이유
1. 처분개요

가. 청구인은 2007.6.22. 부산광역시 수영구 OOO 토지(이하 “쟁점토지”라 한다)를 매매로 취득한 후, 쟁점토지에 2011.1.12. 단독주택(쟁점토지와 합하여 이하 “쟁점주택”이라 한다)을 신축하였고, 2024.5.27. 쟁점주택을 OOO원에 양도하면서 쟁점토지의 취득가액을 환산가액으로 하고, 1세대1주택의 장기보유특별공제 등을 적용하여 2024년 귀속 양도소득세 OOO원을 예정신고·납부하였다.

나. 부산지방국세청장은 2025.7.8.∼2025.7.25. 기간 동안 처분청에 대하여 종합감사를 실시한 결과, 청구인이 부산광역시 사하구 OOO 외 2필지에 2017.9.7. 주상복합건물 18개 호실(다세대주택 9개 호실, 오피스텔 8개 호실, 근린생활시설 1개 호실로서, 이하 “쟁점주상복합건물”이라 한다)을 준공하여 다세대주택 9개 호실, 오피스텔 1개 호실, 근린생활시설 1개 호실 등 11개 호실을 분양하고, 쟁점주택 양도일 현재 오피스텔 7개 호실(이하 “쟁점미분양주택”이라 한다)을 보유한 상태로 그 중 5채를 임대하고 있었던 사실과 쟁점토지의 취득 당시 실지거래가액 OOO원(취득세 과세표준)을 확인하여, 처분청에 이를 반영하여 청구인의 2024년 귀속 양도소득세를 경정할 것을 지시하였다.

다. 처분청은 위 처분지시에 따라 쟁점미분양주택을 청구인의 보유 주택수에 합산하여 1세대1주택 적용을 부인하고 쟁점토지의 취득가액을 실지거래가액으로 적용하여, 2026.1.20. 청구인에게 2024년 귀속 양도소득세 OOO원을 경정·고지하였다.

라. 청구인은 이에 불복하여 2026.4.14. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구인 주장 및 처분청 의견

가. 청구인 주장

(1) 쟁점주상복합건물은 처음부터 판매 목적으로 신축한 것으로서 지속적인 미분양 상태에서 일시적으로 임대에 제공한 재고주택에 불과한바 양도소득세 산정 시 청구인의 보유 주택수에서 제외되고, 청구인은 쟁점주택의 양도일 현재 1세대1주택에 해당한다.

(가) 쟁점주상복합건물 신축 및 분양사업을 위한 청구인, 대출기관[㈜OOO지점], A㈜가 체결한 자금관리계획서에 따라 쟁점주상복합건물의 분양금은 대출기관의 대출금 상환에 우선 충당하기로 계약되었으므로, 해당 사업은 단순한 분양 목적만 있었던 것이 아니라 판매가 완료될 때까지의 대출까지 일관성을 가지는 큰 틀의 부동산 매매사업임을 알 수 있고, A㈜와의 도급계약서 작성 시 첨부한 사업계획서상에도 분양면적과 분양예정금액이 명확히 표기되어 있다.

(나) 청구인은 쟁점주상복합건물 준공을 앞두고 쟁점주상복합건물의 분양 홍보 팜플렛을 제작하고 신축 중인 건물 앞면에 분양 안내까지 한 상황에서 2016년에 쟁점주상복합건물을 유형자산(건설중인 자산) OOO원으로 잘못 계상하였고, 이후 2020년에 와서야 착오가 있었음을 알게 되어 이를 재고자산(완성건물)으로 수정 계상하였으며, 2023.8.21. 청구인과 세무사의 문자메시지 대화 내용에서도 쟁점주상복합건물이 사업용 재고자산이기 때문에 매매 시 부가가치세 납부 대상이라는 내용이 확인되는 등 쟁점주상복합건물을 재고자산으로 분명히 인식하고 있었다.

(다) 부산강서세무서장은 청구인의 2018년 귀속 종합부동산세 과세대상 물건 10채(쟁점주택 및 쟁점주상복합건물 다세대주택 9채)에 대하여 쟁점주상복합건물을 미분양주택으로 보아 합산배제하여 오류정정감(종합부동산세 OOO원 환급) 결정하였고, 추후 양도된 쟁점주상복합건물의 202호 및 302호 물건을 합산배제 대상에서 제외하여 2020년 귀속 종합부동산세 OOO원을 경정·고지하였으며, 청구인은 고지세액을 2025.1.7. 납부하였는데, 이는 과세관청이 2025.1.7.까지도 쟁점주상복합건물을 미분양 주택으로 받아들였다는 것을 의미한다.

(라) 청구인은 현재까지 2016년에 쟁점주상복합건물을 신축하고 판매하면서 양도소득세를 신고·납부한 사실이 없고, 2016～2024년 귀속 주택신축판매업(부동산매매업)의 종합소득세만 신고·납부해왔는데 이는 청구인이 쟁점주상복합건물을 재고자산으로서 인식하고 있었음을 입증하는 증거라 할 수 있다.

(마) 청구인은 처분청의 재산신고팀에 2023년 7월의 쟁점주상복합건물의 2개 호실 판매분에 대한 양도소득세 과세자료 처리내용 사실확인 요청을 하였고 재산신고팀은 요청서 하단에 “처리결과 : 과세하지 않음-타세목 과세”라고 기재하여 주었는데, 원래 ‘양도소득세 사무처리규정’ 제28조에 따라 건설업 및 부동산매매업에 해당하는 과세자료는 해당 사업자의 과세업무를 담당하는 과장에게 인계하여야 하나 쟁점주상복합건물은 종합소득세 과세 대상이기 때문에 양도소득세 업무를 담당하는 과장에게 인계하지 아니한 것으로서, 처분청의 재산신고팀 역시 쟁점주상복합건물 판매 수익이 양도소득이 아닌 주택공급업에 따른 사업소득임을 인정한 것이다.

(바) 청구인은 쟁점주상복합건물 신축 시부터 분양 홍보 팜플렛을 제작하여 배포하고 주변 공인중개사들을 통해 적극적으로 매매를 위해 노력하였으나 2023년 이후 부동산 경기가 침체되고 오피스텔의 인기가 급락하여 준공 후 미분양 물건이 급증하면서 쟁점주상복합건물의 매매가 이루어지지 않았고, 해당 공인중개사들은 쟁점주상복합건물의 매매를 위해 블로그 게시물 게재, 개별 매수인 중개 등을 통해 노력하는 한편 청구인의 대출금 상환을 위해 미분양 호실에 대하여 임대를 중개한 사실이 있으며, 현재 쟁점미분양주택 중 3개 호실은 임차인이 구해지지 않아 공실 상태이고 4개 호실만 임대하고 있다는 내용으로 작성한 확인서를 제출하였는데, 그 중 B이 2026.4.2. 작성한 확인서에 따르면 청구인의 절박한 사정 때문에 쟁점미분양주택 7개 호실에 대하여 전세금을 포함하여 OOO원에 전부 인수하도록 제안하였다는 내용도 확인된다.

(사) 쟁점주상복합건물은 당초 2016.1.31. 준공될 계획이었으나 차질이 발생하여 2017.9.7.에야 준공되었고, 준공 후에도 계속 분양이 이루어지지 않다가 2020년에 부산광역시 사하구 OOO 일대에 재개발 소식이 퍼지면서 매매가 시작되어 2020.12.17.부터 2023.7.24.까지 쟁점미분양주택(오피스텔)을 제외한 다세대주택과 근린생활시설 등 11채는 판매되었으며, 청구인의 주택신축판매업이 계속성, 반복성이 있는 사업활동임이 확인된다.

(아) 국세청은 예규(재일46014-1950, 1997.8.14.)를 통해 주택신축판매업자가 신축한 주택이 판매되지 아니하여 판매될 때까지 일시적으로 전부 또는 일부를 임대한 후 판매한 경우에는 재고자산의 판매로 보아 종합소득세를 과세한다고 해석하였고, 재정경제부 예규(재산세제과-1045, 2009.12.18.)도 1세대1주택 비과세여부 판정 시 주택신축판매업자의 판매용 재고주택은 소유주택으로 보지 아니하는 것이고, 판매목적으로 신축하였으나 판매되지 아니하여 일시적으로 임대하는 경우는 소유주택으로 보는 임대주택에서 제외된다고 해석하였다.

법원의 판례(서울행정법원 2014.10.21. 선고 2014구합56789 판결 및 서울고등법원 2015.8.13. 선고 2014누69886 판결)에 따르면, 원고가 임대기간을 2년으로 정하여 아파트를 임대하였으나, 법원은 임대기간 2년을 기준으로 일률적으로 일시적·잠정적 임대여부를 판단하여야 할 합리적 근거가 없고 다른 사유로 조세채권 일실 우려가 있다 하여 일시적·잠정적 임대의 범위를 작위적으로 축소해석할 수 없으므로, 원고가 아파트의 매각이 이루어질 때까지 일시적·잠정적으로 임대한 것으로 볼 수 있다고 판단하였다.

(2) 청구인이 토지의 실지취득가액을 객관적으로 확인할 수 없는 상황에서 부득이하게 법령에 따라 환산가액으로 신고하였고, 쟁점미분양주택을 청구인의 보유 주택 수에 포함하지 아니한 데에 청구인의 귀책이 없으므로, 이는 가산세 감면의 정당한 사유에 해당한다.

(가) 청구인은 쟁점주택 양도에 대한 양도소득세를 신고하기 위해 증빙자료를 찾고자 하였으나 쟁점토지의 취득일(2007년)로부터 오랜 기간이 지나 관련 자료가 유실되었고, 직접 등기소와 세무사 사무실을 방문하여 실지취득가액을 확인하고자 하였으나, 세법상 장부보관기간은 5년이라고 하며 정보를 제공하지 아니하여 부득이 환산가액으로 쟁점토지의 취득가액을 신고하게 되었다.

(나) 처분청은 청구인의 쟁점주상복합건물 매매로 양도소득세 과세자료가 발생한 것인데도 이에 대하여 청구인에게 아무런 통지를 하지 아니하였으므로, 이는 처분청이 청구인에게 양도소득세 고지세액이 없는 것으로 통지한 것에 해당한다고 볼 수 있고, 이러한 과세관청의 견해 표명이 정당하다고 신뢰한 데에 대하여 납세자에게 귀책사유가 없는데도 처분청은 뒤늦은 부산지방국세청 감사관실의 감사결과에 따라 처분청이 이러한 견해에 반하는 재처분을 함으로써 청구인의 이익이 침해되는 결과를 초래하였으므로, 신의성실의 원칙상 청구인에게 그 귀책을 물어 이 건 가산세를 부과할 수는 없다.

나. 처분청 의견

(1) 쟁점주상복합건물을 신축한 목적과 실제 임대현황 등을 종합하여 볼 때, 쟁점주상복합건물은 주택신축판매업자의 재고자산이라고 볼 수 없어 청구인의 쟁점주택 양도소득세 산정 시 주택 수에 산입하여야 하므로, 청구인은 쟁점주택 양도일 현재 1세대1주택에 해당하지 아니한다.

(가) 재고자산은 판매를 목적으로 보유하는 자산이고, 부동산의 양도로 인한 소득이 「소득세법」상 사업소득(주택신축판매업)인지 혹은 양도소득인지는 양도인의 부동산 취득 및 보유현황, 조성의 유무, 양도의 규모, 횟수, 태양, 상대방 등에 비추어 그 양도가 수익을 목적으로 하고 있는지 여부와 사업활동으로 볼 수 있을 정도의 계속성과 반복성이 있는지 등을 고려하여 사회통념에 따라 판단하여야 하며, 그 판단을 함에 있어서는 단지 당해 양도 부동산에 대한 것뿐만 아니라 양도인이 보유하는 부동산 전반에 걸쳐 당해 양도가 행하여진 시기의 전후를 통한 모든 사정을 참작하여야 한다(대법원 2010.11.11. 선고 2009두546 판결 참조).

(나) 주택신축판매업자가 판매목적으로 신축한 주택이라 할지라도 상당 기간 동안 다른 목적에 전용함으로써 신축주택을 보유하는 목적이 임대 등 다른 용도로 사용함이 인정될 경우 이를 재고자산으로 분류하여 양도소득세 과세대상에서 제외할 수 없다(대법원 1992.9.14. 선고 92누8439 판결, 서울행정법원 2015.11.26. 선고 2014구단57952 판결, 조심 2011서2876, 2011.11.4., 국세청 예규 심사양도-2010-188, 2010.8.20. 등).

(다) 청구인은 2005.8.25. 쟁점주상복합건물 소재지 건물에서 음식점업 및 부동산임대업을 영위하다가 2015년에 해당 건물을 멸실하고 쟁점주상복합건물을 착공한 뒤 2015.4.23. 주택신축판매업을 부업종으로 추가하였으며, 그 이전에는 주택신축판매업을 영위한 사실이 없다.

(라) 청구인은 쟁점주상복합건물 준공(2017.9.7.) 이후 최초 장부 계상 시 판매목적의 재고자산이 아닌 유형자산으로 계상하였고, 쟁점주택의 양도일(2024.5.27.)까지 쟁점미분양주택을 보유하고 있었으며, 2019.1.21. 부산광역시 수영구청장에게 쟁점주상복합건물의 다세대주택 9개 호실을 장기일반민간임대주택으로 임대사업자 등록하였는데, 이러한 등록은 보유하고 있는 주택을 실거주나 판매가 아닌 임대의 목적으로 지방자치단체장에게 등록하는 것이므로 청구인이 당초 판매 목적으로 쟁점주상복합건물을 신축하였다 하더라도 그 목적을 임대로 전환하였다고 보아야 한다.

(마) 청구인은 쟁점주상복합건물 준공 이후부터 현재까지 다수의 임차인들에게 지속적으로 임대하여 주택임대소득으로 종합소득세를 신고해왔고, 준공 이후 7년이 지난 쟁점주택 양도일까지도 7개 호실을 임대의 목적으로 보유하고 있었으며, 임대가 개시되면 당연히 판매에 제약이 발생할 것이나 쟁점주상복합건물 임대차계약서상 어디에도 매매 시 임차인의 즉시 퇴거 특약 등은 확인되지 아니한다.

(바) 청구인에게 쟁점미분양주택을 분양하지 못한 불가피한 사정이 있다고 인정할 만한 정황이 보이지 아니할 뿐만 아니라, 청구인은 실제로 쟁점주상복합건물의 대부분(청구인의 아들 C에게 양도한 건 제외)을 분양예상금액보다 높은 가액으로 양도하였고, 쟁점미분양주택의 분양을 위하여 노력하였음을 입증하는 객관적이고 구체적인 증빙자료를 제시하지 않았으며, 오히려 쟁점주상복합건물 신축 후 분양이 아닌 전월세 임대매물로 작성된 인터넷 홍보게시물들이 다수 확인되는 등의 사실관계를 종합하여 볼 때, 청구인이 주택신축판매업을 영위했다고 볼 수 있을 정도의 계속성·반복성이 갖추어졌다고 보기 어렵고, 설령 쟁점미분양주택이 쟁점주상복합건물 준공 당시에는 판매 목적의 재고자산이었다 할지라도 쟁점주택의 양도 당시는 실질적으로 임대 목적으로 전용된 상태였다고 보는 것이 타당하고, 준공 이후 7년이라는 기간 동안 임대수입을 얻었다면 이를 일시적·잠정적 임대라고 볼 수도 없다.

(2) 쟁점토지의 취득가액은 등기정보 등을 통해 용이하게 확인되는 정보로서 청구인이 이를 확인할 수 없었던 부득이한 사정은 없다고 보이는 등 가산세 감면의 정당한 사유를 인정할 수 없다.

(가) 세법상 가산세는 과세권의 행사 및 조세채권의 실현을 용이하게 하기 위해 부과하는 것으로 과세 요건이 충족되면 고의나 과실 여부와는 상관없이 부과되는 것이 원칙이다.

(나) 청구인은 쟁점토지의 실지취득가액을 찾고자 하였으나 확인이 되지 않아 부득이 환산가액으로 신고하였다고 주장하나, 토지 실지거래가액은 토지등기부등본 및 취득세 신고로도 쉽게 확인되는 내용이므로 청구인이 환산가액으로 토지취득가액을 신고한 것에 법률상 가산세 감면의 정당한 사유가 있다고 볼 수 없다.

3. 심리 및 판단

가. 쟁점

① 쟁점주상복합건물은 판매 목적으로 신축하여 일시적으로 임대한 재고주택이므로 쟁점주택 양도일 현재 청구인은 1세대1주택이라는 청구주장의 당부

② 청구인은 쟁점토지의 실지취득가액을 확인할 수 없어 부득이 환산가액으로 신고하였고, 쟁점미분양주택을 주택수에 포함하지 아니한데에 청구인의 귀책이 없으므로 가산세를 감면하여야 한다는 청구주장의 당부

나. 관련 법령

(1) 소득세법

제19조【사업소득】① 사업소득은 해당 과세기간에 발생한 다음 각 호의 소득으로 한다. 다만, 제21조 제1항 제8호의2에 따른 기타소득으로 원천징수하거나 과세표준확정신고를 한 경우에는 그러하지 아니하다.

6. 건설업에서 발생하는 소득

제88조【정의】이 장에서 사용하는 용어의 뜻은 다음과 같다.

1. “양도”란 자산에 대한 등기 또는 등록과 관계없이 매도, 교환, 법인에 대한 현물출자 등을 통하여 그 자산을 유상으로 사실상 이전하는 것을 말한다. 이 경우 대통령령으로 정하는 부담부증여 시 수증자가 부담하는 채무액에 해당하는 부분은 양도로 보며, 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 경우에는 양도로 보지 아니한다.

가. ～ 다. ＜생 략＞

7. “주택”이란 허가 여부나 공부(公簿)상의 용도구분과 관계없이 세대의 구성원이 독립된 주거생활을 할 수 있는 구조로서 대통령령으로 정하는 구조를 갖추어 사실상 주거용으로 사용하는 건물을 말한다. 이 경우 그 용도가 분명하지 아니하면 공부상의 용도에 따른다.

제89조【비과세 양도소득】① 다음 각 호의 소득에 대해서는 양도소득에 대한 소득세(이하 “양도소득세”라 한다)를 과세하지 아니한다.

3. 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 주택(주택 및 이에 딸린 토지의 양도 당시 실지거래가액의 합계액이 12억원을 초과하는 고가주택은 제외한다)과 이에 딸린 토지로서 건물이 정착된 면적에 지역별로 대통령령으로 정하는 배율을 곱하여 산정한 면적 이내의 토지(이하 이 조에서 “주택부수토지”라 한다)의 양도로 발생하는 소득

가. 1세대가 1주택을 보유하는 경우로서 대통령령으로 정하는 요건을 충족하는 주택

나. 1세대가 1주택을 양도하기 전에 다른 주택을 대체취득하거나 상속, 동거봉양, 혼인 등으로 인하여 2주택 이상을 보유하는 경우로서 대통령령으로 정하는 주택

제94조【양도소득의 범위】① 양도소득은 해당 과세기간에 발생한 다음 각 호의 소득으로 한다.

1. 토지[「공간정보의 구축 및 관리 등에 관한 법률」에 따라 지적공부(地籍公簿)에 등록하여야 할 지목에 해당하는 것을 말한다] 또는 건물(건물에 부속된 시설물과 구축물을 포함한다)의 양도로 발생하는 소득

제95조【양도소득금액과 장기보유 특별공제액】② 제1항에서 “장기보유 특별공제액”이란 제94조 제1항 제1호에 따른 자산(제104조 제3항에 따른 미등기양도자산과 같은 조 제7항 각 호에 따른 자산은 제외한다)으로서 보유기간이 3년 이상인 것 및 제94조 제1항 제2호 가목에 따른 자산 중 조합원입주권(조합원으로부터 취득한 것은 제외한다)에 대하여 그 자산의 양도차익(조합원입주권을 양도하는 경우에는 「도시 및 주거환경정비법」 제74조에 따른 관리처분계획 인가 및 「빈집 및 소규모주택 정비에 관한 특례법」 제29조에 따른 사업시행계획인가 전 토지분 또는 건물분의 양도차익으로 한정한다)에 다음 표 1에 따른 보유기간별 공제율을 곱하여 계산한 금액을 말한다. 다만, 대통령령으로 정하는 1세대1주택(이에 딸린 토지를 포함한다)에 해당하는 자산의 경우에는 그 자산의 양도차익에 다음 표 2에 따른 보유기간별 공제율을 곱하여 계산한 금액과 같은 표에 따른 거주기간별 공제율을 곱하여 계산한 금액을 합산한 것을 말한다.

(2) 소득세법 시행령(2024.2.29. 대통령령 제34265호로 개정된 것)

제154조【1세대1주택의 범위】① 법 제89조 제1항 제3호가목에서 “대통령령으로 정하는 요건”이란 1세대가 양도일 현재 국내에 1주택을 보유하고 있는 경우로서 해당 주택의 보유기간이 2년(제8항 제2호에 해당하는 거주자의 주택인 경우는 3년) 이상인 것[취득 당시에 「주택법」 제63조의2 제1항 제1호에 따른 조정대상지역(이하 “조정대상지역”이라 한다)에 있는 주택의 경우에는 해당 주택의 보유기간이 2년(제8항 제2호에 해당하는 거주자의 주택인 경우에는 3년) 이상이고 그 보유기간 중 거주기간이 2년 이상인 것]을 말한다. 다만, 1세대가 양도일 현재 국내에 1주택을 보유하고 있는 경우로서 제1호부터 제3호까지의 어느 하나에 해당하는 경우에는 그 보유기간 및 거주기간의 제한을 받지 않으며 제5호에 해당하는 경우에는 거주기간의 제한을 받지 않는다.

다. 사실관계 및 판단

(1) 청구인의 사업자등록 및 종합소득세 신고 등과 관련하여 다음과 같은 내용이 확인된다.

(가)　청구인의 사업자등록 및 업종 변경 연혁은 아래 ＜표1＞과 같은바, 청구인은 ‘D’라는 상호로 부산광역시 사하구 OOO(쟁점주상복합건물 소재지)에서 2005.9.3. 개업하여 부동산임대업 등을 영위하다가 2015.4.23. 부업종으로 건설업(주택신축판매업)을 추가하였고, 2017.9.7. 쟁점주상복합건물을 준공한 것으로 나타난다.

＜표1＞ 청구인의 ‘D’ 사업자등록 및 업종 변경 연혁

상호

D

성명

청구인

개업일자

2005.9.3.

폐업일자

계속사업

주업종

부동산업/임대

부업종

건설업/주택신축판매업

(2015.4.23. 변경)

소재지

부산광역시 사하구 OOO

(나) 청구인의 총사업이력은 아래 ＜표2＞와 같고, 2015.4.23. ‘D’의 부업종으로 건설업/주택신축판매업을 추가 등록하기 이전까지 주택신축판매업을 영위한 사실은 확인되지 아니한다.

＜표2＞ 청구인의 총사업이력

○○○

(다) 청구인은 쟁점주상복합건물의 분양 수입금액을 사업소득으로 하여 아래 ＜표3＞과 같이 종합소득세를 신고·납부한 것으로 나타난다.

＜표3＞ 청구인의 종합소득세 신고내역

○○○

(라) 청구인이 제출한 2017～2018년 귀속 종합소득세 신고서의 재무상태표상 쟁점주상복합건물의 미분양분 주택들은 재고자산이 아닌 유형자산(2017년 OOO원, 2018년 OOO원 등)으로 계상되어 있었으나, 2020년 이후에는 아래 ＜표4＞와 같이 재고자산으로 계상한 것으로 나타난다.

＜표4＞ 청구인 사업장(D)의 재고자산 계정

○○○

(2) 청구인은 쟁점미분양주택이 청구인의 사업장(D)이 주택 공급의 목적으로 신축하여 보유하고 있는 재고자산에 해당한다고 주장하며, 다음의 자료를 제출하였다.

(가) 청구인과 A㈜가 체결한 ‘민간건설공사 표준도급계약서’(2015.4.6.자)에 따르면, 계약금액은 OOO원으로 2015.4.15. 착공하여 2016.1.31. 준공 예정이라고 기재되어 있고, 2015.5.29.자 ‘계약변경사항’에 따르면 공사기간을 2016.3.30.까지로 연기하고 도급인(청구인)은 공사비·부대경비를 제외한 수익이 8억원 이상일 때 A㈜에게 공사대금 물건(3채)를 평당 OOO원에 분양한다는 내용이 확인된다.

(나) 청구인, 대출기관[㈜OOO은행], 시공자[A㈜]가 체결한 자금관리계약서(2015.7.1.자, 아래 ＜표5＞ 주요 내용 참고)에는 쟁점주상복합건물 신축에 대하여 ‘OOO 건물 신축 및 분양(매매)사업’이라고 기재되어 있고, 청구인은 쟁점주상복합건물을 분양(매매)계약할 수 있도록 공급승인 등 인허가와 분양, 분양대행사 선정 및 관리, 수분양자와의 계약 등의 업무를 수행한다는 내용 등이 확인된다.

＜표5＞ 자금관리계약서(2015.7.1.자) 주요 내용

○○○

(다) 당초 ㈜A의 사업계획서상 쟁점주상복합건물의 분양면적표 및 예상 분양금액의 내용은 각각 아래 ＜표6＞, ＜표7＞과 같다.

＜표6＞ 쟁점주상복합건물 사업계획서상 분양면적표

○○○

＜표7＞ 쟁점주상복합건물 예상 분양금액

○○○

(라) 청구인이 제출한 분양 홍보 팜플렛은 아래 ＜표8＞과 같다.

＜표8＞ 쟁점주상복합건물 분양 홍보 팜플렛 주요 내용

○○○

(마) 청구인은 2026년 4월에 처분청 재산신고팀에 2023년 7월의 쟁점주상복합건물 중 2개 호실의 양도소득세 과세자료 처리내용 관련 사실확인 요청을 하였고, 아래 ＜표9＞와 같이 요청서 하단에 “처리결과 : 과세하지 않음-타세목 과세”라고 수기로 기재하여 회신된 것으로 나타난다.

＜표9＞ 청구인의 사실내용 확인요청서(2026년 4월)

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(바) 청구인은 쟁점주택 양도일 전인 2023.8.21. 세무대리인과 대화 시 청구인이 쟁점미분양주택을 재고자산으로 인식하고 있었음이 확인된다고 주장하며, 세무사와의 문자메시지 대화 내용을 아래 ＜표10＞과 같이 제출하였다.

＜표10＞ 청구인과 세무사의 대화내용

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(사) 청구인은 쟁점미분양주택을 포함한 쟁점주상복합건물의 분양을 위해 노력하였으나 분양이 이루어지지 않아 일시적으로 임대에 제공한 것이라고 주장하며, 주변 공인중개사들의 사실확인서 및 증빙자료(아래 ＜표11＞), 쟁점주상복합건물 매매계약서(입회 공인중개사로서 사실확인서를 작성한 F 등이 기재되어 있음), 쟁점주상복합건물 관리대장(쟁점미분양주택 전세금 및 월 임차료 금액 포함), 관리비 납입영수증 등을 제출하였다.

＜표11＞ 공인중개사들의 사실확인서 및 증빙자료

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(아) 청구인은 부산강서세무서장이 청구인이 임대주택 합산배제 신고를 하기 전인 2018년 귀속 종합부동산세에 대하여 쟁점주상복합건물을 미분양주택으로 보아 부과대상 주택수를 당초 10개(쟁점주택과 다세대주택 9개)에서 1개(쟁점주택)로 오류정정감 결정하고, 2020년 귀속 종합부동산세 합산배제 임대주택에서 무단매각으로 임대사업자 등록이 직권 말소된 물건 2개를 제외하여 종합부동산세를 결정하였다고 주장하며, 해당 종합부동산세 결의서(사본)를 제출하였다.

(자) 청구인은 쟁점미분양주택이 2024.7.8. 부산지방법원 서부지원의 가압류 결정(OOO, 채권자 주식회사 E)으로 2025.7.14. 강제경매개시결정(OOO) 되었다고 주장하며 쟁점미분양주택의 등기부등본을 제출하였고, 이에 따르면 부산광역시 사하구청장(2025.12.10.)과 처분청(2026.3.6.)의 압류 사실도 확인된다.

(3) 처분청의 답변서 및 과세전적부심사 결정서에 따르면, 다음과 같은 내용이 확인된다.

(가) 쟁점주택 양도일(2024.5.27.) 현재 쟁점주상복합건물의 소유자 현황은 아래 ＜표12＞와 같고, 청구인의 아들 C에게 양도된 702호를 제외하면 청구인은 분양예상금액 대비 OOO원의 차익을 얻은 것으로 나타난다.

＜표12＞ 쟁점주택 양도일 현재 쟁점주상복합건물 소유자 현황

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(나) 청구인의 임대사업자 등록증(OOO)에 따르면, 청구인은 2019.1.21. 쟁점주상복합건물 중 다세대주택 9개 호실을 장기일반민간임대주택으로 임대사업자 등록하였고, 쟁점주택 양도일(2024.5.27.) 전에 모두 양도되어 양도일 현재 등록임대주택은 없었던 것으로 나타난다(청구인은 관련 규정을 잘 알지 못하여 임대사업자 등록 후 8년이 경과하기 전에 등록임대주택을 매각하여 과태료 OOO원이 부과되었다고 주장한다).

(다) 국세청 통합전산망에서 확인되는 쟁점주상복합건물 거주이력에 따르면, 2017.10.11.부터 다수의 임차인이 쟁점주상복합건물의 각 호실에 전입신고한 사실이 나타나고, 처분청은 청구인이 제출한 임대차계약서상 ‘매매 시 임차인이 즉시 퇴거하여야 한다’는 조항 등 매매를 염두에 둔 특약사항을 확인할 수 없다는 의견이다.

(라) 처분청은 쟁점주상복합건물의 준공(2017.9.7.) 이후 전세매물로 홍보한 온라인 게시글이 다수 확인된다는 의견으로, 2017.10.20. 및 2018.1.8.자 온라인 게시물 일부를 발췌하여 아래 ＜표13＞과 같이 제출하였다(위 ＜표11＞의 공인중개사 확인서를 제출한 우리동네공인중개사 F의 월세 매물정보 게시글도 포함되어 있다).

＜표13＞ 전세매물 홍보 게시글(발췌)

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(마) 처분청은 취득세 신고내역 등을 통해 쟁점토지의 실지취득가액 OOO원이 쉽게 확인된다는 의견으로, 쟁점토지의 등기부등본과 취득세 신고내역을 아래 ＜표14＞와 같이 제출하였다.

＜표14＞ 쟁점토지의 등기부등본 및 취득세 신고내역

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(4) 청구인의 쟁점주택 양도 관련 양도소득세 신고 및 경정·고지 내역은 아래 ＜표15＞와 같다.

＜표15＞ 청구인의 양도소득세 신고 및 경정·고지내역

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(5) 이상의 사실관계 및 관련 법률 등을 종합하여 이 건에 대하여 살펴본다.

(가) 먼저 쟁점①에 대하여 살피건대, 청구인은 당초부터 판매 목적으로 쟁점주상복합건물을 신축하였고 쟁점미분양주택은 지속적으로 미분양 상태에 있는 재고자산으로서 일시적으로 임대에 제공한 것이므로 청구인의 쟁점주택 양도에 대한 양도소득세 산정 시 보유 주택수에서 제외되어야 한다고 주장하나,

재고자산은 판매를 목적으로 보유하는 자산이고, 주택신축판매업자가 판매목적으로 신축한 주택이라 할지라도 상당 기간 동안 다른 목적에 전용함으로써 신축주택을 보유하는 목적이 임대 등 다른 용도로 사용함이 인정될 경우 이를 재고자산으로 분류하여 양도소득세 과세대상에서 제외할 수 없다 할 것인바(대법원 1992.9.14. 선고 92누8439 판결 등, 같은 뜻임),

청구인은 2005.9.3. 개업하여 부동산임대업 등을 영위하다가 2015.4.23. 부업종으로 건설업(주택신축판매업)을 추가한 후 2017.9.7. 쟁점주상복합건물을 준공하였고, 쟁점주상복합건물의 전입신고 내역에 따르면 준공 직후인 2017.10.11.부터 쟁점주택 양도일 현재까지 장기간 동안 다수의 사람들이 쟁점주상복합건물에 거주한 사실이 있는 것으로 나타나는 점, 청구인은 임대기간 동안 쟁점주상복합건물의 주택임대소득에 대하여 종합소득세를 신고·납부해 온 점, 쟁점주상복합건물은 2020.12.17.～2023.7.24. 사이에 11개 호실이 분양된 후 나머지 호실은 분양이 이루어지지 않고 임대된 사실만 있으므로, 쟁점주택 양도일(2024.5.27.) 당시 청구인의 주택신축판매업이 계속성·반복성을 갖춘 사업활동이 아니었다고 볼 수 있는 점, 청구인은 준공 직후 분양을 위해 홍보 팜플렛을 제작한 사실이 있으나, 이후 전체 임대기간 또는 이 건 양도소득세 과세기간(2024년)에는 공인중개사들의 확인서 외에 분양대행사 계약 및 광고·홍보비 지출 등 청구인의 지속적인 판매활동을 객관적으로 입증할 자료가 부족하다고 보이는 점 등에 비추어, 청구주장을 받아들이기 어렵다고 판단된다.

(나) 다음으로 쟁점②에 대하여 살펴본다.

1) 청구인은 쟁점토지의 취득일(2007년)로부터 오랜 기간이 경과하여 취득가액을 확인할 수 없었기 때문에 부득이하게 환산가액을 적용한 것으로서 가산세 감면의 정당한 사유가 있다고 주장하나,

양도소득세는 신고·납부 세목으로서 적법한 과세표준과 세액을 계산하여 신고·납부의 의무를 이행할 책임은 납세의무자에게 있고, 양도소득금액을 산정함에 있어서 필요경비를 발생시키는 사실관계의 대부분은 납세의무자의 지배영역 안에 있는 것이어서 과세관청으로서는 그 입증이 곤란한 경우가 있으므로 그 입증책임이 납세의무자에게 있다고 볼 수 있음에도 청구인은 쟁점토지의 취득가액을 입증할 계약서, 대금지급 증빙 등을 제시하지 아니한 점, 청구인도 양도소득세 신고 시 본인의 취득세 신고내역 등을 통하여 쟁점토지의 취득가액을 충분히 -확인할 수 있었다고 보이므로, 이러한 사정이 가산세 감면의 정당한 사유에 해당한다고 보기 어렵다 할 것이다.

2) 또한 청구인은 쟁점주상복합건물의 각 호실의 양도소득세 신고 시 처분청이 청구인에게 아무런 통지를 하지 아니하였다가 쟁점주택 양도에 대하여 이 건 처분을 한 것은 신의성실의 원칙상 청구인에게 그 귀책을 물을 수 없다고 주장하나,

조세법률관계에서 과세관청의 행위에 대하여 신의성실의 원칙이 적용되기 위해서는, 과세관청이 납세자에게 공적인 견해표명을 하였고, 납세자가 그 견해표명이 정당하다고 신뢰함에 있어서 귀책사유가 없으며, 납세자가 신뢰에 기인한 어떤 행위를 하였고, 과세관청이 위 견해표명에 반하는 처분을 하여 납세자의 이익이 침해되는 결과가 초래되어야 하는 것(대법원 2008.6.12. 선고 2008두1115 판결 등 다수, 같은 뜻임)이나, 처분청이 청구인의 양도소득세 신고·납부가 적정하다는 공적 견해를 표명하였다거나 공적 견해에 반하여 이 건 양도소득세를 부과한 것으로 보기 어렵고, 처분청은 청구인의 신고내용에 탈루 또는 오류가 있는 경우 양도소득세의 부과제척기간이 만료되기 전까지 적법한 절차를 거쳐 과세표준과 세액을 경정할 수 있는 것인 점,

세법상 가산세는 과세권의 행사 및 조세채권의 실현을 용이하게 하기 위하여 납세자가 정당한 사유 없이 법에 규정된 신고·납세의무 등을 위반한 경우에 법이 정하는 바에 의하여 부과하는 행정상의 제재로서 납세자의 고의·과실은 고려되지 아니하고, 법령의 부지 또는 오인은 그 정당한 사유에 해당한다고 볼 수 없으며(대법원 2006.10.26. 선고 2005두3714 판결 등), 납부지연가산세는 납세의무자로 하여금 성실하게 세액을 납부하도록 유도하기 위한 것으로서 신고납부기한까지 미납부한 금액에 대하여는 금융혜택을 받은 것으로 보아 그 납부의무 위반에 대하여 가하는 행정상의 제재로서 정상적으로 납부한 자와의 형평성을 유지하기 위한 성격도 있는 것인 점(대법원 2010.1.28. 선고 2008두8505 판결, 같은 뜻임) 등에 비추어 청구주장을 받아들이기 어렵다고 판단된다.

4. 결론

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 없으므로 「국세기본법」 제80조의2 및 제65조 제1항 제2호에 의하여 주문과 같이 결정한다.