쟁점조항 제3항에 따라 위탁법인이 쟁점토지 취득일로부터 5년 이내에 쟁점사업의 사업계획 승인을 받지 못하였다는 이유로 청구법인에게 기감면받은 종합부동산세와 농어촌특별세 및 그 이자상당액을 추징한 이 건 처분은 달리 잘못이 없다고 판단됨.

이유 1. 처분개요 가. 청구법인은 2006.11.1. 설립되어 신탁업을 영위하고 있고, A 주식회사(이하 “위탁법인”이라 한다)는 2005.4.19. 설립되어 인수합병 서비스업 및 부동산 개발ㆍ공급업을 영위하고 있다. 나.위탁법인은 2019.3.29. 청구법인과 사이에, 청구법인이 위탁법인의 ‘「민간임대주택에 관한 특별법」(이하 “민간임대주택법”이라 한다)에 따른 공급촉진지구 내 공공지원민간임대주택 공급사업’(이하 “쟁점사업”이라 한다)에 관한 부동산신탁계약[이하 “쟁점신탁(계약)”이라 한다]을 체결한 다음, 2019.4.4. 경기도 OOO[면적이 113,289㎡인 공장용지이고, 2017년 2월 국토교통부로부터 ‘공공지원민간임대주택 시범사업(구 뉴스테이) 개발 부지’로 선정되었으며, 이하 “쟁점토지”라 한다]를 취득하였으며, 같은 날 청구법인이 쟁점신탁을 원인으로 쟁점토지의 소유권을 이전받았다. 다. 청구법인은 2020.10.3. 종합부동산 합산배제 신고시 쟁점토지를 「조세특례제한법」 제104조의19(이하 “쟁점조항”이라 한다)에 따라 주택을 건설하기 위하여 취득한 토지 중 취득일로부터 5년 이내에 「주택법」에 따른 사업계획의 승인을 받을 토지에 해당한다고 보아 종합부동산세 과세표준 합산배제대상으로 신고하였다. 라. 처분청은 쟁점조항 제3항에 따라 위탁법인이 쟁점토지 취득일로부터 5년 이내에 쟁점사업의 사업계획 승인을 받지 못하였다는 이유로 감면받은 종합부동산세액 등을 추징 대상으로 보아 2025.5.12. 청구법인에게 2020년 귀속 종합부동산세 OOO원 및 농어촌특별세 OOO원 합계 OOO원을 경정ㆍ고지하였다. 마.청구법인은 이에 불복하여 2025.8.7. 이의신청을 거쳐 2025.10.23. 심판청구를 제기하였다. 2. 청구법인 주장 및 처분청 의견 가. 청구법인 주장 청구법인(위탁법인)이 쟁점토지를 취득한 날부터 5년 이내에 주택건설을 위한 사업계획의 승인을 받지 못하였다 하더라도, 위탁법인에게 그 승인을 받지 못한 책임을 돌릴 수 없는 정당한 사유가 있으므로 감면받은 종합부동산세(농어촌특별세 포함)를 추징할 수 없다. (1)쟁점조항 제3항에서 추징 예외사유를 규정하고 있지 않다 하더라도 위탁법인에게 사후관리 위반의 책임을 돌릴 수 없는 정당한 사유가 인정되는 경우에는 감면받은 종합부동산세를 추징할 수 없다. 쟁점조항 제3항의 취지는 “주택건설사업의 특성상 대규모 토지를 사전에 확보해야 하고 사업계획승인에 3∼5년이 소요되는데, 그 기간 동안 주택건설사업자가 주택을 건설하기 위하여 취득한 토지에 대하여 종합부동산세의 부과시 그 과세부담이 주택가격으로 전가되어 분양가 상승 요인으로 작용할 수 있으므로 과세표준 합산배제를 통해 종합부동산세를 감면해 주되, 그 취득일로부터 사업계획승인에 필요한 상당한 기간이라 볼 수 있는 5년 이내에 사업계획승인을 받지 못한 경우 당초 감면받은 종합부동산세액과 이자상당 가산액을 추징함으로써 종합부동산세 감면 혜택이 다른 목적에 악용되는 것을 방지하고 부수적으로 주택건설사업자가 사업 수행을 게을리하지 않도록 하기 위함”이다(대구고등법원 2018.5.18. 선고 2017구23384 판결, 같은 뜻임). 한편 쟁점조항 제3항에 따른 추징은 쟁점조항 제1항에 따른 혜택, 즉 종합부동산세의 합산배제를 받은 자가 그 혜택을 부여한 취지인 ‘주택건설사업의 수행’을 게을리한 것에 대하여 부과하는 것으로(본래의 종합부동산세 부과처분과는 요건을 달리하는 별개의 처분), 사후관리의 측면에서 합산배제의 취지와 다른 용도로 사용하여서는 아니됨에도 불구하고 이를 위반하여 다른 용도로 사용하였다는 행정법상의 의무위반에 대한 제재의 성격을 가진다 할 것이다(대법원 2001.3.9. 선고 99두11677 판결, 대법원 2003.9.26. 선고 2002두516 판결 등, 같은 뜻임). 그런데 행정법규 위반에 대하여 가하는 제재는 행정목적의 달성을 위하여 행정법규 위반이라는 객관적 사실에 착안하여 가하는 제재이므로 위반자의 고의ㆍ과실이 있어야만 하는 것은 아니나, 그렇다고 하여 위반자의 의무 위반을 탓할 수 없는 정당한 사유가 있는 경우까지 부과할 수 있는 것은 아님(대법원 2014.10.15. 선고 2003두5005 판결 등, 같은 뜻임)을 감안하면, 추징 규정에 ‘정당한 사유’라는 명문 규정이 없더라도 납세의무자에게 의무 위반에 대한 책임을 돌릴 수 없는 정당한 사유가 인정되는 경우에는 제재적 추징이 허용될 수 없고(대법원 1994.9.13. 선고 94누4411 판결, 대법원 1995.9.15. 선고 95누6854 판결, 대법원 2000.10.6. 선고 98두922 판결 등, 같은 뜻임), 이러한 법리는 조세법 영역에서도 적용된다 할 것이다. 따라서 쟁점조항 제3항에서 사후관리요건의 위반시 기감면세액의 추징만을 규정하고 있고 이에 관한 예외규정이 없다 하더라도, 납세자에게 그 사후관리 위반의 책임을 돌릴 수 없는 정당한 사유가 있는 경우 면제된 종합부동산세를 추징할 수는 없다. 이러한 법리는 쟁점조항 제3항에 따른 추징 사례에 관한 법원의 판례에서도 확인되었다. 즉 ‘부산고등법원 2018.5.18. 선고 2017구 23384 판결’을 보면, 주택건설사업자인 원고가 토지 취득 후 사업계획 승인을 받지 못하였으나 불가피한 외부적인 사유(집단에너지 공급사업자가 경영난 등으로 그 의무를 다하지 못해 ‘공급배관 용량 부족에 따른 집단에너지의 공급을 할 수 없었다’는 것)로 원고의 사업계획 승인이 거부되어서 쟁점조항 제3항의 사후관리 요건(5년 이내에 사업계획승인을 받지 것)을 충족하지 못하였는데, 법원은 원고에게 책임을 돌릴 수 없는 정당한 사유가 있다고 보아 종합부동산세의 추징처분이 위법하다고 판시하였다(위 판결은 ‘대법원도 2018.10.12. 선고 2018두47929 심리불속행 판결로 확정되었다). 특히 위 판례에서 법원은 ‘정당한 사유’의 판단은 법령에 의한 금지ㆍ제한 등 주택건설사업자가 마음대로 할 수 없는 외부적인 사유는 물론 사업계획승인을 받기 위한 정상적인 노력을 다하였음에도 시간적 여유가 없어 유예기간을 넘긴 내부적인 사유도 포함하고, 쟁점조항의 입법취지를 충분히 고려하도록 하고 있으며, 구체적인 ‘정당한 사유’의 판단은 납세자의 토지 취득 목적에 비추어 그 목적사업에 직접 사용하는데 걸리는 준비기간의 장단, 목적사업에 사용할 수 없는 법령ㆍ사실상의 장애사유 및 장애정도, 당해 주택건설사업자가 사업계획승인을 받기 위하여 진지한 노력을 다하였는지 여부, 행정관청의 귀책사유가 가미되었는지 여부 등을 참작하여 구체적인 사안에 따라 개별적으로 고려하여야 한다. 한편 2025.12.23. 법률 제21223호로 「조세특례제한법」이 일부개정될 때, 쟁점조항 제3항에 단서가 신설되어서, 천재지변이나 법령에 따른 제한 등 대통령령으로 정하는 정당한 사유가 있는 경우에는 취득일로부터 5년 이내에 사업계획 승인을 받지 못하더라도 종합부동산세 등을 추징하지 않도록 하는 예외가 신설되었고, 이는 납세자의 귀책 없는 사유로 주택건설사업이 지연된 경우에는 기감면세액을 추징하지 않는 것이 조세 정의에 부합하다는 입법적 결단이 반영된 것이라 할 것이다. 비록 위 개정규정이 2026.1.1.부터 시행되었다 하더라도, 그 개정의 취지가 기존 법령의 해석상 불명확했던 부분을 보완하여 '억울한 과세'를 방지하는데 있음을 감안하면, 위 시행시기 이전의 사례인 이 건에도 위 개정규정을 적용할 수 있다 할 것이다. 따라서 위탁법인이 쟁점토지의 취득 후 쟁점조항 제3항에 따른 사후관리요건(또는 의무)의 준수, 즉 그 취득일부터 5년 이내에 쟁점사업에 관한 사업계획의 승인을 받기 위해 진지한 노력을 다하였음에도 불구하고 위탁법인에게 위 사후관리 위반의 책임을 돌릴 수 없는 정당한 사유로 인해 그 의무를 위반할 수밖에 없었던 정당한 사정이 있는지 여부를 살펴야 할 것이므로, 단순히 위 사후관리요건을 위반하였다는 이유만으로 위탁법인이 기감면받은 종합부동산세를 추징할 수는 없다 할 것이다. (2)위탁법인에게 감면사후관리 위반(쟁점사업의 사업계획 승인 지연)의 책임을 돌릴 수 없는 정당한 사유가 있다. (가)쟁점사업의 사업계획 승인 지연은 위탁법인이 통제할 수 없는 외부적인 사유에 기인한다. 1)쟁점사업에 관한 권한이 없었던 국토교통부의 쟁점사업 검토기간(13개월)만큼 쟁점사업의 사업계획 승인이 지연되었다. 가)복잡한 사전절차가 필요했던 쟁점사업의 특수성 쟁점토지는 2014년 전소유자(B 주식회사)의 공장 가동이 중단된 후 장기간 방치되어 온 공장용지였다가, 2017년 2월 국토교통부로부터 ‘공공지원민간임대주택(구 뉴스테이) 시범사업 부지’로 선정되었고, 2017년 12월 경기도 OOO의 도시기본계획상 공공지원민간임대주택 공급을 위한 ‘주거용지’에 반영되었다. 쟁점토지는 일반적인 주택건설사업이 곧바로 ‘사업계획의 승인을 신청’(「주택법」 제15조에 따른 것)을 할 수 있는 것과 다르게, 그 전에 민간임대주택법에 따른 2가지 절차[공급촉진지구의 지정(제22조) 및 지구계획의 승인(제28조)]를 거쳐야 했고, 각 절차의 승인이 완료된 후에만 다음 절차를 개시할 수 있었으므로(엄격한 선후 관계의 존재), 위 ‘민간임대주택법에 따른 2가지 절차’를 거쳐 사업계획의 승인을 받기 위한 ‘사업기간의 장기화’가 예정되어 있었다. 이는 각 절차에서 발생 가능한 관할 행정기관의 검토 및 회신의 지연, 행정기관 간의 관할 판정 등에 따라 다음 절차에 미치는 영향으로 사업 일정이 지연될 수 있기 때문이다. 따라서 쟁점사업의 이러한 특수성을 감안할 때 쟁점사업에 대하여 통상의 주택개발사업을 염두에 둔 쟁점조항 제3항의 사후관리기간 5년을 이 건에 단순 적용할 수는 없다 할 것이다. 나)쟁점사업에 관한 권한이 없었던 국토교통부의 쟁점사업 검토 민간임대주택법 제22조 제1항에서 시ㆍ도지사에게 ‘공급촉진지구 지정 권한’을 부여하고 있으나, 같은 조 제3항에서 국민의 주거안정을 위해 필요한 경우 국토교통부장관이 직접 지정할 수 있도록 하는 예외를 두고 있는데, 쟁점토지는 앞서 제시하였듯이 2017년 2월 국토교통부가 선정한 ‘공공지원민간임대주택 시범사업의 부지’였던 점, 그 선정 당시 국토교통부가 위탁법인에게 ‘국토교통부에 지정제안서를 제출할 것’을 제안하였고, 이에 따라 위탁법인이 국토교통부에 ‘쟁점사업에 관한 공급촉진지구 지정제안서’를 제출한 점 등을 감안할 때, 위탁법인으로서는 “국토교통부가 쟁점사업(공공지원 민간임대주택의 건설)에 관한 공급촉진지구의 지정권자로서, 국토교통부에 관련한 공급촉진지구 지정제안서를 제출하는 것이 쟁점사업의 사업기간을 단축할 수 있는 가장 합리적인 선택”이라고 믿고 위탁법인과 국토교통부 사이의 수차례 사전협의를 거쳐 2020년 7월 위 지정제안서를 제출하게 되었다(신뢰의 외관 형성). 그런데 위탁법인의 지정제안서를 접수한 국토교통부로서는 즉시 그 검토를 하여 지정 승인을 하거나 적법한 지정권자에게 해당 제안서를 이송하여 쟁점사업의 사업기간이 지체되지 않도록 해야 했음에도, 부당하게 행정처리를 지연시켰다. 즉 ①국토교통부는 위 회신 전의 심사 과정에서 이전사업자(상호가 ‘C’이고, 쟁점토지에 대한 소유권이 없어서 사업 자격이 없는 상태였다)가 제출한 지정제안서가 취하되지 않았다는 이유로 위탁법인의 지정제안서 심사를 거부하였는데, 이와 관련하여 위탁법인이 전문기관에 의뢰하여 받은 법률의견서에 따르면 국토교통부가 이전사업자의 영업인가를 취소하여 실효된 외관을 제거해야 할 의무가 있었음에도(「부동산투자회사법」 제42조), 위탁법인으로 하여금 기존사업자와 사이에 합의를 거쳐 기존사업자가 제출한 지정제안서를 취하하도록 강요(부당한 행정지도)하였고(위탁법인이 제출한 지정제안서 심사의 선결 조건이었다), 이로 인하여 위탁법인은 OOO원을 상회하는 토지 매수자금을 차입하여 날마다 관련한 이자 부담이 발생하는 상황에서, 국토교통부의 신속한 지정제안의 검토를 통한 쟁점사업의 사업기간을 단축시키기 위하여 위 이전사업자측(이전사업자의 모회사인 ‘D’)에 합의금 OOO원 등을 포함한 OOO원 상당을 지급하면서 이전사업자가 국토교통부에 제출한 지정제안서를 철회할 수 있었던 점, ②국토교통부는 이처럼 위탁법인이 제출한 지정제안서의 검토를 부당하게 지연시켰음에도, 그 접수(2020년 7월) 후 13개월 상당이 지난 2021.8.13.에 이르러서야 쟁점사업에 관한 공급촉진지구 지정의 권한이 ‘시ㆍ도지사(경기도)’에 있다는 취지의 회신을 함으로써 쟁점사업이 2년 상당 동안 지체되도록 한 점, ③이로 인하여 위탁법인은 쟁점사업에 관한 공급촉진지구 지정권자가 경기도로 변경된 2021년 8월부터 쟁점사업에 관한 각종 항목(토지이용계획, 인구ㆍ주택 수용계획, 기반시설 설치계획 등)을 경기도(및 관할 기초자치단체인 경기도 OOO 포함)에 맞추어 전면 수정하였고, 2022년 5월에 이르러서야 경기도에 쟁점사업에 관한 공급촉진지구 지정제안서를 제출할 수 있었던 점 등을 감안할 때, 위탁법인이 국토교통부에 쟁점사업에 관한 공급촉진지구 지정제안서를 제출한 2020년 7월부터 경기도에 해당 지정제안서를 다시 제출한 2022년 5월까지의 기간은 위탁법인이 통제할 수 없었던 ‘쟁점사업의 정당한 사업지연 기간’으로 보아야 한다. 2)사업계획 승인에 필요한 관련 공사가 4년 이상 지연되었다. 쟁점토지는 아래 <그림1>과 같이 지리적으로 한국토지주택공사(이하 “LH”라 한다)가 시행하는 ‘OOO 택지개발지구 개발사업’(이하 “인근개발사업”이라 한다)의 사업부지로 둘러싸여 있어서, 쟁점토지의 토지이용계획은 인근개발사업의 토지이용계획에 영향을 받을 수밖에 없는 ‘구조적 종속성’이 있었고, 경기도는 2022년 12월 위탁법인이 제출한 쟁점사업에 관한 공급촉진지구 지정제안서를 조건부로 수용하였는데 그 조건에는 아래 <그림2>와 같이 ‘쟁점토지와 인근개발사업의 사업부지 사이의 도로(진ㆍ출입로) 연결[쟁점토지와 외부 도로 간의 원활한 진출입 및 교통흐름 연계를 위해 인접택지(경관녹지 및 공공공지) 내에 완화차로(도로)를 반드시 조성할 것]’을 명시하였다. <그림1> 쟁점토지와 인근개발사업의 사업부지 현황 ○○○ <그림2> 2022년 12월 경기도의 조건부 수용 내역 ○○○ 그런데 위탁법인이 위 조건의 성취를 위해서는 인근개발사업이 도시관리계획대로 준공되어야만 했으나, 위탁법인의 쟁점사업을 위한 준비(인근개발사업의 2단계 준공 시점에 맞춘 도로의 변경 및 「주택법」상 사업계획 승인의 신청을 각 준비하였다)에도 불구하고, LH는 내부사정(LH와 지자체 사이의 개발부동산의 무상귀속 협의 지연 등)을 이유로 인근개발사업을 지연시켰고(수차례 2단계 준공이 연장되었다), 위탁법인(위탁법인)이 경기도가 제시한 위 조건의 성취를 위해 노력하였음에도[아래 3) 및 (나)에서 각 제시하였듯이 위탁법인은 국토교통부가 주관한 ‘민관합동 건설투자사업(PF) 정상화를 위한 조정위원회’에서 인근개발사업의 조속 진행 등을 위한 건의 등의 노력을 하였다], 쟁점토지와 인근개발사업 사이의 진ㆍ출입로 조성을 위한 구간의 준공(인근개발사업의 3-2단계)은 쟁점토지의 취득일로부터 5년이 되는 날(2024.4.4.)을 훨씬 경과한 2026.1.23.에서야 완료되었다. 따라서 위 구간의 준공일까지의 기간은 위탁법인이 통제할 수 없었던 ‘쟁점사업의 정당한 사업지연 기간’으로 보아야 한다. 3)쟁점사업의 지연에 위탁법인의 귀책이 없음이 입증된다. 위탁법인과 관할 행정기관(국토교통부, 경기도, OOO, LH 등)이 참여한 ‘민관합동 PF 조정위원회’는 2024.10.8. ①아래 <그림3>과 같이 “쟁점사업은 민간사업자(위탁법인)의 귀책이 아닌, 인근개발사업의 준공 지연 등 외부 요인으로 사업이 지연되고 있음”을 인정한 점, ②위 조정위원회는 위탁법인이 매달 약 OOO 원에 달하는 막대한 금융비용을 부담하며 사업 완수를 위해 노력하고 있음을 확인하면서, 경기도와 경기도 OOO에 “인근개발사업의 3단계 준공 전이라도 쟁점사업에 필요한 절차(교통영향평가, 건축심의, 사업계획의 신청ㆍ심의)가 이루어질 수 있도록 협조할 것을 권고(적극행정의 촉구)한 점 등을 감안할 때, 위 1) 및 2) 기재와 같은 쟁점사업의 지연은 위탁법인이 아니라 외부적인 사유에 기인한 것으로 보아야 한다. <그림3> 2024.10.8.자 국토교통부의 쟁점사업 관련 조정안 일부 ○○○ (나)위탁법인은 쟁점사업의 사업계획 승인의 지연을 최소화하기 위하여 진지하고 성실한 노력을 하였다(내부적인 사유). ①위탁법인은 민간사업자 최초로 건설투자사업(PF) 정상화를 위한 조정위원회를 성사시켜서 혁신적인 쟁점사업의 단축 방안을 제시하였다. 즉 위탁법인은 인근개발사업의 지연이라는 외부적 장애를 극복하기 위하여 단순히 관할 행정기관의 처분만을 기다리지 않고, 관할 행정기관(국토교통부, 경기도, 경기도 OOO, LH 등)이 참여하는 건설투자사업(PF) 정상화를 위한 조정위원회에 적극적으로 참여하였는데, 해당 조정위원회는 통상 공공주도사업을 대상으로 하지만 위탁법인의 끈질긴 제안 등의 노력 끝에 민간주도사업으로서는 최초로 조정위원회 개최를 성사시켰다. 이 과정에서 위탁법인은 아래 <표1> 기재와 같이 쟁점사업의 사업기간을 현저히 단축시킬 수 있는 방안을 제시하였다. <표1> 위탁법인이 제시한 쟁점사업의 사업기간 단축 방안 ○○○ ②위탁법인은 이처럼 관할 행정기관이 쟁점사업에 관한 조속한 처분을 하도록 노력한 결과, 2025년 9월 경기도 OOO로부터 건축ㆍ경관통합심의 조건부 의결을 받았는데, 통상 지구단위계획을 수반한 인허가를 받는데 36개월 상당이 소요됨에도 불구하고, 29개월만에 쟁점사업에 관한 공급촉진지구에 관한 인허가를 받았다. ③위탁법인은 극심한 건설경기의 침체 속에서도 쟁점사업의 사업계획 승인을 목전에 두고 있다. 즉 최근 고금리와 대규모 주택건설 시장의 급격한 위축으로 대다수의 건설사업이 중단되거나 포기되는 상황에서도, 위탁법인은 쟁점사업을 수행하기 위해 자금조달, 쟁점사업에 관한 인허가 등을 위해 최선의 노력을 다하였다. 그 결과 2026.3.25. 쟁점사업 중 임대부문에 대한 사업계획 승인신청의 접수를 하였고, 2026년 5월에는 쟁점사업 중 분양부문에 대한 사업계획 승인신청의 접수를 할 계획이다. 위탁법인은 사업자로서의 이익 향유를 넘어, ‘주택 공급의 활성화’라는 쟁점조항의 입법 취지에 부응하기 위하여 최선의 노력을 하였고, 비록 외부적 사유로 쟁점조항 제3항에 따른 기간(쟁점토지의 취득일부터 5년) 내에 쟁점사업에 관한 사업계획 승인을 받지 못하였으나, 그 승인신청의 완료에 이르렀다는 사실은 위탁법인이 쟁점사업을 추진할 확고한 의지가 있었음을 뒷받침한다 할 것이므로, 쟁점조항 제3항에 따른 기납부한 종합부동산세의 추징을 할 수 없다고 보아야 한다. 나. 처분청 의견 청구법인(위탁법인)이 쟁점토지를 취득한 날부터 5년 이내에 주택건설을 위한 사업계획의 승인을 받지 못한 이상, 쟁점조항 제3항에 따라 기감면받은 종합부동산세를 추징하여야 한다. (1) 쟁점조항 제3항에서 추징 예외사유를 규정하지 않은 이상, 그 추징사유에 해당될 경우 기감면받은 종합부동산세를 추징하여야 한다. 쟁점조항 제3항에서 “주택건설사업자가 제1항에 따라 취득한 날로부터 5년 이내에 주택법에 따른 주택건설을 위하여 같은 법에 따른 사업계획의 승인을 받지 못한 경우에는 대통령령이 정하는 바에 따라 종합부동산세액과 이자 상당 가산액을 추징한다”라고만 규정하고 있을 뿐, 어디에도 추징의 예외사유를 규정하고 있지 않다. 쟁점조항은 주택건설사업의 특성상 대규모 토지를 사전에 확보하여야 하고, 사업계획 승인에 통상 3∼5년이 걸리는 점을 감안하여 주택건설사업자가 주택을 건설하기 위하여 취득한 토지에 관하여 종합부동산세를 부과할 경우 과세부담이 주택가격으로 전가되어 분양가 상승 요인으로 작용할 수 있으므로 과세표준 합산배제를 통해 종합부동산세를 감면해 주고 그 취득일부터 사업계획 승인에 필요한 상당한 기간인 5년 이내에 사업계획 승인을 받지 못한 경우 당초 감면받은 종합부동산세액과 이자 상당의 가산액을 추징함으로써 종합부동산세 감면 혜택이 다른 목적에 악용되는 것을 방지하고 부수적으로 주택건설사업자가 사업수행을 게을리하지 않도록 하는 데 그 취지가 있다 할 것인바, 위탁법인은 쟁점기간을 취득한 날부터 5년 동안 쟁점사업에 관하여 「주택법」에 따른 사업계획 승인을 받지 못한 사실이 명백하므로 조세법률주의상 기감면받은 종합부동산을 추징하여야 한다. 한편 위탁법인은 2025.12.23. 법률 제21223호로 「조세특례제한법」이 일부개정될 때 쟁점조항 제3항에 단서를 두어 추징예외사유를 규정하였고 그 개정규정을 이 건에도 적용할 수 있다고 주장하나, 위 개정법률의 부칙상 위 개정규정은 2026.1.1. 이후 추징 사유가 발생하는 분부터 적용되므로 위 청구주장은 이유 없다. (2)청구법인(위탁법인)에게 감면사후관리 위반의 책임을 돌릴 수 없는 정당한 사유가 있다고 볼 수 없다. 앞서 제시하였듯이 쟁점조항의 제3항에서는 ‘추징사유’만을 규정하고 있을 뿐, ‘추징의 예외사유’를 규정하고 있지 않아서 청구법인이 제시한 사정이 추징의 예외에 해당하는 정당한 사유에 해당하는지를 판단할 수 없으나, 청구법인이 제시하고 있는 쟁점사업의 지연 사유 및 쟁점사업의 수행을 위한 노력은 일반적으로 주택건설사업자가 주택건설사업을 진행하는 과정에서 기울이는 통상의 노력으로 보일 뿐, 쟁점조항 제3항에 따른 추징을 하지 않을 정도의 특별한 노력에 해당된다고 보기 어렵다. 즉 ①청구법인은 국토교통부가 위탁법인에게 쟁점사업에 관한 공급촉진지구 지정권자가 변경된 사실의 통지를 지연한 책임이 있다고 주장하나, 2021.8.13. 국토교통부 공문의 기재 내용을 감안할 때 전문주택건설사업자인 위탁법인이 경기도에 쟁점사업에 관한 공급촉진지구 지정제안서를 제출하기 전에 쟁점사업에 관한 주택건설사업의 인ㆍ허가권자가 누구인지 여부를 충분히 확인할 수 있었다 할 것이므로 청구법인(위탁법인)에게 이와 관련한 쟁점사업의 지연에 관한 귀책이 없었다고 볼 수 없고, ②청구법인은 쟁점토지가 인근개발사업의 사업부지에 연접하고 있고 경기도의 조건부 지정제안 수용에 따라 인근개발사업의 준공이 필요하나 그 지연으로 쟁점사업의 사업계획 승인을 받을 수 없었다고 주장하나, 인근개발사업은 쟁점사업 전부터 진행되고 있었는바, 대규모 주택개발사업인 쟁점사업을 수행하는 위탁법인으로서는 인근개발사업이 쟁점사업에 미치는 영향을 어느 정도 예측이 가능하였다고 보이는 점 등을 감안할 때, 청구법인이 제시한 위와 같은 사정이 ‘통제할 수 없는 외부적 사유’에 해당한다고 볼 수 없다. 3. 심리 및 판단 가. 쟁점 청구법인이 쟁점조항(「조세특례제한법」 제104조의19) 제3항에 따른 사후관리요건(주택건설을 위해 토지를 취득한 날부터 5년 이내에 주택건설 사업계획의 승인을 받을 것)을 충족하지 못한 것으로 보아 감면받은 종합부동산세(농어촌특별세 포함)를 추징한 처분의 당부 나. 관련 법령 : <별지> 기재 다. 사실관계 및 판단 (1) 처분청이 확인한 사실관계는 아래와 같다. (가)위탁법인은 2005.4.12. 설립되어 기업간인수합병업(서비스업)을 영위하고 있고, 대한주택건설협회에 「주택법」에 따른 주택건설사업자로 등록되어 있다. (나)위탁법인은 2019.3.29. 청구법인과 쟁점신탁계약을 체결하였고, 2019.4.4. B 주식회사로부터 쟁점토지를 ‘신탁재산 처분’을 원인으로 취득하였으며, 같은 날 청구법인이 쟁점토지의 소유권을 취득하였다. (다)구 기획재정부가 발간한 2008년 간추린 개정세법을 보면 쟁점조항의 ‘개정이유’ 부분에 “주택건설업의 특성상 대규모 토지를 사전에 확보해야 하고 사업계획승인에 3∼5년이 걸리는 점을 감안하고, 주택건설용 토지에 대한 과중한 종합부동산세 부담이 주택가격으로 전가되어 분양가격 상승요인으로 작용하는 문제를 해소”하기 위하여 쟁점조항이 신설된 것으로 기재되어 있고, 2025.7.31. 구 기획재정부가 배포한 ‘2025년 세제개편안’을 보면 과세형평 제고 및 제도 합리화를 위하여 쟁점조항 제3항에 단서를 신설하여 “천재지변 등 사유가 있는 경우 등에는 추징을 제외”하도록 하되 2026.1.1. 이후 추징 사유가 발생하는 분부터 적용하도록 한 것으로 나타난다. (라)청구법인과 위탁법인은 ①2019.3.29. 쟁점신탁계약을 체결하였고, 이들이 쟁점조항에 따른 주택건설사업자에 해당하는 점, ②위탁법인이 주택을 건설하기 위하여 쟁점토지를 매입한 점, ③청구법인이 2020.10.3. 쟁점조항에 따라 과세특례를 적용하여 주택신축용토지 합산배제 신고서를 제출한 점, ④위탁법인이 쟁점토지의 취득일로부터 5년 이내에 「주택법」에 따른 사업계획의 승인을 받지 못한 점에 대해서는 청구법인과 처분청 사이에 다툼이 없다. (마)국토교통부가 운영ㆍ관리하는 토지이음 홈페이지(www.eum.go.kr)의 쟁점토지에 관한 토지이용계획원, 도시계획, 관련한 고시의 각 열람 정보는 아래 <표2>∼<표4> 기재와 같다. <표2> 쟁점토지에 관한 토지이용계획원 ○○○ <표3> 쟁점토지에 관한 도시계획 ○○○ <표4> 쟁점토지에 관한 ‘도시계획상 고시정보’ ○○○ (바)쟁점사업과 같은 ‘공공지원민간임대주택 공급촉진지구 조성사업’의 일반적인 절차는 아래 <표5> 기재와 같다. <표5> 공공지원민간임대주택 공급촉진지구 조성사업의 절차 ○○○ (사) 쟁점사업의 진행 경과는 아래와 같다. 1)청구법인이 처분청에게 제시한 ‘쟁점토지와 관련한 허가 신청 및 승인 등’ 내역은 아래 <표6> 기재와 같다. <표6> 청구법인이 제출한 쟁점토지 관련 사실관계 ○○○ 2)2020년 7월 위탁법인이 국토교통부에 ‘공급촉진지구 지정제안서’를 제출하였으나, 국토교통부는 2021.8.13. “공공지원민간임대주택 공급촉진지구 지정은 시ㆍ도지사가 할 수 있어 판단하기 어렵다”는 내용의 공문을 송부하였다. 3)위탁법인은 2022년 5월 경기도에 ‘공급촉진지구 지정제안서’를 접수하였고, 2023.11.24. 경기도지사는 쟁점토지를 공급촉진지구로 지정하고 관련한 내용을 고시하였다. 한편 위탁법인은 2023.12.19. 경기도에 ‘공급촉진지구 지구계획 승인신청서’를 제출하였으며, 경기도지사는 2024.9.27. 지구계획을 승인하고 관련한 내용을 고시하였다. 4)위탁법인은 인근개발사업의 준공이 지체되자, 국토교통부에 ‘민관합동 건설투자사업(PF) 정상화를 위한 조정’을 요청을 하였고, 국토교통부는 2024.10.8. “경기도는 인근개발사업을 신속히 진행하고, 준공일정을 준수하라”는 내용의 조정안을 통보하였다. 5)위탁법인은 이 건 심판청구의 심리일 현재 ‘쟁점사업에 관한 사업계획의 승인’ 전으로, 2025.9.1. 경기도 OOO로부터 ‘건축ㆍ경관통합심의’의 조건부 의결을 받은 상태이다. (아) 이외에 처분청이 확인한 사실관계는 아래와 같다. 1)2025.3.31.자 언론기사에 따르면, 위탁법인은 2023.12.28. 시공사였던 E의 기업개선작업(워크아웃) 신청으로 시공사 교체가 필요해지자 OOO법인을 설립하고, 시공사를 E에서 F 건설부분으로 변경하였고, 2024년 9월 위탁법인과 G 유한회사가 부동산투자회사법에 따라 부동산투자회사(주식회사 H)를 설립하고 위탁법인로부터 쟁점토지의 매입 및 인접토지를 추가 확보하여 2025년 하반기에 사업계획승인 및 주택건설사업을 진행할 예정으로 나타난다. 2)OOO정보시스템(국토교통부 및 한국부동산원이 운영ㆍ관리하는 것)홈페이지(www.reits.molit.go.kr)에 2024.12.23. 공시된 주식회사 I의 ‘투자설명서’를 보면, 해당 법인은 2024.9.6. 설립되었고, ‘인ㆍ허가계획’ 부분에 ‘2025년 4분기에 사업계획승인을 받는 것을 예정’으로 하고 있음이 나타나고, 2025.8.11. 작성ㆍ공시된 2025년 제2분기 ‘투자보고서’를 보면, 위 법인의 주주현황에서 위탁법인이 위 법인의 발행주식 중 5% 상당의 지분을 소유 중인 것으로 나타난다. 3)국토교통부가 2025.3.7. 배포한 보도자료에 따르면, 쟁점사업(OOO 공공지원민간임대주택, 사업비 OOO원 상당)은 인근개발사업의 잇따른 준공일정 연기로 사업이 9개월 이상 지연되면서 중단위기에 처하였으나, 경기도 및 경기도 OOO의 적극행정을 통해 사전에 사업계획을 검토하도록 권고하여 인ㆍ허가 기간을 약 8개월 단축시켰다는 내용이 나타난다. (2) 청구법인이 제출한 심리자료는 아래와 같다. (가)쟁점사업의 사업승인 지연에는 외부적인 정당한 사유가 있었다는 청구주장과 관련하여, 1)청구법인은 국토교통부가 2017년 2월 쟁점토지를 ‘공공지원민간임대주택 시범사업의 부지’로 선정하였고, 그 선정 당시 위탁법인에게 ‘국토교통부에 지정제안서를 제출할 것’을 제안하는 등 위탁법인으로 하여금 ‘국토교통부가 쟁점사업(공공지원 민간임대주택의 건설)에 관한 공급촉진지구의 지정권자’라고 믿게 하였는데, ①위탁법인은 국토교통부가 위탁법인으로 하여금 기존사업자와 사이에 합의를 거쳐 기존사업자가 제출한 지정제안서를 취하하도록 강요함에 따라 국토교통부의 신속한 지정제안의 검토를 통한 쟁점사업의 사업기간을 단축시키기 위하여 위 이전사업자측(이전사업자의 모회사인 ‘D’)에 합의금 OOO원 등을 포함한 OOO원 상당을 지급하면서 이전사업자가 국토교통부에 제출한 지정제안서를 철회할 수 있었고, ②국토교통부는 이처럼 위탁법인이 제출한 지정제안서의 검토를 부당하게 지연시켰음에도, 그 접수(2020년 7월) 후 13개월 상당이 지난 2021.8.13.에 이르러서야 쟁점사업에 관한 공급촉진지구 지정의 권한이 ‘시ㆍ도지사(경기도)’에 있다는 취지의 회신을 함으로써 쟁점사업이 2년 상당 동안 지체되도록 하였으며, ③이로 인하여 위탁법인은 쟁점사업에 관한 각종 항목(토지이용계획, 인구ㆍ주택 수용계획, 기반시설 설치계획 등)을 경기도(및 관할 기초자치단체인 경기도 OOO 포함)에 맞추어 전면 수정하여서 2022년 5월에 이르러서야 경기도에 쟁점사업에 관한 공급촉진지구 지정제안서를 제출할 수 있었던 점 등을 감안할 때, 위탁법인이 국토교통부에 쟁점사업에 관한 공급촉진지구 지정제안서를 제출한 2020년 7월부터 경기도에 해당 지정제안서를 다시 제출한 2022년 5월까지의 기간은 위탁법인이 통제할 수 없었던 ‘쟁점사업의 정당한 사업지연 기간’으로 보아야 한다고 주장하면서, 국토교통부가 쟁점토지를 공공지원민간임대주택 시범사업의 부지로 선정할 당시의 언론기사, 위탁법인이 외부기관으로부터 받은 ‘국토교통부의 요청에 대한 법률의견서’, 위탁법인과 이전사업자 사이의 합의에 관한 문서, 국토교통부의 2021.6.25.자 공문(이전사업자의 지정제안 수용을 철회한다는 내용의 것) 및 이전사업자에 관한 영업인가(취소) 공고문 및 위탁법인이 국토교통부와 경기도에 각 제출한 지정제안서를 각 제출하였다. 2)청구법인은 쟁점토지가 인근개발사업의 사업부지로 둘러싸여 있어서 쟁점토지의 토지이용계획은 인근개발사업의 토지이용계획에 영향을 받을 수밖에 없었고, 경기도가 2022년 12월 위탁법인이 제출한 쟁점사업에 관한 공급촉진지구 지정제안서를 조건부로 수용하였고, 그 조건에는 ‘쟁점토지와 인근개발사업의 사업부지 사이의 도로(진ㆍ출입로) 연결을 명시하였는데, 위탁법인이 위 조건의 성취를 위해서는 인근개발사업이 도시관리계획대로 준공되어야만 쟁점토지와 인근개발사업의 사업부지 사이의 도로 연결이 가능하였으나, 위탁법인의 쟁점사업을 위한 준비에도 불구하고, LH는 내부사정(LH와 지자체 사이의 개발부동산의 무상귀속 협의 지연 등)을 이유로 인근개발사업을 지연시켰고(수차례 2단계 준공이 연장되었다), 위탁법인이 경기도가 제시한 위 조건의 성취를 위해 노력하였음에도, 쟁점토지와 인근개발사업 사이의 진ㆍ출입로 조성을 위한 구간의 준공(인근개발사업의 3-2단계)이 쟁점토지의 취득일로부터 5년이 되는 날(2024.4.4.)을 훨씬 경과한 2026.1.23.에서야 완료되었으므로, 위 구간의 준공일까지의 기간은 위탁법인이 통제할 수 없었던 ‘쟁점사업의 정당한 사업지연 기간’으로 보아야 한다고 주장하면서, 경기도의 2022.12.29.자 공문(위탁법인의 1차 지정제안서에 대한 조건부 수용에 관한 내용의 것), 위탁법인의 2차 지정제안서, 경기도의 2023.11.24.자 쟁점사업에 관한 공급촉진지구 지정 고시문, 위탁법인의 지구계획 승인신청서, 경기도의 2024.9.27.자 쟁점사업에 관한 지구계획 승인 고시문, 국토교통부가 2024.10.8. 작성한 ‘제2차 민관합동 건설투자사업(PF) 정상화를 위한 조정위원회 조정안’ 문서, 2026.1.23.자 인근개발사업의 3-2단계 공사 준공에 관한 국토교통부의 공고문 및 관련한 PF조정위원회 사업자 설명자료를 각 제출하였다. 3)청구법인은 위탁법인과 관할 행정기관(국토교통부, 경기도, OOO, LH 등)이 참여한 ‘민관합동 PF 조정위원회’에서 2024.10.8. ①“쟁점사업은 민간사업자(위탁법인)의 귀책이 아닌 인근개발사업의 준공 지연 등 외부 요인으로 사업이 지연되고 있음”을 인정하였고, ②위탁법인이 매달 약 OOO 원에 달하는 막대한 금융비용을 부담하며 사업 완수를 위해 노력하고 있음을 확인하면서, 경기도와 경기도 OOO에 “인근개발사업의 3단계 준공 전이라도 쟁점사업에 필요한 절차(교통영향평가, 건축심의, 사업계획의 신청ㆍ심의)가 이루어질 수 있도록 협조할 것을 권고(적극행정의 촉구)한 점 등을 감안할 때, 쟁점사업의 지연은 위탁법인이 아니라 외부적인 사유에 기인한 것으로 보아야 한다고 주장하면서, 국토교통부가 2024.10.8. 작성한 ‘제2차 민관합동 건설투자사업(PF) 정상화를 위한 조정위원회 조정안’ 문서의 해당 부분을 제시하였다. (나)쟁점사업의 사업승인 지연의 해소를 내부적인 노력이 있었다는 청구주장과 관련하여, 청구법인은 위탁법인이 민간사업자 최초로 관할 행정기관(국토교통부, 경기도, 경기도 OOO, LH 등)이 참여하는 ‘건설투자사업(PF) 정상화를 위한 조정위원회’를 성사시켜서 혁신적인 쟁점사업의 단축 방안을 제시하였고, 이러한 위탁법인의 노력으로 2025년 9월 경기도 OOO로부터 건축ㆍ경관통합심의 조건부 의결을 받았는데, 통상 지구단위계획을 수반한 인허가를 받는데 36개월 상당이 소요됨에도 불구하고 29개월 만에 쟁점사업에 관한 공급촉진지구에 관한 인허가를 받았으며, 극심한 건설경기의 침체 속에서도 쟁점사업의 사업계획 승인을 목전에 두고 있다고 주장하면서, 경기도 OOO의 2025.9.1.자 공문(쟁점사업에 관한 건축ㆍ경관통합심의 조건부 의결에 대한 것) 및 2026.3.25.자 쟁점사업 중 임대부문에 대한 사업계획 승인신청의 접수 내역을 각 제출하였다. (3)이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 살피건대, 청구법인은 위탁법인이 쟁점조항 제3항에서 정한 사후관리요건(쟁점토지의 취득일부터 5년 이내에 「주택법」에 따른 사업계획의 승인을 받을 것)을 충족하지 못한 책임을 위탁법인에게 돌릴 수 없는 정당한 사유가 있으므로 청구법인(2019.4.4. 위탁법인과 사이에 쟁점토지에 관한 쟁점신탁계약을 체결하였다)이 감면받은 종합부동산세(농어촌특별세 포함)를 추징할 수 없다고 주장한다. 그러나 조세법규의 해석은 특별한 사정이 없는 한 법문대로 해석할 것이고 합리적 이유 없이 확장해석하거나 유추해석하는 것은 허용되지 않으며, 특히 감면요건 규정 가운데에 명백히 특례규정이라고 볼 수 있는 것은 엄격하게 해석하는 것이 조세공평의 원칙에도 부합한다 할 것이고(대법원 2003.1.24. 선고 2002두9537 판결, 같은 뜻임), 쟁점조항 제3항에서 추징사유만을 규정하고 있을 뿐 주택건설사업자의 귀책이 없는 경우 등 추징의 예외규정을 두고 있지 않은바, 위탁법인은 쟁점토지를 취득한 2019.4.4.부터 5년이 되는 날(2024.4.4.)까지 쟁점사업의 주택건설(민간임대주택법에 따른 공급촉진지구 내 공공지원민간임대주택 공급사업)을 위하여 「주택법」에 따른 사업계획 승인을 받지 못한 점(조심 2015부5348, 2016.11.28. 등, 같은 뜻임. 한편 2025.12.23. 법률 제21223호로 「조세특례제한법」이 일부개정될 때 쟁점조항 제3항에 단서를 두어 ‘추징의 예외사유’를 규정하였으나 부칙 제22조에 따라 위 개정규정은 2026.1.1. 이후 추징 사유가 발생하는 분부터 적용되므로 해당 개정규정을 적용할 수 있다는 청구주장은 받아들이기 어렵다), 청구법인이 제출한 증빙자료만으로는 위탁법인이 쟁점조항 제3항에서 정한 요건(쟁점토지의 취득일부터 5년 내에 사업계획승인을 받을 것)을 충족하지 못한 데에 기감면받은 종합부동산세의 추징을 면제할 만한 부득이하고 특별한 사정이 있다고 보기 어려운 점(청구법인은 국토교통부가 2017년 쟁점토지를 쟁점사업의 부지로 지정하면서 위탁법인에게 지정제안서를 제출하여 줄 것을 제안하는 등 ‘쟁점사업에 관한 공급촉진지구 등의 지정권자’로 신뢰할 만한 외관을 형성하였다는 이유로 국토교통부가 위탁법인의 지정제안서를 접수한 때부터 위탁법인이 경기도에 지정제안서를 접수한 기간까지의 23개월 상당을 정당한 사업지연 기간으로 보아야 한다고 주장하나, 국토교통부가 위탁법인으로 하여금 ‘국토교통부가 쟁점사업에 관한 공급촉진지구 등의 지정권자’로 인식할 수밖에 없었을 만큼의 외관을 형성하였는지, 즉 위탁법인에게 관련한 지정제안서를 제출하여 줄 것을 요청하였는지, 그 방법과 내용은 무엇이었는지를 증명하는 구체적ㆍ객관적인 증빙자료가 제시되지 않았고, 설령 그 제안이 있었다 하더라도 국토교통부가 위탁법인의 지정제안서를 검토하는 것을 소홀히 하여 13개월 상당의 사업을 지연시켰다고 볼 근거도 부족하다. 또한 청구법인은 인근개발사업이 2021년부터 4년 이상 지연되어서 경기도가 위탁법인에게 제시한 ‘공급촉진지구 지정의 조건’인 ‘쟁점토지와 인근개발사업 부지 간의 연결도로 건설’을 할 수 없어서 쟁점사업의 지구계획의 승인 등의 후행절차를 진행할 수 없었으므로 인근개발사업의 지연기간을 정당한 사업지연 기간으로 보아야 한다고 주장하나, 인근개발사업의 지연 현황과 이에 대한 위탁법인의 대응 등이 구체적ㆍ객관적으로 제시되지 않은 이상, 인근개발사업의 지연이 위탁법인의 쟁점사업에 대한 사업승인을 받지 못한 외부적인 요인에 해당하는 것으로 인정하기도 어렵다) 등에 비추어, 위 청구주장을 받아들이기는 어렵다 하겠다. 따라서 쟁점조항 제3항에 따라 위탁법인이 쟁점토지 취득일로부터 5년 이내에 쟁점사업의 사업계획 승인을 받지 못하였다는 이유로 청구법인에게 기감면받은 종합부동산세와 농어촌특별세 및 그 이자상당액을 추징한 이 건 처분은 달리 잘못이 없다고 판단된다. 4. 결론 이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 없으므로 「국세기본법」 제80조의2 및 제65조 제1항 제2호에 의하여 주문과 같이 결정한다. <별지> 관련 법령 (1) 조세특례제한법 (가) 2020.12.29. 법률 제17760호로 일부개정되기 전의 것 제104조의19(주택건설사업자가 취득한 토지에 대한 과세특례) ①다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 사업자(이하 이 조에서 "주택건설사업자"라 한다)가 주택을 건설하기 위하여 취득한 토지(토지를 취득한 후 해당 연도 종합부동산세 과세기준일 전까지 주택건설사업자의 지위를 얻은 자의 토지를 포함한다) 중 취득일부터 5년 이내에 「주택법」에 따른 사업계획의 승인을 받을 토지는 「종합부동산세법」제13조제1항에 따른 과세표준 합산의 대상이 되는 토지의 범위에 포함되지 아니하는 것으로 본다. 1. 「주택법」에 따라 주택건설사업자 등록을 한 주택건설사업자 2. 「주택법」제32조에 따른 주택조합 및 고용자인 사업주체 3.「도시 및 주거환경정비법」제24조부터 제28조까지 및 「빈집 및 소규모주택 정비에 관한 특례법」제17조부터 제19조까지의 규정에 따른 사업시행자 4. 「법인세법」 제51조의2 제1항 제9호에 따른 법인 ②제1항을 적용받으려는 자는 해당 연도 9월 16일부터 9월 30일까지 대통령령으로 정하는 바에 따라 납세지 관할세무서장에게 토지의 보유현황을 신고하여야 한다. ③주택건설사업자가 제1항에 따라 취득한 날부터 5년 이내에 「주택법」에 따른 주택건설을 위하여 같은 법에 따른 사업계획의 승인을 받지 못한 경우에는 대통령령으로 정하는 바에 따라 종합부동산세액과 이자상당가산액을 추징한다. (나) 2025.12.23. 법률 제21223호로 일부개정된 것 제104조의19(주택건설사업자가 취득한 토지에 대한 과세특례) ① 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 사업자(이하 이 조에서 "주택건설사업자"라 한다)가 주택을 건설하기 위하여 취득한 토지(토지를 취득한 후 해당 연도 종합부동산세 과세기준일 전까지 주택건설사업자의 지위를 얻은 자의 토지를 포함한다) 중 취득일부터 5년 이내에 「주택법」에 따른 사업계획의 승인을 받을 토지는 「종합부동산세법」 제13조제1항에 따른 과세표준 합산의 대상이 되는 토지의 범위에 포함되지 아니하는 것으로 본다. 1. 「주택법」에 따라 주택건설사업자 등록을 한 주택건설사업자 2. 「주택법」 제11조에 따른 주택조합 및 고용자인 사업주체 3.「도시 및 주거환경정비법」 제24조부터 제28조까지 및 「빈집 및 소규모주택 정비에 관한 특례법」 제17조부터 제19조까지의 규정에 따른 사업시행자 4. 제104조의31 제1항에 따른 법인 ② 제1항을 적용받으려는 자는 해당 연도 9월 16일부터 9월 30일까지 대통령령으로 정하는 바에 따라 납세지 관할세무서장에게 토지의 보유현황을 신고하여야 한다. ③ 주택건설사업자가 제1항에 따라 취득한 날부터 5년 이내에 「주택법」에 따른 주택건설을 위하여 같은 법에 따른 사업계획의 승인을 받지 못한 경우에는 대통령령으로 정하는 바에 따라 종합부동산세액과 이자상당가산액을 추징한다. 다만, 천재지변, 법령에 따른 제한 등 대통령령으로 정하는 정당한 사유가 발생하여 제1항에 따른 취득일부터 5년 이내에 「주택법」에 따른 사업계획의 승인을 받지 못한 경우에는 그러하지 아니하다 부칙(법률 제21223호, 2025.12.23.) 제1조(시행일) 이 법은 2026년 1월 1일부터 시행한다. (단서 생략) 제22조(주택건설사업자의 종합부동산세액 등 추징 예외에 관한 적용례) 제104조의19 제3항 단서의 개정규정은 이 법 시행 이후 추징 사유가 발생하는 경우부터 적용한다. (2)조세특례제한법 시행령(2026.2.27. 대통령령 제36127호로 일부개정된 것) 제104조의18(주택건설사업자가 취득한 토지에 대한 과세특례) ④ 법 제104조의19제3항 단서에서 "천재지변, 법령에 따른 제한 등 대통령령으로 정하는 정당한 사유"란 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 사유를 말한다. 1. 천재지변 또는 그에 준하는 재해 2. 「주택법」에 따른 허가ㆍ인가의 지연 등 법령에 따른 제한 3.그 밖에 토지 취득 당시 예측할 수 없었던 사유로서 통상적인 주택건설사업 시행방식을 고려할 때 해당 사유가 발생하면 토지 취득일부터 5년 이내에 사업계획의 승인을 받는 것이 곤란하다고 세무서장이 인정하는 사유 부칙(대통령령 제36127호, 2026.2.27.) 제1조(시행일) 이 영은 공포한 날부터 시행한다. (단서 및 각호 생략) (3)종합부동산세법(2020.12.29. 법률 제17760호로 일부개정되기 전의 것) 제12조(납세의무자) ① 과세기준일 현재 토지분 재산세의 납세의무자로서 다음 각호의 어느 하나에 해당하는 자는 해당 토지에 대한 종합부동산세를 납부할 의무가 있다. 1.종합합산과세대상인 경우에는 국내에 소재하는 해당 과세대상토지의 공시가격을 합한 금액이 5억원을 초과하는 자 2.별도합산과세대상인 경우에는 국내에 소재하는 해당 과세대상토지의 공시가격을 합한 금액이 80억원을 초과하는 자 제13조(과세표준) ①종합합산과세대상인 토지에 대한 종합부동산세의 과세표준은 납세의무자별로 해당 과세대상토지의 공시가격을 합산한 금액에서 5억원을 공제한 금액에 부동산 시장의 동향과 재정 여건 등을 고려하여 100분의 60부터 100분의 100까지의 범위에서 대통령령으로 정하는 공정시장가액비율을 곱한 금액으로 한다. ② 별도합산과세대상인 토지에 대한 종합부동산세의 과세표준은 납세의무자별로 해당 과세대상토지의 공시가격을 합산한 금액에서 80억원을 공제한 금액에 부동산 시장의 동향과 재정 여건 등을 고려하여 100분의 60부터 100분의 100까지의 범위에서 대통령령으로 정하는 공정시장가액비율을 곱한 금액으로 한다. ③ 제1항 또는 제2항의 금액이 영보다 작은 경우에는 영으로 본다. (4)민간임대주택에 관한 특별법 제22조(촉진지구의 지정) ①시ㆍ도지사는 공공지원민간임대주택이 원활하게 공급될 수 있도록 공공지원민간임대주택 공급촉진지구(이하 “촉진지구”라 한다)를 지정할 수 있다. 이 경우 촉진지구는 다음 각 호의 요건을 모두 갖추어야 한다. 1.촉진지구에서 건설ㆍ공급되는 전체 주택 호수의 50퍼센트 이상이 공공지원민간임대주택으로 건설ㆍ공급될 것 2.촉진지구의 면적은 5천제곱미터 이상의 범위에서 대통령령으로 정하는 면적 이상일 것. 다만, 역세권등에서 촉진지구를 지정하는 경우 1천제곱미터 이상의 범위에서 해당 지방자치단체가 조례로 정하는 면적 이상이어야 한다. 3.유상공급 토지면적(도로, 공원 등 관리청에 귀속되는 공공시설 면적을 제외한 면적을 말한다. 이하 이 호에서 같다) 중 주택건설 용도가 아닌 토지로 공급하는 면적이 유상공급 토지면적의 50퍼센트를 초과하지 아니할 것 ③국토교통부장관은 제1항에도 불구하고 국민의 주거안정을 위하여 공공지원민간임대주택을 건설ㆍ공급할 필요가 있는 경우에는 촉진지구를 지정할 수 있다. ④제1항 및 제3항에 따른 촉진지구의 지정기준, 지정절차 등 필요한 사항은 대통령령으로 정한다. 제28조(지구계획 승인 등) ① 시행자는 대통령령으로 정하는 바에 따라 다음 각 호의 내용을 포함한 공공지원민간임대주택 공급촉진지구계획(이하 “지구계획”이라 한다)을 작성하여 지정권자의 승인을 받아야 한다. 승인받은 지구계획을 변경(대통령령으로 정하는 경미한 사항의 변경은 제외한다)하는 경우에도 또한 같다. 1. 지구계획의 개요 2. 사업시행자의 성명 또는 명칭(주소와 대표자의 성명을 포함한다) 3. 사업 시행기간 및 재원조달 계획 4. 토지이용계획 및 개략설계도서 5. 인구ㆍ주택 수용계획 6. 교통ㆍ공공ㆍ문화체육시설 등을 포함한 기반시설 설치 계획 7. 환경보전 및 탄소저감 등 환경계획 8. 그 밖에 지구단위계획 등 대통령령으로 정하는 사항 ③지정권자가 제1항에 따라 지구계획을 승인하는 경우 시행자의 요청이 있으면 제32조에 따른 공공지원민간임대주택 통합심의위원회의 심의를 거쳐야 한다. (5) 민간임대주택에 관한 특별법 시행령 제18조(촉진지구의 지정 기준 및 절차) ③시ㆍ도지사는 법 제22조 제1항에 따라 공공지원민간임대주택 공급촉진지구(이하 “촉진지구”라 한다)를 지정한 경우에는 국토교통부장관에게 보고하여야 한다. ④ 국토교통부장관은 법 제22조 제3항에 따라 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우에는 촉진지구를 지정할 수 있다. 1.둘 이상의 특별시ㆍ광역시ㆍ특별자치시ㆍ도에 걸쳐 촉진지구를 지정하는 경우(관계 시ㆍ도지사 간 협의가 이루어지지 아니하여 관계 시ㆍ도지사가 국토교통부장관에게 촉진지구의 지정을 요청하는 경우를 포함한다) 2.그 밖에 국민의 주거안정을 위하여 공공지원민간임대주택을 건설ㆍ공급할 필요가 있는 경우 ⑤제1항, 제3항 및 제4항에서 규정한 사항 외에 촉진지구 지정에 필요한 세부적인 사항은 국토교통부장관이 정한다.