024.11.1. 나머지 지분 50%를 추가로 취득하여 2024.12.30. 처분청에 이 건 법인의 취득세 과세대상 물건에 대하여 「지방세법」제7조 제5항에 따른 과점주주 간주취득세(지분율 100%) 등을 신고ㆍ납부하였고, 그 후 2024.12.30. 이 건 법인을 합병하면서 이 건 법인이 소유하고 있던 쟁점부동산 등을 실제 취득하는 과정에서 취득세 등을 신고ㆍ납부하였으며, 청구법인이 과점주주 간주취득 및 합병을 원인으로 쟁점부동산을 각각 신고ㆍ납부한 사실에 대하여는 청구법인과 처분청 사이에 다툼이 없는 점, 법인의 주식을 취득함으로써 과점주주가 된 자에 대한 간주취득세는 실제 법인의 자산을 취득하지는 아니하였지만 임의처분하거나 관리ㆍ운용할 수 있는 지위를 취득한 것을 그 자산 자체를 취득한 것으로 의제하여 취득세를 부과하는 것이므로 이후 그 과점주주가 그 법인의 자산 전부를 합병 등을 원인으로 실제로 취득하고 취득세를 납부하였다면, 그 중 과점주주가 이미 납부한 간주취득세 상당액 부분은 동일한 물건의 취득에 대한 이중과세에 해당하는 점(대법원 2009.4.23. 선고 2006다81257 판결, 조심 2025지1059, 2025.12.27. 등, 같은 뜻임) 등에 비추어, 청구법인이 신고납부한 쟁점부동산에 대한 간주취득세는 동일한 물건의 취득에 대한 이중과세로 보는 것이 타당하므로, 처분청이 이 건 ①취득세 등의 경정청구를 거부한 처분은 잘못이 있다고 판단된다. (3) 다음으로 쟁점②에 대하여 살펴본다. (가) 지방세특례제한법(2023.3.14. 법률 제19232호로 개정된 것, 이하 같다) 제78조 제4항 제1호 가목 및 제2호 가목에서 「산업입지 및 개발에 관한 법률」에 따라 지정된 산업단지에서 산업용 건축물 등을 신축하기 위하여 취득하는 토지와 신축 또는 증축하여 취득하는 산업용 건축물 등에 대해서는 취득세의 100분의 50을 2025년 12월 31일까지 경감한다고 규정하고 있고, 같은 조 제5항에서 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우 그 해당 부분에 대해서는 제4항에 따라 감면된 취득세를 추징한다고 규정하면서, 그 제2호에서 해당 용도로 직접 사용한 기간이 2년 미만인 상태에서 매각ㆍ증여하거나 다른 용도로 사용하는 경우를 규정하고 있으며, 같은 법 제2조 제8의2에서 "매각ㆍ증여"란 이 법에 따라 지방세를 감면받은 자가 해당 부동산, 차량, 선박 등을 매매, 교환, 증여 등 유상이나 무상으로 소유권을 이전하는 것을 말하되, 대통령령으로 정하는 소유권 이전은 제외한다고 규정하고 있다. (나) 처분청은 법인합병으로 인한 부동산 등의 소유권이전은 감면된 취득세의 추징사유인 매각ㆍ증여에 해당하므로 이 건 ②취득세 등의 경정청구를 거부한 처분은 적법하다는 의견이나, 「지방세기본법」 제41조에서 법인이 합병한 경우 합병 후 존속하는 법인 또는 합병으로 설립된 법인은 합병으로 인하여 소멸된 법인에 부과되거나 그 법인이 납부할 지방자치단체의 징수금을 납부할 의무를 지도록 규정하고 있는바, 이 건 법인을 100% 흡수합병한 청구법인은 이 건 법인에게 이미 발생한 감면유예 조건을 충족해야 하는 법률상의 지위 또한 승계한다고 보는 것이 타당하고(조심 2020지841, 2021.6.8., 같은 뜻임), 「지방세특례제한법」제78조 제5항에서 산업단지 취득세 감면분에 대한 추징조항을 둔 입법목적은 예정된 용도로 직접 사용한 기간이 2년 미만인 상태에서 매각ㆍ증여하거나 다른 용도로 사용하는 등 세제상의 혜택만 누리려는 행위를 억제하려는 것이므로(헌법재판소 2020.3.26. 선고 2017헌바527 전원합의체 결정, 같은 뜻임), 이 건 법인의 법률상 지위를 승계한 청구법인이 여전히 쟁점부동산을 해당 감면용도로 사용하고 있는 이상, 감면된 취득세의 추징사유에 해당하지 않는 것으로 보는 것이 합병으로 인한 납세의무 승계제도의 취지와 「지방세특례제한법」제78조 제5항의 입법목적 및 관련 규정의 체계 등에 부합해 보이는 점(대법원 2013.12.26. 선고 2011두5940 판결, 같은 뜻임), 개정 지특법 제2조 제1항 제8호의2의 개정취지는 추징요건인 ‘매각ㆍ증여’의 정의를 법률에서 명시하고, ‘매각ㆍ증여’에서 제외되는 소유권이전을 같은 법 시행령으로 위임하여 추징대상을 명확히 하고자 한 것으로서, 이러한 적격합병의 경우까지 추징대상으로 삼기 위하여 해당 규정을 신설하였다고도 보기 어려운 점 등에 비추어 이 건 법인을 100% 흡수합병한 청구법인이 쟁점부동산을 여전히 산업용 건축물 등의 용도로 사용하는 이상 「지방세특례제한법」 제78조 제5항 제2호에 따른 추징사유에 해당하지 않는 것으로 보이므로, 처분청이 청구법인의 경정청구를 거부한 처분은 잘못이 있다고 판단된다. 4. 결 론 이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 있으므로 「지방세기본법」제96조 제7항과 「국세기본법」제80조의2 및 제65조 제1항 제3호에 의하여 주문과 같이 결정한다. <별지> 관련 법률 (1) 지방세법 제6조(정의) 취득세에서 사용하는 용어의 뜻은 다음 각 호와 같다. 1. “취득”이란 매매, 교환, 상속, 증여, 기부, 법인에 대한 현물출자, 건축, 개수(改修), 공유수면의 매립, 간척에 의한 토지의 조성 등과 그 밖에 이와 유사한 취득으로서 원시취득(수용재결로 취득한 경우 등 과세대상이 이미 존재하는 상태에서 취득하는 경우는 제외한다), 승계취득 또는 유상ㆍ무상의 모든 취득을 말한다. 제7조(납세의무자 등) ① 취득세는 부동산, 차량, 기계장비, 항공기, 선박, 입목, 광업권, 어업권, 양식업권, 골프회원권, 승마회원권, 콘도미니엄 회원권, 종합체육시설 이용회원권 또는 요트회원권(이하 이 장에서 “부동산등”이라 한다)을 취득한 자에게 부과한다. ⑤ 법인의 주식 또는 지분을 취득함으로써 「지방세기본법」 제46조 제2호에 따른 과점주주 중 대통령령으로 정하는 과점주주(이하 “과점주주”라 한다)가 되었을 때에는 그 과점주주가 해당 법인의 부동산등(법인이 「신탁법」에 따라 신탁한 재산으로서 수탁자 명의로 등기ㆍ등록이 되어 있는 부동산등을 포함한다)을 취득(법인설립 시에 발행하는 주식 또는 지분을 취득함으로써 과점주주가 된 경우에는 취득으로 보지 아니한다)한 것으로 본다. 이 경우 과점주주의 연대납세의무에 관하여는 「지방세기본법」 제44조를 준용한다. 제11조(부동산 취득의 세율) ① 부동산에 대한 취득세는 제10조의2부터 제10조의6까지의 규정에 따른 과세표준에 다음 각 호에 해당하는 표준세율을 적용하여 계산한 금액을 그 세액으로 한다. 2. 제1호 외의 무상취득 : 1천분의 35. 다만, 대통령령으로 정하는 비영리사업자의 취득은 1천분의 28로 한다. 제15조(세율의 특례) ① 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 취득에 대한 취득세는 제11조 및 제12조에 따른 세율에서 중과기준세율을 뺀 세율로 산출한 금액을 그 세액으로 하되, 제11조 제1항 제8호에 따른 주택의 취득에 대한 취득세는 해당 세율에 100분의 50을 곱한 세율을 적용하여 산출한 금액을 그 세액으로 한다. 다만, 취득물건이 제13조제2항에 해당하는 경우에는 이 항 각 호 외의 부분 본문의 계산방법으로 산출한 세율의 100분의 300을 적용한다. 3. 「법인세법」 제44조 제2항 또는 제3항에 해당하는 법인의 합병으로 인한 취득. 다만, 법인의 합병으로 인하여 취득한 과세물건이 합병 후에 제16조에 따른 과세물건에 해당하게 되는 경우 또는 합병등기일부터 3년 이내에 「법인세법」 제44조의3 제3항 각 호의 어느 하나에 해당하는 사유가 발생하는 경우(같은 항 각 호 외의 부분 단서에 해당하는 경우는 제외한다)에는 그러하지 아니하다. ② 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 취득에 대한 취득세는 중과기준세율을 적용하여 계산한 금액을 그 세액으로 한다. 다만, 취득물건이 제13조 제1항에 해당하는 경우에는 중과기준세율의 100분의 300을, 같은 조 제5항에 해당하는 경우에는 중과기준세율의 100분의 500을 각각 적용한다. 3. 제7조 제5항에 따른 과점주주의 취득. 이 경우 과세표준은 제10조 제4항에 따른다. (2) 지방세특례제한법(2021.12.28. 법률 제18656호로 개정된 것) 제2조(정의) ① 이 법에서 사용하는 용어의 뜻은 다음과 같다. 8의2. "매각ㆍ증여"란 이 법에 따라 지방세를 감면받은 자가 해당 부동산, 차량, 선박 등을 매매, 교환, 증여 등 유상이나 무상으로 소유권을 이전하는 것을 말한다. 다만, 대통령령으로 정하는 소유권 이전은 제외한다. <부칙> 제1조(시행일) 이 법은 2022년 1월 1일부터 시행한다. 다만, 제2조 제1항 제8호의2, 제31조 제2항 각 호 외의 부분 단서, 제36조의2 제1항 제3호, 제36조의3 제1항 각 호 외의 부분 본문(「지방세법」 제10조의3에 관한 부분에 한정한다), 제40조의2 제1항 각 호 외의 부분 본문, 같은 조 제2항 각 호 외의 부분 본문 및 제75조의4의 개정규정은 2023년 1월 1일부터 시행하고, 법률 제12955호 지방세특례제한법 일부개정법률 부칙 제2조의 개정규정은 공포한 날부터 시행한다. (3) 지방세특례제한법(2023.3.14. 법률 제19232호로 개정된 것) 제78조(산업단지 등에 대한 감면) ④ 제1항에 따른 사업시행자 외의 자가 제1호 각 목의 지역(이하 “산업단지등”이라 한다)에서 취득하는 부동산에 대해서는 제2호 각 목에서 정하는 바에 따라 지방세를 경감한다. 1. 대상 지역 가. 「산업입지 및 개발에 관한 법률」에 따라 지정된 산업단지 나. 「산업집적활성화 및 공장설립에 관한 법률」에 따른 유치지역 다. 「산업기술단지 지원에 관한 특례법」에 따라 조성된 산업기술단지 2. 경감 내용 가. 산업용 건축물등을 신축하기 위하여 취득하는 토지와 신축 또는 증축하여 취득(취득하여 중소기업자에게 임대하는 경우를 포함한다)하는 산업용 건축물등에 대해서는 취득세의 100분의 50을 2025년 12월 31일까지 경감한다. 나. 산업단지등에서 대수선(「건축법」 제2조 제1항 제9호에 해당하는 경우로 한정한다)하여 취득하는 산업용 건축물등에 대해서는 취득세의 100분의 25를 2025년 12월 31일까지 경감한다. 다. 가목의 부동산에 대해서는 해당 납세의무가 최초로 성립하는 날부터 5년간 재산세의 100분의 35를 경감(수도권 외의 지역에 있는 산업단지의 경우에는 100분의 75를 경감)한다. ⑤ 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우 그 해당 부분에 대해서는 제4항에 따라 감면된 취득세 및 재산세를 추징한다. 1. 정당한 사유 없이 그 취득일부터 3년(2019년 1월 1일부터 2020년 12월 31일까지의 기간 동안 취득한 경우에는 4년)이 경과할 때까지 해당 용도로 직접 사용하지 아니하는 경우 2. 해당 용도로 직접 사용한 기간이 2년 미만인 상태에서 매각(해당 산업단지관리기관 또는 산업기술단지관리기관이 환매하는 경우는 제외한다)ㆍ증여하거나 다른 용도로 사용하는 경우 ⑧ 제4항에 따라 취득세를 경감하는 경우 지방자치단체의 장은 해당 지역의 재정여건 등을 고려하여 100분의 25(같은 항 제2호 나목에 따라 취득세를 경감하는 경우에는 100분의 15)의 범위에서 조례로 정하는 율을 추가로 경감할 수 있다. 제57조의2(기업합병ㆍ분할 등에 대한 감면) ① 「법인세법」 제44조제2항 또는 제3항에 해당하는 합병으로서 대통령령으로 정하는 합병에 따라 양수(讓受)하는 사업용 재산을 2024년 12월 31일까지 취득하는 경우에는 「지방세법」 제15조 제1항에 따라 산출한 취득세의 100분의 50(법인으로서 「중소기업기본법」에 따른 중소기업 간 합병 및 법인이 대통령령으로 정하는 기술혁신형사업법인과의 합병을 하는 경우에는 취득세의 100분의 60)을 경감하되, 해당 재산이 「지방세법」 제15조 제1항 제3호 단서에 해당하는 경우에는 다음 각 호에서 정하는 금액을 빼고 산출한 취득세를 경감한다. 다만, 합병등기일부터 3년 이내에 「법인세법」 제44조의3 제3항 각 호의 어느 하나에 해당하는 사유가 발생하는 경우(같은 항 각 호 외의 부분 단서에 해당하는 경우는 제외한다)에는 경감된 취득세를 추징한다. 1. 「지방세법」 제13조 제1항에 따른 취득 재산에 대해서는 같은 조에 따른 중과기준세율(이하 “중과기준세율”이라 한다)의 100분의 300을 적용하여 산정한 금액 2. 「지방세법」 제13조 제5항에 따른 취득 재산에 대해서는 중과기준세율의 100분의 500을 적용하여 산정한 금액 (4) 지방세특례제한법 시행령(2023.3.14. 대통령령 제33324호로 개정된 것) 제1조의2(매각ㆍ증여의 예외) 법 제2조 제1항 제8호의2 단서에서 대통령령으로 정하는 소유권 이전”이란 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 소유권 이전을 말한다. 1. 상속으로 인한 소유권 이전 2. 「공익사업을 위한 토지 등의 취득 및 보상에 관한 법률」 등 다른 법률에 따른 부동산의 수용으로 인한 소유권 이전. 다만, 같은 법 제22조에 따른 사업인정의 고시(다른 법률에 따라 해당 사업인정의 고시가 준용되거나 간주되는 경우를 포함한다) 또는 다른 법률에 따라 해당 사업인정의 고시에 준하는 행정기관의 고시 등이 있은 이후에 부동산을 취득하여 수용되는 경우는 제외한다. 3. 「지방세법」 제9조 제3항에 따라 취득세가 부과되지 않는 신탁재산의 소유권 이전 <부칙> 제1조(시행일) 이 영은 공포한 날부터 시행한다. (5) 지방세기본법 제41조(법인의 합병으로 인한 납세의무의 승계) 법인이 합병한 경우에 합병 후 존속하는 법인 또는 합병으로 설립된 법인은 합병으로 인하여 소멸된 법인에 부과되거나 그 법인이 납부할 지방자치단체의 징수금을 납부할 의무를 진다. (6) 충청남도 도세감면 조례(2023.8.10. 조례 제5468호로 개정된 것) 제7조의2(산업단지 등에 대한 추가 감면) 법 제78조 제8항에 따라 2025년 12월 31일까지 다음의 경감률을 추가로 경감한다. 1. 법 제78조 제4항 제2호 가목의 경감률에 추가하는 경감률 : 100분의 25 2. 법 제78조 제4항 제2호 나목의 경감률에 추가하는 경감률 : 100분의 15