청구인은 쟁점주택에 임차인으로 살면서 이미 주민등록(21.1.28.)을 하였으나, 감면 요건에서 정한 상시 거주의 기산일은 취득일(24.11.13.)로 봄이 타당하며, (행안부 지방세특례제도과-1241, 20.6.3.) 청구인은 쟁점주택을 취득하고 취득세 감면을 받은 이후 매각(25.1.17.)하였으므로 추징 사유에 해당함

이유 1. 처분개요 가. 청구인은 2024.11.13. 전라남도 목포시OOO(이하 “쟁점주택”이라 한다)를 취득하고 「지방세특례제한법」제36조의3에 따라 생애최초 주택 구입에 대한 취득세 감면을 신청하여, 취득세OOO원을 감면받았다. 나. 처분청은 청구인이 2025.1.17. 쟁점주택을 매각하여 쟁점주택에 상시거주한 기간이 3년 미만이므로 「지방세특례제한법」제36조의3 제4항 제3호에 따른 취득세 추징사유에 해당한다고 판단하여, 2025.11.21. 취득세 등 OOO원을 부과ㆍ고지(이하 “이 건 처분”이라 한다)하였다. 다. 청구인은 이에 불복하여 2025.11.7. 심판청구를 제기하였다. 2. 청구인 주장 및 처분청 의견 가. 청구인 주장 (1) 청구인은 쟁점주택에 전세계약을 체결하고 실제로 거주하고 있었으나, 임대인이 임대차 종료 시점에 전세보증금을 반환할 능력이 없어 대물변제로 쟁점주택을 청구인이 취득하게 된 것으로, 이러한 취득은 임대인의 채무불이행으로 인해 불가피하게 선택할 수밖에 없었던 권리보전 목적의 취득이었다. (2) 그럼에도 불구하고 이를 형식적으로 '주택 취득'으로 보아 3년 보유 요건 위반에 따른 감면세액 추징을 하는 것은 실질과세 원칙에 반할 뿐 아니라, 생애최초 주거안정을 보호하려는 감면제도 취지와도 맞지 아니한다. (3) 또한 쟁점주택 매각의 실질적 원인은 혼인에 따른 주거이전이므로 추징대상에서 제외되어야 한다. 나. 처분청 의견 (1) 청구인이 쟁점주택을 대물변제로 취득하였으므로 이 건 처분이 부당하다고 주장하나, 행정안전부는 “대물변제의 이행으로 채권이 소멸되는 경우에는 취득세 과세대상 물건을 취득하고 그에 대한 매매대금을 지급한 것으로 볼 수 있다”고 하였고(지방세운영과-1561, 2018.7.10.), 조세심판원도 주택을 거래함에 있어 “청구인이 매매대금 지급의무를 전세보증금과 상계하는 방식으로 이행한 것을 현금으로 매매대금을 지급한 것과 달리 보기 어렵다”고 보았다(조심 2019지1669, 2019.10.31., 같은 뜻임). (2) 행정안전부는 상시 거주와 관련하여 “해당 주택에 임차인으로 살면서 종전에 이미 주민등록을 이전한 경우라도 해당 주택에 대한 거주시간 산정 기산일을 주택 취득일로 보아야 한다”고 하였는바(지방세특례제도과-1241, 2020.6.3.), 청구인은 쟁점주택에 2021.1.28.부터 주소를 두었으나, 2024.11.13. 쟁점주택을 취득하고 2025.1.17. 쟁점주택에 상시 거주 기간이 3년 이내인 상태에서 쟁점주택을 매각하였으므로 「지방세특례제한법」 제36조의3 제4항 제3호에 따라 추징대상에 해당한다. (3) 「지방세특례제한법」 제36조의3 제4항 제3호에는 생애최초 주택을 취득하고 상시 거주한 기간이 3년 미만인 상태에서 감면주택을 매각하는 경우에 대하여 별도의 추징 예외규정을 두고 있지 않고, 조세심판원도 생애최초 주택 구입 감면조항에 대하여 감면주택에 도저히 거주할 수 없어 청구인이 부득이한 사유로 감면주택을 매각한 것이라 하더라도 쟁점주택에 상시 거주한 기간이 3년 미만인 상태에서 감면 주택을 매각한 이상 취득세 등 추징사유에 해당한다고 결정(조심 2025지0117, 2025.6.29., 같은 뜻임)하고 있는 것을 미루어 볼 때 청구인의 주장은 타당하지 않다. 3. 심리 및 판단 가. 쟁점 대물변제로 취득한 쟁점주택을 매각한 것은 ‘생애최초 주택 취득 후 유예기간 내 매각’한 경우에 해당하지 않는다는 청구주장의 당부 나. 관련 법률 (1) 지방세특례제한법(2024.12.31. 법률 제20632호로 개정되기 전의 것) 제36조의3(생애최초 주택 구입에 대한 취득세 감면) ① 주택 취득일 현재 본인 및 배우자(「가족관계의 등록 등에 관한 법률」에 따른 가족관계등록부에서 혼인이 확인되는 외국인 배우자를 포함한다. 이하 이 조 및 제36조의5에서 같다)가 주택(「지방세법」 제11조 제1항 제8호에 따른 주택을 말한다. 이하 이 조 및 제36조의5에서 같다)을 소유한 사실이 없는 경우로서 「지방세법」 제10조의3에 따른 취득당시가액이 12억원 이하인 주택을 유상거래(부담부증여는 제외한다)로 취득하는 경우에는 다음 각 호의 구분에 따라 2025년 12월 31일까지 지방세를 감면(이 경우 「지방세법」 제13조의2의 세율을 적용하지 아니한다)한다. 다만, 취득자가 미성년자인 경우는 제외한다. 1. 「지방세법」 제11조 제1항 제8호의 세율을 적용하여 산출한 취득세액(이하 이 조 및 제36조의5에서 "산출세액"이라 한다)이 200만원 이하인 경우에는 취득세를 면제한다. 2. 산출세액이 200만원을 초과하는 경우에는 산출세액에서 200만원을 공제한다. ④ 제1항에 따라 취득세를 감면받은 사람이 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우에는 감면된 취득세를 추징한다. 1. 대통령령으로 정하는 정당한 사유 없이 주택을 취득한 날부터 3개월 이내에 상시 거주(취득일 이후 「주민등록법」에 따른 전입신고를 하고 계속하여 거주하거나 취득일 전에 같은 법에 따른 전입신고를 하고 취득일부터 계속하여 거주하는 것을 말한다. 이하 이 조 및 제36조의5에서 같다)를 시작하지 아니하는 경우 2. 주택을 취득한 날부터 3개월 이내에 추가로 주택을 취득(주택의 부속토지만을 취득하는 경우를 포함한다)하는 경우. 다만, 상속으로 인한 추가 취득은 제외한다. 3. 해당 주택에 상시 거주한 기간이 3년 미만인 상태에서 해당 주택을 매각ㆍ증여(배우자에게 지분을 매각ㆍ증여하는 경우는 제외한다)하거나 다른 용도(임대를 포함한다)로 사용하는 경우 다. 사실관계 및 판단 (1) 청구인 및 처분청이 제시한 심리자료에 따르면, 다음과 같은 내용이 확인된다. (가) 청구인이 제시한 2021.11.15.자 전세계약서에 따르면, 청구인은 쟁점주택을 2021.10.15.부터 2023.1.27.까지(15개월) 보증금OOO원에 임차한다는 내용이 확인된다. (나) 청구인이 쟁점주택을 취득하면서 작성한 2024.11.13.자 매매계약서에 따르면, 매매대금은 OOO원, 잔금지급일은 2024.11.13.이며, 특약사항에 “매매대금을 전세보증금 OOO원으로 대체한다.”는 내용이 확인된다. (다) 청구인의 주민등록표 등ㆍ초본에 따르면, 청구인은 쟁점주택에 2021.1.28. 전입하였다가 2025.2.17. 전출하였다. (라) 쟁점주택에 대한 등기사항전부증명서에 따르면, 청구인은 쟁점주택을 2024.11.13.자 매매를 등기원인으로 하여 2024.11.15. 본인 명의로 소유권이전등기를 경료하였다가, 2024.12.17.자 매매를 등기원인으로 하여 2025.1.17. OOO 앞으로 소유권등기를 이전하였다. (2) 이상의 사실관계 및 관련 법률 등을 종합하여 이 건에 대하여 살피건대, 청구인은 대물변제로 취득한 쟁점주택을 매각한 것은 ‘생애최초 주택 취득 후 유예기간 내 매각’한 경우에 해당하지 않는다는 취지로 주장하나, 「지방세특례제한법」 제36조의3 제1항에서 주택 취득일 현재 본인 및 배우자가 주택을 소유한 사실이 없는 경우로서 「지방세법」 제10조의3에 따른 취득당시가액이 12억원 이하인 주택을 유상거래로 취득하는 경우에는 지방세를 감면한다고 규정하고 있고, 같은 조 제4항에서 제1항에 따라 취득세를 감면받은 사람이 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우에는 감면된 취득세를 추징한다고 규정하면서, 그 제3호에서 해당 주택에 상시 거주한 기간이 3년 미만인 상태에서 해당 주택을 매각ㆍ증여(배우자에게 지분을 매각ㆍ증여하는 경우는 제외한다)하거나 다른 용도(임대를 포함한다)로 사용하는 경우를 규정하고 있는바, 청구인은 쟁점주택을 2024.11.13. 취득하고 생애최초 주택 구입에 대한 취득세 감면을 받은 이후 2025.1.17. 쟁점주택을 매각하였으므로 「지방세특례제한법」 제36조의3 제4항 제3호의 추징사유에 해당하는 점 등에 비추어 볼 때, 처분청이 쟁점주택의 매각을 생애최초 주택 취득 후 유예기간 내 매각으로 보아 취득세 등을 부과한 이 건 처분은 달리 잘못이 없는 것으로 판단된다. 4. 결론 이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 없으므로 「지방세기본법」 제96조 제7항과 「국세기본법」 제80조의2 및 제65조 제1항 제2호에 의하여 주문과 같이 결정한다.