이 건 정비사업을 위하여 청구법인이 취득한 토지 면적은 45,462.8897㎡이고, 청구법인은 이 건 정비사업 진행 중에 토지 38,699.18㎡에 대한 취득세 등을 이미 신고ㆍ납부하여, 소유권이전 고시일의 다음날 그 나머지인 6,763.7097㎡를 취득하였음. 그럼에도 청구법인은 21,980.9598㎡에 대한 취득세 등을 추가로 신고ㆍ납부하여 15,217.2501㎡에 대한 취득세를 과다 신고ㆍ납부한 것으로 보는 것이 타당하므로, 처분청이 이 건 취득세 등의 경정청구를 거부한 처분은 잘못이 있는 것으로 판단됨

이유 1. 처분개요 가. 청구법인은 인천광역시 부평구 OOO 일대 74,924.7㎡에「도시 및 주거환경정비법」(이하 “도시정비법”이라 합니다)에 따른 주택재개발정비사업(이하 “이 건 재개발사업”이라 합니다)을 시행하여 2024.10.18. 준공인가를 받았으며 2025.1.13. 이 건 재개발사업에 대한 이전고시를 완료하였다. 나. 청구법인은 이 건 재개발사업 이전고시의 다음날에 취득한 조합원에게 귀속되지 아니하는 비조합원용 토지에 대하여 2025.1.22. 「지방세법」제10조의5 제3항 제3호 및「지방세법 시행령」(2025.1.31. 대통령령 제35177호로 개정되기 전의 것) 제18조의4 제1항 제3호(이하 “쟁점규정”이라 한다)의 산식에 따라 산출한 과세대상 면적 21,980.9598㎡(이하 “쟁점토지”라 합니다)에 제곱미터당 공시지가를 곱한 금액을 과세표준으로 하고, 무상취득 세율(3.5%)을 적용하여 취득세 등 합계 OOO원을 신고ㆍ납부하였다. 다. 청구법인은 쟁점토지 과세 면적을 산정함에 있어 일반분양분 토지 45,462.8897㎡에서 청구법인이 사업진행 중에 조합원이 아닌 제3자로부터 취득한 토지 38,669.18㎡를 우선적으로 차감한 후 산정하여야 할 것이므로, 당초 신고한 쟁점토지 중 과다하게 산정된 부분 15,217.2501㎡(=21,980.9598㎡-6,763.7097㎡)에 대한 취득세 등을 환급되어야 한다는 취지로 2025.6.16. 경정청구를 제기하였으나, 처분청은 2025.8.8. 이를 거부하였다. 라. 청구법인은 이에 불복하여 2025.9.12. 심판청구를 제기하였다. 2. 청구법인 주장 및 처분청 의견 가. 청구법인 주장 「지방세법」 제7조 제8항 단서가 도시정비법상 재건축조합 등에 관한 규정일 뿐 재개발조합에 직접 적용되는 규정은 아니라 하더라도, 재개발조합이 취득한 비조합원용 부동산의 과세범위를 정함에 있어서는 해당 사업의 실질과 대법원 판례의 법리에 따라 제3자로부터 취득한 토지 부분을 우선적으로 공제하여야 한다. 즉, 주택재개발정비사업에서는 조합원들이 종전 소유하던 토지가 우선적으로 조합원용 토지와 정비기반시설 부지로 충당되고, 부족한 사업부지 확보 및 일반분양을 위하여 제3자로부터 현금청산, 수용, 매매, 무상양여 등의 방식으로 토지를 추가 취득하는 구조이므로, 일반분양분에 해당하는 비조합원용 토지는 원칙적으로 제3자로부터 취득한 토지로 먼저 구성된다고 보아야 한다. 특히 조합원으로부터 신탁되거나 현물출자된 토지와 제3자로부터 취득한 토지가 전체적으로 하나의 단일 사업부지로 사용되어 각각의 실지귀속을 구분할 수 없는 경우에는, 대법원 2010두1804 판결, 2019두53075 판결 등이 판시한 바와 같이, 비조합원용 토지 중 제3자로부터 취득한 토지의 면적을 우선 산정하여 공제한 후 남는 면적만을 과세대상으로 보아야 한다. 이는 조합원이 본인 소유 토지 위에 장차 귀속될 주택이나 대지지분을 배정받을 수 있음에도 이를 배제하고 오히려 제3자 매입토지를 조합원용으로 먼저 사용한다고 보는 것은 사업 구조와 거래 현실에 반할 뿐 아니라, 납세자에게 가장 불리한 방식으로 사실관계를 의제하는 부당한 해석이라는 점에서도 타당하지 않다. 또한 정비사업의 진행 과정상 정비기반시설은 사업 초기에 이미 계획ㆍ확정되어 우선적으로 조성되어야 하고, 일반분양분은 그 이후 구체화되는 것이므로, 당초 조합원의 종전 토지는 정비기반시설과 조합원 귀속분에 먼저 배분된다고 보는 것이 사업의 시간적ㆍ논리적 순서에도 부합한다. 따라서 청구법인은, 이전고시 다음 날 조합이 취득한 것으로 의제되는 비조합원용 토지 전체를 과세대상으로 삼을 것이 아니라, 그중 제3자로부터 유상 또는 무상으로 취득한 토지 면적을 먼저 공제하고, 그 잔여 면적에 한하여 취득세 과세표준을 산정하여야 한다. 나. 처분청 의견 사업시행자가 정비사업 공사를 완료한 후 이전고시를 통해 취득하게 되는 비조합원용 부동산 등은 당초 사업시행자가 보유하고 있던 토지와 동일한 물건이라고 보기 어렵다. 이 과정에서는 조합원, 조합 및 기반시설 주체들이 각자의 기존 지분 중 일부를 다시 취득하는 한편, 나머지 일부는 상호 간에 재배분받게 된다. 따라서 「도시 및 주거환경정비법」상 사업시행자의 입장에서 보면, 이전고시를 통해 취득한 45,462.8897㎡ 중 당초 사업시행자가 소유하고 있던 지분비율 51.6%에 상당하는 면적 부분은 종전 권리가 그대로 반영된 것으로 볼 수 있으나, 이를 초과하는 나머지 48.4% 상당 면적은 조합원으로부터 새로이 취득한 것으로 보아야 한다. 그렇다면 청구법인에 대하여 신설 「지방세법 시행령」 제18조의4 제1항 제3호를 적용한 것은 타당하다. 또한 같은 호에 따라, 해당 토지의 면적에서 사업대상 토지 전체 면적 중 사업시행자가 사업 진행 과정에서 취득한 토지면적(다만, 조합원으로부터 신탁받은 토지는 제외함)이 차지하는 비율만큼을 차감한 면적을 기준으로 취득 당시 가액을 산출한 것은, 종전에 이미 취득한 토지 부분에 대한 이중과세를 조정하기 위한 것으로서 그 산정방식 역시 적정하다고 볼 수 있다. 3. 심리 및 판단 가. 쟁점 일반분양용 토지 면적에서 제3자 매입토지 면적을 우선 공제하여 과세대상 면적을 산출해야 한다는 청구주장의 당부 나. 관련 법령 : <별지> 기재 다. 사실관계 및 판단 (1) 청구법인 및 처분청이 제출한 심리자료에 의하면 다음과 같은 내용이 나타난다. (가) 청구법인은 이 건 사업부지에「도시정비법」에 따른 주택재개발정비사업을 시행할 목적으로 2009.10.9. 설립된 재개발정비사업조합으로 2011.12.14. 사업시행인가, 2019.4.10. 관리처분계획인가를 받고 재개발사업을 시행하여 2024.10.18. 준공인가를 받았으며, 2025.1.13. 이 건 재개발사업에 대한 이전고시를 완료하였다. (나) 이 건 재개발사업 이전고시로 귀속되는 사업부지의 현황은 아래와 같습니다. ○○○ (다) 청구법인은 2025.1.13. 이전고시를 완료한 후 2025.1.22. 조합원에게 귀속되지 아니하는 비조합원용 토지에 대하여 이전고시의 다음날을 취득일로 하고, 쟁점규정에 따라 산출한 취득당시가액(쟁점토지에 제곱미터당 공시지가를 곱한 금액)에 무상취득 세율(3.5%)을 적용하여 취득세 등 합계 OOO원을 신고ㆍ납부하였다. ○○○ (라) 청구법인이 이 건 사업부지에서 조합원이 아닌 제3자로부터 취득한 토지 면적은 38,669.18㎡로서, 그 내역은 현금청산 등 30,349.81㎡ 및 국공유지 무상양여 8,349.37㎡이고, 신설기반시설에 편입되는 면적은 없으며, 이에 대하여 처분청도 이견이 없다. (2) 이상의 사실관계 및 관련 법률 등을 종합하여 이 건에 대하여 살피건대, 처분청은 이전고시로 취득한 토지 중 사업시행자의 기존 지분 51.6%를 초과하는 48.4% 부분은 조합원으로부터 새로 취득한 것으로 보아 과세하는 것이 타당하다는 의견이나, 쟁점규정은 사업시행자 등이 체비지 등을 취득한 경우에 과세표준에 대한 특례규정으로서, 이 조항을 근거로 청구법인이 이미 취득세 등을 신고ㆍ납부한 토지에 대하여 다시 취득세 등의 납세의무가 성립한 것으로 보기는 어려워 보이는 점 등에 비추어, 이 건 정비사업을 위하여 청구법인이 취득한 토지 면적은 45,462.8897㎡이고, 청구법인은 이 건 정비사업 진행 중에 토지 38,669.18㎡에 대한 취득세 등을 이미 신고ㆍ납부하여, 소유권이전 고시일의 다음날 그 나머지인 6,763.7097㎡를 취득하였으나, 청구법인은 21,980.9598㎡에 대한 취득세 등을 추가로 신고ㆍ납부하여 15,217.2501㎡에 대한 취득세를 과다 신고ㆍ납부한 것으로 보는 것이 타당하므로, 처분청이 이 건 취득세 등의 경정청구를 거부한 처분은 잘못이 있는 것으로 판단된다(조심 2025지1300, 2026.1.22., 같은 뜻임). 4. 결 론 이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 있으므로 「지방세기본법」제96조 제7항과 「국세기본법」제80조의2 및 제65조 제1항 제3호에 의하여 주문과 같이 결정한다. <별지> 관련 법령 (1) 지방세법 제7조(납세의무자 등) ⑧ 「주택법」 제11조에 따른 주택조합과 「도시 및 주거환경정비법」 제35조 제3항 및 「빈집 및 소규모주택 정비에 관한 특례법」제23조에 따른 재건축조합 및 소규모재건축조합(이하 이 장에서 “주택조합등”이라 한다)이 해당 조합원용으로 취득하는 조합주택용 부동산(공동주택과 부대시설ㆍ복리시설 및 그 부속토지를 말한다)은 그 조합원이 취득한 것으로 본다. 다만, 조합원에게 귀속되지 아니하는 부동산(이하 이 장에서 “비조합원용 부동산”이라 한다)은 제외한다. 제10조의5(무상취득ㆍ유상승계취득ㆍ원시취득의 경우 과세표준에 대한 특례) ③ 제10조의2부터 제10조의4까지의 규정에도 불구하고 다음 각 호의 경우 취득당시가액의 산정 및 적용 등은 대통령령으로 정한다. 3. 「도시 및 주거환경정비법」 제2조 제8호의 사업시행자, 「빈집 및 소규모주택 정비에 관한 특례법」 제2조 제1항 제5호의 사업시행자 및 「주택법」 제2조 제11호의 주택조합이 취득하는 경우 4. 그 밖에 제1호부터 제3호까지의 규정에 준하는 경우로서 대통령령으로 정하는 취득에 해당하는 경우 부칙<제18655호, 2021.12.28.> 제1조(시행일) 이 법은 2022년 1월 1일부터 시행한다. 다만, 다음 각 호의 개정규정은 각 호의 구분에 따른 날부터 시행한다. 1. 제10조, 제10조의2부터 제10조의7까지, 제11조 제1항ㆍ제3항, 제12조 제1항, 제15조 제2항 제1호부터 제3호까지, 제20조 제1항, 제21조 제1항ㆍ제3항, 제22조의4, 제27조 제3항 및 제151조 제1항 제1호의 개정규정 : 2023년 1월 1일 (2) 지방세법 시행령 제18조의4(유상ㆍ무상ㆍ원시취득의 경우 과세표준에 대한 특례) ① 법 제10조의5 제3항 각 호에 따른 취득의 경우 취득당시가액은 다음 각 호의 구분에 따른 가액으로 한다. 3. 법 제10조의5 제3항 제3호에 따른 사업시행자 또는 주택조합이 법 제7조 제8항 단서에 따른 비조합원용 부동산 또는 체비지ㆍ보류지를 취득한 경우: 다음 계산식에 따라 산출한 가액 가액= A × [B - (C × B / D)] A: 해당 토지의 제곱미터당 분양가액 B: 해당 토지의 면적 C: 사업시행자 또는 주택조합이 해당 사업 진행 중 취득한 토지면적 (조합원으로부터 신탁받은 토지는 제외한다) D: 해당 사업 대상 토지의 전체 면적 ② 법 제10조의5 제3항 제4호에서 “대통령령으로 정하는 취득”이란 다음 각 호의 취득을 말한다. 1. 「도시개발법」에 따른 도시개발사업의 시행으로 인한 사업시행자의 체비지 또는 보류지의 취득 2. 법 제7조 제16항 후단에 따른 조합원의 토지 취득 부칙<대통령령 제33325호, 2023.3.14.> 제1조(시행일) 이 영은 공포한 날 시행한다. 다만 제87조 제4항, 제99조의2부터 제99조의4까지, 제100조 제12항, 제100조의5 제3항 전단 및 제100조의7 제4항의 개정규정은 2025년 1월 1일부터 시행한다. 제3조의2(재개발사업 등으로 취득한 부동산에 대한 과세표준에 관한 특례) ① 2023년 3월 14일 전에 「도시 및 주거환경정비법」 제74조에 따른 관리처분계획 인가, 「빈집 및 소규모주택 정비에 관한 특례법」 제29조에 따른 사업시행계획인가 또는 「주택법」 제15조에 따른 사업계획 승인을 받은 사업의 시행으로 법 제10조의5 제3항 제3호에 따른 사업시행자 또는 주택조합이 2023년 3월 14일 이후 취득하는 비조합원용 부동산 또는 체비지ㆍ보류지에 대해서는 제18조의4 제1항 제3호의 개정규정에도 불구하고 취득당시가액은 다음 계산식에 따라 산출한 가액으로 한다. 다만, 다음 계산식에 따라 산출한 가액이 제18조의4 제1항 제3호의 개정규정에 따라 산출한 가액보다 높은 경우에는 그렇지 않다. (3) 지방세특례제한법 제74조(도시개발사업 등에 대한 감면) ① 「도시개발법」 제2조 제1항 제2호에 따른 도시개발사업(이하 이 조에서 “도시개발사업”이라 한다)과 「도시 및 주거환경정비법」 제2조 제2호 나목에 따른 재개발사업(이하 이 조에서 “재개발사업”이라 한다)의 시행으로 해당 사업의 대상이 되는 부동산의 소유자(상속인을 포함한다. 이하 이 조에서 같다)가 환지계획 및 토지상환채권에 따라 취득하는 토지, 관리처분계획에 따라 취득하는 토지 및 건축물(이하 이 항에서 “환지계획 등에 따른 취득부동산”이라 한다)에 대해서는 취득세를 2022년 12월 31일까지 면제한다. 다만, 다음 각 호에 해당하는 부동산에 대해서는 취득세를 부과한다. 1. 환지계획 등에 따른 취득부동산의 가액 합계액이 종전의 부동산 가액의 합계액을 초과하여 「도시 및 주거환경정비법」등 관계 법령에 따라 청산금을 부담하는 경우에는 그 청산금에 상당하는 부동산 2. 환지계획 등에 따른 취득부동산의 가액 합계액이 종전의 부동산 가액 합계액을 초과하는 경우에는 그 초과액에 상당하는 부동산. 이 경우 사업시행인가(승계취득일 현재 취득부동산 소재지가 「소득세법」 제104조의2 제1항에 따른 지정지역으로 지정된 경우에는 도시개발구역 지정 또는 정비구역 지정) 이후 환지 이전에 부동산을 승계취득한 자로 한정한다. ③ 도시개발사업의 사업시행자가 해당 도시개발사업의 시행으로 취득하는 체비지 또는 보류지에 대해서는 취득세의 100분의 75를 2022년 12월 31일까지 경감한다. 부칙 <법률 제16865호, 2020.1.15.> 제5조(도시개발사업 등에 대한 감면에 관한 적용례) ① 제74조 제1항 및 제3항의 개정규정은 「도시개발법」 제2조 제1항 제2호에 따른 도시개발사업 또는 「도시 및 주거환경정비법」 제2조 제2호 나목에 따른 재개발사업으로서 2020년 1월 1일 이후 「도시개발법」 제17조에 따른 실시계획 인가를 받거나 「도시 및 주거환경정비법」 제50조에 따른 사업시행계획 인가를 받는 사업부터 적용한다. 제17조(도시개발사업 등에 대한 감면 및 추징에 관한 경과조치) ① 2020년 1월 1일 전에 「도시개발법」 제17조에 따른 실시계획 인가를 받거나 「도시 및 주거환경정비법」 제50조에 따른 사업시행계획 인가를 받은 사업의 시행으로 2020년 1월 1일 이후 취득하는 부동산에 대한 취득세 감면에 대해서는 제74조 제1항 및 제3항의 개정규정에도 불구하고 종전의 제74조 제1항에 따른다. (4) 지방세특례제한법 제74조(도시개발사업 등에 대한 감면) ① 「도시개발법」에 따른 도시개발사업과 「도시 및 주거환경정비법」에 따른 정비사업(재개발사업으로 한정한다)의 시행으로 해당 사업의 대상이 되는 부동산의 소유자(상속인을 포함한다. 이하 이 조에서 같다)가 환지계획 및 토지상환채권에 따라 취득하는 토지, 관리처분계획에 따라 취득하는 토지 및 건축물(이하 이 항에서 “환지계획 등에 따른 취득부동산”이라 한다)과 사업시행자가 취득하는 체비지 또는 보류지에 대해서는 취득세를 2019년 12월 31일까지 면제한다. 다만, 다음 각 호에 해당하는 부동산에 대해서는 취득세를 부과한다. 1. 환지계획 등에 따른 취득부동산의 가액 합계액이 종전의 부동산 가액의 합계액을 초과하여 「도시 및 주거환경정비법」등 관계 법령에 따라 청산금을 부담하는 경우에는 그 청산금에 상당하는 부동산 2. 환지계획 등에 따른 취득부동산의 가액 합계액이 종전의 부동산 가액 합계액을 초과하는 경우에는 그 초과액에 상당하는 부동산. 이 경우 사업시행인가(승계취득일 현재 취득부동산 소재지가 「소득세법」 제104조의2 제1항에 따른 지정지역으로 지정된 경우에는 도시개발구역 지정 또는 정비구역 지정) 이후 환지 이전에 부동산을 승계취득한 자로 한정한다. ③ 「도시 및 주거환경정비법」에 따른 재개발사업(같은 법 제2조 제2호 나목 중 정비기반시설이 열악하고 노후ㆍ불량건축물이 밀집한 지역에서 주거환경개선을 하는 경우로 한정한다. 이하 이 항에서 같다)과 주거환경개선사업(같은 법 제2조 제2호 가목 중 도시저소득 주민이 집단거주하는 지역으로서 정비기반시설이 극히 열악하고 노후ㆍ불량건축물이 과도하게 밀집한 지역의 주거환경을 개선하는 경우로 한정한다. 이하 이 항에서 같다)의 시행에 따라 취득하는 제1호부터 제3호까지의 부동산에 대해서는 취득세의 100분의 75를 2019년 12월 31일까지 경감하고, 제4호 및 제5호의 부동산에 대해서는 취득세를 2019년 12월 31일까지 면제한다. 다만, 그 취득일부터 5년 이내에 「지방세법」 제13조 제5항에 따른 과세대상이 되거나 관계 법령을 위반하여 건축한 경우에는 감면된 취득세를 추징한다. 1. 재개발사업의 시행자가 재개발사업의 대지 조성을 위하여 취득하는 부동산 2. 재개발사업의 시행자가 같은 법 제74조에 따른 해당 사업의 관리처분계획에 따라 취득하는 주택 제177조의2(지방세 감면 특례의 제한) ① 이 법에 따라 취득세 또는 재산세가 면제(지방세 특례 중에서 세액감면율이 100분의 100인 경우와 세율경감률이 「지방세법」에 따른 해당 과세대상에 대한 세율 전부를 감면하는 것을 말한다. 이하 이 조에서 같다)되는 경우에는 이 법에 따른 취득세 또는 재산세의 면제규정에도 불구하고 100분의 85에 해당하는 감면율(「지방세법」 제13조 제1항부터 제4항까지의 세율은 적용하지 아니한 감면율을 말한다)을 적용한다. 다만, 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우에는 그러하지 아니하다. 2. 제7조부터 제9조까지, 제11조 제1항, 제13조 제3항, 제16조, 제17조, 제17조의2, 제20조 제1호, 제29조, 제30조 제3항, 제33조 제2항, 제35조의2, 제36조, 제41조 제1항부터 제6항까지, 제50조, 제55조, 제57조의2 제2항(2020년 12월 31일까지로 한정한다), 제57조의3 제1항, 제62조, 제63조 제2항ㆍ제4항, 제66조, 제73조, 제76조 제2항, 제77조 제2항, 제82조, 제84조 제1항, 제85조의2 제1항 제4호 및 제92조에 따른 감면 부칙<법률 제13637호, 2015.12.29.> 제5조(지방세 면제 특례의 제한에 관한 적용례) 제177조의2의 개정규정은 다음 각 호의 구분에 따른 시기부터 적용한다. 3. 제74조 제1항ㆍ제2항 : 2020년 1월 1일