(1) 청구법인은 쟁점부동산은 영업부서와 품질부서로서 중추적 의사결정(총무ㆍ재무ㆍ인사ㆍ기획 등)을 하는 부서가 아니므로 쟁점부동산의 (신축)취득은 중과대상이 아니라고 주장하나, 청구법인의 조직도ㆍ업무기능상 쟁점부동산에 입주한 영업ㆍ품질부서는 각 독립된 부서로서 ㉠법인대표의 지휘ㆍ감독을 받고 영업ㆍ품질관련 총괄 기획ㆍ조정 등의 업무를 수행하는 점, ㉡청구법인은 차량 타이어 등을 생산(매출액 99.16%)하는 법인으로 위 영업ㆍ품질부서가 수행하는 위 총괄 기획ㆍ조정 등의 업무는 법인의 주요한 의사결정, 관리행위에 해당하는 점, ㉢본점(35.71%) 다른 부서와 영업ㆍ품질부서는 유기적 협력관계가 있는 점 등에 비추어, 중과대상 본점용으로 봄이 타당(2) 청구법인은 쟁점부동산은 기업부설연구소의 부대시설인 사무소(지식산업센터)라고 주장하나, 청구법인은 쟁점부동산은 기업부설연구소의 부대시설인 사무소(지식산업센터)라고 주장하나, 지식산업센터가 되기 위해서는 SW개발업ㆍ연구개발업ㆍ엔지니어링서비스업에 해당하여야 하나, 쟁점부동산에 입주한 영업ㆍ품질부서는 위 ㉠~㉢을 영위하는 업종으로 타이어 생산 판매(영업부서: 제품판매 판촉 등, 품질부서: 제품 규격 인증 등)에 치중하는 것으로 확인되는 점 등에 비추어 중과대상으로 봄이 타당

이유 1. 처분개요 가. 청구법인은 2014.12.31. 서울주택도시공사로부터 AAA 주식회사와 공동(청구법인 지분 90%, AAA 주식회사 지분 10%)으로 서울특별시 강서구 OOO 토지를 취득하고, 위 토지 중 청구법인의 지분에 해당하는 15,394.5㎡에 대하여 「지방세법」(2019.12.31. 법률 제16855호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제11조 제1항 제7호 나목의 취득세 표준세율 및 「지방세특례제한법」(2014.12.31. 법률 제12955호로 개정되기 전의 것) 제78조 제4항에 따른 산업단지 입주자에 대한 감면(100% 감면)을 적용하여 취득세 및 지방교육세를 면제받고, 농어촌특별세 OOO원을 신고ㆍ납부하였다. 나. 청구법인은 2019.3.29. AAA 주식회사와 공동으로 위 토지의 지상에 건축물을 신축하고, 처분청에 2019.5.24. 상기 건축물 중 청구법인의 지분에 해당하는 51,454.33㎡(이하 “이 건 건축물”이라 한다)에 대한 취득세 등을, 2019.6.26. 해당 건축물의 부속토지(이하 “이 건 토지”라 한다)에 대한 취득세 등을 각 신고ㆍ납부하면서, 이 건 건축물 및 이 건 토지 중 연구시설에 사용되는 면적(64.29%)과 나머지 면적(35.71%, 이하 “이 건 비연구시설”이라 한다)을 구분하여, 이 건 비연구시설에 대해 「지방세법」제13조 제1항에 따른 취득세 중과를, 연구시설로 사용되는 면적에 대해 「지방세특례제한법」(2020.1.15. 법률 제16865호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제78조 제4항에 따른 취득세 감면(100분의 50)을 각 적용하였다. 다. 청구법인은 이후 서울주택도시공사가 감사원의 주의요구로 이 건 토지의 매매대금을 증액함에 따라, 2022.9.28. 서울주택도시공사에 매매대금 OOO원을 추가로 지급하였고, 이에 2022.10.21. 처분청에 이 건 토지의 증가된 과세표준에 대한 취득세 등을 추가로 신고ㆍ납부하였다. <표1> 이 건 건축물 및 이 건 토지에 관한 취득세 등 신고ㆍ납부내역 ○○○ 라. 청구법인은 이 건 비연구시설이 「지방세특례제한법」제78조 제4항에 따른 취득세 감면 대상에 해당한다고 주장하며, 2024.5.22. 처분청에 기 납부한 취득세 등의 일부 환급을 구하는 경정청구를 제기하였으나, 처분청은 2024.7.19. 이를 거부하였다. 마. 청구법인은 이에 불복하여 2024.10.17. 심판청구를 제기하였다. 2. 청구법인 주장 및 처분청 의견 가. 청구법인 주장 (1) 청구법인의 영업부서와 품질부서는 중추적 의사결정을 하는 부서에 해당하지 아니하므로, 이 건 비연구시설 중 영업부서와 품질부서가 사용하는 공간은 「지방세법」제13조 제1항에 따른 취득세 중과 대상에 해당하지 않는다. (가) 판례와 심판결정례는 본점 해당 여부를 주요한 의사결정 및 업무수행과 경영, 인사, 재무, 총무, 기획 등 관리행위가 실질적으로 수행되는지 여부에 따라 판단하며(대법원 1993.1.15. 선고 92누473 판결, 2020.10.15. 선고 2020두41832 판결 참조), 이러한 본점의 개념은 구체적으로 의사 결정의 주체인 대표이사 등 임직원이 상주하는지 여부, 기획ㆍ재무ㆍ총무 등 법인의 전반적인 사업이 수행되는지 여부, 법인의 중추적인 의사결정 등 주된 기능이 수행되는지 여부로 판단된다. (나) 청구법인은 OOO을 본점으로 하여 타이어 제조 판매 등의 사업을 주요 목적사업으로 영위하는 법인이다. 이 건 건축물에는 준공 당시부터 대표이사실, 경영지원본부 등 중추적 의사결정을 하는 본점에 해당하는 부서와, 본점의 중추적인 의사결정과는 거리가 먼 업무를 수행하고 있는 글로벌영업BG, 아시아영업BG(이하 글로벌영업BG와 합하여 “영업부서”라 한다), 글로벌품질BG(이하 “품질부서”라 한다)가 공존하고 있는바, 영업부서와 품질부서는 이 건 건축물의 5층 및 6층에 위치하여, 이 건 비연구시설 연면적(18,374㎡)의 36.01%에 해당하는 면적(6,616㎡)과 그 부속토지(1,979㎡, 이하 위 6,616㎡과 합하여 “쟁점부동산”이라 한다)를 사용하고 있다. (다) 청구법인의 영업부서는 타이어 등 제품의 판매와 관련된 영업소의 기능을 수행하는 부서에 불과하고, 품질부서 역시 제품의 규격 인증을 획득하고 품질관리 업무를 수행하는 기능적 부서에 해당하므로, 위 부서들은 회사의 중추적인 의사결정을 수행하는 조직, 즉, ‘본점’에 해당하지 않는다. 청구법인의 영업부서와 품질부서는 CEO로부터 직접적으로 지휘를 받기보다는 담당부서장이 지휘를 하는 구조이고, 영업부서장 및 품질부서장은 부서장 회의 정도에 참여하나 해당 회의에서 보고하는 역할에 그칠 뿐, 주주총회, 이사회 등 중추적인 의사결정에 참여하지 않고, 기업의 전략, 장기 사업계획, 방향 등의 의사결정권자에도 해당하지 않는다. 청구법인의 영업부서와 품질부서의 구체적 역할은 아래 <표2>와 같다. <표2> 영업부서 및 품질부서의 수행업무(청구법인 제출) ○○○ (라) 조세심판원은 법인의 특정 부서가 본점에 해당하는지 여부를 다툰 사안에서 청구법인의 사업의 특수성을 개별적으로 고려하여, 사업개발본부, 경영개발본부 구매팀, 해외사업본부 등의 사업부서가 청구법인의 업무를 총괄 지휘ㆍ감독하는 역할을 수행하고 있다고 볼 수 있는 근거가 없고, 실제 수행하는 역할도 연구개발본부의 지원을 위한 부서로서의 역할에 그치고 있으며, 사업부서 등이 경영에 필수 불가결한 조직으로서 본점과 불가분의 관계에 있다고 보이지도 아니함에도 본점으로 간주하여 중과세율을 적용하는 것은 잘못이 있다고 판단하였다(조심 2014지379, 2015.1.2. 참조). (마) 청구법인의 영업부서 및 품질부서는 중대한 의사결정을 수행하는 본점과 구분되어, 각자 맡은 업무 분야(외부 고객 및 기관들과의 커뮤니케이션, 제품 품질 향상)에 한정하여 내부적인 지원행위를 수행하는 곳에 불과한바, 해당 부서가 사용하는 쟁점부동산은 본점이 아니므로 「지방세법」제13조 제1항에 따른 취득세 중과세 대상에 해당하지 않는다. (2) 쟁점부동산은 기업부설연구소와 협업하는 지식산업용 건축물이므로, 「지방세특례제한법」제78조 제4항에 따른 취득세 감면 대상에 해당한다. (가) 「지방세특례제한법」제78조 제4항 제2호 가목은 산업단지 등에서 “산업용 건축물등”을 신축하여 취득하는 부동산(신축한 부분에 해당하는 부속토지를 포함)에 대해서는 취득세를 경감한다고 규정하고 있고, 「지방세특례제한법 시행령」(2020.1.15. 대통령령 제30355호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제38조 본문 및 제29조 제3호는 「산업입지 및 개발에 관한 법률」 제2조에 따른 공장ㆍ지식산업ㆍ문화산업ㆍ정보통신산업ㆍ자원비축시설용 건축물과 이와 직접 관련된 교육ㆍ연구ㆍ정보처리ㆍ유통시설용 건축물을 위 법 규정에 따른 “산업용 건축물등”의 하나로 규정하고 있으며, 「산업입지 및 개발에 관한 법률」제2조 제2호는 “지식산업”을 “컴퓨터소프트웨어개발업ㆍ연구개발업ㆍ엔지니어링서비스업 등 전문 분야의 지식을 기반으로 하여 창의적 정신활동에 의하여 고부가가치의 지식서비스를 창출하는 데에 이바지할 수 있는 산업”으로 정의하고 있다. (나) 청구법인은 법인의 목적 사업 중 하나로 ‘연구개발업’을 등기하여 영위하고 있고, 2022.7.14. 한국산업기술진흥협회장으로부터 이 건 건축물을 「기초연구진흥 및 기술개발지원에 관한 법률」에 따른 기업부설연구소로 인정받아, 쟁점부동산을 포함한 이 건 건축물을 ‘AAA유니버시티’라는 명칭의 기업부설연구소로 활용하고 있으므로, 쟁점부동산은 지식산업용 건축물로서 「지방세특례제한법」제78조 제4항 제2호 가목에서 규정하고 있는 “산업용 건축물등”에 해당한다고 할 것이다. (다) 한편 BBB산업단지의 관리기본계획 고시는 구역별로 건축할 수 있는 건축물을 달리 규정하고 있고, 이 건 건축물이 소재한 ‘산업시설구역’의 경우 해당 구역에 건축할 수 있는 건축물의 부대시설은 「산업집적활성화 및 공장설립에 관한 법률 시행규칙」제2조에 따른다고 규정하고 있다. 「산업집적활성화 및 공장설립에 관한 법률 시행규칙」제2조 제1호는 위 법에 따른 부대시설 중 하나로 ‘사무실’을 규정하고 있으므로, 청구법인의 영업부서와 품질부서의 사무실로 사용되고 있는 쟁점부동산 또한 위 각 규정에 따른 건축물의 부대시설에 해당한다. (라) 청구법인의 영업부서는 고객 및 국가별로 조직이 세분화 되어 있고, 각 팀 또는 지점은 고객 요청 사항과 각국 및 경쟁사의 동향을 파악하여 이를 기업부설 연구소에 전달하는 역할을 하며 연구소가 각 국가 규제에 부합하는 연구개발을 할 수 있도록 돕는다. 청구법인의 품질부서는 다양한 고객의 소재국에서 요구하는 시험ㆍ평가ㆍ인증 등의 업무를 담당하여 부족한 부분이 있으면 기업부설 연구소에 전달하는 방식으로 연구개발을 돕고, 이렇게 도출된 품질부서와 기업부설연구소의 협업 결과는 다시 영업부서로 전달되며, 그 결과 고객의 소재 국가 또는 지역에서 요구하는 규격에 맞추어 타이어 등 제품이 제공된다. 즉, 청구법인의 영업부서와 품질부서는 고객 및 관련 정부기관과의 커뮤니케이션을 통해 서비스를 접수하고, 각국의 법규와 기술기준에 따라 수행되는 시험ㆍ평가ㆍ인증 업무가 원활히 이루어질 수 있도록 연구활동을 보조하는 기능을 수행하는바, 이러한 업무 성격에 비추어 볼 때 해당 부서들이 사용하는 사무실인 쟁점점부동산은 BBB산업단지 고시에서 정한 ‘연구시설의 부대시설’에 해당한다고 보아야 한다. <표3> 영업부서 및 품질부서와 기업부설연구소의 협업내용(청구법인 제출) ○○○ (마) 따라서 청구법인의 영업부서 및 품질부서가 사용하는 쟁점부동산은 “산업용 건축물등”에 해당하는 기업부설연구소의 부대시설인 ‘사무실’로서 「지방세특례제한법」 제78조 제4항에 따른 취득세 감면 대상에 해당한다고 보아야 한다. 나. 처분청 의견 (1) 쟁점부동산은 「지방세법」제13조 제1항에 따른 “본점이나 주사무소의 사업용 부동산”에 해당한다. (가) 「지방세법」제13조 제1항 및 「지방세법 시행령」제25조(2019.5.31. 대통령령 제29797호로 개정되기 전의 것, 이하 같다)에 따르면, 과밀억제권역 내 법인의 본점 또는 주사무소로 사용하는 사업용 부동산을 취득하는 경우 취득세 중과세율이 적용되는데, 여기서 ‘법인의 본점 또는 주사무소로 사용하는 부동산과 그 부대시설용 부동산’은 모두 취득세 중과세율 적용 대상에 해당하나, 예외적으로 ‘복지후생시설(기숙사, 합숙소, 사택, 연수시설, 체육시설 등)’ 및 ‘기업의 운영과 무관한 시설(예비군 병기고 및 탄약고)’은 중과세율 적용 대상에서 제외된다. ‘본점의 사업용 부동산’이란 법인의 본점이 사무소로 사용하는 부동산으로서 본점이 사무소로 사용하는 부동산은 원칙적으로 모두 본점의 사업용 부동산이라 할 것이고, 복리후생시설 및 기업의 운영과 무관한 시설이 예외적으로 본점의 사업용 부동산에서 제외될 뿐이며, 이러한 예외대상에 해당하지 않는 한 본점 사업용 부동산은 모두 중과세율 적용 대상이라 할 것이다. (나) 조세심판원 선결정례(조심 2014지2070, 2018.2.13. 참조)는 법인등기부에 본점으로 기재된 부동산의 경우에는 지방세법 시행령 제25조 괄호에서 열거된 복리후생시설 등과 임대용으로 사용하고 있는 부분을 제외하고는 모두 본점 사업용으로 보아야 한다고 판단하였다. 또한 법원은 본점 또는 주사무소는 전체 영업활동을 통괄하는 곳이라 할 것이나, 본점 또는 주사무소의 사업용 부동산은 반드시 하나만 존재한다고 할 수는 없고, 다수의 사업 분야를 영위하고 있는 법인인 경우에는 각 사업부문의 총괄ㆍ조정 등의 기능도 본점 또는 주사무소의 기능에 해당한다고 판시하였다.(서울행정법원 2013.1.18. 선고, 2012구합29035 판결(서울고등법원 2013.11.29. 선고 2013누6093 판결 참조). (다) 청구법인의 조직도를 보면, 청구법인은 영업부서, OE영업BG, 유럽지역BG, 글로벌생산BG, 연구개발BG 및 경영지원BG로 구성되어 있고, 청구법인의 영업부서 및 품질부서는 다른 부서와 마찬가지로 글로벌 CEO의 직접 지휘를 받으며 각 사업부로서 독립적인 업무를 수행하고 있는 것으로 확인되는바, 특히 영업부서를 포함한 영업본부는 청구법인의 7개 본부 중 4개를 차지하고 있어 당해 법인의 제품 판매를 총괄ㆍ조정하는 중요 부서임을 알 수 있다. 청구법인의 품질부서가 수행하는 제품의 품질관리 및 안전인증 확보 업무 또한 제품을 제조하여 판매하는 당해 법인의 사업 구조상 단순한 연구개발 보조 기능을 넘어 제품의 시장 진입 여부와 경쟁력을 좌우하는 핵심적인 사업 활동에 해당하는 점, 품질부서는 연구개발BG의 하위부서가 아니라 경영지원BG의 하위부서로 편제되어 있고, 글로벌생산BG의 하위부서로 YP품질검사팀과 CP품질검사팀이 별도로 편제되어 있는 점 등에 비추어 볼 때, 해당 부서를 연구개발의 지원부서로 보기보다는 글로벌 생산 및 제품 공급 전반을 관리ㆍ통제하는 기능을 수행하는 부서로 보는 것이 조직의 실질에 부합한다. 이는 영업부서 및 품질부서가 연구보조업무 수행 부서라는 청구법인의 주장과 상반되는 것인바, 오히려 청구법인이 영업부서 및 품질부서만을 연구보조업무 수행 부서라고 주장한 것은, 이 건 비연구시설 중 위 부서가 사용하는 공간인 쟁점부동산을 제외한 나머지 부분은 전부 본점의 주요 업무시설이라는 점을 스스로 인정하는 것이라고 보아야 한다. (라) 청구법인은 자동차용 타이어를 제조ㆍ판매ㆍ렌탈하는 타이어부문 매출비중이 전체 매출의 99.74%를 차지하는 법인으로서, 영업부서는 청구법인의 주요업무 부서 중 하나이고, 청구법인의 품질부서는 경영지원BG의 하위 부서로서 품질경영팀 등 총 8개 팀으로 구성되어 품질관리 업무를 수행하고 있으므로, 위 각 부서가 사용하는 쟁점부동산은 중추적 의사결정이 이루어지는 곳으로서 본점의 주요 업무시설로 보는 것이 타당하다. (마) 한편 법원은 사업장 내 부서가 유기적으로 결합하여 본점으로서 중추적인 의사결정을 수행하고 있고, 기업부설연구소가 별도의 연구단지로 구획되어 있는 것이 아니라 사업장 내에 함께 존재하는 경우, 기업부설연구소라 하더라도 법인의 본점 또는 주사무소의 사무소로 사용하는 부동산 또는 그 부대시설용 부동산의 범주에 포함된다고 봄이 타당하다고 판시한 바 있다(수원지방법원 2021.4.22. 선고 2019구합69743 판결 참조). 영업부서 및 품질부서는 중역실, 중역라운지, 윤리경영부, 국내영업부 등 이 건 건축물에 소재하는 다른 부서들과 유기적으로 결합하여 본점으로서 중추적인 의사결정을 수행하고 있고, 별도의 단지로 구획되어 있지 아니하고 이 사건 건물 내 소재하고 있는 점에 비추어 볼 때, 해당 부서가 사용하는 쟁점부동산은 청구법인의 본점 또는 주사무소로 사용하는 부동산 또는 그 부대시설용 부동산의 범주에 포함되어, 「지방세법」제13조 제1항에 따른 취득세 중과대상에 해당한다고 보아야 한다. (2) 쟁점부동산은 「지방세특례제한법」제78조 제4항에 따른 취득세 감면대상에 해당하지 않는다. (가) 「지방세특례제한법」제78조 제4항 제1호 가목 및 제2호 가목은 사업시행자 외의 자가 산업단지 등에서 산업용 건축물등을 신축 또는 증축하여 취득하는 부동산에 대해 취득세를 감면하다고 규정하고 있다. 조세법률주의의 원칙상 과세요건이거나 비과세요건 또는 조세감면요건을 막론하고 조세법규의 해석은 특별한 사정이 없는 한 법문대로 해석할 것이고, 합리적 이유 없이 확장해석하거나 유추해석 하는 것은 허용되지 아니하며, 특히 감면요건 규정 가운데 명백히 특혜규정이라고 볼 수 있는 것은 엄격하게 해석하는 것이 조세공평의 원칙에도 부합한다(대법원 2010.4.29. 선고 2009두17179 판결 등 참조). (나) 「지방세특례제한법 시행령」제29조 제1항 제3호는 「산업입지 및 개발에 관한 법률」제2조에 따른 공장ㆍ지식산업ㆍ문화산업ㆍ정보통신산업ㆍ자원비축시설용 건축물과 이와 직접 관련된 교육ㆍ연구ㆍ정보처리ㆍ유통시설용 건축물을 산업용 건축물로 정의하고 있고, 「산업입지 및 개발에 관한 법률」제2조 제2호에서 “지식산업”이란 컴퓨터소프트웨어개발업ㆍ연구개발업ㆍ엔지니어링서비스업 등 전문 분야의 지식을 기반으로 하여 창의적 정신활동에 의하여 고부가가치의 지식서비스를 창출하는 데에 이바지할 수 있는 산업이라고 규정하고 있으며, 「통계법」제22조에 근거한 한국표준산업분류는 연구개발업을 “자연과학, 인문과학 및 사회과학 등의 각 연구분야에서 새로운 지식을 얻기 위한 기초탐구, 실용적 목적으로 연구하는 응용연구, 제품 및 공정개발을 위한 실험개발 등의 연구개발 활동”으로 정의하고 있다. (다) 대법원은 산업단지 내 산업용 건축물 등을 신축하고자 하는 자가 취득하는 부동산에 대하여 취득세 등을 면제하는 입법 취지는 산업단지 내 기업 입주를 촉진하고 산업단지의 경쟁력을 높이기 위한 것이므로, 산업용 건축물 면제 대상에 해당하는지는 원칙적으로 부동산의 취득 당시를 기준으로 그 현황과 용도, 취득 목적 등을 종합적으로 고려하여 판단하여야 한다고 보고 있고(대법원 2014.5.29. 선고 2014두3389 판결 참조), 행정안전부는 산업단지 내 연구시설용 건축물 중 일부가 법인의 전체 경영활동을 총괄하면서 총무, 재무, 회계 등 법인의 주된 업무를 지휘ㆍ통제하는 활동이 이루어지는 주된 사무소로 사용되는 경우라면 연구시설 운영을 위한 부대시설로 볼 수 없으므로, 해당 부분을 산업용 건축물 감면대상으로 볼 수 없다고 해석하고 있다(행정안전부 지방세특례제도과-1913, 2019.5.17. 참조). (라) 청구법인의 반기보고서(2024.6.)에 따르면, 당해 법인의 매출은 자동차용 타이어를 제조ㆍ판매ㆍ렌탈 하는 타이어부문(99.74%)과 종속회사 CCC(주)의 운송보관 및 종속회사 DDD의 금형제작ㆍ수리 및 종속회사 EEE(주)의 제과제빵업 등을 하는 비타이어사업부분(0.26%)으로 구성되어 있고, 매출액 대비 연구개발비는 4% 이하인 것으로 확인되는바, 청구법인은 「산업입지 및 개발에 관한 법률」에서 말하는 연구개발업을 주요업으로 하는 법인이라고 보기 어렵고, 쟁점부동산도 기초탐구, 실용적 목적으로 연구하는 응용연구, 제품 및 공정개발을 위한 실험개발 등의 연구개발 활동을 직접 수행하는 연구개발업에 사용되는 부동산으로 보기 어렵다. (마) 청구법인이 이 건 건축물에 대한 취득세 등의 신고 당시 제출한 신고서 중 ‘층별 시설명세’를 보면, 산업용 건축물 부분(64.29%)과 본점 부분(35.71%)으로 구분하여 사용할 계획이었던 것을 확인할 수 있고, 처분청의 출장보고서에 따르면, 이 건 건축물 중 5~8층에 인사팀, 경영컨설팅팀, 법제팀, 전략기획, 회계팀, 경영관리부, 국내영업 등의 부서가 위치한 이 건 비연구시설이 소재하고 있으며, 위 부서들은 사업에 관한 주요한 의사를 결정하고 업무를 수행하여 수입금액 창출을 위한 필수적 총괄 업무를 수행하는 것으로 확인되므로, 쟁점부동산을 포함한 이 건 비연구시설은 지식산업의 연구개발업 건축물과 직접 관련된 교육ㆍ연구ㆍ정보처리ㆍ유통시설용 건축물이 아닌 본점 업무 수행에 사용되는 건축물에 해당한다고 보아야 한다. 3. 심리 및 판단 가. 쟁점 ① 쟁점부동산은 본점에 해당하지 아니하므로 취득세 중과가 배제되어야 한다는 청구주장의 당부 ② 쟁점부동산은 기업부설연구소와 협업하는 지식산업용 건축물이므로 「지방세특례제한법」제78조 제4항에 따른 취득세 감면이 적용되어야 한다는 청구주장의 당부 나. 관련 법령 : <별지> 참조 다. 사실관계 및 판단 (1) 청구법인 및 처분청이 제출한 심리자료에 의하면 다음과 같은 사실이 확인된다. (가) 청구법인의 법인등기사항증명서에 따르면, 청구법인은 1958.4.11. 설립되어 고무제품 제조 및 판매업(타이어 및 튜브), 정밀 화학제품 제조 및 판매업, 자동차 부품 제조 및 판매업 등을 영위하는 법인으로, OOO에 등기상 본점을 두고 있는 것으로 확인된다. (나) 청구법인은 2013.10.30. 서울주택도시공사와 이 건 토지를 포함한 서울특별시 강서구 OOO 토지에 관한 분양계약을 체결한 후, 2014.12.23. 서울주택도시공사와 변경계약을 체결하여 청구법인 및 AAA 주식회사가 공동(청구법인 지분 90%, AAA 주식회사 지분 10%)으로 위 토지를 취득하기로 하고, 그 지상에 연구시설 21,157㎡, 부대시설 12,201㎡ 및 주차장 등 10,825㎡를 건축하기로 약정한 것으로 나타난다. (다) 청구법인은 2019.3.29. 이 건 건축물의 사용승인을 받아 이를 취득한바, 해당 건축물의 건축물대장상 주요내용은 아래와 같다. <표4> 이 건 건축물의 건축물대장 내역 ○○○ (라) 청구법인은 2019.5.24. 이 건 건축물에 대한 취득세 등을, 2019.6.26. 이 건 토지에 대한 취득세 등을, 이 건 건축물 중 연구시설로 사용되는 부분과 이 건 비연구시설에 해당하는 부분으로 나누어 아래와 같이 각 신고ㆍ납부하였고, 당시 취득세 등 신고서의 첨부자료로 <표5>의 이 건 건축물 층별 시설명세를 제출한 것으로 확인된다. <표5> 이 건 건축물의 층별 시설명세 ○○○ (마) 처분청은 2023.5.16. 및 2024.7.17. 이 건 건축물에 출장한 후 아래와 같이 결과보고를 하였다. <표6> 처분청 출장결과보고 내역(발췌) ○○○ (바) 청구법인은 2022.7.14. 한국산업기술진흥협회장으로부터 이 건 건축물 중 연구시설로 사용되는 12,349㎡에 대하여 아래와 같이 기업부설연구소 인증을 받은 것으로 확인된다. <표7> 기업부설연구소 인정서 내역 ○○○ (사) 처분청이 제출한 청구법인의 2019년 7월 기준 조직도에 따르면, 청구법인은 글로벌 CEO의 지휘 아래 총 7개의 사업본부(영업부서(아시아영업 BG, 글로벌영업 BG), OE영업 BG, 유럽지역 BG, 글로벌생산 BG, 연구개발 BG, 경영지원 BG)를 두고 있고, 품질부서는 그 중 경영지원 BG에 소속되어 있는 것으로 나타난다. 한편 청구법인이 제출한 2019 사업연도의 사업보고서(2020.3.30. 작성)에 기재된 조직도에 따르면, 청구법인은 부회장의 지휘 아래 아태지역대표와 유럽지역대표를 두고 있고, 영업부서와 품질부서는 각각 독립된 ‘BG’로 아태지역대표의 지휘를 받고 있는 것으로 확인되는바, 이에 관하여 청구법인은 처분청이 제출한 조직도와 위 사업보고서상 조직도의 각 작성 시점 사이에 조직 개편이 이루어짐에 따라 조직의 명칭 및 보고체계의 차이가 일부 발생하였다고 진술하였다. <표8> 청구법인의 조직도(처분청 제출, 2019년 7월 기준) ○○○ <표9> 청구법인의 조직도(청구법인 제출, 2019 사업연도 사업보고서 중 발췌) ○○○ (아) 청구법인이 제출한 이 건 건축물의 평면도에 따르면, 청구법인의 영업부서 및 품질부서가 사용하는 쟁점부동산은 해당 건축물의 5층과 6층 중 일부를 사용하고 있는 것으로 확인된다. 이 건 비연구시설 중 쟁점부동산을 제외한 나머지 면적이 청구법인의 본점용 부동산으로서 「지방세법」제13조 제1항에 따른 취득세 중과대상에 해당한다는 점에 관하여는 처분청과 청구법인 간에 다툼이 없다. <표10> 이 건 건축물의 평면도상 쟁점부동산의 위치 ○○○ (자) 청구법인의 2019 사업연도의 사업보고서(2020.3.30. 작성)에서 확인되는 내용은 아래와 같다. 1) 청구법인의 2019 사업연도 매출액 중 타이어 생산, 판매 및 렌탈 부문의 매출액이 99.16%를, 종속회사인 CCC(주)의 비타이어부문(운송보관), DDD의 비타이어부문(금형), FFF(주)의 비타이어부문(제과제빵)의 매출액이 0.84%를 각 차지하고 있다. 2) 타이어부문 제조판매 조직 중 내수영업은 OE영업 BG 산하 3개팀, 영업부서에 산하 한국지역BS 내 채널운영팀 외 5개팀이, 해외영업은 OE영업 BG 산하 OE해외영업 BS, 영업부서 산하 해외영업 BS와 T＆S 영업 BS가 각 담당하고 있는 것으로 확인된다. 3) 청구법인의 글로벌 CEO가 지휘ㆍ감독하는 7개 사업본부 중 하나인 연구개발 BG에서 연구개발활동을 담당하고 있고, 2019 사업연도 기준 매출액 대비 연구개발비의 비율은 4.6%이며, ‘고강도/저중량 PET Textile Cord 개발’, ‘공기압 타이어의 마모성능 측정 장치 및 측정 방법’, ‘타이어의 제동 성능 예측 시험법 개발’ 등의 연구개발 실적을 거둔 것으로 나타난다. 4) 청구법인은 2013.10.29. 주요경영사항 중 하나로 BBB일반산업단지에 OOO원을 투입하여 중앙연구소를 신규 건립하기로 결정하고, 2019년 4월 중앙연구소(OOO)가 입주하였음을 신고하였다. (2) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 먼저 쟁점①에 대해 살펴본다. (가) 「지방세법」제13조 제1항은 「수도권정비계획법」제6조에 따른 과밀억제권역에서 대통령령으로 정하는 본점이나 주사무소의 사업용 부동산을 취득하는 경우 취득세를 중과한다고 규정하고 있고, 같은 법 시행령 제25조는 위 법 조항에 따른 “본점이나 주사무소의 사업용 부동산”이란 법인의 본점 또는 주사무소의 사무소로 사용하는 부동산과 그 부대시설용 부동산을 말한다고 규정하고 있다. 위 각 규정에 따라 본점의 ‘사무소’로 사용하는 부동산이라 함은, 법인이 영위하는 사업에 관한 주요한 의사결정 및 업무수행과 경영, 인사, 재무, 총무, 기획 등 관리행위가 이루어지는 장소를 말한다고 볼 수 있고, 본점의 사무소와 함께 설치되었더라도 본점에서 이루어지는 주요한 의사결정, 업무수행, 관리행위 등과 구분되는 단순하고 부수적인 행위나 사실적 행위 또는 대외적으로 제품 및 서비스를 제공하거나 영업활동 등이 이루어지는 장소는 본점의 ‘사무소’에 해당한다고 보기 어려우므로, 위 ‘사무소’에 해당하는지 여부는 해당 법인이 영위하는 사업의 종목이나 특성 등을 모두 고려하여 개별적ㆍ구체적으로 판단하여야 할 것이다(조심 2023지4028, 2025.4.14., 같은 뜻임). (나) 청구법인은 영업부서 및 품질부서가 중추적 의사결정을 수행하는 부서에 해당하지 아니하므로, 해당 부서가 사용하는 쟁점부동산을 본점의 사업용 부동산으로 볼 수 없다고 주장한다. 그러나 청구법인과 처분청이 제출한 조직도, 부서별 업무기능의 상세 등에 따르면, 영업부서 및 품질부서는 각 독립된 BG 또는 BS로서 당 법인 대표의 지휘ㆍ감독을 받으며, 청구법인의 제품이 판매되는 지역의 시장조사, 프로모션 기획, 규제 준수 및 규격 인증 획득을 위한 업무 등 영업과 품질에 관한 총괄 기획ㆍ조정 업무를 수행하고 있는 것으로 보이는 점, 청구법인은 2019 사업연도 기준 매출액 중 타이어 생산, 판매 및 렌탈 부문의 매출액이 99.16%를 차지하는 법인으로, 청구법인이 영위하는 사업의 종목이나 특성 등을 고려할 때 영업부서 및 품질부서가 쟁점부동산에서 수행하는 영업 및 품질의 총괄 기획ㆍ조정 업무는 법인의 주요한 의사결정, 업무수행, 관리행위 등에 해당하는 것으로 보이고, 단순하고 부수적인 행위나 사실적 행위 또는 대외적으로 제품 및 서비스를 제공하거나 영업활동 등을 하는 것으로 보기 어려운 점, 이 건 비연구시설 중 쟁점부동산을 제외한 나머지 면적이 본점의 사업용 부동산에 해당한다는 점에 관하여는 청구법인과 처분청 간에 다툼이 없는바, 위 면적에 위치한 중역실, 중역라운지, 경영컨설팅팀, 법제팀, 비즈니스 관리팀, 회계팀 등이 영업부서 및 품질부서와 유기적으로 결합하여 본점으로서 중추적 의사결정을 수행하고 있는 것으로 보이는 점 등에 비추어, 쟁점부동산은 본점의 사업용 부동산으로서 「지방세법」제13조 제1항에 따른 취득세 중과 대상에 해당한다고 봄이 타당하다. (3) 다음으로 쟁점②에 대하여 살펴본다. (가) 「지방세특례제한법」제78조 제4항은 사업시행자 외의 자가 산업단지등에서 신축하여 취득하는 산업용 건축물등에 대해서 취득세를 경감한다고 규정하고 있고, 같은 법 시행령 제38조 및 제29조 제1항 제3호는 「산업입지 및 개발에 관한 법률」제2조에 따른 공장ㆍ지식산업ㆍ문화산업ㆍ정보통신산업ㆍ자원비축시설용 건축물과 이와 직접 관련된 교육ㆍ연구ㆍ정보처리ㆍ유통시설용 건축물을 위 법 조항에 따른 “산업용 건축물등”의 하나로 본다고 규정하고 있으며, 「산업입지 및 개발에 관한 법률」제2조 제2호는 “지식산업”을 “컴퓨터소프트웨어개발업ㆍ연구개발업ㆍ엔지니어링서비스업 등 전문 분야의 지식을 기반으로 하여 창의적 정신활동에 의하여 고부가가치의 지식서비스를 창출하는 데에 이바지할 수 있는 산업”으로 정의하고 있다. (나) 청구법인은 등기부상 고무제품 제조 및 판매업(타이어 및 튜브), 정밀 화학제품 제조 및 판매업, 자동차 부품 제조 및 판매업 등을 목적사업으로 등재한 법인으로, 매출의 99% 이상이 타이어 생산, 판매 및 렌탈 부문에서 발생하는 것으로 확인되고, 당해 법인의 조직도, 감사보고서 등에 따르면, 연구개발활동은 영업부서 및 품질부서와 구분된 사업 본부인 연구개발 BG에서 담당하고 있고, 영업부서는 청구법인의 타이어 제조판매 중 내수영업을 담당하고 있는 것으로 나타나는 점, 청구법인이 제출한 영업부서 및 품질부서의 수행 업무에 대한 설명에 따르더라도, 영업부서는 해외 영업소에 대한 제품 판매를 보조하기 위해 판촉, 프로모션, 통관 업무 등을 수행하고, 품질부서는 청구법인이 판매하는 제품의 규격 인증을 획득하는 업무를 수행하는 것으로 보이는바, 이처럼 해당 부서들에서 제품 판매를 보조하기 위해 수행하는 업무를 ‘전문 분야의 지식을 기반으로 하여 창의적 정신활동에 의하여 고부가가치의 지식서비스를 창출하는 데에 이바지할 수 있는 산업’인 지식산업의 일종으로 보기 어려운 점 등에 비추어, 쟁점부동산을 「지방세특례제한법」제78조 제4항에 따른 취득세 경감 대상인 산업용 건축물등으로 볼 수 없다고 할 것이다. (4) 따라서 처분청에서 쟁점부동산이 「지방세법」제13조 제1항에 따른 취득세 중과 대상에 해당하고, 「지방세특례제한법」제78조 제4항에 따른 취득세 경감 대상에 해당하지 않는다고 보아 청구법인의 취득세 등 경정청구를 거부한 처분은 달리 잘못이 없는 것으로 판단된다. 4. 결론 이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 없으므로 「지방세기본법」제96조 제7항과 「국세기본법」제80조의2 및 제65조 제1항 제2호에 의하여 주문과 같이 결정한다. <별지> 관련 법령 (1) 지방세특례제한법(2014.12.31. 법률 제12955호로 개정되기 전의 것) 제78조(산업단지 등에 대한 감면) ① 「산업입지 및 개발에 관한 법률」 제16조에 따른 산업단지개발사업의 시행자 또는 「산업기술단지 지원에 관한 특례법」 제4조에 따른 사업시행자가 산업단지 또는 산업기술단지를 조성하기 위하여 취득하는 부동산에 대해서는 취득세의 100분의 35를, 조성공사가 시행되고 있는 토지에 대해서는 재산세의 100분의 35(수도권 외의 지역에 있는 산업단지의 경우에는 100분의 60)를 각각 2019년 12월 31일까지 경감한다. 다만, 산업단지 또는 산업기술단지를 조성하기 위하여 취득한 부동산의 취득일부터 3년 이내에 정당한 사유 없이 산업단지 또는 산업기술단지를 조성하지 아니하는 경우에 해당 부분에 대해서는 경감된 취득세 및 재산세를 추징한다. ② 제1항에 따른 사업시행자가 산업단지 또는 산업기술단지를 개발ㆍ조성한 후 대통령령으로 정하는 산업용 건축물등(이하 이 조에서 "산업용 건축물등"이라 한다)의 용도로 분양 또는 임대할 목적으로 취득ㆍ보유하는 부동산에 대해서는 다음 각 호에서 정하는 바에 따라 지방세를 경감한다. ④ 제1항에 따른 사업시행자 외의 자가 제1호 각 목의 지역(이하 "산업단지등"이라 한다)에서 취득하는 부동산에 대해서는 제2호 각 목에서 정하는 바에 따라 지방세를 경감한다. 1. 대상 지역 가. 「산업입지 및 개발에 관한 법률」에 따라 지정된 산업단지 2. 경감 내용 가. 산업용 건축물등을 신축 또는 증축하여 취득하는 부동산(신축 또는 증축한 부분에 해당하는 부속토지를 포함한다)에 대해서는 취득세의 100분의 50을 2019년 12월 31일까지 경감한다. 이 경우 공장용 건축물(「건축법」 제2조제1항제2호에 따른 건축물을 말한다)을 신축 또는 증축하여 중소기업자에게 임대하는 경우를 포함한다. (2) 지방세특례제한법 시행령(2020.1.15. 대통령령 제30355호로 개정되기 전의 것) 제29조(산업용 건축물 등의 범위) ① 법 제58조 제3항 각 호 외의 부분 본문에서 “대통령령으로 정하는 건축물”이란 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 건축물을 말한다. 3. 「산업입지 및 개발에 관한 법률」 제2조에 따른 공장ㆍ지식산업ㆍ문화산업ㆍ정보통신산업ㆍ자원비축시설용 건축물과 이와 직접 관련된 교육ㆍ연구ㆍ정보처리ㆍ유통시설용 건축물 제38조(산업용 건축물 등의 범위) 법 제78조 제2항 각 호 외의 부분에서 "대통령령으로 정하는 산업용 건축물등"이란 제29조 각 호의 어느 하나에 해당하는 건축물을 말한다. 다만, 제29조 제3호에 해당하는 공장용 건축물은 행정안전부령으로 정하는 업종 및 면적기준 등을 갖추어야 한다. (3) 산업입지 및 개발에 관한 법률 제2조(정의) 이 법에서 사용하는 용어의 뜻은 다음과 같다. 2. “지식산업”이란 컴퓨터소프트웨어개발업ㆍ연구개발업ㆍ엔지니어링서비스업 등 전문 분야의 지식을 기반으로 하여 창의적 정신활동에 의하여 고부가가치의 지식서비스를 창출하는 데에 이바지할 수 있는 산업을 말한다. (4) 지방세법(2019.12.31. 법률 제16855호로 개정되기 전의 것) 제13조(과밀억제권역 안 취득 등 중과) ① 「수도권정비계획법」 제6조에 따른 과밀억제권역에서 대통령령으로 정하는 본점이나 주사무소의 사업용 부동산(본점이나 주사무소용으로 신축하거나 증축하는 건축물과 그 부속토지만 해당하며, 「신탁법」에 따른 수탁자가 취득한 신탁재산 중 위탁자가 신탁기간 중 또는 신탁종료 후 위탁자의 본점이나 주사무소의 사업용으로 사용하는 부동산을 포함한다)을 취득하는 경우와 같은 조에 따른 과밀억제권역(「산업집적활성화 및 공장설립에 관한 법률」을 적용받는 산업단지ㆍ유치지역 및 「국토의 계획 및 이용에 관한 법률」을 적용받는 공업지역은 제외한다)에서 공장을 신설하거나 증설하기 위하여 사업용 과세물건을 취득하는 경우의 취득세율은 제11조 및 제12조의 세율에 중과기준세율의 100분의 200을 합한 세율을 적용한다. 제11조(부동산 취득의 세율) ① 부동산에 대한 취득세는 제10조의 과세표준에 다음 각 호에 해당하는 표준세율을 적용하여 계산한 금액을 그 세액으로 한다. 7. 그 밖의 원인으로 인한 취득 나. 농지 외의 것: 1천분의 40 (5) 지방세법 시행령(2019.5.31. 대통령령 제29797호로 개정되기 전의 것) 제25조(본점 또는 주사무소의 사업용 부동산) 법 제13조 제1항에서 “대통령령으로 정하는 본점이나 주사무소의 사업용 부동산”이란 법인의 본점 또는 주사무소의 사무소로 사용하는 부동산과 그 부대시설용 부동산(기숙사, 합숙소, 사택, 연수시설, 체육시설 등 복지후생시설과 예비군 병기고 및 탄약고는 제외한다)을 말한다.