이유
1. 처분개요

가. 청구법인은 2023.3.14. 경기도 안양시 동안구 OOO(이하 “AAA사무소”라 한다)를 본점으로 하여 설립되었다가 2023.7.13. 본점을 OOO(이하 “BBB사무소”라 한다)로 이전한 후,

2023.8.30. 경기도 안양시 동안구 OOO 외 1필지 에이동부터 에프동까지 공장용지 2,470.5㎡(이하 “이 건 토지”라 한다) 및 그 지상 공장용 건축물 3,772.6㎡(이하 “이 건 건축물”이라 하고, 이 건 토지와 합하여 이하 “이 건 부동산”이라 한다)를 취득(매매)한 후, 같은 날 그 취득가격(OOO원)을 과세표준으로 하고, 「지방세법」제11조 제1항 제7호 나목의 세율(이하 “일반세율”이라 한다)을 적용하여 산출한 취득세 등 합계 OOO원을 처분청에 신고·납부하였다.

나. 처분청은 청구법인이 이 건 부동산을 취득하면서 지급한 토지작업비용 등 OOO원(이하 “쟁점비용”이라 한다)을 취득가격에서 누락한 것과 이 건 부동산 취득 당시 청구법인의 법인등기부상 소재지는 대도시 밖에 있는 BBB사무소이지만 사실상 본점은 대도시에 있는 AAA사무소로 보아 청구법인의 이 건 부동산 취득이 대도시에 법인을 설립한 후 5년 이내에 대도시의 부동산을 취득한 경우로 보아 위 가의 취득가격에 쟁점비용을 합한 금액(OOO원)을 과세표준으로 하고,

「지방세법」제13조 제2항의 세율(이하 “중과세율”이라 한다)을 적용하여 산출한 세액에서 기납부한 세액을 차감한 취득세 등 합계 OOO원[「지방세기본법」 제53조 제2항에 따른 무신고가산세(이하 “부정신고가산세”라 한다)를 포함한다]을 2024.9.26. 청구법인에게 부과·고지 하였다.

다. 청구법인은 이에 불복하여 2024.12.17. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구법인 주장 및 처분청 의견

가. 청구법인 주장

(1) 이 건 취득세 등을 산출하면서 취득세 중과세율을 적용하여 산출한 것은 부당하다

(가) 청구법인이 본점 소재지를 BBB사무소로 이전한 것에는 불가피하고 합당한 사정이 있었다.

청구법인은 2023.3.14. AAA사무소에 있는 CCC 주식회사(이하 “CCC”이라 한다) 사무실에서 설립되었다.

CCC은 종합건설회사로, 당시 정부 입찰을 받아 공사를 수행하고 있는 회사였다. 그런데 정부 입찰 공사를 낙찰받기 위해서는 담당 부처의 실태조사를 받아야 하는데, 같은 사무실에 2개의 사업자가 있으면 실태조사에서 부적격 판정을 받아 낙찰받은 공사를 수행할 수 없는 상황이 발생할 수 있다. 청구법인을 설립할 당시 담당자가 이러한 부분을 면밀하게 살피지 못한 채, 위 CCC 사무실을 본점 소재지로 하여 설립 절차를 진행하였다. 그러나 이러한 문제 상황이 생길 수 있다는 점이 확인되었고, 이에 청구법인으로서는 하루 속히 본점 소재지를 옮겨야만 하는 상황이었다.

실제로 CCC이 낙찰받은 ‘DDD 공공주택지구 지장물해체 및 기타시설 공사’와 관련하여 2023.12.14. 경기도지사로부터 CCC에 대한 실태조사가 나왔는데, 만약 당시 청구법인이 본점 소재지를 AAA사무소에서 BBB사무소로 옮기지 않은 상태였다면, CCC이 위 공사를 낙찰받지 못하는 상황에 처할 수 있었다.

한편, CCC의 대표이자 청구법인의 대표이사인 EEE(이하 “EEE”이라 한다)이 2017년에 부동산개발 사업을 시작한 출발지가 OOO이었다. 당시 EEE은 이곳의 오피스텔 부지를 매입하여 착공한 후 2018년에 준공을 마쳤는데, 이후에도 OOO이 계속 발전한다는 소식을 듣고 항상 많은 관심을 가지고 있었다.

그러던 중 2022년 OOO 등 일대에 3기 신도시(OOO지구)가 확정되자, EEE은 관련 부동산 개발 사업을 추진하고자 하였다. 이와 더불어, EEE은 본인 소유의(OOO 소재) OOO 오피스텔(이하 “이 건 오피스텔”이라 한다)의 관리를 맡겨야 하는 상황이었기에, 청구법인이 이 건 오피스텔의 관리에 관한 용역계약을 체결하면서 본점 소재지를 대도시 밖 이 건 오피스텔로 이전하는 계기가 되었다.

(나) 청구법인은 BBB사무소에서 인적·물적 설비를 갖추고, 법인의 전반적인 사업을 수행하였다.

통상 부동산 개발사업을 진행하게 되면, 사업 초기 단계에서는 최소 인력으로 회사를 탄력적으로 운영하며 관련 사업을 추진하다가, PF대출 실행 등 본격적인 사업추진 단계에 이르게 되면 인력 확보 등 점차 회사 및 사업 규모를 확장하는 단계를 거쳐 보다 체계적·조직적인 회사를 운영하게 된다.

청구법인은 2023.3.14. 설립되어 위 경기도 안양시 FFF 지식산업센터 개발사업(이하 “지식산업센터 개발사업”이라 한다)을 추진하다가, 불과 4개월 후인 2023.7.17. 본점 소재지를 BBB사무소로 이전하게 되었다. 당시는 회사 설립 초기이자 사업을 막 추진하는 단계였기 때문에, 구체적인 사업 활동을 할 것들이 별로 많지 않았다. 따라서 다수의 임직원이 당장 필요하지 않은 상황인데다가, 임직원의 활동도 많기는 어려운 시기였다. 또한 회사의 재정 상태가 넉넉하지 않아 임직원들에게 급여를 주기 어려웠기 때문에, 청구법인은 사실상 1인 회사와 같이 운영하면서 필요에 따라 최소한의 임직원을 두고 관련 사업을 추진하였다.

청구법인은 임직원들에게 일을 맡기면서, 당장 급여를 주지 못하더라도 추후 청구법인의 여건이 좋아지면 반드시 급여를 지급하기로 하였고, 다만 업무상 필요한 경비는 지원하면서 관련 사업을 추진하였다.

청구법인의 임직원으로는 EEE(대표이사), GGG(이사, 이하 “GGG”라 한다), HHH(상무, 이하 “HHH”이라 한다), III(실장, 이하 “III”이라 한다)이 있다.

GGG, HHH은 이 건 오피스텔의 관리 업무, 부동산 개발사업 업무를 담당하였는데, 당시 건설경기 악화로 청구법인의 재정 상태가 좋지 않아 급여를 받지 못하였으나, 향후 부동산 개발사업 등으로 회사 여건이 좋아지면 급여를 받기로 하면서, 최소한의 업무 수행을 수행하였고, 최소한의 경비만을 지원받았다.

III은 청구법인이 추진하였던 위 지식산업센터 개발사업을 위하여 2023년 4월경 청구법인과 PM(용역컨설팅) 계약을 체결하여 관련 용역업무를 수행하였다. 당시 청구법인은 사실상 소규모 1인 회사에 가까워서 인력이나 보유자금이 부족하였으므로, III이 CCC의 관계사인 JJJ 소속의 계약직(프리랜서)으로 필요경비를 지원받고, 향후 PF대출 등 사업비 조달 시 인센티브를 받는 조건으로 청구법인과 계약을 체결하여 관련 업무를 주도적으로 수행하였다.

한편, 이러한 청구법인의 임직원들이 청구법인의 BBB사무소로 출퇴근한 사실은 임직원들 차량의 하이패스 이용 내역을 통해서도 확인할 수 있다.

그리고 청구법인은 2023.7.17. BBB사무소를 마련하였고, 2024.7.18.에는 이 건 오피스텔 302호(이하 “LLL사무소”라 하고, BBB사무소와 합하여 이하 “NNN사무소”라 한다)에 사무실을 마련하여 사업을 수행하였고, 그 사무소에 가구, 책상 및 컴퓨터 등 청구법인의 물적 설비가 갖추어져 있었다.

(다) 청구법인은 지식산업센터 개발사업을 추진하였는바, 본점 소재지를 AAA사무소에서 BBB사무소로 이전한 후에도 위 사업과 관련된 주요 업무를 지속적으로 수행하였다.

청구법인은 지식산업센터 개발사업을 추진하던 중 2023.7.17. 본점 소재지를 NNN사무소로 이전한 후에도 위 사업과 관련된 주요 업무를 지속적으로 수행하였다.

(라) 법인의 본점은 1개일 수밖에 없다.

법인의 본점은 법인의 주된 사무소를 의미하므로, 법인의 본점은 1곳일 수밖에 없고 2곳 이상이 될 수는 없다. 이 건 심판청구에서 NNN사무소가 청구법인의 본점 소재지가 아니라면, AAA사무소가 청구법인의 본점일 것이다.

위에서 본바와 같이 청구법인은 본점 소재지를 OOO로 이전한 후에도 여전히 인적·물적 설비를 갖추고 각종 계약을 체결하는 등 청구법인의 사업을 독자적·지속적으로 수행하여 왔다. 따라서 청구법인의 본점 소재지는 NNN사무소로 보는 것이 타당하다.

그럼에도 불구하고 처분청은 AAA사무소는 청구법인과 별개의 회사인 CCC과 관련된 사실관계를 청구법인과 연관짓거나 마치 청구법인의 사실관계인 것처럼 취급하면서 청구법인의 본점 소재지를 안양시로 판단하고 있는바, 이는 위법·부당하다.

(마) 처분청은 청구법인이 ① BBB사무소의 임대차 보증금 OOO원을 임대인에게 지급한 사실이 확인되지 않는 점, ② 청구법인의 BBB사무소 임대차계약 기간 중인 2023.11.27. 청구 외 KKK가 위 401호에 관하여 임대차계약을 체결하고 전입한 점을 근거로, 청구법인이 실제로 BBB사무소를 본점 소재지로 사용하였다고 보기 어렵다고 주장하나,

1) 위 ① 논거와 관련하여, 청구법인은 2023.7.14. EEE과 BBB사무소를 임대차 기간 2023.7.14. ~ 2025.7.13., 보증금 OOO원, 차임 월 OOO원에 임차하면서, 같은 날 EEE이 개인사업하는 MMM과 이 건 오피스텔 전체를 관리하면서 수수료 월 OOO원을 지급받기로 하는 건물관리 용역계약을 체결하였다.

다만, 청구법인이 임차한 BBB사무소를 1년간(2023.7.14. ~ 2024.7.13.) 무상으로 사용하면서 이 건 오피스텔 건물 관리 용역을 1년간 무상으로 제공하기로 하였고, 용역 수수료(= 월 OOO원)가 월 차임(= OOO원)보다 더 많아 보증금과 상계하였기에, 청구법인이 EEE에게 별도로 임대차 보증금 및 월 차임을 지급하지 않은 것이다.

2) 위 ② 논거와 관련하여, 이 건 오피스텔은 청구법인 대표이사인 EEE 개인이 소유하여 관리하는 건축물로서, 오피스텔 특성상 임차인과의 계약 조건이나 임대인·임차인의 상황 등에 따라 전입·전출이 빈번하게 발생하고, 공실도 수시로 발생한다.

계속된 건설 불황 속에서 임대인 EEE은 부득이하게 KKK와 BBB사무소 임대차계약을 체결하였다. 청구법인은 당시 사업 초기라서 회사를 탄력적으로 운영하는 것이 가능하였기에, 임대인인 EEE의 요청에 따라 사무실을 잠시 공실이었던 이 건 오피스텔 303호로 옮겨 개발사업을 계속 추진하다가, 얼마 지나지 않아 2024.3.18. EEE과 LLL사무소에 관한 임대차계약을 다시 체결한 이후에 본점 소재지 이전 등기까지 마쳤다.

즉, 청구법인이 개발사업을 추진하면서 상황에 따라 같은 건물 내에서 본점 사무실을 단순히 이전하는 과정에서 일시적으로 서류상 불일치 상황이 생긴 것일 뿐이고, 이런 사무실 이전 행위 자체는 전혀 문제될 것이 없다. 청구법인이 위와 같은 상황에서도 본점 사무실을 이 건 오피스텔 내에서 401호→303호→302호로 옮기면서 개발사업을 꾸준히 추진하였다는 것은, 오히려 해당 호실에 청구법인의 본점의 실질이 있었다는 분명한 증거인 것이다.

게다가 처분청도 청구법인이 BBB사무소 및 LLL사무소로 이전한 사실 자체는 인정하고 있음에도 불구하고, 단지 이 건 오피스텔 내에서 본점 사무실을 이전했다는 사실만으로 관련 임대차 계약서를 믿을 수 없어 OOO 본점 소재지가 허위라고 보는 것은 전혀 타당하지 않다.

(바) 또한 처분청은,

① 청구법인의 대표이사가 지식산업센터 개발사업 업무를 CCC에서 수행하고 있고, 처분청이 AAA사무소에 출장 할 당시 청구법인이 CCC과 공동으로 사무실을 사용한 것으로 보이는 점,

② 차량 입출차 내역상 청구법인의 대표이사가 CCC이 소재한 AAA사무소로 상시 출퇴근한 점,

③ NNN사무소와 관련된 비용 혹은 인근지역에서 비용을 지출한 사실이 확인되지 않는 점,

④ 세무조사 관련 자료대응을 CCC의 직원이 수행하였고, III 등이 CCC의 임직원인 점,

⑤ 청구법인이 이 건 부동산을 취득한 이후 개발사업과 관련된 업무를 수행한 것은 사실이나 해당 사실이 NNN사무소에서 업무를 처리했다는 증빙자료가 될 수 없는 점,

⑥ 청구법인이 NNN사무소에 사무공간이 마련되어 있다는 사실만 주장할 뿐 해당 사무소에서 청구법인의 주요한 업무가 수행되었다는 사실을 구체적으로 입증하지 못하고 있는 점 등을 근거로, 청구법인이 실질적인 사무를 수행한 곳은 NNN사무소가 아닌 AAA사무소인 것으로 보인다고 주장한다.

1) 위 ①~③ 논거에 관하여 살펴보면, 청구법인과 CCC은 전혀 별개의 독립된 법인이다. EEE이 청구법인과 CCC의 대표이사를 겸하고 있으나, 각 회사의 대표이사로서 한 행위는 각 해당 회사의 행위인 것이다. 따라서 EEE이 CCC의 대표이사로서 한 행위와 청구법인의 대표이사로서 한 행위 및 그 법적 효과 등을 뒤섞어 이를 청구법인의 본점 소재지에 관한 판단 근거로 삼는 것은 잘못된 것이다.

청구법인이 본점 소재지를 NNN사무소로 이전한 후, EEE은 CCC의 대표로서 CCC의 AAA사무소에 출근하였다. CCC은 2000년에 설립되어 28명의 임직원을 두고 여러 사업을 수행하는 등 규모 있는 회사인 반면에, 청구법인은 2023년 설립되어 안양시 지식산업센터 개발사업을 추진 중인 소규모 회사에 불과하다.

이처럼 회사 규모나 사업 활동 등에서 큰 차이가 났기 때문에, EEE이 CCC의 대표로서 AAA사무소에 출근하여 근무하는 빈도가 많을 수밖에 없었고, 이는 당연한 것이다. 그리고 EEE이 청구법인의 사업 활동을 하면서 외근을 하는 경우에는 청구법인의 NNN사무소에 있는 시간이 적을 수밖에 없었다. 같은 맥락에서, 청구법인이 소재한 NNN사무소와 관련된 비용이나 NNN사무소에서의 비용이 지출될 일은 별로 없었다.

2) 다음으로 위 ④~⑥ 논거에 관하여 살펴보면, 청구법인이 막 설립되어 부동산 개발사업을 추진하는 단계에서는 사업 활동이 많지 않았고 회사 운영 자금도 부족하였기에, EEE이 청구법인의 주요 업무를 대부분 직접 수행하면서 필요시 최소한의 인력을 충원하여 청구법인의 개발사업 업무 등을 처리하였다.

세무조사 대응도 CCC 직원이 수행한 것이 아니라, 조사자료 준비 및 작성 등 세무조사 대응은 모두 청구법인의 대표인 EEE이 수행하였고, 단지 CCC 직원이 대신 전달한 경우가 있었던 것에 불과하다. 이와 관련하여 처분청은 CCC 직원이 어떤 세무조사 대응을 하였는지 직접적이고 구체적인 증거를 제시하여야 한다.

한편, 서울중앙지방법원 2018.4.6. 선고 2017노4757 판결은, “A회사는 B회사의 대표이사가 설립하여 운영하던 업체로서 B회사의 직원들이 A회사의 업무를 도와주기는 하였으나, A회사가 독립된 경제주체로서 존재하는 이상 A회사 명의로 한 개별 거래행위의 효력은 A회사에게 귀속되는 것이 원칙이다. A회사와 B회사를 실질적으로 지배하는 사람이 같은 대표이사라는 사정만으로 이들 사이의 거래가 존재하지 않는다고 볼 수 없다.”는 취지로 판시하였다.

위 판결에 비추어 본다면, 설령 처분청의 주장과 같이 CCC 직원이 청구법인의 업무에 도움을 주었다고 하더라도 이를 두고 CCC이 청구법인의 사업 활동을 하였다고 볼 수 없으며, EEE이 청구법인의 대표이사로서 업무를 수행한 법적 효과는 당연히 청구법인에게 귀속되는 것이다.

요컨대, 청구법인은 OOO에 본점 소재지를 이전한 후에 안양시 지식산업센터 개발사업에 관한 다수의 계약을 체결하고 관련 업무를 수행하였다. 해당 계약서상 청구법인의 주소지는 모두 NNN사무소로 기재되어 있고, 계약에 따른 업무들이 실제 이행되었다. 청구법인의 사업 활동들이 계약에 따라 적법·유효하게 이루어졌고 그 법적 효과가 청구법인에게 귀속되는 이상, 청구법인의 본점 소재지인 OOO에서 법인의 중추적인 의사결정이 이루어지고 전반적인 사업을 수행하고 있는 것으로 보아야지, 이를 두고 AAA사무소에서 청구법인의 사업이 이루어진 것이라고 볼 수는 없다.

처분청은 ‘청구법인이 NNN사무소에서 사무공간이 마련되어 있다는 사실만을 주장할 뿐 해당 사무소에서 청구법인의 주요한 업무가 수행되었다는 사실을 구체적으로 입증하지 못하고 있다’고 주장하나, 이는 전혀 사실과 다르다. 앞서 살펴본 것처럼, 청구법인은 NNN사무소로 본점 소재지를 이전한 후 지식산업센터 개발사업에 관한 다수의 계약서를 직접 제시하면서 청구법인이 개발사업을 추진하였음을 구체적으로 입증하였다. 반면 처분청으로서는 위 객관적인 자료에도 불구하고 청구법인의 NNN사무소를 본점으로 볼 수 없다는 직접적이고 구체적인 증거자료를 제시하여야 하는데, 그러지 못하고 있다.

(2) 이 건 취득세 등을 산출하면서 쟁점비용을 포함하여 산출한 것은 부당하다

(가) 관련 법리

「지방세법」 제10조의3 제1항은 “부동산등을 유상거래로 승계취득하는 경우 취득당시 가액은 취득시기 이전에 해당 물건을 취득하기 위하여 납세의무자 등이 거래 상대방이나 제3자에게 지급하였거나 지급하여야 할 일체의 비용으로서 대통령령으로 정하는 사실상의 취득가격으로 한다”고 정하고 있다.

이와 관련하여, ‘취득세의 과세표준이 되는 취득가격’은 과세대상물건의 취득 시기 이전에 거래상대방 또는 제3자에게 지급원인이 발생 또는 확정된 것으로서 당해 물건 자체의 가격은 물론 그 이외에 실제로 당해 물건 자체의 가격으로 지급되었다고 볼 수 있거나 그에 준하는 취득절차비용도 간접비용으로서 이에 포함된다고 할 것이나(대법원 2009.9.10. 선고 2009두5350 판결 등 참조), 다만 그것이 과세대상 물건이 아닌 다른 물건이나 권리에 관하여 지급된 것이라면 이는 ‘취득가격’에 포함되지 않는다고 할 것이다(대법원 1997.12.26. 선고 97누10178 판결 등).

(나) 이 건 부동산 취득세 과세표준과 관련하여, 처분청이 포함한 쟁점비용은 과세표준에서 제외되어야 한다.

처분청의 지방세 세무조사 결과 통지를 살펴보면, 세부추징내역 중 ‘▣ 부동산 취득가격 과소신고에 따른 취득세 추징’ 부분에서 정당과표로 ‘4. 토지작업비용 : OOO원’을 포함하여 과세표준을 산출하고 있다.

그런데 「지방세법 시행령」제18조 제2항 제3호에서 “이주비, 지장물 보상금 등 취득물건과는 별개의 권리에 관한 보상 성격으로 지급되는 비용”은 취득세 과세표준이 되는 취득가격에 포함하지 않는 것으로 규정하고 있다.

실제로 위 ‘토지작업비용’과 관련하여 토지작업용역계약서를 살펴보면 그 업무범위는 토지매매 계약 후 해당 부지 공장의 영업권 및 이주용역이라고 기재되어 있다.

즉, 쟁점비용은 청구법인이 쟁점부동산을 취득하기 위하여 지급한 것이 아니라, 이 건 부동산이 매매된 이후 그 지상에 있는 공장을 조속히 이전케 하여 지식산업센터 개발사업을 조속히 실행하기 위하여 공장 이주에 관한 보상금 명목 등으로 지급된 것으로 봄이 상당하므로, 쟁점부동산의 취득가격에 포함된다고 할 수 없다(대법원 2011.2. 24. 선고 2010두24586 판결 참조).

(3) 이 건 취득세 등을 산출하면서 부정과소신고가산세를 포함하여 산출한 것은 부당하다.

(가) 관련 법리

「지방세기본법」 제54조 제2항의 ‘사기나 그 밖의 부정한 행위’란 조세의 부과와 징수를 불가능하게 하거나 현저히 곤란하게 하는 위계 기타 부정한 적극적인 행위를 말하고, 다른 어떤 행위를 수반함이 없이 단순히 조세법상의 신고를 하지 아니하거나 허위의 신고를 함에 그치는 것은 이에 해당하지 않는다고 할 것이다(대법원 2013.12.12. 선고 2013두7667 판결 등 참조). 따라서 다른 어떤 행위를 수반함이 없이 단순히 세법상의 신고를 하지 아니하거나 허위의 신고를 함에 그치는 것은 ‘사기나 그 밖의 부정한 행위’에 해당하지 않는다(대법원 2003.2.14. 선고 2001도3797 판결 등 참조).

그리고 「지방세기본법」 제102조 제1항, 「특정범죄 가중처벌 등에 관한 법률」제8조 제1항, 제2항 등에서와 같이 ‘사기나 그 밖의 부정한 행위’는 형사처벌의 구성요건으로 되어 있으므로, 어떠한 행위가 조세법상 ‘사기나 그 밖의 부정한 행위’에 해당하는지 여부를 가림에 있어서도 형사처벌 법규의 구성요건에 준하여 엄격하게 해석하여야 할 것이다(대법원 2014.5.16. 선고 2011두29168 판결).

(나) 이 건 심판청구는 청구법인이 단순히 취득세 신고·납부를 잘못한 것일 뿐이고, 청구법인에게 조세포탈의 인식이나 목적은 없었으며, 부정한 적극적인 행위도 존재하지 않는다.

청구법인은 처분청에 소재한 CCC 사무실을 본점 소재지로 하여 설립되어, 지식산업센터 개발사업을 추진하였으나, CCC의 정부 입찰 요건과 관련한 사정으로 인해 부득이하게 본점 소재지를 옮겨야만 했다.

당시 OOO 일대의 3기 신도시 확정에 따라 부동산 개발 호재인 상황이었고, 마침 청구법인의 대표이사인 EEE이 이 건 오피스텔을 소유하고 있었기에, 청구법인은 이러한 사정들을 고려하여 본점 소재지를 NNN사무소로 이전한 것뿐이다.

그리고 청구법인은 위 지식산업센터 개발사업이라는 대규모 사업을 추진하면서 OOO증권 등 다수의 참여기관들과 계약을 체결하였고, 관련 신고나 허가도 마치면서 정상적인 절차나 방법에 따라 사업을 수행하였다.

위와 같은 청구법인의 본점 이전 경위, 위 지식산업센터 개발사업과 관련된 자료 등에서 알 수 있듯이, 청구법인으로서는 이 건 부동산 취득과 관련하여 취득세 일반세율 적용대상이라고 인식하였고, 그에 따라 산출된 취득세 등을 처분청에 신고·납부하였다.

즉, 혹시라도 여러 사실관계 등을 고려할 때 청구법인이 본점을 NNN사무소로 이전한 것으로 인정되지 않더라도 이는 처분청의 사후적 판단에 불과할 뿐이고, 세무전문가가 아닌 청구법인으로서는 쟁점부동산 취득의 경우 중과세 대상에 해당하는지 여부를 오인하여 취득세를 잘못 신고한 것에 불과할 뿐이지, 청구법인에게는 허위로 본점사무실을 옮겨 취득세 중과세를 회피하려는 적극적인 목적이나 인식이 전혀 없었으며, 부정한 적극적인 행위로써 취득세 과소신고를 한 사실도 없다.

다만, 청구법인은 사실상 소규모 1인 회사여서 인력이나 보유자금이 부족하였기에, 청구법인의 대표이사이자 CCC의 대표이사인 EEE은 청구법인을 운영함에 있어 CCC의 도움을 일부 받기도 하였다. 이러한 특수한 사정으로 인해, 처분청의 인식 및 판단이 청구법인의 주장과는 다른 것으로 이해된다.

따라서 처분청이 이 건 취득세 등을 부과하면서 청구법인의 이 건 부동산 취득에 대한 취득세를 산출하면서 청구법인이 취득세 등을 신고·납부한 사실을 ‘사기나 그 밖의 부정한 행위’에 해당한다고 보아, 부정과소신고 가산세율(=40%)를 적용한 것은 부당하다.

또한, 처분청이 청구법인이 BBB사무소를 임차한 기간에 OOO에 주소를 둔 KKK가 전입한 사실에 비추어 볼 때, 청구법인이 취득세 등의 중과세를 회피하기 위해 BBB사무소를 임차한 것으로 허위계약서를 작성하는 적극적인 행위를 하였다고 주장하나,

이 건 오피스텔은 청구법인 대표이사인 EEE 개인이 소유하여 관리하는 건물로서, 오피스텔 특성상 임차인과의 계약 조건이나 임대인·임차인의 상황 등에 따라 전입·전출이 빈번하게 발생하고, 공실도 수시로 발생한다.

청구법인은 불가피한 사정으로 인해 2023.7.17. 본점 소재지를 NNN사무소로 이전하여 개발사업을 계속 추진하였으나, 당시 계속된 건설 불황 속에서 임대인 EEE은 부득이하게 KKK와 BBB사무소 임대차계약을 체결하였다. 청구법인은 당시 사업 초기라서 회사를 탄력적으로 운영하는 것이 가능하였기에, 임대인 EEE의 요청에 따라 사무실을 잠시(공실이었던) 이 건 오피스텔 303호로 옮겨 개발사업을 계속 추진하다가, 얼마 지나지 않아 2024.3.18. EEE과 LLL사무소에 관한 임대차계약(변경)을 체결한 이후에 본점 소재지 이전 등기까지 마쳤다.

즉, 청구법인이 개발사업을 추진하면서 상황에 따라 같은 건축물 내에서 본점 사무실을 단순히 이전한 것일 뿐이고, 이런 행위 자체는 전혀 문제될 것이 없다. 청구법인이 위와 같은 상황에서도 본점 사무실을 같은 이 건 오피스텔 내에서 401호→303호→302호로 옮기면서 개발사업을 꾸준히 추진하였다는 것은, 오히려 해당 호실에 청구법인의 본점의 실질이 있었다는 분명한 증거로 볼 수 있는바, 청구법인에게는 허위로 본점 사무실을 옮겨 취득세 중과세를 회피하려는 조세포탈의 인식이나 목적이 전혀 없었다.

이러한 사정에도 불구하고, 단지 이 건 오피스텔 내에서 본점 사무실을 이전했다는 사실만으로는 청구법인이 임대차 계약서를 허위로 작성하는 부정한 적극적인 행위를 하였다고 인정하기는 어렵다. 특히 “어떤 행위가 조세법상 ‘사기나 그 밖의 부정한 행위’에 해당하는지 여부를 가림에 있어서는 형사처벌 법규의 구성요건에 준하여 엄격하게 해석하여야 한다”는 대법원 판례의 취지를 고려하면 더욱 그러하다(대법원 2014.5.16. 선고 2011두29168 판결 참조).

나.처분청 의견

(1) 이 건 취득세 등을 산출하면서 중과세율을 적용하여 산출한 것은 적법하다

법인의 본점이라 함은 대표이사 등 임직원이 상주하면서 기획, 재무, 총무 등 법인의 전반적인 사업을 수행하고 있는 곳인 영리법인의 주된 사무소를 의미하며 주된 사무소는 본점 등기가 아니라 법인의 중추적인 의사결정 등 주된 기능을 수행하는 장소를 의미한다(대법원 1993.1.15. 선고 92누473 판결, 조심2023지4147, 2025.3.18. 참조) 할 것이고, 법인 설립 등에 해당하는지 여부는 법인등기부의 기재와 관계없이 실질적으로 본점 등의 역할을 수행하는 곳을 기준으로 하여 판단하여야 한다(대법원 2017.12.21. 선고 2017두63795 판결 참조) 할 것인바,

청구법인이 이 건 부동산을 취득할 당시 본점 소재지는 법인등기부상 BBB사무소인 사실은 확인되나 아래와 같은 사유로 청구법인의 인적·물적 설비는 이 건 부동산 취득일(2023.8.30.) 이전부터 AAA사무소에 있다고 판단된다.

청구법인은 이 건 부동산 취득 이전에 BBB사무소에 본점을 이전하였다고 주장하나, 청구법인의 대표이사 EEE과 체결한 BBB사무소 임대차계약서 관련하여 계약서상에 명시되어 있는 임대차 보증금(OOO원)을 청구법인이 임대인에게 지급한 사실이 법인 장부에서 확인되지 않으며,

청구법인의 BBB사무소 임대차계약서의 임대차 기간은 2023. 7.14.부터 2025.7.13.까지였고, BBB사무소 임대차계약을 LLL사무소로 변경하는 계약을 체결하며 해당 임대차 기간을 2024 .3.20.부터 2025.3.19.까지로 명시했으나, 청구법인이 LLL사무소로 본점을 변경하기도 전인 2023.11.27. KKK가 BBB사무소를 임대물건으로 한 별도의 임대차계약에 따라 전입한 사실이 확인되어 청구법인이 임대인(청구법인의 대표이사 EEE)과 작성한 OOO사무소에 대한 임대차계약서를 신뢰할 수가 없어 청구법인이 실제로 BBB사무소를 이 건 부동산 취득 전에 본점 소재지로 사용하였다고 볼 수 있는 사실이 불분명한 반면에,

처분청이 청구법인 세무조사와 관련하여 현지출장 당시 청구법인의 대표이사 EEE은 지식산업센터 개발사업을 CCC에서 수행하고 있다고 진술하였고, 출장당시 청구법인과 CCC이 공동으로 사무실을 사용한 것으로 보이는 점,

청구법인의 대표이사 EEE이 CCC이 소재하고 있는 AAA사무소로 상시 출퇴근한 사실이 차량 입출차내역으로 확인되는 점,

청구법인이 본점 소재지를 BBB사무소로 변경한 후에도 AAA사무소 관련 보안업체 서비스 이용료 및 관리비 등을 지급한 사실이 확인되나 BBB사무소와 관련된 비용 혹은 인근지역에서 비용을 지출한 사실은 확인되지 않는 점,

이 건 부동산 취득과 관련된 비용들에 대한 세금계산서의 청구법인 주소는 AAA사무소이며 청구법인의 감사보고서에서도 CCC의 대표번호를 청구법인의 연락처로 기재한 점,

청구법인이 이 건 부동산을 취득한 후 지식산업센터 개발사업과 관련된 업무를 수행한 것은 사실이나 해당 사실이 BBB사무소에 업무를 처리했다는 사실을 뒷받침할 증빙자료가 될 수는 없는 점,

처분청의 세무조사와 관련한 자료대응을 CCC의 직원이 수행한 점 등을 보았을 때, 청구법인의 실질적인 사무를 수행하는 곳은 청구법인과 대표이사가 동일한 CCC의 본점 소재지이자 청구법인의 설립 주소지인 AAA사무소로 봄이 상당하고 청구법인의 업무와 CCC의 업무에 대한 명확한 구분이 없이 청구법인이자 CCC의 대표이사인 EEE의 지휘하에 CCC의 직원들이 소속을 구분하지 않고 청구법인의 업무를 수행한 것으로 보이는 점,

법인의 본점 판단 기준인 인적·물적 설비란 고용 형식이 반드시 해당 법인에 직속하는 형태를 취하여야 하는 것은 아니므로(대법원 2011.6.10. 선고 2008두18496 판결 등 참조), 청구법인과 고용관계 내지 용역계약이 없는 제3자가 청구법인 대표이사 EEE의 지휘 아래 청구법인의 고유 업무를 수행하였다면, 그 수행한 장소에 청구법인의 인적·물적 설비가 있다고 보는 것이 합리적인데 청구법인의 임직원이라고 주장하는 GGG, III은 CCC의 사내이사로 주요 근무지는 AAA사무소로 보이는 점,

청구법인은 BBB사무소에 사무공간이 마련되어 있다는 사실만을 주장할 뿐 구체적으로 해당 사무소에서 청구법인의 주요한 업무가 수행되었다는 사실을 입증하지 못하고 있는 점 등을 종합하여 볼 때, 처분청에서 청구법인의 사실상 본점이 AAA사무소인 것으로 보아 이 부동산 취득에 대하여 취득세 중과세율을 적용하여 이 건 취득세 등을 산출한 것은 적법하다.

(2) 이 건 취득세 등을 산출하면서 쟁점비용을 포함하여 산출한 것은 적법하다.

지방세법령상의 “취득가격”에는 과세대상물건의 취득시기 이전에 거래상대방 또는 제3자에게 지급원인이 발생 또는 확정된 것으로서 당해 물건 자체의 가격(직접비용)은 물론 그 이외에 실제로 당해 물건 자체의 가격으로 지급되었다고 볼 수 있거나 그에 준하는 취득절차비용도 간접비용으로서 이에 포함된다 할 것(대법원 1993.4.27. 선고 92누15895 판결 같은 뜻임)인바,

청구법인은 이 건 부동산 취득 전에 쟁점비용과 관련된 용역 계약을 체결한 점,

청구법인은 쟁점비용을 건설용지계정에 기장한 반면, 쟁점비용을 영업권 등으로 별도로 기장하지도 않았고, 이를 상각한 사실도 없는 것으로 나타나는 점,

보상용역에 대한 비용과 이주를 위한 영업권 보상금이 별개로 구분하지 않아 쟁점비용 전체를 이 건 부동산 취득과 무관한 비용이라고 볼 수 없는 점,

청구법인은 토지 작업 용역 계약서 이외에 쟁점비용이 별도의 권리에 해당한다는 구체적인 자료를 제출하고 있지 않은 점 등을 종합하여 볼 때, 쟁점비용은 이 건 부동산 취득과 무관한 별개의 권리에 대한 보상 성격을 가졌다고 볼 수 없으므로 쟁점비용을 이 건 부동산 취득가격에 포함한 것은 적법하다.

(3) 이 건 취득세 등을 산출하면서 부정과소신고가산세를 포함하여 산출한 것은 적법하다.

(가) ‘사기 그 밖의 부정한 행위’는 「조세범처벌법」제9조의 ‘사기 기타 부정한 행위’와 동일한 의미로 해석할 수 있다 할 것이고, 같은 조항의 ‘사기 기타 부정한 행위’라 함은 조세의 부과와 징수를 불가능하게 하거나 현저히 곤란하게 하는 위계 기타 부정한 적극적인 행위를 말하는 것이고, 이러한 조세포탈죄에 있어서 범죄가 있다고 함은 납세의무를 지는 사람이 자기의 행위가 사기 기타 부정한 행위에 해당하는 것을 인식하고 그 행위로 인하여 조세포탈의 결과가 발생한다는 사실을 인식하면서 부정행위를 감행하거나 하려고 하는 것(대법원 1999.4.9. 선고 98도667 판결, 참조)인바,

청구법인의 경우, 본점 소재지를 대도시에서 대도시 밖으로 사실상 이전하지 아니하고 본점 이전등기만을 한 다음, 법인설립일부터 5년 이내에 대도시내의 부동산인 이 건 부동산을 취득하면서 중과세율이 아닌 일반세율로 취득세 등을 신고함으로써 그 차액에 상당하는 세액을 회피하였고, 청구법인이 BBB사무소를 임차한 기간에 사실상 KKK가 BBB사무소에 전입한 사실을 비추어 볼 때 청구법인은 청구법인의 본점 소재지를 BBB사무소로 이전등기만 하면 중과세를 회피할 수 있다는 사실을 인식하고 취득세 등의 중과세를 회피하기 위해 청구법인의 대표이사가 소유자인 BBB사무소를 임차한 것으로 허위 계약서를 작성하는 적극적인 행위를 한 것으로 보이므로 처분청에서 청구법인이 사기나 그 밖의 부정한 행위로 이 건 부동산 취득세 등을 부정하게 과소신고한 것으로 보아 이 건 취득세 등을 부과하면서 부정과소신고 가산세율을 적용한 것은 적법하다.

3. 심리 및 판단

가. 쟁 점

① 청구법인의 사실상 본점은 AAA사무소가 아닌 NNN사무소이므로 취득세 중과세율 적용대상에 해당되지 않는다는 청구주장의 당부

② 쟁점비용은 이 건 부동산에 있는 공장 이주를 위한 보상금 성격이므로 이 건 부동산 취득가격에서 제외되어야 한다는 청구주장의 당부

③ 청구법인의 취득세 신고·납부 행위는 「지방세기본법」 상 ‘부정행위’로 볼 수 없으므로 부정과소신고가산세를 부과한 처분은 부당하다는 청구주장의 당부

나. 관련 법령 : ＜별지＞ 기재

다. 사실관계 및 판단

(1) 청구법인과 처분청이 제출한 심리자료에 의하면 다음과 같은 사실이 나타난다.

(가) 청구법인의 등기를 보면 청구법인은 2023.3.14. 부동산개발공급업, 부동산컨설팅업 등을 목적사업으로, 경기도 안양시 동안구 OOO를 본점소재지로 하여 설립되었다가 2023.7.13. OOO로, 2024.3.20. 같은 건축물 302호(LLL사무소)로 본점소재지를 이동한 것으로 기재되어 있다.

(나) CCC의 등기를 보면 CCC은 2000.12.11. 토목공사업, 건축공사업 등을 목적사업으로, 경기도 안양시 동안구 OOO를 본점소재지로 하여 설립되었다가 2022.7.4. 경기도 안양시 동안구 OOO로 본점소재지를 이동한 것으로 확인된다.

(다) OOO건설은 이 건 부동산을 취득하기 위하여 2022.9.2. 주식회사 PPP(이하 “PPP”라 한다)와 아래와 같이 매매계약을 체결한 것으로 확인된다.

○○○

(라) OOO건설은 이 건 토지 지상에 지식산업센터 건축을 하기 위하여 2023.3.15. 처분청으로부터 아래와 같이 건축허가를 받은 것으로 확인된다.

○○○

(마) 청구법인은 2023.7.31. 이 건 토지에 지식산업센터 개발사업을 추진하여온 OOO건설과 아래와 같이 사업양수도계약을 체결한 것으로 확인되고, 그 후 청구법인은 2023.8.25. 처분청으로부터 위 (라)의 건축주를 청구법인으로 변경하는 건축허가(변경)를 받은 것으로 확인된다.

○○○

(바) 청구법인은 2023.7.31. 경기도 안양시에 본점을 둔 QQQ 주식회사(이하 “QQQ”라 한다)와 이 건 부동산을 취득한 이후 그 지상에 있는 공장을 조속히 이전케 하여 지식산업센터 개발사업을 조속히 실행하기 위하여 공장 이주에 관한 토지작업 용역계약을 아래와 체결하였고, 그 계약서상 업무범위는 영업권 및 이주용역이라고 기재되어 있는 것으로 확인된다.

○○○

(바) 처분청은 2024.7.16. 법인세무조사 관련 하여 AAA사무소에 출장한 후 아래와 같이 결과보고를 한 것으로 확인된다.

○○○

(사) 처분청은 위 (바)의 세무조사 후 2024.8.2. 청구법인이 이 건 부동산을 취득하면서 지급한 쟁점비용을 취득가격에서 누락한 것과 이 건 부동산 취득 당시 청구법인의 법인등기부상 주소지는 NNN사무소지만 AAA사무소에서 청구법인의 실질적인 업무를 수행하고 있는 것으로 보아 청구법인의 이 건 부동산 취득이 대도시에 법인을 설립 후 5년 이내에 대도시의 부동산을 취득한 경우에 해당하는 것으로 하여 당초 신고한 취득세 취득가격에 쟁점비용을 합한 금액(OOO원)을 과세표준으로 하고, 취득세 중과세율을 적용하여 산출한 세액에서 기납부한 세액을 차감한 취득세 등(부정과소신고가산세를 포함한다)을 청구법인에게 과세예고하였다,

(아) 처분청은 청구법인이 이 건 부동산을 취득할 당시 등기상 본점은 BBB사무소이나, 사실상 본점은 AAA사무소라고 주장하며 아래과 같이 관련 자료를 제출하였다.

1) 청구법인이 EEE(청구법인 대표이사)과 체결한 BBB사무소에 대한 임대차계약서 및 OOO의 전입세대 회신 공문에 따르면, 청구법인의 BBB사무소 임대차기간은 2023.7.14.부터 2025.7.13.까지로 확인되며, 2023.11.27. KKK가 BBB사무소에 전입한 사실이 확인된다.

2) 청구법인 세무조사 관련하여 청구법인이 2024.7.8. 등 처분청과주고 받은 메일의 청구법인의 담당자명을 보면 CCC로 확인되고, 처분청이 2024.9.26. 이 건 취득세 등 납세고지서를 청구법인에게 등기우편으로 발송하면서 그 수신자 주소지를 AAA사무소로 기재한 것으로 확인되며, 청구법인이 이를 수령한 것으로 확인된다.

3) OOO증권 주식회사 등이 이 건 부동산 취득과 관련하여 2023.8.30. 청구법인에게 발행한 세금계산서(2건)에 기재된 청구법인의 사업장 주소는 AAA사무소로 기재되어 있는 것으로 확인된다.

4) 처분청이 AAA사무소 관리 사무소에 조회한 청구법인이 리스하고, 청구법인의 대표자가 주로 이용하는 차량(OOO)의 2024. 1.1.부터 2024.6.28.까지의 입·출차내역을 보면 86회로, 그 이전 이 건 부동산 취득당시의 입·출차 내역은 삭제된 것으로 기재되어 있다.

5) 청구법인의 2023년 계정별 원장을 보면 EEE로부터 BBB사무소를 임차한 후 임대차 보증금(OOO원)을 EEE에게 지급한 자료가 확인되지 않는다.

6) 청구법인의 2023년 계정별 원장(지급수수료 및 가스수도료 계정)을 보면 주식회사 OOO 안양에 보안 서비스료를 지급한 사실과 OOO 관리단(AAA사무소 관리사무소)에 관리비 등을 지급한 사실은 확인되나, NNN사무소와 관련한 관리비 등을 지급한 사실은 확인되지 않는다.

(자) 청구법인은 이 건 부동산을 취득할 당시 등기상 본점인 NNN사무소를 사실상 본점으로도 사용하였다고 주장하며 아래과 같이 관련 자료를 제출하였다.

1) 청구법인이 본점 소재지를 4개월만에 AAA사무소에서 NNN사무소로 옮긴 것은 경기도 공공건설정책과에서 정부입찰을 받아 공사를 하는 CCC에 대하여 「건설산업기본법」제49조에 따라 실태조사를 하는 과정에서 아래와 같이 같은 사무실에 2개의 사업자가 상주하고 있고, 낙찰 및 공사 수행에 문제가 되는 상황이 발생할 수 있기 때문이라고 주장하고 있다.

○○○

2) 청구법인이 NNN사무소로 본점을 이전한 것은 2022년 OOO 등 일대에 3기 신도시(OOO지구)가 확정되면서, 청구법인의 대표이사인 EEE이 관련 부동산 개발사업을 추진하고자 하였고, EEE이 본인 소유의 이 건 오피스텔의 관리를 맡겨야 하는 상황이었기에, 청구법인은 이 건 오피스텔의 관리에 관한 용역계약을 아래와 같이 체결하면서 본점 소재지를 NNN사무소로 이전하게 되었다고 주장하고 있다.

○○○

3) 청구법인은 2023.7.14. BBB사무소에 대한 임대차계약(임대차 기간 : 2023.7.14.∼2025.7.13., 임대보증금 : 보증금 OOO원, 월 차임 OOO원)을 청구법인 대표이사인 EEE과 체결한 후, 2024.3. 18. BBB사무소에 대한 임대차 계약을 LLL사무소로 변경하는 임대차계약(임대차 기간 : 2024.3.20.∼2025.3.19.)을 아래와 같이 체결하였고,

그 임차료는 임대인과 임차인 사이에 체결한 위 (자) 2) 건물관리 용역계약서에 따라 무상(2024.7.13.까지)으로 기재되어 있으며,

처분청이 주장하는 2023.11.27. KKK가 BBB사무소에 전입한 사실이 확인된다는 것과 관련하여는 이 건 오피스텔 건물 전체가 청구법인의 대표이사 EEE 개인의 소유로 오피스텔 특성상 임차인과의 계약 조건이나 임대인·임차인의 상황 등에 따라 전입·전출이 빈번하게 발생하고, 공실도 수시로 발생하게 되어 KKK의 임대(2023.11.27.)에 따라 비워있는 이 건 오피스텔의 303호로 잠시 옮겼다가 2024.3.18.부터 다시 LLL사무소로 옮겼다고 주장하고 있다.

○○○

4) 청구법인은 임직원으로 EEE(대표이사), HHH(상무), GGG(이사), III(실장)이 있고, HHH과 GGG는 이 건 오피스텔의 관리 업무, 부동산 개발사업 업무를, III은 청구법인이 추진하였던 위 안양시 FFF 지식산업센터 신축사업을 위하여 청구법인과 PM(용역컨설팅) 계약을 체결하여 관련 용역업무를 각 수행하였다고 주장하며 HHH과 III이 작성한 사실관계확인서를 아래와 같이 제출하였으며, 청구법인이 제출한 2023.7.1.∼2024.8.9. 남양주IC를 이용한 현황을 보면 EEE(OOO) 차량 등의 하이패스 이용내역을 보면 60회인 것으로 확인된다.

○○○

5) 청구법인은 NNN사무소에서 지식산업센터 개발사업을 추진하였다고 주장하며, 아래와 같이 사업 진행을 위하여 체결한 계약서들을 제출하였고, 그 계약서들 상 청구법인의 본점소재지를 보면 BBB사무소가 기재되어 있는 것으로 확인된다.

○○○

6) 청구법인은 2023.7.17. OOO에 소재한 이 건 오피스텔 401호(BBB사무소)에 사무실을 마련하였다가, 2024.7.18. 이 건 오피스텔 302호(LLL사무소)에 사무실로 이전하여 사업을 수행하였다고 주장하며 현황 사진을 제출하였고, 그 현황사진을 보면 그 LLL사무소의 우편물함과 사무실 앞에 문패가 그 안에는 책상, 컴퓨터, 냉장고 등 업무시설이 설치되어 있는 것으로 확인된다.

(2) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여, 먼저 쟁점①에 대하여 살펴본다.

(가) 「지방세법」제13조 제2항 제1호에서는 대도시에서 법인을 설립하거나 지점 또는 분사무소를 설치하는 경우 및 법인의 본점ㆍ주사무소ㆍ지점 또는 분사무소를 대도시 밖에서 대도시로 전입함에 따라 대도시의 부동산을 취득(그 설립ㆍ설치ㆍ전입 이후의 부동산 취득을 포함한다)하는 경우의 취득세는 제11조 제1항의 표준세율의 100분의 300에서 중과기준세율의 100분의 200을 뺀 세율을 적용한다고 규정하고 있고,

같은 법 시행령 제3항에서 법 제13조 제2항 제1호에 따른 대도시에서의 법인 설립, 지점ㆍ분사무소 설치 및 법인의 본점ㆍ주사무소ㆍ지점ㆍ분사무소의 대도시 전입에 따른 부동산 취득은 해당 법인 또는 행정안전부령으로 정하는 사무소 또는 사업장(이하 이 조에서 “사무소등”이라 한다)이 그 설립ㆍ설치ㆍ전입 이전에 법인의 본점ㆍ주사무소ㆍ지점 또는 분사무소의 용도로 직접 사용하기 위한 부동산 취득으로 하고, 같은 호에 따른 그 설립ㆍ설치ㆍ전입 이후의 부동산 취득은 법인 또는 사무소등이 설립ㆍ설치ㆍ전입 이후 5년 이내에 하는 업무용ㆍ비업무용 또는 사업용ㆍ비사업용의 모든 부동산 취득으로 한다고 규정하고 있다.

(나) 위 규정에서 “법인의 본점을 대도시 내로 전입”한다 함은 대도시 외에 소재한 본점의 인적·물적 설비를 대도시 내로 이전하거나, 대도시 내에 새로운 인적·물적 설비를 설치하고 그 장소에서 법인의 중추적인 기능을 수행하는 것을 의미한다 할 것이고, 대도시 외의 지역에서 설립된 법인이 등기부상 본점 전입등기는 하지 아니한 채 사실상 본점을 대도시 내로 전입한 것으로 보아 중과세율을 적용하기 위해서는 일반적으로 세금부과처분의 취소청구에서 과세요건사실에 관한 입증책임이 과세권자에게 있으므로 그 법인이 인적·물적 설비를 갖춘 본점을 대도시 내로 전입하였다는 사실도 과세관청이 입증해야 할 것이다(조심 2024지719, 2025.11.19. 등 다수).

(다) 처분청은 청구법인의 사실상 본점을 AAA사무소라고 보고 이 건 취득세 등을 부과한 처분이 적법하다는 의견이나, CCC은 2000년에 설립되어 28명의 임직원을 두고 여러 사업을 수행하는 법인이고, 청구법인은 최근(2023년) 설립된 회사이고, 안양시 지식산업센터 개발사업을 막 추진 중인 사실상 소규모 1인 회사에 불과하여 두 법인의 대표이사인 EEE이 매일 NNN사무소로 출근할 수도, 필요도 없어 보이는 점, 「건설산업기본법」제49조 등에 따라 CCC과 청구법인이 하나의 사무소를 이용하는 것에는 문제가 있어 보이고, 대표이사가 소유하고 있는 이 건 오피스텔로 본점을 이전한 것이 타당해 보이며, 처분청이 주장하는 이 건 오피스텔 401호(BBB사무소)를 KKK에게 임대를 준 것은 이 건 부동산을 취득한 후에 발생한 점, 청구법인이 이 건 오피스텔의 임대관리를 대행하고 있었고, 청구법인 본점의 이동 등이 대표이사 EEE 소유의 이 건 오피스텔 내부에서 이루어진 점, 처분청이 청구법인이 이 건 부동산을 취득 당시 또는 취득한 후에 AAA사무소에 별도의 인적·물적설비를 갖추고 사실상 본점으로 사용하였다고 볼 객관적 자료를 제출하지 않은 점 등에 비추어 처분청이 청구법인의 사실상 본점을 AAA사무소라고 보고 이 건 취득세 등을 부과한 처분은 잘못이 있다고 판단된다.

(3) 다음으로 쟁점②에 대하여 살펴본다.

(가) 「지방세법」제10조의3 제1항에서 부동산등을 유상거래(매매 또는 교환 등 취득에 대한 대가를 지급하는 거래를 말한다. 이하 이 장에서 같다)로 승계취득하는 경우 취득당시가액은 취득시기 이전에 해당 물건을 취득하기 위하여 다음 각 호의 자가 거래 상대방이나 제3자에게 지급하였거나 지급하여야 할 일체의 비용으로서 대통령령으로 정하는 사실상의 취득가격(이하 “사실상취득가격”이라 한다)으로 한다고 규정하고 있고, 같은 법 시행령 제18조 제1항에서 법 제10조의3 제1항에서 “대통령령으로 정하는 사실상의 취득가격”(이하 “사실상취득가격”이라 한다)이란 해당 물건을 취득하기 위하여 거래 상대방 또는 제3자에게 지급했거나 지급해야 할 직접비용과 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 간접비용의 합계액을 말한다고 규정하고 있으며, 같은 조 제2항에서 제1항에도 불구하고 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 비용은 사실상취득가격에 포함하지 않는다고 하면서 그 제3호에서 이주비, 지장물 보상금 등 취득물건과는 별개의 권리에 관한 보상 성격으로 지급되는 비용이라고 규정하고 있다.

(나) ‘취득세의 과세표준이 되는 취득가격’은 과세대상물건의 취득 시기 이전에 거래상대방 또는 제3자에게 지급원인이 발생 또는 확정된 것으로서 당해 물건 자체의 가격은 물론 그 이외에 실제로 당해 물건 자체의 가격으로 지급되었다고 볼 수 있거나 그에 준하는 취득절차비용도 간접비용으로서 이에 포함된다고 할 것이나(대법원 2009.9.10. 선고 2009두5350 판결 등 참조), 다만 그것이 과세대상 물건이 아닌 다른 물건이나 권리에 관하여 지급된 것이라면 이는 ‘취득가격’에 포함되지 않는다고 할 것이고(대법원 1997.12.26. 선고 97누10178 판결 등, 같은 뜻임), 「지방세법 시행령」제18조 제2항 제3호에서 “이주비, 지장물 보상금 등 취득물건과는 별개의 권리에 관한 보상 성격으로 지급되는 비용”은 취득세 과세표준이 되는 취득가격에 포함하지 않는 것으로 규정하고 있다.

(다) 처분청은 쟁점비용이 이 건 부동산 취득을 위하여 지급한 간접비용이라는 의견이나, 청구법인은 2023.7.31. QQQ와 이 건 부동산을 취득한 이후 그 지상에 있는 공장을 조속히 이전케 하여 지식산업센터 개발사업을 조속히 실행하기 위하여 공장 이주에 관한 토지작업 용역계약을 체결하였고, 그 계약서상 업무범위는 영업권 및 이주용역이라고 기재되어 있는 것으로 확인되는 점, 쟁점비용은 청구법인이 이 건 부동산을 취득하기 위하여 지급한 것이 아니라, 이 건 부동산을 매매로 취득한 이후 그 지상에 있는 공장을 조속히 이전케 하여 지식산업센터 개발사업을 조속히 실행하기 위하여 공장 이주에 관한 보상금 명목 등으로 지급된 것으로 보는 것이 타당한 점 등에 비추어 처분청이 쟁점비용을 이 건 부동산의 취득비용으로 보고 이 건 취득세 등을 부과한 처분은 잘못이 있다고 판단된다.

(4) 마지막으로 쟁점③에 대하여 살펴본다.

(가)「지방세기본법」제53조 제1항에서 납세의무자가 법정신고기한까지 과세표준 신고를 하지 아니한 경우에는 그 신고로 납부하여야 할 세액(이 법과 지방세관계법에 따른 가산세와 가산하여 납부하여야 할 이자상당액이 있는 경우 그 금액은 제외하며, 이하 “무신고납부세액”이라 한다)의 100분의 20에 상당하는 금액을 가산세로 부과한다고 규정하고 있고, 같은 조 제2항에서 제1항에도 불구하고 사기나 그 밖의 부정한 행위로 법정신고기한까지 과세표준 신고를 하지 아니한 경우에는 무신고납부세액의 100분의 40에 상당하는 금액을 가산세로 부과한다고 규정하고 있다.

(나) 처분청은 청구법인의 취득세 신고·납부 행위는 「지방세기본법」 상 ‘부정행위’로 볼 수 있어 부정과소신고가산세 과세대상이라는 의견이나, 정부입찰을 받아 공사를 하는 CCC 사무실에 2개의 사업자가 상주하고 있을 경우 「건설산업기본법」제49조 등에 따른 낙찰 및 공사 수행에 문제가 되는 상황이 발생할 수가 있어 청구법인의 사무소를 다른 사무소로 옮길 수밖에 없었던 것으로 보이는 점, 청구법인이 이 건 부동산을 취득할 당시 청구법인의 본점 등기가 NNN사무소로 되어 있었고, 처분청도 청구법인이 이 건 부동산을 취득한 후 처분청에 취득세 등을 신고·납부한 점, 위 쟁점①·②가 인용결정됨에 따라 청구법인이 부정과소신고가산세의 과세표준이 되는 추가로 납부할 취득세 등이 없는 점 등에 비추어 처분청이 부정과소신고가산세를 포함하여 이 건 취득세 등을 부과한 처분은 잘못이 있다고 판단된다.

4. 결 론

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 있으므로 「지방세기본법」제96조 제7항과 「국세기본법」제80조의2 및 제65조 제1항 제3호에 의하여 주문과 같이 결정한다.

＜별지＞ 관련 법령

(1) 지방세법

제10조의3(유상승계취득의 경우 과세표준) ① 부동산등을 유상거래(매매 또는 교환 등 취득에 대한 대가를 지급하는 거래를 말한다. 이하 이 장에서 같다)로 승계취득하는 경우 취득당시가액은 취득시기 이전에 해당 물건을 취득하기 위하여 다음 각 호의 자가 거래 상대방이나 제3자에게 지급하였거나 지급하여야 할 일체의 비용으로서 대통령령으로 정하는 사실상의 취득가격(이하 “사실상취득가격”이라 한다)으로 한다.

제13조(과밀억제권역 안 취득 등 중과) ② 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 부동산(「신탁법」에 따른 수탁자가 취득한 신탁재산을 포함한다)을 취득하는 경우의 취득세는 제11조 제1항의 표준세율의 100분의 300에서 중과기준세율의 100분의 200을 뺀 세율(제11조 제1항 제8호에 해당하는 주택을 취득하는 경우에는 제13조의2 제1항 제1호에 해당하는 세율)을 적용한다. 다만, 「수도권정비계획법」 제6조에 따른 과밀억제권역(「산업집적활성화 및 공장설립에 관한 법률」을 적용받는 산업단지는 제외한다. 이하 이 조 및 제28조에서 “대도시”라 한다)에 설치가 불가피하다고 인정되는 업종으로서 대통령령으로 정하는 업종(이하 이 조에서 “대도시 중과 제외 업종”이라 한다)에 직접 사용할 목적으로 부동산을 취득하는 경우의 취득세는 제11조에 따른 해당 세율을 적용한다.

1. 대도시에서 법인을 설립[대통령령으로 정하는 휴면(休眠)법인(이하 “휴면법인”이라 한다)을 인수하는 경우를 포함한다. 이하 이 호에서 같다]하거나 지점 또는 분사무소를 설치하는 경우 및 법인의 본점ㆍ주사무소ㆍ지점 또는 분사무소를 대도시 밖에서 대도시로 전입(「수도권정비계획법」 제2조에 따른 수도권의 경우에는 서울특별시 외의 지역에서 서울특별시로의 전입도 대도시로의 전입으로 본다. 이하 이 항 및 제28조 제2항에서 같다)함에 따라 대도시의 부동산을 취득(그 설립ㆍ설치ㆍ전입 이후의 부동산 취득을 포함한다)하는 경우

(2) 지방세법 시행령

제18조(사실상취득가격의 범위 등) ① 법 제10조의3 제1항에서 “대통령령으로 정하는 사실상의 취득가격”(이하 “사실상취득가격”이라 한다)이란 해당 물건을 취득하기 위하여 거래 상대방 또는 제3자에게 지급했거나 지급해야 할 직접비용과 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 간접비용의 합계액을 말한다. 다만, 취득대금을 일시급 등으로 지급하여 일정액을 할인받은 경우에는 그 할인된 금액으로 하고, 법인이 아닌 자가 취득한 경우에는 제1호, 제2호 또는 제7호의 금액을 제외한 금액으로 한다.

② 제1항에도 불구하고 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 비용은 사실상취득가격에 포함하지 않는다.

3. 이주비, 지장물 보상금 등 취득물건과는 별개의 권리에 관한 보상 성격으로 지급되는 비용

제27조(대도시 부동산 취득의 중과세 범위와 적용기준) ③ 법 제13조 제2항 제1호에 따른 대도시에서의 법인 설립, 지점ㆍ분사무소 설치 및 법인의 본점ㆍ주사무소ㆍ지점ㆍ분사무소의 대도시 전입에 따른 부동산 취득은 해당 법인 또는 행정안전부령으로 정하는 사무소 또는 사업장(이하 이 조에서 “사무소등”이라 한다)이 그 설립ㆍ설치ㆍ전입 이전에 법인의 본점ㆍ주사무소ㆍ지점 또는 분사무소의 용도로 직접 사용하기 위한 부동산 취득(채권을 보전하거나 행사할 목적으로 하는 부동산 취득은 제외한다. 이하 이 조에서 같다)으로 하고, 같은 호에 따른 그 설립ㆍ설치ㆍ전입 이후의 부동산 취득은 법인 또는 사무소등이 설립ㆍ설치ㆍ전입 이후 5년 이내에 하는 업무용ㆍ비업무용 또는 사업용ㆍ비사업용의 모든 부동산 취득으로 한다. 이 경우 부동산 취득에는 공장의 신설ㆍ증설, 공장의 승계취득, 해당 대도시에서의 공장 이전 및 공장의 업종변경에 따르는 부동산 취득을 포함한다.

(3) 지방세기본법

제53조(무신고가산세) ① 납세의무자가 법정신고기한까지 과세표준 신고를 하지 아니한 경우에는 그 신고로 납부하여야 할 세액(이 법과 지방세관계법에 따른 가산세와 가산하여 납부하여야 할 이자상당액이 있는 경우 그 금액은 제외하며, 이하 “무신고납부세액”이라 한다)의 100분의 20에 상당하는 금액을 가산세로 부과한다.

② 제1항에도 불구하고 사기나 그 밖의 부정한 행위로 법정신고기한까지 과세표준 신고를 하지 아니한 경우에는 무신고납부세액의 100분의 40에 상당하는 금액을 가산세로 부과한다.

③ 제1항 및 제2항에 따른 가산세의 계산 및 그 밖에 가산세 부과 등에 필요한 사항은 대통령령으로 정한다.

(4) 건설산업기본법

제49조(건설사업자의 실태조사 등) ① 국토교통부장관 또는 지방자치단체의 장(제91조 제1항에 따라 위임받은 사무를 처리하기 위하여 필요한 경우에만 해당한다. 이하 이 조에서 같다)은 등록기준에의 적합 여부, 하도급의 적정성, 성실시공 여부 등을 판단하기 위하여 필요하다고 인정하면 기간을 정하여 건설사업자로부터 그 업무, 재무관리 상태, 시공 상황 등에 관한 보고를 받을 수 있고, 소속 공무원으로 하여금 대통령령으로 정하는 바에 따라 건설사업자의 경영실태를 조사하게 하거나 공사 시공에 필요한 자재 또는 시설을 검사하게 할 수 있다.

② 국토교통부장관 또는 지방자치단체의 장은 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우로서 필요한 때에는 공인회계사, 세무사 또는 국토교통부령으로 정하는 요건을 갖춘 전문경영진단기관으로 하여금 건설사업자의 재무관리상태를 진단하게 할 수 있다.

1. 제1항에 따른 건설사업자의 경영실태를 조사하기 위한 경우

2. 건설사업자 또는 제9조에 따른 건설업 등록을 하려는 자가 건설업 등록기준에 적합한지 여부를 확인하기 위한 경우

③ 국토교통부장관 또는 지방자치단체의 장은 제1항에 따라 건설사업자의 경영실태를 조사하기 위하여 필요하다고 인정하면 건설공사의 발주자, 「건설기술 진흥법」 제2조 제9호에 따른 건설엔지니어링사업자, 그 밖에 건설공사 관계 기관(이하 이 조에서 “건설공사 관계 기관등”이라 한다)에 대하여 건설공사의 시공 상황에 관한 자료를 제출할 것을 요구할 수 있다. 이 경우 건설공사 관계 기관등은 특별한 사유가 없으면 이에 협조하여야 한다.

④ 국토교통부장관 또는 지방자치단체의 장은 제1항에 따른 조사를 하려면 조사 시작 7일 전까지 조사 일시, 조사 이유 및 조사 내용 등 조사계획을 미리 조사대상자에게 알려야 한다. 다만, 긴급한 경우나 사전에 알리면 증거인멸 등으로 조사 목적을 달성할 수 없다고 인정하는 경우에는 미리 알리지 아니할 수 있다.

⑤ 제1항에 따라 조사 또는 검사를 하는 공무원은 그 권한을 표시하는 증표를 지니고 이를 관계인에게 보여 주어야 하고, 조사 관련 장소에 출입할 때에는 성명, 출입시간, 출입 목적 등이 표시된 문서를 관계인에게 주어야 한다.

⑥ 국토교통부장관은 지방자치단체의 장에게 제1항부터 제3항까지의 규정에 따른 실태조사 등의 조치를 명할 수 있고, 그 조치 결과를 보고할 것을 요구할 수 있다.

⑦ 제1항 및 제6항에도 불구하고 국토교통부장관은 대통령령으로 정하는 바에 따라 연 1회 이상 건설사업자의 경영실태 조사를 실시하거나, 지방자치단체의 장에게 조사를 실시하여 그 결과를 보고하도록 요구하여야 한다.