근로계약서나 체불임금 등 확인서를 통해 청구인은 지배적인 영향력이 없는 단순 근로자로 보이는 점, 쟁점법인을 실질적으로 운영했다는 ㅇㅇㅇ이 청구인은 지시에 따른 업무를 수행했던 것 외에 회사의 경영에 관여하지 않았다는 사실확인서를 제출한 점 등에 비추어 청구인이 쟁점법인의 경영에 지배적인 영향력을 행사하였다고 보기 어려우므로 청구인을 제2차 납세의무자로 지정하고 납부고지한 처분은 잘못이 있는 것으로 판단됨

이유 1. 처분개요 가. A 주식회사(이하 “쟁점법인”이라 한다)는 2013.1.31. 설립된 회사로, 청구인의 친형인 B이 대표이사로, 청구인의 부친인 C이 사내이사로 등기되어 있다. 쟁점법인의 발행주식을 청구인은 7,500주(15%), B은 12,500주(25%), C은 30,000주(60%)를 각 보유하고 있다. 나. 쟁점법인이 2024년 6월 및 7월 근로소득세 원천징수분, 2024년 12월 퇴직소득세 원천징수분, 그리고 2024년 제2기 및 2025년 제1기 부가가치세 등 합계 OOO원을 체납하자, 처분청은 청구인을 쟁점법인의 과점주주로 보아 제2차 납세의무자로 지정하고, 2026.1.19. 쟁점법인의 체납세액 중 15%에 해당하는 OOO원을 납부고지하였다. 다. 청구인은 이에 불복하여 2026.2.3. 심판청구를 제기하였다. 2. 청구인 주장 및 처분청 의견 가. 청구인 주장 (1) 청구인은 쟁점법인의 경영에 지배적인 영향력을 행사했다고 볼 수 없으므로, 청구인을 과점주주로 보고 제2차 납세의무자 지정 및 납부고지한 처분은 취소되어야 한다. (2) 관련 법리를 살펴보면, 「국세기본법」 제39조는 제2차 납세의무를 지는 출자자의 범위에 대해 제2호에서 “과점주주”를 규정하고 있다. 종래 「국세기본법」 상 과점주주 요건은 소유주식에 관한 권리를 실질적으로 행사하는 자들이었다가 2020.12.22. 법 개정으로 경영에 대해 지배적인 영향력을 행사하는 자들로 변경되었다. 이는 과점주주 범위를 종전에 비해 축소하려는 취지로 이해된다. 한편, 대법원은 과점주주의 제2차 납세의무는 사법상 주주 유한책임 원칙에 대한 중대한 예외로서 적용 요건을 엄격하게 해석해야 한다고 판시하였다(대법원 2019.5.16. 선고 2018두36110 판결, 같은 뜻임). 따라서 지배적인 영향력의 행사 여부는 엄격하게 해석되어야 한다. (3) 쟁점법인은 C이 영위해 오던 ‘D’을 B이 2013.1.31. 가족법인으로 전환하면서 설립되었다. 설립 당시 청구인은 총 발행주식 10,000주 중 1,500주(지분율 15%)를, 2013.2.7. 유상증자 이후부터는 총 50,000주 중 7,500주를 보유해 왔다. B은 자신을 사내이사 겸 대표이사로, 배우자 E과 청구인을 사내이사로, C을 감사로 각각 등재 시켰는데, 청구인은 2019.3.30. 사내이사에서 퇴임(2019.5.15. 등기)하였다. 그러나 청구인은 주주 및 사내이사로 등재되었을 뿐, 쟁점법인의 설립ㆍ운영에 전혀 관여하지 않았다. 청구인의 실질적인 지위는 쟁점법인과 근로계약을 체결한 근로자로서, 청구인은 2016.6.1.∼2024.12.11. 기간 동안 쟁점법인에서 공무업무를 담당했다. 쟁점법인은 청구인에게 급여를 지급하고 근로소득세 원천징수 등 신고 및 4대 보험료 납부 등 의무를 이행해 오다가, 쟁점법인의 자금사정에 의해 급여가 비정기ㆍ비고정적으로 지급되었고 2024년에 이르러 사실상 폐업상태가 되면서 청구인은 퇴사하게 되었다. 청구인은 2022.5.10.부터 2024.12.11. 퇴사일까지의 급여 및 퇴직급여 총 OOO원을 지급받지 못하였다. 나아가 B은 청구인에게 주주ㆍ이사의 권한ㆍ의무를 부여하지 않았고, 경영에 참여시키지 않았다. 청구인은 단지 명의를 빌려주었을 뿐, 자본금 납입, 주주총회 의결 등 권리 행사, 이익배당 청구에 일절 관여하지 않았다. 제2차 납세의무는 단지 형식상 법인 주주명부에 등재되어 있다는 사유만으로 부과될 수 없으며 지배적인 영향력을 행사하는 위치에 있을 것이 요구된다. 그러한 위치에 있지도 아니한 청구인에게 제2차 납세의무를 부담시킬 수는 없으므로 이 건 처분은 실질과세원칙에 반하여 위법하다. 나. 처분청 의견 (1) 청구인이 해당 법인의 경영에 관여하지 않았다고 보기 어려워 이 건 처분은 정당하다. (2) 대법원은 구체적으로 회사경영에 관여한 사실이 없다고 하더라도 그것만으로 과점주주가 아니라고 판단할 수 없으며, 그 주식에 관한 권리행사는 반드시 현실적으로 행사할 실적이 있어야 할 것을 요구하는 것은 아니고 행사할 수 있는 지위에 있으면 족하고(대법원 2004.10.14. 선고 2003두8418 판결, 같은 뜻임), 과점주주 여부에 관하여 과세관청은 주주명부 등 과점주주로 볼 수 있는 자료를 제출하면 일응 입증을 했다고 보아야 하고, 제2차 납세의무자로서의 책임을 면하려는 자가 형식상 주주에 불과하다는 점을 입증해야 한다(대법원 2004.7.9. 선고 2003두1615 판결, 같은 뜻임)라고 판시하였다. 또한 부친이 쟁점법인 대표이사를 맡고 있는 등 쟁점법인의 중요한 의사결정이 청구인 가족 내에서 이루어졌을 가능성이 상당히 높아서 청구인이 쟁점법인의 경영에 지배적인 영향력을 행사하지 않았다고 보기 어려우므로 제2차 납세의무자를 지정한 것에 달리 잘못이 없는 것으로 판단된다는 사례(조심 2025인3839, 2025.12.9., 같은 뜻임)도 있다. (3) 청구인의 형인 B이 쟁점법인을 운영하고 있는 점, 청구인이 주주 겸 사내이사로 등재되고 근로계약서를 작성하여 업무 수행한 점, 청구인 수입이 2016년부터 2024년까지 쟁점법인으로부터의 근로소득 밖에 없는 점 등에 비추어, 청구인이 쟁점법인의 경영에 관여하지 않은 것으로 보기 어렵다. 특히 청구인이 제출한 자료는 모두 형식적 사실을 보여줄 뿐 실제 주식의 소유 여부, 주주명의의 대여 여부, 실질적 행사 가부 등에 대해 구체적으로 입증되지는 않았다. 청구인이 가족법인에서 장기간 주주 겸 사내이사로 재직한 이상 청구인은 단순한 근로자가 아닌 이중적인 지위를 보유한 것이므로, B이 실질적인 대표자로서 경영을 총괄했더라도 지배적인 영향력을 행사하는 과점주주에 해당할 수 있다. 그리고 청구인이 제출한 자료에 따르면 송금 일시가 불규칙적이고 송금액도 일정하지 않으며 근로소득 원천징수내역과도 일치하지 않아 급여가 아닌 쟁점법인의 자금 사정에 따라 지급된 다른 성격의 금원일 가능성이 있다. 이러한 점에 비추어, 청구인을 과점주주로 보고 제2차 납세의무자로 지정한 것은 정당하다. 3. 심리 및 판단 가. 쟁점 청구인을 쟁점법인의 과점주주로 보아 제2차 납세의무자로 지정하여 납부고지한 처분의 당부 나. 관련 법률 국세기본법 제14조(실질과세) ① 과세의 대상이 되는 소득, 수익, 재산, 행위 또는 거래의 귀속이 명의일 뿐이고 사실상 귀속되는 자가 따로 있을 때에는 사실상 귀속되는 자를 납세의무자로 하여 세법을 적용한다. 제39조(출자자의 제2차 납세의무) 법인(대통령령으로 정하는 증권시장에 주권이 상장된 법인은 제외한다. 이하 이 조에서 같다)의 재산으로 그 법인에 부과되거나 그 법인이 납부할 국세 및 강제징수비에 충당하여도 부족한 경우에는 그 국세의 납세의무 성립일 현재 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 자는 그 부족한 금액에 대하여 제2차 납세의무를 진다. 다만, 제2호에 따른 과점주주 또는 제3호에 따른 과점조합원의 경우에는 그 부족한 금액을 그 법인의 발행주식 총수(의결권이 없는 주식은 제외한다. 이하 이 조에서 같다) 또는 출자총액으로 나눈 금액에 해당 과점주주 또는 과점조합원이 실질적으로 권리를 행사하는 주식 수(의결권이 없는 주식은 제외한다) 또는 출자액으로 나눈 금액에 해당 과점주주 또는 과점조합원이 실질적으로 권리를 행사하는 주식 수(의결권이 없는 주식은 제외한다) 또는 출자액을 곱하여 산출한 산출한 금액(제3호 단서의 경우 그 부족한 금액과 과점조합원 간에 정한 손익분배비율을 곱한 금액으로 한다)을 한도로 한다. 2. 주주 또는 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 사원 1명과 그의 특수관계인 중 대통령령으로 정하는 자로서 그들의 소유주식 합계 또는 출자액 합계가 해당 법인의 발행 주식 총수 또는 출자총액의 100분의 50을 초과하면서 그 법인의 경영에 대하여 지배적인 영향력을 행사하는 자들(이하 “과점주주”라 한다) 가. 합자회사의 유한책임사원 나. 유한책임회사의 사원 다. 유한회사의 사원 다. 사실관계 및 판단 (1) 청구인과 처분청이 제출한 심리자료에 의해 아래의 내용이 확인된다. (가) 청구인이 제출한 가족관계증명서를 통해 청구인과 B, C의 가족관계가 확인되고, 쟁점법인의 등기사항전부증명서를 통해 B이 대표이사, C이 사내이사이며, 청구인은 2019.3.30. 사내이사를 퇴임한 사실이 확인된다. (나) 청구인은 자신의 실질적인 지위가 근로자임을 주장하며 쟁점법인의 사원명부, 근로계약서, 체불임금 등 확인서 등을 제출하였고, 주주로서의 이익을 취하지 않았다고 주장하며 결손금처리계산서, 배당결의 부존재 확인서 등을 제출하였다. (다) 청구인이 제출한 본인 OOO은행 계좌에서 쟁점법인과 거래한 예금거래내역서를 요약하면 아래 <표>와 같다.[출금액(쟁점법인 계좌로 입금)은 없는 것으로 확인된다.] < 표 > 예금거래내역서 상 쟁점법인과 청구인 간 거래내역 ○○○ (라) 청구인은 B의 사실확인서를 제출하였는바, 청구인 주장과 동일한 요지이며 자필, 인감 날인 등이 확인된다. (2) 이상의 사실관계 및 관련 법률 등을 종합하여 이 건에 대하여 살피건대, 처분청은 청구인과 특수관계인인 BㆍC과의 지분 합계가 100분의 50을 초과하고, B이 쟁점법인을 운영하고 있으므로 청구인을 과점주주로 보아 제2차 납세의무자로 지정하고 납부고지한 처분이 정당하다는 의견이나, 과점주주에 해당하기 위한 요건인 회사의 경영에 지배적인 영향력을 행사하는 자라는 사실은 처분의 적법성에 대한 증명책임을 지는 과세관청이 증명해야 할 것(대법원 2026.3.12. 자 2025두35680 판결, 같은 뜻임)이며, 주금을 납입하는 등 출자한 사실이 있거나 주주총회에 참석하는 등 경영에 참여하여 그 법인을 실질적으로 지배할 수 있는 위치에 있음을 요하는 바(「국세기본법」 기본통칙 39-0…2 참조), 가족이 쟁점법인을 실질적으로 운영한다는 사정만으로 곧바로 청구인이 경영에 관여했다고 보기는 어렵고 처분청이 지배적인 영향력 행사에 대해 적극적으로 입증을 해야 할 것인데, 청구인이 주금을 납입했다거나 주주총회 참석 또는 배당 수령 등 주주로서의 권한을 행사한 사실이 명확히 입증되지 아니한 점, 근로계약서나 체불임금 등 확인서에 의하면 청구인은 지배적인 영향력이 없는 단순 근로자로 보이는 점, 쟁점법인을 실질적으로 운영했다는 B이 청구인은 지시에 따른 업무를 수행했던 것 외에 회사의 경영에 관여하지 않았다는 사실확인서를 제출한 점 등에 비추어, 청구인이 쟁점법인의 경영에 지배적인 영향력을 행사하였다고 보기 어려우므로 청구인을 쟁점법인에 대한 제2차 납세의무자로 지정하고 납부고지한 이 건 처분은 잘못이 있는 것으로 판단된다. 4. 결론 이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 있으므로 「국세기본법」 제80조의2 및 제65조 제1항 제3호에 의하여 주문과 같이 결정한다.