이유
1. 처분개요
가. 청구법인은 주택건설업을 영위하는 법인으로, 2017.11.17.부터 포항시 남구 OOO 외 토지(이하 "이동지구 토지"라 한다)를, 2018.8.3.부터 포항시 북구 OOO 외 토지(이하 "OOO 토지"라 하고, OOO 토지와 합하여 "쟁점토지"라 한다)를 취득하였다.
나. 청구법인은 쟁점토지가 「조세특례제한법」 제104조의19 제1항에 따라 주택을 건설하기 위하여 취득한 토지 중 취득일부터 5년 이내에 「주택법」에 따른 사업계획의 승인을 받을 토지에 해당한다고 보아, 과세표준 합산배제 대상으로 하여 2019∼2024년 종합부동산세를 신고하였다.
다. 처분청은 조사 결과 청구법인이 쟁점토지의 취득일부터 5년 이내에 주택사업계획의 승인을 받지 못하여 종합부동산세액과 이자상당가산액의 추징 대상으로 보아, 2025.12.8. 청구법인에게 아래와 같이 2019∼2024년 귀속 종합부동산세 및 농어촌특별세 합계 OOO원을 각 경정·고지하였다.
○○○
라. 청구법인은 이에 불복하여 2026.3.4. 심판청구를 제기하였다.
2. 청구법인 주장 및 처분청 의견
가. 청구법인 주장
쟁점토지에 대하여 취득일부터 5년 이내에 주택건설사업계획의 승인을 받지 못한 데에는 청구법인에게 책임을 돌릴 수 없는 정당한 사유가 있으므로, 감면받은 종합부동산세 등을 추징한 이 건 처분은 취소되어야 한다.
(1) 구 「조세특례제한법」 제104조의19(2025.12.23. 법률 제21223호로 개정되기 전의 것)의 입법취지는 주택건설사업자가 주택을 건설하기 위하여 취득한 토지에 관하여 종합부동산세를 부과할 경우 분양가격 상승을 유발할 수 있으므로 과세표준 합산배제를 통해 종합부동산세를 감면하여 주되, 그 취득일부터 사업계획의 승인에 필요한 상당한 기간인 5년 이내에 사업계획승인을 받지 못한 경우 당초 감면받은 종합부동산세액과 이자상당가산액을 추징함으로써 감면 혜택이 다른 목적에 악용되는 것을 방지하고 부수적으로 주택건설사업자가 사업수행을 게을리하지 않도록 하려는 데에 있다(대법원 2025.7.16. 선고 2023두50516 판결 참조). 이러한 입법취지를 고려하면, 사업계획의 승인을 받지 못한 원인이 청구법인에게 책임을 돌릴 수 없는 '정당한 사유'로 인한 것일 때에는 감면된 종합부동산세 등을 추징할 수 없다고 보는 것이 타당하다.
(2) 처분청은 구 「조세특례제한법」 제104조의19 제3항에 추징의 예외규정이 없어 조세법규를 법문대로 엄격하게 해석할 수밖에 없다고 하나, 대법원은 조세감면에 대한 추징규정과 같은 납세자에 대한 제재규정에서 예외사유를 명문으로 규정하고 있지 아니하더라도 '납세자에게 책임을 돌릴 수 없는 정당한 사유'가 있는 경우에는 추징의 예외를 인정하고 있고, 법규 상호 간의 해석을 통하여 그 의미를 명백히 할 필요가 있는 경우에는 조세법률주의가 지향하는 법적 안정성 및 예측가능성을 해치지 않는 범위 내에서 입법취지 및 목적 등을 고려한 합목적적 해석을 하는 것이 불가피하다고 판시하고 있다(대법원 2013.3.28. 선고 2012두26678 판결, 대법원 2016.9.8. 선고 2016두37867 판결 등 참조).
(3) 한편, 법문에 예외규정이 없어 납세자와 과세관청의 견해 차이로 법원의 판단을 받는 사례가 계속되자 2025.12.23. 「조세특례제한법」 개정(법률 제21223호)을 통하여 제104조의19 제3항 단서에 '정당한 사유'가 신설되었고, 그 위임에 따라 2026.2.27. 같은 법 시행령 제104조의18 제4항에 「주택법」에 따른 허가·인가의 지연 등 법령에 따른 제한, 토지 취득 당시 예측할 수 없었던 사유 등이 규정(대통령령 제36127호로 개정)되었는바, 청구법인의 경우 신설된 '정당한 사유'에 해당한다.
(4) 쟁점토지는 청구법인이 게을리하여 주택건설사업승인을 받지 못한 것이 아니라, 인허가권자인 포항시로부터 도시개발구역 지정, 조합설립인가 통보, 각종 사업영향평가 협의 등의 절차가 오래 걸려 심판청구일 현재까지도 환지계획인가 및 환지예정지 지정이 이루어지지 아니한 데에 따른 것이다. 환지계획인가 및 환지예정지 지정이 이루어진 이후에야 비로소 조세감면의 기준이 되는 「주택법」상 주택건설사업승인 신청이 가능한데, 주무관청인 포항시와의 공문 등에 의하면 OOO지구는 2027년 2월, OOO지구는 2028년 8월이 되어야 환지계획인가 및 환지예정지 지정이 가능한 상태이다.
(5) 마지막으로, 처분청은 선행 세목인 재산세의 변동이 없으면 종합부동산세에서 합산배제할 수 없다고 하나, 종합부동산세 부과처분은 시장·군수가 관할세무서장에게 통보한 재산세 과세자료를 기초로 하여 이루어지는 것일 뿐 그 근거 법률과 처분권자, 부과절차 등이 재산세 부과처분과는 별개인 독립한 처분이므로, 재산세 부과처분의 취소·변경 여부는 주택사업승인을 받지 못한 '정당한 사유'의 존재 여부 판단에 영향을 미치지 아니한다. 선행처분인 재산세 부과처분이 유효한 채로 후행처분인 이 건 종합부동산세 부과처분만을 취소하는 것도 가능하다.
(6) 따라서, 사업계획승인의 지연에 청구법인에게 책임을 돌릴 수 없는 정당한 사유가 있는 이상 이 건 종합부동산세 등 부과처분은 전액 취소되어야 한다.
나. 처분청 의견
(1) 청구법인은 개정된 「조세특례제한법」(2025.12.23. 법률 제21223호로 개정된 것) 및 그 시행령 제104조의18 제4항(2026.2.27. 대통령령 제36127호로 개정된 것)을 인용하며 지방자치단체의 업무처리 지연이 '정당한 사유'에 해당한다고 주장하나, 이 건 과세처분은 2025년 전에 이미 납세의무가 성립한 것으로서 개정 전의 법령을 적용함이 타당하다. 「국세기본법」 제18조에서 규정하는 소급과세 금지의 원칙과 법적 안정성을 고려할 때 별도의 경과규정이 없는 한 개정된 시행령의 취지를 과거의 과세처분에 소급하여 적용할 수 없으므로 청구주장은 법리적 근거가 부족하다.
(2) 한편, 이 건 관련 법령은 과중한 종합부동산세 부담이 주택가격에 전가되어 분양가 상승요인으로 작용하는 문제를 해소하기 위하여 「주택법」에 의한 주택건설업자의 주택건설용 토지를 종합부동산세 과세대상에서 제외하도록 신설하여 2009.1.1.부터 시행하고 있는 것으로, 지방세법상 재산세 종합합산토지로 과세됨에도 불구하고 예외적으로 적용되어 다른 납세자와 달리 특혜를 주고 있는 것인바, 특별한 사정이 없는 한 법문대로 해석할 것이고 특히 감면요건 규정 가운데 명백히 특혜규정이라고 볼 수 있는 것은 엄격하게 해석하는 것이 조세공평의 원칙에도 부합한다(대법원 2004.5.28. 선고 2003두7392 판결 등 참조).
그리고 관련 법령이 정한 5년의 기간은 사업계획승인 시 절차상 장기간이 소요된다는 점을 감안하여 그 기간 동안 종합부동산세를 부과할 경우 분양가 상승요인으로 작용할 것을 우려하여 신설한 것으로 주택건설업자가 아닌 주택분양자들에게 세제상 혜택을 반영하게 하기 위한 것이고, 통상 5년의 국세부과제척기간 등의 문제로 과세권을 행사할 수 없는 점을 고려하여 취득일부터 5년 이내에 사업계획승인을 얻은 경우에는 입법취지를 달성한 것으로 보아 세제상의 혜택을 부여하고 그러하지 아니한 경우에는 부여하지 않겠다는 뜻으로 해석함이 상당하므로, 합목적성을 이유로 법문에 없는 예외를 인정할 수 없다.
(3) 「조세특례제한법」 제104조의19에서 규정한 '취득일부터 5년'이라는 기간은 주택건설사업의 통상적인 인허가 소요기간과 행정절차를 충분히 고려하여 입법된 법정기한이다. 청구법인은 전문 건설사업자로서 토지 매입 당시부터 해당 사업부지의 행정적 특수성(도시개발구역 등)에 따른 절차적 소요시간을 충분히 예견할 수 있었음에도 오로지 행정 절차적 업무처리 소요만을 이유로 기한 내 승인을 받지 못한 것은 사업자로서의 통상적인 주의의무를 다하지 못한 결과에 불과하다.
또한, 대법원 판례에서 인정하는 '정당한 사유'란 사업자가 마음대로 할 수 없는 외부적·물리적 장애를 뜻하는 것이며, 이 건과 같은 행정절차상의 통상적인 협의 및 소요기간은 이에 해당하지 아니한다. 단순한 행정 소요시간을 모두 '정당한 사유'로 인정한다면 5년이라는 법정기한은 형해화될 것이며 조세형평성을 중대하게 저해하게 된다.
(4) 청구법인은 종합부동산세 처분이 재산세 처분과 별개로 경정될 수 있다고 주장하나, 이 사건의 핵심은 재산세 처분과의 독립성 여부가 아니라 청구법인이 「조세특례제한법」에서 정한 실체적 합산배제 요건을 갖추었는지 여부에 있다. 설령 별개로 수정이 가능하다 하더라도 '5년 이내 사업계획승인'이라는 명문의 요건을 종국적으로 달성하지 못한 사실이 명백한 이상, 합산배제의 전제조건인 법정요건 자체를 달성하지 못하였으므로 당초 처분은 적법하다.
(5) 결론적으로, 조세심판원 심판결정례와 대법원 판례 등에서 동일 쟁점 사안에 대하여 '토지 취득일부터 5년 이내에 주택건설사업승인을 받지 못한 경우 추징사유에 해당된다'는 것이 일관된 견해이고, 청구법인이 주장하는 '납세의무자에게 책임을 돌릴 수 없는 등 정당한 사유'에 해당하지 아니하며, 최근 시행령 개정의 취지가 이미 납세의무가 적법하게 성립된 과거의 처분에 소급하여 적용될 수 없음은 조세법률주의 및 법적 안정성의 원칙상 분명하므로, 이 건 처분은 정당하다.
3. 심리 및 판단
가. 쟁점
쟁점토지의 주택건설사업계획승인 지연에 정당한 사유가 있으므로 감면받은 종합부동산세 등을 추징할 수 없다는 청구주장의 당부
나. 관련 법령
(1) 조세특례제한법(2025.12.23. 법률 제21223호로 개정되기 전의 것)
제104조의19(주택건설사업자가 취득한 토지에 대한 과세특례) ① 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 사업자(이하 이 조에서 "주택건설사업자"라 한다)가 주택을 건설하기 위하여 취득한 토지(토지를 취득한 후 해당 연도 종합부동산세 과세기준일 전까지 주택건설사업자의 지위를 얻은 자의 토지를 포함한다) 중 취득일부터 5년 이내에 「주택법」에 따른 사업계획의 승인을 받을 토지는 「종합부동산세법」 제13조 제1항에 따른 과세표준 합산의 대상이 되는 토지의 범위에 포함되지 아니하는 것으로 본다.
1. 「주택법」에 따라 주택건설사업자 등록을 한 주택건설사업자
2. 「주택법」 제11조에 따른 주택조합 및 고용자인 사업주체
3. 「도시 및 주거환경정비법」 제24조부터 제28조까지 및 「빈집 및 소규모주택 정비에 관한 특례법」 제17조부터 제19조까지의 규정에 따른 사업시행자
4. 제104조의31 제1항에 따른 법인
② 제1항을 적용받으려는 자는 해당 연도 9월 16일부터 9월 30일까지 대통령령으로 정하는 바에 따라 납세지 관할세무서장에게 토지의 보유현황을 신고하여야 한다.
③ 주택건설사업자가 제1항에 따라 취득한 날부터 5년 이내에 「주택법」에 따른 주택건설을 위하여 같은 법에 따른 사업계획의 승인을 받지 못한 경우에는 대통령령으로 정하는 바에 따라 종합부동산세액과 이자상당가산액을 추징한다.
(2) 국세기본법
제18조(세법 해석의 기준 및 소급과세의 금지) ② 국세를 납부할 의무(세법에 징수의무자가 따로 규정되어 있는 국세의 경우에는 이를 징수하여 납부할 의무. 이하 같다)가 성립한 소득, 수익, 재산, 행위 또는 거래에 대해서는 그 성립 후의 새로운 세법에 따라 소급하여 과세하지 아니한다.
제21조(납세의무의 성립시기) ② 제1항에 따른 국세를 납부할 의무의 성립시기는 다음 각 호의 구분에 따른다.
10. 종합부동산세: 과세기준일
(3) 조세특례제한법 시행령(2026.2.27. 대통령령 제36127호로 개정되기 전의 것)
제104조의18(주택건설사업자가 취득한 토지에 대한 과세특례) ② 법 제104조의19 제3항에서 종합부동산세액이란 제1호의 금액에서 제2호의 금액을 뺀 세액을 말한다.
1. 법 제104조의19 제1항에 따라 과세표준 합산의 대상에 포함되지 아니하였던 해당 토지를 매 과세연도마다 종합부동산세 과세표준 합산의 대상이 되는 토지로 보고 계산한 세액
2. 법 제104조의19 제1항에 따라 과세표준 합산의 대상에 포함되지 아니하였던 해당 토지를 매 과세연도마다 종합부동산세 과세표준 합산의 대상에서 제외되는 토지로 보고 계산한 세액
③ 법 제104조의19 제3항에서 이자상당가산액이란 제2항에 따른 종합부동산세액에 제1호의 기간과 제2호의 율을 곱하여 계산한 금액을 말한다.
1. 법 제104조의19 제2항에 따라 신고한 매 과세연도의 납부기한 다음 날부터 법 제104조의19 제3항에 따라 추징할 세액의 고지일까지의 기간
2. 제11조의2 제10항 제2호에 따른 율
다. 사실관계 및 판단
(1) 제출된 심리자료에 따르면, 청구법인이 합산배제 대상으로 신고한 쟁점토지의 최초 취득일과 2025년을 기준으로 취득일부터 5년이 경과한 면적은 아래와 같다.
○○○
한편, 청구법인이 함께 합산배제 대상으로 신고한 OOO 토지는 2025년 기준 취득일부터 5년이 경과한 면적이 없는 것으로 나타나고, OOO 토지에 대하여는 2024.2.16. 주택건설사업계획승인이 있었던 것으로 나타난다.
(2) 청구법인이 제출한 ‘OOO지구 도시개발사업’ 추진경위 및 향후 추진계획(2026년 2월 기준)에 따르면, 그 진행 경과는 아래와 같다.
○○○
(3) 청구법인이 제출한 ‘OOO신도시지구 도시개발사업’ 추진경위 및 향후 추진계획(2026.2. 기준)에 따르면, 그 진행 경과는 아래와 같은 것으로 나타난다.
○○○
(4) 청구법인은 쟁점토지에 대해 환지계획인가 및 환지예정지 지정이 이루어져야 「주택법」에 따른 주택건설사업승인의 신청이 가능하다고 주장하고, 처분청은 이에 대하여 별도의 의견을 제시하지 아니하였다.
(5) 심판청구일 현재 쟁점토지에 대하여 「주택법」에 따른 주택건설사업계획의 승인이 이루어진 사실은 확인되지 아니한다.
(6) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 살펴본다.
청구법인은 쟁점토지의 취득일부터 5년 이내에 사업계획의 승인을 받지 못하였더라도 자신에게 책임을 돌릴 수 없는 정당한 사유로 인한 것이므로, 감면받은 종합부동산세 등을 추징함은 부당하다는 주장이나, 조세법규의 해석은 특별한 사정이 없는 한 법문대로 해석할 것이고 합리적 이유 없이 확장해석하거나 유추해석하는 것은 허용되지 않으며, 특히 감면요건 규정 가운데에 명백히 특례규정이라고 볼 수 있는 것은 엄격하게 해석하는 것이 조세공평의 원칙에도 부합한다 할 것인바(대법원 2003.1.24. 선고 2002두9537 판결 참조), 「조세특례제한법」 제104조의19(2025.12.23. 법률 제21223호로 개정되기 전의 것)는 주택건설사업자의 귀책이 없는 경우 등 달리 추징의 예외규정을 두고 있지 아니한 점, 설령 추징의 예외사유의 판례 등에 따른 인정 여부를 별론으로 하더라도 청구법인은 전문 주택건설사업자로서 도시개발사업 방식으로 추진되는 사업부지의 인허가 절차에 상당한 기간이 소요될 것을 토지 취득 당시 어느 정도 예견할 수 있었을 것으로 보이고, 주택건설사업계획승인과 관련하여 청구법인에 책임을 돌릴 수 없는 불가항력적 지연 및 곤란 사유가 객관적인 증빙을 통해 명확히 입증되지 않은 점 등을 종합하여 보면, 청구법인이 쟁점토지의 취득일로부터 5년 이내에 사업계획승인을 받지 못한 이상, 감면받은 종합부동산세액 등을 추징한 이 건 처분은 달리 잘못이 없다고 판단된다(조심 2015부5348, 2016.11.28., 조심 2020서2585, 2022.2.16., 조심 2024인2315, 2024.9.5., 조심 2025부1656, 2025.10.30. 외 다수, 같은 뜻임).
4. 결론
이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 없으므로 「국세기본법」 제80조의2 및 제65조 제1항 제2호에 의하여 주문과 같이 결정한다.